genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.98.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr11 ID=Chr11-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  62681010

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   

This is table  98  of  210  ( 25152 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28690346--28690386	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
28694679--28694735	22	2.5	22	75	13	62	26	5	17	50	1.67
28702164--28702324	87	1.9	87	90	0	259	40	16	11	31	1.83
28704395--28704446	24	2.2	24	89	0	77	11	11	11	65	1.48
28708891--28709535	330	2.0	330	94	0	1128	28	18	21	30	1.97
28719992--28720016	12	2.1	12	100	0	50	64	0	0	36	0.94
28731489--28731647	29	5.4	29	79	6	151	35	13	26	23	1.93
28731489--28731767	30	9.4	30	75	7	176	37	13	24	24	1.91
28731488--28731737	90	2.8	87	83	6	306	37	13	25	23	1.91
28731489--28731738	60	4.2	59	72	8	211	37	13	25	23	1.91
28732369--28732409	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
28734305--28734355	25	2.1	23	82	13	59	50	3	3	41	1.39
28735318--28735367	18	2.7	19	79	14	61	60	8	0	32	1.26
28738503--28738567	27	2.4	27	84	2	78	35	1	23	40	1.64
28738515--28738592	27	2.9	27	79	5	79	34	3	21	39	1.72
28738795--28738846	24	2.2	23	83	10	61	50	0	1	48	1.12
28740859--28740901	22	2.0	22	85	0	59	25	4	0	69	1.07
28741170--28741221	24	2.2	24	85	0	68	38	3	7	50	1.50
28749641--28749677	18	2.1	18	89	0	56	51	13	8	27	1.69
28749789--28749813	7	3.6	7	100	0	50	24	44	0	32	1.54
28750105--28750166	19	3.2	19	73	13	63	19	14	12	53	1.73
28750556--28750588	17	1.9	17	93	0	57	51	0	9	39	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28750876--28751274	90	4.4	90	87	5	575	32	9	9	49	1.67
28750889--28751250	186	1.9	187	92	1	611	32	9	8	49	1.66
28754978--28755070	27	3.5	26	80	12	100	21	35	21	21	1.96
28755033--28755111	27	3.0	27	79	3	70	27	35	16	20	1.94
28757095--28757129	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
28757597--28757642	20	2.6	18	75	18	51	71	0	4	23	1.03
28757784--28757828	15	2.8	17	86	10	67	0	37	2	60	1.09
28758771--28758833	30	2.1	30	90	0	99	25	4	14	55	1.58
28761634--28761691	30	1.9	30	92	0	98	27	5	12	55	1.58
28761817--28761847	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
28763081--28763167	43	2.0	43	100	0	174	31	16	20	32	1.94
28764303--28764356	19	2.8	19	74	0	54	37	27	18	16	1.93
28764603--28764644	22	1.9	23	90	9	70	45	14	0	40	1.45
28767513--28767598	29	3.1	27	79	15	72	30	15	10	44	1.80
28777280--28777328	24	2.0	24	96	0	89	36	24	8	30	1.85
28782026--28782076	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
28795056--28795099	22	2.0	23	86	4	63	34	0	0	65	0.93
28795049--28795099	14	3.8	14	79	5	61	33	0	0	66	0.92
28795404--28795720	41	7.7	41	89	3	469	17	19	29	32	1.95
28796066--28796126	22	2.7	24	78	12	67	24	1	31	42	1.64
28796145--28796198	21	2.6	21	82	8	74	27	1	31	38	1.67
28796190--28796241	14	3.7	14	82	5	61	21	0	44	34	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28796215--28796254	21	1.9	21	89	0	62	22	0	47	30	1.52
28796239--28796281	22	2.0	20	86	8	59	32	0	25	41	1.56
28796378--28796419	16	2.5	17	92	7	68	54	0	0	45	0.99
28796612--28796652	21	1.9	22	85	5	57	21	0	39	39	1.54
28803107--28803378	86	3.2	85	80	6	282	22	18	29	28	1.98
28803111--28803378	43	6.3	43	80	8	253	22	18	30	28	1.98
28805781--28805809	14	2.0	15	93	6	51	58	0	0	41	0.98
28812266--28812298	7	4.7	7	100	0	66	27	0	42	30	1.56
28814686--28814748	27	2.4	27	79	12	69	26	12	7	52	1.67
28816041--28816212	42	4.1	42	80	4	161	43	17	20	19	1.89
28816048--28816210	84	1.9	84	81	4	195	42	17	20	18	1.89
28816069--28816247	21	8.6	21	69	9	107	42	16	21	20	1.89
28817756--28817780	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
28825211--28825264	25	2.2	25	86	0	72	24	11	48	16	1.79
28826621--28826711	27	3.4	27	74	6	85	45	19	8	26	1.80
28830097--28830301	44	4.7	44	71	7	134	27	24	20	27	1.99
28830384--28830757	88	4.2	88	71	11	237	25	24	20	29	1.99
28830508--28831135	176	3.6	176	88	3	879	27	23	18	30	1.98
28830628--28830868	132	1.8	131	81	6	299	27	23	19	29	1.98
28830620--28831088	44	10.7	44	72	7	236	27	23	18	30	1.98
28831159--28831897	44	16.9	43	85	2	904	29	24	16	29	1.96
28832666--28832699	9	3.6	9	92	8	50	82	0	14	2	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28838102--28838171	6	11.7	6	100	0	140	68	15	0	15	1.21
28840572--28841204	44	13.6	44	66	16	222	31	19	21	26	1.97
28840555--28841458	141	6.5	141	91	2	1306	31	19	21	26	1.97
28841233--28841558	44	7.6	44	68	15	123	30	20	22	26	1.98
28841235--28841524	127	2.3	128	92	0	492	29	20	22	27	1.98
28841625--28841668	23	1.9	23	90	0	70	31	27	9	31	1.88
28841691--28841818	45	2.9	44	82	11	145	30	17	25	25	1.98
28845843--28845941	50	2.0	50	86	2	137	17	20	16	46	1.84
28846809--28846865	16	3.8	14	74	21	53	15	0	8	75	1.04
28846811--28846841	14	2.3	14	94	5	55	12	0	6	80	0.89
28846811--28846849	20	2.0	20	94	0	69	12	0	7	79	0.93
28847888--28847947	25	2.4	25	86	8	77	56	5	16	21	1.59
28852767--28853059	27	10.9	27	74	4	189	42	20	15	21	1.88
28852776--28853040	54	4.9	54	79	4	230	43	20	14	21	1.87
28852767--28853039	81	3.4	79	81	6	271	42	20	14	21	1.88
28853626--28853685	26	2.3	27	88	5	88	41	13	10	35	1.78
28856017--28856063	24	2.0	24	100	0	94	46	17	17	19	1.84
28861550--28861612	30	2.1	30	96	0	117	19	25	20	34	1.96
28861636--28861687	27	1.9	27	88	0	77	30	26	13	28	1.94
28865095--28865124	6	5.0	6	100	0	60	16	0	0	83	0.65
28865689--28865725	13	2.7	14	76	23	51	62	2	0	35	1.10
28871345--28871388	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28874483--28874556	37	2.0	37	100	0	148	43	5	18	32	1.73
28875572--28875628	21	2.7	21	88	0	87	21	24	15	38	1.92
28876600--28876642	17	2.5	17	92	0	77	11	23	37	27	1.89
28877387--28877489	20	5.2	20	64	13	68	29	18	31	21	1.97
28877377--28877528	40	3.8	40	89	1	234	31	17	30	20	1.96
28889398--28889442	22	2.0	23	91	4	74	0	26	0	73	0.84
28894596--28894638	22	2.0	22	81	9	52	20	4	0	74	1.00
28905490--28905529	5	8.0	5	91	0	62	22	2	37	37	1.68
28908723--28908779	27	2.1	27	84	12	73	66	0	0	33	0.92
28908743--28908801	21	2.8	21	82	15	77	71	0	1	27	0.96
28908748--28908810	20	3.1	19	76	13	63	66	0	1	31	1.01
28908748--28908894	29	5.1	28	70	18	95	60	3	3	32	1.30
28909231--28909409	94	1.9	94	86	2	252	35	9	18	35	1.84
28917573--28917620	17	2.9	16	79	11	53	0	35	0	64	0.94
28917626--28917680	25	2.2	26	83	3	67	10	9	9	70	1.33
28918854--28918944	34	2.8	32	85	5	112	30	1	20	47	1.58
28924376--28924437	27	2.3	27	80	5	72	46	0	3	50	1.17
28927980--28928030	10	4.6	11	81	15	61	43	0	3	52	1.19
28927979--28928025	23	2.0	23	100	0	94	44	0	4	51	1.21
28934565--28934699	50	2.7	50	78	0	144	25	16	28	30	1.96
28935608--28935677	20	3.5	20	86	0	95	32	1	40	25	1.65
28935602--28935677	5	15.2	5	80	0	80	32	1	40	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28938029--28938079	25	2.0	25	100	0	102	37	19	23	19	1.94
28943006--28943062	19	2.9	20	74	12	64	17	35	15	31	1.92
28943006--28943086	39	2.1	39	85	0	108	17	32	17	33	1.93
28948521--28948767	50	4.8	50	79	6	230	27	21	28	22	1.99
28954561--28954737	50	3.5	50	74	5	205	22	18	24	35	1.96
28954561--28954743	100	1.8	100	90	2	296	22	18	24	34	1.96
28954839--28955084	44	5.4	44	65	17	124	27	20	19	32	1.97
28954813--28955083	142	1.9	142	93	0	470	26	20	19	33	1.96
28955073--28955394	131	2.5	130	89	1	482	25	25	21	27	1.99
28956602--28956645	14	3.1	14	83	0	52	13	22	0	63	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210