genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          113   114   115   116   117   118   119   120   

This is table  72  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21663435--21663588	58	2.7	58	83	4	159	38	12	24	23	1.90
21666483--21666530	9	5.8	9	76	18	59	37	0	0	62	0.95
21666491--21666520	14	2.2	14	94	5	53	40	0	0	60	0.97
21666483--21666529	23	2.1	22	96	4	85	38	0	0	61	0.96
21666471--21666530	32	1.9	31	93	3	102	38	1	0	60	1.07
21666475--21666542	32	2.1	32	83	5	84	38	7	0	54	1.28
21678856--21678897	19	2.2	20	86	4	59	21	0	11	66	1.23
21682886--21682914	13	2.1	14	93	6	51	13	0	17	68	1.20
21690704--21690760	21	2.7	21	86	5	71	49	5	31	14	1.65
21692967--21692991	10	2.5	10	100	0	50	64	20	0	16	1.30
21692934--21693083	74	2.0	76	86	2	214	49	19	7	24	1.73
21694234--21694306	27	2.7	28	83	6	89	17	19	20	42	1.89
21696450--21696542	19	5.1	19	70	17	79	46	10	10	32	1.73
21696440--21696565	54	2.3	54	91	0	216	42	13	10	33	1.78
21696640--21696679	20	2.0	21	85	5	55	35	15	17	32	1.91
21699396--21699470	37	2.0	37	100	0	150	46	13	21	18	1.83
21700484--21700532	25	2.0	25	91	0	80	28	22	16	32	1.95
21713117--21713162	23	2.0	23	86	0	65	28	6	26	39	1.81
21713446--21713545	50	2.0	50	98	0	191	37	20	23	20	1.95
21725160--21725275	40	2.9	41	86	2	171	22	29	14	33	1.94
21725160--21725314	81	1.9	82	82	6	199	22	27	16	33	1.95
21725714--21725753	21	2.0	21	85	5	55	12	22	0	65	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21742706--21742773	5	13.6	5	80	0	82	25	33	0	41	1.56
21742706--21742773	15	4.5	15	86	0	100	25	33	0	41	1.56
21743682--21744123	51	8.7	51	76	6	402	29	25	14	30	1.95
21743684--21744021	152	2.2	151	78	6	362	29	25	14	30	1.95
21743741--21744123	203	1.9	202	90	1	606	29	25	14	30	1.95
21747171--21747200	12	2.5	12	94	0	51	23	40	30	6	1.80
21748873--21749037	41	4.1	41	81	1	190	39	19	17	23	1.92
21748870--21749033	81	2.0	81	84	4	215	37	19	18	24	1.94
21751858--21751894	18	2.1	18	94	0	65	45	8	10	35	1.69
21751900--21751958	29	2.0	29	90	0	91	37	13	0	49	1.43
21756835--21756904	22	3.3	21	68	31	60	10	1	28	60	1.38
21756819--21756903	41	2.1	41	97	0	161	9	1	29	60	1.36
21756838--21756903	19	3.3	19	70	12	60	10	1	28	59	1.40
21759755--21759804	19	2.5	20	81	15	59	62	0	0	38	0.96
21759801--21760005	43	4.6	43	73	11	153	27	14	27	31	1.95
21764692--21764802	25	4.4	25	80	4	100	33	23	18	25	1.97
21766635--21766678	22	2.0	23	90	4	72	56	2	0	40	1.11
21769145--21769197	26	2.0	26	92	0	88	33	13	13	39	1.83
21774107--21774133	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
21775684--21775733	18	2.8	18	82	8	57	6	30	4	60	1.39
21775706--21775747	15	2.5	18	85	11	54	4	23	0	71	1.05
21778639--21778665	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21783954--21783996	15	2.9	15	93	3	70	41	6	6	44	1.58
21795084--21795135	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
21797315--21797478	67	2.4	67	82	6	188	39	6	15	39	1.72
21797149--21797697	251	2.2	252	81	7	616	37	7	18	35	1.80
21797537--21797579	21	2.0	21	86	8	61	41	2	13	41	1.57
21797563--21797697	70	2.0	68	81	8	157	38	9	18	33	1.83
21797864--21798002	70	2.0	70	86	8	194	38	7	16	36	1.78
21800556--21800634	31	2.5	31	77	6	88	32	30	12	24	1.92
21806080--21806141	26	2.4	26	86	0	97	22	11	29	37	1.89
21806519--21806595	39	2.0	39	94	0	136	36	15	25	22	1.93
21807238--21807288	23	2.2	23	89	6	77	41	19	9	29	1.84
21812149--21812242	45	2.1	45	95	0	170	29	28	15	25	1.96
21813210--21813301	35	2.6	35	76	11	98	32	20	14	32	1.92
21814883--21814971	38	2.3	38	88	0	124	21	22	12	43	1.85
21815096--21815165	20	3.5	20	72	1	70	22	22	21	32	1.98
21815077--21815155	40	2.0	40	85	5	106	26	21	18	32	1.97
21826326--21826391	31	2.1	31	85	0	87	27	33	13	25	1.94
21829684--21829721	15	2.5	15	84	16	60	7	26	0	65	1.19
21829732--21829797	19	3.4	19	82	14	64	4	15	4	75	1.12
21833119--21833184	31	2.1	31	85	0	87	25	34	15	24	1.94
21834661--21834705	22	2.0	22	87	8	65	28	0	17	53	1.44
21835398--21835506	52	2.1	52	100	0	218	36	18	11	33	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21849606--21849637	13	2.5	13	89	0	55	46	15	0	37	1.46
21854145--21854201	21	2.6	22	81	10	64	17	8	28	45	1.78
21856399--21856430	16	2.0	16	100	0	64	12	12	31	43	1.80
21856594--21856631	19	2.0	19	85	10	51	21	42	0	36	1.53
21860747--21860815	21	3.3	21	72	0	75	49	18	17	14	1.80
21860733--21860876	42	3.4	42	87	1	166	47	16	20	15	1.83
21860770--21860881	21	5.3	21	67	12	68	50	15	20	14	1.78
21863814--21863855	20	2.2	19	87	12	59	16	19	0	64	1.30
21868063--21868102	20	2.0	21	85	5	55	40	2	10	47	1.50
21869173--21869205	14	2.4	14	90	5	50	12	9	0	78	0.95
21875680--21875720	11	3.9	11	81	9	50	29	0	12	58	1.34
21877091--21877130	21	1.9	21	100	0	80	55	17	22	5	1.61
21881533--21881561	12	2.4	12	100	0	58	34	41	17	6	1.76
21883699--21883737	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
21883963--21884107	23	6.3	23	94	0	254	20	20	28	31	1.97
21884940--21884997	27	2.1	27	100	0	116	44	3	41	10	1.55
21896656--21896803	47	3.2	46	79	3	161	20	10	22	45	1.82
21898204--21898287	32	2.5	33	82	3	98	28	13	26	32	1.93
21901337--21901451	50	2.2	52	87	4	162	15	18	33	32	1.92
21908699--21908736	19	2.0	18	90	10	58	47	0	13	39	1.42
21923233--21923419	45	4.2	45	86	4	236	21	16	28	33	1.95
21927578--21927654	32	2.4	32	95	2	138	35	14	22	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21930521--21930551	5	6.2	5	100	0	62	41	19	19	19	1.90
21931026--21931079	19	2.9	19	69	15	51	59	0	3	37	1.15
21931576--21931612	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
21931666--21931696	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
21934129--21934159	15	2.1	14	94	5	53	0	9	0	90	0.46
21934263--21934293	15	2.1	15	93	0	53	41	0	9	48	1.36
21967240--21967278	12	3.2	12	85	0	51	20	23	5	51	1.67
21967526--21967667	50	2.8	50	79	4	151	23	27	21	27	1.99
21971819--21971927	40	2.8	40	78	1	112	39	21	18	21	1.93
21971995--21972186	41	4.7	41	86	1	269	20	21	28	29	1.98
21972461--21972556	7	13.4	7	71	10	52	19	0	32	47	1.50
21972466--21972505	15	2.8	13	85	14	53	15	0	35	50	1.44
21972461--21972513	22	2.5	21	73	14	54	20	0	28	50	1.48
21972820--21972862	21	2.1	20	83	12	52	23	0	37	39	1.55
21972837--21972877	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
21972869--21972937	21	3.2	21	81	2	66	23	0	43	33	1.54
21972897--21972943	22	2.1	22	84	0	58	27	0	34	38	1.57
21973523--21973574	25	2.0	27	85	7	72	51	15	9	23	1.72
21976277--21976582	43	7.1	43	86	2	384	23	17	33	25	1.97
21998666--21998699	16	2.1	17	88	5	52	35	5	20	38	1.77
21999160--21999196	6	6.2	6	100	0	74	67	0	32	0	0.91
22010862--22011280	138	3.0	138	91	1	662	39	7	5	47	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22012648--22012891	45	5.5	44	78	5	186	24	17	13	44	1.85
22012693--22012857	89	1.9	89	92	2	278	23	16	12	47	1.81
22012685--22012891	89	2.3	90	83	5	269	24	17	13	44	1.84
22017297--22017364	25	2.7	24	75	8	64	30	17	20	30	1.96
22031822--22031865	19	2.2	21	88	8	65	20	18	2	59	1.49
22031826--22031871	19	2.4	18	83	16	58	26	15	2	56	1.50
22032919--22033787	288	3.0	286	85	2	1123	33	18	17	30	1.95
22035347--22035426	26	3.0	27	80	7	74	32	15	22	30	1.94
22035376--22035518	26	5.4	26	76	2	97	25	14	25	34	1.94
22035462--22035532	26	2.7	26	86	0	97	22	12	29	35	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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