genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 ID=Chr12-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  35429946

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  82  of  120  ( 14336 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24570180--24570247	30	2.2	31	78	2	75	47	7	19	26	1.75
24576469--24576679	113	1.9	113	97	0	404	32	18	11	37	1.87
24576903--24576939	12	3.1	12	88	0	56	10	0	21	67	1.21
24582028--24582072	23	2.0	23	82	8	56	37	20	8	33	1.83
24585771--24585803	10	3.4	10	87	4	50	54	27	6	12	1.60
24591623--24591660	5	7.8	5	88	5	51	39	21	23	15	1.92
24593919--24594003	2	42.5	2	100	0	170	49	0	50	0	1.00
24596163--24596203	20	2.0	21	95	4	75	29	34	9	26	1.88
24599241--24599293	26	2.0	28	82	10	67	43	15	3	37	1.64
24605232--24605711	44	11.1	44	63	14	140	30	20	23	25	1.98
24605264--24606042	257	3.0	256	89	4	1201	31	20	23	25	1.98
24605220--24606042	132	6.3	132	88	3	1233	31	20	23	24	1.98
24605220--24606042	389	2.1	389	92	0	1385	31	20	23	24	1.98
24606052--24606553	44	11.6	43	70	14	259	27	20	24	27	1.99
24606036--24606591	217	2.6	217	93	0	943	28	20	24	27	1.99
24606308--24606513	84	2.4	86	79	13	212	27	20	24	27	1.99
24620710--24620756	22	2.1	22	100	0	94	23	17	27	31	1.96
24620917--24620974	30	1.9	30	89	0	89	25	5	15	53	1.63
24621102--24621132	11	2.8	11	90	0	53	67	0	0	32	0.91
24621342--24621406	32	2.1	31	94	2	112	66	10	7	15	1.44
24631254--24631278	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
24638790--24638816	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24640152--24640187	10	3.6	10	92	0	63	52	0	0	47	1.00
24640151--24640205	20	2.9	19	81	7	67	50	1	1	45	1.22
24640153--24640187	5	7.0	5	86	0	52	54	0	0	45	0.99
24646131--24646157	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
24646524--24646581	3	19.3	3	96	0	107	63	0	1	34	1.04
24648253--24648391	43	3.3	43	67	15	117	31	20	16	31	1.95
24648296--24648432	41	3.3	40	68	15	116	34	20	16	28	1.95
24648226--24648455	84	2.7	84	93	0	388	31	23	15	30	1.95
24648243--24648687	44	10.4	44	67	13	219	30	23	17	29	1.97
24648678--24649291	128	4.8	128	91	0	978	24	25	20	29	1.99
24650534--24650571	14	2.6	15	83	8	51	10	15	0	73	1.09
24651425--24651485	32	1.9	32	86	6	88	13	8	9	68	1.38
24656446--24656471	3	8.7	3	100	0	52	34	0	30	34	1.58
24659027--24659452	211	2.0	212	88	2	624	41	15	8	34	1.79
24663692--24663905	44	4.6	44	79	15	241	28	23	16	30	1.96
24663792--24663898	51	2.1	51	92	3	180	28	23	15	32	1.95
24663692--24663905	95	2.3	94	92	0	347	28	23	16	30	1.96
24677719--24677769	23	2.2	23	89	0	75	27	7	21	43	1.80
24679296--24679482	50	3.7	50	89	0	248	22	30	20	26	1.98
24679296--24679571	100	2.7	102	79	5	274	23	28	20	27	1.99
24689094--24689127	17	2.1	17	88	5	52	8	2	14	73	1.19
24690980--24691228	50	4.8	50	84	4	291	20	28	23	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24690979--24691228	100	2.4	104	87	5	346	20	28	23	26	1.99
24691323--24691354	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
24691566--24691623	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
24693568--24693641	35	2.1	35	97	0	139	27	21	18	32	1.97
24704467--24704544	32	2.5	31	89	4	113	42	1	19	37	1.59
24706303--24706732	212	2.0	211	93	1	736	39	15	10	34	1.81
24708423--24708449	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
24713043--24713092	25	2.2	22	83	16	66	40	18	30	12	1.86
24713977--24714027	6	8.7	6	97	2	95	70	13	0	15	1.17
24713974--24714095	29	4.1	29	76	8	95	69	10	6	13	1.35
24715703--24716031	87	3.8	87	92	0	532	30	22	22	24	1.99
24716150--24716307	84	1.8	85	85	6	212	31	19	22	26	1.98
24716145--24716353	44	4.9	42	72	12	149	32	20	22	25	1.98
24716357--24716452	44	2.2	44	86	3	131	31	18	22	27	1.97
24716332--24716787	142	3.2	142	91	0	723	33	18	21	26	1.96
24716852--24717278	50	8.5	51	71	4	305	32	22	20	24	1.97
24716848--24717277	100	4.3	100	88	0	608	32	22	20	24	1.98
24718301--24718327	13	2.1	13	100	0	54	14	0	0	85	0.61
24740059--24740131	37	1.9	37	84	13	96	31	21	2	43	1.67
24740207--24740300	45	2.1	45	87	0	134	30	23	19	26	1.98
24752696--24752747	27	1.9	27	96	0	95	23	19	23	34	1.96
24756782--24756843	28	2.2	28	97	0	115	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24765408--24765436	8	3.6	8	100	0	58	24	0	0	75	0.80
24770111--24770484	42	8.9	42	89	2	507	33	20	21	23	1.97
24770806--24770855	21	2.4	21	79	0	64	2	46	18	34	1.60
24776493--24776597	25	4.2	25	76	11	106	32	2	19	45	1.65
24776504--24776754	9	28.8	9	70	12	157	31	3	20	45	1.67
24776899--24777034	53	2.6	53	83	4	193	45	5	11	38	1.62
24777002--24777053	13	4.0	13	92	0	77	42	1	9	46	1.47
24777123--24777868	100	7.5	99	89	3	937	48	4	7	39	1.53
24777123--24777868	199	3.7	199	89	3	1035	48	4	7	39	1.53
24777123--24777832	299	2.4	300	91	4	1112	48	4	8	39	1.53
24777592--24777737	46	3.1	41	67	29	112	48	4	6	40	1.49
24778334--24778420	7	12.3	7	82	2	111	70	11	13	4	1.32
24778334--24778420	21	4.1	21	86	1	129	70	11	13	4	1.32
24778354--24778435	14	5.8	14	85	1	65	71	9	12	6	1.29
24778424--24778467	18	2.4	19	84	3	54	56	13	15	13	1.67
24779750--24780135	198	1.9	198	89	1	603	33	19	17	29	1.95
24780542--24780633	47	2.0	47	82	0	112	46	4	7	41	1.52
24780630--24780670	18	2.3	18	91	4	66	12	4	0	82	0.81
24780707--24780733	14	1.9	14	100	0	54	44	7	0	48	1.31
24780961--24781064	7	14.9	7	84	4	120	29	49	0	20	1.56
24781163--24781206	7	6.6	7	84	10	65	34	50	0	15	1.45
24781141--24781206	33	2.0	33	84	0	87	34	45	0	19	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24781163--24781201	12	3.1	12	89	10	60	33	51	0	15	1.44
24781594--24781811	114	1.9	113	79	8	246	30	22	15	31	1.95
24781747--24781886	74	1.9	75	88	4	212	29	22	17	30	1.97
24781621--24782021	188	2.1	188	91	0	640	30	22	15	31	1.95
24781803--24782400	227	2.6	227	89	3	882	29	20	16	33	1.95
24781807--24782405	114	5.3	113	73	9	540	29	21	16	33	1.95
24786572--24786605	17	2.0	17	94	0	59	58	14	11	14	1.63
24791800--24791846	21	2.2	21	81	7	60	14	17	29	38	1.89
24795562--24795831	27	10.0	27	80	7	246	21	15	20	42	1.89
24795564--24795831	81	3.3	81	82	4	310	20	15	20	42	1.89
24797256--24797288	17	2.0	16	94	5	57	18	27	12	42	1.85
24797902--24797967	34	1.9	34	82	11	82	27	22	25	24	2.00
24798433--24798827	27	14.4	27	81	6	438	19	17	18	43	1.88
24799522--24799569	24	2.0	25	87	4	71	22	43	0	33	1.54
24800012--24800074	28	2.2	28	83	5	74	20	47	17	14	1.82
24800023--24800076	28	1.9	28	88	0	81	18	50	16	14	1.79
24802738--24802767	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
24809949--24809987	14	2.8	14	84	0	51	41	7	17	33	1.79
24810578--24810641	26	2.3	29	79	15	73	53	0	0	46	1.00
24810584--24810644	19	3.2	19	80	19	65	50	0	0	49	1.00
24821196--24821245	25	2.0	25	96	0	91	28	22	32	18	1.97
24824679--24825062	189	2.0	189	89	1	581	34	14	20	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24828998--24829024	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
24836687--24836722	15	2.4	15	85	0	54	66	2	0	30	1.06
24836865--24836901	18	2.1	18	89	0	56	48	10	10	29	1.72
24837785--24837821	9	4.1	9	85	0	56	29	13	13	43	1.82
24837876--24837906	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
24838058--24838101	17	2.7	16	75	6	52	27	29	0	43	1.55
24839186--24839222	18	2.1	18	100	0	74	56	0	5	37	1.22
24850532--24850566	15	2.4	15	90	4	54	48	0	8	42	1.33
24857023--24857093	7	9.9	7	74	17	56	22	5	1	70	1.16
24857921--24858111	101	1.9	100	80	8	226	27	16	26	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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