Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_154 ID=scaffold_154-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14284
ACGTcount: A:0.22, C:0.03, G:0.17, T:0.32
Warning! 3644 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:40 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1--370 Score: 431
Period size: 21 Copynumber: 17.6 Consensus size: 21
*
1 TTAGGGTTTCTAA-TTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
21 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* * * *
42 TTAGTGATTTTAATTTAAGAG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
63 TTAGGGTTTTTAA-TTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
83 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
*
104 TTTAGAG-TTTTAAGTTAAGGG
1 -TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
125 TTAGGGTGTTTAAGTTAAGGT
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
146 TTAAGGTTTTTAATTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
167 TTAGGATTTTTAAGTTAAGAG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
188 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
209 TTTAGGGTTATTAAGTTAAGGT
1 -TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* * *
231 TTAGGGTTATTAAGCTAAGGT
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
252 TTAGGGCTTTTAATTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
*
273 TTAAGGTTTTTAAGTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
*
294 TTAGGGTTTTTATGTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
315 TTAGGGTTTTAAATTTAAGGG
1 TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
** * *
336 ATTAGCATTTTTATGCTAAGGG
1 -TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
* *
358 TTAGTGATTTTAA
1 TTAGGGTTTTTAA
371 TTTATNNNNN
Statistics
Matches: 296, Mismatches: 48, Indels: 11
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 36 0.12
21 221 0.75
22 39 0.13
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.28, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGG
Found at i:2048 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2016--2067 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
2006 TTAATTTAAT
* *
2016 GTTTAGGATTTTTAATTTAATGGTTAG
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
*
2043 GTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTT
2068 TAGAGTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
Found at i:2763 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 2716--2768 Score: 81
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
2706 TTTTTAATTA
2716 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
* *
2743 AGGGTTAGGGTTTTT-TGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
2769 TAAATTATAT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 10 0.42
27 14 0.58
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.36, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
Found at i:2802 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 2785--2817 Score: 59
Period size: 8 Copynumber: 4.2 Consensus size: 8
2775 ATATATTTAA
2785 TTAT-AAT
1 TTATAAAT
2792 TTATAAAT
1 TTATAAAT
2800 TTATAAAT
1 TTATAAAT
2808 TTATAAAT
1 TTATAAAT
2816 TT
1 TT
2818 TTAATAAGTC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
7 4 0.16
8 21 0.84
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (8 bp):
TTATAAAT
Found at i:2810 original size:16 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2785--2822 Score: 58
Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 15
2775 ATATATTTAA
2785 TTATAATTTATAAAT
1 TTATAATTTATAAAT
2800 TTATAAATTTATAAAT
1 TTAT-AATTTATAAAT
*
2816 TTTTAAT
1 TTATAAT
2823 AAGTCAAGGG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
15 7 0.33
16 14 0.67
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.00, T:0.55
Consensus pattern (15 bp):
TTATAATTTATAAAT
Found at i:3381 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 3332--3386 Score: 94
Period size: 28 Copynumber: 2.0 Consensus size: 28
3322 TTTTTAATTA
3332 AGGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGGTT
*
3360 AGGGTTAGGGTTTTTT-TGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGGTT
3387 TAAGGTTTGT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 1
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
27 11 0.42
28 15 0.58
ACGTcount: A:0.18, C:0.00, G:0.35, T:0.47
Consensus pattern (28 bp):
AGGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGGTT
Found at i:3386 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 1873--3365 Score: 1253
Period size: 21 Copynumber: 70.2 Consensus size: 21
1863 AAAACCTTAA
*
1873 GGTTTTTAAGTTAAGAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GGTTAG
*
1895 GGTTTTTTAAGTTAAGGTTTTAG
1 GG-TTTTTAAGTTAAGG-GTTAG
1918 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
1939 GG-TATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
1959 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
1980 GGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2001 GGTTTTTAATTTAATGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
2022 GATTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA--G---GG-TTAG
*
2049 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAG
* * *
2071 AGTATAATTTTA-TTATGGGTTTAG
1 GGT-T--TTTAAGTTAAGGG-TTAG
*
2095 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
2116 GGTTTTT-AGTTTAGGGTTTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
2137 GGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
***
2159 GGTTTTTAAGTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
2180 GGTTTGTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2201 AGTTTTTAAGTTAGGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2222 GGTTTTTAAGTTAAGGGCTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
2244 TGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2265 GGTTATGAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2286 GGTTTTTAATTTAAGTGG-TAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GGTTAG
* *
2307 GGTTTTAAAGTTATGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2328 GGTTTTTAATTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* ***
2349 GGTTTTTAATTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2370 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2390 GG-TTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2410 TGATTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2431 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2451 TGTTTTTATGTTATGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2472 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
*
2494 GG-TTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2514 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2535 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
2556 GATTTTTAAGTTAAGAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2577 GGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* * *
2599 TGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2620 GGTTTTAAATTTAAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2641 GGTTTTTAAGTTAACGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
2662 CGTCTTTAAGTTAAGGGTGAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * *
2683 GATTTTTAATTTAATGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2704 AGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2724 GATTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
**
2745 GGTTAGGGTTTTTTGTTAAGGGTTTA-
1 GG-T----TTTTAAGTTAAGGG-TTAG
** * * *
2771 -AATTATATATTTAA---TTAT
1 GGTTTTTA-AGTTAAGGGTTAG
** * * *** *
2789 AATTTATAAATTTATAAATTTATAA
1 GGTTT-TTAA-GT-TAAGGGT-TAG
** *
2814 ATTTTTAATAAGTCAAGGGTTTAG
1 GGTTTT--TAAGTTAAGGG-TTAG
* *
2838 GGTTTTTAATTTATGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2859 GGTCTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
2880 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
2902 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
2923 GGTTTTTAATTTAAGGGTTCG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2944 GG-TTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
2964 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAG
*
2986 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * * *
3007 AGTTATTAACTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
3028 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
3049 GGTTTTTAAGTTAATGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
3070 GGTTTGTAA-TTAAGGGGTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
3090 TGTTTTTAAGTTAAGGGTTAC
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
3111 GATTTTTCAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
3132 GGTTTTTAATTTAAGGTTTA-
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
3152 AGATTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAG
*
3174 GG-TTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
3194 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
3215 GGTTTTTAATTTAAGAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
3236 GATTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
** *
3257 GG-TTTTAAGGCAAGGATTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-GTTAG
* *
3278 GGTTTTAAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
3299 AGTTATTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
3320 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
3340 GATTTTTTATGTTAAGGGTTAG
1 G-GTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
3362 GGTT
1 GGTT
3366 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 1201, Mismatches: 213, Indels: 115
0.79 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 3 0.00
19 10 0.01
20 172 0.14
21 755 0.63
22 170 0.14
23 26 0.02
24 18 0.01
25 12 0.01
26 16 0.01
27 17 0.01
28 2 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
Found at i:3393 original size:28 final size:28
Alignment explanation
Indices: 3329--3393 Score: 87
Period size: 28 Copynumber: 2.3 Consensus size: 28
3319 GGGTTTTTAA
3329 TTAAGGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGG
1 TTAA-GGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGG
* *
3358 TTAGGGTTAGGGTTTTTT-TGTTAAGGG
1 TTAAGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGG
3385 TTTAAGGTT
1 -TTAAGGTT
3394 TGTCAATTAA
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 3
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 9 0.28
28 20 0.62
29 3 0.09
ACGTcount: A:0.20, C:0.00, G:0.32, T:0.48
Consensus pattern (28 bp):
TTAAGGTTAGGATTTTTTATGTTAAGGG
Found at i:3839 original size:112 final size:114
Alignment explanation
Indices: 3617--3885 Score: 443
Period size: 112 Copynumber: 2.4 Consensus size: 114
3607 AAATTATATT
* *
3617 TGTAAAATTATTAATTGATTAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTAT
1 TGTAAAATTATTAACT-AATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTAT
* *
3682 TAATTGTTAGTGCAAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACTTTATGTGAA
65 TAATTGTTAGTACAAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAA
*
3732 TGTAAAATTATTAACTAATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCGAATTATATC-AA-TATT
1 TGTAAAATTATTAACTAATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATT
* *
3795 AATTGTTAGTACTAGTCAAAACATTTTTCTAAATCTAACATTATGTGAA
66 AATTGTTAGTACAAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAA
*
3844 TGTAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
1 TGTAAAATTATTAACTAATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
3886 ACCTCAAGGT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 8, Indels: 3
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
112 90 0.62
113 2 0.01
114 39 0.27
115 15 0.10
ACGTcount: A:0.41, C:0.07, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (114 bp):
TGTAAAATTATTAACTAATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATT
AATTGTTAGTACAAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAA
Found at i:3932 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 3893--4598 Score: 655
Period size: 21 Copynumber: 33.2 Consensus size: 21
3883 AAAACCTCAA
3893 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAG
3915 GGTTTTTAAGTTAAGG-TTA-
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
3934 GGTTTTTAAGTTAAAAG-TTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGTTTAG
* *
3955 GATTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
3976 GGTTTTTAATTTAACGG-TTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAG
*
3997 GGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
4018 GGTTTTTAATTTAATGTTTAC
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
4039 GATTTTTAATTTAATGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4060 GATTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-A-----AGGTTTAG
4087 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGTTTAG
* *
4109 TGTATAATTTTA-TTAAGGGTTT-G
1 GGT-T--TTTAAGTTAA-GGTTTAG
* *
4132 GTTTTTTAAGTTTAGTGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTTAG
**
4154 GGTTTTTAAGTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
4175 GGTTTGTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * ** *
4196 AGTTTTTATGTTAAGGGGTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
4217 GGTTTTTAAGTTAAGGGCTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAG
*
4239 TGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4260 GGTTTTTAATTTAA-GTGGTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGT-TTAG
* *
4281 GGTTTTAAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4302 GGTTTTTAATTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
4323 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
4343 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
4364 TG-TTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
4384 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4404 GGTTTTTAAGTTATGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
4425 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAG
4447 GG-TTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4467 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
4488 GGTTTTTAATTTAAAGG-TTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGTTTAG
*
4509 GATTTTTAAGTTAAGAG-TTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTTAG
* *
4530 GGTTTTTAAGTTTAGGGTGTAG
1 GGTTTTTAAG-TTAAGGTTTAG
* *
4552 TGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
4573 GGTTATTAAGTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
4594 GGTTT
1 GGTTT
4599 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 78, Indels: 61
0.81 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
19 12 0.02
20 89 0.15
21 354 0.61
22 86 0.15
23 5 0.01
24 7 0.01
25 4 0.01
27 19 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
Found at i:4086 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4054--4105 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
4044 TTAATTTAAT
* *
4054 GTTTAGGATTTTTAATTTAATGGTTAG
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
*
4081 GTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTT
4106 TAGTGTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
Found at i:4729 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 4699--5240 Score: 564
Period size: 21 Copynumber: 25.9 Consensus size: 21
4689 NNNNNNNNNN
*
4699 TAAGTTAAGGTTTAAGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
4720 TTATTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
4741 TAAGTTAATGG-TTAGGGTTTT
1 TAAGTTAA-GGTTTAGGGTTTT
* *
4762 TAATTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
4783 TAA-TTAAGGGTGTT---GTTTT
1 TAAGTTAA-GGT-TTAGGGTTTT
* * *
4802 TAAGTTAAGGGTTACGATTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
4823 TCAA-TTAAGGTTTCA-GGTTTT
1 T-AAGTTAAGGTTT-AGGGTTTT
* *
4844 TAATTTAAGGTTTAGGGGTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
*
4865 TAAGTTATGGGTTTAGGG-TTT
1 TAAGTTA-AGGTTTAGGGTTTT
*
4886 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTGT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
4907 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
4928 TAATTTAAGGATTAGGATTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
*
4949 TAAGTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
4970 TAAGGTAAGGGATTAGGGGTTT
1 TAAGTTAA-GGTTTAGGGTTTT
*
4992 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTAT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
*
5013 TAAGTTAGGGTTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* *
5034 TAATTTAAGCG-TTAAGGTTTT
1 TAAGTTAAG-GTTTAGGGTTTT
*
5055 TAAGTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* *
5076 TAAGTTAAGGTTTAGAGTTAT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
*
5097 TAACTTAAGGTTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
5118 TAATTTAAGGGTTAAGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
*
5139 TAAGTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* *
5160 TAAGTAAAGGTTTAGAGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
5181 AAATTTAAGGGTTAGGGTTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* * *
5202 TAA-TTAAGGGTTATGATTTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
* *
5222 GAAGTTAAGGGTTAGGGTT
1 TAAGTTAAGGTTTAGGGTT
5241 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 440, Mismatches: 63, Indels: 36
0.82 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.00
19 10 0.02
20 40 0.09
21 353 0.80
22 35 0.08
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.28, T:0.45
Consensus pattern (21 bp):
TAAGTTAAGGTTTAGGGTTTT
Found at i:5715 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 5514--5761 Score: 424
Period size: 114 Copynumber: 2.2 Consensus size: 114
5504 ATTGATAAAA
*
5514 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAACTATATCAAATTATTAATTGTTAGTACCAGTCAAAAC
1 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAACTATATCAAATTATTAATTGTCAGTACCAGTCAAAAC
* * *
5579 ATTTTTCCAAATCTAACTTTATGTGAATGTAAAATTATTAACTAATAAT
66 ATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTAAAATTAATAACTAATAAC
* * *
5628 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCGAATTATATCAAATTATTAATTGTCAGTACTAGTCAAAAC
1 TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAACTATATCAAATTATTAATTGTCAGTACCAGTCAAAAC
*
5693 ATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTAAAATTAATAACTGATAAC
66 ATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTAAAATTAATAACTAATAAC
5742 TGTATTAATGGTTAGTAAAA
1 TGTATTAATGGTTAGTAAAA
5762 ACCTCAAGGT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 8, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
114 126 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (114 bp):
TGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAACTATATCAAATTATTAATTGTCAGTACCAGTCAAAAC
ATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTAAAATTAATAACTAATAAC
Found at i:5853 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 5769--6434 Score: 448
Period size: 21 Copynumber: 31.1 Consensus size: 20
5759 AAAACCTCAA
5769 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GG-TTAG
5791 GGTTTTTTAAGTTAAGGTTTTAG
1 GG-TTTTTAAGTTAAGG--TTAG
5814 TGG-TTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 -GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
*
5835 GGTTTAATAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTT-TTAAGTTAAGG-TTAG
*
5857 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* *
5878 TGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-TTAG
*
5899 GGTTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-A-----AGG-TTAG
5926 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGG-TTAG
* *
5948 GGTATAATTTTA-TTAAGGGTTTG
1 GGT-T--TTTAAGTTAA-GGTTAG
*
5971 GGTTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GG-TTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* *
5993 TGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-
1 GGTTTTTAAG-TTAAGG-TTAG
* **
6014 -GTGTTTAAGTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGTTAG
* * *
6034 TGTTTATAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* * *
6055 AGTTTTTAAGTTTAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAG-TTAAGGTTAG
6076 GGTTTTTAAGTTAAGGGCTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GG-TTAG
* *
6098 TGTTTTTAAGTTAAGATTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTAG
*
6119 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-TTAG
* *
6140 GGTTTTTAATTTAAGTGGTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTAG
* *
6161 AG-TTTTAAATTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* *
6181 GGTTTTTAATTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGTTAG
* *
6202 GGTTTCTAA-TTAAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
6222 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* * * *
6243 TGATTTTAATTTCAGAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTAG
6264 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
6284 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GG-TTAG
*
6306 AG-TTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
* *
6326 GGTGTTTAAGTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-TTAG
*
6347 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTAG
*
6368 GATTTTTAAGTTAAGAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GTTAG
*
6389 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTGG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GG-TTAG
*
6411 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-TTAG
6432 GGT
1 GGT
6435 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 527, Mismatches: 69, Indels: 97
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 7 0.01
20 73 0.14
21 278 0.53
22 109 0.21
23 28 0.05
24 7 0.01
25 4 0.01
27 21 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.27, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGTTAG
Found at i:5892 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 5769--6434 Score: 612
Period size: 42 Copynumber: 15.6 Consensus size: 42
5759 AAAACCTCAA
5769 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGGTTTTTTAAGTTAAGGTTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGG-TTTTTAAGTTAAGG-TTTAG
*
5814 TGG-TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTAATAAGTTAAGGTTTAG
1 -GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTT-TTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
5857 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAGTGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
*
5899 GGTTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA--G---GG-TTAGGGTTTTTAAGTT-AAGGTTTAG
* * * *
5948 GGTATAATTTTA-TTAAGGGTTTGGGTTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGT-T--TTTAAGTTAAGGGTTAGGG-TTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * **
5993 TGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA--GTGTTTAAGTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * * * * *
6034 TGTTTATAATTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
6076 GGTTTTTAAGTTAAGGGCTTAGTGTTTTTAAGTTAAGATTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * *
6119 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGGTTTTTAATTTAA-GTGGTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGT-TTAG
* * * *
6161 AG-TTTTAAATTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
6202 GGTTTCTAA-TTAAGGGTTAAGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * * * *
6243 TGATTTTAATTTCAGAGTTAGGGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
6284 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGAG-TTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * * *
6326 GGTGTTTAAGTTAAGGTTTAAGGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * *
6368 GATTTTTAAGTTAAGAGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTTGG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAG
* *
6411 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGGT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
6435 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 511, Mismatches: 83, Indels: 55
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 3 0.01
41 129 0.25
42 184 0.36
43 95 0.19
44 20 0.04
45 29 0.06
46 13 0.03
47 2 0.00
48 14 0.03
49 13 0.03
50 1 0.00
51 4 0.01
52 4 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.27, T:0.47
Consensus pattern (42 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
Found at i:5921 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 5891--5944 Score: 90
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
5881 TTTTAATTTA
* *
5891 AGGTTTAGGGTTTTTAATTTAATGGTT
1 AGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
5918 AGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
1 AGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
5945 TAGGGTATAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 2, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 25 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.48
Consensus pattern (27 bp):
AGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
Found at i:6063 original size:62 final size:63
Alignment explanation
Indices: 5960--6431 Score: 359
Period size: 62 Copynumber: 7.5 Consensus size: 63
5950 TATAATTTTA
* * *
5960 TTAAGGGTTTGGGTTTTTTAATTTAAGGGTTAGTGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-GTGTTTAAG
1 TTAAGGGTTTAGG-TTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGTGTTTAAG
** * * * *
6023 TTAA-ATTTTAGTGTTTATAATTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTAAGGTTTTTAAG
1 TTAAGGGTTTAG-GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGTGTTTAAG
* ** * * * * *
6086 TTAAGGGCTTAGTGTTTTTAAGTTAAGATTTAGGGTTATTAAG-TTAAGGTTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAAGGGTTTAG-GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-GGTGTTTAAG
* * **
6150 TTAAGTGG--TAGAG-TTTTAAATTAAGGGTTAGGGTTTTTAA-TTTAAAGTTTAGG-GTTTCTA
1 TTAAG-GGTTTAG-GTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGTG-TT-TA
6210 A-
62 AG
* * * * *
6211 TTAAGGGTTAAGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGTGATTTTAA-TTTCAGAG-TTAGGGTTTTTAA-
1 TTAAGGGTTTAGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTT-AGGGTTTA-GGTGTTTAAG
*
6273 TTAAGGG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGAG-TTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTGTTTAA
1 TTAAGGGTTTA-GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTA-GGTGTTTAA
6335 G
63 G
* * * *
6336 TTAA-GGTTTAAGGTTTTTAATTTAAGGGTTAG-GATTTTTAAGTTAAGAG-TTAGGGTTTTTAA
1 TTAAGGGTTT-AGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAG-TTTTTAAGTTTAGGGTTTA-GGTGTTTAA
6398 G
63 G
* * *
6399 TTAAGGGTTTGGGGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 TTAAGGGTTT-AGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
6432 GGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 341, Mismatches: 45, Indels: 45
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
60 2 0.01
61 13 0.04
62 162 0.48
63 95 0.28
64 67 0.20
65 2 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (63 bp):
TTAAGGGTTTAGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGAGTTTTTAAGTTTAGGGTTTAGGTGTTTAAG
Found at i:6607 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6581--6834 Score: 276
Period size: 21 Copynumber: 12.1 Consensus size: 21
6571 NNNNNTGGGT
* *
6581 TTTTTAAATTAAGGTTTAGGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* **
6602 TTTTTAAGTTATGGGTTATTG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
6623 TTTTTATGTTAAGGTTTAGGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* * *
6644 TTATTAAGTTAAGGTTTAAGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
6665 TTTTTAATTTAAGGGTTAGGA
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
6686 TTTTTAAGTTAAGAGTTAGGA
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
6707 TTTTTAAGTTTAGGGTTTAGTG
1 TTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGG
* *
6729 TTATTAAGTTAAGGTTTAGGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
6750 TTATTAAGTTAAGGGTTAAGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* * *
6771 TTTTAAATTTAAGGGTTAGAG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
*
6792 TTTTTAA-TTAAGGGTTAGGA
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
6812 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
1 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
6833 TT
1 TT
6835 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 192, Mismatches: 39, Indels: 4
0.82 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
20 18 0.09
21 158 0.82
22 16 0.08
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
Found at i:6769 original size:106 final size:104
Alignment explanation
Indices: 6581--6828 Score: 349
Period size: 106 Copynumber: 2.3 Consensus size: 104
6571 NNNNNTGGGT
* * * *
6581 TTTTTAAATTAAGGTTTAGGGTTTTTAAG-TTATGGG-TTATTGTTTTTATGTTAAGGTTTAGGG
1 TTTTT-AATTAAGG-TTAGGATTTTTAAGTTTA-GGGTTTAGTGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGG
* *
6644 TTATTAAGTTAAGGTTTAAGGTTTTTAATTTAAGGGTTAG-G
63 TTATTAAGTTAAGGGTTAAGGTTTTAAATTTAAGGGTTAGAG
6685 ATTTTTAAGTTAAGAGTTAGGATTTTTAAGTTTAGGGTTTAGTGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGG
1 -TTTTTAA-TTAAG-GTTAGGATTTTTAAGTTTAGGGTTTAGTGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGG
6750 TTATTAAGTTAAGGGTTAAGGTTTTAAATTTAAGGGTTAGAG
63 TTATTAAGTTAAGGGTTAAGGTTTTAAATTTAAGGGTTAGAG
*
6792 TTTTTAATTAAGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
1 TTTTTAATTAA-GGTTAGGATTTTTAAGTTTAGGGTT
6829 AGGGTTAGGG
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 7, Indels: 12
0.87 0.05 0.08
Matches are distributed among these distances:
104 2 0.02
105 53 0.41
106 74 0.57
107 1 0.01
ACGTcount: A:0.27, C:0.00, G:0.25, T:0.47
Consensus pattern (104 bp):
TTTTTAATTAAGGTTAGGATTTTTAAGTTTAGGGTTTAGTGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGGTTA
TTAAGTTAAGGGTTAAGGTTTTAAATTTAAGGGTTAGAG
Found at i:6849 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 6802--6854 Score: 81
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
6792 TTTTTAATTA
6802 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
* *
6829 AGGGTTAGGGTTTTT-TGTTAAGGGTT
1 AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
6855 TAAGGCTTGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
26 10 0.42
27 14 0.58
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.36, T:0.43
Consensus pattern (27 bp):
AGGGTTAGGATTTTTAAGTTAAGGGTT
Found at i:7160 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 7131--7422 Score: 247
Period size: 21 Copynumber: 14.0 Consensus size: 22
7121 NNNNNNNNNN
*
7131 AAGGG-TTAGTGTTTTTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* * *
7152 AATGG-TTAGGGTTTTAAATTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
*
7173 AAGGG-TGAGGGTTTTTAA-TT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* **
7193 AAGGG-GTATTG-TTTTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* * *
7213 AAGGG-TTACGATTTTTTAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* * *
7234 AA-GGTTTACGATTTTTAATTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
*
7255 AA-GGTTTAGGGTTTTTAAGCT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
7276 AAGGGTTTAGGG-TTTTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* * * *
7297 -ATGGTTTAGGATTATTATGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
*
7318 AA-GGTTTAGGGTTTTTAATTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
* *
7339 AAGGG-TTAGGATTATTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
**
7360 AAGGG--TAGGGTTTTTAAGGC
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
7380 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
*
7402 AA-GGTTTAGGGTTATTAAGTT
1 AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
7423 TTTAATTAAG
Statistics
Matches: 221, Mismatches: 41, Indels: 18
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 6 0.03
20 45 0.20
21 143 0.65
22 27 0.12
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.28, T:0.45
Consensus pattern (22 bp):
AAGGGTTTAGGGTTTTTAAGTT
Found at i:8141 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 7806--8120 Score: 339
Period size: 21 Copynumber: 15.0 Consensus size: 21
7796 AGGGGTATTG
* *
7806 TTTTAAGTTAAGGGTTACGAT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* * *
7827 TTTTTAGTTAAGGTTTATGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* *
7848 TTTTAATTTAAGGTTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
*
7869 TTTTAAGCTAAGGGTTTAGGG-
1 TTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGT
**
7890 TTTTAAGTTAAGATTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* *
7911 TTTTAATTTAAGGGTTAGGAT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
*
7932 TATTAAGTTAAGGG-TAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
**
7952 TTTTAAGGCAAGGGTTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGT
* *
7974 TATTAAGTTAAGGTTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* * *
7995 TTTTAATTTAAGTGTTAAGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
8016 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* * *
8037 TTTTAAGCTAAGGTTTAGAGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* *
8058 TTTAAATTTAAGGGTTAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
*
8079 TTTTAA-TTAAGGGTTAGGAT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
* *
8099 TTTGAAGTTAAGGGTCAGGGT
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
8120 T
1 T
8121 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 241, Mismatches: 48, Indels: 10
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 40 0.17
21 179 0.74
22 22 0.09
ACGTcount: A:0.26, C:0.02, G:0.28, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
TTTTAAGTTAAGGGTTAGGGT
Found at i:8680 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 8654--8849 Score: 177
Period size: 21 Copynumber: 9.0 Consensus size: 21
8644 ACCTTAAGGT
8654 TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
1 TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
*
8675 TTTTAAGTTAAGGTTTTAGGG
1 TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
*
8696 TTTTAAGTT-AGGGGTTAGGG
1 TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
8716 TTATTAAGTTAA-GGTTTAGGG
1 TT-TTAAGTTAAGGGTTTAGGG
*
8737 TTTTTAATTTAAGGG-TTAGGG
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
*
8758 TTTTTAATTTAA-GGTTTAGGG
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
* * *
8779 TTTTTAATTTAA-TGTTTAGGAT
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTTAGG-G
*
8801 TTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAGGG
1 TTTTAAGTTAA--G---GGTTTAGGG
*
8827 TTTTTAAGTTAAAGGTTTAGGG
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
8849 T
1 T
8850 ATAATTTTAT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 11, Indels: 26
0.80 0.06 0.14
Matches are distributed among these distances:
20 13 0.09
21 107 0.71
22 14 0.09
27 17 0.11
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.48
Consensus pattern (21 bp):
TTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG
Found at i:8742 original size:63 final size:64
Alignment explanation
Indices: 8651--8849 Score: 224
Period size: 63 Copynumber: 3.0 Consensus size: 64
8641 AAAACCTTAA
* *
8651 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG-TTTTAAGTTAAGGTTTTAGGG-TTTTAAGTTAGGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGTTTAGGGTTTTTAATTTAAGGTTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * *
8714 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAGGGTTTTTAATTTAAGG-GTTAGGGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAGGGTTTTTAATTTAAGGTTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
8777 GGTTTTTAATTTAATGTTTAGGATTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAGGGTTTTTAATTTAA-GG-T---TTTAGGGTTTTTAAGTT-AAGG
*
8842 TTTAG
60 GTTAG
8847 GGT
1 GGT
8850 ATAATTTTAT
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 12, Indels: 11
0.83 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
62 15 0.13
63 71 0.62
64 2 0.02
69 15 0.13
70 12 0.10
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.48
Consensus pattern (64 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAGGGTTTTTAATTTAAGGTTTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
Found at i:8783 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 8651--8849 Score: 213
Period size: 42 Copynumber: 4.6 Consensus size: 42
8641 AAAACCTTAA
8651 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAGGG-TTTTAAGTTAAGGTTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAGG-TTTAG
* *
8694 GG-TTTTAAGTTAGGGGTTAGGGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* *
8735 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
* * * * *
8777 GGTTTTTAATTTAATGTTTAGGATTTTTAATTTAATGGTTAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTT-A-----AGGTTTAG
*
8825 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAGGGT
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAGGGT
8850 ATAATTTTAT
Statistics
Matches: 135, Mismatches: 12, Indels: 12
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
41 13 0.10
42 90 0.67
43 3 0.02
48 19 0.14
49 10 0.07
ACGTcount: A:0.24, C:0.00, G:0.28, T:0.48
Consensus pattern (42 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
Found at i:8847 original size:28 final size:27
Alignment explanation
Indices: 8792--8843 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
8782 TTAATTTAAT
* *
8792 GTTTAGGATTTTTAATTTAATGGTTAG
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
*
8819 GTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
1 GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTT
8844 TAGGGTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.00, G:0.25, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
GTTTAGGATTTTTAAGTTAAAGGTTAG
Found at i:10461 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 9930--10440 Score: 521
Period size: 21 Copynumber: 24.5 Consensus size: 21
9920 NNNNNNNNNN
*
9930 GGTTAGGG-TTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
*
9950 GGTTAAGGTTTTTAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
9971 TGTTTAGGGGTTTTAAGTTAAG
1 -GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* * * *
9993 GTTTAGAGTTATTAAGTTATG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* * *
10014 GTTTAAGG-TTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10034 GGTTAGTGTTTTTAAGTTAAT
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10055 GGTTAGGGTTTTAAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
*
10076 GGTGAGGGTTTTTAA-TTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* **
10096 GGGTATTGTTTTTAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* * * *
10117 GGTGACGATTTTTTAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* * *
10138 GTTTACGGTTTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10159 GTTTAGGGTTTTTAAGCTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
10180 GGTTTAGGG-TTTTAAGTTAAG
1 GG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10201 GTTTAGGGTTATTAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
** *
10222 ATTTAGGGTTTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10243 GGTTAGGATTATTAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
**
10264 GG-TAGGGTTTTTAAGGCAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
*
10284 GGTTTAGGGTTATTAAGTTAAG
1 GG-TTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10306 GTTTAGGGTTTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10327 GGTTAAGGTTTTTAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
10348 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* * *
10369 GGTTAGAGTTTTAAATTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
*
10390 GGTTAGGATTTTTAA-TTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
* *
10410 GGTTAGGATTTTGAAGTTAAG
1 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
10431 GGTTAGGGTT
1 GGTTAGGGTT
10441 AGGGTTTTTT
Statistics
Matches: 405, Mismatches: 77, Indels: 17
0.81 0.15 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 78 0.19
21 287 0.71
22 40 0.10
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.28, T:0.44
Consensus pattern (21 bp):
GGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
Found at i:11055 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 10971--12484 Score: 1314
Period size: 21 Copynumber: 70.7 Consensus size: 21
10961 AAAACCTCAA
10971 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
*
10993 GGTTTTTTAAGTTAAGGTTTTAG
1 GG-TTTTTAAGTTAAGG-GTTAG
11016 TGG-TTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 -GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
11037 GGTTTAATAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTT-TTAAGTTAAGGGTTAG
*
11059 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * *
11080 TGTTTTTAATTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11101 GGTTTTTAATTTAATGGTTACGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GG----G-TTAG
*
11128 GGTTTTTAAGTTAAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTT-AAGGGTTAG
*
11150 GGTATAATTTTA-TTAAGGGTTTAG
1 GGT-T--TTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
11174 GGTTTTAAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11195 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTTG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
11215 GTTTTTTAAGTTTAGTGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GGTTAG
***
11237 GGTTTTTAAGTTAAATTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
11258 GGTTTGTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
11279 AGTTTTTACGTTAAGGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAA-GGGTTAG
11301 GGTTTTTAAGTTAAGGGCTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
11323 TGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
11344 AGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11365 GGTTTTTAATTTAAGTGG-TAG
1 GGTTTTTAAGTTAAG-GGTTAG
*
11386 GGTTTTAAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * *
11407 GGTTTTTTATTTAAAGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11428 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
11448 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
11469 TGATTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11490 GGTTTTTAA-TTAAGTGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11510 GGTTTTTAAGTTATGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11531 GGTTTTTAATTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
11553 GG-TTTTAGGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * *
11573 GGTTATTAAGTTATGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11594 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
11615 GATTATTAAGTTAAGAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
11636 GGTTTTTAGGTTATGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
11658 TGTTATTAAGTTAA-GGTTCAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTT-AG
* *
11679 GGTTATTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
11700 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
11721 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
11742 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11763 TG-TTTTAAGTTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAG-TTAAGGGTTAG
*
11784 AGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11804 GATTTTTAAGTTAAGGGTTAGGTTTG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTA-----G
**
11830 GGTTTTTTTTGTTAAGGGTTTAAG
1 GG-TTTTTAAGTTAAGGG-TT-AG
* * * ** *
11854 GCTTGTCAA-TTAA-AATATAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGT-TAG
** * *** *
11874 ATTTAATTATAATTTATAAATTTATA
1 GGTT--TT-TAAGTTA-AGGGTTA-G
** * * *
11900 AATTTTTAATAAGTCAAATGTTTAG
1 GGTTTTT---AAGT-TAAGGGTTAG
* * *
11925 GGTTTTTAATTTATGGGTCAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11946 TGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
11967 TGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* *
11989 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
12010 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12031 GG-TTTTAATTTAAGGGCTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
12051 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
*
12073 GGTTTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * * * *
12094 AGTTATTAAATTAAGGTTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
12115 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
**
12136 GGTTTTTAAGTTAATAGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12157 GGTTTTTAATTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12178 GGTCTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
12199 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAT
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12219 TGTTTTTAAGTTAAGGGTTAC
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12240 GGTTTTTCAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
*
12261 GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
12282 TGTTTTTAAATTAAGGCTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGG-GTTAG
*
12304 GG-TTTTAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
12324 GGTTATTAAGTTAATGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12345 GGATTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12366 GATTTTTAAGTTTAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* *
12387 GATTTTTAAGGTAAGGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGG-TTAG
* * *
12409 GGATTTCAAGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
* * *
12430 GGTTATTACGTTAAGGTTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
12451 GGTTTTTAA-TTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
12471 GGTTTTTAAGTTAA
1 GGTTTTTAAGTTAA
12485 TAGTTTAGGG
Statistics
Matches: 1218, Mismatches: 213, Indels: 123
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 158 0.13
21 751 0.62
22 199 0.16
23 30 0.02
24 18 0.01
25 12 0.01
26 15 0.01
27 30 0.02
28 4 0.00
29 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.26, T:0.47
Consensus pattern (21 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAG
Found at i:11125 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 11095--11146 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
11085 TTAATTTAAG
* *
11095 GTTTAAGGTTTTTAATTTAATGGTTAC
1 GTTTAAGGTTTTTAAGTTAAAGGTTAC
*
11122 GTTTAGGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
1 GTTTAAGGTTTTTAAGTTAAAGGTT
11147 TAGGGTATAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 3, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 22 1.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.02, G:0.23, T:0.50
Consensus pattern (27 bp):
GTTTAAGGTTTTTAAGTTAAAGGTTAC
Found at i:12517 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 12463--12523 Score: 79
Period size: 28 Copynumber: 2.2 Consensus size: 28
12453 TTTTTAATTA
*
12463 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAATAGTTT
1 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGAGTTT
* *
12491 AGGGTTAGGGTTTTT-TGTTAAGGGTTT
1 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGAGTTT
*
12518 AAGGTT
1 AGGGTT
12524 GGTCAATTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 4, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
27 14 0.48
28 15 0.52
ACGTcount: A:0.21, C:0.00, G:0.33, T:0.46
Consensus pattern (28 bp):
AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGAGTTT
Found at i:12775 original size:17 final size:16
Alignment explanation
Indices: 12736--12816 Score: 67
Period size: 17 Copynumber: 4.8 Consensus size: 16
12726 GTAATTGTAA
12736 AAAATTA-T-ATTTAT
1 AAAATTATTAATTTAT
12750 AAAATTATTAATTTAT
1 AAAATTATTAATTTAT
*
12766 AAATTGTATTAATGGTTAGT
1 AAAAT-TATTAAT--TTA-T
*
12786 AAAATTATCAAATTATAT
1 AAAATTAT-TAATT-TAT
*
12804 CAAATTATTAATT
1 AAAATTATTAATT
12817 GTTAGTACCT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 5, Indels: 13
0.75 0.07 0.18
Matches are distributed among these distances:
14 7 0.13
15 1 0.02
16 10 0.19
17 11 0.20
18 9 0.17
19 8 0.15
20 8 0.15
ACGTcount: A:0.47, C:0.02, G:0.05, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
AAAATTATTAATTTAT
Found at i:12967 original size:114 final size:114
Alignment explanation
Indices: 12749--13121 Score: 507
Period size: 114 Copynumber: 3.4 Consensus size: 114
12739 ATTATATTTA
* *
12749 TAAAATTATTAATTTATAAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTA
1 TAAAATTATTAACTGAT-AATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTA
* * * *
12814 ATTGTTAGTACCTGTCAAAACATTTTTCCAGGA-CTAACATTTTTTGAATG
65 ATTGTTAGTACCAGTCAAAACATTTTTCCA-AATCTAACATTATGTGAATG
*
12864 TAGAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTAA
1 TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTAA
* * * * *
12929 TTGTTAGTACGAGTCAGAACATTTTTCCAAATTTAACATTGTGTGAATT
66 TTGTTAGTACCAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATG
12978 TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAG------TA--AAA-T-TATCAAATTATTAA
1 TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTAA
* * * *
13033 TTGTTAGTGCCAGTCAAAAAAATTTTCCAAATCTAACATTATGTGACTG
66 TTGTTAGTACCAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATG
13082 TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
1 TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
13122 ACCTTAAGGT
Statistics
Matches: 231, Mismatches: 21, Indels: 18
0.86 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
104 89 0.39
105 1 0.00
106 3 0.01
108 2 0.01
113 1 0.00
114 121 0.52
115 14 0.06
ACGTcount: A:0.40, C:0.08, G:0.11, T:0.41
Consensus pattern (114 bp):
TAAAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAATTATCAAATTATATCAAATTATTAA
TTGTTAGTACCAGTCAAAACATTTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATG
Found at i:13048 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 12915--13121 Score: 333
Period size: 104 Copynumber: 2.0 Consensus size: 104
12905 TATCAAATTA
* * * * * * *
12915 TATCAAATTATTAATTGTTAGTACGAGTCAGAACATTTTTCCAAATTTAACATTGTGTGAATTTA
1 TATCAAATTATTAATTGTTAGTACCAGTCAAAAAAATTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTA
12980 AAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAAT
66 AAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAAT
* *
13019 TATCAAATTATTAATTGTTAGTGCCAGTCAAAAAAATTTTCCAAATCTAACATTATGTGACTGTA
1 TATCAAATTATTAATTGTTAGTACCAGTCAAAAAAATTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTA
13084 AAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
66 AAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAA
13122 ACCTTAAGGT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 9, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
104 94 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.09, G:0.12, T:0.40
Consensus pattern (104 bp):
TATCAAATTATTAATTGTTAGTACCAGTCAAAAAAATTTTCCAAATCTAACATTATGTGAATGTA
AAATTATTAACTGATAATTGTATTAATGGTTAGTAAAAT
Found at i:13158 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 13132--13255 Score: 122
Period size: 21 Copynumber: 6.0 Consensus size: 20
13122 ACCTTAAGGT
**
13132 TTTTAAGTTAATGATTTAGGG
1 TTTTAAGTTAA-GGGTTAGGG
13153 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* ** *
13173 TTATTAAGCTAAGATTTAGGTT
1 TT-TTAAGTTAAGGGTTAGG-G
*
13195 TTTTAATTTAAGGGTTAGGG
1 TTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
13215 TTTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
* *
13236 TTTTTAATTTAATGGTTAGG
1 -TTTTAAGTTAAGGGTTAGG
13256 TTTACGGTTT
Statistics
Matches: 86, Mismatches: 14, Indels: 6
0.81 0.13 0.06
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.10
21 75 0.87
22 2 0.02
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.27, T:0.46
Consensus pattern (20 bp):
TTTTAAGTTAAGGGTTAGGG
Found at i:13199 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 13129--13255 Score: 164
Period size: 42 Copynumber: 3.0 Consensus size: 41
13119 AAAACCTTAA
* *
13129 GGTTTTTAAGTTAATGATTTAGGGTTTTAAGTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAA-GATTTAGGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
* *
13171 GGTTATTAAGCTAAGATTTAGGTTTTTTAATTTAAGGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGATTTAGG-TTTTTAATTTAAGGGTTAG
** *
13213 GGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTAATTTAATGGTTAG
1 GGTTTTTAAGTTAAGATTTA-GGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
13255 G
1 G
13256 TTTACGGTTT
Statistics
Matches: 74, Mismatches: 9, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 8 0.11
42 64 0.86
43 2 0.03
ACGTcount: A:0.26, C:0.01, G:0.28, T:0.46
Consensus pattern (41 bp):
GGTTTTTAAGTTAAGATTTAGGTTTTTAATTTAAGGGTTAG
Found at i:13235 original size:27 final size:25
Alignment explanation
Indices: 13205--13274 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
13195 TTTTAATTTA
13205 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTT-A---
1 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGTT
*
13226 AGGGTTAGGGTTTTTAATTTAATGGTT
1 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GTT
* *
13253 AGGTTTACGGTTTTTAAGTTAA
1 AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA
13275 AGGTTTAGGG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 6
0.80 0.08 0.12
Matches are distributed among these distances:
21 19 0.49
22 1 0.03
27 19 0.49
ACGTcount: A:0.24, C:0.01, G:0.29, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
AGGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGTT
Done.