genome.fa.s18.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: scaffold_19 ID=scaffold_19-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  140400

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2538--3011	236	2.0	236	98	0	921	43	11	16	28	1.83
5595--5644	3	16.7	3	100	0	100	68	0	32	0	0.90
20087--20129	22	2.0	22	90	0	68	32	0	0	67	0.91
20629--20682	14	3.9	15	80	9	53	50	20	0	29	1.49
21213--21465	113	2.2	112	78	8	273	26	20	19	33	1.97
24365--24403	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
28635--28673	19	2.1	19	95	0	69	51	2	5	41	1.38
30101--30488	132	2.9	131	89	3	555	28	24	17	29	1.97
30287--30661	176	2.1	176	90	1	590	29	25	16	28	1.97
30122--31447	132	10.0	131	84	6	512	28	24	17	29	1.97
30155--30796	308	2.1	309	91	1	1020	28	24	17	29	1.97
30155--30923	308	2.5	305	84	6	892	28	24	17	29	1.97
30287--31448	88	13.2	89	66	19	430	28	25	17	29	1.97
30464--31448	132	7.5	132	91	0	1558	28	24	17	29	1.97
31569--31753	44	4.2	44	66	18	123	24	27	18	29	1.98
31736--32029	46	6.4	46	92	0	480	30	25	16	27	1.97
33234--33290	6	8.7	6	78	14	51	0	26	0	73	0.83
33229--33283	27	2.0	28	82	10	69	0	30	0	69	0.89
38799--38851	3	17.7	3	82	7	63	32	0	3	64	1.12
39442--39490	18	2.7	19	81	9	57	18	6	4	71	1.23
51395--51484	44	2.1	43	81	8	103	26	14	27	31	1.95
51217--51593	208	1.8	208	86	1	549	29	16	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53305--53365	3	20.3	3	75	12	54	31	0	6	62	1.21
53411--53450	14	2.9	14	88	7	55	32	0	2	65	1.06
53949--53997	18	2.7	19	81	9	57	18	6	4	71	1.23
59010--59044	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
60812--61017	45	4.6	44	79	10	188	26	19	13	40	1.89
60811--61017	90	2.3	90	82	4	240	26	19	13	40	1.88
64654--64816	49	3.3	49	82	0	173	35	15	19	29	1.93
64884--65027	34	4.3	33	76	12	132	41	14	13	30	1.84
66649--66694	22	2.1	22	84	8	58	54	0	0	45	0.99
68727--68829	29	3.6	29	78	12	106	37	15	2	43	1.62
68726--68797	28	2.6	27	84	8	90	37	15	1	45	1.55
69877--69950	3	24.7	3	88	0	112	32	4	1	62	1.22
73226--73251	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
73612--73671	20	2.9	19	79	13	66	20	3	5	71	1.19
74637--74840	72	2.8	73	86	1	311	27	23	24	25	2.00
74740--75082	112	3.0	113	89	1	526	25	22	26	25	2.00
75301--75431	7	17.9	7	71	14	77	16	2	45	35	1.59
75300--75424	37	3.4	37	96	2	225	16	2	45	36	1.60
75279--75434	7	21.4	7	68	17	68	16	1	43	38	1.59
77734--77782	21	2.2	24	82	10	59	12	16	2	69	1.28
81461--81504	21	2.0	22	83	12	56	2	6	11	79	1.01
82117--82168	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84064--84113	20	2.4	21	87	12	77	4	24	0	72	1.02
84079--84109	10	3.1	10	90	0	53	0	29	0	70	0.87
87072--87136	19	3.4	18	77	8	51	56	7	1	33	1.37
87091--87152	29	2.1	28	82	11	72	62	6	0	30	1.20
87025--87153	57	2.3	55	76	11	136	59	5	1	33	1.29
89311--89357	23	2.0	24	83	4	60	36	6	2	55	1.37
93027--93058	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
93234--93341	18	6.3	18	82	7	102	37	4	0	58	1.19
93271--93333	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
93585--93633	18	2.7	18	78	6	55	38	4	0	57	1.18
93669--93704	18	2.0	18	88	0	54	41	8	5	44	1.58
96151--96179	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
96227--96365	70	2.0	70	94	0	242	31	23	7	37	1.83
99029--99148	62	1.9	62	84	0	159	21	26	18	33	1.96
100253--100326	34	2.2	34	97	0	139	44	13	20	21	1.85
100735--100773	17	2.3	17	95	0	69	43	12	20	23	1.86
102295--102392	36	2.7	36	73	14	94	30	8	21	39	1.82
102297--102370	36	2.1	35	85	9	98	29	8	22	39	1.83
106905--107027	49	2.5	49	79	0	138	34	15	19	30	1.93
107125--107268	34	4.3	34	72	12	109	41	13	13	31	1.83
108855--108902	22	2.1	24	84	7	64	52	0	0	47	1.00
111200--111230	16	1.9	16	93	0	53	48	3	6	41	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112153--112229	37	2.1	37	97	0	145	22	28	37	11	1.89
117650--117739	11	8.2	11	87	4	101	25	31	0	43	1.55
119568--119610	18	2.4	18	84	0	50	18	25	9	46	1.79
119839--119900	21	3.0	22	79	9	67	30	43	19	6	1.76
120018--120120	34	3.1	34	85	10	144	41	3	4	49	1.42
120099--120406	58	5.3	58	72	20	239	43	4	7	44	1.52
120079--120401	116	2.8	116	97	0	610	42	4	7	45	1.52
120160--120340	55	3.2	55	73	17	197	44	2	8	44	1.49
123359--123781	126	3.4	127	87	3	597	28	18	16	36	1.93
123775--124152	102	3.9	99	75	15	301	38	18	3	39	1.68
123871--124091	91	2.3	93	83	6	259	38	16	3	41	1.66
124136--124201	7	9.3	7	80	6	71	45	40	0	13	1.44
124166--124204	13	2.9	13	88	7	60	41	43	0	15	1.46
127604--127651	17	2.8	17	87	12	71	70	0	2	27	0.98
127604--127649	18	2.6	18	93	3	76	71	0	2	26	0.97
127863--127909	19	2.5	20	82	10	62	31	0	0	68	0.90
130993--131027	13	2.7	13	90	0	52	37	11	5	45	1.64
131606--131667	21	3.0	20	78	7	70	17	3	4	74	1.13
132196--132262	16	4.1	17	75	14	70	77	4	17	0	0.93
132368--132455	24	3.4	27	78	13	96	78	1	20	0	0.82
132365--132454	10	8.6	10	77	8	81	78	1	20	0	0.81
132365--132454	21	4.3	20	84	5	81	78	1	20	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132769--132807	14	2.7	15	88	7	55	82	0	17	0	0.68
132773--132816	12	3.7	11	80	14	52	84	0	15	0	0.63
132771--132815	20	2.3	20	88	11	67	84	0	15	0	0.62
133300--133375	35	2.1	36	83	11	93	38	10	9	42	1.71
133346--133411	18	3.7	18	86	8	89	31	13	7	46	1.71
133389--133465	21	3.8	21	71	10	61	38	9	10	41	1.71
133300--133454	36	4.1	38	73	13	99	38	9	9	42	1.69
136594--136647	19	2.8	18	78	10	63	20	3	3	72	1.16
136593--136650	20	3.1	18	78	9	62	20	3	6	68	1.27

Tables:   1

The End!