Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_228 ID=scaffold_228-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 37142
ACGTcount: A:0.09, C:0.03, G:0.04, T:0.09
Warning! 27968 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:449 original size:247 final size:246
Alignment explanation
Indices: 1--788 Score: 1269
Period size: 247 Copynumber: 3.2 Consensus size: 246
* * * * *
1 ATCTAATAGAAATTTCTTAAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAAAACGAATC
1 ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAAG-ATTTAGAACGAATT
*
65 AAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTAT-TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAG
65 AAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTT-TGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG
* * * *
129 -TGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCT-TAAGGTGCTTTAATGGTG
129 AT-ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAT-TGTAAGATGCTTTAATGGT-
*
192 GATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
191 GATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
* * *
248 ATCTATTAGAAATTTCCCAAGATTCTTGAATCAAGCTTTTCAATCAAAAGATTTAGAACAAATTA
1 ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAAGATTTAGAACGAATTA
*
313 AAGGTAATAATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT
66 AAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT
*
378 ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAATTGTAAGATGCTTTAATGGTGAATG
131 ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAATTGTAAGATGCTTTAATGGTG-ATC
*
443 TTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAACGG
195 TTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
*
495 ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGGATTTAGAACGAATTA
1 ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAAGATTTAGAACGAATTA
* * *
560 AATGTGATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTAAGAT
66 AAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT
**
625 ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCT
131 ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAATTGTAAGATGCTTTAATGGTGATCT
*
690 TGAATTTTTAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
196 TGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
*
741 ATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAA
1 ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAA
789 GAATTTAAAA
Statistics
Matches: 505, Mismatches: 31, Indels: 11
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
246 102 0.20
247 398 0.79
248 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (246 bp):
ATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAAGATTTAGAACGAATTA
AAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT
ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAATTGTAAGATGCTTTAATGGTGATCT
TGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
Found at i:24828 original size:247 final size:247
Alignment explanation
Indices: 24393--25254 Score: 1493
Period size: 247 Copynumber: 3.5 Consensus size: 247
24383 NNNNNNNNNN
* *
24393 AAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAA
1 AAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAA
* * * *
24457 GCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATTTTTAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCC
65 TCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCC
* *
24521 AACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTGTTAAGGTTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATT
130 AACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATT
*
24586 TAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
195 TAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
* *
24639 AAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGGTTTTTTGTTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
1 AAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
**
24704 CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGACCGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCA
66 CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCA
*
24769 ACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTTTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTT
131 ACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTT
24834 AAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
196 AAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
*
24886 AATCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
1 AAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
24951 CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCA
66 CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCA
25016 ACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTT
131 ACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTT
25081 AAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
196 AAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
* * *
25133 AATCATATTTACATGATTTGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTA-TAGTGTCATCTTCTTCAAAAT
1 AAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
*
25197 CTTAAGGTGC-TTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAG-GAGAAATCCAC-AATCGATGGATG
66 CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAG-GAAATCCACAAATCAATGGATG
25255 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 590, Mismatches: 23, Indels: 8
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
244 12 0.02
245 35 0.06
246 105 0.18
247 438 0.74
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.39
Consensus pattern (247 bp):
AAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAAT
CTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCA
ACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTT
AAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAG
Found at i:29192 original size:247 final size:245
Alignment explanation
Indices: 28939--29703 Score: 1154
Period size: 247 Copynumber: 3.1 Consensus size: 245
28929 NNNNNNNNNN
* * *
28939 TGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAATATCATAACGTGGTTTAATGG
1 TGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAA-GTGCTTTAATGG
29004 TGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATT
65 TGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATT
* *
29069 AGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATAAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAA
130 AGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAA
29134 TTATTATTTCTAAACTTGTTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATT
195 TTATTATTTCTAAACTT-TTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATT
*
29186 TGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAAGGTGCTTTAATGG
1 TGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAA-GTGCTTTAATGG
*
29251 TGGATCTTGAATTTTGAGAGAAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATT
65 TGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATT
29316 AGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAA
130 AGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAA
*
29381 TTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTTAGAAGCATATTTACATGATT
195 TTATTATTTCTAAACTT-TTTTTATGATGA-TTAGAAGCATATTTACATGATT
* * ** *
29434 TGAGAT-ATG-ATTGCATGATTTTTTTATTACTGCCCATAGTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTT
1 TGAG-TGA-GAATTGCATGA-TTTTTTATTAATG-TCATCTTCTTCAAAATCGTAAG-TGC-TTT
* *
29497 AATGGT-GATCTTGAATCTTGAGAGGAAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGAT
60 AATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGAT
** *
29561 CTATTAGAAA-TTCTTAAGATTCTTGAATCAAGA-TTTCAATCGATGGAA-TTAGAA-GAATC-A
125 CTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAAAACGAATCAA
* *
29621 AGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTATGATGA-TAGAAGCATATTTACAT-AAT
189 AGGTAATTATTATTTCTAAACTTTTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATT
* *
29676 TGAGTGATACTTGCATGATTTTTTATTA
1 TGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTA
29704 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 27, Indels: 26
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
241 11 0.02
242 15 0.03
243 17 0.04
245 10 0.02
246 24 0.05
247 220 0.46
248 49 0.10
249 41 0.09
250 85 0.18
251 9 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (245 bp):
TGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAAGTGCTTTAATGGT
GGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTA
GAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAAT
TATTATTTCTAAACTTTTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATT
Found at i:30981 original size:246 final size:248
Alignment explanation
Indices: 30075--31028 Score: 1432
Period size: 246 Copynumber: 3.8 Consensus size: 248
30065 NNNNNNNNNN
* *
30075 GGTGCTTTAATGGTGGATCCTGGAATTTTGAGAGGAAATCCCAAAAATCCAATGGATGGTTCCAA
1 GGTGCTTTAATGGTGGAT-CTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCACAAAT-CAATGGAT-GTTCCAA
* * *
30140 CTCAAAATGGGAGCTATTAGAAATTTTCTTGAGGATTTCTTGAAATCAAGATTTTTCAATCAATG
63 CTCAAAAT-GGATCTATTAGAAA-TTTCTT-AAGA-TTCTTG-AATCAAGA-TTTTCAATCAAAG
*
30205 AATTTAAAACGAAATCAAAGGTAATTTATTATTTCTAAAACTTATTTTTTATGATGATTAGAATC
122 AATTTAAAACG-AATCAAAGGTAA-TTATTATTTCT-AAACTTA-TTTTTATGATGATTAGAAGC
* *
30270 ATA-TTACATGATTTGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTTTTAGTGTCATCTTCTTCAAAATCTTA
183 ATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTCTTCAAAATCTTA
30334 A
248 A
*
30335 GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCACAAAATCAATGGACGTTCCAACT
1 GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCAC-AAATCAATGGATGTTCCAACT
* * *
30400 CAAAATGGATTTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAATCAAAGATTTACAATCAAAGAATTTAA
65 CAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATC-AAGATTTTCAATCAAAGAATTTAA
30465 AACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATG
129 AACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATG
* *
30530 ATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTAATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAA
194 ATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAA
* * *
30585 GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAAT-TCACAAATTAATGGATGTTTCAACTC
1 GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTC
* *
30649 AAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGGATTTAGAA
66 AAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAA
* * * *
30714 CGAATTAAATGTGATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGAT
131 CGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGAT
* * * * *
30779 TTAAGAT-ATAATTGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAA
196 TTGAG-TGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAA
* * *
30832 GATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATTTTTAGAGGAAAT-CCACAAATCAATGGATGTTCCAACTT
1 GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTC
30895 AAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAA
66 AAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAA
* *
30960 CGGATCAAAGGTAACTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGAT
131 CGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGAT
31025 TTGA
196 TTGA
31029 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 49, Indels: 22
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
246 169 0.26
247 141 0.22
248 57 0.09
249 25 0.04
250 103 0.16
251 11 0.02
252 12 0.02
253 26 0.04
254 9 0.01
255 3 0.00
256 6 0.01
257 12 0.02
258 15 0.02
259 30 0.05
260 22 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.11, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (248 bp):
GGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTC
AAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAA
CGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGAT
TTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAA
Found at i:32561 original size:247 final size:247
Alignment explanation
Indices: 31767--35822 Score: 6381
Period size: 247 Copynumber: 16.4 Consensus size: 247
31757 NNNNNNNNNN
* * * * *
31767 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
*
31831 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * * * *
31896 AAGATTCTTGAATCAATATTTTCAGTTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* *
31961 AAACTTATTCTTACGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
32013 TGCATGATTTTTTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGA
1 TGCATGA-TTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGA
*
32078 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATCTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
65 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
* *
32143 TAAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATTCAAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATT
130 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAA-TC-AAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATT
* * *
32208 TCTAAACTTAGTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACT
193 TCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
32263 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * **
32328 TTTTGGGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTAAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * * *
32393 AATATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
32458 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
* * * * * *
32510 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTAAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
*
32574 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * * * *
32639 AAGATTCTTGAGTCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
32704 AAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* * *
32756 TGGATGATTTTTTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGA
1 TGCATGA-TTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGA
32821 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
65 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
* *
32886 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTC
130 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
*
32951 TAAACATATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
33004 TGCATGATTTTTTATTAATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * *
33069 TTTTGAGAGGAAATCCACAAACCAGTGGATATTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* *
33134 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
*
33198 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
33251 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * * **
33316 TTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTGTTAGAAATTTCCC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* *
33381 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
*
33445 TAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
33498 TGCATGATTTTTTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGA
1 TGCATGA-TTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGA
*
33563 ATTTTGAGAGGAAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
65 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
* * *
33628 TAAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTT
130 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTT
* *
33692 CTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAATCATATTTACATGATTTGAGTGAGAAT
194 CTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* * * *
33746 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAATATCATAACGTGGTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
33811 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * *
33876 AAGATTCTTGAATAAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
33941 AAACTTGTTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
*
33993 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
*
34058 TTTTGAGAGAAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
*
34123 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* *
34188 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATGAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
* * * * * *
34240 TGCATGATTTTTTATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* *
34304 TCTTGAGAGGAAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* *
34369 AAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* * *
34434 AAACTTAGTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* * *
34486 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * *
34551 TTTTGGGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * * *
34616 AATATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
34681 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
* * * * * *
34733 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTAAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
*
34797 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * * * *
34862 AAGATTCTTGAGTCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
34927 AAACTTATTTTTATGATGATTAGCAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
34979 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* ** *
35044 TTTTGAGAGGAAATGCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTACCAGAAATATCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * ** * *
35109 AAGATTATTTACCCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGAAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
35174 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
35226 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * **
35291 TTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCAC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * *
35356 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAGTCAAAGGATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* *
35421 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATGAT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
* * * * * *
35473 TGCATGATTTTTTATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * *
35537 TCTTGAGAGGAAATACAAAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
* * *
35602 AAGATTATTGAATCAAGATTTTTAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* * *
35667 AAACTTAGTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
* *
35719 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* *
35784 TTTTGGGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACT
35823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3500, Mismatches: 290, Indels: 39
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
245 4 0.00
246 860 0.25
247 1886 0.54
248 524 0.15
249 137 0.04
250 89 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (247 bp):
TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
Found at i:34530 original size:493 final size:494
Alignment explanation
Indices: 31767--35822 Score: 6411
Period size: 493 Copynumber: 8.2 Consensus size: 494
31757 NNNNNNNNNN
* * * *
31767 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
31831 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
* * * *
31896 AAGATTCTTGAATCAATATTTTCAGTTAAAGGATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTC
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
* *
31960 TAAACTTATTCTTACGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGA-TTTT
* *
32025 TTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGA
259 TTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGA
*
32090 AATCCACAAATCAATGGATCTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGA
324 AATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGA
*
32155 ATCAAGATTTTCAATTCAAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAGT
389 ATCAAGATTTTCAA-TC-AAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATT
*
32220 TTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACT
452 TTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
*
32263 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * *
32328 TTTTGGGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTAAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
* * * * *
32393 AATATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
32458 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAATTGCATGATTTTT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTTT
* * * * * *
32522 TATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTAAATTTTGAGAGGAA
260 TATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
* * *
32586 ATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAGATTCTTGAG
325 ATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAA
* * * *
32651 TCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTCT
390 TCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTT
*
32715 TATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAAT
454 TATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
* * * *
32756 TGGATGATTTTTTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGA
1 TGCATGA-TTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGA
32821 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
65 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
* *
32886 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTC
130 CAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
*
32951 TAAACATATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
* *
33016 TATTAATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
260 TATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
* * * *
33081 ATCCACAAACCAGTGGATATTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAA
325 ATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAA
*
33146 TCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTT
390 TCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTT
33209 TTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
453 TTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
* *
33251 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * * *
33316 TTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTGTTAGAAATTTCCC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
*
33381 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTT
*
33444 CTAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTT
194 CTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGA-TTT
* *
33509 TTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGG
258 TTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGG
*
33574 AAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTG
323 AAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTG
*
33639 AATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAT
388 AATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAT
* * *
33702 TTTTATGATGATTAGAATCATATTTACATGATTTGAGTGAGAAT
451 TTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
* * * * *
33746 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAATATCATAACGTGGTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
*
33811 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
* *
33876 AAGATTCTTGAATAAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
*
33941 AAACTTGTTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTT
* *
34006 ATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGAAAA
261 ATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
*
34071 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAAT
326 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
*
34136 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTG
391 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
* *
34201 TGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATGAT
456 TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAG-TGATAAT
* * * * *
34240 TGCATGATTTTTTATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * *
34304 TCTTGAGAGGAAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
*
34369 AAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* * *
34434 AAACTTAGTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACTTGCATGATTTTTT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTT
* * * *
34499 ATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAATTTTGGGAGGAAA
261 ATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
* * * *
34564 TTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAATATTCTTGAAT
326 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
* * * * *
34629 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCTAAACTTATTTTTG
391 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
*
34694 TGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
456 TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAG-TGATAAT
* * * * *
34733 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTAAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
34797 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
* * * *
34862 AAGATTCTTGAGTCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTC
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
*
34926 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGCAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
195 TAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
34991 TATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
260 TATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
* ** * * *
35056 ATGCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTACCAGAAATATCTTAAGATTATTTAC
325 ATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAA
* *
35121 CCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGAAATTATTATTTCTAAACTTATTTTT
390 TCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTT
35186 ATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
455 ATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
* *
35226 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* * * *
35291 TTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCAC
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
* * * *
35356 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAGTCAAAGGATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* *
35421 AAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATGATTGCATGATTTTT
196 AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTTT
* * * * * * *
35485 TATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATCTTGAGAGGAA
260 TATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAA
* *
35549 ATACAAAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAA
325 ATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAA
* *
35614 TCAAGATTTTTAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAGTTTT
390 TCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTT
*
35679 ATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACT
455 ATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
* *
35719 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
* *
35784 TTTTGGGAGGAAATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACT
66 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACT
35823 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3298, Mismatches: 241, Indels: 45
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
492 1 0.00
493 1293 0.39
494 991 0.30
495 738 0.22
496 97 0.03
497 177 0.05
498 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (494 bp):
TGCATGATTTTTTATTACTGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
AAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTT
ATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAAT
Found at i:34644 original size:740 final size:741
Alignment explanation
Indices: 31767--37142 Score: 6780
Period size: 740 Copynumber: 7.1 Consensus size: 741
31757 NNNNNNNNNN
31767 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
31832 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
66 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
* * * *
31897 AGATTCTTGAATCAATATTTTCAGTTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
131 AGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
*
31962 AACTTATTCTTACGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTT
196 AACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTT
*
32027 ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
261 ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
* *
32092 TCCACAAATCAATGGATCTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
326 TACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
*
32157 CAAGATTTTCAATTCAAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAGTTT
391 CAAGATTTTCAA-TC-AAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTT
* *
32222 TATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACTTGCATGATTTTTTATTACTGTCAT
454 TATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCAT
*
32287 CTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGGGAGGAAATTCACAAATCA
519 CTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCA
* * *
32352 ATGGATGTTCCAACTAAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCCAATATTCTTGAATCAAGATTTTCA
584 ATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCA
* *
32417 ATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGA
649 ATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGA
32482 AGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
714 AGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
*
32510 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTAAAT
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
32575 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
66 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
* * * *
32640 AGATTCTTGAGTCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
131 AGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
*
32705 AACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGGATGATTTTTTT
196 AACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTT
*
32770 ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
261 ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
* *
32835 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAAT
326 TACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
* *
32900 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACATATTTTTA
391 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
* *
32965 TGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGACATCT
456 TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCT
* * * * *
33030 TCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAACCAGT
521 TTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAAT
* *
33095 GGATATTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAAT
586 GGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAAT
* * * *
33160 CGAAGGAA-TTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAA
651 C-AAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAA
*
33224 GCATATTTACATAATTTGAG-TGATAAT
715 GCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
* * * * * *
33251 TGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
* * * * *
33316 TTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTGTTAGAAATTTCCC
65 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
*
33381 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
130 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
33445 TAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
194 TAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
*
33510 TTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGA
259 TTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGA
33575 AATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGA
324 AATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGA
*
33640 ATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATT
389 ATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATT
* * *
33703 TTTATGATGATTAGAATCATATTTACATGATTTGAGTGAGAATTGCATGATTTTTTATTAATGTC
452 TTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTC
* * * * * *
33768 ATCTTCTTCAATATCATAACGTGGTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCCACAAAT
517 ATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAAT
* *
33833 CAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCTTGAATAAAGATTTT
582 CAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATTTT
* * * * *
33898 CAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTGTTTTTATGATGATTA
647 CAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTA
33963 GAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
712 GAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
* * * *
33993 TGCATGATTTTTTATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCGTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAA
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAA
* *
34058 TTTTGAGAGAAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTT
65 TTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTC
34123 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTC
130 AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTC
* * *
34187 TAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATGATTGCATGA-TTT
194 TAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTT
* ** * * * * *
34250 TTTATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATCTTGAGAGG
258 TTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGG
34314 AAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTG
323 AAATACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTG
*
34379 AATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTAGTT
388 AATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTT
* *
34444 TTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACTTGCATGATTTTTTATTAGTGTCA
453 TTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCA
* *
34509 TCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTTGAATTTTGGGAGGAAATTCACAAATC
518 TCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATC
*
34574 AATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAATATTCTTGAATCAAGATTTTC
583 AATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTC
* *
34639 AATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAG
648 AATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAG
34704 AAGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
713 AAGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
*
34733 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTAAAT
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
34798 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
66 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
* * * *
34863 AGATTCTTGAGTCAATATTTTCAATTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
131 AGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
* *
34928 AACTTATTTTTATGATGATTAGCAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGA-TTTTTT
196 AACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTT
*
34992 ATTAATGTCATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
261 ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
* ** * * **
35057 TGCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTACCAGAAATATCTTAAGATTATTTACC
326 TACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
*
35122 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGAAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
391 CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
*
35187 TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTGTCATCT
456 TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCT
35252 TTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAAT
521 TTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAAT
* * *
35317 GCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCAC-AAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAG
586 GGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTC-CTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAA
*
35381 TCAAAGGATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAA
650 TCAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAA
*
35446 GCATATTTACATGATTTGAGATATGAT
715 GCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
*
35473 TGCATGATTTTTTATTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
* * * *
35538 CTTGAGAGGAAATACAAAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTA
66 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
* *
35603 AGATTATTGAATCAAGATTTTTAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
131 AGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTCT
* *
35667 AAACTTAGTT-TTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATACTTGCATGA-TTTT
195 AAACTTA-TTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTT
* * * *
35730 TTATTAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGGGAGGA
259 TTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGA
* *******
35795 AATTCACAAATCAATGGATGTTCCAACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
324 AATACACAAATCAATGGATGTTCCAACT------------------------------CAAAATG
***************************************************************
35860 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTC
359 GATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAAT-
** * ** * ** ** * **
35925 CCAATATTCTTGAATCAAGATTT-TCAATCAAAGAATTTA-GAACGAATTAAATGTAATAATTAT
423 -CAA-A--GGT-AATTATTATTTCT-AAACTTA-TTTTTATG-ATG-ATT--A-G-AAGCA-TA-
* * ** * *
35988 TTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCAT-ATTTACATGATTTGAGATATAAT-TGCATGA
473 TT-TACA-TAATTTGAGTGATAATT----GCATGA-TT---T--TTT---AT-TAATGT-CAT-C
* ** * ** * * * * * ** *** ***
36051 TTTTTTATTA-CTGTCATTTTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTG-AATTTTTA
520 TTTTTCAAAATCT-TAAGGTGCTT-TAATG-GT-GGAT-CTTGAATTTTGA-GAGGAAATTCACA
* * * * * ** * ** *
36114 GATGAA---A--TCCACAAATC--AATGGA--TGTT-CCAA-CTCAAAATGGATCTATTAGAAAT
579 AATCAATGGATGTTC-CAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAA--GAT-TCTT-G--A-
* * *
36168 TTATCAAGATTCTTGAATCAATATTTTCAGTTAAAGGATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTA
636 --ATCAAGA-T-TT---TCA--A---TC----AAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTA
* * *
36233 TTTTTAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAAT
685 TTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAAT
* * * * * * * *
36290 TGGATGATTTTTTTATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGA
1 TGCATGA-TTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGA
36355 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
64 ATTTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCT
* * *
36420 TAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGGATCAAAGGTAATTATGATTT
129 CAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTT
*
36484 CTAAACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGA-TTT
193 CTAAACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTT
* *
36548 TTTATTAATG-ACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTGGAATTTTGAGAG
258 TTTATTAATGTA-ATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAG
* * * *
36612 GAAATCCACAAA-CTAGTGGATATTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTCT
322 GAAATACACAAATC-AATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTAT
* *
36676 TGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAAAACGAATCAAAGGAAATTATTATTTCTAAACTTA
386 TGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTA
*
36740 TTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAGTG
450 TTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATG
* *
36805 TCATCTTTTTCAAAATCTTTAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAAAGGAAATTCACAA
515 TCATCTTTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAA
* * * *
36870 ATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTGTTAGAAATTTCCCAAGATTCTTGAATCAAGATT
580 ATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATT
* * ** * *
36935 TTCAGTCAAAGGATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTAACATTTCTAAACTTATTATTT-CGATTA
645 TTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATT-TTTGTGATGA
36999 TTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
709 TTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGATATAAT
* *
37032 TGCATGATTTTTTGTTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
1 TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
*
37097 TCTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
66 TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
Statistics
Matches: 4017, Mismatches: 476, Indels: 283
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
738 1 0.00
739 235 0.06
740 1249 0.31
741 449 0.11
742 948 0.24
743 411 0.10
746 2 0.00
751 3 0.00
754 3 0.00
755 19 0.00
756 10 0.00
757 2 0.00
758 4 0.00
759 19 0.00
760 9 0.00
761 10 0.00
762 3 0.00
763 7 0.00
764 5 0.00
765 4 0.00
766 1 0.00
769 6 0.00
770 2 0.00
772 3 0.00
773 14 0.00
774 3 0.00
775 3 0.00
776 15 0.00
777 9 0.00
778 4 0.00
779 1 0.00
780 1 0.00
781 4 0.00
782 9 0.00
783 15 0.00
784 3 0.00
785 3 0.00
786 14 0.00
787 3 0.00
789 2 0.00
790 6 0.00
793 1 0.00
794 4 0.00
795 5 0.00
796 6 0.00
797 3 0.00
798 10 0.00
799 9 0.00
800 19 0.00
801 4 0.00
802 2 0.00
803 10 0.00
804 19 0.00
805 3 0.00
808 3 0.00
813 2 0.00
816 1 0.00
817 88 0.02
818 43 0.01
819 271 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (741 bp):
TGCATGATTTTTTATTACTGTCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGTGATCTTGAAT
TTTGAGAGGAAATCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCA
AGATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAAAGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTA
AACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTT
ATTAATGTAATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
TACACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAGATTATTGAAT
CAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTA
TGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATTAATGTCATCT
TTTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATTCACAAATCAAT
GGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCCTAAGATTCTTGAATCAAGATTTTCAAT
CAAAGAATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTATTATTTCTAAACTTATTTTTGTGATGATTAGAAG
CATATTTACATGATTTGAGATATAAT
Found at i:36665 original size:247 final size:247
Alignment explanation
Indices: 35930--37142 Score: 1760
Period size: 247 Copynumber: 4.9 Consensus size: 247
35920 NNNTCCCAAT
* * * *
35930 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAGAACGAATTAAATGTAATAATTATTTCTAAA
1 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAA
*
35995 CTTATTTTTGTGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAATTGCATGATTTTTTAT
66 CTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTTTTAT
* * * * * * * *
36059 TACTGTCATTTTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATTTTTAGATGAAATC
130 TAATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATC
*
36123 CACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTATCAAG
195 CACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAG
* * * * *
36176 ATTCTTGAATCAATATTTTCAGTTAAAGGATTTAGAAA-GAATCAAAGGTAATTATTATTTTTAA
1 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTA-AAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAA
* *
36240 ACTTATTCTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGGATGATTTTTTTA
65 ACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGA-TTTTTTA
*
36305 TTAATGTA-ATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAGTGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
129 TTAATG-ACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAA
*
36369 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAG
193 TCCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAG
* *
36424 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGGATCAAAGGTAATTATGATTTCTAAA
1 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAA
36489 CTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATT
66 CTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATT
* *
36554 AATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAACGGTGGATCTGGAATTTTGAGAGGAAATCC
131 AATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCC
* * *
36619 ACAAA-CTAGTGGATATTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTTAAG
196 ACAAATC-AATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAG
* *
36671 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCGAAGGAA-TTAAAACGAATCAAAGGAAATTATTATTTCTAA
1 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATC-AAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAA
*
36735 ACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATAATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTAT
65 ACTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTAT
* * * * * *
36800 TAGTGTCATCTTTTTCAAAATCTTTAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAAAGGAAATT
130 TAATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATC
* * * *
36865 CACAAATCAATGCATGTTTCAACTCAAAATGGATCTGTTAGAAATTTCCCAAG
195 CACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAG
* * * * **
36918 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAGTCAAAGGATTTAGAACGAATTAAAGGTAATTAACATTTCTAAA
1 ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAA
* * *
36983 CTTATTATTT-CGATTATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGAT-ATAATTGCATGATTTTTTG
66 CTTATT-TTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAG-TGATAATTGCATGATTTTTTA
* * * * * * *
37046 TTACTGCCATATTCTTCAAAAGCGTAAGATGCTTTAATGGT-GATCTTGAATTCTGAGAGGAAAT
129 TTAATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAAT
37110 CCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
194 CCACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGG
Statistics
Matches: 872, Mismatches: 82, Indels: 26
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
245 1 0.00
246 161 0.18
247 519 0.60
248 191 0.22
ACGTcount: A:0.35, C:0.11, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (247 bp):
ATTCTTGAATCAAGATTTTCAATCAAAGAATTTAAAACGAATCAAAGGTAATTATTATTTCTAAA
CTTATTTTTATGATGATTAGAAGCATATTTACATGATTTGAGTGATAATTGCATGATTTTTTATT
AATGACATCTTCTTCAAAATCTTAAGGTGCTTTAATGGTGGATCTTGAATTTTGAGAGGAAATCC
ACAAATCAATGGATGTTCCAACTCAAAATGGATCTATTAGAAATTTCTCAAG
Done.