Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold_275 ID=scaffold_275-JGI_221_v2.0

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 8757
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.21, T:0.33


Found at i:652 original size:33 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 615--721  Score: 178
    Period size: 33  Copynumber: 3.2  Consensus size: 33

        605 TACTCTTTGT

                                  *          
        615 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA

                     *  *   *                
        648 TTGGTGTGACGGCTGGTTTAGCTCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA

                                             
        681 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA

                    
        714 TTGGTGTG
          1 TTGGTGTG

        722 TAGGAAGGAT


Statistics
Matches: 67,  Mismatches: 7, Indels: 0
        0.91            0.09        0.00

Matches are distributed among these distances:
  33   67  1.00

ACGTcount: A:0.16, C:0.11, G:0.35, T:0.38


Consensus pattern (33 bp):   
TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA

Found at i:732 original size:33 final size:33

Alignment explanation


    Indices: 615--736  Score: 156
    Period size: 33  Copynumber: 3.7  Consensus size: 33

        605 TACTCTTTGT

                     *  *         *          
        615 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGACGGATGGATTAGCTCTTATGAGCA

                        *   *                
        648 TTGGTGTGACGGCTGGTTTAGCTCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGACGGATGGATTAGCTCTTATGAGCA

                     *  *                    
        681 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCA
          1 TTGGTGTGACGGATGGATTAGCTCTTATGAGCA

                          *         
        714 TTGGTGTGTA-GGAAGGATTAGCT
          1 TTGGTGTG-ACGGATGGATTAGCT

        737 TGGGTGAGCA


Statistics
Matches: 79,  Mismatches: 9, Indels: 2
        0.88            0.10        0.02

Matches are distributed among these distances:
  33   78  0.99
  34    1  0.01

ACGTcount: A:0.18, C:0.11, G:0.34, T:0.37


Consensus pattern (33 bp):   
TTGGTGTGACGGATGGATTAGCTCTTATGAGCA

Found at i:735 original size:66 final size:66

Alignment explanation


    Indices: 615--767  Score: 193
    Period size: 66  Copynumber: 2.3  Consensus size: 66

        605 TACTCTTTGT

                                                         **  *         *     
        615 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCATTGGTGTGACGGCTGGTTTAGCTCT-TATGAG
          1 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCATTGGTGTGACGGAAGGATTAGCT-TGGATGAG

              
        679 CA
         65 CA

                                  *                                     *    
        681 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCTCTTATGAGCATTGGTGTGTA-GGAAGGATTAGCTTGGGTGAG
          1 TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCATTGGTGTG-ACGGAAGGATTAGCTTGGATGAG

              
        745 CA
         65 CA

                      *          
        747 TCTGGTGTGTTTGGTTGGATT
          1 T-TGGTGTG-ATGGTTGGATT

        768 GAAGATGTAC


Statistics
Matches: 76,  Mismatches: 7, Indels: 6
        0.85            0.08        0.07

Matches are distributed among these distances:
  65    1  0.01
  66   57  0.75
  67    8  0.11
  68   10  0.13

ACGTcount: A:0.16, C:0.10, G:0.36, T:0.38


Consensus pattern (66 bp):   
TTGGTGTGATGGTTGGATTAGCCCTTATGAGCATTGGTGTGACGGAAGGATTAGCTTGGATGAGC
A
Done.