Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr03 ID=Chr03-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 45765648
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Warning! 655849 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 88 of 150
Found at i:27667906 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 27667886--27667924 Score: 53
Period size: 14 Copynumber: 2.7 Consensus size: 15
27667876 ACTCGACCTC
27667886 AAATCTCTAAACCCT
1 AAATCTCTAAACCCT
*
27667901 AAATCTCT-AACTCT
1 AAATCTCTAAACCCT
*
27667915 AAACCTCTAA
1 AAATCTCTAA
27667925 TCCCAAACTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
14 12 0.57
15 9 0.43
ACGTcount: A:0.41, C:0.31, G:0.00, T:0.28
Consensus pattern (15 bp):
AAATCTCTAAACCCT
Found at i:27667933 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 27667885--27667933 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
27667875 AACTCGACCT
*
27667885 CAAATCTCTAAACCCTAAATCT
1 CAAA-CTCTAAACCCTAAATCC
*
27667907 CTAACTCTAAACCTCT-AATCC
1 CAAACTCTAAACC-CTAAATCC
27667928 CAAACT
1 CAAACT
27667934 GATAACCCTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 3, Indels: 3
0.79 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
21 18 0.78
22 5 0.22
ACGTcount: A:0.39, C:0.35, G:0.00, T:0.27
Consensus pattern (21 bp):
CAAACTCTAAACCCTAAATCC
Found at i:27668074 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 27668049--27668111 Score: 54
Period size: 7 Copynumber: 8.7 Consensus size: 7
27668039 CCCGACCATT
27668049 AACCCTTA
1 AACCC-TA
*
27668057 AATCCTA
1 AACCCTA
*
27668064 AACCCTG
1 AACCCTA
*
27668071 AACCCTT
1 AACCCTA
* *
27668078 AACCTTG
1 AACCCTA
*
27668085 AACCTTAA
1 AACCCT-A
27668093 AACCCTA
1 AACCCTA
27668100 AACCCTA
1 AACCCTA
27668107 AACCC
1 AACCC
27668112 ATAACCCCCA
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 8, Indels: 3
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
7 37 0.80
8 9 0.20
ACGTcount: A:0.38, C:0.38, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (7 bp):
AACCCTA
Found at i:27668080 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 27668047--27668111 Score: 73
Period size: 29 Copynumber: 2.2 Consensus size: 30
27668037 AACCCGACCA
*
27668047 TTAACCCTTAAATCC-T-AAACCCTGAACCC
1 TTAACCCTTAAA-CCTTAAAACCCTAAACCC
*
27668076 TTAA-CCTTGAACCTTAAAACCCTAAACCC
1 TTAACCCTTAAACCTTAAAACCCTAAACCC
*
27668105 TAAACCC
1 TTAACCC
27668112 ATAACCCCCA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 5
0.79 0.08 0.13
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.07
28 7 0.23
29 19 0.63
30 2 0.07
ACGTcount: A:0.37, C:0.37, G:0.03, T:0.23
Consensus pattern (30 bp):
TTAACCCTTAAACCTTAAAACCCTAAACCC
Found at i:27668131 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 27668102--27668150 Score: 53
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
27668092 AAACCCTAAA
*
27668102 CCCTAAACCCATAACCCCCAGC
1 CCCT-AACCCATAACCCCCAAC
** *
27668124 CCCTAACCTTTAACCCCTAAC
1 CCCTAACCCATAACCCCCAAC
27668145 CCCTAA
1 CCCTAA
27668151 ACCTTATTTA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 1
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
21 19 0.83
22 4 0.17
ACGTcount: A:0.31, C:0.51, G:0.02, T:0.16
Consensus pattern (21 bp):
CCCTAACCCATAACCCCCAAC
Found at i:27668933 original size:81 final size:82
Alignment explanation
Indices: 27668792--27668990 Score: 319
Period size: 81 Copynumber: 2.4 Consensus size: 82
27668782 TTTTATTATT
* * * *
27668792 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCGGAGCATTAGCGGCGTTTCTTCAAAAACG
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCAGAGCATTAGCGGCGCTTCCTCAAAAACG
*
27668857 CCGCTAAAGG-CCGAGC
66 CCGCTAAAGGCCCCAGC
**
27668873 ATTAGCGGCGCTTCATCAAAAACGCCGCTAAAGGCCAGAGCATTAGCGGCGCTTCCTCAAAAACG
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCAGAGCATTAGCGGCGCTTCCTCAAAAACG
27668938 CCGCTAAAGGCCCCAGC
66 CCGCTAAAGGCCCCAGC
*
27668955 ATTAGCGGCGCTTTTTCTAAAACGCCGCTAAAGGCC
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCC
27668991 CCAAAACTTA
Statistics
Matches: 107, Mismatches: 10, Indels: 1
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
81 69 0.64
82 38 0.36
ACGTcount: A:0.28, C:0.30, G:0.24, T:0.19
Consensus pattern (82 bp):
ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCAGAGCATTAGCGGCGCTTCCTCAAAAACG
CCGCTAAAGGCCCCAGC
Found at i:27668993 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 27668792--27668991 Score: 296
Period size: 41 Copynumber: 4.9 Consensus size: 41
27668782 TTTTATTATT
* *
27668792 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGACCGGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCGAGC
27668833 ATTAGCGGCG-TTTCTTCAAAAACGCCGCTAAAGG-CCGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTT-TTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCGAGC
** *
27668873 ATTAGCGGCGCTTCATCAAAAACGCCGCTAAAGGCCAGAGC
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCGAGC
** *
27668914 ATTAGCGGCGCTTCCTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCCAGC
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCGAGC
*
27668955 ATTAGCGGCGCTTTTTCTAAAACGCCGCTAAAGGCCC
1 ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCC
27668992 CAAAACTTAC
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 11, Indels: 6
0.90 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 37 0.26
41 108 0.74
ACGTcount: A:0.28, C:0.30, G:0.23, T:0.18
Consensus pattern (41 bp):
ATTAGCGGCGCTTTTTCAAAAACGCCGCTAAAGGCCCGAGC
Found at i:27669079 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 27669026--27669160 Score: 132
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 39
27669016 GGGCTTAGGC
*
27669026 TTTTT-GCGGCGCTTTTCAAAAAACGCCGCTAATGCTTA
1 TTTTTAGCGGCGCTTTTCAAAAAGCGCCGCTAATGCTTA
* * * *
27669064 TTTTTAGCGGCGCTTTCCAGAAAGCGCCACTAATGCTCGA
1 TTTTTAGCGGCGCTTTTCAAAAAGCGCCGCTAATGCT-TA
**
27669104 CCTTTAGCGGCG--TTTCTATAAAAGCGCCGCTAATGCTTGA
1 TTTTTAGCGGCGCTTTTC-A-AAAAGCGCCGCTAATGCTT-A
* *
27669144 TTTTTAGTGGCGTTTTT
1 TTTTTAGCGGCGCTTTT
27669161 TGTCCAAACG
Statistics
Matches: 76, Mismatches: 14, Indels: 10
0.76 0.14 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 8 0.11
39 28 0.37
40 37 0.49
42 3 0.04
ACGTcount: A:0.21, C:0.23, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (39 bp):
TTTTTAGCGGCGCTTTTCAAAAAGCGCCGCTAATGCTTA
Found at i:27669183 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 27669166--27669191 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 2.2 Consensus size: 12
27669156 TTTTTTGTCC
27669166 AAACGCCGCTAA
1 AAACGCCGCTAA
27669178 AAACGCCGCTAA
1 AAACGCCGCTAA
27669190 AA
1 AA
27669192 GCCTGGTTTG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 14 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.31, G:0.15, T:0.08
Consensus pattern (12 bp):
AAACGCCGCTAA
Found at i:27671537 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 27671526--27671553 Score: 56
Period size: 6 Copynumber: 4.7 Consensus size: 6
27671516 GGGGATAGCG
27671526 AGAGGA AGAGGA AGAGGA AGAGGA AGAG
1 AGAGGA AGAGGA AGAGGA AGAGGA AGAG
27671554 AGATGAGATC
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 22 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.00, G:0.50, T:0.00
Consensus pattern (6 bp):
AGAGGA
Found at i:27673304 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27673254--27673296 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
27673244 TATTACCCTA
27673254 ATTATCATCATTATTATTAGT
1 ATTATCAT--TTA-TATTAGT
27673275 ATTATCATTTATATTAGT
1 ATTATCATTTATATTAGT
27673293 -TTAT
1 ATTAT
27673297 ATATTTATCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.18
18 7 0.32
19 3 0.14
21 8 0.36
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
ATTATCATTTATATTAGT
Found at i:27677861 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 27677802--27677886 Score: 170
Period size: 42 Copynumber: 2.0 Consensus size: 42
27677792 TAATCCTATG
27677802 AGTTCAGATCTGATTCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC
1 AGTTCAGATCTGATTCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC
27677844 AGTTCAGATCTGATTCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC
1 AGTTCAGATCTGATTCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC
27677886 A
1 A
27677887 AAATCAAAGT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 43 1.00
ACGTcount: A:0.62, C:0.09, G:0.12, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
AGTTCAGATCTGATTCAAAAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC
Found at i:27677895 original size:18 final size:17
Alignment explanation
Indices: 27677878--27677992 Score: 95
Period size: 18 Copynumber: 6.2 Consensus size: 17
27677868 AAAGAAAAAG
27677878 AAAAAATCAAAATCAAAGTCA
1 AAAAAATCAAAATC-AA---A
* **
27677899 AAAAAATGAAAAAGAAA
1 AAAAAATCAAAATCAAA
27677916 AAAATCAATCAAAATCAAA
1 AAAA--AATCAAAATCAAA
*
27677935 ATCAAAATCAAAATCAAA
1 A-AAAAATCAAAATCAAA
*
27677953 ATCAAAATCAAAATCAAA
1 A-AAAAATCAAAATCAAA
*
27677971 ATCAAAATCAAAATCAAA
1 A-AAAAATCAAAATCAAA
27677989 AAAA
1 AAAA
27677993 TGAAAATAAA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 8, Indels: 10
0.82 0.08 0.10
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.08
18 50 0.60
19 11 0.13
20 4 0.05
21 11 0.13
ACGTcount: A:0.70, C:0.13, G:0.03, T:0.14
Consensus pattern (17 bp):
AAAAAATCAAAATCAAA
Found at i:27677926 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 27677863--27677971 Score: 105
Period size: 36 Copynumber: 3.1 Consensus size: 34
27677853 CTGATTCAAA
*
27677863 AAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATCAAAATCAAAGTC
1 AAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATC-AAATCAAAATC
*
27677898 AAAAAAATGAAAAAGAAAAAAATC-AATCAAAATC
1 AAAAAAAAGAAAAAG-AAAAAATCAAATCAAAATC
** **
27677932 AAAATCAAAATCAAAA-TCAAAATCAAAATCAAAATC
1 AAAA--AAAAGAAAAAGAAAAAATC-AAATCAAAATC
27677968 AAAA
1 AAAA
27677972 TCAAAATCAA
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 7, Indels: 9
0.79 0.09 0.12
Matches are distributed among these distances:
34 19 0.31
35 14 0.23
36 29 0.47
ACGTcount: A:0.72, C:0.11, G:0.05, T:0.12
Consensus pattern (34 bp):
AAAAAAAAGAAAAAGAAAAAATCAAATCAAAATC
Found at i:27677998 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 27677974--27678023 Score: 52
Period size: 12 Copynumber: 3.7 Consensus size: 14
27677964 AATCAAAATC
*
27677974 AAAATCAAAATCAAA
1 AAAATGAAAAT-AAA
27677989 AAAATGAAAATAAA
1 AAAATGAAAATAAA
*
27678003 AAAA-GAAAA-AGA
1 AAAATGAAAATAAA
27678015 AAAAT-AAAA
1 AAAATGAAAA
27678024 AGGAGAGGCC
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 2, Indels: 5
0.82 0.05 0.13
Matches are distributed among these distances:
12 10 0.31
13 5 0.16
14 7 0.22
15 10 0.31
ACGTcount: A:0.80, C:0.04, G:0.06, T:0.10
Consensus pattern (14 bp):
AAAATGAAAATAAA
Found at i:27678004 original size:6 final size:6
Alignment explanation
Indices: 27677922--27677989 Score: 136
Period size: 6 Copynumber: 11.3 Consensus size: 6
27677912 GAAAAAAATC
27677922 AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA
1 AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA AATCAA
27677970 AATCAA AATCAA AATCAA AA
1 AATCAA AATCAA AATCAA AA
27677990 AAATGAAAAT
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
6 62 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.16, G:0.00, T:0.16
Consensus pattern (6 bp):
AATCAA
Found at i:27678906 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 27678896--27678940 Score: 58
Period size: 7 Copynumber: 6.4 Consensus size: 7
27678886 GGAAAAAATG
27678896 ATGAAAA
1 ATGAAAA
27678903 ATG-AAA
1 ATGAAAA
27678909 ATGAAAA
1 ATGAAAA
27678916 ATGAAAAA
1 ATG-AAAA
27678924 ATGAAAA
1 ATGAAAA
27678931 A-GTAAAA
1 ATG-AAAA
27678938 ATG
1 ATG
27678941 GAGAGGCTAA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 0, Indels: 7
0.83 0.00 0.17
Matches are distributed among these distances:
6 7 0.21
7 19 0.56
8 8 0.24
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.16, T:0.16
Consensus pattern (7 bp):
ATGAAAA
Found at i:27678912 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27678896--27678922 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
27678886 GGAAAAAATG
27678896 ATGAAAAATGAAA
1 ATGAAAAATGAAA
27678909 ATGAAAAATGAAA
1 ATGAAAAATGAAA
27678922 A
1 A
27678923 AATGAAAAAG
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.70, C:0.00, G:0.15, T:0.15
Consensus pattern (13 bp):
ATGAAAAATGAAA
Found at i:27678925 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 27678880--27678931 Score: 56
Period size: 8 Copynumber: 6.6 Consensus size: 8
27678870 TTAGTCAAAA
*
27678880 AAAAAAGG
1 AAAAAATG
27678888 AAAAAATG
1 AAAAAATG
27678896 ATGAAAAATG
1 A--AAAAATG
27678906 --AAAATG
1 AAAAAATG
27678912 -AAAAATG
1 AAAAAATG
27678919 AAAAAATG
1 AAAAAATG
27678927 AAAAA
1 AAAAA
27678932 GTAAAAATGG
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 1, Indels: 8
0.81 0.02 0.17
Matches are distributed among these distances:
6 6 0.15
7 6 0.15
8 20 0.51
10 7 0.18
ACGTcount: A:0.73, C:0.00, G:0.15, T:0.12
Consensus pattern (8 bp):
AAAAAATG
Found at i:27678926 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 27678896--27678940 Score: 58
Period size: 15 Copynumber: 3.2 Consensus size: 14
27678886 GGAAAAAATG
27678896 ATGAAAAATG-AAA
1 ATGAAAAATGAAAA
27678909 ATGAAAAATGAAAAA
1 ATGAAAAATG-AAAA
27678924 ATGAAAAA-GTAAAA
1 ATGAAAAATG-AAAA
27678938 ATG
1 ATG
27678941 GAGAGGCTAA
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 1, Indels: 3
0.88 0.03 0.09
Matches are distributed among these distances:
13 10 0.34
14 8 0.28
15 11 0.38
ACGTcount: A:0.69, C:0.00, G:0.16, T:0.16
Consensus pattern (14 bp):
ATGAAAAATGAAAA
Found at i:27680445 original size:129 final size:129
Alignment explanation
Indices: 27680159--27680593 Score: 660
Period size: 129 Copynumber: 3.4 Consensus size: 129
27680149 AGAACAGATC
* *
27680159 TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAGTAGCGGAGCAGATCGAAGACGGCGAATCTTATC
1 TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGCGGAGCAAATCGAAGACGGCGAATCTTATC
*
27680224 TTCAAGTGT-AAGAAAGCAAATTTAAGCCAC-AGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
66 TTCAAGTGTAAAG-AAGCAGATTTAAGCCACAAGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
* *
27680287 TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAACGGAGCAAATCGAAGACGGTGAATCTTATC
1 TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGCGGAGCAAATCGAAGACGGCGAATCTTATC
* *
27680352 TTCAAGTGTAAAGAAGCAGATTTAAACCACAAGTTCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
66 TTCAAGTGTAAAGAAGCAGATTTAAGCCACAAGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
* * * *
27680416 TGGGAAATTACAAATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGTGGAGCAGATCGAAGACGGCAAATCTTATC
1 TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGCGGAGCAAATCGAAGACGGCGAATCTTATC
* *
27680481 TTCAAGTGTAAGGAAGCAGATTTAAGCCACAAGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGAT
66 TTCAAGTGTAAAGAAGCAGATTTAAGCCACAAGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
* * * * * *
27680545 T-GAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAA
1 TGGGA-AATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGCGGAGCAAATCGAA
27680594 AATGGAATCT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 24, Indels: 5
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
128 87 0.31
129 193 0.69
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.22, T:0.26
Consensus pattern (129 bp):
TGGGAAATTACAGATCTTGTCTCCCTAAGCAATAGCGGAGCAAATCGAAGACGGCGAATCTTATC
TTCAAGTGTAAAGAAGCAGATTTAAGCCACAAGTCCTATATCCCTGATCAGTAGTGGAATAGGT
Found at i:27680785 original size:217 final size:217
Alignment explanation
Indices: 27680533--27681214 Score: 1179
Period size: 217 Copynumber: 3.1 Consensus size: 217
27680523 CCTGATCAGT
**
27680533 AGTGGAATAGATTGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
1 AGTGGAATAGACCGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
* *
27680598 GAATCTTATCTCCCTGAGATTACAACGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATCTCCCTAAGATT
66 GAATCTTATCTCCCTGAGATTACAGCGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTAAGATT
*
27680663 ACAGTGGAGAGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTACAGTAGAGTAGATCACATCA
131 ACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTACAGTAGAGTAGATCACATCA
27680728 GGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
196 GGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
* * *
27680750 AGTGGAATAGACCGATGAATTTTAGATCTTATCTCCCTAAGCGGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
1 AGTGGAATAGACCGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
*
27680815 GAATCTTATCTCCCTGAGATTATC-GCAGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTAAGAT
66 GAATCTTATCTCCCTGAGATTA-CAGCGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTAAGAT
*
27680879 TACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTACTA-TAGAGTAGATCGCAT
130 TACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTAC-AGTAGAGTAGATCACAT
*
27680943 CAGGTCTTATCTCCCTGAGATTAT
194 CAGGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
* *
27680967 AGTGGAATAGATCGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGAAGCTAATCGAAAATG
1 AGTGGAATAGACCGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
* *
27681032 GAATCTTATCTCCCTAAGATTACAGCGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTGAGATT
66 GAATCTTATCTCCCTGAGATTACAGCGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTAAGATT
*
27681097 ACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAGTTACAGTAGAGTAGATCACATCA
131 ACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTACAGTAGAGTAGATCACATCA
27681162 GGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
196 GGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
*
27681184 AGTGGAATAGACCGAAGAATTACAGATCTTA
1 AGTGGAATAGACCGAAGAATTTCAGATCTTA
27681215 CTTTCTAGGC
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 24, Indels: 8
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
216 2 0.00
217 433 0.99
218 2 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.20, T:0.29
Consensus pattern (217 bp):
AGTGGAATAGACCGAAGAATTTCAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCTAATCGAAAATG
GAATCTTATCTCCCTGAGATTACAGCGGAGCAGATTGAAGCTAGTAATCCTATTTCCCTAAGATT
ACAGTGGAGCGGATTAAAATAAAGGATCTTATCTCTCTGAAATTACAGTAGAGTAGATCACATCA
GGTCTTATCTCCCTGAGATTAC
Found at i:27681630 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27681580--27681622 Score: 52
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 18
27681570 TATTACCCTA
27681580 ATTATCATCATTATTATTAGT
1 ATTATCAT--TTA-TATTAGT
27681601 ATTATCATTTATATTAGT
1 ATTATCATTTATATTAGT
27681619 -TTAT
1 ATTAT
27681623 ATATTTATCT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 4
0.85 0.00 0.15
Matches are distributed among these distances:
17 4 0.18
18 7 0.32
19 3 0.14
21 8 0.36
ACGTcount: A:0.33, C:0.07, G:0.05, T:0.56
Consensus pattern (18 bp):
ATTATCATTTATATTAGT
Found at i:27688893 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27688868--27688926 Score: 82
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
27688858 CAATAGGGGA
*
27688868 TTTGCACTCCGGTGCCTCTG
1 TTTGCACTTCGGTGCCTCTG
* *
27688888 TTTGCACTTTGGTGTCTCTG
1 TTTGCACTTCGGTGCCTCTG
*
27688908 TTTGCACTTCGATGCCTCT
1 TTTGCACTTCGGTGCCTCT
27688927 AGTGTGGTGT
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 6, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 33 1.00
ACGTcount: A:0.07, C:0.29, G:0.22, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TTTGCACTTCGGTGCCTCTG
Found at i:27696380 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27696362--27696394 Score: 66
Period size: 13 Copynumber: 2.5 Consensus size: 13
27696352 ACTTTTATTT
27696362 TATTTTACCACAG
1 TATTTTACCACAG
27696375 TATTTTACCACAG
1 TATTTTACCACAG
27696388 TATTTTA
1 TATTTTA
27696395 TTTTAAAGTG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 20 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.06, T:0.45
Consensus pattern (13 bp):
TATTTTACCACAG
Found at i:27696380 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27696357--27696399 Score: 51
Period size: 13 Copynumber: 2.7 Consensus size: 18
27696347 ATTTTACTTT
27696357 TATTTTATTTTACCACAG
1 TATTTTATTTTACCACAG
27696375 -----TATTTTACCACAG
1 TATTTTATTTTACCACAG
27696388 TATTTTATTTTA
1 TATTTTATTTTA
27696400 AAGTGCGGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 10
0.67 0.00 0.33
Matches are distributed among these distances:
13 13 0.65
18 7 0.35
ACGTcount: A:0.28, C:0.14, G:0.05, T:0.53
Consensus pattern (18 bp):
TATTTTATTTTACCACAG
Found at i:27699019 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 27698891--27700328 Score: 308
Period size: 23 Copynumber: 62.7 Consensus size: 23
27698881 AAAGTGCTGC
27698891 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* **
27698914 ATATTGAAGTG-TTAAAGTGTTAC
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGT
* *
27698937 AAATTGAAGTATTTAAGTGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* ** *
27698960 GAATTGAAGTG-TTAAAGTGCAGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAA-TGTTGT
27698983 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* *
27699006 AAATTGAAGTGTTTTAA-GTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGT--TGT
* * ** * *
27699030 AAATTAAATTGTTTAGTTGCTGA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
27699053 AAATTG-AGATGTTT--ATCGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGT
* * *
27699075 -AATTGAGGTGTATAAATTTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* *
27699097 TAATTG-GGATG-TTAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * *
27699120 AAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* **
27699143 AAATTGAAGTGTTTAATTGCAGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27699166 AAATTGAGGTGATCAAATGATGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699189 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * ** **
27699212 AAACTGAATTGTTTAGTTGCCAG-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATG-TTGT
* * * *
27699235 AAATTGACA-AGTTT--CTCGCTAT
1 AAATTGA-AGTGTTTAAAT-GTTGT
* *
27699257 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* *
27699279 TAATT-AGGATG-TTAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * * * * *
27699302 AAGTTGAGGTGGTTAAAGGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27699325 AAATAGAAGTGTTTAATTGCTAT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27699348 AAATTGAGGTGCTCAAATGATGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* *
27699371 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTT-C
1 AAATTGAAGTGTTTAAATG-TTGT
** * *
27699394 AAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
**
27699417 AAATTG-AGATGTTT--ATCACTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGT
* *
27699439 -AATT-AAG-GTCAATAAATATTGT
1 AAATTGAAGTGT--TTAAATGTTGT
* * *
27699461 TAACT-AGGATG-TTAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * * *
27699484 AAGTTTAGGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699507 CAATTGAATTGTTTAATTGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27699530 AAATTGATGTGCTCAAATGATGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* ** *
27699553 AAATTGAAGTG--TAAGTACTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* ** *
27699574 AAATTGAATTGTTTAGTTGCTAG-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATG-TTGT
*
27699597 AAATTG-AGATGTTT--ATCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGT
*
27699619 -AATT-AAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAA-GTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699641 TAATTG-TGATG-TGAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * *
27699664 AAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
*
27699687 AAATTGAAGTGTTTAATTGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * **
27699710 AAATTGAGGTGCTCAAATGACGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699733 AAATTGAAATGTTTAAGTGTTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* ** * *
27699756 AAATTGAATTGTTTAGTTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
*
27699779 AAATTG-AGATGTTT--ATCGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGT
* *
27699801 -AATTGAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699823 TAATTG-GGATG-TTAAAGTGCTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * * *
27699846 AAGTTGAGGTGTTTAATTGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27699869 AATTTGAATTGTTTAATTGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
** * * * * *
27699892 ACTTTGAGGTGCTAAAATGATGA
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27699915 AAATTCAAGTGTTTAAGTGCTGC
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* ** **
27699938 AAATTGAATTGTTTAGTTGCCG-
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* *
27699960 AATATTG-AGATGTTT-ATTGCTGT
1 AA-ATTGAAG-TGTTTAAATGTTGT
* *
27699983 -AATT-ATGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGA-AGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27700005 TAATTG-GGATG-TGAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* * **
27700028 AAGTTGAGGTGTTTAAATACTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27700051 AAATTGAATTGTTTAATTATTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27700074 AATTTGAGGTGCTCAAAT-TATGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGT-TGT
* * *
27700097 AAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGG
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * **
27700120 AAACT-ATGTTATTTGGATGTGGATGTATT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAATGT---TG---T
** *
27700149 AAATTGAATTGAATTGTTTAGTTGTTGG
1 AAATTGAA--G---TGTTTAAATGTTGT
27700177 AAATTG-AGATGTTT--ATCGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAAT-GTTGT
*
27700199 -AATT-AAGGTGTATAAATGTTGT
1 AAATTGAA-GTGTTTAAATGTTGT
* *
27700221 TAATTG-GGATG-TTAAAGTGTTGT
1 AAATTGAAG-TGTTTAAA-TGTTGT
* *
27700244 AAGTTGAGGTGTTTAAATGTTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * *
27700267 AAATTGAAATGTTTAACTGCTGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
* * * *
27700290 AAATTGAGGTGCTCAAATGATGT
1 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
*
27700313 AAATTAAAGTGTTTAA
1 AAATTGAAGTGTTTAA
27700329 GTGCTGGAAA
Statistics
Matches: 1025, Mismatches: 283, Indels: 214
0.67 0.19 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.00
21 82 0.08
22 117 0.11
23 720 0.70
24 75 0.07
25 3 0.00
26 2 0.00
27 1 0.00
28 6 0.01
29 4 0.00
30 1 0.00
31 2 0.00
32 1 0.00
34 9 0.01
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGT
Found at i:27699241 original size:229 final size:230
Alignment explanation
Indices: 27698788--27699226 Score: 535
Period size: 229 Copynumber: 1.9 Consensus size: 230
27698778 TAAAGCCCTA
* * * * *
27698788 TTTAAGTACTGTAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATTACAGTAATTGAG
1 TTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGAAAATTGAGATGTTTTATCACAGTAATTGAG
* *
27698853 GTGTATAAATGTTTTTAATAGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTATAT
66 GTGTATAAATGTTTTTAATAGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAAT
* * * * *
27698918 TGAAGTGTTAAAGTGTTACAAATTGAAGTATTTAAGTGTTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGCAGC
131 TGAAGTGTTAAAGTGTCACAAATTGAAGTATTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCAGC
* **
27698983 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGT
196 AAACTGAAGTGTTTAAATGCAGTAAATTGAAGTGT
* ***
27699018 TTTAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTTGCTGAAAATTGAGATG-TTTATCGTTGTAATTGAG
1 TTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGAAAATTGAGATGTTTTATCACAGTAATTGAG
* * * * * *
27699082 GTGTATAAAT-TTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAA
66 GTGTATAAATGTTT-TTAATAGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAA
* * * * *
27699146 TTGAAGTGTTTAATTG-CAGTAAATTGAGGTGA-TCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
130 TTGAAGTGTTAAAGTGTCA-CAAATTGAAGT-ATTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGC
* *
27699209 TGCAAACTGAATTGTTTA
193 AGCAAACTGAAGTGTTTA
27699227 GTTGCCAGAA
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 30, Indels: 7
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
228 4 0.02
229 130 0.74
230 42 0.24
ACGTcount: A:0.32, C:0.04, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (230 bp):
TTTAAGTACTGCAAATTAAAGTGTTTAGTTGCTGAAAATTGAGATGTTTTATCACAGTAATTGAG
GTGTATAAATGTTTTTAATAGAGATGTTAAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAAATGCTGTAAAT
TGAAGTGTTAAAGTGTCACAAATTGAAGTATTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTAAAGTGCAGC
AAACTGAAGTGTTTAAATGCAGTAAATTGAAGTGT
Found at i:27699268 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27698892--27700118 Score: 1622
Period size: 182 Copynumber: 6.7 Consensus size: 182
27698882 AAGTGCTGCA
* * * ** * * * *
27698892 AATTGAAGTGTTTAAATGTTG-TATATT-GAAGTGTTAAAGTGTTACAAATTGAAGTATTTAAGT
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTA-ATTGGGA-TGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAAT
* * * * ** * * * * *
27698955 GTTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGCAGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTT
64 GCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTG-TT
* * * *
27699020 TAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTTG-CTGAAAATTGAGATGTTTATCGTTGT
128 TAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAG-AAATTGAGATGTTTATCGCTGT
*
27699075 AATTGAGGTGTATAAATTTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
** *
27699140 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCAGTAAATTGAGGTGATCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
66 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
* * * * *
27699205 GTGCTGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGACAAGTTTCTCGCTAT
131 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
* * *
27699257 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGGTTAAAGGC
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
* * * *
27699322 TATAAATAGAAGTGTTTAATTGCTATAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
66 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
* * ** *
27699387 GTGCTTCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCACTGT
131 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
* ** * * * *
27699439 AATTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTTAGGTGTTTAAATGC
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
* * *
27699504 TGTCAATTGAATTGTTTAATTGTTGTAAATTGATGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTG--TAA
66 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
* *
27699567 GTACTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
131 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
* * *
27699619 AATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGTGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
* *
27699684 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGACGTAAATTGAAATGTTTAA
66 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
* **
27699749 GTGTTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
131 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
* *
27699801 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGCTGTAAGTTGAGGTGTTTAATTGC
1 AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
* * ** * * *
27699866 TGTAATTTGAATTGTTTAATTGTTGTACTTTGAGGTGCTAAAATGATGAAAATTCAAGTGTTTAA
66 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
*
27699931 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCC-GAATATTGAGATGTTTATTGCTGT
131 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAA-ATTGAGATGTTTATCGCTGT
* *
27699983 AATT-ATGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATA
1 AATTGA-GGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* * * *
27700047 CTGTAAATTGAATTGTTTAATTATTGTAATTTGAGGTGCTCAAATTATGTAAATTGAAGTGTTTA
65 CTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
27700112 AGTGCTG
130 AGTGCTG
27700119 GAAACTATGT
Statistics
Matches: 926, Mismatches: 111, Indels: 15
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 162 0.17
181 4 0.00
182 654 0.71
183 102 0.11
184 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGT
Found at i:27700058 original size:544 final size:544
Alignment explanation
Indices: 27698983--27700108 Score: 1671
Period size: 544 Copynumber: 2.1 Consensus size: 544
27698973 AAAGTGCAGC
* * *
27698983 AAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTTAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTT
1 AAATTGAAGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTG---TAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTT
* * * *
27699048 GCTGAAAATTGAGATGTTTATCGTTGTAATTGAGGTGTATAAATTTTGTTAATTGGGATGTTAAA
63 GCTGAAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAA
27699113 GTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCAGTAAATTGAGGTGA
128 GTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCAGTAAATTGAGGTGA
* *
27699178 TCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAC
193 TCAAATGACGTAAATTGAAATGTTTAAGTGCTGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAC
* *
27699243 AAGTTTCTCGCTATAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
258 AAGTTTATCGCTATAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGCTGTAAGTTG
* *
27699308 AGGTGGTTAAAGGCTATAAATAGAAGTGTTTAATTGCTATAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
323 AGGTGGTTAAAGGCTATAAATAGAAGTGTTTAATTGCTATAAATTGAGGTGCTAAAATGATGAAA
* * *
27699373 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTTCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCACTG
388 ATTCAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTCGAAATTGAGATGTTTATCACTG
* * *
27699438 TAATTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTTAGGTGTTTAAATG
453 TAATTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATA
* *
27699503 CTGTCAATTGAATTGTTTAATTGTTGT
518 CTGTAAATTGAATTGTTTAATTATTGT
* *
27699530 AAATTGATGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTAAGTACTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCT
1 AAATTGAAGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTTGCT
*
27699595 -AGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGTGATGTGAAAGT
66 GA-AAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAAGT
** *
27699659 GTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
130 GTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCAGTAAATTGAGGTGATC
* * ** * *
27699724 AAATGACGTAAATTGAAATGTTTAAGTGTTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
195 AAATGACGTAAATTGAAATGTTTAAGTGCTGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGACAA
* *
27699789 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGCTGTAAGTTGAG
260 GTTTATCGCTATAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGCTGTAAGTTGAG
* ** * * * * * * **
27699854 GTGTTTAATTGCTGTAATTTGAATTGTTTAATTGTTGTACTTTGAGGTGCTAAAATGATGAAAAT
325 GTGGTTAAAGGCTATAAATAGAAGTGTTTAATTGCTATAAATTGAGGTGCTAAAATGATGAAAAT
* **
27699919 TCAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGC-CGAATATTGAGATGTTTATTGCTGT
390 TCAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTCGAA-ATTGAGATGTTTATCACTGT
* ** * * *
27699983 AATTATGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATAC
454 AATTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATAC
27700048 TGTAAATTGAATTGTTTAATTATTGT
519 TGTAAATTGAATTGTTTAATTATTGT
* * *
27700074 AATTTGAGGTGCTCAAATTATGTAAATTGAAGTGT
1 AAATTGAAGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGT
27700109 TTAAGTGCTG
Statistics
Matches: 519, Mismatches: 58, Indels: 7
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
543 4 0.01
544 485 0.93
547 30 0.06
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (544 bp):
AAATTGAAGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTAAGTACTGCAAATTAAATTGTTTAGTTGCT
GAAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAAGTG
TTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCAGTAAATTGAGGTGATCA
AATGACGTAAATTGAAATGTTTAAGTGCTGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGACAAG
TTTATCGCTATAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGCTGTAAGTTGAGG
TGGTTAAAGGCTATAAATAGAAGTGTTTAATTGCTATAAATTGAGGTGCTAAAATGATGAAAATT
CAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTCGAAATTGAGATGTTTATCACTGTAA
TTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTG
TAAATTGAATTGTTTAATTATTGT
Found at i:27700074 original size:46 final size:45
Alignment explanation
Indices: 27698797--27700112 Score: 467
Period size: 46 Copynumber: 28.9 Consensus size: 45
27698787 ATTTAAGTAC
* * ** * * **
27698797 TGTAATTTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTTATTAC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * * * * * *
27698843 AGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTTTTAATAGAGATGTTAAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * * *
27698888 TGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTATATTGAAGTGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
** * * * * * * * *
27698934 TACAAATTGAAGTATTTAAGTGTTGTGAATTGAAGTGTTAAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * * * * **
27698980 AGCAAATTGAAGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTTAAGTAC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TG-TTTAATTGT
* * ** ** * *
27699027 TGCAAATTAAATTGTTTAGTTGCTGAAAATTGAGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* ** * * * *
27699072 TGT-AATTGAGGTGTATAAATTTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATT-GAATGTTTAATTGT
* *
27699117 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * * * * *
27699163 AGTAAATTGAGGTGATCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * ** ** * * * * *
27699209 TGCAAACTGAATTGTTTAGTTGCCAG-AAATTGACAAGTTT-CTCGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATG-CTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * * * *
27699254 TAT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATT-GAATGTTTAATTGT
* * * * * *
27699299 TGTAAGTTGAGGTGGTTAAAGGCTATAAATAGAAGTGTTTAATTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * * * *
27699345 TATAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTG-T
* * ** * ***
27699392 T-CAAATTGAAGTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTT-ATCAC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* *** ** * * * * *
27699436 TGT-AATTAAGGTCAATAAATATTGTTAACTAGGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTG-TAAATTGAATGTTTAATTGT
* * *
27699481 TGTAAGTTTAGGTGTTTAAATGCTGTCAATTGAATTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * * * * * **
27699527 TGTAAATTGATGTGCTCAAATGATGTAAATTGAA-GTGTAAGTAC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATGTTTAATTGT
* ** ** * *
27699571 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAG-AAATTGAGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCT-GTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * * ** *
27699616 TGT-AATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGTGATGTGAAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTG-AATGTTTAATTGT
*
27699661 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * *
27699707 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGAC-GTAAATTGAAATGTTTAAGTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATG-CTGTAAATTG-AATGTTTAATTGT
* ** ** * * *
27699753 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * * * *
27699798 TGT-AATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATT-GAATGTTTAATTGT
* * *
27699843 TGTAAGTTGAGGTGTTTAATTGCTGTAATTTGAATTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
** * * * * * * *
27699889 TGTACTTTGAGGTGCTAAAATGATGAAAATTCAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* ** ** * *
27699935 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCG-AATATTGAGATGTTT-ATTGC
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAA-ATTGA-ATGTTTAATTGT
* * * * ** *
27699980 TGT-AATT-ATGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTGAAAGTGT
1 TGTAAATTGA-GGTGTTTAAATGCTGTAAATT-GAATGTTTAATTGT
* * *
27700025 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTGTAAATTGAATTGTTTAATTAT
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAATTGT
* * * **
27700071 TGTAATTTGAGGTGCTCAAATTATGTAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAA-TGTTTAA
27700113 GTGCTGGAAA
Statistics
Matches: 905, Mismatches: 318, Indels: 94
0.69 0.24 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 3 0.00
44 154 0.17
45 110 0.12
46 593 0.66
47 44 0.05
48 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (45 bp):
TGTAAATTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAATGTTTAATTGT
Found at i:27700315 original size:216 final size:216
Alignment explanation
Indices: 27699939--27700338 Score: 649
Period size: 216 Copynumber: 1.9 Consensus size: 216
27699929 AAGTGCTGCA
* *
27699939 AATTGAATTGTTTAGTTGCCGAATATTGAGATGTTTATTGCTGTAATTATGGTGTATAAATGTTG
1 AATTGAATTGTTTAGTTGCCGAATATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTG
* *
27700004 TTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTGTAAATTGAATTGTTTAATT
66 TTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAATGTTTAACT
* * * *
27700069 ATTGTAATTTGAGGTGCTCAAATTATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGGAAACTATGTTATTT
131 ACTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTGGAAACTATGTTATTT
27700134 GGATGTGGATGTATTAAATTG
196 GGATGTGGATGTATTAAATTG
** *
27700155 AATTGAATTGTTTAGTTGTTGGAA-ATTGAGATGTTTATCGTTGTAATTAAGGTGTATAAATGTT
1 AATTGAATTGTTTAGTTG-CCGAATATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTT
* **
27700219 GTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAATGTTTAAC
65 GTTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAATGTTTAAC
*
27700284 TGCTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTGGAAA
130 TACTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTGGAAA
27700339 TTAAATTGTT
Statistics
Matches: 168, Mismatches: 15, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
216 165 0.98
217 3 0.02
ACGTcount: A:0.30, C:0.04, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (216 bp):
AATTGAATTGTTTAGTTGCCGAATATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTG
TTAATTGGGATGTGAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATACTGTAAATTGAAATGTTTAACT
ACTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTGGAAACTATGTTATTT
GGATGTGGATGTATTAAATTG
Found at i:27700326 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 27700241--27700340 Score: 130
Period size: 46 Copynumber: 2.2 Consensus size: 46
27700231 GTTAAAGTGT
* * * *
27700241 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGTTGTAAATTGAAATGTTTAACTGC
1 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAATGTTTAACTGC
*
27700287 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATT-AAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAA-TGTTTAACTGC
*
27700333 TGGAAATT
1 TGTAAATT
27700341 AAATTGTTTA
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 2
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
45 3 0.06
46 44 0.94
ACGTcount: A:0.33, C:0.05, G:0.24, T:0.38
Consensus pattern (46 bp):
TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAATGTTTAACTGC
Found at i:27701546 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 27701428--27701535 Score: 189
Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 42
27701418 AACAAAAACG
*
27701428 CCGCTAAAGACCATGTTCTTTAGCGGCATTTTTTTCTAAGCA
1 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGGCATTTTTTTCTAAGCA
* *
27701470 CCGCTAAAGAACATGGTATTTAGCGGCATTTTTTTCTAAGCA
1 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGGCATTTTTTTCTAAGCA
27701512 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
1 CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGC
27701536 TGCGCTTTTT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 5, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
42 61 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.18, T:0.33
Consensus pattern (42 bp):
CCGCTAAAGAACATGTTCTTTAGCGGCATTTTTTTCTAAGCA
Found at i:27706706 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27706682--27706723 Score: 84
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
27706672 CGCCCCAATA
27706682 CAACATGCAGTCATTTGGG
1 CAACATGCAGTCATTTGGG
27706701 CAACATGCAGTCATTTGGG
1 CAACATGCAGTCATTTGGG
27706720 CAAC
1 CAAC
27706724 TCTAACAGCA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 23 1.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (19 bp):
CAACATGCAGTCATTTGGG
Found at i:27707453 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 27707439--27707629 Score: 189
Period size: 9 Copynumber: 21.9 Consensus size: 9
27707429 TTTTTATGTA
27707439 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
27707448 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707457 TTGTGT-A-
1 TTATGTAAG
27707464 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
27707473 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707482 TTATGGAAG
1 TTATGTAAG
* *
27707491 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
27707500 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
27707509 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707518 TTATGTAGG
1 TTATGTAAG
* *
27707527 CTATAT-A-
1 TTATGTAAG
* *
27707534 TTATCTAAA
1 TTATGTAAG
*
27707543 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707552 TTA-GGAAGG
1 TTATGTAA-G
27707561 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
27707568 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707577 TTATTTAAG
1 TTATGTAAG
*
27707586 TTATGCAAG
1 TTATGTAAG
* *
27707595 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
27707604 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
27707613 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
27707622 TTATGTAA
1 TTATGTAA
27707630 TTAGAAATTT
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 28, Indels: 16
0.77 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
7 15 0.10
8 7 0.05
9 123 0.84
10 1 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:27707549 original size:104 final size:104
Alignment explanation
Indices: 27707441--27707628 Score: 324
Period size: 104 Copynumber: 1.8 Consensus size: 104
27707431 TTTATGTATT
* * *
27707441 ATGTAAGTTATGTAA-GTTGTGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGGAAGTTATTTAATTTATG
1 ATGTAAGTTA-GGAAGGTTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGCAAGTTATTTAATTTATG
27707505 TAAGTTATGTAAGTTATGTAGGCTATATATTATCTAAATA
65 TAAGTTATGTAAGTTATGTAGGCTATATATTATCTAAATA
*
27707545 ATGTAAGTTAGGAAGGTTATGTATTATGTAAGTTATTTAAGTTATGCAAGTTATTTAATTTATGT
1 ATGTAAGTTAGGAAGGTTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGCAAGTTATTTAATTTATGT
27707610 AAGTTATGTAAGTTATGTA
66 AAGTTATGTAAGTTATGTA
27707629 ATTAGAAATT
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 4, Indels: 2
0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
103 3 0.04
104 76 0.96
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.20, T:0.45
Consensus pattern (104 bp):
ATGTAAGTTAGGAAGGTTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGCAAGTTATTTAATTTATGT
AAGTTATGTAAGTTATGTAGGCTATATATTATCTAAATA
Found at i:27707553 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 27707439--27707554 Score: 137
Period size: 61 Copynumber: 1.9 Consensus size: 61
27707429 TTTTTATGTA
* * * * * *
27707439 TTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGGAAGTTATTTAAT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTACTATATAAGTTATCTAAATAATGGAAGTTATTTAAT
*
27707500 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAGGCTATAT-A-TTATCTAAATAATGTAAGTTA
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTA--CTATATAAGTTATCTAAATAATGGAAGTTA
27707555 GGAAGGTTAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 7, Indels: 4
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
61 41 0.89
62 1 0.02
63 4 0.09
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.19, T:0.46
Consensus pattern (61 bp):
TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTACTATATAAGTTATCTAAATAATGGAAGTTATTTAAT
Found at i:27707684 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27707613--27707773 Score: 268
Period size: 57 Copynumber: 2.8 Consensus size: 57
27707603 TTTATGTAAG
* *
27707613 TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATA
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATA
* *
27707670 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATA
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATA
* *
27707727 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGT
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGT
27707774 TATGTAATTT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 8, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
57 96 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.09, T:0.46
Consensus pattern (57 bp):
TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATA
Found at i:27707771 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 27707720--27708082 Score: 174
Period size: 37 Copynumber: 9.7 Consensus size: 37
27707710 TAAAAGTAAT
27707720 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
* * * *
27707757 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTTGATATTTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
* * *
27707794 CTTAACATTATATAAGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTA-
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAA-TT-CG-AAATT-T-TAC
* * ** * ** * * *
27707835 ATTAGAAATT-T-TATCTTA-AT-ATTATATAA-GTAAT
1 CTTA-ATATTATATAAGTTATGTAATTCGA-AATTTTAC
*
27707869 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
* * **
27707906 CTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA-
1 CTTAATATTATATAAGTTAT-GT-A-ATTCGA-AA-TT-T-TAC
* ** * ** ** * *
27707949 ATTCGAA-ATT-T-TATCTTA-AT-ATTATAAAAGTAAT
1 CTT--AATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
27707983 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
* * *
27708020 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
*
27708057 CTTAACATTATATAAGTTATGTAATT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATT
27708083 TATGTAAGTT
Statistics
Matches: 244, Mismatches: 54, Indels: 56
0.69 0.15 0.16
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.01
33 9 0.04
34 9 0.04
35 11 0.05
36 7 0.03
37 155 0.64
38 4 0.02
39 4 0.02
40 13 0.05
41 7 0.03
42 12 0.05
43 4 0.02
44 5 0.02
45 2 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.09, T:0.48
Consensus pattern (37 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
Found at i:27707774 original size:94 final size:92
Alignment explanation
Indices: 27707663--27707865 Score: 289
Period size: 94 Copynumber: 2.2 Consensus size: 92
27707653 TATAAGTAAT
* *
27707663 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAACATTATAAAAGTAAT-GTAAT-T
*
27707728 TATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
64 TATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
* * * * * *
27707757 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTTGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTATGTAATTTA
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAACATTATAAAAGTAATGTAATTTA
* *
27707822 TGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAT
66 TATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
27707849 CTTAATATTATATAAGT
1 CTTAATATTATATAAGT
27707866 AATCTTAATA
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 12, Indels: 2
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
92 43 0.44
93 4 0.04
94 50 0.52
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (92 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAACATTATAAAAGTAATGTAATTTA
TATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
Found at i:27707827 original size:206 final size:204
Alignment explanation
Indices: 27707815--27708600 Score: 1072
Period size: 206 Copynumber: 3.9 Consensus size: 204
27707805 ATAAGTTATG
* * *
27707815 TAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTA
1 TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAAT-GTAAT-TTA
*
27707879 TATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTT
64 TATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTT
*
27707944 ATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATT
129 ATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATAT-AGTTATGTAATT
*
27708009 CGAAATTTTACCT
193 AGAAATTTTA-CT
* * * * *
27708022 TAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTATGTAATTTATG
1 TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATGTAATTTATA
27708087 TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
66 TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
*
27708152 GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCG
131 GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATAT-AGTTATGTAATTAG
27708217 AAATTTTACCT
195 AAATTTTA-CT
* * * * * *
27708228 TAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAGCATTATATAAGTTATGTAATTTATG
1 TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATGTAATTTATA
27708293 TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
66 TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
*
27708358 GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTTG
131 GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATAT-AGTTATGTAATTAG
27708423 AAATTTTATCT
195 AAATTTTA-CT
* * *
27708434 TAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTA---T--C-TTA-AT-A-T--TG-------TA
1 TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATGTAATTTATA
* * * * *
27708481 TAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTAT-GTAATATTATATAAGTTAT
66 TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
* * * *
27708545 GTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTTATCTTAATATTATATAAGTTA
131 GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATAT-AGTTA
27708601 AGAAATTTTA
Statistics
Matches: 555, Mismatches: 23, Indels: 22
0.93 0.04 0.04
Matches are distributed among these distances:
187 70 0.13
188 42 0.08
195 2 0.00
197 1 0.00
198 1 0.00
199 2 0.00
200 3 0.01
201 1 0.00
203 1 0.00
206 380 0.68
207 8 0.01
208 44 0.08
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (204 bp):
TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATGTAATTTATA
TAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTAT
GTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAGTTATGTAATTAGA
AATTTTACT
Found at i:27707870 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27707639--27708600 Score: 363
Period size: 20 Copynumber: 51.1 Consensus size: 20
27707629 ATTAGAAATT
27707639 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27707659 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* ** *
27707679 TTAT-GT-A-ATTCGA-AAT
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27707695 TTGATCTTAATATTATAAAAG
1 TT-ATCTTAATATTATATAAG
*
27707716 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * **
27707736 TTAT-GTAAT-TCGA-A-ATT
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
* *
27707753 TTACCTTAATATTGTATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* *
27707773 TTAT-GTAAT-TTGATAT--T
1 TTATCTTAATATT-ATATAAG
*
27707790 TTATCTTAACATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* *
27707810 TTAT-GTAAT-TTATGTAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27707828 TTAT-GT-A-ATTAGA-AATT
1 TTATCTTAATATTATATAA-G
27707845 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27707865 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * **
27707885 TTAT-GTAAT-TCGA-A-ATT
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
27707902 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27707922 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * **
27707942 TTAT-GTAAT-TCGA-A-ATT
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
*
27707959 TTATCTTAATATTATAAAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27707979 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * **
27707999 TTAT-GTAAT-TCGA-A-ATT
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
* *
27708016 TTACCTTAATATTGTATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708036 TTAT-GTAAT-TCGATAT--T
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
*
27708053 TTATCTTAACATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* *
27708073 TTAT-GTAAT-TTATGTAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708091 TTAT-GT-A-ATTAGA-AATT
1 TTATCTTAATATTATATAA-G
27708108 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27708128 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* ** *
27708148 TTAT-GT-A-ATTCGA-AAT
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27708164 TTGATCTTAATATTATAAAAG
1 TT-ATCTTAATATTATATAAG
*
27708185 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * **
27708205 TTAT-GTAAT-TCGA-A-ATT
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
* *
27708222 TTACCTTAATATTGTATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708242 TTAT-GTAAT-TCGATAT--T
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
**
27708259 TTATCTTAGCATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* *
27708279 TTAT-GTAAT-TTATGTAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708297 TTAT-GT-A-ATTAGA-AATT
1 TTATCTTAATATTATATAA-G
27708314 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27708334 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* ** *
27708354 TTAT-GT-A-ATTCGA-AAT
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27708370 TTGATCTTAATATTATAAAAG
1 TT-ATCTTAATATTATATAAG
*
27708391 TAATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* **
27708411 TTAT-GTAAT-TTGA-A-ATT
1 TTATCTTAATATT-ATATAAG
*
27708428 TTATCTTAATATTGTATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708448 TTAT-GTAAT-TCGATAT--T
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
*
27708465 TTATCTTAATATTGTATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708485 TTAT-GTAAT-TCGATAT--T
1 TTATCTTAATAT-TATATAAG
*
27708502 TTATCTTAACATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
*
27708522 TTAT-GTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
* * *
27708541 TTAT-GT-A-ATTAGA-AATT
1 TTATCTTAATATTATATAA-G
27708558 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
27708578 TTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCTTAATATTATATAAG
27708598 TTA
1 TTA
27708601 AGAAATTTTA
Statistics
Matches: 673, Mismatches: 176, Indels: 186
0.65 0.17 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 20 0.03
17 98 0.15
18 132 0.20
19 121 0.18
20 285 0.42
21 17 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (20 bp):
TTATCTTAATATTATATAAG
Found at i:27707887 original size:263 final size:262
Alignment explanation
Indices: 27707613--27708581 Score: 1304
Period size: 263 Copynumber: 3.6 Consensus size: 262
27707603 TTTATGTAAG
* *
27707613 TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
* *
27707678 GTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
66 GTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAAT-GTAATATTATATAAGTTATGTA
* * *
27707743 ATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTTGATATTTTATCTTAACATTATATA
130 ATTAGAAATTTTACCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGATATTTTATCTTAACATTATATA
27707808 AGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTA
195 AGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTA
27707873 ATA
260 ATA
27707876 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
*
27707941 GTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
66 GTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAAT-GTAATATTATATAAGTTATGTA
* * *
27708006 ATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATA
130 ATTAGAAATTTTACCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGATATTTTATCTTAACATTATATA
27708071 AGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTA
195 AGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTA
27708136 ATA
260 ATA
* *
27708139 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAA
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
* * * * * * *
27708204 GTTATGTAATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGTTATGTAAT-TCGATAT--TTTATCTT
66 GTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATGTAATAT-TATATAAGTTAT-GT
* * * * *
27708266 AGCATTATATAA-GTTA--TGTAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATT
129 A--ATTAGA-AATTTTACCT-TAATATTATATAAGTTATGTAATTAGATATTTTATCTTAACATT
* * * * * *
27708327 ATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGT
190 ATATAAGTTAT-GTAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGT
27708392 AATCTTAATA
253 AATCTTAATA
*
27708402 TTATATAAGTTATGTAATTTGAAATTTTATCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
1 TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATA---T-T-A--TA--TAA---G-TA----
* * * * *
27708467 ATCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTATGTAATA
49 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATGTAATA
*
27708532 TTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTTAT
114 TTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTACCTTAATATTATATAAGTTAT
27708582 CTTAATATTA
Statistics
Matches: 632, Mismatches: 42, Indels: 46
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
260 4 0.01
261 48 0.08
262 16 0.03
263 455 0.72
264 2 0.00
266 1 0.00
267 1 0.00
268 1 0.00
270 2 0.00
272 2 0.00
275 1 0.00
276 2 0.00
278 2 0.00
279 8 0.01
280 67 0.11
281 16 0.03
282 4 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (262 bp):
TTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
GTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATGTAATATTATATAAGTTATGTAA
TTAGAAATTTTACCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGATATTTTATCTTAACATTATATAA
GTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAA
TA
Found at i:27707890 original size:149 final size:151
Alignment explanation
Indices: 27707613--27707922 Score: 498
Period size: 149 Copynumber: 2.1 Consensus size: 151
27707603 TTTATGTAAG
* * *
27707613 TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAA
1 TTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATCGTAATATTATATAA
*
27707678 GTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
66 GTTATGTAATTAGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
27707743 ATTCGAAATTTTACCTTAATA
131 ATTCGAAATTTTACCTTAATA
* * * * *
27707764 TTGTATAAGTTATGTAATTTGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTAT-GTAAT-TTATGTAA
1 TTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATCGTAATATTATATAA
* *
27707827 GTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
66 GTTATGTAATTAGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
*
27707892 ATTCGAAATTTTATCTTAATA
131 ATTCGAAATTTTACCTTAATA
27707913 TTATATAAGT
1 TTATATAAGT
27707923 AATCTTAATA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 13, Indels: 2
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
149 98 0.67
150 4 0.03
151 44 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (151 bp):
TTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAGTAATCGTAATATTATATAA
GTTATGTAATTAGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATATTATATAAGTTATGTA
ATTCGAAATTTTACCTTAATA
Found at i:27707904 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27707757--27708036 Score: 447
Period size: 57 Copynumber: 4.9 Consensus size: 57
27707747 GAAATTTTAC
* * * * *
27707757 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTTGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* * *
27707814 -GTAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
27707869 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
*
27707926 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* *
27707983 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGT
27708037 TATGTAATTC
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 14, Indels: 4
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 44 0.21
56 8 0.04
57 155 0.75
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (57 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
Found at i:27708034 original size:94 final size:92
Alignment explanation
Indices: 27707926--27708128 Score: 307
Period size: 94 Copynumber: 2.2 Consensus size: 92
27707916 TATAAGTAAT
* *
27707926 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATAAAAGTAATCTTAATAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAACATTATAAAAGTAAT-GTAAT-T
*
27707991 TATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
64 TATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
* * * *
27708020 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTATGTAATTTA
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAACATTATAAAAGTAATGTAATTTA
* *
27708085 TGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAT
66 TATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
27708112 CTTAATATTATATAAGT
1 CTTAATATTATATAAGT
27708129 AATCTTAATA
Statistics
Matches: 99, Mismatches: 10, Indels: 2
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
92 43 0.43
93 4 0.04
94 52 0.53
ACGTcount: A:0.38, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (92 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAACATTATAAAAGTAATGTAATTTA
TATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTAC
Found at i:27708171 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27708020--27708242 Score: 333
Period size: 57 Copynumber: 3.9 Consensus size: 57
27708010 GAAATTTTAC
* * * *
27708020 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAGTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* * *
27708077 -GTAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* *
27708132 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* *
27708189 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTACCTTAATATTGTATAAGT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGT
27708243 TATGTAATTC
Statistics
Matches: 148, Mismatches: 16, Indels: 4
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 44 0.30
56 8 0.05
57 96 0.65
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.09, T:0.47
Consensus pattern (57 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
Found at i:27708240 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 27708189--27708288 Score: 155
Period size: 37 Copynumber: 2.7 Consensus size: 37
27708179 TAAAAGTAAT
27708189 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
* * *
27708226 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
**
27708263 CTTAGCATTATATAAGTTATGTAATT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATT
27708289 TATGTAAGTT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 57 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.07, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (37 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTAC
Found at i:27708377 original size:57 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27708226--27708448 Score: 324
Period size: 57 Copynumber: 3.9 Consensus size: 57
27708216 GAAATTTTAC
* * ** *
27708226 CTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAGCATTATATAAGTTAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* * *
27708283 -GTAAT-TTATGTAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* *
27708338 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTGATCTTAATATTATAAAAGTAAT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
* *
27708395 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTTGAAATTTTATCTTAATATTGTATAAGT
1 CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGT
27708449 TATGTAATTC
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 17, Indels: 4
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
55 43 0.29
56 8 0.05
57 96 0.65
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.10, T:0.48
Consensus pattern (57 bp):
CTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGAAATTTTATCTTAATATTATATAAGTAAT
Found at i:27708446 original size:37 final size:37
Alignment explanation
Indices: 27708393--27708530 Score: 231
Period size: 37 Copynumber: 3.7 Consensus size: 37
27708383 TATAAAAGTA
* *
27708393 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTTGAAATTTT
1 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
*
27708430 ATCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
1 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
*
27708467 ATCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
1 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
*
27708504 ATCTTAACATTATATAAGTTATGTAAT
1 ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAAT
27708531 ATTATATAAG
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 5, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
37 96 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.05, G:0.09, T:0.50
Consensus pattern (37 bp):
ATCTTAATATTATATAAGTTATGTAATTCGATATTTT
Found at i:27708539 original size:56 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27708465--27708600 Score: 211
Period size: 56 Copynumber: 2.4 Consensus size: 57
27708455 ATTCGATATT
* * * *
27708465 TTATCTTAATATTGTATAAGTTATGTAATTCGATATTTTATCTTAACATTATATAAG
1 TTATCGTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAG
*
27708522 TTAT-GTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAATATTATATAAG
1 TTATCGTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAG
*
27708578 TTATCTTAATATTATATAAGTTA
1 TTATCGTAATATTATATAAGTTA
27708601 AGAAATTTTA
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 6, Indels: 2
0.90 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
56 51 0.71
57 21 0.29
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.08, T:0.49
Consensus pattern (57 bp):
TTATCGTAATATTATATAAGTTATGTAATTAGAAATTTTATCTTAACATTATATAAG
Found at i:27711092 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27711068--27711109 Score: 57
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
27711058 GGACTACGTG
*
27711068 GGGGAACTGTTAGGGATTA
1 GGGGAAATGTTAGGGATTA
* *
27711087 GGGGAAATTTTAGGGATTT
1 GGGGAAATGTTAGGGATTA
27711106 GGGG
1 GGGG
27711110 GAGATGAGAG
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 3, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
19 20 1.00
ACGTcount: A:0.24, C:0.02, G:0.45, T:0.29
Consensus pattern (19 bp):
GGGGAAATGTTAGGGATTA
Found at i:27713322 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 27713274--27713379 Score: 158
Period size: 41 Copynumber: 2.6 Consensus size: 41
27713264 AGGTTTTTTT
* *
27713274 GCGGCGCTTTTTAGAAAACGCCGCTAAAGACAAGATCATTA
1 GCGGCGCTTTTTAAAAAACGCCGCTAAAGACAAGAGCATTA
* * *
27713315 GCGGCGCTTTTTAAAAAATGCCGCTAAAGGCAGGAGCATTA
1 GCGGCGCTTTTTAAAAAACGCCGCTAAAGACAAGAGCATTA
*
27713356 GCGGCGCTTTTCAAAAAACGCCGC
1 GCGGCGCTTTTTAAAAAACGCCGC
27713380 AACAGGGACA
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 7, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 58 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.24, G:0.25, T:0.21
Consensus pattern (41 bp):
GCGGCGCTTTTTAAAAAACGCCGCTAAAGACAAGAGCATTA
Found at i:27713486 original size:154 final size:156
Alignment explanation
Indices: 27713172--27713494 Score: 424
Period size: 156 Copynumber: 2.1 Consensus size: 156
27713162 GCGCTTCCTC
* * * * *
27713172 AAAAACGCCGCTAACGGCCGGATCATTAGCGACGCTTTTCACAAAACGCCGCTAAAGGCCCAAAA
1 AAAAACGCCGCTAAAGGCAGGAGCATTAGCGACGCTTTTCAAAAAACGCCGCTAAAGGCACAAAA
*
27713237 CACACAGAAAACGGCGTCGTTGGCCTTAGGTTTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAAACGCCGCTAAA
66 CACACAGAAAACGACGTCGTTGGCCTTAGGTTTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAAACGCCGCTAAA
* *
27713302 GACAAGATCATTAGCGGCGCTTTTTA
131 GACAAGAGCATTAGCGGCGATTTTTA
* * *
27713328 AAAAATGCCGCTAAAGGCAGGAGCATTAGCGGCGCTTTTCAAAAAACGCCGC-AACAGGGACAAA
1 AAAAACGCCGCTAAAGGCAGGAGCATTAGCGACGCTTTTCAAAAAACGCCGCTAA-AGGCACAAA
* *
27713392 A-ACGCAG-AAACGACGTCGTTGGCCTTAGG-TTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAATCGCCGCT-A
65 ACACACAGAAAACGACGTCGTTGGCCTTAGGTTTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAAACGCCGCTAA
* **
27713453 AGTCCCCCGAGCATTAGCGGC-ATTTTTA
130 AG--ACAAGAGCATTAGCGGCGATTTTTA
27713481 GAAAAACGCCGCTA
1 -AAAAACGCCGCTA
27713495 CAGGTCCAAA
Statistics
Matches: 146, Mismatches: 17, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
152 3 0.02
153 36 0.25
154 46 0.32
155 7 0.05
156 54 0.37
ACGTcount: A:0.30, C:0.25, G:0.24, T:0.22
Consensus pattern (156 bp):
AAAAACGCCGCTAAAGGCAGGAGCATTAGCGACGCTTTTCAAAAAACGCCGCTAAAGGCACAAAA
CACACAGAAAACGACGTCGTTGGCCTTAGGTTTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAAACGCCGCTAAA
GACAAGAGCATTAGCGGCGATTTTTA
Found at i:27713559 original size:114 final size:113
Alignment explanation
Indices: 27713348--27713567 Score: 309
Period size: 114 Copynumber: 1.9 Consensus size: 113
27713338 CTAAAGGCAG
*
27713348 GAGCATTAGCGGCGCTTTTCAAAAAACGCCGCAACAGGGACAAAAACGCAGAAACGACGTCGTTG
1 GAGCATTAGCGGCGATTTTCAAAAAACGCCGCAACAGGGACAAAAACGCAGAAACGACGTCGTTG
* *
27713413 GCCTTAGGTTTTTTGCGGCGCTTTTTAGAAATCGCCGCTAAGTCCCCC
66 ACCTTAGGTTTTTTGCGGCGCTTTTCAGAAATCGCCGCTAAGTCCCCC
* * ** *
27713461 GAGCATTAGCGGC-ATTTTTAGAAAAACGCCGCTACAGGTCCAAAAACTCAGTAAAC-AGCGTCG
1 GAGCATTAGCGGCGATTTTCA-AAAAACGCCGCAACAGGGACAAAAACGCAG-AAACGA-CGTCG
* *
27713524 TTGACCTTATGTTTTTTGCGGCGCTTTTCATAAATCGCCGCTAA
63 TTGACCTTAGGTTTTTTGCGGCGCTTTTCAGAAATCGCCGCTAA
27713568 TGCTTATTAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 10, Indels: 5
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
112 5 0.05
113 40 0.43
114 49 0.52
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.23, T:0.25
Consensus pattern (113 bp):
GAGCATTAGCGGCGATTTTCAAAAAACGCCGCAACAGGGACAAAAACGCAGAAACGACGTCGTTG
ACCTTAGGTTTTTTGCGGCGCTTTTCAGAAATCGCCGCTAAGTCCCCC
Found at i:27713627 original size:40 final size:39
Alignment explanation
Indices: 27713536--27713668 Score: 119
Period size: 40 Copynumber: 3.4 Consensus size: 39
27713526 GACCTTATGT
* * *
27713536 TTTTTGCGGCGCTTTTCATAAAT-CGCCGCTAATGCT-TA
1 TTTTAGCGGCG-TTTTCATAAATGCGCCGCTAATTCTCGA
* *
27713574 TTATTAGCTGCGTTTTCCTAAATGCGCCGCTAATTCTCGA
1 TT-TTAGCGGCGTTTTCATAAATGCGCCGCTAATTCTCGA
** * *
27713614 TCTTTAGCGGCGTTTTTGTAGATGCGCCGCTAGTGT-TCGA
1 T-TTTAGCGGCGTTTTCATAAATGCGCCGCTAAT-TCTCGA
27713654 TTTTTAGCGGCGTTT
1 -TTTTAGCGGCGTTT
27713669 GCCGCTAAAA
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 10, Indels: 10
0.80 0.10 0.10
Matches are distributed among these distances:
38 12 0.15
39 19 0.24
40 45 0.57
41 3 0.04
ACGTcount: A:0.16, C:0.22, G:0.23, T:0.40
Consensus pattern (39 bp):
TTTTAGCGGCGTTTTCATAAATGCGCCGCTAATTCTCGA
Found at i:27714292 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27714274--27714300 Score: 54
Period size: 13 Copynumber: 2.1 Consensus size: 13
27714264 TAAGCTTTTG
27714274 CAGCTTAGTAAGT
1 CAGCTTAGTAAGT
27714287 CAGCTTAGTAAGT
1 CAGCTTAGTAAGT
27714300 C
1 C
27714301 GTAAACAAAC
Statistics
Matches: 14, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 14 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (13 bp):
CAGCTTAGTAAGT
Found at i:27715863 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 27715837--27720181 Score: 833
Period size: 23 Copynumber: 190.8 Consensus size: 23
27715827 GTGTAAATGC
27715837 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27715860 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27715883 TGTAAATTGAATTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * * **
27715906 TAAAAATTAAATTGTTTAGTTAC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27715929 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27715951 TGT-AATT-AAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* * * ** *
27715973 TGTTAATTG-GGATGCTCGAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27715996 TGTAATTTGAGGTGTTTTAA-TGC
1 TGTAAATTGAAGTG-TTTAATTGT
* * *
27716019 TATAAATTGAAGTGTATATTTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27716042 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27716065 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27716088 TGCAAATTGAATTATTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716111 CGAAAATTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27716133 TGT-AATTGATGAGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27716155 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * *
27716178 TGTTAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* **
27716201 TATAAATTGAAGTGTTTAATTAC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27716224 TGTAAATT-CAGATGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27716247 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716270 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27716293 TGGAAATTGATA-TGTTT-ATTGC
1 TGTAAATTGA-AGTGTTTAATTGT
* * * *
27716315 TG-CAATT-ACGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGA-AGTGTTTAATTGT
* * * *
27716337 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * *
27716360 TGTAAGTTGAGGGGTTTAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27716383 TGTAAATTGAAGTGGTTAATTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27716406 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716429 TGTAAATTGAACTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27716452 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* * *
27716476 AG-AAGTTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27716497 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27716519 TGTTAATTG-GGATGTTCAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27716542 TGTTAGTTGAGGTGTTTAAATT-C
1 TGTAAATTGAAGTGTTT-AATTGT
27716565 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27716588 TGTAAATT-AAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* * * * **
27716611 TGGAAATTAAAGTGTGTAAGTAC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27716634 TGCAAATTCAA-TCGTTTAGTTGCC
1 TGTAAATTGAAGT-GTTTAATTG-T
* ** *
27716658 AG-AAATTGGGGTGTATT-ACTGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27716680 TGTTAATCGGAA-TGTTAAAGTGT
1 TGTAAAT-TGAAGTGTTTAATTGT
* ** *
27716703 TGTAAGTT-AAGGTGTTTAAAAGC
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
27716726 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * ** *
27716749 TGTAAATTGAGGTGCTCAAACGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27716772 TGTAAGTTAAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * *
27716795 TAAAAATTGAACTGTTTAATTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716818 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
27716840 TGT-AATT-AAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAA-GTGT-TTAATTGT
* * * * *
27716862 TGTTAATTG-GGATGGTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * *
27716885 TGTTAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716908 TATAAACTGAAGTGTTTAATTTT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * ** *
27716931 TGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27716954 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27716977 TGTAAATTGAATTGTTTAGTTTAT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTA-ATTGT
* * * *
27717001 TGCTATAATT-ACGGTGTATAAATCT
1 TG-TA-AATTGA-AGTGTTTAATTGT
* * * *
27717026 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * *
27717049 TGTAAGTTGAGGCGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27717072 TGTAAATTGAACTATTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27717095 TGTAAATTG-AGATGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27717118 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * ** * * *
27717141 TGCAAATTGAATTACTCAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27717164 TGGAAATTGATA-TGTTT-ATTGC
1 TGTAAATTGA-AGTGTTTAATTGT
27717186 TGT-AATT-AAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAA-GTGT-TTAATTGT
* * * *
27717208 TGTTAATT-AGGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27717231 TGTAAGTTGAGGCGTTTAAATT-C
1 TGTAAATTGAAGTGTTT-AATTGT
*
27717254 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * ** * * *
27717277 TGTAAACTGAGGTACTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * ** *
27717300 TGTAAATTCAATTGTTTAGGTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27717323 T-AAACATTGAATTGTTTAGTTGC
1 TGTAA-ATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27717346 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27717368 TGT-AATTGAGGTGTAGTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * *
27717390 TGTTAATTG-GGATG-GTAAGTT-T
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAA-TTGT
* * * *
27717412 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27717435 TGTAAATTGAAGTGTTTAATAGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27717458 TGTAAATTTAAGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27717481 TGTAAA-TAAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27717503 TGGAAATTGAATTGTTCAGTT-T
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27717525 CCAG-AAATT-AAGATGTTT-ATCGC
1 --TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27717548 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27717570 TGTCAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27717593 TGTAAGTTGAGGTGTTTGAA-TGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTT-AATTGT
27717616 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * **
27717639 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATCA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27717662 TGTTAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * *
27717685 TAAAAATTGAATTGTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27717708 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27717730 TGT-AATT-AAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* * * *
27717752 TGTTAATTG-GGATGTTCAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27717775 TGTAATTTGAGGTGTTTAGA-TGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTA-ATTGT
* * *
27717798 TATAAATTGATGTGTTTATTTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27717821 TGTAAATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27717844 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * *
27717867 TACAAATTGAATTGTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27717890 CGAAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27717912 TGT-AATTGAGGT-TTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTT-TAATTGT
* * * *
27717934 TGTTAATT-CAGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * * *
27717957 TGTTAGTTGAGGTTTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27717980 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27718003 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* * *
27718027 AG-AAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27718048 TGT-AATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * * *
27718070 TGTTTATCG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * * *
27718093 AGGAAGTTGAGGTGTTTAATTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27718116 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * * * *
27718139 TGTAGATTTAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718162 TGTAAATTGAACTGTTCAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718185 TGCAAATTGAATTATTTAGTTGCT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* * * *
27718209 AG-AAA-TGGAGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27718230 TGT-AATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718252 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27718275 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
27718298 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718321 TGTAAATTGAGGTGCTCAATTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* ** *
27718344 TGTAAATTGTAGTGTTTAGGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27718367 TGCAAATTGAATTGTTGAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*** * *
27718390 CAAAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27718412 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27718434 TGCT-AATTG-GGATGGTAAAGTGT
1 TG-TAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27718457 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27718480 TATAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * * * *
27718503 TGTAAACCGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27718526 TGTAAATTGAAGTATTTAAGTT-C
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAA-TTGT
* * * *
27718549 TGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* *
27718573 AG-AAATTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27718594 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27718616 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * ** *
27718639 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAACGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27718662 TATAAATTGAAGTGTGTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27718685 TGTAAATT-AAGGAGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* *
27718708 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * *
27718731 TAAAAATTGAATTGTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27718754 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27718776 TGT--ATTTAAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* * * *
27718798 TGTTAATTG-GGATGTTCAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * *
27718821 TGTAATTTG-AGCTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27718844 TATAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27718867 TGCT-AATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TG-TAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718890 TGTTAGTTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27718913 TGCAAATTGAATTTTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27718936 CGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27718958 TGT-TATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27718980 TGTTAATTG-GGATGTTAAAATGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719003 TGTAAGTTGAGGAGTTTAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
27719026 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27719049 TGTAAATTGAGGTGCTCAATTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* ** *
27719072 TGTAAATTGTAGTGTTTAGGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * *
27719095 TCCAAATTGAATTGTTGAGTTG-
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*** ***
27719117 CCAAAATTTG-AGATGTTT-ATCCC
1 TGTAAA-TTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27719140 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * * *
27719162 TGTTAATTG-GGATGGTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719185 TG-ATAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTA-AATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27719208 TATAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27719231 TGTAAACTGAGGTGCTCAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27719254 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTT-C
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAA-TTGT
* * * * *
27719277 TGCAAATTGAATTATTTAGTTGCC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* *
27719301 AG-AAATTG-AGATGTTT-ATCGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
*
27719322 TGT-AATTGAGGTGTATTAA-TGT
1 TGTAAATTGAAGTGT-TTAATTGT
* * * *
27719344 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719367 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27719390 TATAAATTGAAGTGTGTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27719413 TGTAAATT-AAGGAGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* *
27719436 TGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * *
27719459 TAAAAATTGAATTGTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27719482 TGGAAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* *
27719504 TGT-AATT-AAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAA-GTGTTTAATTGT
* * * *
27719526 TGTTAATTG-GGATGTTCAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719549 TGTAATTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
**
27719572 CATAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27719595 TGCT-AATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TG-TAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27719618 TGTAAGTTGAAGTGTTTAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
** * * * *
27719641 TACAAATTGAATTTTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27719664 CGAAAATTG-AGATGTTT-A-TGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719685 TGT-TATTGAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27719707 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719730 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27719753 TATAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * * *
27719776 TTTAAATTGAGGTGCTCAAATGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27719799 TGTAAATTGAAGTGTGTAAGTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * *
27719822 TGCAAATTG-AGTTGTTTAGTTGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27719845 TGGAAATTGAAATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* ** *
27719867 TGT-AATTGAGGTGTAGAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* ** *
27719889 TGTTAATTGGGGTGTTAAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * *
27719912 TGGAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
*
27719935 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * * * *
27719958 TGTAAATTTAGGTGCTCAAATGAA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTG-T
* * *
27719982 T-TAAATTGAAGTGTTCAAGTGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* *
27720004 TGCAAATTGAA-TAGTTTAGTTGCT
1 TGTAAATTGAAGT-GTTTAATTG-T
* *
27720028 TG-AAATTG-AGATGTTT-ATCGC
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27720049 TGT-AATAGAGGTGTATAAATGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27720071 TGTTAATTG-GGATGTTAAAGTGT
1 TGTAAATTGAAG-TGTTTAATTGT
* * * *
27720094 TGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
27720117 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
* * * *
27720140 TGTAAATTGAGGTGCTCAATTGA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
27720163 TGTAAATTGAAGTGTTTAA
1 TGTAAATTGAAGTGTTTAA
27720182 GTGCTGGAAA
Statistics
Matches: 3074, Mismatches: 1009, Indels: 478
0.67 0.22 0.10
Matches are distributed among these distances:
19 1 0.00
20 15 0.00
21 182 0.06
22 369 0.12
23 2387 0.78
24 104 0.03
25 7 0.00
26 9 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (23 bp):
TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGT
Found at i:27716151 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27715823--27716662 Score: 1180
Period size: 182 Copynumber: 4.6 Consensus size: 182
27715813 TTTTCTCAAA
*
27715823 AGGTGTGTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* ** * * * *
27715888 ATTGAATTGTTTAAGTGCTAAAAATTAAATTGTTTAGTTACTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGAAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * ** *
27715953 TAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGCTCGAGTGTTGTAATTTG
131 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * *
27716005 AGGTGTTTTAATGCTATAAATTGAAGTGTATATTTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* *
27716070 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTATTTAGTTGCCGAAAATTGAGATGTTTATCGTTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGAAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * *
27716135 TAATTGATGAGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTTAGTTG
131 TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* ** * *
27716187 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTACTGTAAATTCAGATGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
** * * *
27716252 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGTTGGAAATTGATATGTTTATTGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGAAAATTGAGATGTTTATCGCTG
*
27716317 CAATT-ACGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
131 TAATTGA-GGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * *
27716369 AGGGGTTTAAATGATGTAAATTGAAGTGGTTAATTGCTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * *
27716434 ATTGAACTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCC-AGAAGTTGAGATGTTTATCGTT
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGA-AAATTGAGATGTTTATCGCT
* * *
27716498 GTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTTAGTTG
130 GTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * *
27716551 AGGTGTTTAAATTCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTAAGGTGCTCAAATGATGGAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * * *
27716616 ATTAAAGTGTGTAAGTACTGCAAATTCAATCGTTTAGTTGCCAGAAA
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCC-GAAA
27716663 TTGGGGTGTA
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 72, Indels: 9
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
181 1 0.00
182 576 0.99
183 3 0.01
184 1 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGAAAATTGAGATGTTTATCGCTG
TAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
Found at i:27716499 original size:364 final size:363
Alignment explanation
Indices: 27715823--27720187 Score: 5140
Period size: 364 Copynumber: 12.2 Consensus size: 363
27715813 TTTTCTCAAA
*
27715823 AGGTGTGTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * *
27715888 ATTGAATTGTTTAAGTGCTAAAAATTAAATTGTTTAGTTACTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* ** * *
27715953 TAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGCTCGAGTGTTGTAATTTGAGGTGTTTTAATG
131 TAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* *
27716018 CTATAAATTGAAGTGTATATTTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
* * * *
27716083 AGTGCTGCAAATTGAATTATTTAGTTGCC-GAAAATTGAGATGTTTATCGTTGTAATTGATGAGT
260 AGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAG-AAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT
*
27716147 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTTAGTTG
324 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* ** * *
27716187 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTACTGTAAATTCAGATGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * *
27716252 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGTTGGAAATTGATATGTTTATTGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* *
27716317 CAATTACGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGGGTTTAAATG
131 TAATTA-GGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* * * * *
27716382 ATGTAAATTGAAGTGGTTAATTGCTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAACTGTTTA
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
* *
27716447 AGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAGTTGAGATGTTTATCGTTGTAATTGAGGTGTA
260 AGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTA
* * *
27716512 TTAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTTAGTTG
325 TAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * *
27716551 AGGTGTTTAAATTCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTAAGGTGCTCAAATGATGGAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * * * * **
27716616 ATTAAAGTGTGTAAGTACTGCAAATTCAATCGTTTAGTTGCCAGAAATTG-G--G------G-TG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * * * *
27716671 ----TA----T-T-ACTGTTGTTAATCGGAATGTTAAAGTGTTGTAAGTTAAGGTGTTTAAAAGC
131 TAATTAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
* * * *
27716726 TGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAACGATGTAAGTTAAAGTGTTTAA
196 TATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
** * * ** *
27716791 GTGCTAAAAATTGAACTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTAT
261 GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTAT
* * *
27716856 TAATGTTGTTAATTGGGATGGTAAAGTGTTGTTAGTTG
326 AAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * *
27716894 AGGTGTTTAAATGCTATAAACTGAAGTGTTTAATTTTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* *
27716959 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAATTGTTTA---G-T-----TT---A----T-T-GCTA
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* *
27717006 TAATTACGGTGTATAAATCTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGCGTTTAAATG
131 TAATTA-GGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* * * *
27717071 CTGTAAATTGAACTATTTAATTGTTGTAAATTGAGATGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
** * ** * * *
27717136 AGTGCTGCAAATTGAATTACTCAGTTGCTGGAAATTGATATGTTTATTGCTGTAATTAAGGTGTA
260 AGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTA
* *
27717201 TTAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
325 TAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * * *
27717240 AGGCGTTTAAATTCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCTGTAAACTGAGGTACTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * * *
27717305 ATTCAATTGTTTAGGTGAT-AAACATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGTT
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAA-ATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCT
* *
27717369 GTAATTGAGGTGTAGT-AATGTTGTTAATTGGGATGGT-AAGTTTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAA
130 GTAATT-AGGTGTA-TAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAA
* * * * * *
27717432 TGATGTAAATTGAAGTGTTTAATAGTTGTAAATTTAAGTGCTCAAATGATGTAAA-TAAAGTGTT
193 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTT
* * * *
27717496 TAAGTGCTGGAAATTGAATTGTTCAGTTTCCAGAAATTAAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTG
258 TAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTG
* *
27717561 TATTAATGTTGTCAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
323 TATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * *
27717602 AGGTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATCATGTTA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
*
27717667 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * *
27717732 TAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAGGTGTTTAGATG
131 TAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* *
27717797 CTATAAATTGATGTGTTTATTTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTA
* *
27717862 AGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTGCC-GAAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTTT
260 AGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAG-AAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT
** *
27717926 ATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTGTTGTTAGTTG
324 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * * ** * * ** *
27717966 AGGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAG-A
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGAT-GTA
* ** *
27718030 AATTG-AGATGTTT-A-TCGCTG-----T-AATTG---AGGTG-TATAAA-T--GTTGTTTATCG
65 AATTGAAG-TGTTTAAGT-GCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCG
* * * * * * * * *
27718079 --G-GA-T--GT-TA-AAGTGTAG-GAAGTTGAGG-TGTTTAATTGCTGTAAATTGAAGTGTTTA
128 CTGTAATTAGGTGTATAAATGTTGTTAA-TTG-GGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTA
* * * * * * * * * * ** * * * * * *
27718134 ATTGATGTAGATTTAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAACTGTTCAAGTGCTGCAAATTGAATTA
191 AATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTG
* * * * * * *
27718199 TTT-AGTTGCTAG-AAATGGAGA-TGTTTA-TCG-CTGTAATTGAGGTGTATAAAT-GTTGTTAA
256 TTTAAG-TGCT-GCAAATTGA-ATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGT-T-TATCGCTG-TAA
* *
27718258 TTG-GGATGT-TAAAGTGTTG-TAAGTTGAGG-TGTTTAAA-TGCTGTAAATTG
315 TTGAGG-TGTATAAA-TGTTGTTAA-TTG-GGATG-TTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * * * * * * * ** * *
27718307 AAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAATTGATGTAAATTGTA-GTGTTTAGGTGCTGCA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTG-AGGTGCTCAAATGATGTA
* ***
27718371 AATTGAATTG-TT--G--------------------AGTTGCCAAAAATTGAGATGTTTATCGCT
65 AATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCT
* * *
27718413 GTAATTGAGGTGTATTAATGTTGCTAATTGGGATGGTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAAT
130 GTAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAAT
** *
27718478 GCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAACCGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTATTT
194 GCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTT
* *
27718543 AAGTTCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGTTGTAATTGAGGTGT
259 AAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT
*
27718608 ATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
324 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * * *
27718648 AGGTGTTTAAACGCTATAAATTGAAGTGTGTAATTGTTGTAAATTAAGGAGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* *
27718713 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGTTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * * *
27718778 TATTTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAGCTGTTTAAATG
131 TAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* *
27718843 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGCT-AATTGAGGTGCTCAAATGATGTTAGTTGAAGTGTTT
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTG-TAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTT
* * *
27718907 AAGTGCTGCAAATTGAATTTTTTAGTTGCCGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTTATTGAGGTGT
259 AAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT
* *
27718972 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAATGCTGTAAGTTG
324 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * *
27719012 AGGAGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAATTGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * ** * ** *
27719077 ATTGTAGTGTTTAGGTGCTCCAAATTGAATTGTTGAGTTGC-CAAAATTTGAGATGTTTATCCCT
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAA-TTGAGATGTTTATCGCT
* *
27719141 GTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGGTAAAGTGTTG-ATAGTTGAGGTGTTTAAA
130 GTAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTA-AGTTGAGGTGTTTAAA
* *
27719205 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAACTGAGGTGCTCAAATGTTGTAAATTGAAGTGTT
193 TGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTT
* * *
27719270 TAAGTTCTGCAAATTGAATTATTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGTTGTAATTGAGGTG
258 TAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTG
*
27719335 TATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
323 TATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* * * *
27719376 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTGTAATTGTTGTAAATTAAGGAGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
*
27719441 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* *
27719506 TAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAGGTGTTTAAATG
131 TAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* *
27719571 CCATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGCT-AATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAGTTGAAGTGTTT
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTG-TAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTT
* * *
27719635 AAGTGCTACAAATTGAATTTTTTAGTTGCC-GAAAATTGAGATGTTTAT-GCTGTTATTGAGGTG
259 AAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAG-AAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTG
27719698 TATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
323 TATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
* *
27719739 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTTTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
* * * * *
27719804 ATTGAAGTGTGTAAGTGTTGCAAATTGAGTTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAAATGTTTATCGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
* * * *
27719869 TAATTGAGGTGTAGAAATGTTGTTAATTGGGGTGTTAAATTGTTGGAAGTTGAGGTGTTTAAATG
131 TAATT-AGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATG
* * * *
27719934 CTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGATGTAAATTTAGGTGCTCAAATGAAT-TAAATTGAAGTGTTC
195 CTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATG-ATGTAAATTGAAGTGTTT
* ** *
27719998 AAGTGCTGCAAATTGAATAGTTTAGTTGCTTGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATAGAGGTGT
259 AAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGT
27720063 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
324 ATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
*
27720103 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAATTGATGTAA
1 AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
27720168 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTG
66 ATTGAAGTGTTTAAGTGCTG
27720188 GAAACTATGT
Statistics
Matches: 3422, Mismatches: 453, Indels: 252
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
328 4 0.00
329 4 0.00
330 1 0.00
332 10 0.00
334 4 0.00
335 2 0.00
336 1 0.00
339 15 0.00
340 38 0.01
341 359 0.10
342 34 0.01
343 297 0.09
344 3 0.00
345 4 0.00
346 279 0.08
347 1 0.00
348 1 0.00
349 1 0.00
350 13 0.00
352 1 0.00
353 4 0.00
354 6 0.00
355 3 0.00
357 5 0.00
358 2 0.00
361 2 0.00
362 250 0.07
363 487 0.14
364 1581 0.46
365 10 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (363 bp):
AGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAA
ATTGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTG
TAATTAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAGGTGTTTAAATGC
TATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
GTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTAT
AAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTG
Found at i:27716900 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27716667--27716994 Score: 512
Period size: 182 Copynumber: 1.8 Consensus size: 182
27716657 CAGAAATTGG
* * *
27716667 GGTGTATTACTGTTGTTAATCGGAATGTTAAAGTGTTGTAAGTTAAGGTGTTTAAAAGCTGTAAA
1 GGTGTATTAATGTTGTTAATCGGAATGGTAAAGTGTTGTAAGTTAAGGTGTTTAAAAGCTATAAA
* * *
27716732 TTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAACGATGTAAGTTAAAGTGTTTAAGTGCTA
66 CTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTA
27716797 AAAATTGAACTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAA
131 AAAATTGAACTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAA
* * * * *
27716849 GGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGGTAAAGTGTTGTTAGTTGAGGTGTTTAAATGCTATAAA
1 GGTGTATTAATGTTGTTAATCGGAATGGTAAAGTGTTGTAAGTTAAGGTGTTTAAAAGCTATAAA
* * *
27716914 CTGAAGTGTTTAATTTTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTG
66 CTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTA
* *
27716979 TAAATTGAATTGTTTA
131 AAAATTGAACTGTTTA
27716995 GTTTATTGCT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 16, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
182 130 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.24, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
GGTGTATTAATGTTGTTAATCGGAATGGTAAAGTGTTGTAAGTTAAGGTGTTTAAAAGCTATAAA
CTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAAATTAAAGTGTTTAAGTGCTA
AAAATTGAACTGTTTAATTGCTGGAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTAA
Found at i:27717068 original size:164 final size:164
Alignment explanation
Indices: 27716831--27717153 Score: 493
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 164
27716821 AAATTGAGAT
* * *
27716831 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGGTAAAGTGTTGTTAGTTGAG
1 GTTTATTGCTGTAATTAAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * * *
27716896 GTGTTTAAATGCTATAAACTGAAGTGTTTAATTTTTGTAAATTGAGGTGCTCAAAAGATGTAAAT
66 GCGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
*
27716961 TGAAGTGTTTAAGTGCTGTAAATTGAATTGTTTA
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTA
* * * *
27716995 GTTTATTGCTATAATTACGGTGTATAAATCTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
1 GTTTATTGCTGTAATTAAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * *
27717060 GCGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTATTTAATTGTTGTAAATTGAGATGCTCAAATGATGTAAAT
66 GCGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
*
27717125 TGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATT
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATT
27717154 ACTCAGTTGC
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 16, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
164 143 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.23, T:0.41
Consensus pattern (164 bp):
GTTTATTGCTGTAATTAAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
GCGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
TGAAGTGTTTAAGTGCTGAAAATTGAATTGTTTA
Found at i:27717243 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27716995--27718012 Score: 1403
Period size: 182 Copynumber: 5.6 Consensus size: 182
27716985 GAATTGTTTA
* * * *
27716995 GTTTATTGCTATAATTACGGTGTATAAATCTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * *
27717060 GCGTTTAAATGCTGTAAATTGAACTATTTAATTGTTGTAAATTGAGATGCTCAAATGATGTAAAT
66 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
** ** * *
27717125 TGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTACTCAGTTGCTGGAAATTGATAT
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
* * *
27717177 GTTTATTGCTGTAATTAAGGTGTATTAATGTTGTTAATTAGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * * *
27717242 GCGTTTAAATTCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGCTGTAAACTGAGGTACTCAAATGATGTAAAT
66 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
* * * * *
27717307 TCAATTGTTTAGGTGATAAACATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
* * * *
27717359 GTTTATCGTTGTAATTGAGGTGTAGT-AATGTTGTTAATTGGGATGGT-AAGTTTTGTAAGTTGA
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTA-TAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGA
* * * *
27717422 GGTGTTTAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAATAGTTGTAAATTTAAGTGCTCAAATGATGTAAA
65 GGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAA
* ** * * ** *
27717487 -TAAAGTGTTTAAGTGCTGGAAATTGAATTGTTCAGTTTCCAGAAATTAAGAT
130 TTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
* * *
27717539 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTCAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * *
27717604 GTGTTTGAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATCATGTTAAT
66 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
27717669 TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
* *
27717721 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAG
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * *
27717786 GTGTTTAGATGCTATAAATTGATGTGTTTATTTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
66 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
* * *
27717851 TGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGAAAATTGAGAT
131 TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
* * ** *
27717903 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTTTATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTGTTGTTAGTTGAG
1 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * *
27717968 GTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGA
66 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGA
27718013 ATTGTTTAGT
Statistics
Matches: 733, Mismatches: 99, Indels: 8
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
179 1 0.00
180 82 0.11
181 144 0.20
182 505 0.69
183 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.24, T:0.41
Consensus pattern (182 bp):
GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAAATGATGTAAAT
TGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
Found at i:27717921 original size:136 final size:137
Alignment explanation
Indices: 27717775--27718134 Score: 390
Period size: 136 Copynumber: 2.6 Consensus size: 137
27717765 GTTCAAGTGT
* * * **
27717775 TGTAATTTGAGGTGTT-TAGATGCTATAAATTGATG-TGTTTATTTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
1 TGTAA-TTGAGGTGTTATAAATGCTATAAATTCA-GATGTTAAAGTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
27717838 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTGCCGA-AAATTGAGA
64 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTG-CGAGAAATTGAGA
27717902 TGTTTATCGC
128 TGTTTATCGC
* * * * * ** *
27717912 TGTAATTGAGGT-TTATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTGTTGTTAGTTGAGGTTTTTAA
1 TGTAATTGAGGTGTTATAAATGCTATAAATTCAGATGTTAAAGTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAA
* * *
27717976 ATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGATGT
66 ATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTGCGAGAAATTGAGATGT
27718041 TTATCGC
131 TTATCGC
* * ** * * * * * *
27718048 TGTAATTGAGGTG-TATAAATGTTGTTTA-TCGGGATGTTAAAGTGTAGGAAGTTGAGGTGTTTA
1 TGTAATTGAGGTGTTATAAATGCTATAAATTC-AGATGTTAAAGTGTTGTAAATTGAGGTGCTCA
* *
27718111 ATTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAA
65 AATGATGTAAATTGAAGTGTTTAA
27718135 TTGATGTAGA
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 23, Indels: 11
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
135 7 0.04
136 183 0.94
137 5 0.03
ACGTcount: A:0.29, C:0.05, G:0.25, T:0.41
Consensus pattern (137 bp):
TGTAATTGAGGTGTTATAAATGCTATAAATTCAGATGTTAAAGTGTTGTAAATTGAGGTGCTCAA
ATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTGCGAGAAATTGAGATGT
TTATCGC
Found at i:27718105 original size:182 final size:182
Alignment explanation
Indices: 27717974--27720187 Score: 3380
Period size: 182 Copynumber: 12.2 Consensus size: 182
27717964 TGAGGTTTTT
*
27717974 AAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * * *
27718039 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTTATCGGGATGTTAAAGTGTAGGAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * * *
27718104 GTGTTTAATTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGATGTAGATTTAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * * *
27718156 AAATGATGTAAATTGAACTGTTCAAGTGCTGCAAATTGAATTATTTAGTTGCTAGAAATGGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
27718221 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
*
27718286 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * * * * *
27718338 AATTGATGTAAATTGTAGTGTTTAGGTGCTGCAAATTGAATTGTTGAGTTGCCAAAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * *
27718403 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATTAATGTTGCTAATTGGGATGGTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
**
27718468 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAACCGAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * *
27718520 AAATGATGTAAATTGAAGTATTTAAGTTCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCCAGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* *
27718585 GTTTATCGTTGTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * * *
27718650 GTGTTTAAACGCTATAAATTGAAGTGTGTAATTGTTGTAAATTAAGGAGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
** *
27718702 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * * * *
27718767 GTTTATCGTTGTATTTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
*
27718832 CTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGCT-AATTGAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTG-TAAATTGAGGTGCTC
* * * **
27718884 AAATGATGTTAGTTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTTTTTAGTTGCCGGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * *
27718949 GTTTATCGCTGTTATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAATGCTGTAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * *
27719014 GAGTTTAAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * * * * *
27719066 AATTGATGTAAATTGTAGTGTTTAGGTGCTCCAAATTGAATTGTTGAGTTGCCA-AAATTTGAGA
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAA-TTGAGA
* * *
27719130 TGTTTATCCCTGTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGGTAAAGTGTTG-ATAGTTG
65 TGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTA-AGTTG
*
27719194 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAACTGAGGTGCTC
129 AGGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * * *
27719248 AAATGTTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTTCTGCAAATTGAATTATTTAGTTGCCAGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* *
27719313 GTTTATCGTTGTAATTGAGGTGTATTAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * *
27719378 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTGTAATTGTTGTAAATTAAGGAGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
** *
27719430 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTAAAAATTGAATTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAGAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * *
27719495 GTTTATCGCTGTAATTAAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTCAAGTGTTGTAATTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
*
27719560 GTGTTTAAATGCCATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGCT-AATTGAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTG-TAAATTGAGGTGCTC
* * * *
27719612 AAATGATGTAAGTTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTTTTTAGTTGC-CGAAAATTGAGA
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAG-AAATTGAGA
*
27719676 TGTTTAT-GCTGTTATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGA
65 TGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGA
*
27719740 GGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTTTAAATTGAGGTGCTC
130 GGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * * * *
27719793 AAATGATGTAAATTGAAGTGTGTAAGTGTTGCAAATTGAGTTGTTTAGTTGCTGGAAATTGAAAT
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
* * * *
27719858 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTAGAAATGTTGTTAATTGGGGTGTTAAATTGTTGGAAGTTGAG
66 GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
* * *
27719923 GTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGATGTAAATTTAGGTGCTC
131 GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
* * *
27719975 AAATGAAT-TAAATTGAAGTGTTCAAGTGCTGCAAATTGAATAGTTTAGTTGCTTGAAATTGAGA
1 AAATG-ATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGA
*
27720039 TGTTTATCGCTGTAATAGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGA
65 TGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGA
*
27720104 GGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
130 GGTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
*
27720157 AATTGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTG
1 AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTG
27720188 GAAACTATGT
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 172, Indels: 26
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
180 1 0.00
181 171 0.09
182 1667 0.90
183 8 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.05, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (182 bp):
AAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTAGAAATTGAGAT
GTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTGGGATGTTAAAGTGTTGTAAGTTGAG
GTGTTTAAATGCTATAAATTGAAGTGTTTAATTGTTGTAAATTGAGGTGCTC
Found at i:27718169 original size:136 final size:136
Alignment explanation
Indices: 27717827--27718171 Score: 354
Period size: 136 Copynumber: 2.5 Consensus size: 136
27717817 TTGTTGTAAA
* * * * * * * * ** **
27717827 TTGAGGTGCTCAAATGATGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTACAAATTGAATTGTTTAGTTG-CC
1 TTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGATGCAAATTGAAGTGCTCAAATGATA
*
27717891 GAAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTTTATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTG
66 G-AAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTG
* **
27717956 TTGTTAG
130 TAGGAAG
* * * * * ** *
27717963 TTGAGGTTTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGCTGCAAATTGAATTGTTTAGTTGCTA
1 TTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGATGCAAATTGAAGTGCTCAAATGATA
* *
27718028 GAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTTA-TCGGGATGTTAAAGTG
66 GAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTC-AGATGTTAAAGTG
27718092 TAGGAAG
130 TAGGAAG
* * * * * *
27718099 TTGAGGTGTTTAATTGCTGTAAATTGAAGTGTTTAATTGATGTAGATTTAGGTGCTCAAATGAT-
1 TTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGATGCAAATTGAAGTGCTCAAATGATA
27718163 GTAAATTGA
66 G-AAATTGA
27718172 ACTGTTCAAG
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 27, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
135 3 0.02
136 175 0.98
137 1 0.01
ACGTcount: A:0.30, C:0.06, G:0.25, T:0.40
Consensus pattern (136 bp):
TTGAGGTGTTTAAATGCTGTAAATTGAAGTGTTTAAGTGATGCAAATTGAAGTGCTCAAATGATA
GAAATTGAGATGTTTATCGCTGTAATTGAGGTGTATAAATGTTGTTAATTCAGATGTTAAAGTGT
AGGAAG
Found at i:27723708 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27723683--27723728 Score: 58
Period size: 18 Copynumber: 2.6 Consensus size: 18
27723673 TCATATAATA
*
27723683 ATTATATTA-AGAATTTT
1 ATTAAATTATAGAATTTT
* *
27723700 ATTAAATTATATATTTTT
1 ATTAAATTATAGAATTTT
27723718 ATTAAATTATA
1 ATTAAATTATA
27723729 TTTAATAATA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 3, Indels: 1
0.86 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
17 8 0.32
18 17 0.68
ACGTcount: A:0.43, C:0.00, G:0.02, T:0.54
Consensus pattern (18 bp):
ATTAAATTATAGAATTTT
Found at i:27723709 original size:55 final size:55
Alignment explanation
Indices: 27723650--27723798 Score: 131
Period size: 58 Copynumber: 2.7 Consensus size: 55
27723640 TTTTTATAGT
** * *
27723650 ATTATATATTATGATT-TTTTA-ATTCATATAATAATTATATTAAGAATTTTATTAA
1 ATTATATATTATGATTAAATTATATTCA-ATAATAATTATATTAA-AATATGATTAA
* * * *
27723705 ATTATATATTTTTATTAAATTATATTTAATAATAATTATATTAAAATATGGTTAA
1 ATTATATATTATGATTAAATTATATTCAATAATAATTATATTAAAATATGATTAA
* * * *
27723760 ATTATTTATTATTTTTATTAAATTATTTTTAATAATAAT
1 ATTA--TA-TATTATGATTAAATTATATTCAATAATAAT
27723799 CTCATTAAAA
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 9, Indels: 7
0.83 0.09 0.07
Matches are distributed among these distances:
55 26 0.32
56 19 0.24
57 6 0.08
58 29 0.36
ACGTcount: A:0.42, C:0.01, G:0.03, T:0.54
Consensus pattern (55 bp):
ATTATATATTATGATTAAATTATATTCAATAATAATTATATTAAAATATGATTAA
Found at i:27723784 original size:58 final size:56
Alignment explanation
Indices: 27723677--27723798 Score: 174
Period size: 58 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
27723667 TTTAATTCAT
* *
27723677 ATAATAATTATATTAAGAATTTTATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTA
1 ATAATAATTATATTAAGAATATGATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTA
* *
27723733 ATAATAATTATATTAA-AATATGGTTAAATTATTTATTATTTTTATTAAATTATTTTTA
1 ATAATAATTATATTAAGAATATGATTAAATTA--TA-TATTTTTATTAAATTATATTTA
27723791 ATAATAAT
1 ATAATAAT
27723799 CTCATTAAAA
Statistics
Matches: 59, Mismatches: 4, Indels: 4
0.88 0.06 0.06
Matches are distributed among these distances:
55 12 0.20
56 16 0.27
57 2 0.03
58 29 0.49
ACGTcount: A:0.44, C:0.00, G:0.02, T:0.53
Consensus pattern (56 bp):
ATAATAATTATATTAAGAATATGATTAAATTATATATTTTTATTAAATTATATTTA
Found at i:27724828 original size:28 final size:29
Alignment explanation
Indices: 27724779--27724833 Score: 85
Period size: 29 Copynumber: 1.9 Consensus size: 29
27724769 TTTTTTCTAA
27724779 ATTTACCGAAATGGGCCGATTTTTTGATT
1 ATTTACCGAAATGGGCCGATTTTTTGATT
* *
27724808 ATTTACCGGAATGGTCC-ATTTTTTGA
1 ATTTACCGAAATGGGCCGATTTTTTGA
27724834 GAAATCGCGT
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 2, Indels: 1
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
28 9 0.38
29 15 0.62
ACGTcount: A:0.24, C:0.15, G:0.20, T:0.42
Consensus pattern (29 bp):
ATTTACCGAAATGGGCCGATTTTTTGATT
Found at i:27725267 original size:123 final size:124
Alignment explanation
Indices: 27725048--27725326 Score: 499
Period size: 123 Copynumber: 2.3 Consensus size: 124
27725038 TTATTTCGAG
*
27725048 TTGACGTTTCTG-GTCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGT
1 TTGACATTTCTGAG-CAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGT
*
27725112 GAAATCGTGCCCTCGTGGACGCGATTTCGCTACAGTTGGTCATGTAAGAAAT-ATTTTTT
65 GAAATCGTGCCCTCGTGGACACGATTTCGCTACAGTTGGTCATGTAAGAAATAATTTTTT
*
27725171 TTGACATTTGTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
1 TTGACATTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
27725236 AAATCGTGCCCTCGTGGACACGATTTCGCTACAGTTGGTCATGTAAGAAATAATTTTTT
66 AAATCGTGCCCTCGTGGACACGATTTCGCTACAGTTGGTCATGTAAGAAATAATTTTTT
*
27725295 TTGACGTTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGC
1 TTGACATTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGC
27725327 GCCCTCGTGG
Statistics
Matches: 149, Mismatches: 5, Indels: 3
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
123 111 0.74
124 38 0.26
ACGTcount: A:0.30, C:0.16, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (124 bp):
TTGACATTTCTGAGCAAATAGTATAAAATCGCTTCTACCAGGATGCTATTTGAGAAGAAATTGTG
AAATCGTGCCCTCGTGGACACGATTTCGCTACAGTTGGTCATGTAAGAAATAATTTTTT
Found at i:27729184 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27729159--27729202 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
27729149 GATGAAAATA
27729159 TAAAAAAAT-TAAAATTATT
1 TAAAAAAATATAAAATTATT
*
27729178 TTAAAAAATATAAAATTATT
1 TAAAAAAATATAAAATTATT
27729198 TAAAA
1 TAAAA
27729203 TTATTTTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
19 8 0.36
20 14 0.64
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (20 bp):
TAAAAAAATATAAAATTATT
Found at i:27729185 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27729161--27729202 Score: 68
Period size: 19 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
27729151 TGAAAATATA
27729161 AAAAAAT-TAAAATTATTTT
1 AAAAAATATAAAATTA-TTT
27729180 AAAAAATATAAAATTATTT
1 AAAAAATATAAAATTATTT
27729199 AAAA
1 AAAA
27729203 TTATTTTAAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 0, Indels: 2
0.92 0.00 0.08
Matches are distributed among these distances:
19 14 0.64
20 8 0.36
ACGTcount: A:0.64, C:0.00, G:0.00, T:0.36
Consensus pattern (19 bp):
AAAAAATATAAAATTATTT
Found at i:27729203 original size:10 final size:11
Alignment explanation
Indices: 27729167--27729213 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 4.5 Consensus size: 11
27729157 TATAAAAAAA
27729167 TTAAAATTATT
1 TTAAAATTATT
*
27729178 TTAAAA--AAT
1 TTAAAATTATT
*
27729187 ATAAAATTA-T
1 TTAAAATTATT
27729197 TTAAAATTATT
1 TTAAAATTATT
27729208 TTAAAA
1 TTAAAA
27729214 AAATGAAATT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 6
0.77 0.08 0.15
Matches are distributed among these distances:
9 7 0.23
10 9 0.30
11 14 0.47
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (11 bp):
TTAAAATTATT
Found at i:27729213 original size:29 final size:30
Alignment explanation
Indices: 27729153--27729223 Score: 101
Period size: 30 Copynumber: 2.4 Consensus size: 30
27729143 GCCATTGATG
*
27729153 AAAATATAAAA-AAATTAAAATTATTTTAA
1 AAAATATAAAATTAATTAAAATTATTTTAA
*
27729182 AAAATATAAAATTATTTAAAATTATTTTAA
1 AAAATATAAAATTAATTAAAATTATTTTAA
*
27729212 AAAA-ATGAAATT
1 AAAATATAAAATT
27729224 GAGGGGAAAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 2
0.88 0.07 0.05
Matches are distributed among these distances:
29 18 0.47
30 20 0.53
ACGTcount: A:0.62, C:0.00, G:0.01, T:0.37
Consensus pattern (30 bp):
AAAATATAAAATTAATTAAAATTATTTTAA
Found at i:27729276 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27729251--27729298 Score: 71
Period size: 22 Copynumber: 2.2 Consensus size: 22
27729241 TAATATGGAT
27729251 TTGACA-GATTTTTGGAAGGAAA
1 TTGACAGGA-TTTTGGAAGGAAA
*
27729273 TTGAGAGGATTTTGGAAGGAAA
1 TTGACAGGATTTTGGAAGGAAA
27729295 TTGA
1 TTGA
27729299 GAGTTTGAGA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 1, Indels: 2
0.89 0.04 0.07
Matches are distributed among these distances:
22 22 0.92
23 2 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.31, T:0.31
Consensus pattern (22 bp):
TTGACAGGATTTTGGAAGGAAA
Found at i:27729299 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27729260--27729301 Score: 84
Period size: 22 Copynumber: 1.9 Consensus size: 22
27729250 TTTGACAGAT
27729260 TTTTGGAAGGAAATTGAGAGGA
1 TTTTGGAAGGAAATTGAGAGGA
27729282 TTTTGGAAGGAAATTGAGAG
1 TTTTGGAAGGAAATTGAGAG
27729302 TTTGAGAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 20 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.36, T:0.29
Consensus pattern (22 bp):
TTTTGGAAGGAAATTGAGAGGA
Found at i:27729308 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 27729273--27729331 Score: 109
Period size: 30 Copynumber: 2.0 Consensus size: 30
27729263 TGGAAGGAAA
*
27729273 TTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGAGT
1 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGT
27729303 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAG
1 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAG
27729332 GATTTTGGAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
30 28 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.36, T:0.29
Consensus pattern (30 bp):
TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGT
Found at i:27729316 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 27729250--27729352 Score: 188
Period size: 52 Copynumber: 2.0 Consensus size: 52
27729240 TTAATATGGA
*
27729250 TTTGACAGATTTTTGGAAGGAAATTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGAG
1 TTTGACAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGAG
*
27729302 TTTGAGAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGA
1 TTTGACAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGA
27729353 TAGGATTTGT
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
52 49 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.01, G:0.33, T:0.30
Consensus pattern (52 bp):
TTTGACAGAATTTTGGAAGGAAATTGAGAGGATTTTGGAAGGAAATTGAGAG
Found at i:27729331 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27729303--27729352 Score: 91
Period size: 22 Copynumber: 2.3 Consensus size: 22
27729293 AATTGAGAGT
27729303 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAA
*
27729325 TTGAGAGGATTTTGGAAGGAAA
1 TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAA
27729347 TTGAGA
1 TTGAGA
27729353 TAGGATTTGT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 27 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.34, T:0.28
Consensus pattern (22 bp):
TTGAGAGAATTTTGGAAGGAAA
Found at i:27729713 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27729690--27729735 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 2.4 Consensus size: 20
27729680 ACAAATATCA
27729690 TAAACATAAAA-CAATAAATT
1 TAAACATAAAAGCAATAAA-T
* *
27729710 TAAA-AAAAAAGCATTAAAT
1 TAAACATAAAAGCAATAAAT
27729729 TAAACAT
1 TAAACAT
27729736 TTATTCAGTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 4
0.75 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
19 10 0.48
20 11 0.52
ACGTcount: A:0.65, C:0.09, G:0.02, T:0.24
Consensus pattern (20 bp):
TAAACATAAAAGCAATAAAT
Found at i:27729757 original size:3 final size:3
Alignment explanation
Indices: 27729749--27729798 Score: 100
Period size: 3 Copynumber: 16.7 Consensus size: 3
27729739 TTCAGTTCTC
27729749 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
1 AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT AAT
27729797 AA
1 AA
27729799 AAGAAGTAGT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
3 47 1.00
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (3 bp):
AAT
Found at i:27730635 original size:17 final size:18
Alignment explanation
Indices: 27730613--27730651 Score: 53
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
27730603 ATTTAAACAT
27730613 AAAAAT-AATAGATTTAA
1 AAAAATCAATAGATTTAA
**
27730630 AAAAATCAATATTTTTAA
1 AAAAATCAATAGATTTAA
27730648 AAAA
1 AAAA
27730652 TTATAAAAAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
17 6 0.32
18 13 0.68
ACGTcount: A:0.64, C:0.03, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
AAAAATCAATAGATTTAA
Found at i:27734851 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 27734835--27734866 Score: 55
Period size: 11 Copynumber: 2.9 Consensus size: 11
27734825 TCAAACTCTT
27734835 AATCAACAGCA
1 AATCAACAGCA
*
27734846 AATCAACTGCA
1 AATCAACAGCA
27734857 AATCAACAGC
1 AATCAACAGC
27734867 TTCAAAATAT
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
11 19 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.28, G:0.09, T:0.12
Consensus pattern (11 bp):
AATCAACAGCA
Found at i:27734917 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27734871--27734919 Score: 53
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 19
27734861 AACAGCTTCA
* * *
27734871 AAATATTAAACTGAAGAGG
1 AAATATAAAACAGAAGAAG
*
27734890 AACTAATAAAACAGAAGAAG
1 AAAT-ATAAAACAGAAGAAG
27734910 AAATATAAAA
1 AAATATAAAA
27734920 GAAACTCTCA
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 5, Indels: 2
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
19 9 0.38
20 15 0.62
ACGTcount: A:0.63, C:0.06, G:0.14, T:0.16
Consensus pattern (19 bp):
AAATATAAAACAGAAGAAG
Found at i:27735721 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 27735684--27735749 Score: 57
Period size: 11 Copynumber: 5.9 Consensus size: 11
27735674 ACAAATCCTC
*
27735684 TCTCAAATTTCC
1 TCTCAAA-TTCT
*
27735696 TCTC-AATTTT
1 TCTCAAATTCT
27735706 CTCTCAAATTCT
1 -TCTCAAATTCT
27735718 TCTCAAATTCCT
1 TCTCAAATT-CT
27735730 TC-CAAATT-T
1 TCTCAAATTCT
27735739 CTCTCAAATTC
1 -TCTCAAATTC
27735750 ATATTTAATC
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 3, Indels: 12
0.75 0.05 0.20
Matches are distributed among these distances:
9 1 0.02
10 4 0.09
11 27 0.60
12 13 0.29
ACGTcount: A:0.26, C:0.30, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (11 bp):
TCTCAAATTCT
Found at i:27735820 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 27735805--27735830 Score: 52
Period size: 10 Copynumber: 2.6 Consensus size: 10
27735795 AAATCCCTAT
27735805 TTTTAAATAA
1 TTTTAAATAA
27735815 TTTTAAATAA
1 TTTTAAATAA
27735825 TTTTAA
1 TTTTAA
27735831 TTTTTTTAAA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
10 16 1.00
ACGTcount: A:0.46, C:0.00, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (10 bp):
TTTTAAATAA
Found at i:27737980 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 27737929--27737974 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 21
27737919 CAACTCCGAC
* *
27737929 AACCAG-ATGCCCTATCGGAGG
1 AACCAGAAT-CCCTACCGGAAG
27737950 AACCAGAATCCCTACCGGAAG
1 AACCAGAATCCCTACCGGAAG
27737971 AACC
1 AACC
27737975 TTAATCGCCG
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 2
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
21 20 0.91
22 2 0.09
ACGTcount: A:0.35, C:0.33, G:0.22, T:0.11
Consensus pattern (21 bp):
AACCAGAATCCCTACCGGAAG
Found at i:27738255 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 27738230--27738504 Score: 199
Period size: 22 Copynumber: 12.9 Consensus size: 22
27738220 TTTAATTGAC
27738230 AAACCATAAACCCTTAAACTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAACTAA
* *
27738252 AAACCCT-AACCCTTAAATTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAACTAA
**
27738273 AAACCCCAAA-CCTTAAACCTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAA
*
27738295 AAACCCTAAA-CCTTAAACTTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAAC-TAA
*
27738317 AAACCTTAAACCC-TAAATCTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAA
27738339 AAACCATAAA--CTT--A--AA
1 AAACCATAAACCCTTAAACTAA
** *
27738355 AAACC-CCAACCCCTAAACCTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAA
*
27738377 AAACCCT-AACCCTT-AACTTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAAC-TAA
* *
27738398 AAACCACAAA-CTTTAAACCTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAA
27738420 AAACCATAAACCC-TAAACTTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAAC-TAA
*
27738442 AAACCACAAACCC-TAAACCTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAA
*
27738464 AAACTATAAACCC-TAAACTTAA
1 AAACCATAAACCCTTAAAC-TAA
*
27738486 AAATCC-TAAACCCTAAAAC
1 AAA-CCATAAACCCTTAAAC
27738505 CTTAACTTTA
Statistics
Matches: 207, Mismatches: 22, Indels: 47
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
15 2 0.01
16 7 0.03
17 2 0.01
19 2 0.01
20 2 0.01
21 43 0.21
22 138 0.67
23 11 0.05
ACGTcount: A:0.52, C:0.30, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (22 bp):
AAACCATAAACCCTTAAACTAA
Found at i:27738304 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 27738280--27738356 Score: 52
Period size: 15 Copynumber: 5.2 Consensus size: 15
27738270 TAAAAACCCC
*
27738280 AAACCTTAAACCTAA
1 AAACCCTAAACCTAA
*
27738295 AAACCCTAAACCT-T
1 AAACCCTAAACCTAA
* *
27738309 AAA-CTTAAAAACCT-T
1 AAACCCT--AAACCTAA
*
27738324 AAACCCTAAATCTAA
1 AAACCCTAAACCTAA
* *
27738339 AAACCATAAACTTAA
1 AAACCCTAAACCTAA
27738354 AAA
1 AAA
27738357 ACCCCAACCC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 9, Indels: 8
0.74 0.14 0.12
Matches are distributed among these distances:
13 2 0.04
14 8 0.16
15 37 0.76
16 2 0.04
ACGTcount: A:0.55, C:0.25, G:0.00, T:0.21
Consensus pattern (15 bp):
AAACCCTAAACCTAA
Found at i:27738339 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 27738230--27738502 Score: 287
Period size: 44 Copynumber: 6.4 Consensus size: 44
27738220 TTTAATTGAC
* * *
27738230 AAACCATAAACCCTTAAA-CTAAAAACCCTAACCCTTAAA-TTAA
1 AAACCACAAACCC-TAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
* * *
27738273 AAACCCCAAACCTTAAACCTAAAAACCCTAAACCTTAAACTTAA
1 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
** *
27738317 AAACCTTAAACCCTAAATCTAAAAACCATAAA-CTT--A---AA
1 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
* * * *
27738355 AAACCCCAACCCCTAAACCTAAAAACCCTAACCCTT-AACTTAA
1 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
** *
27738398 AAACCACAAACTTTAAACCTAAAAACCATAAACCCTAAACTTAA
1 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
* *
27738442 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACTATAAACCCTAAACTTAA
1 AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
*
27738486 AAATCC-TAAACCCTAAA
1 AAA-CCACAAACCCTAAA
27738503 ACCTTAACTT
Statistics
Matches: 195, Mismatches: 26, Indels: 17
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
38 28 0.14
39 3 0.02
40 1 0.01
41 1 0.01
42 4 0.02
43 64 0.33
44 92 0.47
45 2 0.01
ACGTcount: A:0.52, C:0.30, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (44 bp):
AAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACCTTAAACTTAA
Found at i:27738377 original size:125 final size:124
Alignment explanation
Indices: 27738238--27738474 Score: 375
Period size: 125 Copynumber: 1.9 Consensus size: 124
27738228 ACAAACCATA
* * *
27738238 AACCCTTAAACTAAAAACCCTAACCCTTAAATTAAAAACCCCAAACCTTAAACCTAAAAACCCTA
1 AACCCCTAAACTAAAAACCCTAACCCTTAAATTAAAAACCACAAACCTTAAACCTAAAAACCATA
* ** *
27738303 AACCTTAAACTTAAAAACCTTAAACCCTAAATCTAAAAACCATAAACTTAAAAAACCCC
66 AACCCTAAACTTAAAAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACTTAAAAAACCCC
* *
27738362 AACCCCTAAACCTAAAAACCCTAACCCTTAACTTAAAAACCACAAACTTTAAACCTAAAAACCAT
1 AACCCCTAAA-CTAAAAACCCTAACCCTTAAATTAAAAACCACAAACCTTAAACCTAAAAACCAT
*
27738427 AAACCCTAAACTTAAAAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACTATAAAC
65 AAACCCTAAACTTAAAAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAAC
27738475 CCTAAACTTA
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 10, Indels: 1
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
124 9 0.09
125 93 0.91
ACGTcount: A:0.51, C:0.30, G:0.00, T:0.18
Consensus pattern (124 bp):
AACCCCTAAACTAAAAACCCTAACCCTTAAATTAAAAACCACAAACCTTAAACCTAAAAACCATA
AACCCTAAACTTAAAAACCACAAACCCTAAACCTAAAAACCATAAACTTAAAAAACCCC
Found at i:27741896 original size:125 final size:125
Alignment explanation
Indices: 27741650--27742212 Score: 720
Period size: 125 Copynumber: 4.5 Consensus size: 125
27741640 CAAACATGCT
* *
27741650 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGCTA
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGCTA
*
27741715 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
66 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
* * * *
27741775 ACTGTAGCAAAAGCACGTCCACAAGGGCACGATTTCAAAAATTCTTCTCA-AATAGCATCCTGCT
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAA-AGCATCCTGCT
* * * * *
27741839 TGAAGCGTTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATAATTT-TTTCAGGACCT
65 AGAAGCG-ATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
* * * *
27741900 ACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCCCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGGTA
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGCTA
* * *
27741965 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAATGTCAATTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCA
66 GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
* * * * * * *
27742025 ATTGTAGCAAAAGGGCGTCCAGGAGGGTGCGATTTCACAAATTATT-TGTATATAGCATCCTGCT
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCT-CATAAAGCATCCTGCT
* * * *
27742089 TGAAGCGTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTT-TTCCAGTACCT
65 AGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
* * * * * * * * *
27742149 ACTGTAGCAAAAGCGCATACACGTGGGCGCGACTGCAAAAATCCTTCTGATAAATCATCCTGCT
1 ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGCT
27742213 TTGATTTTAT
Statistics
Matches: 375, Mismatches: 57, Indels: 13
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
124 97 0.26
125 237 0.63
126 41 0.11
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (125 bp):
ACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGAGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGCTA
GAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCA
Found at i:27742089 original size:250 final size:249
Alignment explanation
Indices: 27741648--27742212 Score: 835
Period size: 250 Copynumber: 2.3 Consensus size: 249
27741638 TCCAAACATG
*
27741648 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGTGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
27741713 TAGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCAACT
66 TAGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCAACT
*
27741778 GTAGCAAAAGCACGTCCACAAGGGCACGATTTCAAAAATTCTTCTCAAATAGCATCCTGCTTGAA
131 GTAGCAAAAGCACGTCCACAAGGGCACGATTTCAAAAATTATTCTCAAATAGCATCCTGCTTGAA
*
27741843 GCGTTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATAATTTTTTCAGGAC
196 GCG-TTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATAATTTTTCCAGGAC
* * *
27741898 CTACTGTAGCAAAAGTGCGTCCACGTGGGCCCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGG
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
** * * *
27741963 TAGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAATGTCAATTCGAAATTATTTCTTCCAGGACCAATT
66 TAGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCAACT
** ** ** * * *
27742028 GTAGCAAAAGGGCGTCCAGGAGGGTGCGATTTCACAAATTATT-TGTATATAGCATCCTGCTTGA
131 GTAGCAAAAGCACGTCCACAAGGGCACGATTTCAAAAATTATTCT-CAAATAGCATCCTGCTTGA
* *
27742092 AGCGTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATTATTTTTCCAGTAC
195 AGCGTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATAATTTTTCCAGGAC
* * * * * * * *
27742147 CTACTGTAGCAAAAGCGCATACACGTGGGCGCGACTGCAAAAATCCTTCTGATAAATCATCCTGC
1 CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
27742212 T
66 T
27742213 TTGATTTTAT
Statistics
Matches: 281, Mismatches: 33, Indels: 3
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
249 104 0.37
250 177 0.63
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.18, T:0.30
Consensus pattern (249 bp):
CTACTGTAGCAAAAGCGCGTCCACGTGGGCGCGATTTCACAAATTCTTCTCATAAAGCATCCTGC
TAGAAGCGATTTTATACTATTTGCTCAGAAACATCAACTCGAAATTATTTATTCCAGGACCAACT
GTAGCAAAAGCACGTCCACAAGGGCACGATTTCAAAAATTATTCTCAAATAGCATCCTGCTTGAA
GCGTTTTTATACTATTTGCTCAGAAACGTCAACTCGAAATAATTTTTCCAGGAC
Found at i:27749792 original size:39 final size:39
Alignment explanation
Indices: 27749749--27749867 Score: 170
Period size: 39 Copynumber: 3.1 Consensus size: 39
27749739 TTTTAGTTAT
*
27749749 TTAGTTTGAACATCATTAATATTTGTCTTTAATTAAGTC
1 TTAGTTTGAACATCATTAATATATGTCTTTAATTAAGTC
* * *
27749788 TTAGTTTGAACATCATTAATATGTGTCTTTTATTATGTC
1 TTAGTTTGAACATCATTAATATATGTCTTTAATTAAGTC
*
27749827 TTAGTTTGAACAACATTAATATATGT-TTTAATTCAA-TC
1 TTAGTTTGAACATCATTAATATATGTCTTTAATT-AAGTC
27749865 TTA
1 TTA
27749868 ATTCCGACAT
Statistics
Matches: 72, Mismatches: 7, Indels: 3
0.88 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
38 11 0.15
39 61 0.85
ACGTcount: A:0.31, C:0.10, G:0.10, T:0.49
Consensus pattern (39 bp):
TTAGTTTGAACATCATTAATATATGTCTTTAATTAAGTC
Found at i:27753355 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27753331--27753369 Score: 60
Period size: 21 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
27753321 CATAAACAAT
*
27753331 TATACAAATTAAATGCTAACA
1 TATAAAAATTAAAT-CTAACA
27753352 TATAAAAATTAAATCTAA
1 TATAAAAATTAAATCTAA
27753370 TCATGGCAAA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 1
0.89 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
20 4 0.24
21 13 0.76
ACGTcount: A:0.56, C:0.10, G:0.03, T:0.31
Consensus pattern (20 bp):
TATAAAAATTAAATCTAACA
Found at i:27754775 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 27754750--27754807 Score: 57
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
27754740 TATGTAATAA
27754750 AGGCACCGAAGTACAGAT-AG
1 AGGCACCGAAGTACA-ATCAG
* *
27754770 AGGCA-CAAATGTGCAATCAG
1 AGGCACCGAA-GTACAATCAG
*
27754790 AGGCACCGAAGTGCAATC
1 AGGCACCGAAGTACAATC
27754808 TCGTAGAAGT
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 3, Indels: 6
0.78 0.07 0.15
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.16
20 24 0.75
21 3 0.09
ACGTcount: A:0.38, C:0.22, G:0.28, T:0.12
Consensus pattern (20 bp):
AGGCACCGAAGTACAATCAG
Found at i:27761109 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 27761040--27761344 Score: 355
Period size: 43 Copynumber: 7.2 Consensus size: 43
27761030 TTTTGGAAAT
* *
27761040 AAACGCCGCTATAGATCATGACCTTTAGCGGTGCTTTTCCCAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* * * * * *
27761083 AAATGCCACTATATATCAGGACCTTTAGCGGTGCTTTT-ACAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* * *
27761125 AAACGCCGCTAAAGATCAAGACTTTTAGCGGCGC-TTTACCAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* * *
27761167 AAACGCCGCTATAGCTCAAGACCTTTAGCGACGCTTTTTCCAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* * **
27761210 AAACGTCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGTGCTTTTTTCAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* *
27761253 AAACGCCGCTATAGCTCAAGACCTTTAGTGGCGCTTTTCCCAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
* * * * * *
27761296 AAGCGCCGCTATAGAACAA-ACCTTTAGCGACGCTTCTCGCAA
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
27761338 AAACGCC
1 AAACGCC
27761345 ACTAAAAACA
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 38, Indels: 5
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
41 3 0.01
42 87 0.39
43 132 0.59
ACGTcount: A:0.27, C:0.29, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (43 bp):
AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTCCCAC
Found at i:27761211 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 27761040--27761330 Score: 363
Period size: 85 Copynumber: 3.4 Consensus size: 86
27761030 TTTTGGAAAT
* * * * * ** *
27761040 AAACGCCGCTATAGATCATGACCTTTAGCGGTGCTTTTCCCACAAATGCCACTATATATCAGGAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
* *
27761105 CTTTAGCGGTGC-TTTTACAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
* *
27761125 AAACGCCGCTAAAGATCAAGACTTTTAGCGGCGC-TTTACCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
*
27761189 CTTTAGCGACGCTTTTTCCAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
* * **
27761210 AAACGTCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGTGCTTTTTTCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
* *
27761275 CTTTAGTGGCGCTTTTCCCAC
66 CTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
* * *
27761296 AAGCGCCGCTATAGAACAA-ACCTTTAGCGACGCTT
1 AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTT
27761331 CTCGCAAAAA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 27, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
84 34 0.19
85 81 0.46
86 62 0.35
ACGTcount: A:0.27, C:0.29, G:0.18, T:0.26
Consensus pattern (86 bp):
AAACGCCGCTATAGATCAAGACCTTTAGCGGCGCTTTTACCACAAACGCCGCTATAGCTCAAGAC
CTTTAGCGGCGCTTTTTCCAC
Found at i:27761684 original size:87 final size:87
Alignment explanation
Indices: 27761589--27761764 Score: 343
Period size: 87 Copynumber: 2.0 Consensus size: 87
27761579 GTTAGAACTC
27761589 AAGTTGTCGTAAATATTAAAGTAAAAATAAAAATTTAGAATCAAAACTAAAATAAATAATACATA
1 AAGTTGTCGTAAATATTAAAGTAAAAATAAAAATTTAGAATCAAAACTAAAATAAATAATACATA
27761654 TGAGAAACAGACAGACTAGTTG
66 TGAGAAACAGACAGACTAGTTG
27761676 AAGTTGTCGTAAATATTAAAGTAAAAATAAAAATTTAGAATCAAAACTAAAATAAATAATACATA
1 AAGTTGTCGTAAATATTAAAGTAAAAATAAAAATTTAGAATCAAAACTAAAATAAATAATACATA
*
27761741 TGAGAAACAGACTGACTAGTTG
66 TGAGAAACAGACAGACTAGTTG
27761763 AA
1 AA
27761765 CCTGCCTATG
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 1, Indels: 0
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
87 88 1.00
ACGTcount: A:0.54, C:0.08, G:0.12, T:0.26
Consensus pattern (87 bp):
AAGTTGTCGTAAATATTAAAGTAAAAATAAAAATTTAGAATCAAAACTAAAATAAATAATACATA
TGAGAAACAGACAGACTAGTTG
Found at i:27761857 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 27761791--27761881 Score: 123
Period size: 43 Copynumber: 2.1 Consensus size: 43
27761781 CACATTGCAA
* *
27761791 GGTAATAAAAAATACAATGCATTTTCTTAATC-AAGTAAATCTT
1 GGTAATAAAAAATACAATACATTTACTTAATCAAAG-AAATCTT
* *
27761834 GGTAATAAAAGATATAATACATTTACTTAATCAAAGAAATCTT
1 GGTAATAAAAAATACAATACATTTACTTAATCAAAGAAATCTT
27761877 -GTAAT
1 GGTAAT
27761882 GAAGTCAAAG
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 3
0.86 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
42 5 0.12
43 35 0.81
44 3 0.07
ACGTcount: A:0.46, C:0.10, G:0.10, T:0.34
Consensus pattern (43 bp):
GGTAATAAAAAATACAATACATTTACTTAATCAAAGAAATCTT
Found at i:27762098 original size:18 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27762075--27762113 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
27762065 ATGACCATAC
27762075 AACC-TTAAAGCTTCAAGA
1 AACCTTTAAAGCTTCAAGA
* *
27762093 AACCTTTGATGCTTCAAGA
1 AACCTTTAAAGCTTCAAGA
27762112 AA
1 AA
27762114 TGAAGATGAA
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 1
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.22
19 14 0.78
ACGTcount: A:0.41, C:0.21, G:0.13, T:0.26
Consensus pattern (19 bp):
AACCTTTAAAGCTTCAAGA
Found at i:27765824 original size:10 final size:10
Alignment explanation
Indices: 27765780--27765839 Score: 50
Period size: 10 Copynumber: 5.8 Consensus size: 10
27765770 AAAATAAAAG
27765780 TTTAAAATCTT
1 TTTAAAATC-T
27765791 TTTAAAAT-T
1 TTTAAAATCT
* * *
27765800 TCTAAAAACA
1 TTTAAAATCT
*
27765810 ATTAAAATCT
1 TTTAAAATCT
27765820 TTTAAAATTCAT
1 TTTAAAA-TC-T
27765832 TTTAAAAT
1 TTTAAAAT
27765840 TTTAAATCAC
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 8, Indels: 6
0.73 0.15 0.12
Matches are distributed among these distances:
9 7 0.18
10 12 0.32
11 11 0.29
12 8 0.21
ACGTcount: A:0.47, C:0.08, G:0.00, T:0.45
Consensus pattern (10 bp):
TTTAAAATCT
Found at i:27765842 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 27765774--27765845 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 19
27765764 ATTATAAAAA
* *
27765774 TAAAAGTTTAAAATCTTTT
1 TAAAATTTTAAAATCATTT
* *
27765793 TAAAATTTCTAAAAACA-AT
1 TAAAATTT-TAAAATCATTT
27765812 TAAAATCTTTTAAAATTCATTT
1 TAAAA--TTTTAAAA-TCATTT
27765834 TAAAATTTTAAA
1 TAAAATTTTAAA
27765846 TCACGAAAAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 6, Indels: 9
0.74 0.11 0.16
Matches are distributed among these distances:
19 13 0.31
20 18 0.43
21 5 0.12
22 6 0.14
ACGTcount: A:0.49, C:0.07, G:0.01, T:0.43
Consensus pattern (19 bp):
TAAAATTTTAAAATCATTT
Found at i:27766524 original size:8 final size:7
Alignment explanation
Indices: 27766489--27766629 Score: 81
Period size: 7 Copynumber: 19.7 Consensus size: 7
27766479 ACTAGTTAAT
27766489 CTAAACC
1 CTAAACC
27766496 CTAAACC
1 CTAAACC
*
27766503 ATAAA-C
1 CTAAACC
27766509 CTAAACC
1 CTAAACC
27766516 CTAAAACC
1 CT-AAACC
27766524 CTAAAACC
1 CT-AAACC
*
27766532 ATAAACC
1 CTAAACC
* *
27766539 CTTAACA
1 CTAAACC
27766546 C-ATAACC
1 CTA-AACC
27766553 TCTAAACC
1 -CTAAACC
*
27766561 TTAAACC
1 CTAAACC
*
27766568 C-CAACC
1 CTAAACC
*
27766574 TTTAAACC
1 -CTAAACC
*
27766582 ATAAACC
1 CTAAACC
*
27766589 ATAAACC
1 CTAAACC
* *
27766596 ATAATCC
1 CTAAACC
27766603 CTAAACC
1 CTAAACC
*
27766610 CATAATCC
1 C-TAAACC
*
27766618 ATAAACC
1 CTAAACC
*
27766625 TTAAA
1 CTAAA
27766630 ATGGCAACAC
Statistics
Matches: 105, Mismatches: 21, Indels: 16
0.74 0.15 0.11
Matches are distributed among these distances:
6 9 0.09
7 67 0.64
8 28 0.27
9 1 0.01
ACGTcount: A:0.47, C:0.34, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (7 bp):
CTAAACC
Found at i:27766536 original size:29 final size:28
Alignment explanation
Indices: 27766491--27766625 Score: 112
Period size: 29 Copynumber: 4.7 Consensus size: 28
27766481 TAGTTAATCT
27766491 AAACCCTAAACCATAAACCTAAACCCTA
1 AAACCCTAAACCATAAACCTAAACCCTA
* *
27766519 AAACCCTAAAACCATAAACCCTTAACAC-A
1 AAACCCT-AAACCATAAA-CCTAAACCCTA
* * ** * *
27766548 TAACCTCTAAACCTTAAACCCCAACCTTT
1 AAACC-CTAAACCATAAACCTAAACCCTA
* *
27766577 AAACCATAAACCATAAACCATAATCCCT-
1 AAACCCTAAACCATAAACC-TAAACCCTA
*
27766605 AAACCCATAATCCATAAACCT
1 AAACCC-TAAACCATAAACCT
27766626 TAAAATGGCA
Statistics
Matches: 83, Mismatches: 18, Indels: 12
0.73 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
28 30 0.36
29 44 0.53
30 9 0.11
ACGTcount: A:0.47, C:0.35, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (28 bp):
AAACCCTAAACCATAAACCTAAACCCTA
Found at i:27766567 original size:15 final size:14
Alignment explanation
Indices: 27766490--27766629 Score: 106
Period size: 14 Copynumber: 9.8 Consensus size: 14
27766480 CTAGTTAATC
27766490 TAAACCCTAAACCA
1 TAAACCCTAAACCA
*
27766504 TAAA-CCTAAACCC
1 TAAACCCTAAACCA
27766517 TAAAACCCTAAAACCA
1 T-AAACCCT-AAACCA
*
27766533 TAAACCCTTAACACA
1 TAAACCCTAAAC-CA
*
27766548 T-AACCTCTAAACCT
1 TAAACC-CTAAACCA
* *
27766562 TAAACCC-CAACCTT
1 TAAACCCTAAACC-A
*
27766576 TAAACCATAAACCA
1 TAAACCCTAAACCA
* * *
27766590 TAAACCATAATCCC
1 TAAACCCTAAACCA
*
27766604 TAAACCCATAATCCA
1 TAAACCC-TAAACCA
*
27766619 TAAACCTTAAA
1 TAAACCCTAAA
27766630 ATGGCAACAC
Statistics
Matches: 102, Mismatches: 15, Indels: 18
0.76 0.11 0.13
Matches are distributed among these distances:
13 13 0.13
14 45 0.44
15 38 0.37
16 6 0.06
ACGTcount: A:0.47, C:0.34, G:0.00, T:0.19
Consensus pattern (14 bp):
TAAACCCTAAACCA
Found at i:27766670 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 27766651--27766684 Score: 50
Period size: 14 Copynumber: 2.4 Consensus size: 14
27766641 TAAACCTGTT
* *
27766651 TAAACCATATACCC
1 TAAACCAAAAACCC
27766665 TAAACCAAAAACCC
1 TAAACCAAAAACCC
27766679 TAAACC
1 TAAACC
27766685 CATAATCCAT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 2, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 18 1.00
ACGTcount: A:0.50, C:0.35, G:0.00, T:0.15
Consensus pattern (14 bp):
TAAACCAAAAACCC
Found at i:27766680 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 27766574--27766759 Score: 300
Period size: 75 Copynumber: 2.5 Consensus size: 75
27766564 AACCCCAACC
* * * *
27766574 TTTAAACCATAAACCATAAACCATAATCCCTAAACCCATAATCCATAAACCTTAAAATGGCAACA
1 TTTAAACCATATACCCTAAACCAAAAACCCTAAACCCATAATCCATAAACCTTAAAATGGCAACA
*
27766639 CCTAAACCTG
66 CCTAAACCTA
*
27766649 TTTAAACCATATACCCTAAACCAAAAACCCTAAACCCATAATCCATAAACCTTAAAATGGTAACA
1 TTTAAACCATATACCCTAAACCAAAAACCCTAAACCCATAATCCATAAACCTTAAAATGGCAACA
27766714 CCTAAACCTA
66 CCTAAACCTA
*
27766724 TTTAAACCATATACCCTAAACAAAAAAACCCTAAAC
1 TTTAAACCATATACCCTAAAC-CAAAAACCCTAAAC
27766760 TATAGTGATA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 7, Indels: 1
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
75 90 0.87
76 13 0.13
ACGTcount: A:0.47, C:0.29, G:0.03, T:0.21
Consensus pattern (75 bp):
TTTAAACCATATACCCTAAACCAAAAACCCTAAACCCATAATCCATAAACCTTAAAATGGCAACA
CCTAAACCTA
Found at i:27767047 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 27766985--27767222 Score: 359
Period size: 41 Copynumber: 5.8 Consensus size: 41
27766975 AAGAATAGAA
* * * *
27766985 CATTAGCAGCGCTTTCTCAAAAACACCGCTAAAGCCTTAAG
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
* **
27767026 CATTAGCGGCGCTTTCCCAAAAACGTAGCTAAAGCCCTGAG
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
*
27767067 CATTAGCGACGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
* *
27767108 CATTAGCGGCACTTTCTCAAAAACGCTGCTAAAGCCCTGAG
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
*
27767149 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTGAAGCCCTGAG
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
* *
27767190 CATTAGCAGCGCTTTCTTAAAAACGCCGCTAAA
1 CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAA
27767223 TCCCCGAAAG
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 20, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
41 177 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.30, G:0.19, T:0.21
Consensus pattern (41 bp):
CATTAGCGGCGCTTTCTCAAAAACGCCGCTAAAGCCCTGAG
Found at i:27767382 original size:40 final size:40
Alignment explanation
Indices: 27767279--27767385 Score: 146
Period size: 40 Copynumber: 2.7 Consensus size: 40
27767269 TGAAAACGTA
* * * * *
27767279 GCTAATGCT-TATTTTTAGCGGCGATTTCCATAAAGCGCC
1 GCTAATGCTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCCAAAAAGCACC
27767318 GCTAAAT-CTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCCAAAAAGCACC
1 GCT-AATGCTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCCAAAAAGCACC
27767358 GCTAATGCTCGATCTTTAGCGGCGTTTT
1 GCTAATGCTCGATCTTTAGCGGCGTTTT
27767386 GTATCCAAAT
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 5, Indels: 5
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
39 8 0.13
40 52 0.87
ACGTcount: A:0.22, C:0.24, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (40 bp):
GCTAATGCTCGATCTTTAGCGGCGTTTTCCAAAAAGCACC
Found at i:27767968 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 27767950--27767974 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
27767940 TAAATCATTT
27767950 TAAATTTTAAAAA
1 TAAATTTTAAAAA
27767963 TAAATTTTAAAA
1 TAAATTTTAAAA
27767975 CATTTTTAAT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.60, C:0.00, G:0.00, T:0.40
Consensus pattern (13 bp):
TAAATTTTAAAAA
Found at i:27767970 original size:30 final size:33
Alignment explanation
Indices: 27767929--27767989 Score: 92
Period size: 30 Copynumber: 1.9 Consensus size: 33
27767919 ATTTAATTTG
*
27767929 AAATAAAATTTTAAATCA-TTTTAA-ATTTTAA
1 AAATAAAATTTTAAAACATTTTTAATATTTTAA
27767960 AAAT-AAATTTTAAAACATTTTTAATATTTT
1 AAATAAAATTTTAAAACATTTTTAATATTTT
27767990 TATTTTAATT
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 1, Indels: 3
0.87 0.03 0.10
Matches are distributed among these distances:
30 12 0.44
31 10 0.37
32 5 0.19
ACGTcount: A:0.49, C:0.03, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (33 bp):
AAATAAAATTTTAAAACATTTTTAATATTTTAA
Found at i:27769615 original size:76 final size:76
Alignment explanation
Indices: 27769530--27769683 Score: 308
Period size: 76 Copynumber: 2.0 Consensus size: 76
27769520 CTTTTATCTC
27769530 TCATTTTGCATTGTTCTATTTTATTTTTGTTTAAAAATAAATTTATTATTTTTATTATGAAAATG
1 TCATTTTGCATTGTTCTATTTTATTTTTGTTTAAAAATAAATTTATTATTTTTATTATGAAAATG
27769595 AAGTATTTGAT
66 AAGTATTTGAT
27769606 TCATTTTGCATTGTTCTATTTTATTTTTGTTTAAAAATAAATTTATTATTTTTATTATGAAAATG
1 TCATTTTGCATTGTTCTATTTTATTTTTGTTTAAAAATAAATTTATTATTTTTATTATGAAAATG
27769671 AAGTATTTGAT
66 AAGTATTTGAT
27769682 TC
1 TC
27769684 TTGAATTCTG
Statistics
Matches: 78, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
76 78 1.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.05, G:0.09, T:0.55
Consensus pattern (76 bp):
TCATTTTGCATTGTTCTATTTTATTTTTGTTTAAAAATAAATTTATTATTTTTATTATGAAAATG
AAGTATTTGAT
Found at i:27774108 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 27774045--27774132 Score: 176
Period size: 44 Copynumber: 2.0 Consensus size: 44
27774035 TACCGAAATT
27774045 GGTTCGTTGATGCTCGTAACTGAGATCCAATGCGCCTTAGCTGC
1 GGTTCGTTGATGCTCGTAACTGAGATCCAATGCGCCTTAGCTGC
27774089 GGTTCGTTGATGCTCGTAACTGAGATCCAATGCGCCTTAGCTGC
1 GGTTCGTTGATGCTCGTAACTGAGATCCAATGCGCCTTAGCTGC
27774133 AAGATTCGGT
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
44 44 1.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.25, G:0.27, T:0.30
Consensus pattern (44 bp):
GGTTCGTTGATGCTCGTAACTGAGATCCAATGCGCCTTAGCTGC
Found at i:27783423 original size:58 final size:57
Alignment explanation
Indices: 27783296--27783460 Score: 233
Period size: 58 Copynumber: 2.9 Consensus size: 57
27783286 TCTTTAGAGA
* * *
27783296 TGAATAGGGAATATTCTTTGGCTAGAACAATAAATATTCCCT-GCAAGAAAAGACTAG
1 TGAACAGGAAATATTCTTTGGCTA-AACAATAAATATTCCCTGGCAAGAAAAGACGAG
* *
27783353 TGAACATGAAATATTCTCTGGCGTAAACAATAAATATTCCCTGGCAAGAAAAGACGAG
1 TGAACAGGAAATATTCTTTGGC-TAAACAATAAATATTCCCTGGCAAGAAAAGACGAG
* *
27783411 TGAACAGGAAATATTCTTTGGCATGAACAGTAAATATTCCCTGGCAAGAA
1 TGAACAGGAAATATTCTTTGGC-TAAACAATAAATATTCCCTGGCAAGAA
27783461 CAGTAGAAAT
Statistics
Matches: 96, Mismatches: 10, Indels: 3
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
57 35 0.36
58 61 0.64
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.19, T:0.25
Consensus pattern (57 bp):
TGAACAGGAAATATTCTTTGGCTAAACAATAAATATTCCCTGGCAAGAAAAGACGAG
Found at i:27783445 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 27783411--27783465 Score: 74
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
27783401 AAAAGACGAG
* **
27783411 TGAACAGGAAATATTCTTTGGCA
1 TGAACAGTAAATATTCCCTGGCA
27783434 TGAACAGTAAATATTCCCTGGCA
1 TGAACAGTAAATATTCCCTGGCA
*
27783457 AGAACAGTA
1 TGAACAGTA
27783466 GAAATCTCTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 4, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 28 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.16, G:0.20, T:0.25
Consensus pattern (23 bp):
TGAACAGTAAATATTCCCTGGCA
Found at i:27783827 original size:57 final size:58
Alignment explanation
Indices: 27783754--27783917 Score: 201
Period size: 57 Copynumber: 2.9 Consensus size: 58
27783744 ATTTCTACTG
* *
27783754 TTCTTGCCAAGGAATATTTACTATTCACGCTAGAGAATATTT-CTGTTCACTCGTCTT
1 TTCTTGCCAAGGAATATTTACTATTCACGCCAGAGAATATTTCCTGTTCACTCATCTT
* * *
27783811 TTCTTGTCAGGGAATATTTACTGTTCACGCCAGAGAATATTTCCTGTTCACTCATC-T
1 TTCTTGCCAAGGAATATTTACTATTCACGCCAGAGAATATTTCCTGTTCACTCATCTT
* * **
27783868 TT-TT-CTAAAGAGAATATTTACTGTTCTTGCCAGAGAATATTTCCTGTTCA
1 TTCTTGC-CAAG-GAATATTTACTATTCACGCCAGAGAATATTTCCTGTTCA
27783918 TTTTCATTCA
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 10, Indels: 6
0.85 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
56 4 0.04
57 78 0.83
58 12 0.13
ACGTcount: A:0.25, C:0.20, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (58 bp):
TTCTTGCCAAGGAATATTTACTATTCACGCCAGAGAATATTTCCTGTTCACTCATCTT
Found at i:27792331 original size:31 final size:32
Alignment explanation
Indices: 27792295--27792363 Score: 104
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
27792285 TTTATTTTTG
27792295 TTCTTTGAGT-TTATTGAATAGGTAAACTCCT
1 TTCTTTGAGTCTTATTGAATAGGTAAACTCCT
* * *
27792326 TTCTTTTATTCTTTTTGAATAGGTAAACTCCT
1 TTCTTTGAGTCTTATTGAATAGGTAAACTCCT
27792358 TTCTTT
1 TTCTTT
27792364 TATTTTTATA
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 1
0.89 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
31 8 0.24
32 26 0.76
ACGTcount: A:0.22, C:0.14, G:0.12, T:0.52
Consensus pattern (32 bp):
TTCTTTGAGTCTTATTGAATAGGTAAACTCCT
Done.