Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_311 ID=scaffold_311-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 9609
ACGTcount: A:0.25, C:0.21, G:0.14, T:0.26
Warning! 1312 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:365 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 81--447 Score: 574
Period size: 169 Copynumber: 2.2 Consensus size: 169
71 AGATTTAATA
* * * *
81 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAA
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
* * * * *
146 CGCCAGGGAGTTAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTACTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAA
66 CGCCAGGGAGATAAGATTCGCTACCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAA
*
211 GATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAG
131 GATTCGCTAACTTTAGC-ATTAATCTGTTCCACTATAAAG
* *
250 CCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
* *
315 CGCCAGGGAGATAAGATTCGCTACCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATACTAGGGAAAGAA
66 CGCCAGGGAGATAAGATTCGCTACCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAA
* *
380 GATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAG
131 GATTCGCTAACTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAG
419 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
1 CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGC
448 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 180, Mismatches: 17, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
169 179 0.99
170 1 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.26, G:0.18, T:0.28
Consensus pattern (169 bp):
CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAA
CGCCAGGGAGATAAGATTCGCTACCCTCAGATTTAATCTACTCCGCTGCAATACTAGGGAAACAA
GATTCGCTAACTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAG
Found at i:794 original size:134 final size:134
Alignment explanation
Indices: 553--812 Score: 405
Period size: 134 Copynumber: 1.9 Consensus size: 134
543 NNNNNCAACA
* *
553 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAGGAGATAGGA
1 CTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCAAAGGAGATAGGA
* * * *
618 TGCGCTGCCCACAACTTTAATCTGCTTCACTTCAACTCTTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGCTGC
66 TGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGCTGC
683 AATG
131 AATG
*
687 CTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTTTAATACCAAA-GAGATAGG
1 CTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAA-ACCAAAGGAGATAGG
* ** *
751 ATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAG
65 ATGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAG
813 TTAAGATTCG
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 11, Indels: 2
0.90 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
134 109 0.96
135 5 0.04
ACGTcount: A:0.30, C:0.24, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (134 bp):
CTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAACCAAAGGAGATAGGA
TGCGCTGCCCACAACTTTAATCCGCTGCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGCTGC
AATG
Found at i:966 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 678--1295 Score: 866
Period size: 169 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
668 ACGCTAGGGA
* *
678 GCTGCAATGCT-AGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTTTAATA-CCA
1 GCTGCAATGCTAAGG-AAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGCCA
* * *
741 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGC
64 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* *
806 CAGGGAGTTAAGATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTACTCC
129 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCC
*
847 GCTGCAATGCTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAA
1 GCTGCAATGCTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAA
* * * * * *
911 AAAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCT
65 AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCC
* *
976 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCT
130 AGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCC
* * * * * *
1016 GCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTCAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAA
1 GCTGCAATGCTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAA
* * * *
1081 GAGATAGGATTCACTGCCCATAGCTTTAATCCGCTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACA
66 GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCA
* * * *
1146 TGGAGATATGATTCGCTGCACTCAGCTTTAATCTGCTCC
131 GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCC
* * *
1185 GCTGCAA-GACTAAGGAAACAAGATTCGATGCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAA
1 GCTGCAATG-CTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAA
*
1249 AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCT
65 AGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCT
1296 TTAATCTACA
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 51, Indels: 10
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 387 0.98
170 4 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
GCTGCAATGCTAAGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAA
GAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCA
GGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTACTCC
Found at i:1828 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1486--3192 Score: 2116
Period size: 169 Copynumber: 10.1 Consensus size: 169
1476 NNNNNNNNNN
*
1486 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGG-AACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCA
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCA
* * *
1549 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCA
65 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* * *
1614 AGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCTCTCAGAT
130 AGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * * * * *
1654 TTAATCTACTCTGCTACAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * *
1719 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCAT
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * *
1784 GTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCTTCAGCT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* ** *
1823 TTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * *
1888 TATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * *
1953 GTCTTAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGAT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * * **
1992 TTAATCTGCTTCGCTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * *
2057 TATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * * * **
2122 GTCTTAATGCTAGAGAGACAAGATTCGCTGCCCACAAAT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * **
2161 TTAATCTGCT-CGCTGTAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * * * * *
2225 CATAAAACCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTGCTCCACTTCGGTTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * *
2290 GTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * *
2329 TTAATCAGCTCCGCTGCAACGCTAGAGGATA-AAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCA
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAG-GGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
* * * ** *
2393 CTATAATA-CCAAAGAGATAGGATTCACTACCCACAGTTTTAATCCGCTGTACTTCATCTATTTC
65 CTATAA-AGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTC
*
2457 AAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCTGCT
129 AAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * *
2498 TTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTGCAG
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * *
2563 TATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCTGCTCCACTTAAGTTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * *
2628 GTCTTAAAGACAGGGAGAGAAGATTCGCTTCCCTCAGCT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * * * *
2667 CTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * *
2732 TATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTTCCCATAGCTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * *
2797 GTCTTAGCGACAGGGAGATAAGATTCGCTGCACTCAACT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * *
2836 TTAATCTGCTCCGCTGCAA-GACTAGGGAAACAAGATTCACTGCCTTTTGCTTTAATGTGTTCCA
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
* * * *
2900 CTATAATGCCACAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTAA
65 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* *
2965 AGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGAT
130 AGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
* * * *
3005 TTAATCTGCTCCGCTGCAAGGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTTGCTTTAATGTGTTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * *
3070 TATAATGCCTAAGAGATAGGATTCGCTGTCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATCTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* * * *
3135 ATC-TAACGCGAGGAAGA-CAGATTCGCTGCCCTCAGCT
131 GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
*
3172 TTAATCTGCTCTGCTGCAATG
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATG
3193 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1341, Mismatches: 189, Indels: 19
0.87 0.12 0.01
Matches are distributed among these distances:
167 37 0.03
168 188 0.14
169 1109 0.83
170 7 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
GTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCT
Found at i:2776 original size:675 final size:674
Alignment explanation
Indices: 1486--3192 Score: 2232
Period size: 675 Copynumber: 2.5 Consensus size: 674
1476 NNNNNNNNNN
* *
1486 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGG-AACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCA
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCA
* *
1549 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCA
65 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* * **
1614 AGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCTCTCAGATTTAATCTA-CTCTGCTACAATACTA
130 AGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGC-CTCAGATTTAATC-AGCTCCGCTGCAACGCTA
* * *
1678 GGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGCCAAAGAGATAGGATT
193 GGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATA-CCAAAGAGATAGGATT
* * * * * *
1742 CGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTCATGTCTAAACACCAGGGAGATAAGA
257 CGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCT-TACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGA
* * **
1807 TTCGCTGCCTTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAG
321 TTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAG
* * *
1872 CTTTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTC
386 CATTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCC
* *
1937 ACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCT
451 ACTTCAACTATTTCAAGTCTTAAAGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATCTAATCTGCT
* * *
2002 TCGCTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCA
516 CCGCTGAAATACTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCA
* *
2067 AAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAATG-
581 AAGAAATAGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGA
*
2131 CTAGAGAGACAAGATTCGCTGCCCACAAAT
646 C-AGAGAGACAAGATTCGCTGCACACAAAT
* * *
2161 TTAATCTGCT-CGCTGTAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
* * * * * * * *
2225 CATAAAACCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTGCTCCACTTCGGTTATTTCAA
66 TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
* *
2290 GTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCAGCTCCGCTGCAACGCTAGA
131 GTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCC-TCAGATTTAATCAGCTCCGCTGCAACGCTAG-
* * *
2355 GGATA-AAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTCA
194 GGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTCG
* * *
2419 CTACCCACAGTTTTAATCCGCTGTACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATT
259 CTGCCCACAGCTTTAATCCGCT-TACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATT
* *
2484 CGCTGCCCTCTGCTTTAATATGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA
323 CGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCA
* * * * * * * * * *
2549 TTAATCTGTTGCAGTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCTGCTCCAC
388 TTAATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCAC
* * * * *
2614 TT-AAGTTATTTCAAGTCTTAAAGAC-AGGGAGAGAAGATTCGCTTCCCTCAGCTCTAATCTGCT
453 TTCAA-CTATTTCAAGTCTTAAAG-CTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATCTAATCTGCT
* * * * **
2677 CCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCA
516 CCGCTGAAATACTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCA
* * * * * *
2742 AAGAGATAGGATTCACTTCCCATAGCTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAGCGA
581 AAGAAATAGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGA
* * * *
2807 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCACTCAACT
646 CAGAGAGACAAGATTCGCTGCACACAAAT
* * *
2836 TTAATCTGCTCCGCTGCAA-GACTAGGGAAACAAGATTCACTGCCTTTTGCTTTAATGTGTTCCA
1 TTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCA
* * ** *
2900 CTATAATGCCACAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTAA
65 CTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCA
* * * *
2965 AGTCTTAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAAGGCTAG
130 AGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG-CCTCAGATTTAATCAGCTCCGCTGCAACGCTAG
* * * * *
3030 GGAAACAAGATTCACTACCTTTTGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCTAAGAGATAGGATTCG
194 GGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTCG
* * * * * *
3095 CTGTCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATCTCAAATC-TAACGCGAGGAAGA-CAGATT
259 CTGCCCACAGCTTTAATCCGCTT-ACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATT
*
3158 CGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATG
323 CGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG
3193 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 889, Mismatches: 129, Indels: 29
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
674 56 0.06
675 583 0.66
676 248 0.28
677 2 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (674 bp):
TTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCAC
TATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAA
GTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTGCCTCAGATTTAATCAGCTCCGCTGCAACGCTAGGG
AAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATACCAAAGAGATAGGATTCGCT
GCCCACAGCTTTAATCCGCTTACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGC
TGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTA
ATCTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCGCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTC
AACTATTTCAAGTCTTAAAGCTAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCACAGATCTAATCTGCTCCGCT
GAAATACTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAA
ATAGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGACAGAG
AGACAAGATTCGCTGCACACAAAT
Found at i:4496 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 4207--7012 Score: 3576
Period size: 169 Copynumber: 16.6 Consensus size: 169
4197 NNNNNNNNTG
* *
4207 CTAGGGAAACAAGAGTCGCTACCTTTA-CAGTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
* * * * *
4271 TTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTGTTAACACCAGGGAGATA
65 ATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATA
* *
4336 AGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATA
130 AGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * *
4376 CTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * *
4441 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTATTTTAAGTCTAAACACCAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * *
4506 GATTCACTGCCCTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACA
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* *
4545 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAAGCAAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * * * *
4610 TGCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTTTTAATGCTAGAGAGACAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
*
4675 GATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATGA
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAAT-A
* ** * *
4715 -TAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * * *
4779 TTCTCTACCCACAGCCTTAATCTGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * **
4844 GATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * * *
4883 CTAGGAAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTTTAATGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * *
4948 TTCGCTGTCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * *
5013 GATTCGCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * * *
5052 CTAGGGAAATAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTGCAGTATAAAGCCAAAGAGATAGG
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
* * * * *
5116 TTTCACTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCTCTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATA
65 ATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATA
* *
5181 AGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATA
130 AGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * *
5221 CTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * *
5286 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTATCTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * *
5351 GATTCGCTACCCTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACA
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* *
5390 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * * * * * *
5455 TACTCTACCCACAGCTTCAATCCGCTTCACTTCAACTATTTGAAGTCTTAACGCTAGGAAGACAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * *
5520 GATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTTCGCTGAAATG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * ** * *
5559 CTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * * * *
5624 TTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAATGCTAGAGAGACAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* *
5689 GATTCGCTGCCCACAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * ** * * *
5728 CTAGGGAAAGATGATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACCATAAACCCAAAGAAATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * * *
5793 TTCTCTACCCACAGCCTTAATCTGCTCCACTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGCAAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * * *
5858 GATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCAATG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* *
5897 CTAGAGGATA-AAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAATA-CCAAAGAGATAG
1 CTAG-GGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAA-AGCCAAAGAGATAG
** * ** *
5960 GATTCATTGCCCACAGTTTTAATCCGCTGTACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
64 GATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGAT
** * * *
6025 AAGATTCGCTATCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG
129 AAGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * * *
6066 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTGCAATATAAAGCCAAAGAGATAGGG
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
** * * * * * **
6131 TTCGCTGCTGATAGCTTTAATCTGCTCCACTTAAGTTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGAGCA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * * *
6196 GATTCGCTACCCTTAGCTCTAATCTGCTCCGTTGCAATA
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * * * *
6235 CTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * * *
6300 TTCACTTCCCATAGCTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* * * *
6365 GATTCGCTGCACTCA-ACTCTAATCTGCTCCACTGCAAGA
131 GATTCGCTGCCCTCAGA-TTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * *
6404 CTAGGGAAACAAGATTCACTGCCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * *
6469 TTCGCTG-CCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTAAAGTCTTAACACCAGGGAGATAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* **
6533 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCTGCTGCAAGG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * * *
6572 CTAGGGAAACAAGATTCACTACCTTTTGCTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* * * * *
6637 TTCGCTGTCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
* *
6702 GATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG
131 GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
*
6741 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGC-TTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGG
* * *
6805 TTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTACTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATA
65 ATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATA
* * *
6870 AGATTCGCTACCCTCAGATTTAATCTACTCTGCTGCAATA
130 AGATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
* * *
6910 CTAGGGAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
1 CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
* *
6975 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAGCTA
66 TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTA
7013 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2290, Mismatches: 333, Indels: 28
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
168 158 0.07
169 2123 0.93
170 9 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.25, G:0.17, T:0.29
Consensus pattern (169 bp):
CTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGA
TTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAA
GATTCGCTGCCCTCAGATTTAATCTGCTCCGCTGCAATA
Found at i:7468 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 7115--9609 Score: 2320
Period size: 169 Copynumber: 14.7 Consensus size: 169
7105 NNNNNNNNTA
* ** * *
7115 CCCTCAGCTTTAATCTGCACCGCTGCAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * * * * * *
7180 TTATTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGC-TTAATCCGCTTCACTTCAA
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
*
7244 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * * * *
7283 CCCACAGATTTAATCTGCTTCGCTGAAATGCTAGGTAAAGAATATTTACTACCTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * * * * *
7348 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAAAAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAA
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
* * *
7413 CTATTTCAAGTCTTAATGCTAGAGAGACAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* ** * *
7452 CCCACAAATTTAATCTGCT-CGCTGTAATGCTAGGGAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * * * * * *
7516 CTGTTCCACCATAAACCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCCTTAATCTGCTCCACTTCGG
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
* *
7581 TTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTTGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * *
7620 CCATCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAACGCTAGGGGATA-AAGATTCGCTACCTTTTGCTTTAA
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTA-GGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAA
* * * **
7684 TCTATTCCACTATAATA-CCAAAGAGATAGGATTCGCTACCCACAGTTTTAATCCGCTGTACTTC
65 TCTGTTCCACTATAA-ACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTC
* *
7748 ATCTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGATAAGATTCGCTG
129 AGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * *
7789 CCCTCTGCTTTAATCTGCTCCGTTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCATTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * * * * * *
7854 CTGTTGCAGTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCTCATAGCTTTAATCCGCTCCACTTAAG
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
* * *
7919 TTATTTCAAGTCTTAACGAC-AGGGAGAGAAGATTCGCTA
131 CTATTTCAAGTCTTAACG-CTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * *
7958 CCCTCAGCTCTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAATAAGATTCGCTACCTTTACCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
*
8023 CTGTTCCACTAT-AACGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACATT-
66 CTGTTCCACTATAAAC-CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCAC-TTC
* * * * *
8086 AGCTATTTCAAATGTTAACGCCAGGAAGACAAGATTCGCTAG
129 AGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCT-G
* * * * *
8128 -CCTCAGATTTAATCT-CTCTGCTGCAATACTAGGAAAAGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * * **
8191 CTGTTCCACTATAAAGCCAGAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATTTGCTCCACTTCAG
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
* * * *
8256 CTACTTCAAGTCCTAACACTAGGCAGATAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * * **
8295 CCTTTAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGGATA-AAGATTCG-TGACCTTTAAATTTA
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTA-GGGAAAGAAGATTTGCT-ACCTTTAGCTTTA
* * * ** * * * * * *
8358 ATTTATTTCACTATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCATAGATTTAATCT
64 ATCTGTTCCACTA--T--A-----AAC-CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCC
* * * * * ** *
8423 GCTCCGC-T--G--A----AA----T---GCGAGGGAAAGAAAATTTACTA
119 GCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * ** ** * ** * * ***
8458 CCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATAGGATTCT-CTACCCACAGCTTTAA
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATT-TGCTACCTTTAGCTTTAA
* ** * * ***
8522 T-TCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACGCTATGGAGATAAGATTTGCTGCCTTTAGCTT
65 TCT-GTTCCAC-T-A--TA----AA--C----C-C-AAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTT
** * * * * *
8586 TAATATGCTCCACTTAAGTTATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGAGAAGATTCGCTA
113 TAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * *
8643 CCCTCAG-TATAATTTGCTCCACTGCAATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTTAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* ** * * * * *
8707 CTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCACTTCCCATAGCTTTAATCCGCTTCATTTCAG
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
8772 CTATTTCAAGTCTTAACGAC-AGGGAGATAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACG-CTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * ** * *
8811 CACTCAACTTTAATCTACTCCGCTGCAA-GACTAGGGAAACAAGATTCACTGCCTTTCGCTTTAA
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATG-CTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAA
* * ** * *
8875 TGTGTTCTACTATAATGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGTCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCA
65 TCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCA
* * * *
8940 GCTATTTCAAATCTTAACGCCAGGAAGACAAGATTCGCTG
130 GCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * *
8980 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTA-CAATTAA
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGC-TTTAA
* * *
9044 TCTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGTTTCGCTGCCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCA
65 TCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCA
* * *
9109 GCTACTTCAAGTCTTAACGCTAAGGAGATAAGAGTCGCTG
130 GCTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * * * * *
9149 CTCTCAGATTTAATCTACTCTGCTACAATACTAGGGAAGGAAGATTTGCTAACTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * *
9214 CTGTTCCACTATAAAGCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTTAG
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
* * *
9279 CTATTTCAAGTCTAAACACCAGGGAGATAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * ** * *
9318 CCCTCAGCTTTAATCTGCACCGGTACAACACTAGGGAAACAAGATTCGCTACCTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* *** * * * *
9383 CTATTCCACTATAAAGGAAAAGAGATAGGATGCACTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAA
66 CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
*
9448 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGACAAGATTCGCTG
131 CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
* * * * * *
9487 CCCACAGATTTAATCTGCTTCGCTGAAATGCTAGGTAAAGAAGATTTACTACCTTTAGCTTTAAT
1 CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
* * *
9552 CTGTTCCACTATAAACTCCAAAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTC
66 CTGTTCCACTATAAAC-CCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTC
Statistics
Matches: 1920, Mismatches: 341, Indels: 130
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
162 8 0.00
163 59 0.03
164 3 0.00
165 3 0.00
166 1 0.00
167 4 0.00
168 467 0.24
169 1201 0.63
170 53 0.03
171 1 0.00
172 1 0.00
173 1 0.00
174 2 0.00
176 2 0.00
178 5 0.00
179 37 0.02
180 2 0.00
182 2 0.00
183 2 0.00
184 44 0.02
185 22 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.24, G:0.16, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
CCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTAAT
CTGTTCCACTATAAACCCAAAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAG
CTATTTCAAGTCTTAACGCTAGGGAGATAAGATTCGCTG
Found at i:8781 original size:235 final size:236
Alignment explanation
Indices: 8369--8811 Score: 604
Period size: 235 Copynumber: 1.9 Consensus size: 236
8359 TTTATTTCAC
* * * *
8369 TATTTCAAGTCTTAACGCCAGGGAGACAAGATTCACTGCCCATAGATTTAATCTGCTCCGCTGAA
1 TATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCACTACCCATAGATATAATCTGCTCCACTGAA
*
8434 ATGCGAGGGAAAGAAAATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATA
66 ATACGAGGGAAAGAAAATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATA
* * * *
8499 GGATTCTCTACCCACAGCTTTAATTCGCTCCACTTCAGTTATTTCAAGTCTTAACG-CTATGGAG
131 GGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGAC-AGGGAG
*
8563 ATAAGATTTGCTGCCTTTAGCTTTAATATGCTCCACTTAAGT
195 ATAAGATTCGCTGCCTTTAGCTTTAATATGCTCCACTTAAGT
* * * * *
8605 TATTTCAAGTCTTAACGATAGGGAGAGAAGATTCGCTACCC-TCAG-TATAATTTGCTCCACTGC
1 TATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCACTACCCAT-AGATATAATCTGCTCCACTGA
* * * * * ** *
8668 AATACTAGGGAAAGAAGATTTGCTACCTTTAGCTTTTATCTGTTCCTCTATAATGCCAAAGAGAT
65 AATACGAGGGAAAGAAAATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAAT
* * * *
8733 AGGATTCACTTCCCATAGCTTTAATCCGCTTCATTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAG
130 AGGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAG
8798 ATAAGATTCGCTGC
195 ATAAGATTCGCTGC
8812 ACTCAACTTT
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 27, Indels: 5
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
235 139 0.78
236 39 0.22
ACGTcount: A:0.30, C:0.22, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (236 bp):
TATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGACAAGATTCACTACCCATAGATATAATCTGCTCCACTGAA
ATACGAGGGAAAGAAAATTTACTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAACCCAAAGAAATA
GGATTCACTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGACAGGGAGA
TAAGATTCGCTGCCTTTAGCTTTAATATGCTCCACTTAAGT
Done.