Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* *
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*
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* * *
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* *
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* *
7859 ATGAATTTTAGAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * * * *
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* * *
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* *
8310 AAATAACTAATATGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTTGTAAAAGAACCTGT
390 AAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGT
*
8375 ATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAGAAGGAAAAAT
455 ATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
*
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* * *
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*
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261 ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
* * *
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*
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* *
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**
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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*
9407 ATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAATGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
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* * * * * * * *
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* * *
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* *
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*
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* *
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* * *
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196 TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
*
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261 ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
* * *
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* * *
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391 AATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTA
*
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* *
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** * * *
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66 TCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGT
* * * * *
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*
10696 TTGTTTATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGG-TTTTTATATAAAATGGATCAAATC
196 TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
* *
10760 ATAAAATAAGAAATACTTGAAAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTAGGAATGGTA
261 ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
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326 TGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAA
* *
10890 AGTAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAACGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTA
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* *
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* * * * * *
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* * ** * *
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* *
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*
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* ****************
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*****************************************************************
11662 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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* *
11727 TTGTATATAAATTAAATATATATAATTGTAGACTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
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*
11792 ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
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* * *
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* *
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*
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*
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*
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* * * *
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*
12307 GTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
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* * * ** * * * * * *
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326 TGTTGTTGGATAGC-ATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCA
* * * * * * **
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* *
12500 TATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGCTATAAAAAGGAAAAAT
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * ** *
12758 TTGTATATATATTAGATATATAAAATTGCAGACTCCATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAATTC
196 TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
* *
12823 GTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTA
261 ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
* *
12888 TGTTGTTGGATAGCATGTATGTGATGATGTTGCAAATTTAAAATGGATAGAGAATTGTTATTCAA
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*
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* * *
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* * *
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* *
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* * *
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*
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Statistics
Matches: 5182, Mismatches: 1166, Indels: 34
0.81 0.18 0.01
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514 3 0.00
515 986 0.19
516 3654 0.71
517 539 0.10
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (516 bp):
GGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCATAAATTGTGGATTCCCGACAGC
TCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGT
TGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTT
TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
ATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTA
TGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAA
AATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTA
TGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
Found at i:18883 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 17901--19432 Score: 2469
Period size: 516 Copynumber: 3.0 Consensus size: 516
17891 NNNNNNNAAA
* *
17901 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGCTTAGAGATTTATTCGATGG
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
* *
17966 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
66 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
* * *
18031 CAATCCGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGATAAGTTCATATGGAAG
131 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
* * * *
18096 TTACTGCATTTTTGAATTTTATTTAAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATACATATAATTGTA
196 TTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATACATATAATTGTA
*
18161 GATTTAATGGCTTTTTATATAAATTGGATCAAATCA-TAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
261 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAAT-AGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
* *
18225 AGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGCATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATG
325 AGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATG
* * * *
18290 TTGCAAATTTAAAATGTATACAAAATTGTTACTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAAA
390 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGA
* *
18355 GTTTCAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAAGAAATGGTTTAGATAAG
455 GTTTCGAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAG
* * * * *
18417 AATGGAAAGGGACTATGGTTATAAAAAGGATAAATGGGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGG
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
* *
18482 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGGTCGAGTGAGTAGTATCGGATCATTATATAG
66 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
*
18547 CAATCTATGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
131 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
* * *
18612 TTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGGGTTTTTGTATATATATTAAATAGATATAATTGCA
196 TTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATACATATAATTGTA
* * *
18677 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAACGGATCAAATAGCAAAATAAGAAATACTTGATAAGTATGAA
261 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATAGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAA
18742 GAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT
326 GAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT
*
18807 TGCAAATTTAAAATGTATAGAGAGTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
391 TGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
* *
18872 TTTCGAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTACCAAATGGTTTAGATAAG
456 TTTCGAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAG
* * * *
18933 AATGGAAAATTATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCCATGG
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
* * * *
18998 TTGAGATCTAGCACAAATTATGGATT-CTCGACAGCTCTAGTGAGCAGTATCGGATTATTATATA
66 TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCT-GACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATA
* *
19062 GCACTCTGTGATGATTAGTTCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAA
130 GCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAA
* * * *
19127 GTTACTGCATTTTCGTATTACATTTTAATTGTGTTTTTTTATATATACTAAATATATATAATTGT
195 GTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATACATATAATTGT
* * * *
19192 AGATCTAATGGCTTTTTATATACAATGGATCAATTCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
260 AGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATAGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
* *
19257 AGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGACAGCATGTATGTGATGATG
325 AGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATG
*
19322 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGCGTCAT-CAATTAAAG
390 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGT-ATACAATTAAAG
*
19386 AGTTT-GAAATGATACGAAATTGGTAAAAGATCCTGTATGAATTTAAC
454 AGTTTCG-AATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAAC
19433 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 937, Mismatches: 75, Indels: 8
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
515 4 0.00
516 931 0.99
517 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
TTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAG
CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
TTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATACATATAATTGTA
GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATAGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAA
GAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT
TGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
TTTCGAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAG
Found at i:22690 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 22002--25552 Score: 5681
Period size: 516 Copynumber: 6.9 Consensus size: 516
21992 NNNNNNNNNC
* * *
22002 TACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
* *
22067 CATGTTTA-GCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTAATCAAAATAACTAATGT
66 CATGTATATG-ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGT
* *
22131 GTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGACTTTAACAA
130 GTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAA
* *
22196 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGCTTAGA
195 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGA
*
22261 GATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATC
260 GATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATC
* * *
22326 GGATCATGATATAGCAATCCGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGATA
325 GGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
* * * *
22391 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTTGTATTTTATTTAAATTGTGTTTTTTTATATATATTAAA
390 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAA
* *
22456 TACATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAA
455 TATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
* * *
22518 TACTTGATAAATTTGAAGATATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGGTAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
* * *
22583 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATACAAAATTGTTACTCAAAATAACTAATGTG
66 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
* *
22648 TGTATACAATTAAAGAGTTTCAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACGTGTATGAATTTAACAAA
131 TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
* * * * * * *
22713 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGGGACTATGGTTATAAAAAGGATAAATGCGACTCATGATAAGAG
196 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAG
* * *
22778 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGGTCGAGTGAGCACTATCG
261 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
* * * *
22843 GATCATTATATAGCAATCTATGATGATTAGTCCATGAAACGTTCTAGTTACCATTTTCTAGGTAA
326 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAA
* * *
22908 GTTCATATGGAAGTTACCGCATTTTTGTATTATATTTTAATTGGGTTTTTGTATATATATTAAAT
391 GTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
* * * *
22973 AGATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGCAAAATAAGAAA
456 ATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
*
23034 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
*
23099 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAGTTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
66 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
* *
23164 TGTATACAATTAAAGAGTTTCG-AATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTACCAA
131 TGTATACAATTAAAGAGTTT-GAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAA
* * *
23228 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAATTATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGAGAATCGTGATTAGA
195 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGA
* * *
23293 GATTTATTCCATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGCTCGACTGAGCAGTATC
260 GATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATC
* * * * *
23358 GGATCATGATATAGCAATCCGTGATGATTAGTTCCTGAAACGTTGTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
325 GGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
*
23423 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATACTAAA
390 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAA
*
23488 TATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAATTCGTAAAATAAGAAA
455 TATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
* * *
23550 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGATATGTTGTTGGACAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
*
23615 CATGTATGTGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
66 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
* * *
23680 CGTACACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGATCCTGTATGAATTTAACAAA
131 TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
* * * *
23745 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGATAAATGGGAATCATGATAAGAG
196 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAG
23810 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
261 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
23875 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT-CCTGACAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
326 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGA-AACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
* * *
23939 AGTTCATATGGAAGTTTCTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTGTATATATATATATA
390 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG--TT-T-T-TGTATATATA
*
24004 TTAAATATATATAATTGTGGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGA
450 TTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGA
**
24069 TC
515 AA
* * * *
24071 TACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTCTTGGATAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
* * *
24136 CATGTTTA-GCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAACTGTTAATCAAAATAACTAATGT
66 CATGTATATG-ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGT
*
24200 GTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAA
130 GTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAA
*
24265 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAGGGAATCGTGATTAGA
195 ATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGA
* * *
24330 GATTTATTCGATGGTTGAAATCCAGCACAAATTGTGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATT
260 GATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATC
* * **
24395 GGATAATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCCAAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
325 GGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
* * * *
24460 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATAATATTTTATTTGTGATTATGTATATATATTAAA
390 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAA
24525 TATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
455 TATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
* * * * *
24587 TACTTGATAAATATGAAGCGATTCAGGACTTTGATTTGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
* * *
24652 CATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTGTTCAAAATAACCAATGTG
66 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
* * * *
24717 TGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGATCCTGTATGAATTTAACAAA
131 TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
* * *
24782 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATAATGGTTATAAAAAGGAAAAGTGGGAATTGTGATTAGAG
196 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAG
* * *
24847 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTACCG
261 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
* * *
24912 AATCATGATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAA
326 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAA
* *
24977 GTTCGTAAGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
391 GTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
*
25042 ATATATAATTGTAGATTTAAGGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
456 ATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
* *
25103 TACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAG
1 TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
25168 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
66 CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
* * *
25233 CGTACACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGATCCTGTATGAATTTAACAAA
131 TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
* *
25298 TGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAG
196 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAG
* * *
25363 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCATAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCG
261 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
* * * * *
25428 GATCATTATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCT-AAAGCGTTCTAGTTGCCATTTTTTATGAA
326 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAA-CTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTA
* * *
25492 AGTTCATATGGAACTTACTTCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGCATATATAT
390 AGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATAT
25553 GAAAGTTGCC
Statistics
Matches: 2801, Mismatches: 221, Indels: 26
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
515 9 0.00
516 2310 0.82
517 2 0.00
518 3 0.00
519 2 0.00
520 2 0.00
521 470 0.17
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ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
TACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAG
CATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTG
TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAG
ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAA
GTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
ATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAA
Found at i:26096 original size:599 final size:599
Alignment explanation
Indices: 24957--26114 Score: 2014
Period size: 599 Copynumber: 1.9 Consensus size: 599
24947 GAAACTTTCT
* *
24957 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCGTAAGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG
1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTGTCGTATTATATTTTAATTGTG
*
25022 TTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAAGGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
66 TTTTTCTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAAGGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
25087 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGAGAATG
131 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGAGAATG
25152 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
196 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
* * *
25217 CAAAATAACTAATGTGCGTACACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGATCCT
261 CAAAATAACTAATGTGCGTACACAATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAAAACCT
*
25282 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
326 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
** * *
25347 GGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCATAAATTGTGGATTCCCGACAGCT
391 GGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCT
* *
25412 CGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCTAAAGCGTTCTAGTT
456 CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCTAAAGCATTCTAGTT
** * *
25477 GCCATTTTTTATGAAAGTTCATATGGAACTTACTTCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTT
521 GCCATTTTCAAGGAAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTT
25542 TGCATATATATGAA
586 TGCATATATATGAA
* * * *
25556 AGTTGCCATTTTCTTGGTATGTTCATATGGAAGTTACTGCATTGTCTTATTATATTTTAATTGTG
1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTGTCGTATTATATTTTAATTGTG
* * *
25621 TTTTTCTATATATATTAAATATATGTAATTGTCGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
66 TTTTTCTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAAGGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
25686 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGT-AGGAAT
131 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGA-GAAT
25750 GGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTAT
195 GGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTAT
* *
25815 TCAAAATAACTAATGTGCGTATACGATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAAAACC
260 TCAAAATAACTAATGTGCGTACACAATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAAAACC
25880 TGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
325 TGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGAAAAAT
25945 GGGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGC
390 GGGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGC
* *
26010 TCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAA-CATTCTAG
455 TCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCT-AAAGCATTCTAG
* *
26074 TTGCCATTTTCAAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATT
519 TTGCCATTTTCAAGGAAAGTTCATATGGAACTTACTGCATT
26115 NNNNNNNNNN
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TTTTTCTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAAGGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGAGAATG
GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
CAAAATAACTAATGTGCGTACACAATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAAAACCT
GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
GGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCT
CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAAGATTAGTCCCTAAAGCATTCTAGTT
GCCATTTTCAAGGAAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTT
TGCATATATATGAA
Found at i:27541 original size:517 final size:514
Alignment explanation
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25546 TATATATGAA
* * * *
25556 AGTTGCCATTTTCTTGGTATGTTCATATGGAAGTTACTGCATTGTCTTATTATATTTTAATTGTG
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* * * *
25621 TTTTTCTATATATATTAAATATATGTAATTGTCGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
66 TTTTTGTATATTTATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
* * * *
25686 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTAGGAATG
131 ATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAA--GATGTGGGAATG
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* * * * *
25816 CAAAATAACTAATGTGCGTATACGATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAAAACCT
259 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCT
* *
25881 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
324 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
* * * *
25946 GGAATCATGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCT
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* *
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* ******************
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1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG
*****************************************************************
26133 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 TTTTTGTATATTTATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
***************** * * * * ** *
26198 NNNNNNNNNNNNNNNNNA-TT--T--A-ATG--GC--TT-TTTATA-T-AAAATG-GACCAAATC
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194 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
* * * *
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259 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCT
* *
26379 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTTATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATA
324 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
** *
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389 GGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCT
* *
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454 CGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCT
* * * *
26570 TGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGAAAGTTTCTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTG
1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG
26635 -TTTTGTATATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATC
66 TTTTTGTATAT-T-TATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATC
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129 AAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAA--GATGTGGGAA
* * *
26764 TGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTAGGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTA
192 TGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTA
*
26829 TTCAAAATAACTAATGTTTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAAC
257 TTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAAC
* * *
26894 CTATATGAATTTAACAAATGGTTTACATAAGAATGGAAGGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAA
322 CTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAA
* * *
26959 AGGGAATCGTGATTATAGATTTATTCGATGGTTGATATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAG
387 TGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAG
* *
27024 CTCGAGCT-AGCAGTATCGGATCATTATATCGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCT
452 CTCGAG-TGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCT
* *
27087 AGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTG
1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG
* * *
27152 TTTTTGTATATTTATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCATTTTATATAAAATGGATCAA
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*
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* *
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* *
27347 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAGAGAACCT
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* *
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324 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAA-T
* *
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** * *
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452 CTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCT
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1 AGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTG
*
27669 TTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
66 TTTTTGTATATTTATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAA
* * * *
27734 ATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGCGATTCAGGACTTTGATTTGATGTGGGAATG
131 ATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGA--AGATGTGGGAATG
* * *
27799 GTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATCTAAAATGTATAGAGAATTGTTGTT
194 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
* * * *
27864 CAAAATAACCAATGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACAAAATCGGTAAAAGAACCT
259 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCT
*
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324 GTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
*
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* *
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* *
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28168 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAAGATGTGGGAATGGT
ATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCA
AAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGT
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AATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCG
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Found at i:29883 original size:517 final size:515
Alignment explanation
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28638 NNNNNNNNNN
* * *
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* * *
28713 TATATATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTACA
66 TATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAA
*
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*
28843 TTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAA
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* * * *
28908 CTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTCTGAAT
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* * *
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* * *
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*
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* *
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1 TTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTA
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66 TATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAA
* * * * *
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* * *
29359 TTGGATAGCTTGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTGTTCAAAATAA
196 TTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTCTTCAAAATAA
*
29424 CCAATGTATGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAAT
261 CCAATGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAAT
* * *
29489 TTAACAAATGGTTTAGATATGAATGGAAAGTGATTATTGTTATATAAAGGAAAAAGTGGGAATCG
326 TTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAA-TGGGAATCG
*
29554 TGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAACACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGA
390 TGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAACACAAATTATGGATTCCCGACAGCTCGAGTGA
* *
29619 GCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTAATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCA
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29681 TTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTA
1 TTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTA
29746 TATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAA
66 TATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAA
* *
29811 ATAAGAAATACTTGAAAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTG
131 ATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTG
*
29876 TTGGATAGCATGTATATGATGATGTGGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTCTTCAAAATAA
196 TTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTCTTCAAAATAA
* *
29941 CCAACGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGATCCTGTATGAAT
261 CCAATGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAAT
* *
30006 TTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATAATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGT
326 TTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGT
30071 GATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCA
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30102 GNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 880, Mismatches: 56, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (515 bp):
TTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTA
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CCAATGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAAT
TTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGT
GATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAACACAAATTATGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAG
CAGTATCGGATCATATATAGCAATCGGTAATGATTACTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCA
Found at i:33405 original size:515 final size:517
Alignment explanation
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Period size: 516 Copynumber: 7.7 Consensus size: 517
30853 NNNNNNNNNN
*
30863 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGCATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
* * * * * *
30928 ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACAAATGCGTGTATACGAT
66 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
* * * * *
30993 AAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAAAT
131 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
* * * *
31058 AAGAATGGAAAGTGACTATGGTTATAAAAAGG-AAAAATGGGAATCATGATAAGAGATTTATTCG
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31122 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGC-GAGCAGTATCGGATCATTA
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*
31186 TATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATAT
325 TATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATAT
*
31251 GGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG-TATATATATTAAATATATATA
390 GGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTGTTATATATATTAAATATATATA
* * *
31315 ATTGTCGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATTAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAA
454 ATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAA
* * * * *
31379 ATATGAAGCGATTCATGACTTTGATTTGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
* * * *
31444 ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTGTTCAAAATAACCAATGTGTGTATACAAT
66 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
* * * * * *
31509 TAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGCTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATTGTTTAGAT
131 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
* * * *
31574 AAGAATGGAAAGTGATAATGGTTATAAAAA-GCAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCG
196 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
* * *
31638 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTAT
261 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTAT
* * * * *
31703 ATAGCAATCGGTAATGATTAGTCCCTTAAACTTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
326 ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
* *
31768 GAAGTTTCTGCGTTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATATATATTAAATATA
391 GAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTG----T-TATATATATTAAATATA
*
31833 TATAATTGTAGATTTAGTGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGA
450 TATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGA
31898 TAA
515 TAA
31901 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
* *
31966 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTTTTTTTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAAT
66 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
32031 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
131 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
32096 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
196 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
* * ** *
32161 ATGGTTGAGATCCAGCACAATTTTTGGATTTTCGACAGCTCGACTGAGCTGTATCGGATCA-TAT
261 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTAT
* *
32225 ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATACG
326 ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
************************
32290 GAAGTTACTGCATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
391 GAAGTTACTGCAT----------------------------TTTCGTATTATATTTGAATGTGTT
************************************************ * * * **
32355 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGACT-TAATGGCTTTT
428 TTTGTTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATA-TAAAATGG-ATCA
* ** *
32419 TAT-ATAAAATGGATCAAAT-CAT-A-AA
491 AATCATAAAAT--AAGAAATACTTGATAA
* * * * *
32444 ATAAGAA-ATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTT
1 ATATGAAGAGA-TTCAT---GA--CA-------------TTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTT
*
32508 GTTGGATAGCATGTATATGATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTTTTTTTCAAAATA
47 GTTGGATAGCATGTATATGATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATA
32573 ACTAATGTGCGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAA
112 ACTAATGTGCGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAA
*
32638 TTTATCGAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGG-AAAAATGGGAATC
177 TTTATCGAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATC
* * **
32702 GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAATTTTTGGATTTTCGACAGCTCGACTG
242 GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTG
* *
32767 AGCTGTATCGGATCA-TATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATT
307 AGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATT
*
32831 TTCTAGGTAAGTTCATACGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTG-TAT
372 TTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTGTTAT
* *
32895 ATATATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAA
436 ATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAA
32960 TAAGAAATACTTGATAA
501 TAAGAAATACTTGATAA
32977 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
*
33042 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTTTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
66 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
33107 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
131 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
*
33172 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATAAGAGATTTATTCG
196 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
* *
33237 ATCGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTAT
261 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTAT
* * *
33302 ATAGCAATCTTTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAGGTTCATATG
326 ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
* * *
33367 GAAGTTTCTGCATTTTCGTATTATATTTTAACTGTTTTTTTGTTATATATATTAAATATATATAA
391 GAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTGTTATATATATTAAATATATATAA
33432 TTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAAT-AGTAAAATAAGAAATACTTGATAA
455 TTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCA-TAAAATAAGAAATACTTGATAA
*
33495 ATATGAAGAGATACATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
**********************************************
33560 ATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 AT-----------------GACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAAC
************************************* * * * **
33625 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG-AATTGTTATTCAAA-ATAAC-AAATG
114 TAATGTGCGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTA---AAAGA-ACCTGTATG
** * * * * *
33687 CGTGTATACGATAAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAG-AACCTGTATGAATT-TAA
175 AATTTAT-CG---AATG-GTTT---A-GATAAG-AA-TGG--AAAGTGA--T-TATG-GTTATAA
* * * *** * *
33750 CAAATGGTTTAAATAAGAATGGAA-AGTGACTATG-G-TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCATG
223 -AAA-GG---AAA-AA-AAGGGAATCGTGATTA-GAGATT-T--ATTCG----AT-GG-TTGA-G
* * * * * * *
33812 AT-AAG-AGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTG-TGGATTCCCGACAGCTCGAGTG
270 ATCCAGCACA--AATT-G-T-G--GA-TTCCCG-AC--A--GCTCGA---CTG--AG--C-AGT-
* * * * *
33874 AGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGCTGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCTATT
313 ATC-GGATC--ATTA-TA--TAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATT
*
33939 TTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG-TAT
372 TTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTGTTAT
*
34003 ATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAA
436 ATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAA
34068 TAAGAAATACTTGATAA
501 TAAGAAATACTTGATAA
* * * * * *
34085 ATATGAAGCGATTCATGACTTTGATTTGATGTGGGAATGGTATGTTGTTAGATAGCATGTTTATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
* * * *
34150 ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTGTTCAAAATAACCAATGTGTGTATACAAT
66 ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
* * * * * *
34215 TAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGCTTCAGAT
131 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
* * * * * *
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196 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
* * * *
34343 ATGGTTGAGATCTAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTAT
261 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTAT
* * * *
34408 ATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATA
326 ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
34473 GAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATATATTAAATATATA
391 GAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAA-TGTGTTTTTG--T-TATATATATTAAATATATA
* * *
34538 TAATTGTAGATTTAATGGCATTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATA
452 TAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATA
34603 A
517 A
* * * * *
34604 ATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGATGTGCGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATG
1 ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
* * *
34669 ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAAT
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* * * * *
34734 TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAGAGAACCAGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGAT
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*
34799 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAGAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
196 AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
* *
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261 ATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTAT
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326 ATAGCAATCTGT
34941 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.19, T:0.33
Consensus pattern (517 bp):
ATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATG
ATGACGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTTTTCAAAATAACTAATGTGCGTATACAAT
TAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTATCGAATGGTTTAGAT
AAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCG
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ATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATG
GAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATGTGTTTTTGTTATATATATTAAATATATATAAT
TGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAA
Found at i:34650 original size:519 final size:515
Alignment explanation
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Period size: 519 Copynumber: 2.5 Consensus size: 515
33652 NNNNNNNNNN
* * *
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*
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66 TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGA-TATGGTTATAAA
* *
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130 AAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGAT
* *
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195 TCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAA
* *
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260 ACGTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATAGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTG
*
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325 AATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCATTTTATATAAAAT
* *
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* *
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455 GCGAATGCTATGTTGTTAGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGA
* * * * *
34178 GAATTGTTGTTCAAAATAACCAATGTGTGTATACAATTAAATATTTTGAAATGATACGAAATCGG
1 GAATTGTTATTCAAAATAACAAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGG
* * *
34243 TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGCTTCAGATAAAAATGGAAAGTGATAAT-GTTATAAA
66 TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGAT-ATGGTTATAAA
* * * * *
34307 AAGTAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCAATGGTTGAGATCTAGCACAAATTATGGAT
130 AAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGAT
*
34372 TCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAA
195 TCCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAA
*
34437 ACTTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATAGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTG
260 ACGTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATAGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTG
34502 AATTGTGTTTTTGTATATATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCATTTTATATA
325 AATTGTGTTTTTG----TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCATTTTATATA
*
34567 AAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTG
386 AAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTG
*
34632 ATGTGCGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGA
451 ATGTGCGAATGCTATGTTGTTAGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGA
*
34697 GAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGG
1 GAATTGTTATTCAAAATAACAAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGG
* *
34762 TAAGAGAACCAGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAA
66 TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGA-TATGGTTATAAA
* *
34827 AAGGAGAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCATAAATTGTGGA
130 AAGGA-AAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGA
* *
34892 TTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATC
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34938 TGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 700, Mismatches: 52, Indels: 11
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (515 bp):
GAATTGTTATTCAAAATAACAAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGG
TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATATGGTTATAAAA
AGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATT
CCCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCGGTGATGATTAGTCCCTGAAA
CGTTCTAGTTGCTATTTTCTAGGTAAGTTCATATAGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGA
ATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCATTTTATATAAAATG
GATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGATGTG
CGAATGCTATGTTGTTAGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGA
Found at i:38846 original size:517 final size:517
Alignment explanation
Indices: 37540--39008 Score: 2525
Period size: 517 Copynumber: 2.8 Consensus size: 517
37530 NNNATTAGCC
* * *
37540 CCCG-AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTTCTGTATTTTCGTATT
1 CCCGAAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTTGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
* *
37604 ATATTTTAACTGT-TTTCTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATTGCTTTTTA
66 ATATTTTAATTGTGTTT-TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
*
37668 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATACATGACATTGA
130 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGA
37733 ATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAACTTAAAATGTA
195 ATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAACTTAAAATGTA
37798 TAGAGAATTGTTATTCACAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTCAAATGATACGAAA
260 TAGAGAATTGTTATTCACAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTCAAATGATACGAAA
37863 TTGGTAAGAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTA
325 TTGGTAAGAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTA
*
37928 TAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCATAAATTG
390 TAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTG
* * * * *
37993 TGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
455 TGGATTCCCGACAGCTCAACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGACGATTAGT
* * * **
38056 CCCGGAAACATTCTAGTTGCCATTTTCTAT-GTAACTTCATATGGAACATACTGCATTTTCGTAT
1 CCCGAAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCT-TGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTAT
* * *
38120 TATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCATATTTAATGG-ATTTTA
65 TATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
38184 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGA
130 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGA
*
38249 ATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTA
195 ATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAACTTAAAATGTA
* *
38314 TAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAA
260 TAGAGAATTGTTATTCACAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTCAAATGATACGAAA
* * * * * *
38379 TTGGTAAAAGATCATGTGTGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAATGTGGTTATGGTTA
325 TTGGTAAGAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTA
* * *
38444 TAAAAAGG-AAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACCAATTG
390 TAAAAAGGAAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTG
*
38508 TGGATTCCCGACGGCTCAACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGACGATTAGT
455 TGGATTCCCGACAGCTCAACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGACGATTAGT
* *
38571 CCCTAAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTTGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTGTCGTATT
1 CCCGAAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTTGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
* *
38636 ATATTTGAATTGTGTTTTGTATATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
66 ATATTTTAATTGTGTTTT-TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
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* * ***
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* *
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*
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*
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** *
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*
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*
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* *
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* * * *
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Statistics
Matches: 4263, Mismatches: 1434, Indels: 228
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Consensus pattern (516 bp):
AAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTT
GAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAA
AGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGAT
CCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTG
TGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGC
ATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAA
TGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTC
ATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGC
Found at i:45537 original size:514 final size:516
Alignment explanation
Indices: 44487--46491 Score: 3039
Period size: 514 Copynumber: 3.8 Consensus size: 516
44477 NNNNNNNNNN
* *
44487 ATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAG
1 ATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAC
* * * *
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* *
44617 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTACGTTCATATGGAAGTTACTGCCTTTTCG
131 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCG
* *
44682 TGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTT
196 TATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTT
* *
44747 TTATATAAAATGGATGAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACAT
261 TTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
* *
44812 TGAATAGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
326 TGAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
* * *
44877 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGCATACAATTAAAGAGA-TTAAAATGATAA
391 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGA-ATTTGAAATGATAC
*
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455 GAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATT
* * *
45003 ATGGTTATATAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTA-TCGATGGTTAAGAT-CAGCAC
1 ATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAC
* * *
45066 AAATTGTGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGAAATCTGTGCTGAT
66 AAATTATGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGAT
* * *
45131 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGCTCATATGGAAGTTGCTGCATTTTTG
131 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCG
* * *
45196 TGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAAGATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTT
196 TATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTT
*
45261 TTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTGCTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
261 TTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
* *
45326 TTAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
326 TGAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
*
45391 GTATAGAGAATTTTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAATTTGAAATGATACG
391 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAATTTGAAATGATACG
** * *
45456 AAATCAGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTCGATAAGAATAGAAAGTGATT
456 AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATT
* *
45517 ACGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATCCAGCGGAACTTATTCGATGGTTTTAGGGTTT
1 ATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATC--G-T------G-A-TTA---GA--G----A---TTT
** * * * * *
45582 ATTCGATGGTTGAGATCCAGCGGAACTTATGGATTCTCGACGGCTCCAGTGAACAGTATCGGATC
43 ATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATC
* * *
45647 ATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTGCCTGAAACGTTCTACTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTC
108 ATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTC
45712 ATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGCATATATATATT-AAT-T
173 ATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTG--TATATATATTAAATAT
*
45775 ATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGACCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTG
236 ATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTG
* * ** * *
45840 ATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGACGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTC
301 ATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTA
* *
45905 TATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATTCAAAAAAACTAATGTGTGTATA
366 TATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATA
* * *
45970 CAATTAAAGAGTTGGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTT
431 CAATTAAAGAATTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTT
46035 AGATAAGAATGGAAAGTGATT
496 AGATAAGAATGGAAAGTGATT
* *
46056 ATGGATATAAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATAAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCA
1 ATGGTTATAAAAAA-GAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCA
* * *
46121 CAAATTGTGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATTATTATTTAGCAATCTGTGATGA
65 CAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGA
* *
46186 TTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTACCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTC
130 TTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTC
* *
46251 GTATTGTATTTGAATTGTGTTTTTGTACATATATATTAAATATATATAACTGTAGATTTAATGGC
195 GTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGT--ATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGC
*
46316 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
258 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
* * *
46381 CATTGAATGGATATGAGAATAGAATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
323 CATTGAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
46446 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAA
388 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAA
46492 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1347, Mismatches: 109, Indels: 63
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
513 1 0.00
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Consensus pattern (516 bp):
ATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAC
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TATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTT
TTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
TGAATGGATATGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAATTTGAAATGATACG
AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATT
Found at i:52567 original size:517 final size:516
Alignment explanation
Indices: 50442--54486 Score: 6355
Period size: 516 Copynumber: 7.9 Consensus size: 516
50432 NNNNNNNNNN
* * *
50442 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAGGAACTACTTGATAAATATAAAGAGA
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* * * *
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*
50572 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAACTAAAGAGTTTG
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
*
50637 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
196 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
** *
50702 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATAAGAATCGTAATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
261 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
* * * * * * *
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* *
50832 GATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTTCA
391 GATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCA
* *
50897 TTTTCGTATTATATTTAAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATTTATAATTGTAGATT
456 TTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* * * *
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1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
* *
51023 TTCATGACATTGAATTGATGTAGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
* *
51088 AATTTAAAACGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGCATACAATTAAAGAGTTTG
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
*
51153 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCGGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
196 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
*
51218 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
261 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
* * * * * * *
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326 CAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGT
* * * *
51348 GACGATTAGTCTCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATTACTGCA
391 GATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCA
* *
51413 TTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGACT
456 TTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* * * * *
51474 TAATGGATTTTTATCTAGAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
* * *
51539 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATCTTGCA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
* *
51604 AATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAACTAAAGAGTTTG
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
* *
51669 AAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
196 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
* *
51734 GTGTTTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
261 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
* * *
51799 TAGCACAAATTGTGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGAAATCTGT
326 CAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGT
*
51864 GATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATTGAAGTTACTGCA
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*
51929 TTTTCGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATAAATT-AA-ATATATAATTGTAGATT
456 TTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATAT--ATTAAATATATATAATTGTAGATT
* *
51990 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
* *
52055 TTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
52120 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
* *
52185 AAATCATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
196 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
** *
52250 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATAAGAATCGTAATTAGAGATTTATTTCGATGGTTGAGAT
261 GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTA-TTCGATGGTTGAGAT
* * * * * *
52315 CCAGCAGAACTTATGGATTCTCGACGGCTCCAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGCGATCTG
325 CCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTG
*
52380 TGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGC
390 TGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGC
* *
52445 ATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTAGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGACT
455 ATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* *
52507 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
52572 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATAATGATGATGTT
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGT-T-T-ATGATGATGTT
* * * * * *
52637 GCAACTATAAAATGTTTAGAGACTTGTTATTCAAAATAACAAATGTGCGTATACAATTAAAGAGT
128 GCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGT
* *
52702 TTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGG
193 TTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGG
*
52767 AAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAG
258 AAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAG
* * * *
52832 ATCCAGAACAAATTATGGATTCTCGATAGCTGGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATC
323 ATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATC
**
52897 TGTGATGATTAGTAGCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACT
388 TGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACT
**
52962 GCATTTTCG----------T--GCGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
453 GCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* *
53014 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATAAAGAGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
*
53079 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGGATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
* *
53144 AATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAAAGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
*
53209 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
196 AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
* * *
53274 GTGATTACGATTATAAAAAGGAGAAAAA-GGGAATCGTGATTATAGATTTATTCGATGGTTGAGA
261 GTGATTATGGTTATAAAAA--AGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
* *
53338 TCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATTGGATCATTATATAGCGATCT
324 TCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCT
* *
53403 TTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCA-ATGGAAGTTACTG
389 GTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTG
* *
53467 CATTTTCGTATTATATTTGAACTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
454 CATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* * *
53530 TAATGGCTTTTTATCTAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
* * * * * *
53595 TTCATGACAATGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGAGGTTGAA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
53660 AATTTAAAATGTATAGA-AACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTT
131 AATTTAAAATGTATAGAGAA-TTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTT
* * * ****
53724 AAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCTGCATGAATTTGTTGAATGGTTTAGATAAGAATGGAA
195 GAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAA
* * * **
53789 AGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGTGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATTTTTGAGAT
260 AGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGAT
* * * * *
53854 CCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAACTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTA
325 CCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTG
53919 TGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGC
390 TGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGC
* * * *
53984 ATTTACGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGACT
455 ATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
* * *
54046 TAATGTCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCTTAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
1 TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
* * *
54111 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATCTTGCA
66 TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
* * * *
54176 AATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATGTTGC-AACT-ACAAATGTGCGTATACAATTAAAGAGT
131 AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTA--TT-CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGT
* *
54239 TTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGG
193 TTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGG
*
54304 AAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAG
258 AAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAG
* * * * *
54369 ATCCAGAACAAATTGTGGATTCTCGATAGCTGGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATC
323 ATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATC
*
54434 TGTGACGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCAT
388 TGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCAT
54487 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3253, Mismatches: 247, Indels: 57
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
504 173 0.05
505 142 0.04
506 7 0.00
507 147 0.05
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514 6 0.00
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519 141 0.04
520 179 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
TAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGA
TTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCA
AATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTG
AAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAA
GTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATC
CAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGT
GATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCA
TTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATT
Found at i:56664 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 55687--57214 Score: 2689
Period size: 516 Copynumber: 3.0 Consensus size: 516
55677 NNNNNNNNNN
*
55687 GTATGTTGTTAGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATT
1 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATT
55752 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCT
66 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCT
55817 GCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAATG
131 GCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAATG
55882 GGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGCT
196 GGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGCT
55947 CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTT
261 CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTT
56012 GCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTT
326 GCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTT
56077 TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCG
391 TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCG
56142 TAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATG
456 TAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATG
* *
56203 GTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAG-CATTGTTAT
1 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAC-TTGTTAT
* * * *
56267 TCAAAATAACTAATGTGTGCACACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACC
65 TCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACC
* * * * *
56332 TGTATGAATTTAACAAATGGATTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAAT
130 TGCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAAT
* ** * * * * * *
56397 GAGAATCGTAATTAGAGATGTATTCGATGGTTAAGATCCAGCAGAACTTATGGATTCTCGACGGC
195 GGGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGC
* * * * * * *
56462 TCCAGTGAGCAGTAACAGATCATTATATGGCGATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGT
260 TCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGT
* *
56527 TGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTT
325 TGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTT
*
56592 TTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
390 TTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATC
* * * * * *
56657 ATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATG
455 GTAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATG
*
56719 GTATGTAGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATT
1 GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATT
*
56784 CAAAATAACTAATGCGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCT
66 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCT
56849 GCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAATG
131 GCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAATG
56914 GGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGCT
196 GGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGCT
56979 CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTT
261 CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTT
57044 GCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTT
326 GCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTT
57109 TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCG
391 TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCG
57174 TAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGAC
456 TAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGAC
57215 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 935, Mismatches: 75, Indels: 4
0.92 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
515 1 0.00
516 933 1.00
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTTGTTATT
CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGCTAAAAGAACCT
GCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTGTGGTTATAAAAAGGAAAAATG
GGAATCGTGTTTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTTTGGATTCTCGACAGCT
CGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTT
GCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTACATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTT
TGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCG
TAAAATAAGAACTACTTCATAAATCTAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATG
Done.