Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_373 ID=scaffold_373-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 35887
ACGTcount: A:0.08, C:0.02, G:0.04, T:0.08
Warning! 28129 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:16588 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 15612--17012 Score: 2496
Period size: 516 Copynumber: 2.7 Consensus size: 516
15602 NNNNNNNNNN
*
15612 GATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTTAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
1 GATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
15677 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGC
66 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGC
* *
15742 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGACGAGATTCATGA
131 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
* *
15807 CATTGAGTGGATGTGGGAATGGTATATTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
196 CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
15872 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
261 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
* *
15937 ACGAAATTGGAAAAAGAACCTCTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTA
326 ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTA
* *
16002 TGGTTATAAAAAGGAAAAATGGAAATTATGCTTATAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACA
391 TGGTTATAAAAAGGAAAAATGGAAATTATGCTTAGAGATTTATTCAATGGTTGAGATCCAGCACA
16067 AATTGTGAATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAT
456 AATTGTGAATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAT
* * * *
16128 GATTAGTCCCTGAAATGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTCAGTTCATATGGAACTTATTGCATTA
1 GATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
*
16193 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAGTGGC
66 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGC
*
16258 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAGATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
131 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
* *
16323 CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGAATGTATATGATGATGTTGTAAATTTAA
196 CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
* *
16388 AATGAATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAAATAAAGAGTTTGAAATGAT
261 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
* *
16453 ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAACGGTTTAGGTAAGAATGGAAAGTGATTA
326 ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTA
* * * * *
16518 TGGTTATAAAAAGGAGAAATGGGAATTGTGGTTAGAGATTTATTCAATGGTTGAGATCCAGCATA
391 TGGTTATAAAAAGGAAAAATGGAAATTATGCTTAGAGATTTATTCAATGGTTGAGATCCAGCACA
* *
16583 AATTGTGGATTCCCGACAGTTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAT
456 AATTGTGAATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAT
* *
16644 GATTAGTCCCTGAAGCGTTCTAGTTGCCATTTTTTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
1 GATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
* *
16709 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGT
66 TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGC
*
16774 TTTTTCTATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
131 TTTTTATATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
16839 CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
196 CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
16904 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
261 AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
*
16969 ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAATAAATGGTTTA
326 ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTA
17013 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 44, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
516 841 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.08, G:0.19, T:0.36
Consensus pattern (516 bp):
GATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTT
TCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGC
TTTTTATATAAAATGGATCAAATCCTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGA
CATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAA
AATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGAT
ACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTA
TGGTTATAAAAAGGAAAAATGGAAATTATGCTTAGAGATTTATTCAATGGTTGAGATCCAGCACA
AATTGTGAATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGAT
Done.