Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr04 ID=Chr04-JGI_221_v2.0
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Warning! 912357 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 86 of 198
Found at i:27643652 original size:6 final size:6
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27643631 GCATCTATGT
*
27643641 AAAGGA AAAGGA AAAGAA AAAGGA AAAGGAA AAAGGA AAAGGA AAAGGA
1 AAAGGA AAAGGA AAAGGA AAAGGA AAAGG-A AAAGGA AAAGGA AAAGGA
*
27643690 CAAGG- AAAGGA A
1 AAAGGA AAAGGA A
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AAAGGA
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27643631 GCATCTATGT
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1 AAAGGAAAAAGGAAAAGAAAAAGGA
*
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*
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1 AAAGGAAA
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AAAGGAAAAAGGAAAAGAAAAAGGA
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27650381 ACCGCTGTAG
* *
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1 TTTGAAAAATTTCTTATGTT
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1 TT
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TTTGAAAAATTTCTTATGTT
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27669453 GTCCCTCAAC
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1 TTAGCATTCTTGCTAGGCAAGAAATACT
27669491 TTAGCATTCTTGCTAGGCAAGAAATACT
1 TTAGCATTCTTGCTAGGCAAGAAATACT
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1 TTA
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TTAGCATTCTTGCTAGGCAAGAAATACT
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27671807 TATTATAAAA
*
27671817 TTAATTAAAA-TTAAATATTTTAATAAT
1 TTAAGTAAAATTTAAATATTTT-ATAAT
*
27671844 TTAAGTAAAATTTAATTATTTTATAAT
1 TTAAGTAAAATTTAAATATTTTATAAT
27671871 T
1 T
27671872 ATATTATATT
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TTAAGTAAAATTTAAATATTTTATAAT
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27672829 TATCTACTGC
*
27672839 CTCTATAGGACGACACTGTGACGACGGTCTATTGA
1 CTCTATAGGACGACACTGTGACGACGGT-TATCGA
*
27672874 CTCTATA-GAGCGACACTGTGATGACGGTTATCGA
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1 CT
27672910 GGTCCTTCAG
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CTCTATAGGACGACACTGTGACGACGGTTATCGA
Found at i:27672977 original size:35 final size:35
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27672900 GTTATCGACT
* * *
27672910 GGTCCTTCAGGGTGACATCATGTAAATGGTATATA
1 GGTCATTCAGGGTAACACCATGTAAATGGTATATA
*
27672945 GGTCATTCGGGGTAACACCATGTAAACT-GTATATA
1 GGTCATTCAGGGTAACACCATGTAAA-TGGTATATA
27672980 AGTCCTTTGG
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35 29 0.97
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GGTCATTCAGGGTAACACCATGTAAATGGTATATA
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27673713 TTCTTATTCT
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1 TCTTCCT-GTTCCTCACTA
*
27673741 TCTTCCTGTTCCTCACTC
1 TCTTCCTGTTCCTCACTA
27673759 TCTT
1 TCTT
27673763 GCTCCTCTTC
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17 3 0.15
18 17 0.85
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TCTTCCTGTTCCTCACTA
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27680717 GTATATGTTT
*
27680727 TATATATTGCCGAATTGA-TT-TATATGTAGATA
1 TATACATTGCCGAATTGATTTGTATATGTAGATA
*
27680759 TATACATTGTCGAATTGATTTGTATATGT--ATA
1 TATACATTGCCGAATTGATTTGTATATGTAGATA
** *
27680791 TATGTATTACCGAATTGATTTG
1 TATACATTGCCGAATTGATTTG
27680813 AGATCCCGTA
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Consensus pattern (34 bp):
TATACATTGCCGAATTGATTTGTATATGTAGATA
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27680797 TTACCGAATT
*
27680807 GATTTGAGATCCCGTATAAAACCATATCTGGGATATGGCATCGA-CATC
1 GATTTGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGAGCATC
*
27680855 GATTTGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATC-AGCATT
1 GATTTGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGAGCATC
***
27680903 GATTTGAGATTTTGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGA
1 GATTTGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGA
27680947 TATGAGACTT
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GATTTGAGATCCCGTATAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGAGCATC
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27680861 AGATCCCGTA
*
27680871 TAAGACCATATCTGGGATATGGCATCAGCATTGATTTGAGATTTTGTA
1 TAAGACCATATCTGGGATATGGCATC-G-A-T-A--TGAGA-TTTGTG
27680919 TAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGATATGAGACTTTGTG
1 TAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGATATGAGA-TTTGTG
* * *
27680961 TAAGACCATAGCTGGGCTATTGGCATCGATATGAGATTTCCATG
1 TAAGACCATATCTGGGATA-TGGCATCGATATGAGATTT--GTG
* * *
27681005 TAAGACCATGTCTAGGACATGGCAT
1 TAAGACCATATCTGGGATATGGCAT
27681030 TTGTACAATA
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43 22 0.22
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46 1 0.01
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TAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGATATGAGATTTGTG
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27680909 AGATTTTGTA
* * *
27680919 TAAGACCATATCTGGGATATGGCATCGATATGAGACTTTGTG
1 TAAGACCATGTCT-GGACATGGCATCGATATGAGACTTTATG
*
27680961 TAAGACCATAG-CTGGGCTATTGGCATCGATATGAGA-TTTCCATG
1 TAAGACCAT-GTCTGGAC-A-TGGCATCGATATGAGACTTT--ATG
27681005 TAAGACCATGTCTAGGACATGGCAT
1 TAAGACCATGTCT-GGACATGGCAT
27681030 TTGTACAATA
Statistics
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0.76 0.07 0.17
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TAAGACCATGTCTGGACATGGCATCGATATGAGACTTTATG
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27682889 NNNNNNNNNC
27682899 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
27682932 TAATTATATG
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1.00 0.00 0.00
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TA
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27684124 CCACAGAGTC
27684134 TCATACTACCC-TTACAGGGATT
1 TCATACTACCCATTA-AGGGATT
*
27684156 TCATACTACCCATTAAGGGCTT
1 TCATACTACCCATTAAGGGATT
27684178 TCATA
1 TCATA
27684183 TATTGGTGCA
Statistics
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TCATACTACCCATTAAGGGATT
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27685712 GACTAAATTG
27685722 AAATAAAAT-TAAAACTA
1 AAATAAAATCTAAAACTA
27685739 AAATAAAATCCTAAAACTA
1 AAATAAAAT-CTAAAACTA
27685758 A
1 A
27685759 TCTAAGTGGC
Statistics
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0.90 0.00 0.10
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17 9 0.50
19 9 0.50
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AAATAAAATCTAAAACTA
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27704594 NNNNNNNNNN
* *
27704604 AATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTTAA-TGCCGCAAGACTC
1 AATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCG-AAGACTC
* *
27704668 AAACTTGTCTTATGACCTTCAGTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAG-CGTTCTAGGGTG
65 AAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTC-TTCTAGGGTG
27704732 TAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCAC-AGCTTGTAAAAT
129 TAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTAGCTTGTAAAAT
27704796 G
194 G
* * * *
27704797 AATTAAGCTTCTTTGATGGTGATAATACATGTGCACATAACATGGATTCAATTCCCGAAGACTCA
1 AATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCGAAGACTCA
27704862 AACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGTGTGT
66 AACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGG-GTGT
*
27704927 AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTA-TTTGTAAAATG
130 AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTAGCTTGTAAAATG
* * *
27704991 AATTAAGGTTCTTTGATTGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCA
1 AATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCGAAGACTCA
* *
27705056 AACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGTTGT
66 AACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGG-TGT
27705121 AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACT
130 AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACT
27705173 GTTTTTTTAT
Statistics
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0.93 0.05 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 111 0.31
194 241 0.68
195 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.21, T:0.34
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AATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCGAAGACTCA
AACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGTGTA
AACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTAGCTTGTAAAATG
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27706381 CTGCAAGACA
* * *
27706391 CCACATAGGCTTTTCAGATAA-TTCG
1 CCACAAAGGCTTTACAAATAACTT-G
* * * **
27706416 TCACAAAGGTTTTACAGATAACACG
1 CCACAAAGGCTTTACAAATAACTTG
*
27706441 CCACAATGGCTTTACAAATAACTTG
1 CCACAAAGGCTTTACAAATAACTTG
**
27706466 CCACAAAGGCTTTACAAATTTCTTG
1 CCACAAAGGCTTTACAAATAACTTG
27706491 CCACAAAGGCT
1 CCACAAAGGCT
27706502 CGGTTTGGTT
Statistics
Matches: 70, Mismatches: 15, Indels: 2
0.80 0.17 0.02
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25 70 1.00
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Found at i:27707870 original size:16 final size:16
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Indices: 27707849--27707897 Score: 73
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27707839 ACCAAAACTC
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27707865 TAGGCGTACTCTTTCT
1 TAGGCGTACTCTTTCT
*
27707881 TAGGCGTATTCTTTCT
1 TAGGCGTACTCTTTCT
27707897 T
1 T
27707898 CACTAAAAGA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 2
0.91 0.03 0.06
Matches are distributed among these distances:
16 28 0.90
17 3 0.10
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Indices: 27716136--27716186 Score: 52
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27716126 AAATCCCTAA
27716136 CCCTAAAT-TGAAAAT
1 CCCTAAATCT-AAAAT
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1 CCCTAAATCTAAAAT
*
27716165 CTCCTAAGTCTCAAAAT
1 C-CCTAAATCT-AAAAT
27716182 CCCTA
1 CCCTA
27716187 CTGCTAGTCA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 1, Indels: 7
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
14 9 0.29
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16 8 0.26
17 6 0.19
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Consensus pattern (15 bp):
CCCTAAATCTAAAAT
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Indices: 27717940--27717969 Score: 51
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27717930 TTACACATTT
*
27717940 ATCATAATCATA
1 ATCACAATCATA
27717952 ATCACAATCATA
1 ATCACAATCATA
27717964 ATCACA
1 ATCACA
27717970 TCAATTATCA
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 17 1.00
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Indices: 27719370--27719398 Score: 58
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27719360 AAACTTGTGC
27719370 AAATAA AAATAA AAATAA AAATAA AAATA
1 AAATAA AAATAA AAATAA AAATAA AAATA
27719399 TGGGATGATA
Statistics
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AAATAA
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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* *
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*** *** * *
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* *
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* * * *
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*
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*
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*
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*
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66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAA-GTTGCTAATAATTTTCTT
* *
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130 AGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
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*
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* *
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* * *
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* * * *
27732495 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTCTCCTATGATCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTCCTTA
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
* * *
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* *
27732623 AGTTACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCATTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
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* * * *
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*
27732753 GGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTGGTTGGGCTCGCTATAGTGG
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* *
27732817 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGTTTGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
* *
27732882 TTCAATGCCCCAAGACACAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCGAATAATTTTCTTA
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* * *
27732947 GCCAGTGTTCTAGGGGTGTAAAAAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGT-G
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*
27733010 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATCGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
*
27733075 TTCAATGCCCTAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCT-ATAAATTTTCTT
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT-AATTTTCTT
* * * *
27733139 AGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCATGTTACATGTGAGCTAGTTCGGCTCGCTACAGTGG
130 AGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
* * *
27733204 AGGCACCGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATATGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
*
27733269 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTTAATAATAAGTTGCTAAT-ATTTTCTCT
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCT-T
* * * *
27733333 CGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
130 AGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
*
27733398 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATTACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
*
27733463 TTCAATGCCCAAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
27733528 GGCAGTCTTCTAGGGGTGT--A-AA--CAAG--ACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
131 GGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
* *
27733585 AGTCACTGCTTGTAAATTGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
* * * * * *
27733650 TTCAAGGCCGCAAGACTCAAACTTGTCTTATGAGCTTCAGTGATAAGTTGCTAATAATTTTCTTT
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
* *
27733715 GGCAGTCTTCTAGTGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTCG
131 GGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
* *
27733779 AGTCACTATTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATGCATGTGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
27733844 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
* * * *
27733909 GGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTGGTTCGGCTCGCTACAGTGG
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*
27733973 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAACTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
* *
27734038 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCATCACTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
66 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTA
27734103 GGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
131 GGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA-GTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
27734168 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAACGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGG
1 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAA-GCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGG
*
27734233 TTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
65 TTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTC-T
* * * * *
27734298 TAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAAGGAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCTTCGCTATAA
129 TAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAA-CAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC-TCGCTATAG
27734363 TGG
192 TGG
27734366 AGTCACTGTTTGTAAAATGAAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGG
1 AGTCACTGTTTGTAAAATG-AATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGG
*
27734431 TTACAATGCCCC
65 TTTCAATGCCCC
27734443 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2786, Mismatches: 175, Indels: 44
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
187 168 0.06
189 5 0.00
190 2 0.00
191 2 0.00
192 7 0.00
193 546 0.20
194 1391 0.50
195 255 0.09
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199 6 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.21, T:0.33
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AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
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27734695 NNNNNCTAGA
* * * * *
27734705 GGTGTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTTGCTATAGTGGAGTCACTGTTGGTGA
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* * * * * *
27734770 AATTAATTACGCTACTTTGATGGTGATGATACTTATGTATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGA
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* * *
27734835 CTCAAACTTGTCGTATGAACTTCAATAATAAGTTGCTAATAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAG
131 CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAACAATTTTC-TTAGGCAGCCTTCTAAG
** * *
27734899 GGTGTAAGGAAGTAAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAATGGAGTCACTGTTTGTAA
1 GGTGTAAACAAGTAAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAA
* *
27734964 AATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTAAATGCCACAAGA
66 AATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGA
* *
27735029 CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAACAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGG
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* * * *
27735093 GGTGTAAACAAGTCATGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTTATTGTTTGTAA
1 GGTGTAAACAAGTAAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAA
27735158 AATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGA
66 AATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGA
27735223 CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAAT
131 CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAAT
27735252 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 32, Indels: 2
0.90 0.09 0.01
Matches are distributed among these distances:
194 316 0.99
195 4 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (194 bp):
GGTGTAAACAAGTAAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAA
AATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGA
CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAACAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAG
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Indices: 27735352--27739645 Score: 4971
Period size: 194 Copynumber: 22.1 Consensus size: 194
27735342 NNNNNNNNNN
*
27735352 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
* *
27735417 TGGTGATGATACATTTGCATATAACATGGTTTCAATGCCGCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
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* *
27735482 TTCAGTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAG-CGTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
131 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTC-TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
* *
27735546 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACAGCTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
* * * * * *
27735611 TGGTGATAATACATGTGCACATAACATGGATTCGATTCCCCAAGACTCGAACTTGTCTTATGACC
66 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
27735676 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
131 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
*
27735740 CATATGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
27735805 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
66 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
*
27735870 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
131 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
27735934 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
* * *
27735999 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAAGGCCGCAAGACTCAAACTTGTCTTATGAGC
66 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
* *
27736064 TTCAGTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
131 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
* * *
27736128 CATATGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGTTGTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
*
27736193 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATG-CCCAACGACTCAAACTTGTCGTATGAC
66 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAA-GACTCAAACTTGTCTTATGAC
* * * * *
27736257 CTGCAATATTAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTC
130 CTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
* * * **
27736322 CATGTGACCTAGTTCGGCTAGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
* *
27736387 TGGTGATGATACATGTACACATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
66 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
*
27736452 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
131 TTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
**
27736516 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTACGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
1 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGA
**
27736581 TGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCTAAAGACTCAAACTTGTCTTATGACC
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* *
27736646 TTCAATAATAAGTTGTTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGTGGTGTAAACAAGTCAAGTTA
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**
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* *
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* * * *
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*****************************************************************
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********** *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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* * *
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*
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27742730 NNNNNNNNNN
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*
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* *
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*
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* *
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*
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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** *
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** * *
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** *
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*
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27749521 C
194 C
*
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*
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* * *
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*
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* *
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** * *
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* *
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** *
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* * * *
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* * *
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Statistics
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Found at i:27750891 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 27750557--27753144 Score: 4199
Period size: 194 Copynumber: 13.3 Consensus size: 194
27750547 NNNNNNNNNN
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* * * * *
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* *
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* * * * *
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*
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* *
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** *
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* * *
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* *
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* * * *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * *
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*
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* **
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*
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* ***
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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131 CATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATA
* *
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*
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*
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* *
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*
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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193 TGA
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* * *
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***
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* *
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* * *
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* * * *
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* *
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* *
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* *
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*
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* * * *
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*
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* *
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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*
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131 ATAATTTT-CTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
* * *
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195 TC-GCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTG
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259 CATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCT
* * *
27759727 AATAATTTTCTTAAGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAATTGGGC
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* *
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* * *
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66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
*
27759922 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* *
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196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* *
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261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* * *
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*
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATT-AAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTG
*************
27760243 CATATAACATGGTTTCAATGCCCCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
65 CATATAACATGGTTTCAATG-CCCCAA-------------------------GACTCAAACTTGT
**************************************************************
27760308 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-
104 CTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAG
* * * ** * *** * * **
27760372 T-AATTTTCTTAG-GCAGCCTTCTAAGGG-T-G-TA-A-ACAAGTCA-AGTTCCATGTGACCT-A
169 TCAAGTTACAT-GTG-AG-CTAGT-TGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTT---TGTAAAATGA
* ** ** * * * * * * ***
27760428 GTTGGGC-TCACT-ATAGTG--GAGT-CACTGT--TTGTAAAAT--TTATTAA-GCTTCTTTGAT
227 ATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGA-TACA-TGTGCATATAACATGGTT-TCAATGC-CCCAAGA-
* * * * * * ** * * * * *
27760483 GGTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCTCCA--AGACTCAA-ACTTGTCTTATG-
287 -CTCA--A-ACTTGT-CTTATGAC----CTTCAATAAT-AAGTTG-CT-AATAATTTTCTTAGGC
* * ** * * * * ***
27760544 A-CCTTCAATAATAAGTTGCTAATA-ATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA
340 AGCCTTC--T-A-AGGGTG-TAA-ACA-AGTC--A---AGT-TAC-A----TGTGAGCTAGTTGG
*
27760607 GT
387 GC
* * * * * * * ** ** ** * **
27760609 TACGTGTGAGCTAGTTGG-GCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGATCTT
1 T-CG-CT-A--TAG-TGGAG-TCACTGT-TTGTA--AAATGAAT-TAAGCT-TCTT--TGATGGT
* * * * *
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52 -GATGATACATG-TGCA------TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTAT
* *
27760737 GACCTTCAGTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAG-CGTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA
109 GACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTC-TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA
* * * * *
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173 GTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCT
*
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238 TTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTAT
* * * *
27760931 GACCTTCAATAATATGTTGCTATTAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAGG
303 GACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAG
27760996 TTACATGTGAGCTAGTTGGGC
368 TTACATGTGAGCTAGTTGGGC
* * *
27761017 TCACTATAGTGGAGTCTCTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* *
27761082 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * * * * *
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131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* **
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261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* *
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* * * *
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* * *
27761467 ATATAACATGGATTCAGTTCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * * *
27761532 TTAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAGCTGGTTGGGCT
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
27761597 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* *
27761662 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGTTGCTAA
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
*
27761727 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
* *** *
27761790 TCGCTATAGTGGAGTCACTATTTGTAAAATTTGTTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTAC
1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* *
27761855 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACACGAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
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* * *
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131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* * * * *
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196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTG-C
* * *
27762049 ATATAACATGGGTTTCAATGCCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATAACCTTCCAATACTAAGTTC
260 ATATAACAT-GGTTTCAATG-CCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTT-CAATAATAAGTT-
* * * * *
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321 GC-TAATAA-TTTTCTTAGGC-AGCCTTCTAAG-GGTGT-AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCT
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381 AGTTGGGC
****************************
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
*****************************************************************
27762252 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
*****************************************************************
27762317 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*****************************************************************
27762382 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
*****************************************************************
27762447 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
***************************************************************
27762512 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
*****************************************************************
27762575 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
**** *
27762640 NNNNAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATATGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * * * *
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* * * *
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* * * *
27762835 TATAACATGGATTCAGTTCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
*
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
*
27763288 TAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
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* *
27763351 TCGTTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
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* * * *
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* * * * *
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* ** * *
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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** * * *
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*
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* * *
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*
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*
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* *
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* * * * *
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* **
27764332 TGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
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*
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* *
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* ** *
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27764720 TCGCTATAGTGGAGTC
195 TCGCTATAGTGGAGTC
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Statistics
Matches: 4569, Mismatches: 1371, Indels: 337
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (388 bp):
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ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
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TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
Found at i:27759662 original size:582 final size:582
Alignment explanation
Indices: 27758239--27764735 Score: 4710
Period size: 582 Copynumber: 11.0 Consensus size: 582
27758229 NNNNNNNNNN
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*
27758304 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATATGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * * *
27758369 TTAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTATGGGTGTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
27758434 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* *
27758499 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGTTGCTAA
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* *
27758564 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCTC
326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTC
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391 GCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCAT
* * *
27758694 ATAGCATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGATGCTAAT
456 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT
* * * *
27758759 AATTTTCCTAGGCAGTCCTTCTAGGGGTGTGAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
521 AATTTTCTTAGGCAG-CCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
27758887 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
*
27758952 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* *
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196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
*
27759082 TATAACATTGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* * *
27759147 AAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAATTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTC
326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTC
* * * *
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* *
27759277 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTCTCGTATGACCTTAAATAATAAGTTGCTAAT
456 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT
*
27759342 AA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAGGCTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
521 AATTTTC-TTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
*
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* * *
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66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
*
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131 ATAATTTT-CTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
* * *
27759598 -CTGCTATAGTGGAGTCATTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTAATGGTGATGATGCATGTG
195 TC-GCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTG
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259 CATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCT
* *
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* *
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389 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* * * *
27759857 ATATAACATGGTTTCAATTCCCCAAGACACAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCCA
454 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* *
27759922 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
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* *
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1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* *
27760051 ATATAACATGGTTTCAATTCCCCAAGACACAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * *
27760116 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGTGTGTAAACAAGTCAACTTACATGTTAGCTAGTTGGGCT
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
27760181 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAAG-TTCTTTGA-CGTGATGATACATGTGC
196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATT-AAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
**************
27760244 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCCAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
260 ATATAACATGGTTTCAATG-CCCCAA-------------------------GACTCAAACTTGTC
*************************************************************
27760309 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAA-T
299 TTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGT
* * * ** * *** * * ** *
27760373 -AATTTTCTTAG-GCAGCCTTCTAAGGG-T-G-TA-A-ACAAGTCA-AGTTCCATGTGACCT-AG
364 CAAGTTACAT-GTG-AG-CTAGT-TGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTT---TGTAAAATGAA
** ** * * * * * * ***
27760429 TTGGGC-TCACT-ATAGTG--GAGT-CACTGT--TTGTAAAAT--TTATTAA-GCTTCTTTGATG
422 TTAAGCTTCTTTGATGGTGATGA-TACA-TGTGCATATAACATGGTT-TCAATGC-CCCAAGA--
* * * * * * ** * * * *
27760484 GTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCTCCAAG--ACTCAA-ACTTGTCTTATG-A
481 CTCA--A-ACTTGT-CGTATGAC----CTTCAATAAT--AAGTTGCT-AATAATTTTCTTAGGCA
* * ** * * * * ***
27760545 -CCTTCAATAATAAGTTGCTAATA-ATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAG
535 GCCTTC--T-A-AGGGTG-TAA-ACA-AGTC--A---AG--TTCCA----TGTGAGCTAGTTGGG
*
27760608 T
582 C
* * * * * * * ** ** ** * **
27760609 TACGTGTGAGCTAGTTGG-GCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGATCTT
1 T-CG-CT-A--TAG-TGGAG-TCACTGT-TTGTA--AAATGAAT-TAAGCT-TCTT--TGATGGT
* * * * *
27760673 AGATGGT-GATGATACATGTGCATATAACAGGGTTTCAATGCCGCAAGACTCAAACTTGTCTTAT
52 -GATGATACATG-TGC------ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTAT
* *
27760737 GACCTTCAGTAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTTGGCAG-CGTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA
109 GACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTC-TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAA
* * * * *
27760801 GTTCCATGTGAGCTAGTTGGACTCGCTATAGTGGAGTTACTGTTTGTAAATTGAATAAAGCTTCT
173 GTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCT
*
27760866 TTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCTAAGACTCAAACTTGTCTTAT
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* * *
27760931 GACCTTCAATAATATGTTGCTATTAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAGG
303 GACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAG
* * *
27760996 TTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCACTATAGTGGAGTCTCTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTT
368 TTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTT
27761061 TGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATG
433 TGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATG
* *
27761126 ACCTTCAATACTAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAGCAAGTCAAGT
498 ACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGT
* *
27761191 TCCATGTGAGGTACTTGGGC
563 TCCATGTGAGCTAGTTGGGC
* **
27761211 TTGCTATAGT-GAGTCACTGTTTGT-AAATTTATT-AGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
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27761273 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
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* * * *
27761403 CGCTATAGTGGAGTCTCTGCTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATAATACATATGCA
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* * * *
27761468 TATAACATGGATTCAGTTCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAT
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* *
27761533 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAGCTGGTTGGGCTC
326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTC
*
27761598 GCTATAGTGGAGTCACTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCAT
391 GCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCAT
*
27761663 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGTTGCTAAT
456 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT
27761728 AATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
521 AATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
* *** *
27761790 TCGCTATAGTGGAGTCACTATTTGTAAAATTTGTTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTAC
1 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* *
27761855 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACACGAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
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* * *
27761920 ATAATTTTCTTATGCAGTCTTCTA-GGGTGTAAACAAGTCAAGTTACCTATGAGCTAGTTGGGCT
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* * * * *
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196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTG-C
* * *
27762049 ATATAACATGGGTTTCAATGCCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATAACCTTCCAATACTAAGTTC
260 ATATAACAT-GGTTTCAATG-CCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTT-CAATAATAAGTT-
* * * *
27762114 GCGTAATAATTTTTCTTAGGCGGGGCTTCTAGGAGGTGTAAAACAAGTTAAGTTACGTGTGAGCT
321 GC-TAATAA-TTTTCTTAGGC-AGCCTTCTAGG-GGTGT-AAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCT
********************
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381 AGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGAT
*****************************************************************
27762244 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
446 ACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATA
*****************************************************************
27762309 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
511 AGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTA
*******
27762374 NNNNNNN
576 GTTGGGC
*****************************************************************
27762381 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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*****************************************************************
27762446 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
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*****************************************************************
27762511 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*****************************************************************
27762576 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
*** * *
27762641 NNNAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATATGTTGCTAT
261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* * *
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326 TAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTC
* * * *
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391 GCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCAT
* * *
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456 ATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT
* *
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* *
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* *
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66 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* *
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131 ATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* * *
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196 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* * * * *
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261 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAA
* *
27763288 TAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCT
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* *
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390 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* * *
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* *
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* ** * *
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*
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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* *
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* * * *
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*
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*
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* *
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* * * * *
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* **
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*
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* * *
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* ** *
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*
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* * *
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27764720 TCGCTATAGTGGAGTC
1 TCGCTATAGTGGAGTC
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * * *
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* *
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* * * * *
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* **
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*
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* *
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* *** *
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* *
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* * * *
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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* *
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* * * *
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* *
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* *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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*
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* * * *
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** * *
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*
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*
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* * * *
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* * * *
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** * * *
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* *
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* *
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*
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* *
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* * * *
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**
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*
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* * *
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** *
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*
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Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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* * *
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* * * *
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*
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194 A
*
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* * *
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27765265 NNNNNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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*
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* *
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* * *
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* **
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* *
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* *
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* * * *
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*
27768318 TCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGGGGTGCAAACAA
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* *
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* *
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* * * * * *
27768512 TCCTGTGACCTTCAAGAATAAGCTGCTAATAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACA
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*
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* *
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194 C
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* *
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* **
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*
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* * * *
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* * *
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* *
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* *
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1 CTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTT-CTTAGGCAGCCTTC-TAG
*
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* *
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*
27819359 T
194 A
* *
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* *
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* * *
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* * * * *
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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193 AA
* *
27821516 TAAGTTGCTATTAATTTTCTTAGGCAG-CTTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAG
1 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTC-TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
* * *
27821580 CTAGTTGGACTCGCTATAGTGGAGTTACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTCATGGTGATG
65 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* * * *
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130 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* * * *
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* * *
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*
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* *
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* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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* **
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* * *
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* *
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* *
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* ** * *
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* *
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* * *
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27822872 A
194 A
* *
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* *
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*
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
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**
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* * * *
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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* * *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * *
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* * * *
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** *
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*
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* * * * *
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*
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* * * *
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*
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*
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* * **
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*
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* *
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* *
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*
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* * *
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* * *
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* * * * * *
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*
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*
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* * *
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* * *
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* *
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* *
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*
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* * * *
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*
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* *
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* *
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* * * * *
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* ***
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* *
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*
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* *
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*
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*
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* * * * * *
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* * *
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* * * * * * *
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*
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*
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*
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*
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*
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*
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GCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATG
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*
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* * *
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ATATTAAATTAAATTAAATATTTATCTTAATAAACATTATATTAATTTAATAAGATTTA
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*
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63 TTTT
* * * * *
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T
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27878188 GACTCTCTAT
* * *
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* * * *
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*
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GTTGCCATAGTCGAGCTATGGACTTACACTTTAAACCCCATGTTTAACGTCTTGGCGAACTCAAT
CG
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1 AATTCAATAGCAAACTC
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1 AA
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AATTCAATAGCAAACTC
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* * *
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* **
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*
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* *
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ACAGCTCGTGTGAGCATTTACAGAT
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*
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AATATTTACAAAAAGAGGCACCAAATTTTT
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1 AA
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* * *
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* *
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27912507 GTAGATGTGT
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1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
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TA
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27912538 ATATATACAC
27912548 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
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AG
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* * * * *
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* *
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*
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* * * *
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**
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* * *
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* * * * * *
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* *
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AATGGTATTGGTTTTGGTACGA
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* ** *
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* * * * *
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*
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***
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1 TAATT
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*
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*
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** * * *
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*
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* * * *
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* *
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1 AA
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* * *
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** * *
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1 AATGGTATAGGTTTTGGTACGAAATGGAGCTTGGTATAGGCACAA
*
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**
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TAATTAAACTAAGACACAAT
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*
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* *
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* * *
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*
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*
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* * * *
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1 AAAAATT
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GAT
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* *
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*
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*
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*
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1 ATGATTTTAAAATAATTTTTA
* *
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**
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* *
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* * *
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*
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* * * * * *
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*
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* * * *
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* ** ** * * *
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* * *
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1 AGGGATTATGGATTA
* *
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1 AGGG
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* *
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* *
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* *
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* *
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* * *
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* *
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**
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* *
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* * **
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* * *
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* * *
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** * * *
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* * * *
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* *
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* *
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129 C
*
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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*
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*
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* * *
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*
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* *
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* *
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1 AC
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* * * * * ** *
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* *
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* * *
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*
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* *
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*
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* *
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* *
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*
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** * * *
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*
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TT
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*
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*
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* *
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TATGCCACAAGGGTCATACAGAA
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*
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* ** * *
28026351 GCATGCTCAACTTCAATGTCGTGACTCCACATCTTCAGTGTCCCGACATTTTGGGCAGTCCCTTA
1 GCATGCTCAACTTCAATGCCACGACTCCACATCCTCAGTGTCCCGACATTATGGGCAGTCCCTTA
*
28026416 ACTTCTTTACCATTTAGCCCAAGTCGTGTCTTACACCAACTACATCACTTAGAACTCATTAGGCA
66 ACATCTTTACCATTTAGCCCAAGTCGTGTCTTACACCAACTACATCACTTAGAACTCATTAGGCA
* * * *
28026481 TGAGTTTGTCTAATTGGTTGATAAATATCCTACAATGCTTGTTTTATTCAACAAAAAATCATTGG
131 TGAGTTTGTCTAATTAGTCGATAAATATCCTACAATGCCTATTTTATTCAACAAAAAATCATTGG
* *
28026546 AATAAAATCAAAATGCTCGGTTAGAAGCTCGTTAAGTCTCGAAAAGGACTCAATTTTACATATTA
196 AATAAAATCAAAATGCTCGGTTAGAAGCTCGTTAAGTATCAAAAAGGACTCAATTTTACATATTA
* * * *
28026611 AATTATGAAATATCACTAATAGATCTCTCTACTAGCTTGTCAATACTAGAAATGAATTGTATAAA
261 AATTATGAAATATCACCAATAGATCCCTCTACTAGCTTGTCAAGACTAGAAATGAATTGTAGAAA
28026676 GAATCAAATGAATAGAATCAATTGTA
326 GAATCAAATGAATAGAATCAATTGTA
* *
28026702 GCATGCTCAACTTCAATGCCACGACTCCACATCCTCAGTGTCTCGGCATTATGGGCAGTCCCTTA
1 GCATGCTCAACTTCAATGCCACGACTCCACATCCTCAGTGTCCCGACATTATGGGCAGTCCCTTA
* * *
28026767 ACATCTTTGCCATTTAGCCCAAGTCGTGTCTTGCACTAACTACATCACTTAGTTAGAACTCATTA
66 ACATCTTTACCATTTAGCCCAAGTCGTGTCTTACACCAACTACATCAC----TTAGAACTCATTA
*
28026832 GGCATGAGTTTGTCTAATTAGTCGATAAGTATCCTACAATGCCTATTTTATTC-A-AAAAAATCA
127 GGCATGAGTTTGTCTAATTAGTCGATAAATATCCTACAATGCCTATTTTATTCAACAAAAAATCA
* * *
28026895 TTGGAATAACATCAAAATGCTCGGTTAGAAGCTCGTTAAGTATCAAAAAGGATTCAATTTTCCAT
192 TTGGAATAAAATCAAAATGCTCGGTTAGAAGCTCGTTAAGTATCAAAAAGGACTCAATTTTACAT
*
28026960 ATTAAATTATGAAATATCACCAATAGATCCCTCTGCTAGCTTGTCAAGACTAGAAATGAATTGTA
257 ATTAAATTATGAAATATCACCAATAGATCCCTCTACTAGCTTGTCAAGACTAGAAATGAATTGTA
28027025 GAAAGAATCAAATGA
322 GAAAGAATCAAATGA
28027040 CCAGAAATTA
Statistics
Matches: 308, Mismatches: 26, Indels: 6
0.91 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
351 102 0.33
353 144 0.47
354 1 0.00
355 61 0.20
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GCATGCTCAACTTCAATGCCACGACTCCACATCCTCAGTGTCCCGACATTATGGGCAGTCCCTTA
ACATCTTTACCATTTAGCCCAAGTCGTGTCTTACACCAACTACATCACTTAGAACTCATTAGGCA
TGAGTTTGTCTAATTAGTCGATAAATATCCTACAATGCCTATTTTATTCAACAAAAAATCATTGG
AATAAAATCAAAATGCTCGGTTAGAAGCTCGTTAAGTATCAAAAAGGACTCAATTTTACATATTA
AATTATGAAATATCACCAATAGATCCCTCTACTAGCTTGTCAAGACTAGAAATGAATTGTAGAAA
GAATCAAATGAATAGAATCAATTGTA
Found at i:28041195 original size:44 final size:44
Alignment explanation
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Period size: 44 Copynumber: 4.2 Consensus size: 44
28041137 AGATTGTAGA
28041147 TCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
1 TCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
* * ** * **
28041191 TCTTATCTTTCC-AAG-A-TAGTGGGAAGCACATTTAAGCCACCAAG
1 TCTTATC-TCCCTAAGCAGTAGT-GG-AGCAGATCAAAGACGGCAAG
* ** * * * * ** ** *
28041235 CCTTGCCTCCCTGAGCAGCAGTGGAGTAGGTTGAAGATTG-TAG
1 TCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
28041278 ATCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
1 -TCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
28041323 TCTTATCT
1 TCTTATCT
28041331 TTCCAAGATA
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 34, Indels: 16
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (44 bp):
TCTTATCTCCCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAG
Found at i:28041202 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 28040839--28042142 Score: 1950
Period size: 132 Copynumber: 10.0 Consensus size: 132
28040829 ACTGGTGAAA
* * *
28040839 CACCAAGCATTGTCTCCTTGAGCAACAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* *
28040904 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAATATAGTGGGAAGCAGATTTAA
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28040969 GC
131 GC
* * *
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1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * * *
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66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041094 GC
131 GC
*
28041096 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* *
28041161 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041226 GC
131 GC
* * *
28041228 CACCAAGCCTTGCCTCCCTGAGCAGCAGTGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
*
28041293 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041358 GC
131 GC
** * * *
28041360 CATAAAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGC-G-G-A-G--G-AGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * * *
28041418 GCAGTAATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041483 GC
131 GC
*
28041485 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* *
28041550 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041615 GC
131 GC
* * ** *
28041617 CACAAAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGC-G-G-A-G--G-AGGCTGTAGATCATATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * * *
28041675 GCAGTAGTGGAGCAAATCGAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTAGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041740 GC
131 GC
* *
28041742 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCAGAGAAGGTTGAATATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* **
28041807 GCAGTAGTGGAGCAGATCGAAGACTACAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28041872 GC
131 GC
* *
28041874 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGGGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * *
28041939 GCAGTAGTGGAGCAGATCGAAGACAGCAAATCTTAT-TTTCCAAGATAGTGGGAAACAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28042003 GC
131 GC
* *
28042005 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGTTCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * *
28042070 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGACAAATCTTATCTTGCCAAGATAGCGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28042135 GC
131 GC
*
28042137 AACCAA
1 CACCAA
28042143 ATCCTATATC
Statistics
Matches: 1062, Mismatches: 88, Indels: 44
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
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127 4 0.00
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129 6 0.01
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Consensus pattern (132 bp):
CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
GC
Found at i:28041403 original size:257 final size:261
Alignment explanation
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28040833 GTGAAACACC
* * *
28040843 AAGCATTGTCTCCTTGAGCAACAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAG
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* *
28040908 TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAATATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCA
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* * *
28040973 CCAAACCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGC--AG-A-G--G-AGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGC
128 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
* * * *
28041031 AGTAATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGC
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*
28041096 CACC
258 CACA
28041100 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAG
1 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCG--GAAGG-TGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAG
* * *
28041165 TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGCCA
63 TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCA
* * *
28041230 CCAAGCCTTGCCTCCCTGAGCAGCAGTGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
128 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
*
28041295 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGC
193 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGC
*
28041360 CATA
258 CACA
* * * *
28041364 AAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGCGG-A-G-G-AGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAGTAA
1 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAAGGTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAG
* *
28041425 TGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCACCA
66 TGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCACCA
*
28041490 AGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGT
131 AGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGT
* *
28041555 AGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGCCAC
196 AGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
28041620 A
261 A
* ** *
28041621 AAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGCGG-A-G-G-AGGCTGTAGATCATATCTCCCTAAGCAGTAG
1 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAAGGTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAG
* * *
28041682 TGGAGCAAATCGAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTAGGAAGCAGATTTAAGCCACCA
66 TGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCACCA
* *
28041747 AGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCAGAGAAGGTTGAATATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGT
131 AGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGT
* **
28041812 AGTGGAGCAGATCGAAGACTACAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
196 AGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
*
28041877 C
261 A
*
28041878 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGGGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAG
1 AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGC--GGAAGG-TGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAG
* * * *
28041943 TAGTGGAGCAGATCGAAGACAGCAAATCTTAT-TTTCCAAGATAGTGGGAAACAGATTTAAGCCA
63 TAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCA
* *
28042007 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGTTCTTATCTCCCTAAGC
128 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
* * *
28042072 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGACAAATCTTATCTTGCCAAGATAGCGGGAAGCAGATTTAAGC
193 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGC
28042137 AACCAAATCC
Statistics
Matches: 958, Mismatches: 64, Indels: 24
0.92 0.06 0.02
Matches are distributed among these distances:
256 1 0.00
257 626 0.65
258 1 0.00
259 4 0.00
260 3 0.00
261 3 0.00
262 1 0.00
263 153 0.16
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ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (261 bp):
AAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAAGGTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGTAG
TGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCACCA
AGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCAGT
AGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
A
Found at i:28041556 original size:389 final size:389
Alignment explanation
Indices: 28040839--28042136 Score: 2067
Period size: 389 Copynumber: 3.3 Consensus size: 389
28040829 ACTGGTGAAA
* * * *
28040839 CACCAAGCATTGTCTCCTTGAGCAACAGCGGAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* *
28040904 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAATATAGTGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
*
28040969 GCCACCAAA-CCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCAGAGGAGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAG
131 GCCA-CAAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGGAGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAG
28041033 TAATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCA
195 TAATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCA
28041098 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
260 CCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGC
28041163 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGC
325 AGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGC
* *
28041228 CACCAAGCCTTGCCTCCCTGAGCAGCAGTGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
*
28041293 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
* *
28041358 GCCATAAAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGCGGAGGAGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAGT
131 GCCACAAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGGAGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAGT
28041423 AATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
196 AATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
28041488 CAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCA
261 CAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCA
28041553 GTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGC
326 GTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGC
* * ** *
28041617 CACAAAGCCTTGTCTCCTTGAGCAGCAGC-G-G-A-G--G-AGGCTGTAGATCATATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * * *
28041675 GCAGTAGTGGAGCAAATCGAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTAGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
* ** *
28041740 GCCACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCAGAGAAGGTTGAATATTGTAGATCTTATCTCCCT
131 GCCACAAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGC-G-G-A-G--G-AGGTTGTAGATCCTATCTCCCT
* * ** *
28041805 AAGCAGTAGTGGAGCAGATCG-AAGACTACAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATT
189 AAGCAGTAATGGAGCAAAT-GAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATT
** *
28041869 TAAGCCACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGGGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTC
253 TAAGCCACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTC
* * * * *
28041934 CCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCGAAGACAGCAAATCTTAT-TTTCCAAGATAGTGGGAAACAGA
318 CCTAAGCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACA
28041998 TTTAAGC
383 TTTAAGC
*
28042005 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGTTCTTATCTCCCTAA
1 CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
* * *
28042070 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGACAAATCTTATCTTGCCAAGATAGCGGGAAGCAGATTTAA
66 GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
28042135 GC
131 GC
28042137 AACCAAATCC
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 54, Indels: 26
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
382 109 0.13
383 2 0.00
384 1 0.00
385 2 0.00
386 2 0.00
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392 1 0.00
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395 80 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.21, G:0.24, T:0.24
Consensus pattern (389 bp):
CACCAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGTAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAA
GCAGTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCAGATTTAA
GCCACAAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGGAGGAGGTTGTAGATCCTATCTCCCTAAGCAGT
AATGGAGCAAATGAAAGACGGCAAATCTTATCTTTCCAAAATAGTGGGAAGCAGATTTAAGCCAC
CAAGCCTTGTCTCCCTGAGCAGCAGCGAAGAAGGTTGAAGATTGTAGATCTTATCTCCCTAAGCA
GTAGTGGAGCAGATCAAAGACGGCAAGTCTTATCTTTCCAAGATAGTGGGAAGCACATTTAAGC
Done.