Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_413 ID=scaffold_413-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 10420
ACGTcount: A:0.24, C:0.13, G:0.10, T:0.23
Warning! 3102 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:313 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 299--920 Score: 494
Period size: 9 Copynumber: 69.1 Consensus size: 9
289 TGTATGCCCC
*
299 ATGTAAGTA
1 ATGTAAGTT
*
308 ATGTAAGCT
1 ATGTAAGTT
*
317 ATGTAAGTA
1 ATGTAAGTT
*
326 ATGTAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
335 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
344 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
353 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
362 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
371 ATGTAATTT
1 ATGTAAGTT
380 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
389 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
398 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
*
407 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
416 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
425 ATGTAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
434 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
443 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
452 ATGTAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
461 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
470 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
479 ATGCAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
488 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
497 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
506 ATGTAAATT
1 ATGTAAGTT
*
515 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
524 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
533 ATGCAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
542 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
*
551 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
560 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
569 ATTTAA-TT
1 ATGTAAGTT
*
577 AACT-TAATTT
1 -A-TGTAAGTT
*
587 ACGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
596 ATGCAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
605 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
614 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
623 ATGTAAATT
1 ATGTAAGTT
*
632 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
641 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
650 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
659 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
*
668 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
677 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
686 ATTTAA-TT
1 ATGTAAGTT
*
694 AACT-TAATTT
1 -A-TGTAAGTT
*
704 ACGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
713 ATGCAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
722 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
731 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
740 ATGTAAATT
1 ATGTAAGTT
*
749 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
758 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
767 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
776 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
785 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
794 ATGTAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
803 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
812 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
821 ATGCAAGAT
1 ATGTAAGTT
* *
830 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
839 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
*
848 ATGTAAATT
1 ATGTAAGTT
*
857 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
866 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
875 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
* *
884 ATTTAATTT
1 ATGTAAGTT
*
893 ACT-TAATTT
1 A-TGTAAGTT
902 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
911 ATGTAAGTT
1 ATGTAAGTT
920 A
1 A
921 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 486, Mismatches: 103, Indels: 48
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
8 12 0.02
9 460 0.95
10 14 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.13, T:0.48
Consensus pattern (9 bp):
ATGTAAGTT
Found at i:476 original size:117 final size:117
Alignment explanation
Indices: 351--920 Score: 661
Period size: 117 Copynumber: 4.9 Consensus size: 117
341 TTTATGTAAG
* * *
351 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTACT-TAATT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAATTTA-TGTAAGT
* *
415 TATGTAAGTTATGTAAGA-TATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGATATTTAAT
65 TATGTAAGTTATGTAA-ATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAAT
* * *
468 TTATGTAAGTTATGCAAGATATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAATTACT-TAATTTATGTAAGT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA-TGTAATTTATGTAAGT
* * * * * *
532 TATGCAAGATATTTAATTTACTTAATTTATGTAAGTTATTTAA-TTAACTTAAT
65 TATGTAAGTTATGTAAATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTT-ATTTAAT
* * * *
585 TTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAATTACT-TAATTTATGTAAGT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA-TGTAATTTATGTAAGT
* * * *
649 TATGTAAGTTATTTAATTTACTTAATTTATGTAAGTTATTTAA-TTAACTTAAT
65 TATGTAAGTTATGTAAATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTT-ATTTAAT
* * * *
702 TTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAATTACT-TAATTTATGTAAGT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA-TGTAATTTATGTAAGT
*
766 TATGTAAG---T-T--A-T--TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGATATTTAAT
65 TATGTAAGTTATGTAAATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAAT
* * *
810 TTATGTAAGTTATGCAAGATATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAATTACT-TAATTTATGTAAGT
1 TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA-TGTAATTTATGTAAGT
* *
874 TATGTAAGTTATTTAATTTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA
65 TATGTAAGTTATGTAAATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTA
921 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 23, Indels: 28
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
108 98 0.24
109 1 0.00
110 1 0.00
111 1 0.00
112 1 0.00
113 1 0.00
114 1 0.00
115 1 0.00
116 2 0.00
117 308 0.74
118 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.03, G:0.13, T:0.48
Consensus pattern (117 bp):
TTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAATTTATGTAAGTT
ATGTAAGTTATGTAAATTACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAAT
Found at i:1064 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1025--1127 Score: 136
Period size: 27 Copynumber: 3.8 Consensus size: 27
1015 NNNNNNTAAC
* *
1025 TTAATTTACGTAAGTTATGCAAGATAT
1 TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGATAT
* *
1052 TTAATGTATGTAAGTTATGTAA-ATTAC
1 TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGA-TAT
*
1079 TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTAT
1 TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGATAT
*
1106 TTAATTTTTGTAAGTTATGTAA
1 TTAATTTATGTAAGTTATGTAA
1128 TTAACCAAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 8, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
26 1 0.02
27 65 0.98
ACGTcount: A:0.35, C:0.03, G:0.15, T:0.48
Consensus pattern (27 bp):
TTAATTTATGTAAGTTATGTAAGATAT
Found at i:1072 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1034--1127 Score: 84
Period size: 9 Copynumber: 10.4 Consensus size: 9
1024 CTTAATTTAC
1034 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* *
1043 GCAAGATAT
1 GTAAGTTAT
*
1052 TTAA-TGTAT
1 GTAAGT-TAT
1061 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1070 GTAAATTACT
1 GTAAGTTA-T
*
1080 -TAATTTAT
1 GTAAGTTAT
1088 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1097 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* * *
1106 TTAATTTTT
1 GTAAGTTAT
1115 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1124 GTAA
1 GTAA
1128 TTAACCAAAT
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 15, Indels: 8
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
8 1 0.02
9 63 0.95
10 2 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.02, G:0.16, T:0.47
Consensus pattern (9 bp):
GTAAGTTAT
Found at i:1107 original size:54 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1023--1127 Score: 165
Period size: 54 Copynumber: 1.9 Consensus size: 54
1013 NNNNNNNNTA
1023 ACTTAATTTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATGTATGTAAGTTATGTAAATT
1 ACTTAATTTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATGTATGTAAGTTATGTAAATT
* * * * *
1077 ACTTAATTTATGTAAGTTATGTAAGTTATTTAATTTTTGTAAGTTATGTAA
1 ACTTAATTTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATGTATGTAAGTTATGTAA
1128 TTAACCAAAT
Statistics
Matches: 46, Mismatches: 5, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
54 46 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.14, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
ACTTAATTTACGTAAGTTATGCAAGATATTTAATGTATGTAAGTTATGTAAATT
Found at i:1775 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 1753--1789 Score: 67
Period size: 13 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
1743 CTCCATGGAA
1753 ACAT-TTTTAATT
1 ACATATTTTAATT
1765 ACATATTTTAATT
1 ACATATTTTAATT
1778 ACATATTTTAAT
1 ACATATTTTAAT
1790 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 1
0.96 0.00 0.04
Matches are distributed among these distances:
12 4 0.17
13 20 0.83
ACGTcount: A:0.38, C:0.08, G:0.00, T:0.54
Consensus pattern (13 bp):
ACATATTTTAATT
Found at i:8547 original size:115 final size:114
Alignment explanation
Indices: 8356--8665 Score: 279
Period size: 115 Copynumber: 2.7 Consensus size: 114
8346 GCGCATATAA
* * * * * * *
8356 AGAAA-CGCCGCTAAA-TCATAGTATTAGCGGCGCTTGTGCAGAAGCGCCGCAAAATATACTCAC
1 AGAAATCGCCGCTAAAGT-ATATTATTAGCGGCGCTTTTTCATAAGCGCCGCAAAAGATATTAAC
** * * ***
8419 CAAAACGTTGCGTTTTTTACATGAGGTATATTAGAATTAGTGGCGCTTTTTG
65 CAAAACGCAGCGTTTTGT-CATGAGGTATACTAGAATTAGTGGCG-TTCACG
* * * *
8471 -GATATCGCCGCTAAAGTATATTATTAGCGGCGCTTTTTTATAAGCGCCACAAAAGATATTAACA
1 AGAAATCGCCGCTAAAGTATATTATTAGCGGCGCTTTTTCATAAGCGCCGCAAAAGATATTAACC
* * * *
8535 AAAACGCAGCGTTTAAGTCTTGATGTATACTGGAATTAGTGGCGTTCACG
66 AAAACGCAGCGTTT-TGTCATGAGGTATACTAGAATTAGTGGCGTTCACG
* * * * *
8585 AGAAATCACCGCTAAAGCAT-TGTATTAGCGGCGCTTTTTGATAAGCACCGGAAAATG-TATTAA
1 AGAAATCGCCGCTAAAGTATAT-TATTAGCGGCGCTTTTTCATAAGCGCCGCAAAA-GATATTAA
*
8648 CCAAAACGCAGAGTTTTG
64 CCAAAACGCAGCGTTTTG
8666 GTCTTAACCA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 32, Indels: 13
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
114 8 0.05
115 146 0.93
116 3 0.02
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.22, T:0.28
Consensus pattern (114 bp):
AGAAATCGCCGCTAAAGTATATTATTAGCGGCGCTTTTTCATAAGCGCCGCAAAAGATATTAACC
AAAACGCAGCGTTTTGTCATGAGGTATACTAGAATTAGTGGCGTTCACG
Done.