Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_419 ID=scaffold_419-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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Indices: 5563--5614 Score: 77
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 26
5553 ATTATGCCTA
*
5563 AACAAAAAAACAAAAAAAAAAACAAC
1 AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAC
*
5589 AACAAAAAAAAAGAAAAGAAAAACAA
1 AACAAAAAAAAA-AAAAAAAAAACAA
5615 AAAATCAAGA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
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26 11 0.48
27 12 0.52
ACGTcount: A:0.85, C:0.12, G:0.04, T:0.00
Consensus pattern (26 bp):
AACAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAC
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Indices: 6502--7221 Score: 1085
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6492 TTTTTCAAAT
6502 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCT
1 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCT
* *
6567 TTTTTTTTAAATCAACTCATAATACAGATGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTA
66 TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTA
6632 ATTTATGTCTTTTTTTAAAAAA
131 ATTTATGTCTTTTTTTAAAAAA
6654 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCC
1 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGT-C
* * *
6719 TTTTTTTAAAAAAAAATCAACTCATAATACAGATGTGAGTTGAACCTCGGGTCACGCTGAGGTAT
65 TTTTTTT----TAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTAT
*
6784 TTTTAATTTATATCTTTTTTTTAAAAAA
126 TTTTAATTTATGTC-TTTTTTTAAAAAA
*
6812 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTT-T-ACT
1 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCT
6875 CTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
66 -TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
***
6940 AATTTATGTCTTTTTTTTTTAAA
130 AATTTATGTCTTTTTTTAAAAAA
* **
6963 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGTTGAGGTATTTTTAATTCCTGTCT
1 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCT
*
7028 TTTTTTT-AAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTT
66 TTTTTTTAAAATCAACTCATAATAC-AGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT
* *
7092 --TTTAAATTTCTGTTTTTTCAAAAA
130 AATTT--ATGTCT-TTTTTTAAAAAA
* * *
7116 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCATCGGGTCACGTTGAGGTATTTTTAAATTTCTGT-
1 ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTT-AATTTATGTC
**
7180 TTTTTTCAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAG-TGAGCC
65 TTTTTT-TTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCC
Statistics
Matches: 528, Mismatches: 24, Indels: 31
0.91 0.04 0.05
Matches are distributed among these distances:
150 3 0.01
151 84 0.16
152 178 0.34
153 84 0.16
154 17 0.03
155 19 0.04
156 6 0.01
157 65 0.12
158 72 0.14
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.19, T:0.37
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ATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCT
TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTA
ATTTATGTCTTTTTTTAAAAAA
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Alignment explanation
Indices: 6490--7221 Score: 1070
Period size: 77 Copynumber: 9.6 Consensus size: 76
6480 CTTTCTGTTT
* *
6490 TTTTTTTCAAATATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
1 TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
6555 TAATTTATGTC
66 TAATTTATGTC
** *
6566 TTTTTTT-TTAAATCAACTCATAATACAGATGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
1 TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
6630 TAATTTATGTC
66 TAATTTATGTC
6641 TTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
1 TTTTTTT-AAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
6706 TTAATTTATGTCC
65 TTAATTTATGT-C
* *
6719 TTTTTTTAAAAAAAAATCAACTCATAATACAGATGTGAGTTGAACCTCGGGTCACGCTGAGGTAT
1 TTTTTTT---AAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTAT
*
6784 TTTTAATTTATATC
63 TTTTAATTTATGTC
6798 TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
1 -TTTTTTT-AAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
*
6863 TTTAATTT-TACTC
64 TTTAATTTAT-GTC
6876 TTTTTTT--AAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
1 TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
6939 TAATTTATGTC
66 TAATTTATGTC
** *
6950 TTTTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGTTGAGGTATTT
1 -TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
**
7015 TTAATTCCTGTC
65 TTAATTTATGTC
* *
7027 TTTTTTT--TAAATCAACTCATAATACGAGAGGTGAGTTGAGCCTCAGGTCACGCTGAGGTATTT
1 TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATAC-AGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTT
*
7090 TT--TTTAAATTTC
65 TTAATTT--ATGTC
* *
7102 TGTTTTTTCAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCATCGGGTCACGTTGAGGTATT
1 T-TTTTTT-AAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
*
7167 TTTAAATTTCTGT-
64 TTT-AATTTATGTC
*
7180 TTTTTTCAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAG-TGAGCC
1 TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCC
Statistics
Matches: 604, Mismatches: 31, Indels: 43
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
73 2 0.00
74 81 0.13
75 125 0.21
76 49 0.08
77 141 0.23
78 110 0.18
79 20 0.03
80 73 0.12
81 3 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (76 bp):
TTTTTTTAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTT
TAATTTATGTC
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Alignment explanation
Indices: 6488--7221 Score: 1098
Period size: 309 Copynumber: 2.4 Consensus size: 302
6478 CACTTTCTGT
** *
6488 TTTTTTTTTCAAATATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
1 TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
* * *
6553 TTTAATTTATGTCTTTTTTTTTAAATCAACTCATAATACAGATGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACG
66 TTTAATTTA-CTC-TTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACG
6618 CTGAGGTATTTTTAATTTATGTCTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAG
129 CTGAGGTATTTTTAATTTATGTCTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAG
*
6683 CCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTTATGTCCTTTTTTTAAAAAAAAATCAACTCATAATA
194 CCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTCATGTCCTTTTTTT------AAATCAACTCATAATA
* *
6748 C-AGATGTGAGTTGAACCTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTT-ATATC
253 CGAGAGGTGAGTTGAACCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTT--TTTAATATC
6798 TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
1 TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
6863 TTTAATTTTACTCTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGC
66 TTTAA-TTTACTCTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGC
***
6928 TGAGGTATTTTTAATTTATGTCTTTTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGC
130 TGAGGTATTTTTAATTTATGTCTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGC
* * *
6993 CTCGGGTCACGTTGAGGTATTTTTAATTCCTGTCTTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGG
195 CTCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTCATGTCCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGG
* *
7058 TGAGTTGAGCCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAAATTTC
260 TGAGTTGAACCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTT-AATATC
* * * *
7102 TGTTTTTTCAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCATCGGGTCACGTTGAGGTATT
1 TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
*
7167 TTTAAATTT-CTGTTTTTTTCAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAG-TGAGCC
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Statistics
Matches: 394, Mismatches: 22, Indels: 21
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
302 3 0.01
303 26 0.07
304 107 0.27
305 8 0.02
306 27 0.07
309 150 0.38
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311 4 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (302 bp):
TTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCTGAGGTATT
TTTAATTTACTCTTTTTTTAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCCTCGGGTCACGCT
GAGGTATTTTTAATTTATGTCTTTTTTTAAAAAAATCAACTCATAATACAGAGGTGAGTTGAGCC
TCGGGTCACGCTGAGGTATTTTTAATTCATGTCCTTTTTTTAAATCAACTCATAATACGAGAGGT
GAGTTGAACCTCAGGTCACGCTGAGGTATTTTTTTTAATATC
Done.