Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_450 ID=scaffold_450-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 14376
ACGTcount: A:0.16, C:0.09, G:0.05, T:0.17
Warning! 7516 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:655 original size:68 final size:68
Alignment explanation
Indices: 532--671 Score: 219
Period size: 68 Copynumber: 2.1 Consensus size: 68
522 CAAACATATA
* *
532 TATTATATATTACAAACTTACCTCGACCAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGA
1 TATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGA
597 CAC
66 CAC
* ** *
600 TATTCTATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGTTGCCGACTAATTTGA
1 TATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGA
665 CAC
66 CAC
668 -ATTA
1 TATTA
672 GCTTTTCCTC
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 7, Indels: 1
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
67 3 0.05
68 62 0.95
ACGTcount: A:0.39, C:0.19, G:0.11, T:0.30
Consensus pattern (68 bp):
TATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGA
CAC
Found at i:8110 original size:624 final size:623
Alignment explanation
Indices: 6917--8657 Score: 3095
Period size: 624 Copynumber: 2.8 Consensus size: 623
6907 NNNNNNCAGG
*
6917 GACCGAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
1 GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
* *
6982 AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCAGAAGGAAAGAAGCATAT
66 AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
*
7047 ATATTATATACTACAAACTTACCTCGAGAAATATGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
131 ATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
7112 ACACATTAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTC
196 ACACATTAGCTTTTCCTC-GTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTC
* *
7177 CATGACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGGAAATTAGAGGAGATGATA
260 CATCACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATA
** *
7242 ACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTAAATTTAAATACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAA
325 ACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAA
*
7307 AAATCAAATTTCATACATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACC
390 AAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACC
*
7372 ATTTAAGTCCTTTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACTCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTT
455 ATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACTCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTT
*
7437 TGCATCTTTTTCTATGTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTT
520 TGCACCTTTTTCTATGTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTT
*
7502 ACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCAC
585 ACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAACATTTGCCAC
7541 GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
1 GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
7606 AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
66 AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
* *
7671 ATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATGTGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCGG
131 ATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
* * * *
7736 ACACATTAGCATTTCCTCAGTTTAAATCTGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCACGTAAAAACTC
196 ACACATTAGCTTTTCCTC-GTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTC
* *
7801 TATCACCGGAAGCTTCTTCCTTTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATA
260 CATCACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATA
7866 ACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAA
325 ACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAA
7931 AAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACC
390 AAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACC
*
7996 ATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAATAAATTGACTCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTT
455 ATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACTCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTT
* *
8061 TGCACCTTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTT
520 TGCACCTTTTTCTATGTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTT
*
8126 ACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAACATTTGCCAG
585 ACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAACATTTGCCAC
*
8165 GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGTAAACAATGA
1 GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
*
8230 AATTTTCGCATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
66 AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
* *
8295 ATATTATATACTACAAACTTACCTCCACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
131 ATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
*
8360 ACAGATTAGCTTTTCCTCGATTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTC
196 ACACATTAGCTTTTCCTCG-TTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTC
* *
8425 CATCACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCGAACTAGAGGAGATGATA
260 CATCACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATA
* * *
8490 GCAGTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAAATTACAATTTTTCCCTTAAA
325 ACATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAA
* * * * *
8555 AAATCAAATTTCATGCATTTAACCACCCGAAACCATCCACTCTAAGTTCGTGTGGTGCATTTACC
390 AAATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACC
8620 ATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGA
455 ATTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGA
8658 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1066, Mismatches: 50, Indels: 2
0.95 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
623 1 0.00
624 1065 1.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (623 bp):
GACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGA
AATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATAT
ATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATATGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTG
ACACATTAGCTTTTCCTCGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCC
ATCACCGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAA
CATTTTTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAA
AATCAAATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCA
TTTAAGTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACTCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTT
GCACCTTTTTCTATGTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTTA
CATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAACATTTGCCAC
Found at i:12670 original size:624 final size:623
Alignment explanation
Indices: 11482--13157 Score: 2913
Period size: 624 Copynumber: 2.7 Consensus size: 623
11472 NNNNNNAGAT
* * *
11482 TAGCTTTTCCTCGGCTTAGATCCGGTTGGTTCATTTGTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAC
1 TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAC
* *
11547 CGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAACTAGAGGAGATGATAGCAGTT
66 CGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA-TT
*
11612 TTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAAATTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
130 TTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
* * * * *
11677 AATTTCATGCATTTAACCACCCGAAACCATCCACTCTAAGTTCGTGTGGTGCATTTACCATTTAA
195 AATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAA
11742 GTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCACC
260 GTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCACC
*
11807 TTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAAAATAAATCTGTTACATTC
325 TTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTTACATTC
11872 ATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAAT
390 ATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAAT
* **
11937 TCCAACATTTAATAATTTACAAGTAAACAATGAAATTTTTGCATTAATTATAATTTAACTAACAA
455 TCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAA
*
12002 TTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCGTATATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAAT
520 TTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAAT
* * *
12067 ATAGTTGCAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCTGACAGAA
585 ACAGTTGCAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCGGACACAA
* *
12106 TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGAGCATGCATGTAAAAACTCCATGAA
1 TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAC
* *
12171 TGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATCGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTT
66 CGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTT
*
12236 GTGTCTTTTAGTTTGTTTTATTTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
131 -TGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
12301 AATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAA
195 AATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAA
* * * *
12366 GTCCTTTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACTCCTTTAACC-AATAGAAATCTACTTTTGCAT
260 GTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACCCCTTT-ACCTAATAGAAATCTATTTTTGCAC
*
12430 CTTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATCTGTACACATAATATAAATCTGTTACATT
324 CTTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTTACATT
12495 CATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAA
389 CATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAA
12560 TTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACA
454 TTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACA
12625 ATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAA
519 ATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAA
* * *
12690 TACGGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCGGACACAT
584 TACAGTTGCAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCGGACACAA
*
12730 TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATCAC
1 TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAC
* * * * *
12795 CGGAAACTTCTTCCTTTCTCTTATTCGGTTTACAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAAGATTT
66 CGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACA-TT
* *
12860 TTGTCTTTTAGTTAGTTTTAATGTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
130 TTGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCA
12925 AATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAA
195 AATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAA
* * *
12990 GCCCATTAGTTTGGTAATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCACC
260 GTCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCACC
13055 TTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTTACATTC
325 TTTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTTACATTC
*
13120 ATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCAGGACCA
390 ATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCA
13158 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 994, Mismatches: 54, Indels: 8
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
623 6 0.01
624 982 0.99
625 6 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.18, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (623 bp):
TAGCTTTTCCTCGGTTTAGATCCGGTTGGTTCGTTTCTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAC
CGGAAGCTTCTTCCTCTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAGCAAATTAGAGGAGATGATAACATTT
TGTCTTTTAGTTTGTTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAA
ATTTCATGCATTTAATCACCCAAAACCATCCACTCAAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAAG
TCCATTAGTTTGATAATCCATAACAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGCACCT
TTTTCTATTTAGTGATTTTTACTTAATTAATTATTTGTACACATAATATAAATCTGTTACATTCA
TTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCATTTGTACTTAATT
CCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATTATAATTTAACTAACAAT
TGATATACATAATCATAAGGAAACAAGCATATATATTATATACTACAAACTTACCTCGACAAATA
CAGTTGCAAAAATGAAGCAGCCGACTAATCGGACACAA
Done.