Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_495 ID=scaffold_495-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6436
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.23, T:0.31
Found at i:1250 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 1222--1585 Score: 530
Period size: 23 Copynumber: 16.2 Consensus size: 23
1212 TATTAATTGA
1222 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1245 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAG
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1268 TTAA--GGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1289 TTAATTAGGTTAGAGTTTTT-AT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1311 GTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAG
1 -TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1335 TTAA--GGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1356 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
* *
1379 TTAATTAGGTTAGAGTTTTTAAG
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1402 TTAA--GGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1423 TGAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1446 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAG
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1469 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
* *
1492 TTAA--GGGTTAGGATTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1513 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1536 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAG
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
*
1559 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAG
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
1582 TTAA
1 TTAA
1586 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 306, Mismatches: 25, Indels: 20
0.87 0.07 0.06
Matches are distributed among these distances:
21 74 0.24
22 2 0.01
23 229 0.75
24 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.24, T:0.49
Consensus pattern (23 bp):
TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT
Found at i:1295 original size:67 final size:67
Alignment explanation
Indices: 1222--1585 Score: 572
Period size: 67 Copynumber: 5.4 Consensus size: 67
1212 TATTAATTGA
1222 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTA
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTA
1287 AT
66 AT
*
1289 TTAATTAGGTTAGAGTTTTT-ATGTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAT-TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTT
1353 AAT
65 AAT
*
1356 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTA
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTA
1421 AT
66 AT
* *
1423 TGAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAATTAGGTTAGGGTTTT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTAGGGTTTT
1488 TAAT
64 TAAT
* * * *
1492 TTAA--GGGTTAGGATTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTT
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTAGGGTTTT
*
1555 TAAG
64 TAAT
*
1559 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA
1 TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAA
1586 GGGTATTAAT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 14, Indels: 10
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
66 2 0.01
67 236 0.85
68 2 0.01
69 37 0.13
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.24, T:0.49
Consensus pattern (67 bp):
TTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAGGGTTAGGGTTTTTA
AT
Found at i:1586 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 1229--1589 Score: 559
Period size: 90 Copynumber: 4.0 Consensus size: 90
1219 TGATTAATTA
* * *
1229 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
* *
1292 ATTAGGTTAGAGTTTTTATGTTAATTA
66 ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAA--G
* * *
1319 GGTTAGGGTTTTTAAGTTAA--GGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
1382 ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAG
66 ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAG
*
1407 GGTTAGGGTTTTTAATTGAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
* *
1472 ATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAAG
66 ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAG
*
1497 GGTTAGGATTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
1 GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
*
1562 ATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTAAG
66 ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAG
1587 GGT
1 GGT
1590 ATTAATTGTT
Statistics
Matches: 252, Mismatches: 15, Indels: 8
0.92 0.05 0.03
Matches are distributed among these distances:
88 37 0.15
90 215 0.85
ACGTcount: A:0.26, C:0.00, G:0.25, T:0.49
Consensus pattern (90 bp):
GGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAATTTAATTAGGTTAGGGTTTTTAAGTTA
ATTAGGTTAGAGTTTTTAAGTTAAG
Found at i:1666 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1637--1684 Score: 87
Period size: 25 Copynumber: 1.9 Consensus size: 25
1627 ATTCAAAAAT
1637 TTCTACTTTATTACATCAAATAAAC
1 TTCTACTTTATTACATCAAATAAAC
*
1662 TTCTATTTTATTACATCAAATAA
1 TTCTACTTTATTACATCAAATAA
1685 TATCAAAATA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
25 22 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.17, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
TTCTACTTTATTACATCAAATAAAC
Found at i:2136 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2113--2152 Score: 71
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
2103 GACTCGGAAA
*
2113 AGGATACATATAAGGGTT
1 AGGATACATATAAGGGGT
2131 AGGATACATATAAGGGGT
1 AGGATACATATAAGGGGT
2149 AGGA
1 AGGA
2153 AACGCACCTG
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 21 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.05, G:0.33, T:0.23
Consensus pattern (18 bp):
AGGATACATATAAGGGGT
Found at i:2817 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 2801--2831 Score: 53
Period size: 7 Copynumber: 4.4 Consensus size: 7
2791 TATTATTTAT
*
2801 ATACTTA
1 ATACTAA
2808 ATACTAA
1 ATACTAA
2815 ATACTAA
1 ATACTAA
2822 ATACTAA
1 ATACTAA
2829 ATA
1 ATA
2832 TCAATCGACT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
7 23 1.00
ACGTcount: A:0.55, C:0.13, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (7 bp):
ATACTAA
Found at i:3039 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 3002--3039 Score: 51
Period size: 20 Copynumber: 1.9 Consensus size: 20
2992 TTTATTTTTA
*
3002 AAAATCTATGTAATAATTGT
1 AAAATCTATATAATAATTGT
3022 AAAATCTAATATAA-AATT
1 AAAATCT-ATATAATAATT
3040 TTTCTCGTTA
Statistics
Matches: 16, Mismatches: 1, Indels: 2
0.84 0.05 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 11 0.69
21 5 0.31
ACGTcount: A:0.53, C:0.05, G:0.05, T:0.37
Consensus pattern (20 bp):
AAAATCTATATAATAATTGT
Found at i:3953 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 3936--3976 Score: 57
Period size: 12 Copynumber: 3.5 Consensus size: 12
3926 TTTACAGTTT
3936 AAAAAAATTTTA
1 AAAAAAATTTTA
3948 AAAAAAATTTTA
1 AAAAAAATTTTA
**
3960 AAAATTA-TTTA
1 AAAAAAATTTTA
3971 AAAAAA
1 AAAAAA
3977 GGGAGTTAAG
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 4, Indels: 1
0.83 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.32
12 17 0.68
ACGTcount: A:0.68, C:0.00, G:0.00, T:0.32
Consensus pattern (12 bp):
AAAAAAATTTTA
Found at i:4065 original size:11 final size:11
Alignment explanation
Indices: 4045--4095 Score: 77
Period size: 11 Copynumber: 4.6 Consensus size: 11
4035 CAGAGAATTT
4045 TTGA-AGGAAA
1 TTGAGAGGAAA
4055 TTGAGAGGAAA
1 TTGAGAGGAAA
4066 TTGAGAGGAAA
1 TTGAGAGGAAA
*
4077 TTGAGAAGAAA
1 TTGAGAGGAAA
4088 TTTGAGAG
1 -TTGAGAG
4096 AGGATTAGTT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 2, Indels: 2
0.90 0.05 0.05
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.11
11 27 0.73
12 6 0.16
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (11 bp):
TTGAGAGGAAA
Found at i:5102 original size:127 final size:125
Alignment explanation
Indices: 4819--5263 Score: 581
Period size: 125 Copynumber: 3.5 Consensus size: 125
4809 GATAAAATCA
* * * * *
4819 AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTCTGAAGTCGCGCCCACGTGTACGCGCTTTTGCTATAGT
1 AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
* *
4884 AGGTCCTGTAAAAATAATTTCGAGTTGACGTTTCTGAGTAAATAG-TATAAAAAATGCTTC
66 AGGTCCTGGAAAAATAATTTCGACTTGACGTTTCTGAGTAAATAGTTA-AAAAAATGCTTC
* * **
4944 AAGCAGGATGGTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCTTGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
1 AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
*
5009 AGGTCCTGGAAGAAATAATTTCGACTTGACGTTTCTGAGTAAATAGTTTAAAAAAACGCTTC
66 AGGTCCTGGAA-AAATAATTTCGACTTGACGTTTCTGAGTAAATAG-TTAAAAAAATGCTTC
* * * * *
5071 AAGTAGGATGCTTTATGAGAAGAATTTGTGAAATCGCG-CCATCGTGGATGCGCTTTTCCTACAG
1 AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCA-CGTGGACGCACTTTTGCTACAG
* * * * * * *
5135 TAGGTCCTAGAAAAAAGAAATTCAACTTGATGTTTCTGAGCAAATAG-TATAAAAATGCTTC
65 TAGGTCCT-GGAAAAATAATTTCGACTTGACGTTTCTGAGTAAATAGTTAAAAAAATGCTTC
* * *
5196 AAGCAAGATGCTTTATCATAAGAATTTGTGAAATCGTGCCCACGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
1 AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
5261 AGG
66 AGG
5264 GCTGAGGCTA
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 35, Indels: 12
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
125 134 0.48
126 38 0.14
127 102 0.37
128 5 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.22, T:0.30
Consensus pattern (125 bp):
AAGCAGGATGCTTTATCAGAAGAATTTGTGAAATCGCGCCCACGTGGACGCACTTTTGCTACAGT
AGGTCCTGGAAAAATAATTTCGACTTGACGTTTCTGAGTAAATAGTTAAAAAAATGCTTC
Done.