Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_51 ID=scaffold_51-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 56606
ACGTcount: A:0.14, C:0.04, G:0.07, T:0.13
Warning! 34646 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1837 original size:623 final size:624
Alignment explanation
Indices: 5--1967 Score: 3375
Period size: 623 Copynumber: 3.2 Consensus size: 624
1 AAAT
*
5 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATAT
1 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATAT
*
70 TATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
66 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
* * * * *
135 ATTTGGTAAAGGAG-CCAATTTATTATGGGTTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACC
131 ATTAGGTAATGGGGTCC-ATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACC
199 AAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAA
195 AAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAA
* *
264 ATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAGCTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTC
260 ATTGTAAATTTGTAATTAAAAGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTC
** * *
329 TAATTTGGTATTCTGCAAACCGAATAACAGAGGGGAAGCAA-CTTCCGGTCATGGAGTTTTTACA
325 TAATTTACTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAG-AAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACA
* * *
393 TGCATGGTCAAC-AACGAACCGACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGAGTAGCCG
389 TGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCG
** * * *
457 GCTGCTTCATTTTTATGACTATATTTTTCGAGGAAACTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTC
454 GCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTTTCGAGGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTT
522 TCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGC
519 TCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGC
* *
587 TTGCAAATTATTCAATGTTGGGATTAAGTACAAATGGAAAA
584 TTGTAAATTATTAAATGTTGGGATTAAGTACAAATGGAAAA
* *
628 TGAATATTTGGTCGTGCCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATTT
1 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATAT
693 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
66 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
* *
758 ATTAGGTAATGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACGA
131 ATTAGGTAATGGGGTCCATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCA
823 AATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATG-AATTT-A-TTTTTAAGGGAAAAA
196 AATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAA
885 TTGTAAATTTGTAA-TAGAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCT
261 TTGTAAATTTGTAATTA-AAA-GGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCT
*
949 CGAATTTACTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACA
324 CTAATTTACTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACA
* *
1014 TGCATGATCAAAAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATATGTCAGATTAGCCG
389 TGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCG
* *
1079 GCTGCTTCATTTTTACAACTTTATTTTTCGAGGTAAGTTGGCAGTATATAATATATATGTTTGTT
454 GCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTTTCGAGGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTT
* *
1144 TCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTACTGTGAAAATTTCATCGTTTGC
519 TCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGC
*
1209 TTGTAAATTATTAAATGTTGGGATTAAGTAGAAATGGAAAA
584 TTGTAAATTATTAAATGTTGGGATTAAGTACAAATGGAAAA
* * *
1250 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACACTTTTGAAATGAATATAACAGATTGATTT
1 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATAT
* *
1315 TAGGTGTACAGATAATTAATTAATTAAAAATCAGTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
66 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
1380 ATTAGGTAATGGGGTCCATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCA
131 ATTAGGTAATGGGGTCCATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCA
1445 AATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAA
196 AATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAA
* *
1510 TTGTAAATTTTTAATTAAAAGGAAATTAAAA-AAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCT
261 TTGTAAATTTGTAATTAAAAGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCT
*
1574 AATTTTCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATG
326 AATTTACTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATG
* *
1639 CATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCTAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGC
391 CATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGC
* * *
1704 TGCTTCATTTTGACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTC
456 TGCTTCATTTTTACAACTATATTTTTCGAGGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTTTC
*
1769 CTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAGTGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
521 CTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
*
1834 GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAA
586 GTAAATTATTAAATGTTGGGATTAAGTACAAATGGAAAA
*
1873 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATAT
1 TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATAT
1938 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAA
66 TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAA
1968 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1267, Mismatches: 64, Indels: 18
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
619 2 0.00
620 33 0.03
621 110 0.09
622 442 0.35
623 634 0.50
624 13 0.01
625 31 0.02
626 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (624 bp):
TGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATAT
TAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCT
ATTAGGTAATGGGGTCCATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCA
AATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAA
TTGTAAATTTGTAATTAAAAGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCT
AATTTACTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATG
CATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGC
TGCTTCATTTTTACAACTATATTTTTCGAGGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTTTC
CTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
GTAAATTATTAAATGTTGGGATTAAGTACAAATGGAAAA
Found at i:11044 original size:623 final size:624
Alignment explanation
Indices: 9780--11819 Score: 2794
Period size: 623 Copynumber: 3.2 Consensus size: 624
9770 NNNNNNNNNC
* *
9780 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTCCATCCATGATCAACAA
1 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAA
* * *
9845 ACGAACCGACCGGATCTAAACAGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTT
66 ACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTT
* *
9910 ACAACTATATTTTTCGAGGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATG
131 ACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATG
* *
9975 TATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTTCTTGTAAATTATTAA
196 TATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTCTTAA
*
10040 ATGTTAGG-ATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAA
261 ATGTT-GGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGATCTTGTGGTTTCACAA
*
10104 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATTTTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAA
325 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAA
* *
10169 ATTGAAAAAGGCGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAATGGGGGCAATTTATAATGGATTATCAAA
390 ATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAATGGGGCCAATTTATAATGGATTATCAAA
* *
10234 CTAATGGACTTAAATGGTAATTGCACTAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATT-AATG
455 CTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATG
10298 CATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACT
520 CATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACT
*
10363 AAAACG-CAAAAATGTAATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
585 AAAA-GACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
10403 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAA
1 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAA
*
10468 ACGAACCAACCGGATCTAAACCTAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCATT-ATTTT
66 ACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGC-TTCATTTT
*
10532 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATGTAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
130 TACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTAT
*
10597 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAGATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTCTTA
195 GTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTCTTA
10662 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGATCTTGTGGTTTCACAA
260 AATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGATCTTGTGGTTTCACAA
*
10727 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAACTCACTAA
325 TTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAA
* * *
10792 ATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTTGGTAATGGGGTCAATTTATAATGGAATATCAAA
390 ATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAATGGGGCCAATTTATAATGGATTATCAAA
10857 CTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATG
455 CTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATG
10922 CATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACT
520 CATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACT
10987 AAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
585 AAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
*
11027 TGCAAACCGAA-AACAGAGAGAAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCNNNNNNNNNNN
1 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGC-----------
************************************************************
11091 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
55 -----ATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGT
************************
11156 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTG
115 CGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTG
11221 TTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTT
180 TTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTT
*
11286 GCTTGTAAATTCTTAAATGTTGGAATTAAATACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGAT
245 GCTTGTAAATTCTTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGAT
*
11351 CTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATGAGGTGTACAGATAATTAATTA
310 CTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATTAGGTGTACAGATAATTAATTA
* * *
11416 AGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTCGGTAAAGGGGCCAATCTA
375 AGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAATGGGGCCAATTTA
* *
11481 TTATGGGTTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTT
440 TAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTT
11546 TTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGG
505 TTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGG
11611 AAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
570 AAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
*
11666 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAAGAA
1 TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAA
* * * *
11731 ACGAACCAAACGAATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATATATCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTT
66 ACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTT
11796 ACAACTATATTTGTCGAGGTAAGT
131 ACAACTATATTTGTCGAGGTAAGT
11820 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 203, Indels: 43
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
622 2 0.00
623 529 0.44
624 135 0.11
639 485 0.41
640 41 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (624 bp):
TGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAA
ACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTT
ACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATG
TATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTCTTAA
ATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAGATCTTGTGGTTTCACAAT
TTTGAAATGAATGTAACAGATTGATATTAGGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAA
TTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAATGGGGCCAATTTATAATGGATTATCAAAC
TAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC
ATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTA
AAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTT
Found at i:19639 original size:625 final size:625
Alignment explanation
Indices: 18450--19796 Score: 2505
Period size: 625 Copynumber: 2.2 Consensus size: 625
18440 NNNNNNNNGG
18450 TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
1 TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
18515 ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAA
66 ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAA
* *
18580 AATAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCTAATTTGCTATTCTGCAGACCGAATAACAG
131 AACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCTAATTTGCTATTCTGCAAACCGAATAACAG
* ** **
18645 AGAGGAAGAAGCTTCCGATCACGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCGGCCGGATCT
196 AGAAGAAGAAGCTTCCGATCACGGAAATTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCT
* *
18710 AAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAGCTATATTTTTCGA
261 AAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGA
*
18775 GGTAAGTTTGCAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTT
326 GGTAAGTTTACAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTT
18840 AAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTGGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTAC
391 AAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTGGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTAC
18905 CAATGGAAAATGAATATTTGGTTGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAAC
456 CAATGGAAAATGAATATTTGGTTGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAAC
18970 AGATTTATATTATGTGTACAGGTAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAATGGTGCAAA
521 AGATTTATATTATGTGTACAGGTAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAATGGTGCAAA
19035 AATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAACTTATTATGCA
586 AATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAACTTATTATGCA
19075 TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
1 TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
*
19140 ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAGATTTGTAATTAAATGGAAATTAA
66 ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAA
* *
19205 AACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAG
131 AACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCTAATTTGCTATTCTGCAAACCGAATAACAG
* *
19270 AGAAGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAAATTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCT
196 AGAAGAAGAAGCTTCCGATCACGGAAATTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCT
* * *
19335 AAACCTAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTTATTTTTACAACTATATTTGTCGA
261 AAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGA
19400 GGTAAGTTTACAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTT
326 GGTAAGTTTACAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTT
19465 AAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTGGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTAC
391 AAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTGGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTAC
19530 CAATGGAAAATGAATATTTGGTTGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAAC
456 CAATGGAAAATGAATATTTGGTTGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAAC
19595 AGATTTATATTATGTGTACAGGTAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAATGGTGCAAA
521 AGATTTATATTATGTGTACAGGTAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAATGGTGCAAA
*
19660 AATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGCA
586 AATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAACTTATTATGCA
*
19700 TTATTAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
1 TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
19765 ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTTAAGGG
66 ATTAAATGCATGAAATTTGA-TTTTTTAAGGG
19797 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 20, Indels: 1
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
625 690 0.98
626 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.18, T:0.35
Consensus pattern (625 bp):
TTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTG
ATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAA
AACAAACTAAAAGACAAAAATGTTACCATCTCCTCTAATTTGCTATTCTGCAAACCGAATAACAG
AGAAGAAGAAGCTTCCGATCACGGAAATTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCT
AAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGA
GGTAAGTTTACAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTT
AAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTGGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTAC
CAATGGAAAATGAATATTTGGTTGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAAC
AGATTTATATTATGTGTACAGGTAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAATGGTGCAAA
AATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAACTTATTATGCA
Done.