Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_604 ID=scaffold_604-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 6051
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.14, T:0.29
Warning! 724 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5470 original size:7 final size:7
Alignment explanation
Indices: 5460--5505 Score: 56
Period size: 7 Copynumber: 6.0 Consensus size: 7
5450 TGGTATATTT
5460 TTATGTA
1 TTATGTA
5467 TTATGTAA
1 TTATGT-A
5475 GTTATGTAA
1 -TTATGT-A
5484 GTTATGTA
1 -TTATGTA
5492 TTATGTA
1 TTATGTA
5499 TTATGTA
1 TTATGTA
5506 AGTACTGTAA
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 0, Indels: 4
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
7 20 0.54
8 2 0.05
9 15 0.41
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.17, T:0.52
Consensus pattern (7 bp):
TTATGTA
Found at i:5481 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 5467--5729 Score: 302
Period size: 9 Copynumber: 29.6 Consensus size: 9
5457 TTTTTATGTA
5467 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5476 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5485 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
5492 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
5499 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5508 -TACTGTAAG
1 TTA-TGTAAG
*
5517 TAATGTAAG
1 TTATGTAAG
5526 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
5535 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
*
5544 TTATGTAGG
1 TTATGTAAG
5553 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* * * *
5562 TCCACGGAAT
1 T-TATGTAAG
5572 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5581 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* **
5590 TTATTTATT
1 TTATGTAAG
5599 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
5608 CTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
5617 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
*
5626 TTATGTAGG
1 TTATGTAAG
5635 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5644 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
* *
5653 TTATTTAAT
1 TTATGTAAG
*
5662 TTATGTAGG
1 TTATGTAAG
5671 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5680 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5689 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5698 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
5707 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
5716 TTATTTAAG
1 TTATGTAAG
5725 TTATG
1 TTATG
5730 AAAGACCGGT
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 38, Indels: 10
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
7 13 0.06
8 4 0.02
9 188 0.89
10 6 0.03
ACGTcount: A:0.32, C:0.02, G:0.19, T:0.47
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:5793 original size:26 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5757--5830 Score: 87
Period size: 26 Copynumber: 2.9 Consensus size: 25
5747 TTAATTCTTT
5757 AAGAATTATGTAACTGCTGTATTATG
1 AAGAATTATGTAACTG-TGTATTATG
** *
5783 AAGAATTATGTTAGTTATGTATTATG
1 AAGAATTATG-TAACTGTGTATTATG
5809 AA-AATTATGTAAGCTGTGTATT
1 AAGAATTATGTAA-CTGTGTATT
5831 GTATAAGTTA
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 6, Indels: 5
0.78 0.12 0.10
Matches are distributed among these distances:
24 2 0.05
25 14 0.35
26 21 0.52
27 3 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.04, G:0.19, T:0.42
Consensus pattern (25 bp):
AAGAATTATGTAACTGTGTATTATG
Found at i:5828 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5760--5898 Score: 145
Period size: 25 Copynumber: 5.5 Consensus size: 25
5750 ATTCTTTAAG
* **
5760 AATTATGTAACTGCTGTATTATGAA
1 AATTATGTAAGTTATGTATTATGAA
*
5785 GAATTATGTTAGTTATGTATTATGAA
1 -AATTATGTAAGTTATGTATTATGAA
* * *
5811 AATTATGTAAGCTGTGTATTGT-ATA
1 AATTATGTAAGTTATGTATTATGA-A
* * *
5836 AGTTATGTAAGTTTTATATTATGAA
1 AATTATGTAAGTTATGTATTATGAA
**
5861 AATTAAATAAGTTATGTATTATGAA
1 AATTATGTAAGTTATGTATTATGAA
5886 AATTATGTAAGTT
1 AATTATGTAAGTT
5899 CCAATATTAT
Statistics
Matches: 91, Mismatches: 20, Indels: 5
0.78 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 1 0.01
25 68 0.75
26 22 0.24
ACGTcount: A:0.37, C:0.02, G:0.17, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
AATTATGTAAGTTATGTATTATGAA
Found at i:6023 original size:41 final size:41
Alignment explanation
Indices: 5867--6049 Score: 195
Period size: 41 Copynumber: 4.4 Consensus size: 41
5857 TGAAAATTAA
*
5867 ATAAGTTATGTATTATGAAAATTATGTAAGTTCCAATATTAT
1 ATAAGTTATGTATTATGAAAATTATGTAAGTT-CAATATTGT
* * * * * ***
5909 GTAAGCTATGTATTATGAAATTTAAGTAAGCTGTGTATTGT
1 ATAAGTTATGTATTATGAAAATTATGTAAGTTCAATATTGT
*
5950 ATAAGTTATGTAGGTTATGAAAATTATGTAAGTTCAATATCGT
1 ATAAGTTATGTA--TTATGAAAATTATGTAAGTTCAATATTGT
* * * *
5993 TTAAGTTATGTACTATGAAAATTAGGTAAGTTCAATATTAT
1 ATAAGTTATGTATTATGAAAATTATGTAAGTTCAATATTGT
* *
6034 GTAAGTTGTGTATTAT
1 ATAAGTTATGTATTAT
6050 AA
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 26, Indels: 5
0.78 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 53 0.47
42 27 0.24
43 33 0.29
ACGTcount: A:0.36, C:0.04, G:0.17, T:0.42
Consensus pattern (41 bp):
ATAAGTTATGTATTATGAAAATTATGTAAGTTCAATATTGT
Done.