Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_60 ID=scaffold_60-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 43595
ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.08, T:0.15
Warning! 24969 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:5688 original size:623 final size:624
Alignment explanation
Indices: 1918--5704 Score: 5337
Period size: 622 Copynumber: 6.0 Consensus size: 624
1908 NNNNNNNNNN
* * *
1918 ATCTAAA-CAGGGAAAACCTAATGTGTCGGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATTTTTG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
*
1982 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTT
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
* * *
2047 AGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCCTGGAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
* * *
2112 GTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGGAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATG
196 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
*
2177 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAGTCACTAAATAGAAAAAGGTGC
261 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
*
2242 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
326 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
* * * *
2307 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGGTAGTTTTGGGTGATTCAATGCATGAAATTTGATT
391 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
* * *
2372 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTCAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGTCAAAAATT
456 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
2437 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATATTT-CAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCA
521 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTAT-TTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCA
* * *
2501 TGGAGTTTTTACATGTATGATCAACAAACGAACCAACCGG
585 TGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
* * * * * * *
2541 ATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCAGCTCCTTCATTTTTATAACAATATTTG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
*
2606 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTT
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
*
2671 AGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
* *
2736 GTACAAATGGGAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATG
196 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
* * * * *
2801 TAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCAAAAATCACTATATTGAAAAAGGTGC
261 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
*
2866 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAATGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
326 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
* ** *
2931 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGTGTGGATGGTTTTGGGTG-TCGAACGCATGAAATTTGATT
391 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
2995 TTTT-AGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
456 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
* *
3059 TTATCATCTCCTCTAATTTTCTATTTTGTAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
521 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
*
3124 GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCTAACAG
586 GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
* *
3163 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAAATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTACATTTG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
* *
3228 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATAACAATTGTA
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
* * *
3293 AGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTTCTTCTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
* *********************
3358 GTAGAAATGGAAAATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 GTACAAATGGAAAAT-----------------------------GAATATTTGGTCGTGGCAAAT
************************************************** * ** *
3423 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGATTTATATTATGT
232 CTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATA-ATTA-AT
* * * * * *
3488 GTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTGCAAAAATTGATTTCTATTAG
295 -T--AAGTAA--AAATCACTAAAT-------A---GAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAG
*
3553 GTAAATGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGA
345 GTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGA
* *
3618 ACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATCAAATTTGATTTTTTCAGGGAAAAATTGTA
410 ACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATTGTA
*
3683 AATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGGCAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTT
475 AATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTT
* *
3748 TCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATAA
540 GCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGA
*
3813 TCAGCAAACGAACCAAACAG
605 TCAACAAACGAACCAAACAG
* * *
3833 ATCTAAACCGGGGAAAATCTAATGTGTCAGATTTGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTCG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
*
3898 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATTTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
*
3963 ACTTAAATTATAATTAATGTG-AAATTTCATTGGTTGCTTGTAAATTATTAAATGTT-GAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
* * *
4026 GTACAGATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAAAGAATG
196 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
* * *
4091 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTCAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGATGC
261 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
*
4156 AAAAATTGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
326 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
* *
4221 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGAGATTAAATGCATGAAATTCGATT
391 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
4286 TTTTAAGGGAAAAA-TGTTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAAT
456 TTTTAAGGGAAAAATTG-TAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAAT
* *
4350 GTTATCGTCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCA
520 GTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCA
4415 TGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
585 TGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
4455 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
* * *
4520 TCGAGGTTAGTTTGGAGTATATAATATATATGTTTCTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
*
4585 ACTTAAATTATAATTAATGTG-AAATTTCATTTTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
*
4649 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCCTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
196 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
*
4714 TAACATATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAAT-ACTAAATAGAAAAAGGTGC
261 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
* *
4778 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACAAATGGACTTAAA
326 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
* * *
4843 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTCGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
391 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
* *
4908 TTTT-AGGGAAAAATTTTAAATTTGTAATTAAATGGAGATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
456 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
4972 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
521 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
*
5037 GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAATCAAACAG
586 GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
* * ** * *
5076 ATCGAAACCAGGGAAATGCTAATGTGTCATATTTGTTGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
1 ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
*
5141 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTCTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
66 TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
*
5206 ACTTAAATTATTATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
131 ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
*
5271 GTACAAACGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
196 GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
* *
5336 TAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGAAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
261 TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
* * *
5401 AAAAATAGATTTGTATTAGGTAAAGGGGTCATTTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
326 AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
*
5466 TGGTAAATGCACCAAATGAAGTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
391 TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
5531 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
456 TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
* * *
5596 TTATCATCTCCACTAATTTGCTATTCTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCTGTCAT
521 TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
* *
5661 GGAGTTTTTACATGCAT-ATCAACAAACGAACCAACCGG
586 GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
5699 ATCTAA
1 ATCTAA
5705 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2790, Mismatches: 318, Indels: 112
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
621 304 0.11
622 1108 0.40
623 309 0.11
624 536 0.19
632 8 0.00
634 4 0.00
636 1 0.00
637 1 0.00
638 4 0.00
639 4 0.00
651 4 0.00
652 3 0.00
653 1 0.00
654 1 0.00
656 4 0.00
658 7 0.00
668 137 0.05
669 53 0.02
670 301 0.11
ACGTcount: A:0.36, C:0.10, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (624 bp):
ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTG
TCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTT
ACTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAA
GTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATG
TAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGC
AAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAA
TGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATT
TTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATG
TTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCAT
GGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAG
Found at i:18751 original size:625 final size:624
Alignment explanation
Indices: 16422--22854 Score: 7236
Period size: 624 Copynumber: 10.3 Consensus size: 624
16412 NNNNNNNNNN
* *
16422 AGCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTGACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
16487 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTAGGATTATGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
16552 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAATTGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*
16617 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTC
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* * *
16682 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGCAAAAATATATTTGTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
*
16747 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
* * * *
16812 TGAACTTAGAGTGGAAGGTTTTGGGTGACTAAATGCATGACATTTGATTTTTTATGGGAAAAATT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
* *
16877 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAACTAAAACAAACTAAAAGGCAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
* * * *
16942 CTTGCTATTTTGCAAACAGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGACATGGAGCTTTTTCATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
*
17007 TGATCGACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
* * *
17046 ATCTAATGTGTCAGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTTGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
17111 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAAATA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
17176 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*
17241 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTA
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* *
17306 TGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAATAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
*
17371 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACTAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
*
17436 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATATTTTAAGGGAAAAATT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
* *
17501 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAATAAGGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
*
17566 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
*** *
17631 TGATCAACAAACGAACCAAAAAGATCTAAACCGGGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
* * * *
17670 AACAAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTGACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
17735 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTATTAGTTAAATCATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
17800 ATGTGAAAATTTCATTATTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*
17865 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTA
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* * *****************
17930 TGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAATAGGTGNNNNNNNNNNNNNNNNN
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
*****************************************************************
17995 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
****************************** * * **
18060 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAAGCAATTGGAGA--CCATATTTTTAAGGG-AA
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGC-A-T-GAAATTTGAT-TTTTTAAGGGAAA
*
18122 AATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAACGACAAAAATGTTATCATCTCCT
452 AATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCT
*
18187 CTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTTATGGAGTTTTTTCA
517 CTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCA
* *
18252 TGTATGATCAACAAACGAACTAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
582 TGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
*
18295 AGCTGATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
*
18360 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATCATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
18425 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
* *
18490 AGTATTTGGTCATGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* *
18555 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTGCAAAAATATATTTCTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
* * *
18620 TAGGTAAAGGGGTGAATTTATAATGGATTGTCAAACTAATTGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
* * *
18685 TGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATAAAATTTGATTTTTTTGAGGGAAAAAT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA-TTTTTTAAGGGAAAAAT
** * *
18750 TGTAAATTTGTAAACAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAAGGTTATCATATCCTCTA
455 TGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTA
* **
18815 ATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGGGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTGACATGC
520 ATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGC
* * * * *
18880 ATGATCAAGAAACTAACCAAACAGATCTAAA-CAAGGGAAA
585 ATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGA-GGAAA
* *
18920 AGCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTGACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
18985 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTAGGATTATGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
19050 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAATTGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*
19115 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTC
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* * *
19180 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGCAAAAATATATTTGTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
*
19245 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
* *
19310 TGAACTTAGAGTGGAAGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTATGGGAAAAATT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
* *
19375 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAACTAAAACAAACTAAAAGGCAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
* * *
19440 TTTGCTATTTTACAAACAGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGACATGGAGTTTTTTCATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
*
19505 TGATCGACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
* * ** **** * *
19544 AGCTAATGTGTCAGATTAG-CAG-TGGGTGGAGGCCCGTGCAACTATATTTGTTGAGGTAAGTTT
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCT-GCTTCA--TTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTT
*
19607 GTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAA
63 GTAGTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAA
*
19672 ATAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAA
128 TTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAA
* *
19737 ATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACATATTTATA
193 ATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATA
* * *
19802 TTACGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAATAGGTGCAAAAATAGATTTC
258 TTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTC
*
19867 TATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACT
323 TATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACC
*
19932 AAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATATTTTAAGGGAAAA
388 AAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAA
19997 ATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTC
453 ATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTC
20062 TAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCAT
518 TAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCAT
*
20127 GCATGATCAACAAACGAACTAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
583 GCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
*
20169 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTGCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
20234 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTATTAGTTAAATCATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
20299 ATGTGAAAATTTCATTATTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
* *
20364 AATATTTGGTCATGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAATAGATTTATATTA
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* *
20429 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAGTCACTAAATAGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
* * * *
20494 TAGTTAAAGGGGTGAATTTATAATGGATTGTCAAACTAATTGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
* *
20559 TGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATAAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
*
20624 GTAAATTTGTAAATAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
* **
20689 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGGGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTGACATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
* * * ** *
20754 TGATCAAGAAATGAACCAAACATATCTAAA-CAAGGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGA-GGAAA
* *
20793 AGCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCTTTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
*
20858 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATACTTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
**********************
20923 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTG--AA--ATTAAATGTTGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*****************************************************************
20984 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
*****************************************************************
21049 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
*****************************************************************
21114 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
*****************************************************************
21179 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
*************************
21244 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
*
21309 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
*** * * *
21374 TGATCAACAAACGAACCAAAAAGATATAAACAGGGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
* * *
21413 AGCTAATGTGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTGACAACTATACTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
21478 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTAGGATTATGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
21543 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAATTGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
* * *
21608 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCAAAATTTAGAAATGAATGTAACAGATTTATATTC
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* * *
21673 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTGCAAAAATATATTTGTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
* *
21738 TAGGTAATGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
* *
21803 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAAATTGATTTTTTAAGGGAAAAATC
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
* *
21868 ATAAATTTCTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
21933 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
* *
21998 TGATCGACAAACAAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
22037 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* * *
22102 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTACGATTATGTATATCAATTGTTACTTAAATTACAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
*
22167 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACGAATGGAAAATG
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
*
22232 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTA
196 AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
* *
22297 TGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGGGCAAAAATAGATTTCTAT
261 TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
* *
22362 AAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACGAAA
326 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
*
22427 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAAAGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
391 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
*
22492 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAACGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
456 GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
*
22557 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGACATGGAGTTTTTTCATGCA
521 TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
*
22622 TGATCGACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
586 TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
*
22661 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTACATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
1 AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
* *
22726 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCGTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
66 GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
22791 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAAT
131 ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAAT
22855 ATGGATTTGG
Statistics
Matches: 4663, Mismatches: 1125, Indels: 42
0.80 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
620 294 0.06
622 7 0.00
623 8 0.00
624 2712 0.58
625 1622 0.35
626 16 0.00
627 4 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.17, T:0.32
Consensus pattern (624 bp):
AGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTA
GTATATAATATATATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTA
ATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATG
AATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTA
TGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTAT
TAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAA
TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
GTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
TTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTTCATGCA
TGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAA
Found at i:35332 original size:624 final size:624
Alignment explanation
Indices: 34109--35666 Score: 2690
Period size: 624 Copynumber: 2.5 Consensus size: 624
34099 NNNNNNNNNN
* * ** *
34109 AGTAGAAATGGAAAATGAATAATTGGGGACGTGAAAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAGTGA
1 AGTAGAAATGGAAAATGAAT-ATT-TGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGA
* *
34174 ATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATGAATTAAGGAAAAATCACTAACTTGAAAAAGG
64 ATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGG
*
34239 TGCAAAAAT-TGATTTCTATTAGGTAAATGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACT
129 TGCAAAAATAT-ATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACT
* * *
34303 TAAATGGTAAATGCACCAAATGAATTTAGGGTGGATGGTTTTGGGAGATTAAATGCATCAAATTT
193 TAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTT
* *
34368 GATTTTTTCAGGGAAAAATTGTAAAATTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAA
258 GATTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAA
34433 AATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGA
323 AATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGA
* * *
34498 TCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGGGGAAAAGCTAA
388 TCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGGGGAAAACCTAA
34563 TGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATAT
453 TGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATAT
* *
34628 AAAATATATGTTTGGTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGA
518 AAAATATATGTTTCGTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTAATGTGA
34693 AAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTA
583 AAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTA
34735 AGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAAT
1 AGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAAT
34800 GTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTG
66 GTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTG
* * *
34865 CAAAAATATATTTCTATTAGGTAAAGGGGTGAATTTATAATGGATTGTCAAACTAATTGACTTAA
131 CAAAAATATATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAA
34930 ATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTGAAA-GCATGAAATTTGA
196 ATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATT-AAATGCATGAAATTTGA
*
34994 TTTTATAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAA
260 TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAA
35059 TGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATC
325 TGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATC
35124 ATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGGGGAAAACCTAATG
390 ATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGGGGAAAACCTAATG
* * * *
35189 TGTCAGATTTGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTTAGTTTGTCGTATATAA
455 TGTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAA
* * * *
35254 TATATATGTTTCTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTACTTAAATTATTATTAATGTGAAA
520 AATATATGTTTCGTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTAATGTGAAA
35319 ATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTA
585 ATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTA
* *
35359 AGTACAAACGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAAT
1 AGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAAT
* * * *
35424 GTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATAGAAAAAGGTA
66 GTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTG
* * *
35489 CAAAAATAGATTTCTATTGGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTT-A
131 CAAAAATATATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAA
35553 ATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA
196 ATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGAT-GGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGA
35618 TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTTGTAATTAAATGGAAATTAAAAC
260 TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAA-TTTGTAATTAAATGGAAATTAAAAC
35667 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 884, Mismatches: 43, Indels: 11
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
623 37 0.04
624 795 0.90
625 32 0.04
626 20 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (624 bp):
AGTAGAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAAT
GTAACAGATTTATATTATGTGTACAAATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAACTTGAAAAAGGTG
CAAAAATATATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAA
ATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGAT
TTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAAT
GTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCA
TGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGT
GTCAGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAA
ATATATGTTTCGTTCCTTATGATTACGTATATCAATTGTTACTTAAATTATAATTAATGTGAAAA
TTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTA
Done.