Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_619 ID=scaffold_619-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5287
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.13, T:0.33
Warning! 107 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1277 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 1238--1665 Score: 244
Period size: 9 Copynumber: 49.0 Consensus size: 9
1228 TAAGTATTAA
*
1238 GTAAATTAT
1 GTAAGTTAT
1247 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1256 GTACGTGTA-
1 GTAAGT-TAT
1265 -TAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1273 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1282 GT-A-TTAA
1 GTAAGTTAT
*
1289 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
1298 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
1307 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1314 GTAACTTAT
1 GTAAGTTAT
1323 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
** **
1332 CAAAGAAAT
1 GTAAGTTAT
*
1341 GTATGTTAT
1 GTAAGTTAT
1350 GTAAG-T-T
1 GTAAGTTAT
1357 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1366 -TATGTATTAT
1 GTAAG--TTAT
1376 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1385 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
1394 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1403 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
* *
1410 GCAGGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1419 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
1428 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
1437 TTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1446 GTAAGTTTT
1 GTAAGTTAT
1455 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
1462 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1471 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* *
1480 GTACGCTAT
1 GTAAGTTAT
1489 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
1496 GTAAGTTGTTAT
1 GTAA---GTTAT
*
1508 GTTA-TTAT
1 GTAAGTTAT
1516 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
* *
1525 GTATGCTAT
1 GTAAGTTAT
*
1534 GT-A-CTAT
1 GTAAGTTAT
1541 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
1548 GTAAGTTGTTAT
1 GTAA---GTTAT
1560 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1567 GTAGGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1576 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
1585 GTAAGCTAT
1 GTAAGTTAT
1594 GT-A-TTAT
1 GTAAGTTAT
*
1601 GTAAGTTGT
1 GTAAGTTAT
*
1610 -TATGTTAT
1 GTAAGTTAT
*
1618 -TATG-TAT
1 GTAAGTTAT
1625 GTAAGTTATAT
1 GTAAG-T-TAT
*
1636 ATAAGTTTATAT
1 GTAAG--T-TAT
*
1648 ATAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1657 GTAAGTTAT
1 GTAAGTTAT
1666 TATGTAAATT
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 58, Indels: 72
0.71 0.13 0.16
Matches are distributed among these distances:
7 59 0.18
8 40 0.12
9 184 0.57
10 7 0.02
11 11 0.03
12 24 0.07
ACGTcount: A:0.31, C:0.03, G:0.21, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
GTAAGTTAT
Found at i:1299 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1231--1331 Score: 100
Period size: 25 Copynumber: 4.0 Consensus size: 25
1221 CATAATTTAA
**
1231 GTATTAAGTAAATTATGTAAGTTAT
1 GTATTAAGTAAGCTATGTAAGTTAT
*
1256 GTACGTGT-A-TAAGTTATGTAAGTTAT
1 GTA--T-TAAGTAAGCTATGTAAGTTAT
*
1282 GTATTAAGTAAGCTATGTAAGTTGT
1 GTATTAAGTAAGCTATGTAAGTTAT
*
1307 GTATTATGTAA-CTTATGTAAGTTAT
1 GTATTAAGTAAGC-TATGTAAGTTAT
1332 CAAAGAAATG
Statistics
Matches: 65, Mismatches: 5, Indels: 12
0.79 0.06 0.15
Matches are distributed among these distances:
23 1 0.02
24 3 0.05
25 39 0.60
26 19 0.29
27 2 0.03
28 1 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.03, G:0.20, T:0.44
Consensus pattern (25 bp):
GTATTAAGTAAGCTATGTAAGTTAT
Found at i:1370 original size:19 final size:19
Alignment explanation
Indices: 1346--1384 Score: 53
Period size: 19 Copynumber: 2.1 Consensus size: 19
1336 GAAATGTATG
1346 TTATGTAAGT-TGTAAGTTA
1 TTATGT-AGTATGTAAGTTA
*
1365 TTATGTATTATGTAAGTTA
1 TTATGTAGTATGTAAGTTA
1384 T
1 T
1385 GTAAGTTGTG
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 2 0.11
19 16 0.89
ACGTcount: A:0.31, C:0.00, G:0.18, T:0.51
Consensus pattern (19 bp):
TTATGTAGTATGTAAGTTA
Found at i:1408 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 1339--1589 Score: 159
Period size: 34 Copynumber: 7.5 Consensus size: 34
1329 TATCAAAGAA
* *
1339 ATGTATGTTATGTAAGTTGTAAGTTA-TTATGTATT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGT--GTAAGTTATGTATT
1374 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATT
* * * *
1408 ATGCAGGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATTTAAGTT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGT-A-TT
* *
1444 ATGTAAGTTTTGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGT-A-TT
* * *
1478 ATGTACGCTATGT-A-TTATGTAAG-T-TG--TT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATT
* * * * *
1506 ATGTTA-TTATGTAAGTTATGTATGCTATGTACT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATT
*
1539 ATGT-A-TTATGTAAGTTGT-TATGTATTATGTAGGTT
1 ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAG--TTATGTA--TT
*
1574 ATGTAAGTTGTGTAAG
1 ATGTAAGTTATGTAAG
1590 CTATGTATTA
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 24, Indels: 28
0.77 0.10 0.12
Matches are distributed among these distances:
27 5 0.03
28 7 0.04
29 8 0.05
30 1 0.01
31 6 0.03
32 15 0.08
33 15 0.08
34 73 0.41
35 26 0.15
36 13 0.07
37 8 0.05
ACGTcount: A:0.28, C:0.02, G:0.22, T:0.47
Consensus pattern (34 bp):
ATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATT
Found at i:1421 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 1372--1587 Score: 123
Period size: 25 Copynumber: 8.6 Consensus size: 25
1362 TTATTATGTA
*
1372 TTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAG
*
1399 TTATGT-A-TTATGCAGGTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGTA--TTATGTAAG
* * *
1424 TTGTGTAAGCTATTTAAGTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAG
*
1451 TTTTGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAG
* *
1476 TTATGTACGCTATGTATTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAG
1501 ---T-T--GTTATGTTATTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATG-TATTATGTAAG
* * *
1521 TTATGTATGCTATGTACTATGT-A-
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAG
*
1544 TTATGTAAGTTGTTATGTATTATGTAGG
1 TTATGTAA---GTTATGTATTATGTAAG
*
1572 TTATGTAAGTTGTGTA
1 TTATGTAAGTTATGTA
1588 AGCTATGTAT
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 20, Indels: 38
0.72 0.10 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 5 0.03
20 11 0.07
21 1 0.01
22 1 0.01
23 8 0.05
24 3 0.02
25 63 0.42
26 21 0.14
27 29 0.19
28 9 0.06
ACGTcount: A:0.27, C:0.03, G:0.22, T:0.48
Consensus pattern (25 bp):
TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAG
Found at i:1449 original size:52 final size:50
Alignment explanation
Indices: 1242--1605 Score: 138
Period size: 52 Copynumber: 6.9 Consensus size: 50
1232 TATTAAGTAA
* * * * *
1242 ATTATGTAAGTTATGTACGTGTATAAGTTATGTAAGTTATGT-A-TTAAGT
1 ATTATGTAAGTTATGTA-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTATGT
* * * *
1291 AAGCTATGTAAGTTGTGTATTATGTAACTTATGTAAGTTATCAAAGAAATG-TATGTT
1 -A-TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTAT----GTAA-GCTATG-T
* *
1348 ATGTAAGTTGTAAGTTATTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGT
1 AT-T-A--TGTAAG---TTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTATGT
* * * * * * *
1405 ATTATGCAGGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATTTAAGTTATGTAAGTTTTGT
1 ATTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTATGT
* * *
1457 ATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTACGCTATGT-A-TTATGTAAGTTGTTATGTT
1 ATTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAA---GCTATG-T
* *
1511 ATTATGTAAGTTATGTATGCTATGT-A-CTATGT-A-TTATGTAAGTTGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGTAT--TATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAA---GCTATGT
* * *
1562 ATTATGTAGGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATGT-A-TTATGTAAG
1 ATTATGTAAGTTATGT-A-TTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAG
1606 TTGTTATGTT
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 29, Indels: 58
0.75 0.08 0.17
Matches are distributed among these distances:
50 34 0.13
51 36 0.14
52 84 0.33
53 26 0.10
54 23 0.09
55 2 0.01
56 6 0.02
57 6 0.02
58 7 0.03
59 6 0.02
62 26 0.10
ACGTcount: A:0.30, C:0.03, G:0.21, T:0.46
Consensus pattern (50 bp):
ATTATGTAAGTTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTAAGCTATGT
Found at i:1560 original size:19 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1538--1623 Score: 77
Period size: 19 Copynumber: 4.8 Consensus size: 17
1528 TGCTATGTAC
1538 TATGTATTATGTAAGTTGT
1 TATGTATTATGTAAG--GT
1557 TATGTATTATGT-AGGT
1 TATGTATTATGTAAGGT
* *
1573 TATGTAAGTTGTGTAA-GC
1 TATGT-A-TTATGTAAGGT
1591 TATGTATTATGTAAGTTGT
1 TATGTATTATGTAAG--GT
1610 TATGTTATTATGTA
1 TATG-TATTATGTA
1624 TGTAAGTTAT
Statistics
Matches: 56, Mismatches: 4, Indels: 13
0.77 0.05 0.18
Matches are distributed among these distances:
16 14 0.25
17 2 0.04
18 13 0.23
19 18 0.32
20 9 0.16
ACGTcount: A:0.27, C:0.01, G:0.22, T:0.50
Consensus pattern (17 bp):
TATGTATTATGTAAGGT
Found at i:1717 original size:191 final size:190
Alignment explanation
Indices: 1356--1720 Score: 411
Period size: 191 Copynumber: 1.9 Consensus size: 190
1346 TTATGTAAGT
* *
1356 TGTAAGTTATTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGTTATGTATTATGCAGGTTATGT
1 TGTAAGTTATTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATGTATTATGCAAGTTATGT
* * * * **
1421 AAGTTGTGTAAGCTATTTAAGTTATGTAAGTTTTGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTATGTACGC
66 AAGTTATGTAAGCTATGTAAGTTATATAAG-TTTGTATTATATAAGTTATGTAAGTTATGTAAAC
* * *
1486 TATGTATTATGTAAGTTGTTATGTTATTATGTAAGTTATGTATGCTATGTACTATGTATTA
130 TATGTATTATGTAAGTTGTTATATAATTATATAAGTTATGTATGCTATGTACTATGTATTA
* * * *
1547 TGTAAGTTGTTATGTATTATGTAGGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATGTATTATGTAAGTTGT-T
1 TGTAAGTTATTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATGTATTATGCAAGTTATGT
* *
1611 ATGTTAT-TATG-TATGTAAGTTATATATAAG-TT-TA-TATATAAGTTATGTAAGTTATTATGT
66 AAGTTATGTAAGCTATGTAAG-T-TATATAAGTTTGTATTATATAAGTTATGTAAG---TTATGT
* * * *
1671 AAATTATGTGTTGTGTAAGTT-TATATATAAATTTATATATGTTATGTATG
126 AAACTATGTATTATGTAAGTTGT-TATAT-AA-TTATATAAGTTATGTATG
1721 TAAATTATGA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 21, Indels: 16
0.80 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
186 16 0.11
187 2 0.01
188 10 0.07
189 30 0.21
190 14 0.10
191 73 0.50
ACGTcount: A:0.30, C:0.02, G:0.20, T:0.48
Consensus pattern (190 bp):
TGTAAGTTATTATGTATTATGTAAGTTATGTAAGTTGTGTAAGCTATGTATTATGCAAGTTATGT
AAGTTATGTAAGCTATGTAAGTTATATAAGTTTGTATTATATAAGTTATGTAAGTTATGTAAACT
ATGTATTATGTAAGTTGTTATATAATTATATAAGTTATGTATGCTATGTACTATGTATTA
Found at i:1776 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 1750--1803 Score: 67
Period size: 21 Copynumber: 2.5 Consensus size: 22
1740 CAAATTTTTC
* *
1750 AAATATATATAAAATTTTA-AT
1 AAATATATATAAAACTGTATAT
1771 AAATATAT-TAAAACTGTATAT
1 AAATATATATAAAACTGTATAT
1792 AAATAATATATA
1 AAAT-ATATATA
1804 TATCAAAGAT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 4
0.82 0.06 0.12
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.29
21 14 0.50
22 4 0.14
23 2 0.07
ACGTcount: A:0.57, C:0.02, G:0.02, T:0.39
Consensus pattern (22 bp):
AAATATATATAAAACTGTATAT
Found at i:4416 original size:27 final size:27
Alignment explanation
Indices: 4384--4435 Score: 79
Period size: 27 Copynumber: 1.9 Consensus size: 27
4374 TCTTACATTT
*
4384 AAAT-AATTAATTACCTATTTATTTAAC
1 AAATAAATT-ATTACCTACTTATTTAAC
4411 AAATAAATTATTACCTACTTATTTA
1 AAATAAATTATTACCTACTTATTTA
4436 TTTGTTTGTT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
27 19 0.83
28 4 0.17
ACGTcount: A:0.44, C:0.12, G:0.00, T:0.44
Consensus pattern (27 bp):
AAATAAATTATTACCTACTTATTTAAC
Done.