Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_63 ID=scaffold_63-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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ACGTcount: A:0.16, C:0.04, G:0.09, T:0.15
Warning! 23037 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:973 original size:515 final size:516
Alignment explanation
Indices: 1--975 Score: 1648
Period size: 515 Copynumber: 1.9 Consensus size: 516
* * *
1 TAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAA
1 TAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAACAATGGAAAGTGATTAAGGTTATAAA
* * * *
66 TAGGAAAAAAGGGATTCGTGATTAGAGGTTTATTCGATGGTTGAGATCCAGTACAAATTACGGAT
66 CAGGAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTACGGAT
* * *
131 TCTCGACAGCTCGAGTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTTTGATGATTAGTCCCTGAA
131 TCTCGACAGCTCGACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTACCTGAA
*
196 ACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTCTCGTATTATATTTG
196 ACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTCTCGTATGATATTTG
* *
261 AATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAAT
261 AATTCTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAAT
* *
326 GGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAACAGATTCATGACATTGAATGGATGT
326 GGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAACAGATTCATGACATTGAATGGATGT
* *
391 GGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTGTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACT
391 GGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTCGCAAATTTAAAATGTATAGAGACT
456 TGTTAGTCAAAATTACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATCCGAAATTGG
456 TGTTAGTCAAAATTACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATCCGAAATTGG
*
517 TAAAAGAACCTGCATGAATTTATCAAATGGTTTAGATAACAATGGAAAGTGATTAAGGTTATAAA
1 TAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAACAATGGAAAGTGATTAAGGTTATAAA
* **
582 CAGG-AAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGAT
66 CAGGAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTACGGAT
*
646 TCTCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTACCTGAA
131 TCTCGACAGCTCGACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTACCTGAA
** * * *
711 A-TGTTCTAGTTGCCTTTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCCTTTTCGTATGATATTT
196 ACT-TTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTCTCGTATGATATTT
*
775 TAATTCTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAA
260 GAATTCTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAA
* *
840 TGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATG
325 TGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAACAGATTCATGACATTGAATGGATG
*
905 TGGGAGTGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTCGCAAATTTAAAATGTATAGAGAC
390 TGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTCGCAAATTTAAAATGTATAGAGAC
970 TTGTTA
455 TTGTTA
976 TGGTTGAGAT
Statistics
Matches: 427, Mismatches: 31, Indels: 3
0.93 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
514 1 0.00
515 362 0.85
516 64 0.15
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.21, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
TAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAACAATGGAAAGTGATTAAGGTTATAAA
CAGGAAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTACGGAT
TCTCGACAGCTCGACTAAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTACCTGAA
ACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAAGTTCATAAGGAAGTTACTGCATTCTCGTATGATATTTG
AATTCTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAAT
GGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAACAGATTCATGACATTGAATGGATGT
GGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTCGCAAATTTAAAATGTATAGAGACT
TGTTAGTCAAAATTACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATCCGAAATTGG
Found at i:3957 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 2976--4031 Score: 1826
Period size: 516 Copynumber: 2.0 Consensus size: 516
2966 NNNNNNNNAG
*
2976 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTTGATGG
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
*
3041 TTGAGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGATAGCTCGACTGAGCAGTATCGGACCATTAGATAG
66 TTGAGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGACCATTAGATAG
* *
3106 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAG
131 CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAC
* * * **
3171 TTACTGCATTTTCGTATTTTATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTA
196 TTACTGCATTTACGCATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTACA
*
3236 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGCATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGGTAAATATGAA
261 GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGCATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAA
* *
3301 GAGATTCATGACATTCAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGT
326 GAGATTCAAGACATTCAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATAGGATGATGT
* *
3366 TTCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
391 TGCAAATTTAAAATGTATAGAAAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
* * *
3431 TTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAA
456 TTTCAAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAA
3492 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
* * * * *
3557 TTTG-GATCCAGCATAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATA
66 -TTGAGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGACCATTAGATA
* * *
3621 GCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATCTGGAA
130 GCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAA
3686 CTTACTGCATTTACGCATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTAC
195 CTTACTGCATTTACGCATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTAC
*
3751 AGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
260 AGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGCATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGA
*
3816 AGAGATTCAAGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATAGGATGATG
325 AGAGATTCAAGACATTCAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATAGGATGATG
*
3881 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAAAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGT
390 TTGCAAATTTAAAATGTATAGAAAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGA
*
3946 GTTTCAAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAG
455 GTTTCAAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAA
*
4008 AACGGAAAGTGATTATGGTTATAA
1 AATGGAAAGTGATTATGGTTATAA
4032 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 509, Mismatches: 30, Indels: 2
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
516 506 0.99
517 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
AATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGG
TTGAGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGACCATTAGATAG
CAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAC
TTACTGCATTTACGCATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTACA
GATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGCATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAA
GAGATTCAAGACATTCAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATAGGATGATGT
TGCAAATTTAAAATGTATAGAAAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAG
TTTCAAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAA
Found at i:7790 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 6807--8109 Score: 2275
Period size: 516 Copynumber: 2.5 Consensus size: 516
6797 NNNNNNNNNN
*
6807 TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGCATCAAATCGTA
1 TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTA
* *
6872 AAATAAGAAATACTTGGTAAATATGAAGAGATTCATGACATTCAATGGATGTGAGAATGGTATGT
66 AAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGT
*
6937 TGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTTCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAAT
131 TGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAAT
7002 AACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
196 AACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
* *
7067 ATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAGAAATGGGAATT
261 ATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATT
* *
7132 GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTTGGATCCAGCATAAATTGTGGATTCCCGACAGATCGACTG
326 GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTTGGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGATCGACTG
* * *
7197 AGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATT
391 AGCAGTATCGGACCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATA
*
7262 TTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG
456 TTCTAGGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG
*
7323 TATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTA
1 TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTA
7388 AAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGT
66 AAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGT
* * *
7453 TGTTGGATAGCATGTATATGATGCTGTCGCAAATTTAAAATGTATAGAGAAATGTTATTCAAAAT
131 TGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAAT
* *
7518 AAGTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAAATGGTAAAAGAACCTGTATGA
196 AACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
*
7583 ATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATT
261 ATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATT
* * *
7648 GTGATTAGAGATTTATTTGATGG-TTGAGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGATAGCTCGACT
326 GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTTG-GATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGATCGACT
* *
7712 GAGCAGTATCGGACCATTATATAGCAATCTGTGGTGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCAT
390 GAGCAGTATCGGACCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCAT
* *
7777 ATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTTTATTTTAATTGTGTTTTTG
455 ATTCTAGGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG
* * *
7839 TATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATA
1 TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTA
* * *
7904 AAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAGTGGATGTGGGAATGGTATGT
66 AAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGT
* *
7969 AGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTAATCAAAAT
131 TGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAAT
*
8034 ATCTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
196 AACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
8099 ATTTAACAAAT
261 ATTTAACAAAT
8110 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 745, Mismatches: 41, Indels: 2
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
515 3 0.00
516 742 1.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.08, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
TATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTA
AAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGGTATGT
TGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAAT
AACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGA
ATTTAACAAATGGTTTAGATAAAAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAAGGAAAAATGGGAATT
GTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTTGGATCAAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGATCGACTG
AGCAGTATCGGACCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATA
TTCTAGGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTG
Found at i:12923 original size:517 final size:516
Alignment explanation
Indices: 11549--13045 Score: 2541
Period size: 516 Copynumber: 2.9 Consensus size: 516
11539 NNNNNNNNNN
* *
11549 TTATATAAAATGGATCAAATCAAAAAATAAGAATTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
1 TTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
11614 TGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
66 TGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
* *
11679 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATTTGTGTATGCAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
131 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
*
11744 AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
196 AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
*
11809 TTATAAAAAGTAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
261 TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
*
11874 TGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATATGTGATGATTAGT
326 TGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
* *
11939 CCTTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATT
391 CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATT
*
12004 ATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTCCAGATTTAATGGCTTT
456 ATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTCCAGACTTAATGGCTTT
*
12065 TTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
1 TTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
*
12130 TGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAATTTTAAAAT
66 TGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
12195 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
131 GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
* * *
12260 AAATTGGTGAAAGAACCTGTATCAATTTAACAATTGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
196 AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
12325 TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
261 TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
* *
12390 TATGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
326 TGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
* * * *
12455 CCCTGAAACTTTCAAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
391 CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATT
* * **
12520 TTATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATGTTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTT
456 ATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTCCAGACTTAATGGCTTT
*
12581 TTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAAATATAAAGAGATTCATGACA
1 TTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGAT-AAATATGAAGAGATTCATGACA
* * * * *
12646 TTGAGTGGATGT-AGGAATGGTATGTAGTTGTATAGCATGTATATGATGTTGTTGCAAATTTAAT
65 TTGAATGGATGTGA-GAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAA
* *
12710 ATGTATAGAGAATTGTTAATCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATTATA
129 ATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATA
* * * *
12775 GGAAATTGGTAAAAGAACTTGTATGAATTTAACAAAT-CTTATAGATAAAAATGGAAAGTGATTA
194 CGAAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTT-TAGATAAGAATGGAAAGTGATTA
* *
12839 TGGTTATAAAAAGG-AAAATAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAT
258 TGGTTATAAAAAGGAAAAAT-GGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAC
** *
12903 AAATTGTGGATTTTCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCCGTGATGAT
322 AAATTGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGAT
* *
12968 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATAGGGAACTTACAGCATTTTCG
387 TAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCG
13033 TATTATATTTTAA
452 TATTATATTTTAA
13046 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 921, Mismatches: 56, Indels: 7
0.94 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
516 540 0.59
517 381 0.41
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
TTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACAT
TGAATGGATGTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAAT
GTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
TGTGGATTCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATT
ATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTCCAGACTTAATGGCTTT
Found at i:22331 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 21359--22895 Score: 2569
Period size: 516 Copynumber: 3.0 Consensus size: 516
21349 NNNNNNNNNN
21359 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
1 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
* *
21424 GTGAGAAAT-GTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAATTTTAAAATGTATAGAG
66 GTG-GGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAG
*
21488 AATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGTAATTGGT
130 AATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGT
* * *
21553 GAAAGAACCTGTATCAATTTAACAATTGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAA
195 AAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAA
21618 AGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATT
260 AGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATT
*
21683 CCCGACAGCTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAA
325 CCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAA
* * * * *
21748 CTTTCAAGTTGCCATATTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTTTATTTTA
390 CGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTA
*
21813 ATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTTTATATAAA
455 ATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTCTATATAAA
* * * *
21875 ATGGATCAAATCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAAAAATTCATGACATTGAATGGAT
1 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
* *
21940 GTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGCTGCAAGTTTAAAATGTATAGAGA
66 GTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
* *
22005 ATTGTTAATCAAAATAACAAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTA
131 ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTA
* *
22070 AAATAACCTGTATGAATTTAACAAAT-CTTATAGATAA-AAGTGGAAAGTGATTATGGTTATAAA
196 AAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTT-TAGATAAGAA-TGGAAAGTGATTATGGTTATAAA
* * * *
22133 AAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTAATTCGATGGTTGAGCTCTAGCATAAATTGTGGAT
259 AAGGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGAT
*
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324 TCCCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAA
*
22263 ACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTT
389 ACGTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTT
** *
22328 AATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGATTTAATGGCTTTCTATATAAA
454 AATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTCTATATAAA
*
22391 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATAACATTGAATGGAT
1 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
* * *
22456 GTGAGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATAGGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAAA
66 GTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
* * *
22521 ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGTGTTTCAAATGATAAGAAATTGGTA
131 ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTA
* *
22586 AAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAACGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAA
196 AAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAA
22651 GGAAAAATGGGAA-TGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTC
261 GGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTC
* * *
22715 CTGACAGCTCGACTGGGCCGTATCGGATTATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAAC
326 CCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAAC
* * *
22780 GTTCTAGTTGCCACTTTCTATGTAAGTTCATATAGAAGTTACTGAATTTTCGTATTATATTTTAA
391 GTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAA
* *
22845 TTCTGTTTTTGTATATATATTACACTATATATAATTTTAGACTTAATGGCT
456 TTGTGTTTTTGTATATATATTA-AATATATATAATTTTAGACTTAATGGCT
22896 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 948, Mismatches: 67, Indels: 12
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
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516 746 0.79
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Consensus pattern (516 bp):
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GTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTA
AAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAA
GGAAAAATGGGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTC
CCGACAGCTCGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAAC
GTTCTAGTTGCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTTAA
TTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTCTATATAAA
Found at i:40674 original size:515 final size:516
Alignment explanation
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Period size: 515 Copynumber: 2.7 Consensus size: 516
39608 NNNNNNNNNN
39618 TCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGG
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130 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCT
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*
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*
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* *
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* * *
40072 TGTATATATATTAAATATATATAATTGCATATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAA
455 TGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATAGAAAATGGATCAAA
* * *
40134 TCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGAGAATGG
1 TCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGG
40199 TATGTTGTTGGATAGCATGTATATG-ATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
66 TATGTTGTTGGATAGCATGTA-ATGCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATT
* *
40263 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTCAAATGATAAGAAATTGGTAAAAGAACCT
130 CAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCT
*
40328 GCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAACGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
195 GCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATG
*
40393 GGAA-TGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCTGACAGCT
260 GGAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCT
* * *
40457 CGACTGGGCCGTATCAGATTATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTT
325 CGACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTT
*
40522 GCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGAATTTTCGTATTATATTTTAATTCTGTTTT
390 GCCATTTTCTATGTAAGTTCATATGGAACTTACTGAATTTTCGTATTATATTTTAATTCTGTTTT
**
40587 TGTATATATATTAAATATATATAATTTTAGACTTAATGGCTTTTTATAGAAAATGGATCAAA
455 TGTATATATATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATAGAAAATGGATCAAA
*
40649 TCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATATGGGAATGG
1 TCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGG
*
40714 TATGTTGTTGGATAGCATGTAGTGCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTC
66 TATGTTGTTGGATAGCATGTAATGCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTC
* *
40779 AAAATAACTAATTTGTGTATGCAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTG
131 AAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTG
*
40844 CATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGTAAAAATGG
196 CATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGG
40909 GAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTC
261 GAATTGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCCCGACAGCTC
40974 GACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTC
326 GACTGAGCCGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTC
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 36, Indels: 6
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
514 2 0.00
515 487 0.57
516 358 0.42
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.09, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (516 bp):
TCATAAAATAAGAAATACTTGATAAATATAAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGG
TATGTTGTTGGATAGCATGTAATGCATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTC
AAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAAGAACCTG
CATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGG
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GTATATATATTAAATATATATAATTGCAGACTTAATGGCTTTTTATAGAAAATGGATCAAA
Done.