Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: scaffold_667 ID=scaffold_667-JGI_221_v2.0

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 6629
ACGTcount: A:0.19, C:0.13, G:0.17, T:0.23

Warning! 1848 characters in sequence are not A, C, G, or T


Found at i:2765 original size:619 final size:618

Alignment explanation


    Indices: 1--2933  Score: 4246
    Period size: 618  Copynumber: 4.7  Consensus size: 618

                                                 **          *  *      *     
          1 GCTGAAATTTTGTTAAAGGGGTAGAGTTGTAACGCCCTGAAATTTAAGTTTCAAATTTTTGCATG
          1 GCTGAAATTTTGTTAAAGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCATG

                              *       * *              *   *                 
         66 TTTTGACACAAATTGCTTCTTTGCTTCATTGGCTAAGAGATTTTGGTATGTGTGGGAGTGTTTGA
         66 TTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTGA

               *                                                          *  
        131 GAAACCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAAAC
        131 GAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGAC

                             *                              *           *    
        196 ACTGGCACTTAGGCCTTGTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAAAGCCTATTGGTGCAGT
        196 ACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAGT

                      * ***      *                   *         *        *    
        261 GGTAGGTTCACTAATCCTTACTGTGTACT-CAAACGTGTGGCACCGATCGCTTATAAACTAGAGT
        261 GGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGC-AACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGT

             * *           *     *       *                                   
        325 TCTTTCTGAAATTAGGCCAGAGTCATGATTTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT
        325 TATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT

                                                  **            *            
        390 GATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTCGGGCCAGATCTGATCTTCGAGGAGAA
        390 GATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGAA

              *    *        *             *              *           *       
        455 GCTAGTGTGAATTTTGGACCGTGAGGTTAACTTACTGAGAAAGAATCCTATTCCATTGGTCAAAG
        455 GCCAGTGCGAATTTTGCACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGAAAGAAACCTATTCCATTAGTCAAAG

            *                                                    *           
        520 CGCTTTGGCGTAATCACAGTTCA-AATGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCAATGCGACAGCA
        520 TGCTTTGGCGTAATCACAGTTCAGAA-GAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCA

                                           **  
        584 ATACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTTGAG
        584 ATACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG

                       *                                                *  * 
        619 GCTGAAATTTTATTAAAGGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTTGCTT
          1 GCTGAAATTTTGTTAAA-GGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCAT

                *        *                        *             *            
        684 GTTTAGACACAAACTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGGGATTTGGGTGTGTTTGGGAGTGTTTG
         65 GTTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG

                  *    *       *       * *                          *     *  
        749 AGAAGCTTGGGCTCAAGTCTTGGCCTTTGAACAATTTTTTA-TTTTTCTCTTAAATAAATCTGGA
        130 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA

                                                                             
        813 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG
        195 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG

                                                                *            
        878 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGCG-CCGATCGCTTATAAACTTGAG
        260 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGG-GACCGATCGCATATAAACTTGAG

               *                  *    *                            *     *  
        942 TTACCTCTGAAATTAGACCAGAATCATTATGTGTTT-ATCGTCTCCATGCTAAGGCATTATCGCT
        324 TTATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCA-CGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACT

              *                  *                 *                *        
       1006 CTAATCCCACTCACATAGTACTAGTTGAGGAGATTGAGGGTAGGCCAGATCTGACCCTCGAGGAG
        388 CTGATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAG

                    *                   *         *         *                
       1071 AAG-CAGTACGAATTTTGCACCGTGAGGATAAGTTACTTAGAAAGAAATCTATTCCATTAGTCAA
        453 AAGCCAGTGCGAATTTTGCACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGAAAGAAACCTATTCCATTAGTCAA

                      *         *          *    *        *            *      
       1135 AGTGCTTTGGAGTAATCACAATTCAGAAGAAACCACATGGGAACCTGAAGAGGCGATGTGACAGC
        518 AGTGCTTTGGCGTAATCACAGTTCAGAAGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGC

                     *           *              
       1200 AATACCCTCGTCTTTTCTGACTAGGTAAATTTCAAG
        583 AATACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG

                                  *                                          
       1236 GCTGAAATTTTGTTAAATGGGGCAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCAT
          1 GCTGAAATTTTGTTAAA-GGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCAT

                   *         *                    *     *                    
       1301 GTTTTGAAACAAATTGCGTGTTTGCTTTAATGGCTAAGTGATTTAGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG
         65 GTTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG

                    *          *              *      *                    *  
       1366 AGAAGCCTAGGTTCAAGTCTTGGCCTTGGCA-AAATTTTTATTTTTTCTCTTAAATGAATCTGGA
        130 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA

                  *                                                          
       1430 CACTGGTACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG
        195 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG

                                                                             
       1495 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGT
        260 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGT

              *           *                     *              * *      *    
       1560 TACCTCTGAAATTAAACCAGATTCATGATGTGTTTCGCGTCTCCATGCTAAAGTGTTATCGCTCT
        325 TATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT

                         *       *    *                       *              
       1625 GATCCCACTCACACAGTACCAATTGAAGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTAACCTTCGAGGAGAA
        390 GATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGAA

             *   * **       *  **  *   *      *           *         *       *
       1690 GTCAGCGATAATTTTGTACTATGCGGTGAAGTTATTGAGAAAGAAATCTATTCCATAAGTCAAAT
        455 GCCAGTGCGAATTTTGCACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGAAAGAAACCTATTCCATTAGTCAAAG

                    *                      *                                 
       1755 TGCTTTGGTGTAATCACAGTTCAGAAGAAGCAACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCAA
        520 TGCTTTGGCGTAATCACAGTTCAGAAGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCAA

                     *                     *  
       1820 TACCCTCATGTTTTCTGACCAGGTAAATTTCGAG
        585 TACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG

                                            *    **          *  *   *        
       1854 GCTGAAATTTTGTTAAAGGGGTAGAGTTGTAATGCCCTGAAATTTAAGTTTCAAACATTT-GCAT
          1 GCTGAAATTTTGTTAAAGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAA-TTTTGGCAT

                                         *    *         *                    
       1918 GTTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTATTGGCAAAGAGATTTTGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG
         65 GTTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG

                                                                             
       1983 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA
        130 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA

                * *                  *                                       
       2048 CACTAGTACTTAGGCCTTTTATATAGTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG
        195 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG

            *                         *                     *  *             
       2113 CGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGCACTGCAACGTGTGGGACCGATTGCCTATAAACTTGAGT
        260 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGT

             *               *        *     *                                
       2178 TGTCTCTGAAATTAGACGAGATTCATTATGTGCTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT
        325 TATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT

                               *                                           * 
       2243 GATCCCACTCACATAGTACTAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGCA
        390 GATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGAA

                    *                               *                        
       2308 GCCAGTGCCAATTTT-CGACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGGAAGAAACCTATTCCATTAGTCAAA
        455 GCCAGTGCGAATTTTGC-ACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGAAAGAAACCTATTCCATTAGTCAAA

               *             *                                               
       2372 GTGTTTTGGCGTAATCATAGTTCAGAAGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCA
        519 GTGCTTTGGCGTAATCACAGTTCAGAAGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCA

                    *                          
       2437 ATACCCTCGTCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG
        584 ATACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG

             *               *                                *              
       2472 GGTGAAATTTTGTTAAGTGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTATCTAATTTTGGCAT
          1 GCTGAAATTTTGTTAA-AGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCAT

                   *                         *    *                          
       2537 GTTTTGAAACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGTTAAGTGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG
         65 GTTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTG

                                                                             
       2602 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA
        130 AGAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGA

                                     *          *                            
       2667 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATAGTAATACTTGTATTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG
        195 CACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAG

            *                                         * *                    
       2732 CGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGGCTGATCGCATATAAACTTGAGT
        260 TGGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGT

             *     *      *                                    * *           
       2797 TGTCTCTAAAATTAAACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAAGTGTTATCACTCT
        325 TATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCT

                   *             *    *      *            *                  
       2862 GATCCCATTCACATAGTACCAATTGAAGAGATTAAGGTTAGGCCAGGTCTGACCTTCGAGGAGAA
        390 GATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGAA

             *     
       2927 GTCAGTG
        455 GCCAGTG

       2934 ATGATTTTGT


Statistics
Matches: 2070,  Mismatches: 231, Indels: 27
        0.89            0.10        0.01

Matches are distributed among these distances:
 616    9  0.00
 617  669  0.32
 618  853  0.41
 619  539  0.26

ACGTcount: A:0.27, C:0.18, G:0.23, T:0.32


Consensus pattern (618 bp):   
GCTGAAATTTTGTTAAAGGGGTAGAGTTGTAACGCCCCAAAATTTAAGTCTCTAATTTTGGCATG
TTTTGACACAAATTGCTTGTTTGCTTTAATGGCTAAGAGATTTGGGTGTGTGTGGGAGTGTTTGA
GAAGCCTGGGTTCAAGTCATGGCCTTGGCACAATTTTTTAGTTTTTCTCTTAAATGAATCTAGAC
ACTGGCACTTAGGCCTTTTATATATTAATACTTGTTTTATGACACAAAGAGCCTATTGGTCCAGT
GGTAGGTTCATTGGGCCTTACCGTGTACTGCAACGTGTGGGACCGATCGCATATAAACTTGAGTT
ATCTCTGAAATTAGACCAGATTCATGATGTGTTTCACGTCTCCATGCTAAGGCGTTATCACTCTG
ATCCCACTCACATAGTACCAGTTGAGGAGATTGAGGTTAGGCCAGATCTGACCTTCGAGGAGAAG
CCAGTGCGAATTTTGCACCGTGAGGTTAAGTTACTGAGAAAGAAACCTATTCCATTAGTCAAAGT
GCTTTGGCGTAATCACAGTTCAGAAGAAGCCACGTGGGAACCCGAAGAGGCGATGCGACAGCAAT
ACCCTCATCTTTTCTGACCAGGTAAATTTCAAG
Done.