Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_685 ID=scaffold_685-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4644
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.32
Found at i:2398 original size:9 final size:9
Alignment explanation
Indices: 2384--2494 Score: 87
Period size: 9 Copynumber: 13.2 Consensus size: 9
2374 TAAGGGATAT
2384 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
2393 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
*
2400 -TATAGTAAA
1 TTAT-GTAAG
2409 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
2418 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
* *
2425 TTATGCAAA
1 TTATGTAAG
2434 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
2443 TTATGT-A-
1 TTATGTAAG
** *
2450 TTAAATAGG
1 TTATGTAAG
2459 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
*
2468 TTATGT--C
1 TTATGTAAG
2475 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
2484 TTATGTAAG
1 TTATGTAAG
2493 TT
1 TT
2495 TTTGTTTTTG
Statistics
Matches: 80, Mismatches: 12, Indels: 20
0.71 0.11 0.18
Matches are distributed among these distances:
6 3 0.04
7 17 0.21
8 5 0.06
9 52 0.65
10 3 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (9 bp):
TTATGTAAG
Found at i:2418 original size:25 final size:25
Alignment explanation
Indices: 2384--2494 Score: 143
Period size: 25 Copynumber: 4.4 Consensus size: 25
2374 TAAGGGATAT
2384 TTATGTAAGTTATGTA-TATAGTAAA
1 TTATGTAAGTTATGTATTAT-GTAAA
*
2409 TTATGTAAGTTATGTATTATGCAAA
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAA
** **
2434 TTATGTAAGTTATGTATTAAATAGG
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAA
* *
2459 TTATGTAAGTTATGTCTTATGTAAG
1 TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAA
2484 TTATGTAAGTT
1 TTATGTAAGTT
2495 TTTGTTTTTG
Statistics
Matches: 75, Mismatches: 10, Indels: 2
0.86 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
25 72 0.96
26 3 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (25 bp):
TTATGTAAGTTATGTATTATGTAAA
Found at i:2427 original size:16 final size:16
Alignment explanation
Indices: 2408--2490 Score: 71
Period size: 16 Copynumber: 5.1 Consensus size: 16
2398 TATATAGTAA
2408 ATTATGTAAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
* *
2424 ATTATGCAAATTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
**
2440 AAGTTATGT-A-TTAAAT
1 -A-TTATGTAAGTTATGT
2456 AGGTTATGTAAGTTATGT
1 A--TTATGTAAGTTATGT
*
2474 CTTATGTAAGTTATGT
1 ATTATGTAAGTTATGT
2490 A
1 A
2491 AGTTTTTGTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 9, Indels: 10
0.74 0.12 0.14
Matches are distributed among these distances:
15 1 0.02
16 40 0.75
17 3 0.06
18 9 0.17
ACGTcount: A:0.34, C:0.02, G:0.18, T:0.46
Consensus pattern (16 bp):
ATTATGTAAGTTATGT
Found at i:2532 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 2509--2563 Score: 67
Period size: 18 Copynumber: 3.1 Consensus size: 18
2499 TTTTTGTGTA
*
2509 TTATGTAACTTATTTATT
1 TTATGTAAGTTATTTATT
* *
2527 TTATGTAGGTTATGTATT
1 TTATGTAAGTTATTTATT
2545 ATTATGTAAGTTA-TTATT
1 -TTATGTAAGTTATTTATT
2563 T
1 T
2564 AGGTTATTAT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 5, Indels: 3
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
17 1 0.03
18 19 0.61
19 11 0.35
ACGTcount: A:0.27, C:0.02, G:0.13, T:0.58
Consensus pattern (18 bp):
TTATGTAAGTTATTTATT
Found at i:2560 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 2543--2615 Score: 87
Period size: 12 Copynumber: 6.2 Consensus size: 12
2533 AGGTTATGTA
2543 TTATTATGTAAG
1 TTATTATGTAAG
* *
2555 TTATTATTTAGG
1 TTATTATGTAAG
2567 TTATTATGTAAG
1 TTATTATGTAAG
*
2579 TT-TT-TGTAAA
1 TTATTATGTAAG
*
2589 TTATTATGTAGG
1 TTATTATGTAAG
*
2601 ATATTATGTAAG
1 TTATTATGTAAG
2613 TTA
1 TTA
2616 GGATATTATG
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 10, Indels: 4
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
10 7 0.14
11 4 0.08
12 38 0.78
ACGTcount: A:0.32, C:0.00, G:0.16, T:0.52
Consensus pattern (12 bp):
TTATTATGTAAG
Found at i:2587 original size:34 final size:34
Alignment explanation
Indices: 2549--2614 Score: 105
Period size: 34 Copynumber: 1.9 Consensus size: 34
2539 TGTATTATTA
* * *
2549 TGTAAGTTATTATTTAGGTTATTATGTAAGTTTT
1 TGTAAATTATTATGTAGGATATTATGTAAGTTTT
2583 TGTAAATTATTATGTAGGATATTATGTAAGTT
1 TGTAAATTATTATGTAGGATATTATGTAAGTT
2615 AGGATATTAT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
34 29 1.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.00, G:0.18, T:0.52
Consensus pattern (34 bp):
TGTAAATTATTATGTAGGATATTATGTAAGTTTT
Done.