Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_697 ID=scaffold_697-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 11473
ACGTcount: A:0.15, C:0.04, G:0.07, T:0.14
Warning! 6943 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1190 original size:625 final size:625
Alignment explanation
Indices: 1--1349 Score: 2378
Period size: 625 Copynumber: 2.2 Consensus size: 625
* *
1 TGCTTCATTTTTACAACTTTATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGTTTC
1 TGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
*
66 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCTTTGTTTGCTT
66 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
*
131 GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGTGGCAAATCTTG
131 GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGCCGTGGCAAATCTTG
196 TGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCA
196 TGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCA
* *
261 AAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAAT
261 AAAATCACTAAATAGAAAAAGGTACAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAAT
* * *
326 GGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGGGTGGATGGTTTTGG
326 GGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTCG
* * *
391 GTGGTTAAATGCATCAAATTTGATTTTTTTCAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATAGAAA
391 GTGATTAAATGCAGCAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATAGAAA
* * *
456 TTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTACAAATCGAATA
456 TTAAAACAAACGAAAACACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTACAAACCGAATA
*
521 ACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAGCCAAACAG
521 ACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACC-AACAG
*
586 -ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTTGTCGGA
585 AATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCGGA
* *
626 TGCTTCATTTTCACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
1 TGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
691 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
66 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
756 GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGCCGTGGCAAATCTTG
131 GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGCCGTGGCAAATCTTG
* * * *
821 TTGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATCTTATGTGTACAGATAATTAATTAAGTA
196 TGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCA
* *
886 AAAATCACTAAATAGAAAAAGGTACAAAATTAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTTATAAT
261 AAAATCACTAAATAGAAAAAGGTACAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAAT
951 GGATTATCAAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTC
326 GGATTATC-AAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTC
* *
1016 GGTGATTAAATGCAGGAAATTTGA-TTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAA
390 GGTGATTAAATGCAGCAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATAGAA
*
1080 ATTAAAACAAACGAAAACACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAAT
455 ATTAAAACAAACGAAAACACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTACAAACCGAAT
* *
1145 AACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACCG
520 AACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACAG
* *
1210 AATCTAAACCGGGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGC
585 AATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCGGA
1251 TGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
1 TGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
1316 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATT
66 CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATT
1350 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 34, Indels: 4
0.95 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
624 4 0.01
625 610 0.89
626 74 0.11
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.17, T:0.35
Consensus pattern (625 bp):
TGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGCTAAGTTTGTAGTATATAAAATATATGTTTGGTTC
CTTATGATTACGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTCATTGTTTGCTT
GTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGCCGTGGCAAATCTTG
TGGTTTCACAATTTTGAAATGGATGTAACAGATTTATATTATGTGTACAGATAATCAATTAAGCA
AAAATCACTAAATAGAAAAAGGTACAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGTCAATTAATAAT
GGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATAGTTTTCG
GTGATTAAATGCAGCAAATTTGATTTTTTTAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATAGAAA
TTAAAACAAACGAAAACACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTACAAACCGAATA
ACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGATCATGGAGTTTTTACATGCATGATCAACAAACGAACCAACAGA
ATCTAAACCGGGGAAAACCTAATGTGTCAGATTAGTCGGA
Done.