genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.19.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr07 ID=Chr07-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  60982465

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  19  of  204  ( 24458 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7157292--7157324	15	2.2	15	94	0	57	69	0	30	0	0.88
7157685--7157753	36	1.9	36	96	0	129	18	10	21	49	1.77
7157730--7157775	22	2.1	22	100	0	92	23	8	13	54	1.66
7157698--7157811	58	2.0	58	100	0	228	20	10	19	50	1.77
7157735--7157782	22	2.2	22	88	0	69	18	12	18	50	1.78
7159313--7159539	95	2.4	92	85	7	278	49	17	7	25	1.73
7159293--7159508	99	2.2	95	89	4	317	47	19	7	25	1.75
7159403--7159471	27	2.5	26	83	6	75	49	14	7	28	1.70
7159412--7159471	26	2.3	25	80	8	66	51	13	6	28	1.66
7159425--7159580	67	2.3	68	87	3	226	50	18	7	24	1.72
7161260--7161289	15	2.0	15	93	0	51	40	36	6	16	1.75
7161393--7161526	62	2.2	62	91	4	218	46	21	8	23	1.79
7161785--7161854	6	11.7	6	85	0	77	61	11	5	21	1.50
7161763--7161862	12	8.5	12	81	4	78	59	14	6	21	1.56
7161758--7161854	18	5.6	18	81	3	101	60	13	5	20	1.52
7161945--7161981	16	2.3	16	95	0	65	48	16	8	27	1.74
7162394--7162436	21	2.1	20	91	4	68	25	23	20	30	1.99
7169546--7169583	19	2.0	19	85	10	51	2	0	28	68	1.03
7186792--7186817	11	2.4	11	100	0	52	26	0	7	65	1.20
7190459--7190611	46	3.5	46	77	17	191	36	13	22	28	1.91
7190495--7190567	36	2.0	36	94	0	128	38	15	20	26	1.92
7190459--7190611	82	1.9	82	95	0	279	36	13	22	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7190589--7190636	25	1.9	25	100	0	96	41	10	27	20	1.85
7190543--7190679	71	2.0	68	88	4	202	35	13	25	25	1.92
7193542--7193577	18	2.0	18	94	0	63	41	22	8	27	1.82
7198349--7198412	14	5.0	14	69	17	50	1	23	1	73	1.01
7198371--7198416	24	1.9	24	100	0	92	0	28	0	71	0.86
7198640--7198680	20	2.0	20	85	9	55	51	2	0	46	1.14
7198635--7198699	27	2.4	28	82	12	82	55	1	0	43	1.09
7204202--7204240	17	2.3	17	86	0	51	2	20	7	69	1.26
7204255--7204298	6	7.2	6	92	2	70	0	61	0	38	0.96
7204630--7204668	18	2.2	18	90	4	62	43	0	0	56	0.99
7204832--7204883	21	2.5	21	84	9	70	30	34	5	28	1.81
7205975--7206005	15	2.1	15	93	0	53	54	6	0	38	1.26
7206021--7206088	27	2.5	26	76	6	64	35	4	1	58	1.27
7206075--7206121	22	2.1	22	84	0	58	53	0	0	46	1.00
7206526--7206562	16	2.3	16	95	0	65	40	5	32	21	1.76
7206542--7206638	44	2.2	44	88	5	142	30	5	29	34	1.79
7206795--7206829	18	2.0	17	94	5	61	57	0	0	42	0.99
7206812--7206883	37	1.9	37	83	10	94	47	5	1	45	1.34
7211607--7211647	18	2.3	18	91	0	64	51	36	9	2	1.48
7221301--7221348	20	2.4	18	78	18	51	8	2	12	77	1.08
7229683--7229775	47	2.0	47	100	0	186	38	25	15	20	1.91
7231865--7231920	28	2.0	29	85	3	78	42	5	7	44	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7232148--7232199	26	2.0	27	88	3	79	65	7	0	26	1.20
7232425--7232684	136	1.9	136	92	0	439	32	18	15	33	1.92
7233281--7233306	6	4.3	6	100	0	52	80	0	0	19	0.71
7233522--7233605	27	3.5	23	71	16	71	66	1	1	30	1.07
7233527--7233607	9	9.7	9	67	20	50	66	1	1	30	1.07
7233522--7233610	16	5.4	16	74	10	63	67	1	1	30	1.05
7233476--7233608	68	2.0	68	86	10	193	61	1	1	35	1.14
7235226--7235253	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
7237231--7237277	20	2.3	20	100	0	94	31	12	6	48	1.66
7240186--7240266	10	8.1	10	75	13	60	59	2	3	34	1.29
7240199--7240266	30	2.3	30	80	10	77	61	2	1	33	1.20
7246168--7246212	22	2.1	21	84	12	56	51	2	0	46	1.13
7260762--7260823	31	2.0	31	96	0	115	33	8	19	38	1.81
7265386--7265452	28	2.4	28	82	5	82	59	1	0	38	1.06
7265392--7265451	27	2.1	28	84	6	77	56	1	0	41	1.09
7268805--7268851	22	2.1	21	88	7	67	59	0	0	40	0.97
7269145--7269181	18	2.1	18	100	0	74	27	0	0	72	0.84
7269145--7269176	10	3.4	10	83	16	50	28	0	0	71	0.86
7269141--7269182	18	2.6	16	82	17	59	30	0	0	69	0.89
7270530--7270576	15	2.8	17	72	18	53	51	0	19	29	1.47
7271386--7271416	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
7272870--7272898	11	2.6	11	100	0	58	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7272913--7272956	11	3.8	11	80	11	52	34	0	2	63	1.07
7274725--7274812	46	1.9	46	86	2	124	40	1	13	44	1.51
7274871--7274918	24	2.0	24	88	8	71	50	12	20	16	1.78
7275008--7275074	21	3.2	21	64	8	55	16	19	14	49	1.80
7275010--7275117	42	2.6	42	86	0	144	17	21	15	45	1.85
7278858--7278997	42	3.3	42	81	10	126	26	17	24	32	1.97
7280033--7280058	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7280305--7280330	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
7294756--7294791	14	2.5	15	81	9	56	58	0	8	33	1.28
7297602--7297640	12	3.0	12	80	20	51	48	0	25	25	1.51
7298624--7298664	10	4.2	10	82	14	50	51	0	7	41	1.30
7302382--7302445	30	2.2	30	82	2	76	53	6	4	35	1.47
7315775--7315836	31	2.0	31	100	0	124	32	3	9	54	1.49
7333173--7333235	31	2.0	31	100	0	126	33	9	34	22	1.86
7336427--7336474	25	1.9	25	100	0	96	45	16	8	29	1.76
7336427--7336483	25	2.3	25	90	0	87	45	14	8	31	1.75
7336829--7336881	28	2.0	26	85	14	72	54	1	3	39	1.29
7340961--7340993	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
7375393--7375428	18	2.0	18	88	0	54	5	36	8	50	1.56
7379434--7379458	11	2.3	11	100	0	50	8	8	0	84	0.79
7381118--7381161	22	2.0	22	86	4	61	68	4	2	25	1.20
7382503--7382649	22	6.7	22	90	0	213	33	14	25	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7384960--7385047	45	2.0	45	88	0	131	21	22	20	35	1.96
7388782--7388829	24	2.0	23	84	4	60	2	6	8	83	0.88
7388783--7388822	10	4.2	9	87	9	53	0	5	7	87	0.66
7397979--7398101	65	1.9	65	84	0	165	49	2	9	38	1.49
7402629--7402700	25	2.9	25	83	4	92	30	19	27	22	1.98
7405715--7405800	28	3.1	28	84	0	109	33	20	16	29	1.95
7407855--7407929	39	1.9	38	86	7	107	48	4	8	40	1.51
7409352--7409384	15	2.3	15	89	5	50	42	3	0	54	1.15
7412033--7412095	32	2.0	32	87	6	92	38	11	9	41	1.73
7426228--7426253	6	4.3	6	100	0	52	34	0	65	0	0.93
7436274--7436304	7	4.4	7	100	0	62	16	0	0	83	0.64
7436292--7436336	21	2.2	20	84	4	54	31	6	4	57	1.44
7443091--7443145	22	2.4	23	76	14	60	43	1	5	49	1.36
7444791--7444858	32	2.2	32	79	10	79	38	2	0	58	1.13
7467125--7467157	16	2.1	16	88	5	50	30	0	9	60	1.27
7467541--7468203	130	5.1	130	78	4	593	37	10	16	34	1.83
7475550--7475616	34	2.0	34	90	0	107	22	11	16	49	1.78
7487545--7487754	111	1.9	110	85	6	291	51	7	6	34	1.57
7491753--7491789	9	4.1	9	89	0	56	45	10	10	32	1.74
7492534--7492572	20	2.0	20	89	0	60	64	5	5	25	1.35
7493001--7493109	53	2.1	53	100	0	218	41	26	1	30	1.66
7494351--7494749	50	7.8	50	88	4	584	21	30	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7494351--7494749	156	2.6	149	89	4	582	21	30	22	25	1.99
7495988--7496042	26	2.1	26	100	0	110	30	10	20	38	1.87
7497411--7497442	16	1.9	17	93	6	57	50	0	6	43	1.27
7500490--7500514	9	2.8	9	100	0	50	44	0	0	56	0.99
7500313--7500777	235	2.0	232	89	2	709	31	11	14	41	1.82
7506359--7506402	21	2.0	22	82	4	54	38	2	2	56	1.24
7507010--7507039	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
7507480--7507520	20	2.0	20	90	0	64	19	12	19	48	1.80
7507682--7507720	20	2.0	20	94	0	69	33	0	12	53	1.39
7510042--7510084	17	2.4	17	84	11	50	48	2	0	48	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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