Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* * *
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* * * * * *
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*
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*
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* * *
505 GATTGAAGACAAAAGATCCTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * *
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* *
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66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * *
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*
680 GGTTGAAGAC-ACAGATCTCGCC
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* * *
702 TTCCTGCATTGACAGCGAATCACGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATTGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
767 TGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
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* * * *
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1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
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* * * * *
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1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
943 GGTTGAAGACAATAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * *
966 TTCCTGCATTGACAGCGAATCAGGTCAAAGACACAAACCTTGCCTCTTTCGGTTGTGATTGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
1031 TGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
1054 TTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTTGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1119 GGTTGAAGACAGCAGATCTTGCC
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* * * *
1142 TTCCTGCACTGACAGCGAGGCAGGTTGAATACACAAACCTAT-CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGC
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* **
1206 TGGTTGAAGACAAAAGATCTTGGG
65 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
1230 TGCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCTCTCGGTTGCGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1295 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * *
1318 TTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTTTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1383 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * * * * * *
1406 TTCCTGCATTGTCAGGGAACCATGTCAAAGACACTAACCTTGCCTCCCTCAGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
1471 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
1494 TACCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1559 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
1582 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTATGATGTAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1647 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * *
1670 TTCCTGCATTGGCTGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
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* * * * * * * * **
1758 TTCCTGCATTGTCAGGGAACCATGTCAAAGACACTAACCTTGCCTCCCTCAGTTGTGATGGATTT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1823 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
1846 TTCCTGCATTGACGGCGAAGCGGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1911 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * *
1934 TTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1999 GGTTGAAGACAACATATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * * * *
2022 TTCCTGCATTGTCACCGAAGCAGGTCAAAGACAAAAACCTTGCCTCCCTCGATTATGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
2087 GGTTGAAAACAACAGATCTTTCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* ** * *
2110 TTCCTTCATTGACAGCGAAGCATTTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
2175 AGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * *
2198 TTCCTGCATTGACA-CTGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTCCCTCTCTCGGCCTTCCCTCTCT
1 TTCCTGCATTGACAGC-GAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGG-------T-TGT
* ** * * ** * *
2262 CGGTTGTGATGGAGCTGGTTGA-AGACAG--C-AGATC
57 --GATG-GA-GCTGGTTGAAGACA-ACAGATCTTG-CC
* * ** *** ** *
2296 TTGCCTTC-CTG-CATTG-A-CA-G-CGAAG-CAGGTCGAAGACACAAACCT-TGCCTCCCTCG-
1 TT-CCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACA---C-AA-AC-CTTGCCTCT--CTCGGTTGT
* ** * * ** * ***
2352 GTTGTGATGGAGCTGGTTGA-AGACAAAAGAT--C
57 GATG-GA-GCTGGTTGAAGACA-ACAGATCTTGCC
* * ** * *** ** *
2384 TTGCCTTC-CTG-CATTG-A-CA-G-CGAAGCAGATCGAAGACACAAACCT-TGCCTCTCTCG-G
1 TT-CCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAG-ACA-C-AA-AC-CTTGCCTCT--CTCGGTTGTG
* ** * * ** * *
2441 TTGTGATGGAGCTGGTTGA-AGACA-A--TAGATC
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* * ** *** ** *
2472 TTGCCTTC-CTG-CATTG-A-CA-G-CGAAG-CAGGTCGAAGACACAAACCT-TGCCTCCCTCG-
1 TT-CCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACA---C-AA-AC-CTTGCCTCT--CTCGGTTGT
* * ** * *
2528 GTTGTGA--TAGAGCTGGTTGA-AGACA-A-C-AGATC
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** *** ** *
2560 TTGCCAT-C-TTG-CATTG-A-CA-G-CGAAG-CAGGTCGAAGACACAAACCT-TGCCTCTCTCG
1 TT-CC-TGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACA---C-AA-AC-CTTGCCTCT--CTCGGTTG
* * * * ***
2616 -GTTGTGA--TGGAGCTGATTGA-AGACAAAAGAT-CC
56 TGATG-GAGCT-G-GTTGA-AGACA-ACAGATCTTGCC
* * * ** * *** ** * *
2649 TGCCTTC-CTG-CATTG-A-CA-G-CGAAGCAGATCGAAGACACAAACCT-TGCCTCCCTCGGTT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAG-ACA-C-AA-AC-CTTGCCTCT--CTCGGT-TGTG
* ** * * ** *
2707 AT-GA--TAGAGCTG--GTTGAAGAGAACAGGATC
58 ATGGAGCT-G-GTTGAAG-ACAACAGATCTTG-CC
* * ** * * * *** *
2737 TTGCCTTC-CTG-CATTGACAGCGAAG-C-AGGTCGA-AAGACACAAACCT-TGC-C--TCTCTC
1 TT-CCTGCATTGACAGCGA-AGC-AGGTCGAAGAC-ACAA-AC-CTTGCCTCT-CTCGGT-TGT-
* * * * ** ** ** *****
2793 GGTTGTGATGGAGGCTGATTGA-AGA-CAAAAG
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* * * ***** * * *****
2824 ATCCTGCCTTCCTGCATTGA-AGCGTAGC-GGTTTC-TAGAGC-CTCGGGTTACCTCCCTATAAA
1 TTCC--------TGCATTGACAGCGAAGCAGG--TCGAAGA-CACAAACCTTGCCTCTCTCGGTT
* * *
2885 ATAGATAGAGCTAGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
55 GT-GATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
2920 TTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCAAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
2985 GGTTGAAGACAGCAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
3008 TTCCTGCATTGACAACGAAGGAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
3073 GGTTGAAGGCAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
3096 TTCCTCCATTGACAGCGATGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
3161 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
3184 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAGGACACAAACCTTGCCATCCCTCGGTTGTGATGGAGC
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3249 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
65 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
3273 TTCCTGTATTGACAGCGAATCAAGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
3338 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
3361 TTCCTGCATTGACAGCGAAAGCAGGTCGAAGACACAAAACCTTGCCTCTCCTCGGTTGTGATGGA
1 TTCCTGCATTGACAGCG-AAGCAGGTCGAAGACAC-AAACCTTGCCTCT-CTCGGTTGTGATGGA
3426 GCTGGTTGAAGACAAACAGATCTTGCC
63 GCTGGTTGAAGAC-AACAGATCTTGCC
*
3453 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
3518 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
3541 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
3606 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
*
3629 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTTCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
3694 GGTTGAAGACAAAAAATCTTGCG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
3717 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCCCTCGGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
3782 GGTTGAAGACAACAGATCCTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
3805 TTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTCAAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
3870 GGTTCAAGCCAAAAGATCTTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * * * *
3893 TTCCTCGTCACTTCGACAGCGAAGTAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTATGATAG
1 TTCCT-G-CA-TT-GACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGG
*
3958 AGCTGGTTGATGACAACAGATCTTGCC
62 AGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* * *
3985 ATCCTGCATTGACAGTGAAGTAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
4050 GATTGAAGACAAAAGATCCTGCC
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
* *
4073 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGATCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
4138 GGTTGA
66 GGTTGA
Statistics
Matches: 3496, Mismatches: 452, Indels: 215
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
85 1 0.00
86 13 0.00
87 176 0.05
88 2839 0.81
89 171 0.05
90 49 0.01
91 49 0.01
92 106 0.03
93 14 0.00
94 8 0.00
95 23 0.01
96 10 0.00
97 7 0.00
98 13 0.00
99 9 0.00
100 8 0.00
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GGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
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* * *
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**
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* * * * *
176 TTCCTGCATTGACAACGAAGGAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCACGATTGTGATGGAGCT
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* * * * * *
241 GGTTGAGGGCAAAAGATCTTGCCTTCCTCCATTGACAGCGATGTAGGTCGAAGACACAAACCTTG
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* * * * *
352 TTTCTGCATTTACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGTT
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* *
417 GGTTGAGGACAACAGATCTTGCCATCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* *
482 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGATTGAAGACAAAAGATCCTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * *
528 TTCCTGTATTAACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTACCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * * * *
593 GGTTGAAGACAA-AAATCTTACCTTCCTGCATTGACAGCGAATCATGTCGAAGACACAAGCCCTG
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* * *
657 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGAC-ACAGATCTCGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * * *
702 TTCCTGCATTGACAGCGAATCACGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATTGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
767 TGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCATGTCGAAGACACAAACTTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* * *
832 CCTCTCTCGGTTGCGATGGATCTGGTTGAAGACAGAAGATCTTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * * *
878 TTCCTGCATTGGCAGCAAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
943 GGTTGAAGACAATAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGGTCAAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* * *
1008 CCTCTTTCGGTTGTGATTGAGCTTGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * *
1054 TTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTTGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * * *
1119 GGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTCCTGCACTGACAGCGAGGCAGGTTGAATACACAAACCTAT
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCT-T
**
1184 -CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGGG
130 GCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * * *
1230 TGCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCTCTCGGTTGCGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
1295 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* * *
1360 CCTCCCTCGGTTTTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
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* * * * * * * *
1406 TTCCTGCATTGTCAGGGAACCATGTCAAAGACACTAACCTTGCCTCCCTCAGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
1471 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCGTACCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
1536 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
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* * *
1582 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTATGATGTAGCT
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* * * * *
1647 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGGCTGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
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* *
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* * * * * * * **
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* * *
1934 TTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * * *
1999 GGTTGAAGACAACATATCTTGCCTTCCTGCATTGTCACCGAAGCAGGTCAAAGACAAAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* * * * * *
2064 CCTCCCTCGATTATGATGGAGCTGGTTGAAAACAACAGATCTTTCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* ** *
2110 TTCCTTCATTGACAGCGAAGCATTTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
2175 AGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA-CTGAATCAGATCGAAGACACAAACCTT
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGC-GAAGCAGGTCGAAGACACAAA----
**
2239 CCCTCTCTCGGCCTTCCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAGCAGATCTTGCC
126 --C-CT-T--G-----CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
2301 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
2366 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
*
2431 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAATAGATCTTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
*
2477 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
2542 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCATCTTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* *
2607 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGATTGAAGACAAAAGATCCTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * *
2653 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTATGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
2718 GGTTGAAGAGAACAGGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAAGACACAAACCT
66 GGTTGAAGACAACA-GATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCG-AAGACACAAACCT
* *
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* * ***** * ****** *
2832 TTCCTGCATTGA-AGCGTAGC-GGTTTC-TAGAGC-CTCGGGTTACCTCCCTATAAAATAGATAG
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGG--TCGAAGA-CACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGT-GATGG
* * * *
2893 AGCTAGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCAAAGACACAAAC
62 AGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAAC
**
2958 CTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAGCAGATCTTGCC
127 CTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * *
3008 TTCCTGCATTGACAACGAAGGAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
3073 GGTTGAAGGCAAAAGATCTTGCCTTCCTCCATTGACAGCGATGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
3138 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* *
3184 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAGGACACAAACCTTGCCATCCCTCGGTTGTGATGGAGC
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCC-TCCCTCGGTTGTGATGGAGC
* * *
3249 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAATCAAGTCGAAGACACAAACCTT
65 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTT
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130 GCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
3361 TTCCTGCATTGACAGCGAAAGCAGGTCGAAGACACAAAACCTTGCCTCTCCTCGGTTGTGATGGA
1 TTCCTGCATTGACAGCG-AAGCAGGTCGAAGACAC-AAACCTTGCCTC-CCTCGGTTGTGATGGA
3426 GCTGGTTGAAGACAAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAAC
63 GCTGGTTGAAGAC-AACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAAC
* *
3491 CTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCC
127 CTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
*
3541 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
3606 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTT
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* *
3671 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAAATCTTGCG
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* *
3717 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCCCTCGGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
3782 GGTTGAAGACAACAGATCCTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTCAAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
* *
3847 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTCAAGCCAAAAGATCTTGCC
131 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
* * * *
3893 TTCCTCGTCACTTCGACAGCGAAGTAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTATGATAG
1 TTCCT-G-CA-TT-GACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGG
* * * *
3958 AGCTGGTTGATGACAACAGATCTTGCCATCCTGCATTGACAGTGAAGTAGGTCGAAGACACAAAC
62 AGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAAC
* *
4023 CTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGATTGAAGACAAAAGATCCTGCC
127 CTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
*
4073 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGATCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
4138 GGTTGA
66 GGTTGA
Statistics
Matches: 3557, Mismatches: 369, Indels: 83
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Matches are distributed among these distances:
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175 169 0.05
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179 121 0.03
180 269 0.08
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Consensus pattern (176 bp):
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CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCC
Found at i:498 original size:264 final size:264
Alignment explanation
Indices: 1--4143 Score: 5898
Period size: 264 Copynumber: 15.6 Consensus size: 264
* * * * **
1 TTCCTGCATTGATAGCG-AGCAGATCGAAGACACAAACCTTACCTCCCTCGGTTGTGGTAAAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
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* * *
130 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAACGAA
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* * * * *
195 GGAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCACGATTGTGATGGAGCTGGTTGAGGGCAAAAGATCT
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* * * *
264 TTCCTCCATTGACAGCGATGTAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* *
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* * *
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131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* *
459 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGATTGAAGACAAAAGATCC
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
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* * *
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* * *
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*
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* * * * *
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195 AGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATC
785 TTGCC
260 TTGCC
* * * * *
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1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
855 GGTTGAAGACAGAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGGCAGCAAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
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*
920 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAATAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* * * * *
985 TCAGGTCAAAGACACAAACCTTGCCTCTTTCGGTTGTGATTGAGCTTGTTGAAGACAAAAGATCT
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
1050 TGCC
261 TGCC
* * *
1054 TTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTTGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
** * ** * * *
1119 GGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTCCTGCACTGACAGCGAGGCAGGTTGAATACACAAACCTAT
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCT-T
* * ** *
1184 -CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGGGTGCCTGCATTGACAGCGA
130 GCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGA
* *
1248 AGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCTCTCGGTTGCGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATC
195 AGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATC
1313 TTGCC
260 TTGCC
* * * *
1318 TTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTTTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * * * *
1383 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGTCAGGGAACCATG-TCAAAGACACTAACCTT
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCA-GATCGAAGACACAAACCTT
* * * * *
1447 GCCTCCCTCAGTTGTGATAGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCGTACCTGCATTGACAGCGA
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*
1512 AGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATC
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1577 TTGCC
260 TTGCC
* * *
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* *
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66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
* *
1712 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGTCAGGGAA
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* * * * * * ** *
1777 CCATGTCAAAGACACTAACCTTGCCTCCCTCAGTTGTGATGGATTTGGTTGAAGACAACAGATCT
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
1842 TGCC
261 TGCC
* * *
1846 TTCCTGCATTGACGGCGAAGCGGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
1911 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGGCAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
* * *
1976 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACATATCTTGCCTTCCTGCATTGTCACCGAA
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* * * * * * *
2041 GCAGGTCAAAGACAAAAACCTTGCCTCCCTCGATTATGATGGAGCTGGTTGAAAACAACAGATCT
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
*
2106 TTCC
261 TGCC
* ** *
2110 TTCCTTCATTGACAGCGAAGCATTTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
*
2175 AGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA-CTGAATCAGATCGAAGACACAAACCTT
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGC-GAATCAGATCGAAGACACAAA----
*
2239 CCCTCTCTCGGCCTTCCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTC
126 --C-CT-T--GCC-T--C-C-CTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTC
*
2304 CTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGT
180 CTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGT
2369 TGAAGACAAAAGATCTTGCC
245 TGAAGACAAAAGATCTTGCC
* *
2389 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
2454 GGTTGAAGACAATAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
* * *
2519 CCTCCCTCGGTTGTGATAGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCATCTTGCATTGACAGCGAA
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* *
2584 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGATTGAAGACAAAAGATCC
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
2649 TGCC
261 TGCC
* * *
2653 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTATGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
2718 GGTTGAAGAGAACAGGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAAGACACAAACCT
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* * * *
2783 TGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGGCTGATTGAAGACAAAAGATCCTGCCTTCCTGCATTGA-AGC
129 TGCCTCCCTCGGTTGTGATGGA-GCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGC
* * ***** * * ****** * *
2847 GTAGC-GGTTTC-TAGAGC-CTCGGGTTACCTCCCTATAAAATAGATAGAGCTAGTTGAAGACAA
193 GAAGCAGG--TCGAAGA-CACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGT-GATGGAGCTGGTTGAAGACAA
*
2909 CAGATCTTGCC
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* * * *
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1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
** * ** *
2985 GGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAACGAAGGAGGTCGAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
* * * * *
3050 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGGCAAAAGATCTTGCCTTCCTCCATTGACAGCGAT
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
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196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
3180 TGCC
261 TGCC
* *
3184 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGATCGAGGACACAAACCTTGCCATCCCTCGGTTGTGATGGAGC
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCC-TCCCTCGGTTGTGATGGAGC
* *
3249 TGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAATCA-AGTCGAAGACACAAACCT
65 TGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGA-TCGAAGACACAAACCT
* *
3313 TGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCG
129 TGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCG
3378 AAAGCAGGTCGAAGACACAAAACCTTGCCTCTCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAC
194 -AAGCAGGTCGAAGACAC-AAACCTTGCCTCT-CTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAA-
3443 AGATCTTGCC
255 AGATCTTGCC
3453 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * *
3518 GGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
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*
3583 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
131 CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
* *
3648 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTTCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAAATCT
196 GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
*
3713 TGCG
261 TGCC
* *
3717 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACTTTGCCTCCCTCGGTTGTGATAGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * * * *
3782 GGTTGAAGACAACAGATCCTGCCTTCCTGTATTGACAGCGAAGCAGGTCAAAGACACAAACCTTG
66 GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
* * * *
3847 CCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTCAAGCCAAAAGATCTTGCCTTCCTCGTCACTTCGACAG
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* * * * * * *
3912 CGAAGTAGATCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTATGATAGAGCTGGTTGATGACAACAG
192 CGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAG
3977 ATCTTGCC
257 ATCTTGCC
* * * *
3985 ATCCTGCATTGACAGTGAAGTAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCT
1 TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
* * * *
4050 GATTGAAGACAAAAGATCCTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTG
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*
4115 CCTCCCTCGGTTGTGATGGATCTGGTTGA
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Statistics
Matches: 3507, Mismatches: 325, Indels: 91
0.89 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
262 162 0.05
263 168 0.05
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277 1 0.00
278 1 0.00
279 232 0.07
280 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.24, T:0.25
Consensus pattern (264 bp):
TTCCTGCATTGACAGCGAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCT
GGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTG
CCTCCCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAACAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACAGCGAA
GCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAAAAGATCT
TGCC
Found at i:2255 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 2235--2264 Score: 60
Period size: 15 Copynumber: 2.0 Consensus size: 15
2225 AAGACACAAA
2235 CCTTCCCTCTCTCGG
1 CCTTCCCTCTCTCGG
2250 CCTTCCCTCTCTCGG
1 CCTTCCCTCTCTCGG
2265 TTGTGATGGA
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.53, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (15 bp):
CCTTCCCTCTCTCGG
Found at i:2336 original size:103 final size:103
Alignment explanation
Indices: 2147--2352 Score: 306
Period size: 103 Copynumber: 2.0 Consensus size: 103
2137 AAGACACAAA
*
2147 CCTTGCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCTAGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA
1 CCTTCCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCTAGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA
* *
2212 CTGAATCAGATCGAAGACACAAACCTTCCCTCTCTCGG
66 CTGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTCCCTCCCTCGG
* * * **
2250 CCTTCCCTCTCTCGGTTGTGATGGAGCTGGTTGAAGACAGCAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA
1 CCTTCCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCTAGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA
* *
2315 GC-GAAGCAGGTCGAAGACACAAACCTTGCCTCCCTCGG
66 -CTGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTCCCTCCCTCGG
2353 TTGTGATGGA
Statistics
Matches: 92, Mismatches: 10, Indels: 2
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
103 91 0.99
104 1 0.01
ACGTcount: A:0.23, C:0.30, G:0.22, T:0.25
Consensus pattern (103 bp):
CCTTCCCTCCCTCGGTTGTGATGAAGCTAGTTGAAGACAAAAGATCTTGCCTTCCTGCATTGACA
CTGAAGCAGATCGAAGACACAAACCTTCCCTCCCTCGG
Done.