Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_771 ID=scaffold_771-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8222
ACGTcount: A:0.13, C:0.08, G:0.10, T:0.16
Warning! 4353 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:606 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 1--1335 Score: 2147
Period size: 194 Copynumber: 6.9 Consensus size: 194
* * * *
1 CCCAACACTCAAACTTGTCTTATGGCCTTTAACAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
*
66 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTGGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
66 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
131 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
131 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* * * *
195 CCCAAGACACAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCGAATAATTTTCTTAGCCAGTGT
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
*
260 TCTAGGGGTGTAAAAAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGT-GAGTCACTGT
66 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
**
324 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATCATGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
131 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* *
388 CCTAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCT-ATAAATTTTCTTAGGCAGCC
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAAT-AATTTTCTTAGGCAGTC
* * * * *
452 TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCATGTTACATGTGAGCTAGTTCGGCTCGCTACAGTGGAGGCACCG
65 TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG
*
517 TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATATGCATATAACATGGTTTCAATGC
130 TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* * *
582 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTTAATAATAAGTTGCTAAT-ATTTTCTCTCGGCAGCC
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCT-TAGGCAGTC
* *
646 TTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG
65 TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG
*
711 TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATTACATGGTTTCAATGC
130 TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* * * * * *
776 CCAAAGACTCAGACTTGTCTTATGACCATCAATAATACGTTGCTAATAACTTTCTTAGAG-AGCC
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAG-GCAGTC
*
840 TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGTTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG
65 TTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG
* * * *
905 CTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATAATATATGTGCATATAACATGGTTTCAATTC
130 TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* * * *
970 CCCAAGTCTCAAACTTGTCTTCTGACCTTTAATAATACGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
* * * *
1035 TTTAGGTGTGTAAAGAAGTCAACTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
66 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
* * *
1100 TTGTAAAATGAATTAAGGTCCTTTGACGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
131 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
* *
1164 CCCAAGACTCAAACTTATCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGTAGTCT
1 CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
*
1229 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGGTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
66 TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
*
1294 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATGCATGT
131 TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGT
1336 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1045, Mismatches: 89, Indels: 14
0.91 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
192 2 0.00
193 186 0.18
194 848 0.81
195 9 0.01
ACGTcount: A:0.29, C:0.16, G:0.21, T:0.34
Consensus pattern (194 bp):
CCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCT
TCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGT
TTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGC
Found at i:3486 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 3143--4011 Score: 1388
Period size: 194 Copynumber: 4.5 Consensus size: 194
3133 NNNTAAAAAA
*
3143 TGCT-ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
1 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGAGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
*
3207 GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGCTTT-TAAAATGAGTTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACA
66 GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTG-TTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACA
* * * * *
3271 TGTGCGTATAACATTGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACCTGTCCTATGACCTTCAAGAATAAGT
130 TGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAGT
* * * *
3336 TGCTAATATTTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGAGGTTTAAACAAGTCAGGTTACATGTGAGCTAGTT
1 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGAGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
* * * * *
3401 GGGCTTGCTATAATGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTACGCTACTTTGATGGTGATGATACTT
66 GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACAT
*
3466 ATGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAGT
131 GTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAGT
* *
3530 TGCTAATAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCGA-AGGGTGTAAACAAGTCAAGTTGCATGTGAGCTAG
1 TGCTAATAATTTTC-TTAGGCAGCCTTCTAGA-GGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAG
* *
3593 TTGGGCTCGCTATAGTGGAGTTACTGTTTGTAAAATGAGTTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATAC
64 TTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATAC
*
3658 ATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAG
129 ATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAG
3723 T
194 T
* *
3724 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCTAGTGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
1 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGAGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
*
3789 GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATAATACAT
66 GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACAT
* * *
3854 GTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATACTAAGT
131 GTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAGT
* *
3918 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTA-AGGGTGTAAGCAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGT
1 TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGA-GGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGT
*
3982 TGGGCTTGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGT
65 TGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGT
4012 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 622, Mismatches: 47, Indels: 13
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 12 0.02
194 606 0.97
195 4 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (194 bp):
TGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGAGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTT
GGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACAT
GTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATAATAAGT
Found at i:4869 original size:194 final size:193
Alignment explanation
Indices: 4524--5185 Score: 1040
Period size: 194 Copynumber: 3.4 Consensus size: 193
4514 NNNNNNNNNN
* * *
4524 AGGCAGTCTTCTAGGTGTGTAAACAAGTCAACTTACATGTGTGCTGGTTGGGCTCGCTATAGTGG
1 AGGCAGTCTTCTAGG-GTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
*
4589 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
65 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
* * *
4654 TTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGT-TGTATGACCTTCAGTACTAAGTTGCTAATAATTTTCTT
130 TTCAATGGCCCAAGACTCAAACTTGTCT-TATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
* * * * *
4718 AGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTAAAGTTCCATGTGAGCTGGTTGGGCTCGCTATAGGGG
1 AGGCAGTCTTCT-AGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
** *
4783 AGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATGGCGATGATACATGTGCATATAACATGGT
65 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
4848 TTCAATGGCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
130 TTCAATGGCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
* * * *
4912 AGGCCGTCTTCTAGGGCTGTAAAGAAGTCAAGTTACATATTAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
1 AGGCAGTCTTCTAGGG-TGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
* *
4977 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTATTTAATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
65 AGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGT
*
5042 TTGAAT-GCCTCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
130 TTCAATGGCC-CAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
* *
5106 AGGTAGTCTTCTTGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
1 AGGCAGTCTTC-TAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGG
5171 AGTCACTGTTTGTAA
65 AGTCACTGTTTGTAA
5186 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 34, Indels: 10
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 7 0.02
194 414 0.97
195 8 0.02
ACGTcount: A:0.28, C:0.16, G:0.22, T:0.34
Consensus pattern (193 bp):
AGGCAGTCTTCTAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGA
GTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTT
TCAATGGCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTT
Found at i:7560 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 7231--8222 Score: 1725
Period size: 194 Copynumber: 5.1 Consensus size: 194
7221 NNNNNNCCCC
*
7231 ATAATTTTCTTAGGCAGACTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
1 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
7296 CGCTATAGTGGAGTCACTGCTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
66 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
*
7361 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGGTA
131 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
7425 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
1 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
* *
7490 CGCTATAGTGGAGTCACTATTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
66 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* *
7555 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCATATGACCTTCAATACTAAGTTGCTA
131 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* *
7619 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGCT
1 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
7684 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
66 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* * * * *
7749 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACCTGTCCTATGACCTTCAAGAAGAAGTTCCTA
131 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* *
7813 ATAATTTGT-TTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAGCTAGTTGGGC
1 ATAATTT-TCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGC
7877 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
65 TCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGC
* * *
7942 ATATAACATGGTTTAAATGCCACAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGATGCTA
130 ATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
* * * *
8007 ATAATTTTCCTAGCCAGTCTTCTAGGGGTGTGAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
1 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
*
8072 CGCTATAGTGGAGTCGCTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
66 CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
* *
8137 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACATGTCTTACGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
131 TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
8201 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTC
1 ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTC
Statistics
Matches: 756, Mismatches: 40, Indels: 4
0.94 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
193 1 0.00
194 754 1.00
195 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.17, G:0.21, T:0.33
Consensus pattern (194 bp):
ATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGCTAGTTGGGCT
CGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATGATACATGTGCA
TATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAATAAGTTGCTA
Done.