Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_826 ID=scaffold_826-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5323
ACGTcount: A:0.19, C:0.16, G:0.11, T:0.17
Warning! 1948 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:262 original size:18 final size:18
Alignment explanation
Indices: 241--275 Score: 52
Period size: 18 Copynumber: 1.9 Consensus size: 18
231 AGGTATGTTT
* *
241 CCTAGCCCTTATATGTAC
1 CCTAACCCTTACATGTAC
259 CCTAACCCTTACATGTA
1 CCTAACCCTTACATGTA
276 TCCTTTTCCG
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 2, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
18 15 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.34, G:0.09, T:0.31
Consensus pattern (18 bp):
CCTAACCCTTACATGTAC
Found at i:801 original size:29 final size:29
Alignment explanation
Indices: 761--1086 Score: 453
Period size: 29 Copynumber: 11.1 Consensus size: 29
751 AAAACACTAA
*
761 CCTAA-CCTAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
789 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
*
818 CCTAACCCTAACCTAAATTATTTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
* *
847 CCTAACCCTAACCTAACCTAACCTAAATAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCT-A---AA-TTAATTAAAAAC
*
881 CCTAACCCTAACCTAACTTAACCTT--AAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAA--TTAAAAAC
* *
910 CCTAGCCCTAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
* *
939 CCTAATCCTAACCTAACTTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
*
968 CCTAA-CCTAACCTAAATTAATTAAAAAT
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
*
996 CGTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
*
1025 CGTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1054 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1 CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
1083 CCTA
1 CCTA
1087 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 271, Mismatches: 16, Indels: 21
0.88 0.05 0.07
Matches are distributed among these distances:
27 2 0.01
28 30 0.11
29 210 0.77
30 2 0.01
31 1 0.00
33 3 0.01
34 23 0.08
ACGTcount: A:0.46, C:0.29, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (29 bp):
CCTAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAAC
Found at i:886 original size:92 final size:91
Alignment explanation
Indices: 738--1086 Score: 477
Period size: 92 Copynumber: 3.9 Consensus size: 91
728 AAATAAAAAC
* * *
738 CCTAATTTAATTGAAAACACTAACCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
803 AAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
66 AAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* * *
829 CCTAAATTATTTAAAAACCCTAACCCTAACCTAACCTAACCTAAATAAAAACCCTAACCCTAACC
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAA-CCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACC
* *
894 TAACTTAACCTT--AAACCCTAGCCCTAA
65 TAAATTAA--TTAAAAACCCTAACCCTAA
*
921 CCTAACTTAATTAAAAACCCTAA--T--CCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAA-CCTAACCT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
* *
981 AAATTAATTAAAAATCGTAACCCTAA
66 AAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* *
1007 CCTAAATTAATTAAAAACCGTAA-C---CCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
1 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
1068 AAATTAATTAAAAACCCTA
66 AAATTAATTAAAAACCCTA
1087 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 21, Indels: 18
0.86 0.08 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 2 0.01
86 74 0.32
87 51 0.22
89 1 0.00
91 19 0.08
92 81 0.35
94 2 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.28, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (91 bp):
CCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
AAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
Found at i:911 original size:115 final size:112
Alignment explanation
Indices: 766--1086 Score: 337
Period size: 121 Copynumber: 2.8 Consensus size: 112
756 ACTAACCTAA
*
766 CCTAACCT-AACTTAATTAAAAACCCT-AACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
1 CCTAACCTAAAC-TAATT--AAACCGTAAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAA
* *
829 CCTAAATTATTTAAAAACCCTAACCCTAACCTAACCTAACCTAAATAA-AAAC
63 CCTAAATTAATTAAAAACCCTAA-CCTAACCTAAACTAA-CTAAA-AACAAAC
* * * *
881 CCTAACCCTAACCTAACTTAACCTTAAACCCT-AGCCCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAAT
1 CCTAA-CCT-A---AAC-TAA--TTAAACCGTAAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAAC
* * * *
945 CCTAACCTAACTTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAAATTAATTAAAAATCGTAAC
58 CCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAAACTAACTAAAAA-C-AAAC
*
1002 CCTAACCTAAATTAATTAAAAACCGT-AACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
1 CCTAACCTAAACTAATT--AAACCGTAAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAAC
1066 CTAAATTAATTAAAAACCCTA
64 CTAAATTAATTAAAAACCCTA
1087 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 15, Indels: 26
0.81 0.07 0.12
Matches are distributed among these distances:
113 2 0.01
115 69 0.39
116 5 0.03
118 2 0.01
119 5 0.03
120 16 0.09
121 77 0.43
123 2 0.01
ACGTcount: A:0.46, C:0.29, G:0.01, T:0.25
Consensus pattern (112 bp):
CCTAACCTAAACTAATTAAACCGTAAACCCTAACCTAAATTAATTAAAAACCCTAACCCTAACCT
AAATTAATTAAAAACCCTAACCTAACCTAAACTAACTAAAAACAAAC
Done.