Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_831 ID=scaffold_831-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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ACGTcount: A:0.15, C:0.14, G:0.11, T:0.19
Warning! 2342 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:316 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 1--1495 Score: 2212
Period size: 132 Copynumber: 11.3 Consensus size: 132
* *
1 AATCTGCTTCCCCCCTATCTTGGAAAGATAAGGATTTGCGATCTTTGATCTGCTCCACTCACTGC
1 AATCTGCTT-CCCACTATCTTGGAAAGATAA-GATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT-ACTGC
* *
66 TTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTTC-ACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGAGAAAGGCTTTG
63 TTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGA-CAAGGCTTTG
130 TGGCTTA
126 TGGCTTA
*
137 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAATATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCGA-TACTGCTT
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCC-ACTACTGCTT
* * * * *
201 AGGCAGATAAGATCTACAATATTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGGGAGACAAGGGTTTTTGGC
65 AGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGC
266 TTA
130 TTA
* *
269 AATCTACTTTCCACTAT-TTCGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTT
1 AATCTGCTTCCCACTATCTT-GGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTT
* *
333 AGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCATCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTTTGGC
65 AGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGC
398 TTA
130 TTA
* *
401 AATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTACCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* * * * *
466 GGGAGATAAGATCTACAATCCTAAACCTTCTGCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAAGCTTTATGGCT
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
531 TA
131 TA
* * * *
533 AATCTGCTTCCCAATATCTTGGGAAGATAAGACTTGCCATCTTTGATCTGTTCCACTACTGCTTA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* * * * * * *
598 GGGAGATCAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAGTCAACGCTTGGTGGCT
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
663 TA
131 TA
* * * * *
665 AATCTGCTTCCCGCTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCATTACTACTTA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* *
730 GGGAGATAAGATCTACAATCTTGAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
795 TA
131 TA
* * *
797 AATTTGCTTCCCACTATCTTTGG-AAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTACTCCGCTA-TGCTT
1 AATCTGCTTCCCACTATC-TTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTT
** * *
860 AGGTCGATAAGATCTACAATCTTGAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTTTGGC
65 AGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGC
925 TTA
130 TTA
* *
928 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGTTCCACTACTGCTGA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* * * *
993 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAGACAAGGCTTGGTGGCT
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
1058 TA
131 TA
* * *
1060 AATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* * *
1125 GGGAGATAAGATCTACAATCTTGAACCTTCTCCTGCTGCTGCTTAGAGAGAGAAGGCTTTGTGGC
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCC-GCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGC
1190 TTA
130 TTA
* * * *
1193 AATCTTGCTTTCTCACTATCCTGGAAAGATGAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCCGCTACTGC
1 AATC-TGC-TTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCT-CCACTACTGC
* *
1258 TTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGGGAGACAAGGCTTGGTG
63 TTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTG
1323 GCTTA
128 GCTTA
* * *
1328 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTA
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
* *
1393 GGGAGATAAGATCAACAATCTTCAACCTTCT-CGC-GCTACTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
66 GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
1456 TA
131 TA
1458 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCC
1 AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCC
1496 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1227, Mismatches: 120, Indels: 30
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
130 69 0.06
131 123 0.10
132 729 0.59
133 128 0.10
134 30 0.02
135 95 0.08
136 53 0.04
ACGTcount: A:0.25, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (132 bp):
AATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTA
GGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTGTGGCT
TA
Found at i:343 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 293--646 Score: 123
Period size: 44 Copynumber: 8.0 Consensus size: 44
283 TATTTCGGAA
* *
293 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * *
337 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCAT-CTCCGCTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTACCATCTTTAATC-TGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * **** * *
381 AGACAAGGCTTT-TTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTACCATCTTTAATCTGC--TCCACTACTGCTTAGG-G
*
425 AGATAAGATTTACCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * * * *
469 AGATAAGATCTACAATCCTAAACCTTCTGCGCTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * *** * *
513 AGACAAAGCTTTA-TGGCTTAAATCTGCTTCCCAATA-T-CTT-GGG
1 AGA-TAAGATTTACCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGGG
* * * *
556 AAGATAAGACTTGCCATCTTTGATCTGTTCCACTACTGCTTAGGG
1 -AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * *
601 AGATCAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
645 AG
1 AG
647 TCAACGCTTG
Statistics
Matches: 209, Mismatches: 83, Indels: 36
0.64 0.25 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 12 0.06
43 16 0.08
44 156 0.75
45 18 0.09
46 7 0.03
ACGTcount: A:0.27, C:0.25, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTACCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:1400 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 952--1404 Score: 126
Period size: 44 Copynumber: 10.2 Consensus size: 44
942 TATCTTGGAA
* * * *
952 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGTTCCACTACTGCTGAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
996 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * ** * * *
1040 AGACAAGGCTTGGT-GGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CCT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* *
1084 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * *
1128 AGATAAGATCT-ACAATCTTGAACCTTCTCCTGCTGCTGCTTAGAG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCC-ACTACTGCTTAGGG
* * ** * * *
1173 AGAGAAGGCTTTGT-GGCTTAAATCTTGCTTTCTCACTA-T-CCT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATC-TGC--TC-CACTACTGCTTAGG-G
* * * *
1219 AGATGAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCCGCTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCT-CCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * *
1264 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * ** * *
1308 AGACAAGGCTTGGT-GGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
*
1352 AGATAAGATTTGTCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1396 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
1405 CAACAATCTT
Statistics
Matches: 280, Mismatches: 95, Indels: 68
0.63 0.21 0.15
Matches are distributed among these distances:
42 12 0.04
43 25 0.09
44 145 0.52
45 64 0.23
46 28 0.10
47 1 0.00
48 4 0.01
49 1 0.00
ACGTcount: A:0.25, C:0.23, G:0.21, T:0.31
Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:2151 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 1915--2751 Score: 1378
Period size: 132 Copynumber: 6.4 Consensus size: 132
1905 NNNNNNNNNN
* * * * *
1915 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCCACTGCTGCTCGGGGAGACAAGGCTTGG
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
* *
1979 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTA
66 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
2044 CT
131 CT
* * *
2046 GCTTAGGGAGATAAGATCGACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGACACAAGGCTTTG
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
* * *
2111 TGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATTTTGGAAAGATAAGATTTGACATCTTTGATCTGCTCCACTA
66 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
2176 CT
131 CT
*
2178 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTC-CTCACTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTT
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTC-CGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTT
* * *
2242 TTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGACATCTTTGATCTGCTCCACT
65 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
2307 ACT
130 ACT
* * *
2310 GCTGAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGGGAGACAAGGCTTTT
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
* * *
2375 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAATATAAGATTTACCATTTTTGATCTGCTCCACTA
66 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
2440 CT
131 CT
* *
2442 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTA
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
2507 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
66 TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
2572 CT
131 CT
* *
2574 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTT-
2639 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTT-G-AAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
65 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
2702 ACT
130 ACT
2705 GCTTAGGGAGAT-AGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTC
1 GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTC
2752 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 665, Mismatches: 37, Indels: 9
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
130 33 0.05
131 74 0.11
132 530 0.80
133 28 0.04
ACGTcount: A:0.26, C:0.25, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (132 bp):
GCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCTTTG
TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA
CT
Found at i:2191 original size:44 final size:43
Alignment explanation
Indices: 2142--2730 Score: 193
Period size: 44 Copynumber: 13.4 Consensus size: 43
2132 TATTTTGGAA
*
2142 AGATAAGATTTGACATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTT-ACATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
2186 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTC-CTCACTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTAC-ATCTTTAATCTGCTC-CACTACTGCTTAGGG
* * **** * * *
2230 AGACAAGGCTTTTTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTACATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* *
2274 AGATAAGATTTGACATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTGAGGG
1 AGATAAGATTT-ACATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
2318 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTAC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * **** * *
2362 AGACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTACATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * *
2406 ATATAAGATTTACCATTTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTA-CATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
2450 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTAC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * *** * *
2494 AGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTACATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* *
2538 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTT-ACATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
2582 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTAC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * *
2626 AGACAAGGCTTT-GGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT--GA
1 AGATAA-GATTTACAT--CTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGGG
* *
2669 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTT-ACATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
*
2713 AGAT-AGATCTACAATCTT
1 AGATAAGATTTAC-ATCTT
2731 CAACCTTCTC
Statistics
Matches: 374, Mismatches: 129, Indels: 85
0.64 0.22 0.14
Matches are distributed among these distances:
40 6 0.02
41 2 0.01
42 35 0.09
43 45 0.12
44 231 0.62
45 34 0.09
46 15 0.04
47 6 0.02
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.18, T:0.32
Consensus pattern (43 bp):
AGATAAGATTTACATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:4917 original size:132 final size:132
Alignment explanation
Indices: 4675--5685 Score: 1621
Period size: 132 Copynumber: 7.7 Consensus size: 132
4665 NNNNNNNNNN
** *
4675 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGGAGCTCAAAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* * *
4740 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
*
4805 TT
131 TC
* * * * *
4807 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCTGTTACTGCTCAGGGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* * * *
4872 GACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCTCTAACTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
4937 TC
131 TC
* *
4939 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
*
5004 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
5069 TC
131 TC
5071 TGCTCCACTA-TGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
*
5135 GACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
5200 TC
131 TC
* * * * *
5202 TGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGGGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* * * * * *
5267 GATAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAGGATTTGTCGTCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
5332 TC
131 TC
* * *
5334 TGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
*
5399 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
5464 TC
131 TC
* * *
5466 TGCTCCGCTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTGCTTAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* * * *
5531 GACAAGGGTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATTTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
5596 TC
131 TC
5598 TGCTCCACT-CTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
*
5662 GACAAGGCTTTATGGCTTAAATCT
66 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCT
Statistics
Matches: 805, Mismatches: 73, Indels: 3
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 202 0.25
132 603 0.75
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (132 bp):
TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
TC
Found at i:4963 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 4783--5625 Score: 159
Period size: 44 Copynumber: 19.2 Consensus size: 44
4773 TATCTTGCAA
* * *
4783 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATTTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * *** *
4827 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTACTCTGTTACTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * ** * * *
4871 AGACAAGGCTTGGT-GGCTTAAATCTGCTTCC-CT-CTAACTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-TCCACTACT-GCTTAGG-G
*
4915 AGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * * *
4959 AGATAAGATCT-ACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * *
5003 AGACAAGGCTTTGT-GGCTTAAATTTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* *
5047 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTA-TGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * *
5090 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* ** * *
5134 AGACAAGGCTT-T-ATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAAGATTTGTCAT--CTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * *
5178 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAAGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * *
5222 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGGG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * *
5266 AGATAAGGCTTGGT-GGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CCT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * * *
5310 AGATAGGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTACTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * * *
5354 AGATAAGATCT-ACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * *
5398 AGACAAGGCTTTGT-GGCTTAAATTTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * *
5442 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCGCTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
5486 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTGCTTAGAG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * *** * * *
5530 AGACAAGGGTTT-TTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTA-T--TTTGGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTGC--TCCACTACTGCTTAGG-G
* *
5574 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT-CTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
5617 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
5626 CTACAATCTT
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 202, Indels: 121
0.62 0.23 0.14
Matches are distributed among these distances:
42 34 0.06
43 87 0.16
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46 25 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:5416 original size:395 final size:396
Alignment explanation
Indices: 4675--5685 Score: 1756
Period size: 395 Copynumber: 2.6 Consensus size: 396
4665 NNNNNNNNNN
** *
4675 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGGAGCTCAAAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
*
4740 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
* * *
4805 TTTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCTGTTACTGCTCAGG
131 TCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGG
* *
4870 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCTCTAACTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTT
196 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACCTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTT
*
4935 GATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
261 GATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
5000 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
326 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
5065 TTGATC
391 TTGATC
5071 TGCTCCACTA-TGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* *
5135 GACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
* *
5200 TCTGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGG
131 TCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGG
* * * *
5265 GAGATAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAGGATTTGTCGTCTTT
196 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACCTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTT
5330 GATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
261 GATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
5395 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
326 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
5460 TTGATC
391 TTGATC
* * *
5466 TGCTCCGCTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTGCTTAGAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
* *
5531 GACAAGGGTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATTTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
* * *
5596 TCTGCTCCACT-CTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGA
131 TCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGG
**
5660 GAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCT
196 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCT
Statistics
Matches: 581, Mismatches: 33, Indels: 3
0.94 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
395 447 0.77
396 134 0.23
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (396 bp):
TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGA
GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
TCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGG
GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACCTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTT
GATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
TTGATC
Found at i:5668 original size:527 final size:527
Alignment explanation
Indices: 4675--5685 Score: 1646
Period size: 527 Copynumber: 1.9 Consensus size: 527
4665 NNNNNNNNNN
* * *
4675 TGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGGAGCTCAAAGA
1 TGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTCGAGCTCAAAGA
** * *
4740 GACAAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
66 GACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
* * * * * *
4805 TTTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCTGTTACTGCTCAGG
131 TCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGA
* *
4870 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCTCTAACTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTT
196 GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTT
* *
4935 GATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCA
261 GATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCA
*
5000 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
326 GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
5065 TTGATCTGCTCCACTATGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTC
391 TTGATCTGCTCCACTATGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTC
5130 AGAGAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATC
456 AGAGAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATC
5195 TTTGATC
521 TTTGATC
* **
5202 TGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTA-CTCAGGG
1 TGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCT-CGAGCTCAAAG
* * * * *
5266 AGATAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAGGATTTGTCGTCTTTG
65 AGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTG
* * *
5331 ATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACTATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAG
130 ATCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAG
* * *
5396 AGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTT
195 AGAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTT
* * *
5461 TGATCTGCTCCGCTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTGCTT
260 TGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTC
* * * *
5526 AGAGAGACAAGGGTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATTTTGGAAAGATAAGATTTGCCATC
325 AGAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATC
*
5591 TTTGATCTGCTCCACTCTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCT
390 TTTGATCTGCTCCACTATGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCT
5656 CAGAGAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCT
455 CAGAGAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCT
Statistics
Matches: 443, Mismatches: 40, Indels: 2
0.91 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
527 442 1.00
528 1 0.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (527 bp):
TGCTCCACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTCGAGCTCAAAGA
GACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGCAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
TCTGCTCCACTACTACTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGA
GAGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTAACTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTT
GATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCA
GAGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCT
TTGATCTGCTCCACTATGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTC
AGAGAGACAAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATC
TTTGATC
Done.