Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_83 ID=scaffold_83-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 31282
ACGTcount: A:0.17, C:0.05, G:0.10, T:0.17
Warning! 15920 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:9628 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 7796--10082 Score: 2973
Period size: 516 Copynumber: 4.4 Consensus size: 516
7786 NNNNNNNNNN
* *
7796 GGAATGCTATGTTGTTGGATCGCATGTTTGTGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
1 GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
*
7861 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAACTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
66 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
*
7926 AAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
131 GAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
*
7991 AAATTGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
196 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
* *
8056 ACAGCTCGAGTGAGTAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATTATTAGTCCCTGAAACTTT
261 ACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTT
*
8121 CTAGTTGCCTTTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTG
326 CTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTG
* * *
8186 TGTTTTCGTATATATATATTAA-ATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGAT
391 TGTTTTTGTATAGATAT-TAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGAT
*
8250 CAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATTGATGTG
455 CAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
* *
8312 GGAATGTTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTTAAATGTATAGAGAATT
1 GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
8377 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
66 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
* * * * *
8442 GAACCTGTATGAATTTACCAAATGTTTTAGATAACAATGGAAAGTGATTACGG-TAT-AAAGAGA
131 GAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
* * *
8505 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAGAACTTATAGATTCTCG
196 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
* * * * * *
8570 ACGGCTCTAGTGAGCAGTATCAGATCATTATACAGCGATCTGTGATGATTAG-CCCGTGAAACGT
261 ACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCC-TGAAACTT
* * *
8634 TCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATTACTACATTTTCGTATTATATTTTAATT
325 TCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATT
8699 GTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGAT
390 GTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGAT
*************************************************************
8764 CNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
455 CAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
********************************************* *
8826 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAAAATGTATAGAGACTT
1 GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
*
8891 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAA
66 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTG--TATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAA
* * * *
8956 AAGAACCTGCATGAATTTATCGAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAG
129 AAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAA
* *
9021 GAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTGTGGATTCT
194 GAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCT
* *
9086 CGACAACTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACT
259 CGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACT
*
9151 TTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTGTTATATATT-AA
324 TTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATAT-TTGAA
* * *
9215 TTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATGTATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAGATGG
388 TTGTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGG
9280 ATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
453 ATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
*
9344 GGAATGCTATGTTGTTGGATCGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
1 GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
* *
9409 GTTATTCAAAATAACTAATGTCTGTATACAACTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
66 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
*
9474 GAACCTATATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
131 GAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
9539 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
196 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
9604 ACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTT
261 ACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTT
9669 CTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTG
326 CTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTG
*
9734 TGTTTTCGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATC
391 TGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATC
* * *
9799 AAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
456 AAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
* * * *
9860 GGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGACTT
1 GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
* *
9925 GTTATTCAAATTAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATTGGTAAAA
66 GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
* * * *
9990 GAACCTGCATGACTTTATCGAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
131 GAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
10055 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTAT
196 AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTAT
10083 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1455, Mismatches: 307, Indels: 18
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
513 6 0.00
514 281 0.19
515 5 0.00
516 874 0.60
517 3 0.00
518 281 0.19
519 5 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.09, G:0.19, T:0.34
Consensus pattern (516 bp):
GGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATT
GTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAA
GAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAAAAGA
AAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCG
ACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTT
CTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAATTG
TGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATC
AAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGATGTG
Found at i:16254 original size:515 final size:516
Alignment explanation
Indices: 15366--16300 Score: 1651
Period size: 515 Copynumber: 1.8 Consensus size: 516
15356 NNNNNNNNNN
* *
15366 CATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGAATTCTTATTCAAAATAACTAATGTG
1 CATGTTTATGATGATGTTACAAATTTAAAATGTATAGAGAATTCTTATTCAAAATAACTAAAGTG
* *
15431 TGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGGATTTAACAAA
66 TGTATACAATTAAAGAGCTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
15496 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGAATAAGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAG
131 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGAATAAGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAG
15561 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
196 ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
* * *
15626 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGTCATTTTCTAGGTAA
261 GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCGAAACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAA
* * *
15691 GTGCATATGGAAGTTACTGCATTTTTGTATTATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATT-AA-
326 GTGCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAACTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
15754 ATATATAACTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACT
391 ATATATAACTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACT
15819 TGATAAATATGAAGTGATTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAG
456 TGATAAATATGAAGTGATTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAG
*
15880 CATGTTTATGATGATGTTACAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAAAGTG
1 CATGTTTATGATGATGTTACAAATTTAAAATGTATAGAGAATTCTTATTCAAAATAACTAAAGTG
*
15945 TGTATACAATTAAAGAGCTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACGAA
66 TGTATACAATTAAAGAGCTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
* * * *
16010 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTTTAAAAAGGAGAAAAA-GGGAATCGTGATTAG
131 TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGAATAAGGTTATAAAAA--AGAAAAATGAGAATCGTGATTAG
16074 AGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTAT
194 AGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTAT
* *
16139 CGGATCATTATATAGCAATCTTTGATGATTTGTCCCCGAAACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGT
259 CGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCGAAACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGT
*
16204 AAGTTCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAACTGTGTTTTTGTATATATATTAA
324 AAGTGCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAACTGTGTTTTTGTATATATATTAA
*
16269 ATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
389 ATATATATAACTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
16301 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 20, Indels: 5
0.94 0.05 0.01
Matches are distributed among these distances:
514 161 0.41
515 198 0.50
516 9 0.02
517 29 0.07
ACGTcount: A:0.35, C:0.10, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
CATGTTTATGATGATGTTACAAATTTAAAATGTATAGAGAATTCTTATTCAAAATAACTAAAGTG
TGTATACAATTAAAGAGCTTGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAA
TGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGAATAAGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAG
ATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCG
GATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCGAAACTTTCTAGTTGCCAGTTTCTAGGTAA
GTGCATATGGAACTTACTGCATTTTCGTATTATATTTGAACTGTGTTTTTGTATATATATTAAAT
ATATATAACTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACT
TGATAAATATGAAGTGATTCATGACATTGAATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAG
Found at i:19110 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 18583--20175 Score: 2663
Period size: 516 Copynumber: 3.1 Consensus size: 516
18573 NNNNNNNNNN
*
18583 AAATCGGTAAAAGAACCT-CTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATG
1 AAATTGGTAAAAGAACCTGC-ATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATG
*
18647 GTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATACAGCACAAA
65 GTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAA
*
18712 TTATGGATTTTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAG
130 TTATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAG
18777 TCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTAT
195 TCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTAT
* *
18842 TATATTTGAACTT-TGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGCCATTTT
260 TATATTTGAA-TTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTT
*
18906 ATATAAAATGGATCAACTCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTG
324 ATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTG
18971 AATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGT
389 AATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGT
*
19036 ATAGAGCCTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
454 ATAGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
* * * * *
19099 GAATTGGTAAAAGAACCTGCATGACTTTATCGAATAGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
1 AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
* *
19164 TTATAAAAAGGAAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
66 TTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
* * * *
19229 TGTGGATTCTCGACAACTCGACTGAGCAGTATCGGATCATTTTATAGCAATCTGTGATGATTAGT
131 TATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
*
19294 CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCA-TTTCTAGGTAAGCTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
196 CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
* *
19358 ATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATA-TATTATATATATAACTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
261 ATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTA-AATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTA
*
19422 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGTGATTCATGACATTGA
325 TATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGA
* * * *
19487 ATTGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTA
390 ATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTA
*
19552 TAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
455 TAGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
* * *
19614 AAATTGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTTACAAATGTTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
1 AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
* *
19679 TTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCAGAACT
66 TTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
* * * * **
19744 TAAGGATTCTCGACGGCTCCAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGTGATCTGTGATGATTAGT
131 TATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
* * * * *
19809 CCCTGAAACGTTCTAGTTCCCGTTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATTACCGCATTTTCGTATT
196 CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
* * *
19874 ATATTTTAATTGTGTTTTTGTATAGATTTTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTAT
261 ATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTAT
* * *
19939 ATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAA
326 ATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAA
20004 TGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTAT
391 TGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTAT
*
20069 AGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTCTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
456 AGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
* *
20130 AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTATCGAATGGTTTAGATAA
1 AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAA
20176 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 997, Mismatches: 75, Indels: 10
0.92 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
514 4 0.00
515 471 0.47
516 519 0.52
517 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.20, T:0.35
Consensus pattern (516 bp):
AAATTGGTAAAAGAACCTGCATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGG
TTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAAT
TATGGATTCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGT
CCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATT
ATATTTGAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTAT
ATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAA
TGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTAT
AGAGACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACG
Found at i:24559 original size:517 final size:515
Alignment explanation
Indices: 23942--25116 Score: 1976
Period size: 517 Copynumber: 2.3 Consensus size: 515
23932 TTAGGCCCTT
23942 AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
1 AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
*
24007 TGAATTGTGTTTTTGTATATATATATTAAATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAT
66 TGAATTGTGTTTTTGTATATATATATTAAATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAA
* * *
24072 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATGAAGCGATTCATGACATTGAATTGAT
131 ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
* *
24137 GTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
196 GTGGGAATGCTAAGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
*
24202 ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAATGAGTTTGAAATGATACGAAA-TCGGT
261 ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAACT-GGT
*
24266 AAAAGAACCTGTATGAAATTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAA
325 AAAAGAACCTGCATGAAATTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAA
* *
24331 AGGAGAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTCGAGATCCAACATAGATTATGGAT
390 A-G-GAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTCGAGATCCAACACAAATTATGGAT
*
24396 TCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTTGTCCCCG
453 TCTCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCG
* *
24459 AAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATTACTGCATTTTCGTATTATATT
1 AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
* * *
24524 TTAATTGTGTTTTTGTATAGATAT-TAAATATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAA
66 TGAATTGTGTTTTTGTATATATATATTAA-ATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAA
* *
24588 AATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGA
130 AATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGA
* *
24653 TGTGGGAATGGTAAGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAG
195 TGTGGGAATGCTAAGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAG
* *
24718 ACTTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTTTACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAACTGGT
260 AATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAACTGGT
** * *
24783 AAAAGAACCTGCATGACTTTATCGAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTATGGTTATAAAA
325 AAAAGAACCTGCATGAAATTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAA
* * *
24848 AGGAAAATGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGATCCAGCACAAATTATGGATTC
390 AGGAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTCGAGATCCAACACAAATTATGGATTC
* * * *
24913 TCGACAGCTCGAGTGAGTAGTATCGGATCATTATATAGCAATCTGTGATTATTAGTCCCTG
455 TCGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCG
24974 AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
1 AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
* * *
25039 TGAATTGTGTTTTCGTATATATATATTAAATATATAATTGTAGATTGAATGGTTTTTTATATAAA
66 TGAATTGTGTTTTTGTATATATATATTAAATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAA
25104 ATGGATCAAATCG
131 ATGGATCAAATCG
25117 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 613, Mismatches: 42, Indels: 8
0.92 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
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516 7 0.01
517 361 0.59
518 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.09, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (515 bp):
AAACTTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTTACTGCATTTTCGTATTATATT
TGAATTGTGTTTTTGTATATATATATTAAATATATAATTGTAGATTTAATGGCTTTTTATATAAA
ATGGATCAAATCGTAAAATAAGAAATACTTGATAAATATGAAGAGATTCATGACATTGAATGGAT
GTGGGAATGCTAAGTTGTTGGATAGCATGTATATGATGATGTTGCAAATTTAAAATGTATAGAGA
ATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTTTGAAATGATACGAAACTGGTA
AAAGAACCTGCATGAAATTATCAAATGGTTTAGATAAGAATGGAAAGTGATTACGGTTATAAAAA
GGAAAAAGGGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTCGAGATCCAACACAAATTATGGATTCT
CGACAGCTCGAGTGAGCAGTATCAGATCATTATATAGCAATCTGTGATGATTAGTCCCCG
Found at i:29190 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 28668--29960 Score: 2271
Period size: 516 Copynumber: 2.5 Consensus size: 516
28658 CTATGTGGCG
28668 ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
1 ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
* *
28733 ACTACATTTTCGTGTTACATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
66 ACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
*
28798 TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATACTAAATACTTGATAAATATGAAGA
131 TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGA
28863 GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
196 GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
*
28928 TAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTT
261 CAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTT
* *
28993 TGAAATGATATGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATGTAACAAATGTTTTAGATAAGAATGGA
326 TGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATGTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGA
29058 AAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
391 AAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
* * * *
29123 TCCAGCACAAATTGTGGATTCTCGACAACTCGATTGAGCAGTATCGGATCATTATATAACA
456 TACAGCACAAATTATGGATTCTCGACAACTCCAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAACA
* * *
29184 ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACTTTCTAGTTGCCATTCTCTAGGTAAGTTCATATGGAAGTT
1 ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
*
29249 ACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTATTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
66 ACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
* * * * * *
29314 TTGAATGGCTTTTAATATAAAATGGATCAAATCGTAAAATAAGAACTACTTGATAAATATAAAGA
131 TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGA
* * * *
29379 GATTCATAACATTGAATGGATGTGGGAATGCTATGTTGTTGGATAGCATGTTTATGATGATGTTG
196 GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
29444 CAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTT
261 CAAATTTAAAATGTATAGAGAATTGTTATTCAAAATAACTAATGTGTGTATACAATTAAAGAGTT
*
29509 TGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATTTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGA
326 TGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATGTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGA
* *
29574 AAGTGATTATGGTTATAAAAAGGAAAAATGAGAATCGTGATTGGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
391 AAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
* * ** *
29639 TACAGCAGAACTTATGGATTCTCGACGGCTCCAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAGCA
456 TACAGCACAAATTATGGATTCTCGACAACTCCAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAACA
*
29700 ATCTTTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
1 ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
* *
29765 ACTGCATTTTCGTATTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATAGATATTAAATATATATAATTGTAGA
66 ACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
29830 TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGA
131 TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGA
29895 GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
196 GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
29960 C
261 C
29961 TANNNNNNNN
Statistics
Matches: 728, Mismatches: 49, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
516 728 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.09, G:0.19, T:0.37
Consensus pattern (516 bp):
ATCTGTGATGATTAGTCCCTGAAACGTTCTAGTTGCCATTTTCTAGGTAAGTTCATATGGAAATT
ACTGCATTTTCGTGTTATATTTTAATTGTGTTTTTGTATATATATTAAATATATATAATTGTAGA
TTTAATGGCTTTTTATATAAAATGGATCAAATCATAAAATAATAAATACTTGATAAATATGAAGA
GATTCATGACATTGAATGGATGTGGGAATGGTATGTTGTTGGATAGCATGTATATGTTGATGTTG
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TGAAATGATACGAAATCGGTAAAAGAACCTGTATGAATGTAACAAATGGTTTAGATAAGAATGGA
AAGTGATTATGGTTATAAAAAAGAAAAATGAGAATCGTGATTAGAGATTTATTCGATGGTTGAGA
TACAGCACAAATTATGGATTCTCGACAACTCCAGTGAGCAGTATCGGATCATTATATAACA
Done.