Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_834 ID=scaffold_834-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5210
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.12, T:0.22
Warning! 1896 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:4661 original size:624 final size:624
Alignment explanation
Indices: 2233--5210 Score: 5287
Period size: 624 Copynumber: 4.8 Consensus size: 624
2223 NNNNNNNNNN
*
2233 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGATGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
1 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
*
2298 TAAGGG-AAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGGCAAAAATGTAA
66 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
2362 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
131 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
* * * *
2427 GTTTTTATATGCACGATCAAGAAGCGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCA
196 GTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCA
*
2492 GATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGGCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATAT
261 GATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATAT
2557 ATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTC
326 ATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTC
2622 ATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT
391 ATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT
2687 GGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAA
456 GGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAA
2752 TTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGT
521 TTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGT
* *
2817 AAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGGACTTTAAATGG
586 CAATTTATAATGGATTATCAAACTAAT-GGAC-TTAAATGG
2858 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
1 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
* *
2923 TACGGGAAAAATTGTAAATTTCTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
66 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
* * *
2988 TCATCTCCTCTAATTGGCTATTTTTG-AAACCGACTAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGG
131 TCATCTCCTCTAATTTGCTA-TTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGG
* *
3052 AGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTA
195 AGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTC
* * *
3117 AGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTATAGCTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
260 AGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
* *
3182 TATGTTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTTGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTT
325 TATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTT
*
3247 CACTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCG
390 CATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCG
3312 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATA
455 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATA
*
3377 ATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATAAGGTAAAGGGG
520 ATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGG
* * *
3442 TCAATTTATGATGGATTATCAAACTAATCGACTTAAGTGG
585 TCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGG
* *
3482 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTGGATTTGT
1 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
* * * *
3547 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTCTAACTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGAAAAAAATGTTA
66 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
* * * *
3612 TCATCTCCTCTAATTTTCTATTTTGTAAACCGAATAACAGAGAGGGAGAAGCTTCCGGTCATGGA
131 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
* * * *
3677 ATTTTAAAAATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGCC
196 GTTTT-TACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTC
* *
3742 AGATTAGCCGGCTGCTTCATTTTTACAACTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
260 AGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
* * *
3807 TATGGTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTACAATTAATGTAAAAATTT
325 TATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTT
*
3872 CATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAATTGAATATTTGGTCG
390 CATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCG
3937 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATA
455 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATA
4002 ATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGG
520 ATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGG
*
4067 TCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAGTGG
585 TCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGG
*
4107 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGAGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
1 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
*
4172 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACTAAAATGTAA
66 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
* * *
4237 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCACAA-GGAATAAAAGAGAGGAAGAAACTTTCGGTCATGG
131 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCA-AACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGG
*
4301 AGTTTTTACATGCATGATCAAGAAATGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTC
195 AGTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTC
*
4366 AGATTAGTCTGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
260 AGATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATA
4431 TATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTT
325 TATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTT
*
4496 CATTGTTTGCTTGTAAATTATTCAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCG
390 CATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCG
*
4561 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATCTTAGGTGTACAGATA
455 TGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATA
* *
4626 ATTAATTAAGTAAAAATCACAAAATTGATAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGG
520 ATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGG
*
4691 TCAATTTATAATGGATTATCAGACTAATGGACTTAAATGG
585 TCAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGG
*
4731 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTAGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
1 TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
*
4796 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACTAAAATGTAA
66 TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
*
4861 TCATCCCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
131 TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
* *
4926 GTTTTTTCATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGAATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCA
196 GTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCA
*
4991 GATTAGTCGGCTCCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATAT
261 GATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATAT
5056 ATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTC
326 ATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTC
* *
5121 ATTGTTTGCTTGTAAACTATTCAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT
391 ATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT
5186 GGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTT
456 GGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTT
Statistics
Matches: 2251, Mismatches: 96, Indels: 13
0.95 0.04 0.01
Matches are distributed among these distances:
623 7 0.00
624 1062 0.47
625 660 0.29
626 517 0.23
627 5 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.10, G:0.18, T:0.34
Consensus pattern (624 bp):
TAAATGCACCAAATGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTT
TAAGGGAAAAATTGTAAATTTGTAATTAAATGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTAA
TCATCTCCTCTAATTTGCTATTTTGCAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGA
GTTTTTACATGCATGATCAAGAAACGAACCAACCGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCA
GATTAGTCGGCTGCTTCATTTTTACAACCATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTAGTATATAATATAT
ATGCTTGTTTCCTTATGATTATGTATATCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAATGTGAAAATTTC
ATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAATATTTGGTCGT
GGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAGGTGTACAGATAA
TTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCTATTAGGTAAAGGGGT
CAATTTATAATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGG
Done.