Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_849 ID=scaffold_849-JGI_221_v2.0
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Warning! 932 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:414 original size:44 final size:44
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Indices: 234--418 Score: 101
Period size: 44 Copynumber: 4.2 Consensus size: 44
224 TATCTTCGAA
* * *
234 AGATAAGATTTGCCATCTTTG-ATCGGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATC-TTGAACCTGCTCCACTACTGCTTAGAG
* * * * * * * * *
278 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTTCGCTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTGAACCTGCTCCACTACTGCTTAGAG
* *** * ** * *
322 AGATAAGGCTTTG-TGGCTTAAATATGCTTCCCACTA-T-CTTCGAA
1 AGATAA-GATTTGCCATCTTGAACCTGC-T-CCACTACTGCTTAGAG
366 AGATAAGATTTGCCATCTTTGAA-CTGCTCCACTACTGCTTAGAG
1 AGATAAGATTTGCCATC-TTGAACCTGCTCCACTACTGCTTAGAG
410 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
419 CTACAATCTT
Statistics
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AGATAAGATTTGCCATCTTGAACCTGCTCCACTACTGCTTAGAG
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* *
1 GCTCCACTACTGCTTAGG-G---AGATCTACAATC-TCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGA
1 GCTCCACTACTGCTTAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGGGAGA
*
61 CAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTACTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATC
66 CAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTACTTCCCACTATCTTGGAAACATAAGATTTGTCGTCTTTGATC
* ** *
126 TGCTCTACAACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCAGCTACTCAGAGA
131 TGCTCCACAACTGCTTAGGGAGATAAGATAGACAATCTTCAACCTTCTCCACAGCTACTCAGAGA
* *
191 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
196 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATATTTGA
* * *
256 TCGGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTTCGCTGCTGCTCAGA
261 TCGGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAGA
*
321 GAGATAAGGCTTTGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTT
326 GAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTT
386 GAACT
391 GAACT
**
391 GCTCCACTACTGCTTAGAGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTTTGCTACTACTCAGGGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAG-GAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGGGAG
* *
456 ACAAGGCTTGGTGGCTTAAGTCTGCTTCCCACTATCTTGGAAACATAAGATTTGTCGTCTTTGAT
65 ACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTACTTCCCACTATCTTGGAAACATAAGATTTGTCGTCTTTGAT
* * * *
521 CTGCTCCACTACTGCTTAGGGATATAAGGTAGACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCAGAG
130 CTGCTCCACAACTGCTTAGGGAGATAAGATAGACAATCTTCAACCTTCTCCACAGCTACTCAGAG
* * *
586 AGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTATTTG
195 AGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATATTTG
*
651 ATCTGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAG
260 ATCGGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAG
* *
716 AGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTT
325 AGAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTT
*
781 TGATCT
390 TGAACT
* *
787 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAGCCTACTCCGCTACTGCTCA
1 GCTCCACTACTGCTTA-GGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCA
847 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 417, Mismatches: 32, Indels: 8
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
390 17 0.04
391 1 0.00
392 1 0.00
395 12 0.03
396 385 0.92
397 1 0.00
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GCTCCACTACTGCTTAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTACTCAGGGAGA
CAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTACTTCCCACTATCTTGGAAACATAAGATTTGTCGTCTTTGATC
TGCTCCACAACTGCTTAGGGAGATAAGATAGACAATCTTCAACCTTCTCCACAGCTACTCAGAGA
GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATATTTGA
TCGGCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAGA
GAGACAAGGCTTTGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTT
GAACT
Found at i:810 original size:44 final size:44
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Indices: 630--814 Score: 117
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620 TATCTTGGAA
* * * *
630 AGATAAGATTTGTCGTATTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * *
674 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAGAG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * *** * *
718 AGACAAGGCTTTG-TGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
*
762 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
806 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
815 CTACAATCTT
Statistics
Matches: 98, Mismatches: 35, Indels: 16
0.66 0.23 0.11
Matches are distributed among these distances:
42 6 0.06
43 8 0.08
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45 7 0.07
46 5 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.19, T:0.32
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AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:838 original size:132 final size:132
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Period size: 132 Copynumber: 6.5 Consensus size: 132
* * *
1 GCTCCACTACTGCTTA-GG-G---AGATCTACAATC-TCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
* * * *
60 ACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTACTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGAT
66 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
125 CT
131 CT
* * *
127 GCTCTACAACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGC-AGCTACTCAGAGA
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTA-CTGCTCAGAGA
* *
191 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
65 GACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGA
*
256 TCG
130 TCT
* *
259 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTTCGCTGCTGCTCAGAGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
* * * *
324 ATAAGGCTTTGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAA
66 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
389 CT
131 CT
* * ** * *
391 GCTCCACTACTGCTTAGAGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTTTGCTACTACTCAGGGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
* * * * *
456 ACAAGGCTTGGTGGCTTAAGTCTGCTTCCCACTATCTTGGAAACATAAGATTTGTCGTCTTTGAT
66 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
521 CT
131 CT
* * ** * * *
523 GCTCCACTACTGCTTAGGGATATAAGGTAGACAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCAGAGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
* * * * *
588 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTATTTGAT
66 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
653 CT
131 CT
*
655 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTAAGAGAG
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
720 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
66 ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
785 CT
131 CT
* *
787 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAGCCTACTCCGCTACTGCTCA
1 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCA
847 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 70, Indels: 10
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
126 14 0.02
127 2 0.00
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GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTACTGCTCAGAGAG
ACAAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGAT
CT
Found at i:2186 original size:132 final size:132
Alignment explanation
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1773 NNNNNNCTTG
* *
1783 GTGGCTAAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * *
1848 ACTACTTAGGGAGATAAGATCGACAATCTTCAACCTTTTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
1913 TT
131 TT
* * *
1915 GTGGCGTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * * *
1980 A-TGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGTTACTGCTCAGGGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
2044 TG
131 TT
* * *
2046 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCTACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * *
2111 ACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTTTCCGCTGCTACTCAAAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
2176 TT
131 TT
* *
2178 ATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * *
2243 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
2308 TG
131 TT
*
2310 GTGGCTTAAATCTGCTT-CCACTATCTTGG-AAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * * *
2373 ACTGCTTATGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGTTACTGCTCAG-GAAGACAAGGC
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAG-AGACAAGGC
*
2437 TTG
130 TTT
*
2440 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * * * *
2505 TCTGCTTAGGGAGATCAGATCTACAATATTCAACATT-TGCGCTGCTACTCAGGGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
2569 TA
131 TT
* * *
2571 ATAGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * *
2636 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTACACTGCTGCTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
2701 TT
131 TT
* ** * *
2703 GTGGCTTAAATCCGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTACCAACTTTGATATGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * *
2768 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCTGCTGCTGCTCAGGGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
2832 TG
131 TT
*
2834 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
*
2899 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTGCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
2964 TT
131 TT
* * *
2966 GGGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * *
3031 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAGAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
3095 TG
131 TT
* *
3097 GTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
**
3162 ACTGCTTAGGGATTTAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
3227 TT
131 TT
* * * *
3229 ATGGCTTAAATCTTCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTT-TCCATCTATGATCTGCTCCAC
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGT-CATCTTTGATCTGCTCCAC
* * ** * *
3293 TACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCATCAACCTACTTTGCTACTACTCAGGGAGACAAGGC
65 TACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGC
*
3358 TTG
130 TTT
* * *
3361 GTGGGTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTTTCATCTTTGATCTGGTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* *
3426 ACTGCTTAGTGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAAAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
3491 TT
131 TT
* * *
3493 GTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCTACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
** *
3558 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCACCTGCTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
3623 TT
131 TT
*
3625 ATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * *
3690 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
*
3755 TG
131 TT
* *
3757 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTACTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * * *
3822 ACTACTTATGGAGATAAGATCGAAAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
66 ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
3887 TT
131 TT
* * * *
3889 GTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTATTTGATCTGCTCCACT
1 GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
* * * *
3954 ACTGCTTTAGGGGAGGAAAAGATCTACAAATCTTCAACCTTTCTCCGGCTCCTGCTAAAGAGAAG
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4019 ACCAAGGGCTTT
123 A-CAA-GGCTTT
* *
4031 GGGGGCTAAAATTCTGGCTTCCCCACTATCTTGGAAAAGA-AAGATTTG
1 -GTGGCTTAAA-TCT-GCTT-CCCACTATCTTGG-AAAGATAAGATTTG
Statistics
Matches: 1946, Mismatches: 193, Indels: 36
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
129 1 0.00
130 111 0.06
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133 4 0.00
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GTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACT
ACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAAGGCT
TT
Found at i:2258 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 2210--3050 Score: 144
Period size: 44 Copynumber: 19.2 Consensus size: 44
2200 TATCTTGGAA
*
2210 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * *
2254 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* ** **** * *
2298 AGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCACTA-T-CTT-GGA
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGC-TCCACTACTGCTTAGGG
* * * *
2340 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTATGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * ** * *
2384 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGTTACTGCTCAGGA
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* ** **** * *
2428 AGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * * *
2472 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTTCTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * **
2516 AGATCAGATCTACAATATTCAACATTTGCGCTGCTACT-C--AGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTT-TA-ATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* ** *** * * *
2559 AGACAAGGCTTAATAGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * *
2603 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * * *
2647 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTACACTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * *** * * *
2691 AGACAAGGCTTTG-TGGCTTAAATCCGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * * *
2735 AGATAAGATTTACCAACTTTGATATGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * ** * *
2779 AGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCTGCTGCTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* ** **** * *
2822 AGACAAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * *
2866 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * * * * * * *
2910 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTGCGCTGCTACTCAGAG
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* * *** * * **
2954 AGACAAGGCTTTG-GGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTTCGAA
1 AGATAA-GATTTGCCATCTTTAATCTGC-T-CCACTACTGCTTAGGG
*
2998 AGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
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3042 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
3051 CTACAATCTC
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 233, Indels: 82
0.62 0.28 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 12 0.02
42 55 0.11
43 74 0.14
44 330 0.63
45 28 0.05
46 24 0.05
ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.20, T:0.31
Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTGCCATCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:3463 original size:264 final size:264
Alignment explanation
Indices: 1779--4078 Score: 3500
Period size: 263 Copynumber: 8.7 Consensus size: 264
1769 NNNNNNNNNN
*
1779 CTTGGTGGCTAAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * *
1844 CACTACTACTTAGGGAGATAAGATCGACAATCTTCAACCTTTTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
* *
1909 GGCTTTGTGGCGTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
* *
1974 TCCACTA-TGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGTTACTGCTCAGGGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
2038 AAGG
261 AAGG
* * *
2042 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCCTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * * *
2107 TACTACTGCTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTTTCCGCTGCTACTCAAAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
*
2172 GGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
2237 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
2302 AAGG
261 AAGG
2306 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTT-CCACTATCTTGG-AAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * * * *
2369 CACTACTGCTTATGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGTTACTGCTCAG-GAAGACA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAG-AGACA
* * *
2433 AGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTG
130 AGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTG
* * * * * * *
2498 CTCCACTTCTGCTTAGGGAGATCAGATCTACAATATTCAACAT-TTGCGCTGCTACTCAGGGAGA
195 CTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGA
2562 CAAGG
260 CAAGG
** *
2567 CTTAATAGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * *
2632 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTACACTGCTGCTCAGAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
* * * *
2697 GGCTTTGTGGCTTAAATCCGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTACCAACTTTGATATGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
*
2762 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCTGCTGCTGCTCAGGGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
2826 AAGG
261 AAGG
2830 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
*
2895 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTGCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
* *
2960 GGCTTTGGGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTCGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
*
3025 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATC-TCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAG
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
3089 AAGG
261 AAGG
*
3093 CTTGGTGGCTTAAATATGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
**
3158 CACTACTGCTTAGGGATTTAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
* * * * *
3223 GGCTTTATGGCTTAAATCTTCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTTCCATCTATGATCTGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
* ** * *
3288 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCATCAACCTACTTTGCTACTACTCAGGGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
3353 AAGG
261 AAGG
* * * *
3357 CTTGGTGGGTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTTTCATCTTTGATCTGGTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* *
3422 CACTACTGCTTAGTGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAAAGAGACAA
66 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
*
3487 GGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
* * ** *
3552 TCTACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCACCTGCTCAGAGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
3617 AAGG
261 AAGG
** *
3621 CTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * * *
3686 CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAGACAA
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* * * *
3751 GGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTAC
131 GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
* * * * * * * *
3816 TCCACTACTACTTATGGAGATAAGATCGAAAATCTTCAACCTTCTCCACTGCTACTCAGAGAGAC
196 TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
3881 AAGG
261 AAGG
* * * *
3885 CTTTGTGGCTTAAATTTGCTTACCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTATTTGATCTGCTC
1 CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
* * * *
3950 CACTACTGCTTTAGGGGAGGAAAAGATCTACAAATCTTCAACCTTTCTCCGGCTCCTGCTAAAGA
66 CACTACTGC-TTA-GGGA-GATAAGATCTAC-AATCTTCAACC-TTCTCC-GCTGCTACT-CAGA
* *
4015 GAAGACCAAGGGCTTTGGGGGCTAAAATTCTGGCTTCCCCACTATCTTGGAAAAGA-AAGATTTG
124 G-AGA-CAA-GGCTTT-GTGGCTTAAA-TCT-GCTT-CCCACTATCTTGG-AAAGATAAGATTTG
Statistics
Matches: 1863, Mismatches: 152, Indels: 29
0.91 0.07 0.01
Matches are distributed among these distances:
261 42 0.02
262 200 0.11
263 866 0.46
264 658 0.35
265 3 0.00
266 4 0.00
267 11 0.01
268 11 0.01
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270 8 0.00
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272 3 0.00
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ACGTcount: A:0.26, C:0.23, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (264 bp):
CTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTGCTC
CACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAGACAA
GGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCTGC
TCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTGCTGCTCAGGGAGAC
AAGG
Found at i:3705 original size:44 final size:44
Alignment explanation
Indices: 3657--3841 Score: 110
Period size: 44 Copynumber: 4.2 Consensus size: 44
3647 TATCTTGGAA
* *
3657 AGATAAGATTTGTCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTACTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * *
3701 AGATAAGATCT-ACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGG
1 AGATAAGATTTGTC-ATCTTTAATCTACTCCACTACTGCTTAGGG
* * * ** * * *
3745 AGACAAGGCTTGGT-GGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
1 AGATAA-GATTTGTCATCTTTAATCTAC-T-CCACTACTGCTTAGG-G
* * * *
3789 AGATAAGATTTGTCGTCTTTGATCTACTCCACTACTACTTATGG
1 AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTACTCCACTACTGCTTAGGG
3833 AGATAAGAT
1 AGATAAGAT
3842 CGAAAATCTT
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 30, Indels: 20
0.67 0.20 0.13
Matches are distributed among these distances:
42 6 0.06
43 10 0.10
44 75 0.74
45 5 0.05
46 5 0.05
ACGTcount: A:0.27, C:0.22, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTGTCATCTTTAATCTACTCCACTACTGCTTAGGG
Done.