Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_880 ID=scaffold_880-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5075
ACGTcount: A:0.22, C:0.09, G:0.08, T:0.16
Warning! 2285 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1465 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1443--1502 Score: 77
Period size: 17 Copynumber: 3.5 Consensus size: 17
1433 TATATTTTTA
1443 AAATTATTAAGTTATGT
1 AAATTATTAAGTTATGT
*
1460 AAATTATGTAAGTTGT-T
1 AAATTAT-TAAGTTATGT
*
1477 AAGTTATTAAGTTATGT
1 AAATTATTAAGTTATGT
*
1494 AAGTTATTA
1 AAATTATTA
1503 TGTGAATTAT
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 4
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.18
17 24 0.63
18 7 0.18
ACGTcount: A:0.38, C:0.00, G:0.15, T:0.47
Consensus pattern (17 bp):
AAATTATTAAGTTATGT
Found at i:1489 original size:34 final size:36
Alignment explanation
Indices: 1446--1626 Score: 140
Period size: 38 Copynumber: 5.3 Consensus size: 36
1436 ATTTTTAAAA
*
1446 TTATTAAGTTATGTAA-ATTATGT-AAGTTGT-TAAG
1 TTATTAAGTTATGTAATATTATGTGAA-TTATATAAG
1480 TTATTAAGTTATGTAAGTTATTATGTGAATTATATAAG
1 TTATTAAGTTATGTAA--TATTATGTGAATTATATAAG
** *
1518 TTATTAAGTTA--T-ATGGTATG-GCA-TATAT-A-
1 TTATTAAGTTATGTAATATTATGTGAATTATATAAG
* *
1547 -TATGT--GTTATGTAA-ATTATGTGAGTTGT-TAAG
1 TTAT-TAAGTTATGTAATATTATGTGAATTATATAAG
*
1579 TTGTTAAGTTATGTAAGTTATTATGTGAATTATATAAG
1 TTATTAAGTTATGTAA--TATTATGTGAATTATATAAG
1617 TTATTAAGTT
1 TTATTAAGTT
1627 GGACATTTTT
Statistics
Matches: 114, Mismatches: 13, Indels: 36
0.70 0.08 0.22
Matches are distributed among these distances:
27 4 0.04
28 3 0.03
29 6 0.05
30 4 0.04
31 8 0.07
32 3 0.03
33 7 0.06
34 25 0.22
35 1 0.01
36 1 0.01
37 22 0.19
38 30 0.26
ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.18, T:0.48
Consensus pattern (36 bp):
TTATTAAGTTATGTAATATTATGTGAATTATATAAG
Found at i:1518 original size:46 final size:46
Alignment explanation
Indices: 1454--1626 Score: 161
Period size: 46 Copynumber: 3.6 Consensus size: 46
1444 AATTATTAAG
* *
1454 TTATGTAAATTATGTAAGTTGTTAAGTTATTAAGTTATGTAAGTTA
1 TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTATTAAGTTATGTAAGTTA
* * *
1500 TTATGTGAATTATATAAGTTATTAAGTTA-TATGGTATGGCATATA-TATA
1 TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTATTAAGTTAT-G--TA-AGT-TA
* * * *
1549 TGTGTTATGTAAATTATGTGAGTTGTTAAGTTGTTAAGTTATGTAAGTTA
1 ----TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTATTAAGTTATGTAAGTTA
*
1599 TTATGTGAATTATATAAGTTATTAAGTT
1 TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTT
1627 GGACATTTTT
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 16, Indels: 22
0.72 0.12 0.16
Matches are distributed among these distances:
45 6 0.06
46 51 0.51
48 3 0.03
49 3 0.03
50 3 0.03
51 3 0.03
53 25 0.25
54 6 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.01, G:0.18, T:0.47
Consensus pattern (46 bp):
TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTATTAAGTTATGTAAGTTA
Found at i:1529 original size:8 final size:8
Alignment explanation
Indices: 1446--1502 Score: 69
Period size: 9 Copynumber: 6.8 Consensus size: 8
1436 ATTTTTAAAA
1446 TTATTAAG
1 TTATTAAG
*
1454 TTATGTAAA
1 TTAT-TAAG
1463 TTATGTAAG
1 TTAT-TAAG
*
1472 TTGTTAAG
1 TTATTAAG
1480 TTATTAAG
1 TTATTAAG
1488 TTATGTAAG
1 TTAT-TAAG
1497 TTATTA
1 TTATTA
1503 TGTGAATTAT
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 4
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
8 21 0.49
9 22 0.51
ACGTcount: A:0.35, C:0.00, G:0.16, T:0.49
Consensus pattern (8 bp):
TTATTAAG
Found at i:1531 original size:17 final size:17
Alignment explanation
Indices: 1446--1531 Score: 75
Period size: 17 Copynumber: 4.8 Consensus size: 17
1436 ATTTTTAAAA
* *
1446 TTATTAAGTTATGTAAA
1 TTATTAAGTTATATAAG
*
1463 TTATGTAAGTTGT-TAAG
1 TTAT-TAAGTTATATAAG
*
1480 TTATTAAGTTATGTAAG
1 TTATTAAGTTATATAAG
*
1497 TTATTATGTGAATTATATAAG
1 TTATTA----AGTTATATAAG
1518 TTATTAAGTTATAT
1 TTATTAAGTTATAT
1532 GGTATGGCAT
Statistics
Matches: 57, Mismatches: 6, Indels: 12
0.76 0.08 0.16
Matches are distributed among these distances:
16 7 0.12
17 28 0.49
18 7 0.12
21 15 0.26
ACGTcount: A:0.36, C:0.00, G:0.15, T:0.49
Consensus pattern (17 bp):
TTATTAAGTTATATAAG
Found at i:1604 original size:53 final size:54
Alignment explanation
Indices: 1500--1605 Score: 101
Period size: 53 Copynumber: 2.0 Consensus size: 54
1490 ATGTAAGTTA
* * * * **
1500 TTATGTGAATTATATAAGTTATTAAGTT-ATATGGTATGGCA-TATATATATGTG
1 TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTGTTAAGTTATGTAAGT-TATATATGTG
* * *
1553 TTATGTAAATTATGTGAGTTGTTAAGTTGTTAAGTTATGTAAGTTAT-TATGTG
1 TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTGTTAAGTTATGTAAGTTATATATGTG
1606 AATTATATAA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 9, Indels: 4
0.76 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
53 30 0.71
54 11 0.26
55 1 0.02
ACGTcount: A:0.31, C:0.01, G:0.21, T:0.47
Consensus pattern (54 bp):
TTATGTAAATTATATAAGTTATTAAGTTGTTAAGTTATGTAAGTTATATATGTG
Done.