Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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9 CTATAAATAT
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19 AAGAGATAGGATGCGCTGCCCACAGCTTTAATATGCTTCACTTCAACTATTTCAAGTCTTAACGC
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* ** *
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* * * * * * *
188 AAGAAATAGGATTCTCTACCCACAACTTTAATCTGCTCCGCTT-AGGTTATTTCAAGTCTTAACG
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* * * * *
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* *
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* * *
357 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTGAATCCGTTCCACTTCATCTATTTCAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * *
422 CAGGGAGACAAG--T-GCTGCCCTCTGCTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
*
484 TCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * * * * * *
523 AAGAGATAGGATTCGCTGCTCATAGCTTCAATCTGCTGCACTTTAGCTATTTCAAGTCTTAACGA
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* *
588 CAGGGAGATAAGATTTGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAATAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* ** * * *
653 TCGCCACCTTTAAATTTAATCTGTTCCATTATAATGCAA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* *
692 AAGAGATAGGATTCGCTGTCCACAAG-TTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
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* * * *
756 CCAGGGAGAGAAGATTCGCTGCCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGA
65 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* **
821 TTTGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATTCCA
130 TTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * * *
861 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCACTTCAGCTATTTGAAGTCTAAACAC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* ** * * *
926 CAAGGAGATAAGATTCGCTGCAGTCAGCTTTAATCCGCTCCGCTGCAATGATAGGGAAACATGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * * * * *
991 TCTCTATCTTTAGCTTTTATCAGTTCCTCTATAATGCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
1030 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * * *
1095 TAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCTA-CTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGATAGGGAAACAGGA
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTC-AGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGA
* * *
1159 TTCTCTACCTTTAGCTTTAATTTGTTCCACTATAATGCCA
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* * *
1199 AAGAGATAGGATTCACTGCCCACAGCTTTAATCCTCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACAC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * *
1264 AAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCTCTGCGATACTAGGGAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * * *
1329 TCACTACCTTTAACTTTAATGTGTTCCACTATAATGCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
*
1368 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * * **
1433 CAGGGAGACAAGATTCGCTGCCCTCGGCTTTAATCTGCACTGCTGCAACACTAGGGAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * *
1498 TCGTTACCTTTAGCTTTAATCTATTCCACTATAAA--TA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * * * * * *
1535 TAAGAGATAGGATGCGCTGCCCATAGCGTTAATCTGCTTCACTTCAACTATTTTAAGTCTTAACG
1 -AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACG
* * * * * * ** * *
1600 CTAGGGAGACAAGATCCGCCGCCCACAGATTTAATCTATTCCTCTGCAATGCTAGGGAAAGAAGT
65 CCAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAG-
* * *
1665 TATACG--ACCTTTAGCTTTAATCTTTTCCACTATAAACCCA
129 -ATTCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * * * * *
1705 AAGAAATAGGATTCTCTACCCACAGCTTTAATCCGCTCCGCTTCGGTTATTTCAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * * *
1770 TAGGGAGATAAGATTTGCTGCCATCAGCTTTAATCTGCTCCGCGGCAACGCTAGGGAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * *
1835 TCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCATTATTAAGCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * *
1874 AAGAGATAGGATTCGTTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTTATCTATTTCAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * * *
1939 CAGGGAGACAAGATTCCCTGCCCTCTGTTTTAATCTGCTCTGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
*
2004 TCGCTACCTTTAGCATTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
** * * * * * *
2043 AAGAGATAGGATTCATTGCTCATAGCTTCAATCCGCACCACTTCAGCTATTTCATGTCTTAACGA
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* ** * *
2108 TAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCATTGCAACGCTAGGAAAACAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* * * *
2173 TAGCTACCTTTTGCTTTAATTTGTTCCACTATAATGCCA
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* ** * * *
2212 AACAGATAGGATTTACTACCCACAGCTTTAATCTGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACAC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * *
2277 CATGGATATAAGATTCGCTGCCTTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAATAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* ** * *
2342 TCGCCACCTTTAAATTTAATCTGTTCCACTATAACGCAA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * *
2381 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTTCACTTCATCTATTTTAAGTCTTAACGC
1 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
* * * * * *
2446 CAGGGAAAGAAGATTCGCTACCGTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATACTAGGGAAAGAAGAT
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
* **
2511 TTGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAATTCCA
131 TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
* * * *
2550 AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCACTCCATTTCAGCTATTTCAAGTCTAAACAC
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* * * *
2615 TAGGGAGATAAGATTCGCTGTCATCAGCTTTAATCCGCTCC
66 CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCC
Statistics
Matches: 2127, Mismatches: 325, Indels: 32
0.86 0.13 0.01
Matches are distributed among these distances:
166 149 0.07
167 6 0.00
168 142 0.07
169 1821 0.86
170 9 0.00
ACGTcount: A:0.28, C:0.25, G:0.17, T:0.30
Consensus pattern (169 bp):
AAGAGATAGGATTCGCTGCCCACAGCTTTAATCCGCTCCACTTCAGCTATTTCAAGTCTTAACGC
CAGGGAGATAAGATTCGCTGCCCTCAGCTTTAATCTGCTCCGCTGCAATGCTAGGGAAACAAGAT
TCGCTACCTTTAGCTTTAATCTGTTCCACTATAAAGCCA
Done.