Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_895 ID=scaffold_895-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 3211
ACGTcount: A:0.29, C:0.15, G:0.08, T:0.30
Warning! 571 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:3043 original size:623 final size:624
Alignment explanation
Indices: 1855--3193 Score: 2437
Period size: 623 Copynumber: 2.1 Consensus size: 624
1845 NNNNNNNNNN
*
1855 ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCATGACCAAATATTCATTTTCCAT
1 ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
1920 TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATAATAAT
66 TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATAATAAT
*
1985 TTAAGTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAACATATATATTATATACTACAAACTTA
131 TTAAGTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAAAATATATATTATATACTACAAACTTA
2050 CCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACAAATCTGACACATTAGGTTTTCCCCGGT
196 CCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACAAATCTGACACATTAGGTTTTCCCCGGT
*
2115 TTACATCTGTTTGGTTCGTTTGTTGATCATACATGTAAAAACTCCATGATCGGAAGCTTCCTCCT
261 TTACATCTGTTTGGTTCGTTTGTTGATCATACATGTAAAAACTCCATGAACGGAAGCTTCCTCCT
* *
2180 CTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAACAAATTAGAGGAGATGATAACATTTTTGTCTTTTAGTTTG
326 CTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAACAAATTACAGGAGATGATAACATTTTTGTCATTTAGTTTG
2245 TTTTAATTTCCATTTAACTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTA
391 TTTTAATTTCCATTTAACTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTA
*
2310 ATCTCCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGAT
456 ATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGAT
*
2375 AATCCATTATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCAATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTG
521 AATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCAATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTG
* * *
2440 ATTTTTACTTACTTAATTATTTGTACACATAATATAAAT
586 ATTTTTACATAATTAATTATCTGTACACATAATATAAAT
*
2479 CTGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
1 ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
* * *
2544 CTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAACCAATGAAA-TTTCACATTAATTATAAT
66 TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATAATAAT
2608 TTAAGTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAAAATATATATTATATACTACAAACTTA
131 TTAAGTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAAAATATATATTATATACTACAAACTTA
* *
2673 CCTCGATAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACAAATCTGACACATTATGTTTTCCCCGGT
196 CCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACAAATCTGACACATTAGGTTTTCCCCGGT
* *
2738 TTACATCTGTTTGGTTCGTTTGTTGATCATGCATGTAAAAACTCCATGAACGGAAGCTTCTTCCT
261 TTACATCTGTTTGGTTCGTTTGTTGATCATACATGTAAAAACTCCATGAACGGAAGCTTCCTCCT
* *
2803 CTCTGTTATTCGGTTTGCAGAATAGCAAATTACAGGAGATGATAACATTTTTGTCATTTAGTTTG
326 CTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAACAAATTACAGGAGATGATAACATTTTTGTCATTTAGTTTG
*
2868 TTTTAATTTCCATTTAATTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTA
391 TTTTAATTTCCATTTAACTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTA
* *
2933 ATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTGCCATTTAAGTTCATTAGTTTGAT
456 ATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGAT
* * *
2998 AATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCTATTTTTGTACCTTTTTCTATTTAGTG
521 AATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCAATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTG
3063 ATTTTTACATAATTAATTATCTGTACACATAATATAAAT
586 ATTTTTACATAATTAATTATCTGTACACATAATATAAAT
3102 ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
1 ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
3167 TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAAT
66 TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAAT
3194 CACAAATGTC
Statistics
Matches: 687, Mismatches: 28, Indels: 1
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
623 580 0.84
624 107 0.16
ACGTcount: A:0.35, C:0.18, G:0.10, T:0.37
Consensus pattern (624 bp):
ATGTTACATTCATTTCAAAATTGTGAAACCACAAGATTTGCCACGACCAAATATTCATTTTCCAT
TTGTACTTAATTCCAACATTTAATAATTTACAAGCAAACAATGAAATTTTCACATTAATAATAAT
TTAAGTAACAATTGATATACATAATCATAAGGAAACAAAAATATATATTATATACTACAAACTTA
CCTCGACAAATATAGTTGTAAAAATGAAGCAGCCGACAAATCTGACACATTAGGTTTTCCCCGGT
TTACATCTGTTTGGTTCGTTTGTTGATCATACATGTAAAAACTCCATGAACGGAAGCTTCCTCCT
CTCTGTTATTCGGTTTGCAAAATAACAAATTACAGGAGATGATAACATTTTTGTCATTTAGTTTG
TTTTAATTTCCATTTAACTACAAATTTACAATTTTTCCCTTAAAAAATCAAATTTCATGCATTTA
ATCACCCAAAACCATCCACCCTAAGTTCATTTGGTGCATTTACCATTTAAGTCCATTAGTTTGAT
AATCCATAATAAATTGACCCCTTTACCTAATAGAAATCAATTTTTGCACCTTTTTCAATTTAGTG
ATTTTTACATAATTAATTATCTGTACACATAATATAAAT
Done.