Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_939 ID=scaffold_939-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2975
ACGTcount: A:0.22, C:0.13, G:0.16, T:0.26
Warning! 677 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:589 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 2--1676 Score: 1224
Period size: 194 Copynumber: 8.6 Consensus size: 194
1 A
** * *
2 ATACATGTGCATATAACATGGTTTTTATTCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAG
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* *
67 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCT-AGGTGTGTAAACAAGTCAACTTACATGTGAG
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGG-GTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
* *
131 CCAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTCTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
130 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* *
196 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTATGACCTTCAATTA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* ** * * * *
261 TAAGTTGGTAAT-A-TTTCTTTAGGCAACCTTCTAAGGGTGGAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAC
66 TAAGTTGCTAATAATTTTC-TTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
* * **
324 CTAGTTCGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGCTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
130 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* *
389 ATACATGTACACATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* *
454 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATATGAGC
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGC
519 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
131 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
*
583 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCTAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* * *
648 TAAGTTGCTAAGAATTTTCTTACGCAGTC-TACTAAGGGTGTAAACAACTCAAGTTACATGTGAG
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTA-TAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
**********************************************
712 CTAGTTGGGCTCGCTATAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
130 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
*****************************************************************
777 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
*************************************************** *
842 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGTTCCATGTGAGC
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGC
907 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
131 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* * *
971 ATACATGTTCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGAGTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATGA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* *
1036 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCT-AGTGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCATGTGAG
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAG-GGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
* * *
1100 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTCGAGTCACTATTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTGTGATGGTGATG
130 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* * *
1165 ATGCATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAGACTTGTCGTATGACCTTCAATAA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* * * *
1230 TAAGTTGGTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAGGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGC
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGC
* * *
1295 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGCTTGTAAAATGAATTAAGGTTCTTGGATGGTGATG
131 TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
* *
1359 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATTCCCCAAGACACAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* * *
1424 TATGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCT-AGGTGTGTAAACAAGTCAACTTACATGTGAG
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGG-GTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAG
*
1488 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAAG-TTCTTTGACGGTGAT
130 CTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATT-AAGCTTCTTTGATGGTGAT
1552 G
194 G
* *
1553 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCGTGTGACCTTCAATAA
1 ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
* * * * * *
1618 TAAGTTGCTAATAA-GTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGTTGAAAACAAGTCAAGTTCCATG
66 TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATG
1677 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1060, Mismatches: 410, Indels: 23
0.71 0.27 0.02
Matches are distributed among these distances:
192 4 0.00
193 206 0.19
194 842 0.79
195 8 0.01
ACGTcount: A:0.26, C:0.15, G:0.19, T:0.30
Consensus pattern (194 bp):
ATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCTTCAATAA
TAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTATAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTACATGTGAGC
TAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATGGTGATG
Found at i:2580 original size:194 final size:194
Alignment explanation
Indices: 2192--2972 Score: 1316
Period size: 194 Copynumber: 4.0 Consensus size: 194
2182 NNNNNNNNNN
2192 TCAATAATAAGTTGCTAATAA-TTTCTTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGGT-AACAAGTCAAGTTC
1 TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTC-TTAGGCAGCCTTCTAAGGGT-GTAAACAAGTCAAGTTC
*
2255 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCTACTAGTTTGTAAAATTTGTTAAGCTTCTTT
64 CATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTC-ACT-GTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTT
* *
2320 GATGGTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGTCTCAAACTTGTCGTATGA
127 GATGGTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGA
2385 CCT
192 CCT
* *
2388 TCAATACTAAGTTGGTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCA
1 TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCA
2453 TGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATG
66 TGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATG
*
2518 GTGATGATACTTGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
131 GTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
*
2582 TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGTCTTCT-AGGTGTGTAAACAAGTCAAGTTCC
1 TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGG-GTGTAAACAAGTCAAGTTCC
2646 ATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGAT
65 ATGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGAT
*
2711 GGTGATGATACATGTGCATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
130 GGTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
* * *
2776 ACAATATTAAGTTGCTAATAATTTTCATAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCA
1 TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCA
* * * **
2841 TGTGACCTAGTTCGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGCTTGTAAAATGAATTAAGCTTCTTTGATG
66 TGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATG
* * * *
2906 GTGATAATACATGTGCACATAACATGGTTTCAATTCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
131 GTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
2970 TCA
1 TCA
2973 GTA
Statistics
Matches: 557, Mismatches: 24, Indels: 10
0.94 0.04 0.02
Matches are distributed among these distances:
193 3 0.01
194 455 0.82
195 8 0.01
196 87 0.16
197 4 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.20, T:0.34
Consensus pattern (194 bp):
TCAATAATAAGTTGCTAATAATTTTCTTAGGCAGCCTTCTAAGGGTGTAAACAAGTCAAGTTCCA
TGTGAGCTAGTTGGGCTCGCTATAGTGGAGTCACTGTTTGTAAAATTTATTAAGCTTCTTTGATG
GTGATGATACATGTACATATAACATGGTTTCAATGCCCCAAGACTCAAACTTGTCTTATGACCT
Done.