Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Chr09 ID=Chr09-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 70713020
ACGTcount: A:0.33, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Warning! 1142373 characters in sequence are not A, C, G, or T
File 129 of 226
Found at i:43365613 original size:75 final size:75
Alignment explanation
Indices: 43365507--43365703 Score: 308
Period size: 75 Copynumber: 2.7 Consensus size: 75
43365497 TGGGATGTCC
*
43365507 GGGAGCCTCGAGCCGCATTGGGACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGGTATTTTGGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGGTATTTTGGTGC
43365572 TAGAAAGTGG
66 TAGAAAGTGG
* *
43365582 GGGAGCCTCGAGCCGTATTGGCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGGTATTTTGGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGGTATTTTGGTGC
43365647 TAGAAAGTGG
66 TAGAAAGTGG
* * * * *
43365657 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTT-G-GGCTCAGAGGTGTGGGAGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGC
43365704 GTCGAGCACC
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 10, Indels: 2
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
73 16 0.14
74 1 0.01
75 95 0.85
ACGTcount: A:0.16, C:0.20, G:0.40, T:0.23
Consensus pattern (75 bp):
GGGAGCCTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGGTATTTTGGTGC
TAGAAAGTGG
Found at i:43371202 original size:128 final size:128
Alignment explanation
Indices: 43370949--43380545 Score: 986
Period size: 128 Copynumber: 75.5 Consensus size: 128
43370939 CTGGAAAGTT
* * * * *
43370949 GGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGACCAGCATCGA
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * *
43371014 CATCTTGGGGCTCAGAGGTGCGGGAGCGTCAAGCACCATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGT-
66 CATCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * *
43371076 GTGGGAGCCTCAATCAGCATCGGTACCTTGGTGGCCCGGATATGCGGGAGCCTCTAGCAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * *
43371141 GCACTTTTGCGGC-CCGACTGTGCGGGGGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGT
65 ACA-TCTTGCGGCTCAGA-GGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43371204 A
128 A
* * * * * *
43371205 GGGGAGCCTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGA
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* ** ** * * * * * * *
43371270 CAACTTG-GTGCTGGGAACTGCGGGAGGCTCGAGCACCATCGGCAACTTGGTTGCTCGAATGTA
66 CATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
** * * * * * * * * *
43371333 CAGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGGTGTCTCGGATGCGCCGAAGGCTCGAGCA-CTATCG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCG
* * * * * * * * * * * * *
43371397 GCACCAT--GG-TGATGGGGTGACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGT-ACTTGAATGT
65 ACATCTTGCGGCTCA-GAGGTG-CGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43371458 -
128 A
* ** * * *
43371458 GCGGGAGCCTCGAGCA-CGATCGGCACCTTGGTTTCTCGGAGGTGCTGGAGCCTCGAGTAGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
** * * ** * *** * * * *
43371522 GGTACCTTG-GTCTTGGGATGTGTAAGAGGCT-AGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGAT
64 GACATCTTGCGGC-TCAGAGGTGCGGGAGCCTCA-AGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43371584 GT-
126 GTA
* * * * * * * *
43371586 GCGGGAGACTCGACCAGCATCAGCACCTTTG-GGCTCGGAGGTGCGGGAGCGTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * * * * *
43371650 GCAGCTTGATGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAACATCGACACCTTGGTGGCCCAGATGT-
65 ACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * ** *
43371714 GTGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGTACCTTGGT--C-CGGGATGTGCGGGAGCCTTAAGCCGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTC-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * * * * * * * * * * *
43371776 GGTAC-CCTTGTGGCACGGATGTGCGGGGGACTCGACCAGCATCGACACCTTGGTTGCTCGGATG
64 -G-ACATCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43371840 TA
127 TA
* * * * * * * ** * * *
43371842 TGAGAGCCTCGAGTAGTATCGGGACCTTGGT-CCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCACCATC-A
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * * * **
43371905 GCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCGTCGAGCAGCATCGGCAACATGGT-GCGGGGATGTA
66 -CATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
** * * * * * *
43371969 CAGGAGCATCGAGCCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGACCAGCTTTG
1 GGGGAGCCTCAAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * ** ** * * * * * *
43372033 GCACCTTG-GTGCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTAACC-TGGTTGCTCGGATTT
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGG-CACCTTGATGGCTCGGATGT
43372096 A
128 A
*** * * * * * ** * ** *
43372097 CAAGAGGCTCGAGTAGTATAGGCAAGTTGGT-CCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-A
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * * * * ** *
43372160 GCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCGGGGATGTC
66 -CATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * *
43372224 CGGGAGCTTCGAGCTGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTACGAGAGCCTC--G--GCAT---
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* ** * * * * *
43372282 --T-TTG-GTGCT-GGAAACTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCAT-CGCACCTTGGTGGCTGGGATGT
66 CATCTTGCG-GCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43372340 -
128 A
* * * * * * * * * *
43372340 GCGGAAGACTCCACCAGCATCGACATCTTGG-GGCTCAGAGGTGCGGGAGCGTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * *
43372404 GCACCTTGATGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGT-
65 ACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * *
43372468 GCGGGAGCCTCTAGCAGTATCGGCACTTTTGTGGC-CTGGCTGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATA
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTC-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * ** * * *
43372532 GGCACCTTG-GTGCTGGGATGTAG-GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTTG-TGGCTCGGA
64 GACATCTTGCG-GCTCAGAGGT-GCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACC-TTGATGGCTCGGA
*
43372593 AGT-
125 TGTA
* * * * * * *
43372596 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCCTCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** * * ** * * * * * * *
43372661 GTACCTTG-GTGCTTAGATTTGTGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCAGATGT-
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * ** * * *
43372724 GTGGGAGCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCACCATC-
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * **
43372787 AGCACCTTG-GTTACTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCAACATGGT-GCGGGGATG
65 A-CATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43372850 T-
127 TA
* * * * * ** *
43372851 GCAGGAGCATCGAA-CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGACCAGTTTT
1 G-GGGAGCCTC-AAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* ** ** * * ** * * **
43372915 GGC-TCCTTG-GTGCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCACTACCGGTAACC-TGGTTACTCGGAT
64 GACAT-CTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGG-CACCTTGATGGCTCGGAT
*
43372977 TTA
126 GTA
* * * * * ** * ** *
43372980 CGAGAGCCTCGAGTAGTATCGGCAAGTTGGT-CCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-A
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * *
43373043 GCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCA-GCACCATGGTGGCTCGGATGT
66 -CATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCAT-AGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43373107 -
128 A
* * ** * * *
43373107 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATTCGGCAACTTGGT-GCGGGGATGTCCGGGAGCTTCGAGCCGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * * * ** * **
43373171 GGCACCTTGGTGGCTCAGATGTAC-GG-G-----A--ACC-TCGGCATTTTGGT-GCT-GGAAAC
64 GACATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGG-ATG
43373224 T-
127 TA
* * * * *
43373225 GGAGGAGCCTCGAGTC-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGACTCGACCAGCATT
1 GG-GGAGCCTCAAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * *
43373289 GACATCTTGGGGCTCAGAGGTGCGGGAGCGTCGAGCACTATCGGCACCTTGATGGCTCGGAT-TA
64 GACATCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT-
43373353 A
128 A
* * * * *
43373354 CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCAGCATCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * ** * * * * *
43373419 CACTTTTGTGACCCGGCTGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTA
66 CA-TCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * ** * *
43373482 GGGGAGCCTCGAGCCGAATCGGTACCTTGGT-GCTTTGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAGCATCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* ** * * * * * * **
43373546 CACCTTG-GTGCTTTGATGTGCGGTAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTAGATGT-
66 CATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * *
43373607 GTGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAGGAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** * * ** * * * * * * * *
43373672 GTACCTTGCTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGATCACCATCGGCACCTCGGTTGCTCGGATGT-
65 ACATCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* ** *
43373735 GCTGGAGCCTGGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* ** * * * * * * * *
43373799 GCGCCTAGGTGGCTC-GAATGTGCGGGAGCC-CTGAGCAGCATCGGTACCTTCG-T-GCTGGGAT
65 ACATCT-TGCGGCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTC-AAGCACCATAGGCACCTT-GATGGCTCGGAT
*
43373860 AT-
126 GTA
* * * * ** * * *
43373862 GCGGGAGCATCGAGCCGCATTGGCTCCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCACCGAAGGCTCGA
1 G-GGGAGCCTC-A--AGCA---G---CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * ** * * ** * * * *
43373927 GCACCATCGGCACCATGTTGAT--G-GGATGACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGTACCTTGGT-A
56 GCAGCATCGACATCTTGCGGCTCAGAGG-TG-CGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGG
* * *
43373988 CTTGAATGTG
119 CTCGGATGTA
* ** * * *
43373998 GGGGAGCCTCGAGCA-CGATCGGCACCTTGGTTTCTCGGAAGTGCTGGAGCCTCGAGTAGCATCG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * ** * * * *
43374062 GCACCTTG-GTCCTGAGATGTGTAGGAGGCT-AGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATG
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCA-AGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43374124 T-
127 TA
* * * ** * * * *
43374125 GTGGGAGACTCGACCAGCATCATCACCTTTG-GGCTCGGAGGTGCGGGAGCGTCGAGCATCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * * * * *
43374189 GCAGCTTGATGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAACATCGACACCTTGGTGGCCCAGATGT-
65 ACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* ** * * *
43374253 GTGGGAGCCTCGAGCAGCATAAGCACCTTGGT--CTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* ** * * * * * * *
43374316 ACA-CGTTAG-TGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGCAACTTGGTTGCTCGGATGT
65 ACATC-TT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43374379 -
128 A
* * * * ** * * * *
43374379 GTGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGT-CCTTTGAGGTGTGGGACCCTCGAGCACCATC-
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * ** * * * *
43374442 AGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCACCGGCAACATGGT-G-TGGGGATG
65 A-CATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCT-CGGATG
43374505 T-
127 TA
* * * * * * * *
43374506 GCAGGAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGACCAGCTTTG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* ** ** * * * * * **
43374571 GCA-CTTTG-GTGCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTAACTTGGTTACTCGGAT-T
65 ACATC-TTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43374633 GA
128 -A
* * * * * ** * ** * *
43374635 CGAGAGCCTCGAGTAGTATCGGCAAGTTGGT-CCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-CCA
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * * * * ** *
43374698 GCACCATGGTGGCTCAGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCGGGGATGTC
66 -CATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * **
43374762 CGGGAGCTTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATAAGCGGGAGCCTC--G--GCAT---
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * ** * * *
43374820 --T-TTG-GTGCT-GGAAAGTGGGGGAGCCTTGAGC-CGTATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGT
66 CATCTTGCG-GCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43374879 -
128 A
* * * * * * * * *
43374879 GCAGGAGACTCAACCAGCATCGACATCTTGG-GGCTCAGAGGTGCGGGAGCGTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * * * * *
43374943 GCACCTTGATGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGATCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGAATGTA
65 ACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
** * * * * * ** *
43375008 CTGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTCGGT-CCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-A
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * ** * * * * * *
43375071 GCACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAGCACT-GGTAACTTGGT-G-TGGGGATG
66 -CATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCA-TAGGCACCTTGATGGCT-CGGATG
43375133 T-
127 TA
* * ** * * * * *
43375134 GCGGGAGCCTCGAGCTGTTTCGGTACCTTAGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * ** * * * * * * *
43375199 GCACCTTG-GTGCTGGGATGTGGGGGAGCCT-AGAGC-CGCATCGGCACGTTGGTGGCTCAGATC
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCA-AGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43375261 T-
127 TA
* * * * * * * * *
43375262 GCGGGTGCCTCGAGCA-CTATCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGTTCGGTAGCCTCGAGGACCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
** * * * * * * * * * * * * *
43375325 GGTACCTAG-GTTGTTCTA-ATGTACTGGAGGCTCGAGCAGCC-TCGGTACCTTGGT-ACTTGGA
64 GACATCTTGCG--GCTC-AGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCA-CCATAGGCACCTTGATGGCTCGGA
43375386 TGT-
125 TGTA
* * * * * * *
43375389 GCGGGAACCTCGAGCACCATCTGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGAACCCTCGAGCAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * *
43375454 TTAC-T-TTG-GTCCTTAGATGTGCAGGAGCCTCGAA-CACCATCGGTACCATGGTGGCTCGGAT
65 --ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTC-AAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43375515 GT-
126 GTA
* * * * ** ** * *
43375517 GCGGGAACATCGAGCAGCATCGGCAACTTCAT-GCGGGGATGTGCGGGATCCTCGAGCCGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * *** * * **
43375581 GCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCTACACATTGGT-GCTTAGATGTA
65 ACATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * * * *
43375645 CGGCAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTAGTGGCACGTATCTGCGTGAGCCTCGAGCA-CAATCG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCG
* * * * * * * * * * * * *
43375709 ACACCTAG-GTCTTTC-GATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCAGATGT
65 ACATCTTGCGGC--TCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43375772 -
128 A
* * * *
43375772 GTGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAACCTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * * * *
43375836 GCACCATGGTGGCTCAGATGTG-GGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCACCATG--GCGCTTGGATG
65 ACATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGG-AGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATG-GCTCGGATG
43375898 T-
127 TA
* * * * * * * * * *
43375899 GCGAGAGGCTCGAGCACCATCGGTACCATGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGAATTG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA-TC
* * ** * * * * * *
43375964 GA-AACTT-CGTGTTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCTCCTTGGTGGCTCAGATG
64 GACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43376026 T-
127 TA
* * * * * *
43376027 GCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGCACCTTAGT-GCTGGGATATAG-GGGAGCCTCAAGCCGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * * * ** * * * ** * **
43376090 GGCACCCTGGTGGCTCGGACCTGCGGAAACCTCGAGCACCAGCGGCACCTTGGTGTTTC-GATGT
64 GACA-TCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
*
43376154 T
128 A
** * * * * * * * * *
43376155 CAGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * * * * * *
43376220 TACCATG-GTGACTCGGATGTGCAGAAGCATCGAGCAGCATCGGCAACTTCG-T-GCTGGGATGT
66 CATCTTGCG-G-CTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTT-GATGGCTCGGATGT
43376282 -
128 A
* * * * * *
43376282 GCGGGAGCCTCGAA-CACCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCGCTTC
1 G-GGGAGCCTC-AAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * ** * * * * * * * * *
43376345 GGCACCTTG-GTGTCTCAGATCTGTGAGAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTAGGT-GTTTGGATG
64 GACATCTTGCG-G-CTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
*
43376408 TT
127 TA
* * * * * * * * ** * * * *
43376410 CGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTAGTTGTTCCAATGTGCGGGAGCCTCTAGCAGCCTTGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * ** ** * * * * *
43376475 CACCTTG-GAACTTGGATATGCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGT-
66 CATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * * * * *
43376537 GTGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCAGCTTGGT-GCTTGGATGTGAGAGAGCCTCGAACACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * *
43376601 ACACCTTG-GTGCTTAGATGTGCGGCAGCCTCAAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGT-
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
** * * * * *
43376664 GTGGGAGCCTTGAGCAGCATCGGCATCTTGCT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * ** * * * * *
43376728 GCACCTCG-GTTGCTCGGATGTGCTGAAGCCTGGAGCAGCATTGGTACCTTGGT-GCTGGGATGT
65 ACATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43376791 -
128 A
* * * *
43376791 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTAGTGGATCGGATGTGCGGGAGCC-CTGAGCAGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCAGCATC
** * * ** ** * * * * * * * *
43376855 GGTACCTTAG-TGCTGGGATATGCGGTAGCATCGAGTC-GCATTGGTAGCTTGGTGGCTCGGATG
64 GACATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAG-CACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43376918 T-
127 TA
* * * * * * * *
43376919 GTGGGAGGCTCGAGCAGCATCGGTACTTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCAAGCAGCATTG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * ** * * * * * * * * * *
43376983 GCA-CTTTG-GTGTCGCAGATGCACCGAAGGCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGAC-GGGATC
65 ACATC-TTGCG-G-CTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43377045 T-
127 TA
* * * * * * *
43377046 GCGAGAGCCT-AGAGCAGCATTGGCACCCTGGT-GCTTGAATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATC
1 G-GGGAGCCTCA-AGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * ** ** * * * * * * *
43377109 GAC-TCCATG-GTGATGGGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGT-GCTTGAATG
64 GACAT-CTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43377171 T-
127 TA
* * * * *
43377172 GCGGGAGGCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-GTGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGTAGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
** * * ** ** * * * * *
43377236 GGTAACTTG-GTCCTGGGATATGTGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATG
64 GACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43377299 T-
127 TA
* * * * * * * * * *
43377300 GCGGGAGACTCGA-CTAGCATCGGTACCTTTG-GGCTTGGAGGTGGGGGATCGTCGAGCACCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGC-AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * ** * * * * * *
43377363 GGCACCTTGATGGCTCAGATATGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCA-ACACCTT-AGTGGCCCGAAT
64 GACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCAT-AGGCACCTTGA-TGGCTCGGAT
43377426 GT-
126 GTA
* ** * * * * *
43377428 GCGGGAGCCTCGAGCAGTGTAGGCACATTGGT-GTTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCCA-CATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATC
* * * * * * * * * * * * *
43377491 GGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGTGGGAGACTCGA-CTAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCAGATG
64 GACATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGC-ACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43377555 T-
127 TA
* * * * * *
43377556 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACATTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** * * ** * ** * * ** * * * * **
43377620 TTAACTTG-GTTGTTTGGATGTATGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGTACCTTGGT-CCTTTGATGT
65 ACATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43377683 -
128 A
* * * *
43377683 GTGGGACCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** *** *** * * * * * *
43377748 GTAAAATG-GTGCAGGGATGTGCAGGAGCATCGAG--CCATATTGGCACCTTGGTGGCTCGGATA
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATA--GGCACCTTGATGGCTCGGATG
43377810 T-
127 TA
* * * * * * * ** * **
43377811 GCGGGAGACTCGACCACCTTCAGCACCTTGGT-GCTGGGAACTGCGGGAGCCTCGAGCACCAAGG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * ** * * ***
43377875 GCAACTTG-GTTGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTT-A-GTCCTTTAATG
65 ACATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATG-GCTCGGATG
43377937 T-
127 TA
* * * * *
43377938 GCGAGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA-CTAAC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATC
* ** * * * * * * * * *
43378002 GGCA-CGTTG-GTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATTGTCAACTTGGTTGCTTGGATG
64 GACATC-TTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43378065 TA
127 TA
* * * * * * ** * * *
43378067 TGGGAGCGTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCACCATC-A
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * *
43378130 GCACCTTGGTGGATCGGATGTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTG
66 -CATCTT-GCGGCTCAGAGGTGC-GGGA---GC-----C-TCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATG
*
43378194 GTTCGGATGTA
118 GCTCGGATGTA
* * * * * * ** *
43378205 CGGGAGACTCGA-CAGCTTCGGTACCTTGGT-GCTGGGAACTGCGAGAGCCTCGAGCA-CTATCG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCG
** * * * * * ** * * * **
43378267 GTAACTTG-GTTGCTC-GAATGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATTGGCACCTTGGT-CCTTTGATG
65 ACATCTTGCG--GCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43378329 T-
127 TA
* * * * * *
43378330 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAACATCT
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-
* * * * * * * ** * * * * **
43378395 GTA-A-CTTG-GTGCGGC-GATGTCCGGGGGCTTCGATCTGCATCGGCACCCTGGTGACTTAGAT
64 G-ACATCTTGCG-GC-TCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43378456 GTA
126 GTA
* * * * * * *
43378459 CGGGAGCCTC--G--GCA-----A-TTTGGT-ACT-GGAAAGTGGGGGACCCTCGAGCCGCATCG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * * * * * * * * *
43378512 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGACTCGACCAGCATCA-GCACCTTG-GGGTTCAGAGGT
65 ACATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCAT-AGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43378575 A
128 A
* * * * * * * *
43378576 CGGGAGCATCGAGCACCATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * * * * * * *
43378641 CACCTTGGTGGC-CCGAATGTGCGGGATCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-AGTGGCACGGATGT
66 CATCTT-GCGGCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGA-TGGCTCGGATGT
43378704 -
128 A
* * * * * * * *
43378704 GCAGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGAT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCCGCAGCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-
* * * * * *
43378768 GTACCT-TTGTC-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTTG-TGGCTCAGAT
64 G-ACATCTTG-CGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACC-TTGATGGCTCGGAT
43378830 GT-
126 GTA
* * * * * * * * *
43378832 GCTGGAGCCTCGACCACCATCGGCACGTTGGT-GCTTGAATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * ** * * *
43378896 GCAACTTG-GTTGCTCAGATGTATGGGACCCTCGAGCACCATCA-GCACCTTGGTGGCTCGGATG
65 ACATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCAT-AGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43378959 T-
127 TA
* * * ** * * * * *
43378960 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-AATGGGATGTGGGGGAGGCTCGAGCGGTATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * ** * * * * * *
43379024 GCACCTTGGCGGCTC-GAATCTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGT
65 ACATCTT-GCGGCTCAG-AGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
*
43379087 T
128 A
* * * * * ** * * *
43379088 CGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-GCTTAGATGTGCGGCAGCCTCGAGCCGCATCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * ** * * * * * * **
43379152 CACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGTGAGCCTCGAGCACCATCGACACCGTTG-T-TCTGGGAACT-
66 CATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACC-TTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * * * *
43379214 GCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCAAGCACCGTCA
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-
** * * * * * *
43379279 GGAC--CTTG-GTGCTTGGATGTGCGGTACCCTCAAGCACCATCGGCACCTT-AGTTGTTCGGAT
64 -GACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGA-TGGCTCGGAT
43379340 GT-
126 GTA
* * * * * ** *
43379342 GCGGGAGCCTCGAGTAGCATCAGCACCTT-GTTGCTTGGATGTGCGACAGCCTCGAGCACCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** * * * * * * * * * * * * ***
43379406 GTACCATGGTGGCTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGT-CCTATAATGT-
65 ACATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * * *
43379469 GCGGCAGCCTCGAA-CACCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCAAGTAGCA-C
1 G-GGGAGCCTC-AAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
* * * ** * * * * * * *
43379532 TGGCACCTTG-GTCTTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGC-CACATCGGCACCTTGGTGTCTCTGAT
64 -GACATCTTGCGGC-TCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCAC-CATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43379595 GT-
126 GTA
* * * * ** * ** * *
43379597 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGT-GCTGGGAACTGCGAGAGTGTCGAGTAGTATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * ** * * * * *
43379661 GCACCTTG-GTCCTTTGATGTGCGGGAGCCTTAAGCACCATCA-GCACCTTGGTGGCTTGGATCT
65 ACATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCAT-AGGCACCTTGATGGCTCGGATGT
43379724 -
128 A
* * * ** * *
43379724 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCGGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * * ** * * *
43379788 AAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCCCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTT
65 ACATCTT-GCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * * *
43379852 GGGGAGCCT-AGAGCCGCATCGGGACC-T--T-G---GGATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCG
1 GGGGAGCCTCA-AGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
** * * * ** * * * *
43379909 GTACCTTG-GTTGTTCCA-ATGTGCGGGAGCCTCGTGCAGCC-TCGGCACC--CATGTACTTGGA
65 ACATCTTGCG--GCT-CAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCA-CCATAGGCACCTTGATG-GCTCGGA
43379969 TGT-
125 TGTA
* * * * *
43379972 GCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCAT-GTGGCTCGGATGTGC-GGAACACTCGAGCAGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGC-CTCGAGCAGCATC
* ** * * * * * **
43380035 -ATCACCTTG-GTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAA-CACCATCGGTACCATGGTGGCTCTTAT
64 GA-CATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTC-AAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43380097 GT-
126 GTA
* * * * * ** * * * *
43380099 GCAGGAGCATCCAGCAGCATCGACAACTTCAT-GC-GGTGATGTGCAGGATCCTCGAGCCGCATC
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC
** * * * * * * ** **
43380162 GGTACCTTG-GTCGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-AATTAGATG
64 GACATCTTGCG--GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATG
43380225 TA
127 TA
** * * * * * * * * * * *
43380227 CAGCAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCACGGATCTGCGTGAGCCTCGATCACCGTCGG
1 GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
* * * ** * * * * * * * * * * * * *
43380292 CACCTAG-GTGTTTGGATGTTCGGTAGCGTCGAGCCCCATCGGTACTTTGGTTGTTCAGATGT-
66 CATCTTGCG-GCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
* * * *
43380354 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAACCTCGAGCACCATCA
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-
* * * * * * * * * *
43380418 GTAC--CATGGTGGCTCAGATGTG-GGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGT-GCTTGGAT
64 G-ACATC-TTGCGGCTCAGAGGTGCGGG-AGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGAT
43380479 GT-
126 GTA
* * * * *
43380481 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCG
1 G-GGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
43380546 GAAACTTCGT
Statistics
Matches: 7159, Mismatches: 1847, Indels: 928
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
116 35 0.00
117 173 0.02
118 113 0.02
119 16 0.00
120 8 0.00
121 87 0.01
122 6 0.00
123 1 0.00
124 11 0.00
125 13 0.00
126 397 0.06
127 2694 0.38
128 3141 0.44
129 260 0.04
130 10 0.00
132 5 0.00
133 4 0.00
134 3 0.00
135 42 0.01
136 28 0.00
137 76 0.01
138 36 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (128 bp):
GGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGA
CATCTTGCGGCTCAGAGGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATAGGCACCTTGATGGCTCGGATGTA
Found at i:43378303 original size:222 final size:223
Alignment explanation
Indices: 43377954--43378377 Score: 595
Period size: 222 Copynumber: 1.9 Consensus size: 223
43377944 GCCTCGACCA
* * * * *
43377954 GCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACTAACGGCACGTTGGTGCTTGG
1 GCATCGACACCTTGGTGGCTCAGATGTACGGGAGACTCGAGCACTAACGGCACCTTGGTGCTGGG
** * * * * *
43378019 ATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATTGTCAACTTGGTTGCTTGGATGTATGGGAGCGTCGAGTAGT
66 AACTGCGGTAGCCTCGAGCACCATGGTCAACTTGGTTGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGTAGT
*
43378084 ATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGTGGGACCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGGATCGGAT
131 ATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGACCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGGATCGGAT
43378149 GTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGCC
196 GTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGCC
* * * *
43378177 GCATCGACACCTTGGTGGTTCGGATGTACGGGAGACTCGA-CAGCT-TCGGTACCTTGGTGCTGG
1 GCATCGACACCTTGGTGGCTCAGATGTACGGGAGACTCGAGCA-CTAACGGCACCTTGGTGCTGG
*
43378240 GAACTGCGAG-AGCCTCGAGCACTATCGGT-AACTTGGTTGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGT
65 GAACTGCG-GTAGCCTCGAGCACCAT-GGTCAACTTGGTTGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGT
* * * *
43378303 AGTATTGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGTACCTTGGTGGCTCG
128 AGTATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGACCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGGATCG
43378368 GATGTGCGGG
193 GATGTGCGGG
43378378 AGCCTCAAGC
Statistics
Matches: 176, Mismatches: 22, Indels: 7
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
222 136 0.77
223 40 0.23
ACGTcount: A:0.17, C:0.24, G:0.34, T:0.25
Consensus pattern (223 bp):
GCATCGACACCTTGGTGGCTCAGATGTACGGGAGACTCGAGCACTAACGGCACCTTGGTGCTGGG
AACTGCGGTAGCCTCGAGCACCATGGTCAACTTGGTTGCTCGAATGTACGGGAGCCTCGAGTAGT
ATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGACCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGGATCGGAT
GTGCGGGGATGTGCAGGAGCATCGAGCC
Found at i:43379822 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43378492--43380579 Score: 1370
Period size: 43 Copynumber: 49.3 Consensus size: 43
43378482 TGGAAAGTGG
*
43378492 GGGACCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * * *
43378535 AGGAGACTCGA-CCAGCATCAGCACCTTGG-GGTTCAGAGGTAC
1 GGGAGCCTCGAGCC-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * *
43378577 GGGAGCATCGAGCAC-CATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGTAC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * *
43378620 GGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * *
43378663 GGGATCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGGCACGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43378706 AGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGAT-GCTGGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43378748 GGGAGCCTCAAGCCGCAGCGGTACCTTTGTCGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43378791 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTTGTGGCTCAGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43378834 TGGAGCCTCGA-CCACCATCGGCACGTTGGT-GCTTGAATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCC-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * **
43378876 GGTAGCCTCGAGCAC-CATCGGCAACTTGGTTGCTCAGATGTAT
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43378919 GGGACCCTCGAGCAC-CATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* ** * *
43378962 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGT-AATGGGATGTGG
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * *
43379004 GGGAGGCTCGAGCGGTATCGGCACCTTGGCGGCTCGAATCTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * *
43379047 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGTTC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * **
43379089 GGTAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGT-GCTTAGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43379131 GGCAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATCTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * **
43379174 GTGAGCCTCGAGCAC-CATCGACACCGTT-GT-TCTGGGAACTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACC-TTGGTGGCTCGGATGTGC
* * *
43379216 GGGAACCTCGAGCAC-CATCGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGT
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * *
43379259 GGGAGCCTCAAGCAC-CGTCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * *
43379301 GGTACCCTCAAGCAC-CATCGGCACCTTAGTTGTTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
** * * *
43379344 GGGAGCCTCGAGTAGCATCAGCACCTT-GTTGCTTGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
** * *
43379386 GACAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * ***
43379429 CGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGT-CCTATAATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * *
43379471 GGCAGCCTCGAACAC-CATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * ** * *
43379514 TGGAGCCTCAAGTAGCA-CTGGCACCTTGGT--CTTGGGATGTGT
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATC-GGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGC
* * *
43379556 GGGAGCCTCGAGCCACATCGGCACCTTGGTGTCTCTGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * **
43379599 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGACACCTTGGT-GCTGGGAACTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* ** ** * * **
43379641 GAGAGTGTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
** * * *
43379683 GGGAGCCTTAAGCAC-CATCAGCACCTTGGTGGCTTGGATCTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * **
43379726 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCGGGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* ** *
43379768 GGGAGCCTCGAGCCGTATCGAAACCTTGGTGGCTCAGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * *
43379811 GGGAGCCTCGAGCCCCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTTG-
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATG-TGC
* * *
43379853 GGGAGCCTAGAGCCGCATCGGGACC-T--T-G---GGATGTTC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * **
43379889 GGTAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTTGTTCCAATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * *
43379932 GGGAGCCTCGTGCAGCCTCGGCACCCAT-GT-ACTTGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCA-CCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43379974 GGGAACCTCGAGCAC-CATCGGCACCAT-GTGGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * ** *
43380016 -GGAACACTCGAGCAGCATCATCACCTTGGT-GCTTGGATGTGC
1 GGGAGC-CTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * **
43380058 GGGAGCCTCGAACAC-CATCGGTACCATGGTGGCTCTTATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * * ** *
43380101 AGGAGCATCCAGCAGCATCGACAACTTCAT-GC-GGTGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGC
* * * * **
43380143 AGGATCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTCGCTTAGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
** ** *
43380186 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-AATTAGATGTAC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43380228 AGCAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCACGGATCTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * * *
43380271 GTGAGCCTCGATCAC-CGTCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGTTC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * * * *
43380313 GGTAGCGTCGAGCCCCATCGGTACTTTGGTTGTTCAGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43380356 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43380398 GGGAACCTCGAGCAC-CATCAGTACCATGGTGGCTCAGATGTG-
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * *
43380440 GGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGT-GCTTGGATGTGC
1 GGG-AGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* *
43380483 GGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGC
1 GGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * * * *
43380526 GGGAGCATCGAGCAGCATCGGAAACTTCGT-GCTGGGATGTAC
1 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
*
43380568 GAGAGCCTCGAG
1 GGGAGCCTCGAG
43380580 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1574, Mismatches: 391, Indels: 161
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 1 0.00
36 25 0.02
37 2 0.00
39 3 0.00
40 1 0.00
41 21 0.01
42 730 0.46
43 776 0.49
44 15 0.01
ACGTcount: A:0.18, C:0.28, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (43 bp):
GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
Found at i:43379883 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 43379843--43379917 Score: 98
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
43379833 ACCTTGGTGC
*
43379843 TGGGATGTTGGGGAGCCTAGAGC-CGCATCGGGACCT
1 TGGGATGTTCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGGACCT
* * *
43379879 TGGGATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCT
1 TGGGATGTTCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGGACCT
43379915 TGG
1 TGG
43379918 TTGTTCCAAT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 4, Indels: 2
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
36 33 0.97
37 1 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.24, G:0.37, T:0.23
Consensus pattern (36 bp):
TGGGATGTTCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGGACCT
Found at i:43381168 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43380816--43381175 Score: 370
Period size: 127 Copynumber: 2.8 Consensus size: 127
43380806 ATGGTGGCTC
* * * * * * *
43380816 GGATGTGCGGAAGCATCGAGCAGCACCGGCAACTTCGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-C
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
43380880 GTATCGGCA-CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGTGCTG
66 -CATCGG-AGCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCAACTTCGTGCTG
* ** *
43380943 GGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTGACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * * * * *
43381008 CGTC--AGTACTAGGGTGGCTCGAATTTGCAGGAGCATCGAGCAACATCGGCAACTTCGTTCTG
66 CATCGGAG-CCT-TGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCAACTTCGTGCTG
* *
43381070 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43381135 CCATCGGAGCCTTGGT-ACTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGC
65 CCATCGGAGCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
43381176 CGCATCGGTA
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 39, Indels: 14
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
124 1 0.01
126 2 0.01
127 147 0.79
128 33 0.18
129 2 0.01
130 2 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.38, T:0.20
Consensus pattern (127 bp):
GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
CATCGGAGCCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCAACTTCGTGCTG
Found at i:43381176 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43380807--43381214 Score: 330
Period size: 85 Copynumber: 4.8 Consensus size: 85
43380797 NNNNNNACCA
* * * * * * * * *
43380807 TGGTGGCTCGGATGTGCGGAAGCATCGAGCAGCACCGGCAACTTCGT-GCTGGGATGTGCGGGAG
1 TGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
*
43380871 CCTCGAGC-CGTATCGGCACCT
65 CCTCGAGCAC-CATCGGCACCT
** * * * *
43380892 TGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAG
1 TGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
*
43380956 CCTCGAGCAGCATCGTG-ACCT
65 CCTCGAGCACCATCG-GCACCT
* * * * * * *
43380977 TGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCGTC-AGTA-CTAGGGTGGCTCGAATTTGCAGGA
1 TGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA-CACCT-TGGTGGCTCGGATGTGCGGGA
* * *
43381040 GCATCGAGCAACATCGGCAACT
64 GCCTCGAGCACCATCGGCACCT
* * *
43381062 TCGTTCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
1 TGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
43381126 CCTCGAGCACCATCGG-AGCCT
65 CCTCGAGCACCATCGGCA-CCT
* * ** * ** *
43381147 TGGTACTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGTACCCTGGTGGCTCGGACCTGCGGAAG
1 TGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG
43381211 CCTC
65 CCTC
43381215 AAGCNNNNNN
Statistics
Matches: 266, Mismatches: 47, Indels: 20
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.01
84 34 0.13
85 227 0.85
86 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (85 bp):
TGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGC
CTCGAGCACCATCGGCACCT
Found at i:43383485 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43383431--43383773 Score: 198
Period size: 43 Copynumber: 8.3 Consensus size: 43
43383421 CTTTGATCTG
* * *
43383431 CGGGAGCCTCGAGCACCATCAGTACCTTGGTGGCTCGAATGTC
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
* * * * ** * *
43383474 CGGGAGCCTCGAGCAACATCTGTAACTTGGT-GCGGGGATGTC
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
** * * *
43383516 CGGGAGCCTCGAGCTGCATCGGCACCCTGGTGACT-TAGATGTA
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGA-ATGTA
* * *
43383559 CGGGAGCCTCG-GCA--AT-------TTGGT-GCTGGAAAGTG
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
* *
43383591 GGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCTG-ATGTG
1 CGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTC-GAATGTA
* * * * * *
43383634 CAGGAGACTCGACCAGCATCAGCACCTTGG-GGCTC-AGAGGTA
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGA-ATGTA
* * * *
43383676 CGGGAGCATCGAGCACCATCGGTACCTTGATGGCTCGGATGTA
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
** * * *
43383719 CGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTG
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
*
43383762 CGGGATCCTCGA
1 CGGGAGCCTCGA
43383774 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 227, Mismatches: 52, Indels: 42
0.71 0.16 0.13
Matches are distributed among these distances:
32 15 0.07
33 7 0.03
35 2 0.01
40 2 0.01
42 70 0.31
43 130 0.57
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (43 bp):
CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTA
Found at i:43383744 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43383592--43383748 Score: 208
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 85
43383582 TGGAAAGTGG
* * * *
43383592 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCTGATGTGCAGGAGACTCGACCAGCATCAGC
1 GGGAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGTACAGGAGACTCGACCAGCATCAGC
43383657 ACCTTGGGGCTCAGAGGTAC
66 ACCTTGGGGCTCAGAGGTAC
* * * * * *
43383677 GGGAGCATCGAGCAC-CATCGGTACCTTGATGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGTATCGG
1 GGGAGCATCGAGC-CGCATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGTACAGGAGACTCGACCAGCATCAG
43383741 CACCTTGG
65 CACCTTGG
43383749 TGGCCCGGAT
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 10, Indels: 2
0.84 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
85 60 0.98
86 1 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.28, G:0.34, T:0.18
Consensus pattern (85 bp):
GGGAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGATGGCTCGGATGTACAGGAGACTCGACCAGCATCAGC
ACCTTGGGGCTCAGAGGTAC
Found at i:43388310 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43388192--43391201 Score: 1492
Period size: 85 Copynumber: 35.4 Consensus size: 85
43388182 TTCATGCGGC
* * *
43388192 GATGTGCGGGATCCTCGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTCGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
*
43388256 CCATCGGCACCTTGGTGCTTA
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * ** * * *
43388277 GATGTACAGCAGCATCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCACGGATCTGCGTGAGCCTCAAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43388341 CCGTCGGCACCTAGGTGTTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
43388362 GATGCT-CGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTG-TTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
1 GATG-TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
*
43388425 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
64 ACCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * ** *
43388447 GATGTGCGAGAACCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCAGATGTG-GGGAACCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGG-AGCCTCGAGCA
* * * *
43388511 GCATCGTCACCTTTGTGGTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
** * * ** * *
43388532 GATGTGCTAGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCATCGAGCAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * * * *
43388597 AATTAGAAACTTCGTGCTGG
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * **
43388617 GATGTGCGGGAGCCTCTAGC-CGCACCGGCT-CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGG-TACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
*
43388680 ACCATCGGCACCTTGGTGCTAG
64 ACCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * ** ** * *
43388702 GATGTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCATGGTGGCTCAGACCTACGGAAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43388766 CCAGCGGCACCTTGGTGTTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
** * **
43388787 GATGTTTGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-TTTTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43388851 CCATCGGTACCATGGTGGCTCG
65 CCATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * ** * * *
43388873 GATGTGCAGGAGCATCGAGCAGTATCGGTAACTTCGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-C
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* **
43388936 GTATCGGCACCTTGGTGGCTCA
66 -CATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * * * * *
43388958 GTTGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCGGTACCTTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGTAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
*
43389022 CATCGTCACCTTGGTGCTTG
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
** * * * * * * * * * * * *
43389042 GAACTGCGAGAGCGTCGAGCACCATAGGGAACTTGGTTGCTCGAAAGTACGGGAGCCTCGAGTAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43389107 TATCGGCACCTTGGTCCTTT
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * *
43389127 GATGTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * **
43389192 CATCGGTAACTTGGTGCGGG
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* *** **
43389212 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGTATCAAAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43389276 CCACCGGCACCTTGGTGCTGG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * ** * *
43389297 GATGTTG-GGGAGCCTCGAGTAGCATC-GTCACCTTGGT-GCTTGGAACTGCGAGAGCGTCGAGC
1 GATG-TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGT-ACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43389359 ACCATAGGGAACTTGGTTGCTCG
64 ACCATCGGCACCTTGG-TGCTTG
* * * * ** * * * *
43389382 AAAGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGT-CCTTTGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAC
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43389446 CATCAGCACCTTGGTGGCTCG
66 CATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * * **
43389467 GATCTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCGGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-C
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *** **
43389530 GTATCAAAACCTTGGTGGCTCA
66 -CATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * *
43389552 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTTG-GGGAGCCTCGAGC-
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATG-TGCGGGAGCCTCGAGCA
*
43389614 CGCATCGGCACCTTGG-G-AT-
65 C-CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * ** *
43389633 GCT-T--GGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTG-TTCCAATGTGCGGGAGCCTCGTGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43389694 GCC-TCGGCACCCAT-GTACTTG
65 -CCATCGGCA-CCTTGGTGCTTG
* * * * * *
43389715 GATGTGCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCAT-GTGGCTCGGATGTAC-GGAACACTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGC-CTCGAGCA
* **
43389778 GCATCATCACCTTGGTGCTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * *
43389799 GATGTGCGGGAGCCTCGAACACCATCGGTACCATGGTGGCTCT-TATGTGCAGGAGCATCCAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCT-TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * ** *
43389863 GCATCGACAACTTCATGC-GG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
43389883 TGATGTGCAGGATCCTCGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
1 -GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
*
43389947 ACCATCGGCACCTTGGTGCTTA
64 ACCATCGGCACCTTGGTGCTTG
*************************************************
43389969 GATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GATG------------TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGG
********************************
43390034 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
54 AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTG
******** * * * * ** * * *
43390066 NNNNNNNAGCAGCATCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCACGGATCTGCGTGAGCCTCGATCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43390130 CCGTCGGCACCTAGGTGTTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * * *
43390151 GATGTTCGGTAGCGTCGAGCCCCATCGGTACTTTGGTTG-TTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
*
43390215 GCATCGGCACCTTGGTGCTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * ** *
43390236 GATGTGCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTG-GGGAACCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGG-AGCCTCGAGCA
* * * *
43390300 GCATCGTCACCTTGGTGATGG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * *
43390321 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * ** *
43390386 CATCGGAAACTTCATGCTGG
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *** **
43390406 GATGTACGAGAGCCTCGAGGGGCATCGGCT-CCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG-TACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43390470 CCATCGGCACCTTAGTGCTGG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * ** * *
43390491 GATGTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCCTGATGGCTCGGACCTACGGAAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43390555 CCAGCGGCACCTTGGTGTTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * ** * *
43390576 GATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-TTTTCCGATGTACGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
43390640 CCACCGGTACCATGGTGGCTCG
65 CCATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * * * * * *
43390662 GATGTGCGGGAACATCGAGCAGCATCGGCAACTTCGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-C
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* **
43390725 GTATCGGCACCTTGGTGGCTCA
66 -CATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * * * *
43390747 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAG
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43390811 CGTCGTCACCTTGGTAG-TTG
66 CATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* ** * * ** *
43390831 GATGTGCGGGATCCTCGAGCACCATTAGTA-CTATGGTGGCTCGGATTTGCAAGAGCATCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCT-TGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
43390895 ACATCGGCAACTTCGTGCTGG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* ** ** * * *
43390916 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCTGCATCGACACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCAC
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43390981 CATCGGCGCCTTGGTACTGG
66 CATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * ** *
43391001 GATGTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGTACCCTGGTGGCTCGGACCTGCGGAAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43391065 CCAGCGGCACCTTGGTGTTTG
65 CCATCGGCACCTTGGTGCTTG
** * ** *
43391086 GATGTTTGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-TTTTCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
** * *
43391150 CCATCGATACCATGGTGGCTCG
65 CCATCGGCACCTTGGT-GCTTG
* * *
43391172 GATGTGCAGGAGCATCGAGCAGCATCGGTA
1 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTA
43391202 ACTTCATGCC
Statistics
Matches: 2169, Mismatches: 672, Indels: 167
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
78 30 0.01
79 23 0.01
80 5 0.00
81 4 0.00
82 2 0.00
83 12 0.01
84 169 0.08
85 1806 0.83
86 118 0.05
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
CATCGGCACCTTGGTGCTTG
Found at i:43388719 original size:297 final size:296
Alignment explanation
Indices: 43388192--43391199 Score: 1904
Period size: 297 Copynumber: 10.1 Consensus size: 296
43388182 TTCATGCGGC
* * * *
43388192 GATGTGCGGGATCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTCGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 GATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTC-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * * * * * * **
43388257 CATCGGCACCTTGGT-GCTTAGATGTACAGCAGCATCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCACGG
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGT-GCTGGG
* * * * * * ** *
43388321 ATCTGCGTGAGCCTCAAGCACCG--TCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGCT-CGGTAGCCTCGAGC
128 ATGTGCGGGAGCCTCGAG--CCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATG-TGCGGGAGCCTCGAGC
* * * ** *
43388382 ACCATCGGTACCTTGGTTGTTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
190 ACCACCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
** * * *
43388447 GATGTGCGAGAACCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCA
254 GAACTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * * ** **
43388490 GATGTGGGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTTGTGGTTGGATGTGCTAGAGCCTCGAGCACC
1 GATGTCGGG-AGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* ** * ** * *
43388555 ATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCATCGAGCAGAATTAGAAACTTCGTGCTGGGAT
65 ATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGAT
* * * ** *
43388620 GTGCGGGAGCCTCTAGCCGCACCGGCTCCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
130 GTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAC
* * * ** *
43388685 CGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCATGGTGGCTCAGACCT
195 CGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGAACT
* * * **
43388750 ACG-GAAGCCTCGAGCACCAGCGGCACCTTGG-TGTTTG
259 GCGAG-AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * * **
43388787 GATGTTTGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTTTTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 GATG-TCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43388852 CATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCATCGAGCAGTATCGGTAACTTCGTGCTGGGA
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGA
* *
43388917 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGTGGCTCAGTTGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
129 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
* * *
43388982 CCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGTAGCATCGTCACCTTGGTGCTTGGAACT
194 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAACT
* * * *
43389047 GCGAGAGCGTCGAGCACCATAGGGAACTTGGTTGCTC-
259 GCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * * *
43389084 GAAAGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAC
1 G-ATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
43389149 CATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCGGGGA
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGA
**
43389214 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCAAAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
129 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
* * *
43389279 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTTGGGGAGCCTCGAGTAGCATCGTCACCTTGGTGCTTGGAACT
194 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAACT
* * * *
43389344 GCGAGAGCGTCGAGCACCATAGGGAACTTGGTTGCTC-
259 GCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * * *
43389381 GAAAGTACGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTTGGTCCTTTGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAC
1 G-ATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
43389446 CATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCGGGGA
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGA
**
43389511 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCAAAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
129 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
* *
43389576 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTTGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGGATGCTTGG--
194 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GG-TGCTTGGAA
* *
43389639 -T-----AGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCCA
257 CTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCT-CA
* * * * *
43389674 -ATGTGCGGGAGCCTCGTGCAGCCTCGGCACCCAT-GTACTTGGATGTGCGGGAACCTCGAGCAC
1 GATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCA-CCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
43389737 CATCGGCACCAT-GTGGCTCGGATGTAC-GGAACACTCGAGCAGCATC-ATCACCTTGGTGCTTG
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCA-TCGAGCAGCATCGGT-AACTTGGTGCTGG
* * * * ** * * *
43389799 GATGTGCGGGAGCCTCGAACAC-CATCGGTACCATGGTGGCTCTTATGTGCAGGAGCATCCAGCA
127 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * ** ** * * * *
43389863 GCATCGACAACTTCATGC-GGTGATGTGCAGGATCCTCGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTTA
191 CCACCGGCACCTTGGTGCTGG-GATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTG
** * *
43389927 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTTA
254 GAACTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
************************************************
43389969 GATGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 GATG-------------TCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGA
**************************************** * * * * *
43390034 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGCAGCATCGAGCCGCATCAGCACCT
53 GCCTCGAGCACCATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACT
** * * * * * * ** * *
43390099 TGGTGGCACGGATCTGCGTGAGCCTCGATCACCG--TCGGCACCTAGGT-GTTTGGATGTTCGGT
118 TGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA--GCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGG
* * * * * * ** *
43390161 AGCGTCGAGCCCCATCGGTACTTTGGTTGTTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACC
180 AGCCTCGAGCACCACCGGCACCTTGG-TGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACC
** * * *
43390226 TTGGTGCTTGGATGTGCGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCA
244 TTGGTGCTTGGAACTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * ** *
43390279 GATGTGGGGAACCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGATGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 GATGTCGGG-AGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * **
43390344 ATCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGAAACTTCATGCTGGGAT
65 ATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGAT
* * ** * ** *
43390409 GTACGAGAGCCTCGAGGGGCATCGGCTCCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
130 GTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAC
* * * * * *
43390474 CGGCACCTTAGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCCTGATGGCTCGGACCT
195 CGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGAACT
* * * **
43390539 ACG-GAAGCCTCGAGCACCAGCGGCACCTTGG-TGTTTG
259 GCGAG-AGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* * * ** * *
43390576 GATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTTTTCCGATGTACGGGAGCCTCGAGCAC
1 GATG-TCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * *
43390641 CACCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAACATCGAGCAGCATCGGCAACTTCGTGCTGGGA
64 CATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGA
*
43390706 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
129 TGTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
* * **
43390771 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCGTCGTCACCTTGGTAG-TTGGATG
194 CCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGAAC
* * ** * * *
43390835 TGCGGGATCCTCGAGCACCATTAGTA-CTATGGTGGCTCG
258 TGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCT-TGGTTGCTCA
* ** * * * * * * * **
43390874 GATTTGCAAGAGCATCGAGCAACATCGGCAACTTCGTGCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCTGC
1 GATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* ** * * * *** *
43390939 ATCGACACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCATCGGCGCCTTGGTACTGGGAT
65 ATCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGAT
* * * * * ** * *
43391004 GTGGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGTACCCTGGTGGCTCGGACCTGCGGAAGCCTCGAGCACCAG
130 GTGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAC
* * ** * * * ** * *
43391069 CGGCACCTTGGTGTTTGGATGTTTGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTTTTCGAATGT
195 CGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAA-CT
* ** * * *
43391134 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGATACCATGGTGGCTCG
259 GCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
* *
43391172 GATGTGCAGGAGCATCGAGCAGCATCGG
1 GATGT-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG
43391200 TAACTTCATG
Statistics
Matches: 2103, Mismatches: 535, Indels: 144
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
288 1 0.00
289 14 0.01
290 127 0.06
291 85 0.04
292 5 0.00
295 5 0.00
296 9 0.00
297 973 0.46
298 715 0.34
299 8 0.00
309 82 0.04
310 76 0.04
311 1 0.00
312 2 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.33, T:0.21
Consensus pattern (296 bp):
GATGTCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTCCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
TCGGCACCATGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCAGCATCGGTAACTTGGTGCTGGGATG
TGCGGGAGCCTCGAGCCGTATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCACC
GGCACCTTGGTGCTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAACTGC
GAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTTGCTCA
Found at i:43389644 original size:36 final size:36
Alignment explanation
Indices: 43389591--43389665 Score: 100
Period size: 36 Copynumber: 2.1 Consensus size: 36
43389581 ACCTTGGTGC
43389591 TGGGATGTTGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCT
1 TGGGATGTTGGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCT
* *
43389627 TGGGATGCTT-GGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCT
1 TGGGATG-TTGGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCT
43389663 TGG
1 TGG
43389666 TTGTTCCAAT
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 2, Indels: 4
0.85 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
36 32 0.91
37 3 0.09
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.36, T:0.23
Consensus pattern (36 bp):
TGGGATGTTGGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCT
Found at i:43396015 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43395967--43396071 Score: 122
Period size: 43 Copynumber: 2.4 Consensus size: 43
43395957 CTCCCCACAG
* **
43395967 CCGGCACCTTGGTGGCTCGGATACG-CAGGAGCCTCGCGCAACA
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCGGATACGCCA-GAGCCCCAAGCAACA
** * *
43396010 CCGGCACCTTGGTACCTCGGATGCGCCAGAGCCCCAAGCAGCA
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCGGATACGCCAGAGCCCCAAGCAACA
*
43396053 TCGGCACCTTGGTGGCTCG
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCG
43396072 AATGTGTGGG
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 10, Indels: 2
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
43 49 0.96
44 2 0.04
ACGTcount: A:0.17, C:0.36, G:0.31, T:0.15
Consensus pattern (43 bp):
CCGGCACCTTGGTGGCTCGGATACGCCAGAGCCCCAAGCAACA
Found at i:43396745 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43396651--43396819 Score: 196
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
43396641 CAAGAGCCTC
* *
43396651 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCAGGAGCCTCGAGCACCAT
1 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
43396694 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GTCACCAT
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCAT
* *
43396736 TGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGGCTCGAGCACCAT
1 CGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
** * * * ** *
43396779 CAACACATTGGTGCTAGGATGTGTGAAAACCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43396820 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 109, Mismatches: 14, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 59 0.54
43 48 0.44
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.28, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
Found at i:43396819 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43396655--43396812 Score: 210
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
43396645 AGCCTCCGGC
** * * *
43396655 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCAGGAGCCTCGAGCACCATCAACACATTGGTGCTAGGATGTGCGA
* *
43396720 GAGCCTCGGTCACCATTGGCA
66 AAACCTCGGTCACCATTGGCA
* * * *
43396741 ACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGGCTCGAGCACCATCAACACATTGGTGCTAGGATGTGTGA
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCAGGAGCCTCGAGCACCATCAACACATTGGTGCTAGGATGTGCGA
43396805 AAACCTCG
66 AAACCTCG
43396813 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 61, Mismatches: 11, Indels: 1
0.84 0.15 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 53 0.87
86 8 0.13
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.33, T:0.22
Consensus pattern (86 bp):
ACCTTGGTGGCTCGGATATGCAGGAGCCTCGAGCACCATCAACACATTGGTGCTAGGATGTGCGA
AAACCTCGGTCACCATTGGCA
Found at i:43418971 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43418943--43419018 Score: 100
Period size: 24 Copynumber: 3.2 Consensus size: 24
43418933 GGTTAGATTT
43418943 CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCACC
1 CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCACC
* **
43418967 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCC-GT
1 CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCACC
* *
43418990 ACGGCGGTGCTCCGGTGATCCATC
1 CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCACC
43419014 CCGGC
1 CCGGC
43419019 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 8, Indels: 2
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.44
24 24 0.56
ACGTcount: A:0.08, C:0.39, G:0.36, T:0.17
Consensus pattern (24 bp):
CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCACC
Found at i:43418998 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43418944--43419011 Score: 93
Period size: 23 Copynumber: 2.9 Consensus size: 24
43418934 GTTAGATTTC
*
43418944 CGGCGGTGCTCCGGTGATCCACCC
1 CGGCGGTGCTCCGGTGATCCACCA
* **
43418968 CGGCGGTGCTCCGGCGATCC-GTA
1 CGGCGGTGCTCCGGTGATCCACCA
43418991 CGGCGGTGCTCCGGTGATCCA
1 CGGCGGTGCTCCGGTGATCCA
43419012 TCCCGGCATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.50
24 19 0.50
ACGTcount: A:0.09, C:0.37, G:0.37, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
CGGCGGTGCTCCGGTGATCCACCA
Found at i:43419224 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43419117--43419926 Score: 997
Period size: 85 Copynumber: 9.5 Consensus size: 85
43419107 CACATGGCAG
43419117 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
* * *
43419182 GGTACGAGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *** * *
43419202 CATCGGCACCTTGGTAGCTCGGATGTGAAAGAGCCTCGAGCACCATC-AGCACCTCGGAGCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA-CACCTTGGTGCTTGG
* *
43419266 ATGTGCAGAAGCCTCGACCAC
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *
43419287 CATCGGCACCTTAGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATTCG-CACCTTGGTGCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGACACCTTGGTGCTTGG
* *
43419351 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * ** * *
43419372 AACCGGCACCTAGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
* * *
43419437 TGTGCGAGAGCCTCGAGCAG
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * * * *
43419457 TATCGGCACCTTGGCGCCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-AGTACCTTGGTGCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA-CACCTTGGTGCTTGG
* **
43419521 ATGTGGGGGAGCCTCGTGCAC
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
*
43419542 CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATATGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGTA-ACCTTGGTGCTT
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATC-G-ACACCTTGGTGCTT
*
43419604 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGTCGA-
63 GGATGTGCGGGAGCCTCGA--CCAC
* * * * *
43419628 -ACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGGGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTACTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
43419692 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * *
43419712 CGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
43419777 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43419797 CGTCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTTGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
* **
43419862 TGTGCAGGAGCCTCGAGTAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43419882 AATCGGCACCTTGGTGGTTCGGATGTGCAGTAGCCTCGAGCACCA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43419927 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 628, Mismatches: 81, Indels: 32
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.00
84 31 0.05
85 563 0.90
86 28 0.04
87 3 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (85 bp):
CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGA
TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
Found at i:43419598 original size:255 final size:254
Alignment explanation
Indices: 43419120--43419926 Score: 1109
Period size: 255 Copynumber: 3.2 Consensus size: 254
43419110 ATGGCAGCAT
* *
43419120 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTTGGAGGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
* ***
43419185 ACGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTAGCTCGGATGTGAAAGAGCCTCGAGCACCATCA
66 GCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGG-AGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCA
* * * * *
43419250 GCACCTCGGAGCTTGGATGTGCAGAAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTAGTGGCTCGGATGTGC
130 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
*
43419315 GGGAGCCTCGACCACCATTC-GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAAC
195 GGGAGCCTCGGCCACCA-TCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAAC
* ** *
43419375 CGGCACCTAGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
* ** * * *
43419440 GCGAGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGCGCCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCA
66 GCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCA
* * ** *
43419505 GTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATATGC
130 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
*
43419569 GGGAGCCTCGGCCACCATCGGTAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTC-GAAC
195 GGGAGCCTCGGCCACCATCGG-CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGAAC
* * *
43419630 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGGGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTACTTGGATGT
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
* * * * *
43419695 GCGGGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCACCATCG
66 GCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGG-AGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCA
* *
43419760 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCGTCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
130 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC
* * * * *
43419825 GGGAGCCTCGAG-CACCATCGGCACCTTTGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGTACAAT
195 GGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAAC
* * *
43419885 CGGCACCTTGGTGGTTCGGATGTGCAGTAGCCTCGAGCACCA
1 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43419927 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 481, Mismatches: 63, Indels: 16
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
253 2 0.00
254 29 0.06
255 417 0.87
256 32 0.07
257 1 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (254 bp):
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
GCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCAG
CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCG
GGAGCCTCGGCCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAAC
Found at i:43425212 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43425179--43425249 Score: 88
Period size: 23 Copynumber: 3.1 Consensus size: 23
43425169 GGTTAGGTTC
* *
43425179 CCGGCGCTGCTCTGGCGATCCAT
1 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
* *
43425202 CCGGCGGTGCTCCGGTGATCCAG
1 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
**
43425225 CCGGCGGCACTCCGGCGATCCAT
1 CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
43425248 CC
1 CC
43425250 CGATATATAG
Statistics
Matches: 40, Mismatches: 8, Indels: 0
0.83 0.17 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 40 1.00
ACGTcount: A:0.10, C:0.41, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (23 bp):
CCGGCGGTGCTCCGGCGATCCAT
Found at i:43425529 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43425350--43426526 Score: 1234
Period size: 85 Copynumber: 13.9 Consensus size: 85
43425340 AGCACATGGT
* * * *
43425350 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGGGCCTTGAGTATCAT-GGCACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* *
43425414 GATGTGTGGGAGCCTCGACC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43425434 ACCATCGGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
*
43425499 GATGTGCAGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43425519 AG-AACTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTCCGGG-GTCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 AGCATC-GGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAG-CCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43425582 AGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC
64 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43425604 AGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTT
* * * *
43425668 GGATGTGCAGCAGCCCCAATG-
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGA-GC
* * * * * * * * * *
43425689 AGCGTTGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGAAGCCTCGATCCGCGTCGGCAGCTTGGTACTGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
*
43425753 GATGTGGGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43425773 CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
*
43425838 GATGTGCGAGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43425858 A-CTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 AGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
*
43425922 -GAT-TCCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43425941 ACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAG-AACTGGCACCTTGGTGGC
1 AGCATC-GGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGT-GC
* ** *
43426003 TCGGATGTGCGGGAGCCTTAAAC
63 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* ** * * * *
43426026 AGTATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCAAGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTT
*
43426090 GGATGTGCTGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * ** *
43426111 AGAACCGGCACCTTGGT-GCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGATACCTTGGTGCTGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
*
43426175 GATGTGCGGGAGCCTCGAGT
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * ** * *
43426195 AGCGTCGACATCTTGGTTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* *
43426260 GATGTGGGGGAGCCTCGTGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * * *
43426280 ACCATCGGTACCTTGCTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGCACCGGCACCTTGGTGCTGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
43426345 GGTGTGCGGGAGGCTCGACC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43426365 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGTACATTGGGGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTT
*
43426430 GGATGTGCGGGAGCTTCG-GAC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG-C
* * *
43426451 ACCATCGGCAACCTTGAT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCT
1 AGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CT
*
43426515 GGGATGTGCGGG
64 TGGATGTGCGGG
43426527 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 914, Mismatches: 156, Indels: 44
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
81 2 0.00
82 35 0.04
83 30 0.03
84 157 0.17
85 602 0.66
86 81 0.09
87 7 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.26, G:0.36, T:0.22
Consensus pattern (85 bp):
AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
Found at i:43425587 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43425350--43426526 Score: 1241
Period size: 127 Copynumber: 9.3 Consensus size: 127
43425340 AGCACATGGT
* * * * *
43425350 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGGGCCTTGAGTATCAT-GGCACCTTGGT-GCTT
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
* * * * *
43425413 GGATGTGTGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGT
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43425477 AGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCA-GAACTGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGGCTC
* * * *
43425541 GGATGTCCGGG-GTCCTCGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC
65 GGATGTGCGGGAG-CCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43425604 AGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
* * * * * * * * *
43425669 GATGTGCAGCAGCCCCAATG-AGCGTTGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGAAGCCTCGATC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGA-GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * *
43425731 CGCGTCGGCAGCTTGGTACTGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTC
* * * *
43425795 GGATGTGCGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGAGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* *
43425858 A-CTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
1 AGC-ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCT
* * * * *
43425921 -TGAT-TCCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGC
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * ** * **
43425983 AG-AACTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTAAACAGTATCGGCACCTTGGT-GCT
1 AGCATC-GGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCT
* ** * * * *
43426046 TGGATGTGCAAGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGC
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * ** *
43426111 AGAACCGGCACCTTGGTGCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGATACCTTGGT-GCTGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
* * * * *
43426175 GATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGCGTCGACATCTTGGTTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43426238 AGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGTACCTTGCTGGCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
* * * * * *
43426303 GATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGCACCGGCACCTTGGTGCTGGGGTGTGCGGGAGGCTCGACC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43426365 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGTACATTGGGGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
* * * *
43426430 GGATGTGCGGGAGCTTCG-GACACCATCGGCAACCTTGATGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* *
43426494 ACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGG
43426527 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 883, Mismatches: 141, Indels: 50
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
124 2 0.00
125 102 0.12
126 35 0.04
127 474 0.54
128 210 0.24
129 60 0.07
ACGTcount: A:0.15, C:0.26, G:0.36, T:0.22
Consensus pattern (127 bp):
AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
Found at i:43425704 original size:212 final size:212
Alignment explanation
Indices: 43425350--43426526 Score: 1304
Period size: 212 Copynumber: 5.6 Consensus size: 212
43425340 AGCACATGGT
* * * * *
43425350 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGGGCCTTGAGTATCAT-GGCACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * *
43425414 GATGTGTGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAG
66 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
* * * *
43425479 CATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGAACT-GGCACCTTGGTGGCTCGG
131 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGAACTCGGCACCTTGGT-GCTGGG
*
43425543 ATGTCCGGGGTCCTCGAGG
195 ATGTCCGGGG-CCTCGAGC
* * *
43425562 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * *
43425626 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGCAGCCCCAATG-A
66 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA-GCA
* * * * * *
43425690 GCGTTGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGAAGCCTCGATCC-G--CGTCGGCAGCTTGGTACTG
130 GCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCAGAAC-TCGGCACCTTGGTGCTG
**
43425752 GGATGTGGGGGAGCCTCGAGC
193 GGATGTCCGGG-GCCTCGAGC
* * *
43425773 CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * *
43425838 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
66 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
* * ** *
43425903 CATCGGCACCTTGGTGCTT-GAT-TCCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCAGG-ACCTTGGTGCTTGG
131 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGAACTC-GGCACCTTGGTGCTGGG
* *
43425964 ATGTGCAGGAGCCTCGAGC
195 ATGT-CCGGGGCCTCGAGC
* ** * *
43425983 AG-AACTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTAAACAGTATCGGCACCTTGGTGCTT
1 AGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* * * *
43426047 GGATGTGCAAGAGCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCA
65 GGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * ** **
43426112 GAACCGGCACCTTGGTGCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGACCACCA-TCGATACCTTGGTGCTGGG
130 GCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGAACTCGGCACCTTGGTGCTGGG
* *
43426176 ATGTGCGGGAGCCTCGAGT
195 ATGTCCGGG-GCCTCGAGC
* * * ** *
43426195 AGCGTCGACATCTTGGTTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
* * * * * *
43426260 GATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGTACCTTGCTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAG
66 GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
* * * * * *
43426325 CACCGGCACCTTGGTGCTGGGGTGTGCGGGAGGCTCGACCAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTTGG
131 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGAACTCGGCACCTTGGT-GCTGGG
* *
43426389 ATGTGCGGGAGCCTCGACC
195 ATGTCCGGG-GCCTCGAGC
* * * * * *
43426408 AGCATCGGTACATTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCTTCG-GACACCATCGGCAACCTTGATGCT
1 AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCT
* * *
43426472 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
64 TGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGG
43426527 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 813, Mismatches: 130, Indels: 42
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
209 3 0.00
210 170 0.21
211 72 0.09
212 445 0.55
213 64 0.08
214 59 0.07
ACGTcount: A:0.15, C:0.26, G:0.36, T:0.22
Consensus pattern (212 bp):
AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
GATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGAACTCGGCACCTTGGTGCTGGGA
TGTCCGGGGCCTCGAGC
Found at i:43437279 original size:24 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43437251--43437298 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 2.0 Consensus size: 23
43437241 GGTTCCTGGC
* *
43437251 GGTGCTCTGGCGATCCATCTCGGT
1 GGTGCTCCGACGATCCATC-CGGT
43437275 GGTGCTCCGACGATCCATCCGGT
1 GGTGCTCCGACGATCCATCCGGT
43437298 G
1 G
43437299 ACGCTCCGGT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 5 0.23
24 17 0.77
ACGTcount: A:0.10, C:0.31, G:0.33, T:0.25
Consensus pattern (23 bp):
GGTGCTCCGACGATCCATCCGGT
Found at i:43437304 original size:23 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43437261--43437306 Score: 67
Period size: 23 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
43437251 GGTGCTCTGG
**
43437261 CGATCCATCTCGGTGGTGCTCCGA
1 CGATCCATCTCGGTGACGCTCCGA
43437285 CGATCCATC-CGGTGACGCTCCG
1 CGATCCATCTCGGTGACGCTCCG
43437307 GTGATTTATC
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 2, Indels: 1
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 11 0.55
24 9 0.45
ACGTcount: A:0.13, C:0.37, G:0.28, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
CGATCCATCTCGGTGACGCTCCGA
Found at i:43437473 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43437420--43437887 Score: 548
Period size: 42 Copynumber: 11.0 Consensus size: 42
43437410 CACATGGCAA
* *
43437420 CATCGGCACCTT-GTGGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43437462 CATCGGTACCTTGGTG-TTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43437504 CATCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43437547 CATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTTGTGCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43437589 CATTGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAC
* *
43437631 CATCGGCATCCTTGGTGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCA-CCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43437674 CAACGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCAACCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * * *
43437716 TGTC-CCTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGACCCTCGAGCAC
1 CATCGGC-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43437759 CACCGACACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
*
43437801 CATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * *
43437844 CATCGATACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
43437886 CA
1 CA
43437888 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 368, Mismatches: 47, Indels: 22
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.01
42 215 0.58
43 146 0.40
44 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:43437538 original size:85 final size:83
Alignment explanation
Indices: 43437420--43437887 Score: 517
Period size: 85 Copynumber: 5.5 Consensus size: 83
43437410 CACATGGCAA
** *
43437420 CATCGGCACCTT-GTGGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGTTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGTT-GGA
*
43437484 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43437504 CATCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTG-TTGGA
* * *
43437569 TGTGGGGGAGCCTTGTGCAC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43437589 CATTGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCATCCTTGGTGCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGTA-CCTTGGTG-TTGG
* *
43437653 ATGTGCGGAAGCCTCGAGCAG
63 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * ** ** *
43437674 CAACGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCAACCACTGTCCCTACCTTGGTGGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-G-TTGGA
*
43437739 TGTGCGGGACCCTCGAGCAC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
43437759 CACCGACACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG-TACCTTGGTG-TTGGA
43437824 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
** * *
43437844 CATCGATACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43437888 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 330, Mismatches: 46, Indels: 15
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 48 0.15
85 271 0.82
86 10 0.03
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (83 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGTTGGATG
TGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:43437612 original size:127 final size:125
Alignment explanation
Indices: 43437420--43437887 Score: 564
Period size: 127 Copynumber: 3.7 Consensus size: 125
43437410 CACATGGCAA
* * * * *
43437420 CATCGGCACCTT-GTGGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGTTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * *
43437484 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAG
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCG-GAGCCTCGAGCAG
* * * * *
43437547 CATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTTGTGCACCATTGGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
43437612 GTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCATCCTTGGTGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCAG
66 GTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGCA-CCTTGGTGCTTGGATGTGCGG-AGCCTCGAGCAG
* * * ** *
43437674 CAACGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCAACCACTGTC-CCTACCTTGGTGGCTCGG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGGT-GCTCGG
* * * * *
43437738 ATGTGCGGGACCCTCGAGCACCACCGACACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
64 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC-GGAGCCTCGAGCAG
* ** *
43437801 CATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGATACCTTGGTGCTAGGA
1 CATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
*
43437866 TGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43437888 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 291, Mismatches: 40, Indels: 20
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
126 3 0.01
127 203 0.70
128 84 0.29
129 1 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.34, T:0.22
Consensus pattern (125 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGAGCCTCGAGCAG
Found at i:43438166 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43438134--43438211 Score: 95
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
43438124 CCAGTTAAGT
43438134 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
*
43438158 TCCCGGCGGTGCTCCGACGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
** * * *
43438182 T-CTAGCGGCGCTCCGGTGATTCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
43438205 TCCCGGC
1 TCCCGGC
43438212 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 9, Indels: 2
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 17 0.39
24 27 0.61
ACGTcount: A:0.10, C:0.40, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
Found at i:43438420 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43438310--43439700 Score: 1740
Period size: 85 Copynumber: 16.4 Consensus size: 85
43438300 CACATGGCAG
* * *
43438310 CATCAGCACCTTGCTGGCTCGGATGTGCCGGG-GCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTG-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGG
43438374 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *
43438395 CATCGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTAGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* *
43438460 GGTGTGGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* **
43438480 CACCGGCACCTTGAAGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* *
43438545 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43438565 AACCGGCACCTTAGTGGCTCGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TGGC
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGG-
** *
43438629 ATGTGCAAGAGCCCCGAGCCA-
65 ATGTGCGGGAGCCTCGA-CCAC
* * * * *
43438650 CATCGACACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATCTGCCCCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* * *
43438715 TATACGGGAGCCTCGAGCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * *
43438735 CATCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCCCGA-CTAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGG
* *
43438799 ATGTGCAGGAGCCTCGAGCC-G
65 ATGTGCGGGAGCCTCGA-CCAC
* * * * * * **
43438820 CATCGACACCTTGGTGGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCGTCGGCAGCTTGGTGCCGGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* * * *
43438885 TGTGGGGGATCCTCGAGCAG
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
*
43438905 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
43438970 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * * *
43438990 CAACGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCTGAAGCCTCGAGC-GCCATCGGCACCTTGGTGCTTTG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-CATCGGCACCTTGGTGCTTGG
*
43439054 ATGTGCGGGAACCTCGACCAC
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43439075 CACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
* *
43439140 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * * * *
43439160 AACCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAACATCGGTACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
43439225 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* ** * * * *
43439245 CGTTTGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGCTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
**
43439310 TGTGTAGGAGCCTCGACCAC
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * *
43439330 CATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TGAG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG-G
* * * *
43439393 ACGTGCGGGATCCTCGAGCAG
65 ATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43439414 CATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGTAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
***
43439479 TGTG-GGGAAGCCTCCTGCAC
66 TGTGCGGG-AGCCTCGACCAC
* * * *
43439499 CATCGGTACCTTGCTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
*
43439564 TGTGCGGGAGCCTCGACCAG
66 TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43439584 CATTGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTAG-GACACCATCGGCAACCTTGGTGCTTG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCTTG
*
43439648 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
64 GATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* *
43439670 CATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
1 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGG
43439701 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 1121, Mismatches: 167, Indels: 35
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.00
84 84 0.07
85 964 0.86
86 71 0.06
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
TGTGCGGGAGCCTCGACCAC
Found at i:43452213 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43452073--43452267 Score: 212
Period size: 43 Copynumber: 4.6 Consensus size: 42
43452063 TTCAGACACT
* * * * *
43452073 CGGGAGCCTCGCGCAGCACCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGCG
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-GTCGGATGTG
* * * *
43452116 CTGGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTG
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGG-TCGGATGTG
* * *
43452159 CGGGAGCCTCGAGCATCATCGGCACCTAGGAGGTCGGATGTG
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGTCGGATGTG
* * *
43452201 TC-AGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCGGATGTG
1 -CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-GTCGGATGTG
43452244 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCA
1 CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCA
43452268 ACTTTGGCCC
Statistics
Matches: 127, Mismatches: 21, Indels: 8
0.81 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 34 0.27
43 93 0.73
ACGTcount: A:0.16, C:0.33, G:0.34, T:0.16
Consensus pattern (42 bp):
CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGTCGGATGTG
Found at i:43452833 original size:42 final size:44
Alignment explanation
Indices: 43452720--43452842 Score: 162
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 44
43452710 GAGCCTCAAG
*
43452720 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATCGGTA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGTA
* * *
43452764 -ACCCTAGTGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATC-G-A
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGTA
* * *
43452805 CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCA
43452843 AACCTAAAGT
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 10, Indels: 4
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 32 0.47
43 35 0.51
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (44 bp):
CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGTA
Found at i:43459278 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43459249--43459292 Score: 79
Period size: 23 Copynumber: 1.9 Consensus size: 23
43459239 GGTTCCCGGT
43459249 GGTGCTCCGGCGATCCATCCGAC
1 GGTGCTCCGGCGATCCATCCGAC
*
43459272 GGTGCTCCGGTGATCCATCCG
1 GGTGCTCCGGCGATCCATCCG
43459293 GCATATAGAA
Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 0
0.95 0.05 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 20 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.36, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (23 bp):
GGTGCTCCGGCGATCCATCCGAC
Found at i:43459576 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43459391--43460823 Score: 1755
Period size: 85 Copynumber: 16.9 Consensus size: 85
43459381 AGCACATGAT
* * *
43459391 AGCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTG
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
43459454 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43459475 AGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGCCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
43459540 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* *
43459560 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGAGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGG-TCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
43459624 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43459644 AGAACCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
*
43459709 GATGTGCGGGAGCCCCGA-C
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * *
43459728 GAGCATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTGCGGGAGCTTCGAGC-CGCATTGGCACCTTGGTGGCT
1 -AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCT
*
43459792 CGGATGTGCGGGATCCTCGAGC
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43459814 ACCGTCGGCAGCTTGGTGCTGGGATGTG-GAGGAGGCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCT
* ** *
43459877 CTGATGTGCGGGAGATTCGAGT
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43459899 AGCATCGGCACCTTAGG-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATTGGCACCTTGGGGGCTC
1 AGCATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
*
43459963 GGATGTGCAGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* ** *
43459984 A-CTATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGC-ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
* *
43460048 GGATGTGCTGGAGCCTCGGGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43460069 AGCATCGGGACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGG-GCCTCGACCACCGTCGGCACCTTGGTGGCTC
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC-GGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
*
43460133 GAATGTGCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * ** * *
43460154 ACCATCAGCACCTTGGTGCTTGGATGTGATGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGT-GCTGG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
43460218 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * *
43460238 AGCATCGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGACCACCATCGGTACCTTGGT-GCTT
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
43460302 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * *
43460323 AGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTT
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
* *
43460387 GGATATGCAGGG-GCCTCGACC
65 GGATGTGC-GGGAGCCTCGAGC
* * * * * * * *
43460408 ACCATCAGCACCTTAGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCAGTACCTTGGT-GCTT
1 AGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
43460472 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * * * * *
43460493 AACATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTTCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCCTTG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
*
43460558 GATGTGCGAGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* ** *
43460578 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCCTGCACCATCGGCACCTTGCTGGCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
**
43460643 GATGTATGGGAGCCTCGAGC
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * * * *
43460663 AGTATTGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
1 AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
*
43460728 GATCTGCGGGAGCCTCTGA-C
66 GATGTGCGGGAGCCTC-GAGC
* * * *
43460748 ACCATCGGGAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTG
1 AGCATC-GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
43460813 GGATGTGCGGG
65 GGATGTGCGGG
43460824 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 1168, Mismatches: 160, Indels: 40
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 214 0.18
85 878 0.75
86 76 0.07
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
AGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
GATGTGCGGGAGCCTCGAGC
Found at i:43460037 original size:297 final size:297
Alignment explanation
Indices: 43459393--43460823 Score: 1826
Period size: 297 Copynumber: 4.8 Consensus size: 297
43459383 CACATGATAG
* *
43459393 CATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
* * *
43459456 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGCAGCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCA
* * *
43459521 TCAGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
130 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
* * * * * *
43459586 TGAGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGGTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCG
195 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * *
43459651 GTACCTT-GGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAC
260 GCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43459688 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCCCGA-CGAGCATCGGCACCTTGGT-ACTGG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-AGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
* * * * * *
43459751 GATGTGCGGGAGCTTCGAGCCGCATTGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGATCCTCGAGCAC
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * *
43459816 CGTCGGCAGCTTGGT-GCTGGGATGTG-GAGGAGGCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTC
128 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT-
** * * * *
43459878 T-GATGTGCGGGAGATTCGAGTAGCATCGGCACCTTAGG-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACC
189 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43459941 ACCATTGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAC
253 AGCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43459986 TATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * * *
43460051 TGTGCTGGAGCCTCGGGCAGCATCGGGACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGG-GCCTCGACCACCG
66 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC-GGGAGCCTCGACCACCA
* *
43460115 TCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCAGCACCTTGGTGCTTGGATG
130 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
** *
43460180 TGATGGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
195 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * *
43460245 GCACTTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGACCAC
260 GCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43460283 CATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * *
43460348 TGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATATGCAGGG-GCCTCGACCACCA
66 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC-GGGAGCCTCGACCACCA
* * * * *
43460412 TCAGCACCTTAGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCAGTACCTTGGTGCTTGGATG
130 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATG
* * *
43460477 TGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTTCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
195 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
* * * * * *
43460542 ACACCTTGGTGCCTTGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCAG
260 GCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* ** * *
43460580 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCCTGCACCATCGGCACCTTGCTGGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
** * * *
43460645 TGTATGGGAGCCTCGAGCAGTATTGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCAT
66 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCAT
* *
43460710 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATCTGCGGGAGCCTCTGA-CACCATCGGGAACCTTGGTGCTTGGAT
131 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCACCATC-GGCACCTTGGTGCTTGGAT
43460774 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTGCGGG
194 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGG
43460824 CTAAAGAAAA
Statistics
Matches: 992, Mismatches: 123, Indels: 38
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
295 14 0.01
296 121 0.12
297 676 0.68
298 166 0.17
299 15 0.02
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (297 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCAT
CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGT
GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG
CACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:43468240 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43468192--43468402 Score: 203
Period size: 43 Copynumber: 4.9 Consensus size: 43
43468182 CTTCCCACAG
* *
43468192 CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGCGCGGGAGCCTCGTGCAGCA
1 CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
** *
43468235 CCGGCACCTTGGT-ACCTCGGATGCACCGGAGCCTCGAGCAGCA
1 CCGGCACCTTGGTGA-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * ** * **
43468278 TCGGCACCTTGGTGGCTCAAATGTGCGGGAGCCTCAAGCATTA
1 CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* * * * * *
43468321 TCGGCACCTAGGAG-GTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCA
1 CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
* *
43468363 TCC-GCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCA
1 -CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
43468403 CAATCGGCAA
Statistics
Matches: 136, Mismatches: 28, Indels: 8
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 31 0.23
43 105 0.77
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.33, T:0.18
Consensus pattern (43 bp):
CCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
Found at i:43468375 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43468251--43468411 Score: 241
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
43468241 CCTTGGTACC
* * *
43468251 TCGGATGCACCGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAAATGTGCGGGAGCCTCAAG
1 TCGGATGCACCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCAAATGTGCGGGAGCCTCAAG
**
43468316 CATTATCGGCACCTAGGAGG
66 CACAATCGGCACCTAGGAGG
** **
43468336 TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAG
1 TCGGATGCACCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCAAATGTGCGGGAGCCTCAAG
43468401 CACAATCGGCA
66 CACAATCGGCA
43468412 ACTTTGGCCC
Statistics
Matches: 67, Mismatches: 9, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
85 67 1.00
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.32, T:0.17
Consensus pattern (85 bp):
TCGGATGCACCGGAGCCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCAAATGTGCGGGAGCCTCAAG
CACAATCGGCACCTAGGAGG
Found at i:43474101 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43474035--43474201 Score: 246
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43474025 AGAGCCTCAA
*
43474035 GCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
43474078 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
* *
43474120 GCAACCTTGGTACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCG
1 GC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43474163 ACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43474202 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 113, Mismatches: 8, Indels: 7
0.88 0.06 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 64 0.57
43 48 0.42
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43474201 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43474037--43474194 Score: 255
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
43474027 AGCCTCAAGC
* * * *
43474037 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
1 ACCTTGGTGACTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
*
43474102 GAGCCTCGGCCACCATCGGCA
66 AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
*
43474123 ACCTTGGT-ACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
1 ACCTTGGTGACTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
43474187 AAGCCTCG
66 AAGCCTCG
43474195 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 66, Mismatches: 6, Indels: 1
0.90 0.08 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 58 0.88
86 8 0.12
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
ACCTTGGTGACTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
Found at i:43474438 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43474411--43474484 Score: 96
Period size: 24 Copynumber: 3.1 Consensus size: 24
43474401 CCGGTTAGGT
*
43474411 TCCCGGTGGTGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
* *
43474435 TCCCGGCAGTGCTCCGGTGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
* *
43474459 T-CTGGCGGCGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
43474482 TCC
1 TCC
43474485 GGACATGTAG
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 7, Indels: 2
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
23 19 0.45
24 23 0.55
ACGTcount: A:0.09, C:0.39, G:0.31, T:0.20
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
Found at i:43474479 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43474421--43474486 Score: 87
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 23
43474411 TCCCGGTGGT
*
43474421 GCTCCGGCGATCCATCCCGGCAGT
1 GCTCCGGCGATCCAT-CCGGCAGC
* * *
43474445 GCTCCGGTGATCCATCTGGCGGC
1 GCTCCGGCGATCCATCCGGCAGC
43474468 GCTCCGGCGATCCATCCGG
1 GCTCCGGCGATCCATCCGG
43474487 ACATGTAGAA
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 6, Indels: 1
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
23 22 0.61
24 14 0.39
ACGTcount: A:0.11, C:0.39, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (23 bp):
GCTCCGGCGATCCATCCGGCAGC
Found at i:43474727 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43474556--43475238 Score: 527
Period size: 42 Copynumber: 16.2 Consensus size: 42
43474546 CCAGCACCTG
* *
43474556 GCAGCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43474598 GCACCATCGGCACCTTGGTGTTGGGACGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43474640 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
43474682 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43474725 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTG-GAGGAGCCTCGT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGA
*
43474767 GCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43474809 GCAGAATCGACACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43474852 GCAGCATCGGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43474894 GCCA-CATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGACTCGA
1 G-CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * ** * ** * * *
43474937 GCTGC-TCAGACATGTTGGGGAGC-TAAGT--GGAATTGGCC-C-A
1 GCAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGA---GCCTCGA
* ** * * * * * * * *
43474977 -AAAAAACTG-TCCGT-GT-TTCAGACATGTTG-GGGAGCTCCCCA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTC-G-GATG-TGCGGGAGC-CTCGA
* *
43475018 -CAGC--CGGCAACTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * ** * *
43475058 GCAGCACCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43475101 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTTGAATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
43475144 GCATCATCGGCACCTAGGAGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43475186 GCACCACCCGTACCTTGGTACCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43475229 GCACCATCGG
1 GCAGCATCGG
43475239 TAACTTTGGC
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 103, Indels: 63
0.75 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
36 1 0.00
37 1 0.00
38 3 0.01
39 8 0.02
40 10 0.02
41 25 0.05
42 240 0.47
43 217 0.43
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43474752 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43474556--43474938 Score: 520
Period size: 85 Copynumber: 4.5 Consensus size: 84
43474546 CCAGCACCTG
* * *
43474556 GCAGCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGTT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43474620 GGGACGTGCGGGAGCCTTGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43474640 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTTGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
43474705 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43474725 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTG-GAGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
43474789 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43474809 GCAGAATCGACACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43474874 GGGATGTGCGGGAGCCCCGA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43474894 GCCA-CATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGC
1 G-CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
43474939 TGCTCAGACA
Statistics
Matches: 270, Mismatches: 22, Indels: 13
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 97 0.36
85 170 0.63
86 3 0.01
ACGTcount: A:0.15, C:0.27, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
GGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43474802 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43474556--43475238 Score: 563
Period size: 127 Copynumber: 5.4 Consensus size: 127
43474546 CCAGCACCTG
* * *
43474556 GCAGCATCGGCACCTT-GTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-T
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * *
43474619 TGGGACGTGCGGGAGCCTTGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTTGA
66 T-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43474682 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43474747 TGGATGTG-GAGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43474809 GCAGAATCGACACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43474874 GGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC-CACATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGACTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * ** * ** *** * ** * * * * *
43474937 GCTGC-TCAGACATGTTGGGGAGCTAAG-TG-GAATTG-GCC-C-A-AAAAAACTG-TCCGTGTT
1 GCAGCATC-GGCACCTTGGTG-GCTCGGATGTG-CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
* * * ** * *
43474994 TC-AGACATGTTG-GGGAG-CTC-CCCA-CAGCCGGCAACTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCC
63 GCTTG-GATG-TGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCC
*
43475054 TCGC
124 TCGA
* * * ** * *
43475058 GCAGCACCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GC
* * * * * * *
43475123 TTGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGCACCTAGGAGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCAA
65 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * ** *
43475186 GCACCACCCGTACCTTGGTACCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG
43475239 TAACTTTGGC
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 91, Indels: 54
0.75 0.16 0.09
Matches are distributed among these distances:
120 5 0.01
121 46 0.11
122 8 0.02
123 14 0.03
124 7 0.02
125 5 0.01
126 26 0.06
127 203 0.46
128 107 0.24
129 15 0.03
130 2 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (127 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
TGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43475216 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43475036--43475238 Score: 219
Period size: 85 Copynumber: 2.4 Consensus size: 86
43475026 AACTTGGTGG
* * * * * * *
43475036 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGCGCAGCACCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCGA
1 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTAGGAGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCAA
* * * **
43475101 GCAGCATCGGCACCTTGGTGG
66 GCACCACCCGCACCTTGGTAC
* * * * ** *
43475122 CTTGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGCACCTAGGAG-GTCGGATGTGCCGGAGCCTCAA
1 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTAGGAGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCAA
*
43475186 GCACCACCCGTACCTTGGTAC
66 GCACCACCCGCACCTTGGTAC
43475207 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
43475239 TAACTTTGGC
Statistics
Matches: 95, Mismatches: 22, Indels: 1
0.81 0.19 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 61 0.64
86 34 0.36
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.34, T:0.17
Consensus pattern (86 bp):
CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTAGGAGCCTCGGATGCACCGGAGCCCCAA
GCACCACCCGCACCTTGGTAC
Found at i:43479835 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43479775--43479941 Score: 201
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43479765 AGAGCCTCAA
* *
43479775 GCACCTTGGTGGCTTGGATATGCGGTAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* *
43479818 GCACCTTAGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCG-GCCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
* * *
43479860 GTAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACCATCG
1 G-CACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43479903 ACACCTTGGTGCTAGGATGTGCAGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43479942 AAGATAAAGT
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 15, Indels: 7
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 61 0.58
43 44 0.42
ACGTcount: A:0.19, C:0.29, G:0.31, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43479941 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43479777--43479934 Score: 219
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
43479767 AGCCTCAAGC
* * * * *
43479777 ACCTTGGTGGCTTGGATATGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCTTGGATGTACGG
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTAGTGCTAGGATGTACAG
*
43479842 GAGCCTCGGCCACCATCGGTA
66 AAGCCTCGGCCACCATCGGTA
* * * *
43479863 ACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCAG
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTAGTGCTAGGATGTACAG
43479927 AAGCCTCG
66 AAGCCTCG
43479935 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 62, Mismatches: 10, Indels: 1
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 54 0.87
86 8 0.13
ACGTcount: A:0.18, C:0.28, G:0.32, T:0.23
Consensus pattern (86 bp):
ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTAGTGCTAGGATGTACAG
AAGCCTCGGCCACCATCGGTA
Found at i:43480436 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43480268--43481233 Score: 1161
Period size: 42 Copynumber: 22.7 Consensus size: 42
43480258 GGAGCACATG
* * *
43480268 GCAGCATTGGCACCTT-GTGGCTCGAATGTGCGAGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480310 GCAGCATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTGCGGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43480352 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
43480394 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480437 GCACCACCGGCACCTCGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480480 CCA-CTATCGGCAGCTTGGTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGA
1 GCAGC-ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43480523 GCACCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTTGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480565 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43480608 CCACCATCAGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43480650 GCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCAA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43480693 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480735 CCA-CAGTCGGCACCTTGGTGGCTCAGATTATGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCA-TCGGCACCTTGGT-GCTCGGA-TGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43480779 GTACCATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43480821 -CCGCCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAG-CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43480863 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGCAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43480905 GCAGCATCGACACCTTGGTTTCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43480948 GCAGCATCGACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCC-CGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * **
43480990 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43481032 GCACCATCGGTACCTTGCTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43481075 GCAGCATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43481117 CCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43481159 GACACCATTGGCAACCTTGGTGCTTGGATATGCGGGAGCCTCGA
1 G-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43481203 GCACCATCGGCACCTTGGTGCCTGGGATGTG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTG
43481234 TGGGCTAAAG
Statistics
Matches: 802, Mismatches: 100, Indels: 43
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 18 0.02
42 391 0.49
43 353 0.44
44 38 0.05
45 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43480582 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43480276--43481233 Score: 1163
Period size: 85 Copynumber: 11.3 Consensus size: 84
43480266 TGGCAGCATT
* * * *
43480276 GGCACCTT-GTGGCTCGAATGTGCGAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTG
1 GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG
* *
43480340 CGGGAGCCTCAAGCAGCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
*
43480360 GGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTG
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTG
*
43480425 CGGGAGCCTCGAGCACCACC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * *
43480445 GGCACCTCGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CTATCGGCAGCTTGGTGGCTCGGATG
1 GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATG
*
43480509 TGCTGGAGCCTCGAGCACCATC
63 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * * * *
43480531 GGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTTGACCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTG
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTG
*
43480596 CGGGAGCCTCGACCACCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * * * *
43480616 AGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTG
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTG
* *
43480681 CGGGAGCCTCAAGCAGCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * * *
43480701 GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGACCA-CAGTCGGCACCTTGGTGGCTCAGATTA
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGCACCTTGGT-GCTCGGA-TG
*
43480765 TGCGGGAGCCTCGAGTACCATC
63 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * *
43480787 GGCACATTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCGCCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG-CATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG
*
43480851 CGGGAGCCTCGAGCAGCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * *
43480871 GGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGCAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTTTCTCGGATGTG
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTG
* *
43480936 TGGGAGCCTCGAGCAGCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* *
43480956 GACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCC-CGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTG
1 GGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG
* **
43481020 GGGGAGCCTCCTGCACCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * * *
43481040 GGTACCTTGCTGGCTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTG
1 GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTG
* *
43481105 CGGGAGCCTCGACCAGCATC
65 CGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * * *
43481125 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACACCATTGGCAACCTTGGTGCTTGGATA
1 GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATG
43481189 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
63 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
*
43481211 GGCACCTTGGTGCCTGGGATGTG
1 GGCACCTTGGTG-CTCGGATGTG
43481234 TGGGCTAAAG
Statistics
Matches: 765, Mismatches: 91, Indels: 34
0.86 0.10 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 165 0.22
85 387 0.51
86 210 0.27
87 3 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (84 bp):
GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGC
GGGAGCCTCGAGCACCATC
Found at i:43488315 original size:43 final size:44
Alignment explanation
Indices: 43488268--43488416 Score: 148
Period size: 43 Copynumber: 3.5 Consensus size: 44
43488258 GGATACGCCG
* *
43488268 GAGCCCT-GAGCAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGA
1 GAGCCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGA
* * *
43488311 GAG-CCTCGAGCATCATCGGCACCTAGGAGG-TCGAATGTGC-A
1 GAGCCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGA
* * * * *
43488352 G-GAACCTCGAGCACCATCCGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGG
1 GAG-CCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGA
*
43488396 GAG-CCTCGAGTACCATCGGCA
1 GAGCCCTCGAGCACCATCGGCA
43488417 ACTTTAGCCC
Statistics
Matches: 87, Mismatches: 13, Indels: 12
0.78 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
40 1 0.01
41 2 0.02
42 35 0.40
43 47 0.54
44 1 0.01
45 1 0.01
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (44 bp):
GAGCCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGA
Found at i:43488971 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43488866--43489031 Score: 219
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43488856 AGAGCCTCAA
*
43488866 GCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
43488909 G-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGCCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
*
43488950 GCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCG
1 GC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * * * *
43488993 ACACCTTAGTGCTAGAATGTACGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43489032 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 9, Indels: 9
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.02
41 29 0.26
42 39 0.35
43 39 0.35
44 1 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.31, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43489031 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43488868--43489031 Score: 224
Period size: 85 Copynumber: 1.9 Consensus size: 85
43488858 AGCCTCAAGC
* * * * * * *
43488868 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGG
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGCACCTTAGTGCTAGAATGTACGGA
43488933 AGCCTCAGCCACCATCGGCA
66 AGCCTCAGCCACCATCGGCA
*
43488953 ACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTAGTGCTAGAATGTACGG
1 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCG-CACCTTAGTGCTAGAATGTACGG
43489017 AAGCCTCGAG-CACCA
65 AAGCCTC-AGCCACCA
43489032 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 8, Indels: 4
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
84 30 0.43
85 37 0.54
86 2 0.03
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.31, T:0.19
Consensus pattern (85 bp):
ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGCACCTTAGTGCTAGAATGTACGGA
AGCCTCAGCCACCATCGGCA
Found at i:43500263 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43500214--43500865 Score: 864
Period size: 42 Copynumber: 15.4 Consensus size: 42
43500204 CACATGGCAG
* * *
43500214 CATCGGCACCTT-GTGGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGTGCAC
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43500256 CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43500298 CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGGAG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43500340 CATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
*
43500383 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTA-CAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCG-AGCAC
* *
43500425 CATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAC
*
43500467 CATCGGCATCCTTGGTGCTTGG-TGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCA-CCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * * *
43500509 AACCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
43500552 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
*
43500594 CACCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43500636 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43500678 AACCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43500721 CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTACGGGAGCCTCGTGCAC
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * *
43500763 CATCCGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCAT
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAC
*
43500805 CATCGGCAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
1 CATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
**
43500848 CATCGATACCTTGGTGCT
1 CATCGGCACCTTGGTGCT
43500866 AGTGTCACGG
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 52, Indels: 26
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 8 0.01
42 377 0.69
43 159 0.29
44 1 0.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:43500406 original size:127 final size:126
Alignment explanation
Indices: 43500214--43500865 Score: 882
Period size: 127 Copynumber: 5.1 Consensus size: 126
43500204 CACATGGCAG
* * * *
43500214 CATCGGCACCTT-GTGGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * *
43500278 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGGAG
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43500340 CATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGA
1 CATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * *
43500405 TGTGGGGGAGCCTCGTA-CACCATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCAC
65 TGTGCGGGAGCCTCG-AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAC
** * *
43500467 CATCGGCATCCTTGGTGCTTGG-TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGTACCTTGGTGGCTCGG
1 CATCGGCA-CCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCGG
*
43500531 ATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
64 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* *
43500594 CACCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * *
43500659 GTACGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * *
43500721 CATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTACGGGAGCCTCGTGCACCATCCGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* *
43500786 GTGCGGGAGCCTCG-GCCATCATCGGCAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
66 GTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
**
43500848 CATCGATACCTTGGTGCT
1 CATCGGCACCTTGGTGCT
43500866 AGTGTCACGG
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 46, Indels: 23
0.87 0.09 0.04
Matches are distributed among these distances:
126 97 0.21
127 353 0.75
128 18 0.04
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.36, T:0.21
Consensus pattern (126 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
Found at i:43500455 original size:169 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43500210--43500847 Score: 953
Period size: 169 Copynumber: 3.8 Consensus size: 169
43500200 GGAGCACATG
* * *
43500210 GCAGCATCGGCACCTT-GTGGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGTACACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * *
43500274 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* *
43500338 AGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
129 AGAACCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
* *
43500379 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTACACCATCGACACCTTGGTGCTC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGTACACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43500444 GGATGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATCGGCATCCTTGGTGCTTGG-TGTGCGGGAGCCTCGAGCA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATCGGCA-CCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* *
43500508 GAACCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
130 GAACCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
*
43500548 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCG-AGCACCACCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGTA-CACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43500612 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCGAGC
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC
* * *
43500676 AGAACCGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
129 AGAACCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
* * * * *
43500717 GCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTACGGGAGCCTCGTGCACCATCCGCACCTTGGTGCTC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGTACACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43500782 GGATGTGCGGGAGCCTCGGCCATCATCGGCAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
43500847 G
130 G
43500848 CATCGATACC
Statistics
Matches: 429, Mismatches: 31, Indels: 17
0.90 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 16 0.04
169 364 0.85
170 49 0.11
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (169 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGTACACCATCGGCACCTTGGTGCTC
GGATGTGCGGGAGCCTCGGCCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAG
AACCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGA
Found at i:43507977 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43507945--43508023 Score: 131
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
43507935 CCGGTTAGGT
* *
43507945 TCCCGGCGGTGCTCCAGCGATCTA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
*
43507969 TCCCGGCGGCGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
43507993 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
43508017 TCCCGGC
1 TCCCGGC
43508024 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 51, Mismatches: 4, Indels: 0
0.93 0.07 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 51 1.00
ACGTcount: A:0.09, C:0.43, G:0.32, T:0.16
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCCA
Found at i:43508000 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 43507982--43508023 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 3.4 Consensus size: 13
43507972 CGGCGGCGCT
43507982 CCGGCGATCCATC
1 CCGGCGATCCATC
* *
43507995 CCGGCGGTGC-T-
1 CCGGCGATCCATC
43508006 CCGGCGATCCATC
1 CCGGCGATCCATC
43508019 CCGGC
1 CCGGC
43508024 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 4, Indels: 4
0.74 0.13 0.13
Matches are distributed among these distances:
11 8 0.35
12 2 0.09
13 13 0.57
ACGTcount: A:0.10, C:0.45, G:0.31, T:0.14
Consensus pattern (13 bp):
CCGGCGATCCATC
Found at i:43508239 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43508122--43509768 Score: 1814
Period size: 85 Copynumber: 19.4 Consensus size: 84
43508112 CACATGGCAG
* * *
43508122 CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGG
1 CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
* *
43508186 ATGTGCGGGAGCCGCGACCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * * * *
43508206 CTATCGGCACCTTAGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGCT-GCTTG
1 C-ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
*
43508270 GATGTGCGGGAGCCTCGAACA
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* ** *
43508291 GAATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGC-GGAGCCTTGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 -CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTC
*
43508354 GGATGTGCGGGAGACTCGAGCA
63 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* ** * *
43508376 GCATCGGCACCTTGCTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCCG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
43508441 ATGTGCGGGAGCCTCGAGC-
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * *
43508460 CGTATTGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC-CGTATCGGTACCTTGGTGGCTC
1 C--ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTC
* * *
43508524 GGATGTGCTGCA-CACTAGAGCA
63 GGATGTGCGGGAGC-CTCGAGCA
* *
43508546 GCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAACCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
** * *
43508611 ATGTGTAGGAGCCCCGAGGA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * * *
43508631 GCATCGGCACCTTGGTCCTGGGATGTGCGAGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGGTCA
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTCG
43508695 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
** * * * * * * * *
43508716 CCGCCGGCAGCTTGGTGCTGGGATGTCCGAGAGACTCAAGCAGCATCGGGACCTTGGTGGCTCGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
*
43508781 ATGTGTGGGAGCCTCGAGCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * *
43508801 CCATCGGCA-CTGTGGTGCTTGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCAGCGACACCTTGGTGGCTTG
1 -CATCGGCACCT-TGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
43508865 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
43508886 GCAGCGACACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGAAGCC-CTGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCTC
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTC-GAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTC
*
43508949 GGATGTGCGGGAGACTCGAGCA
63 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * *
43508971 GTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTACGGGAACCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCACGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
* *
43509036 ATGTGCGGGAGCCCCGAGGA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * *
43509056 GCATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGCGAGAGCCTCAAGC-CGCATTGGCACCTTGGTGGCTCG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGGCTCG
*
43509120 AATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * * *
43509141 CTGTCGGCAGCTTGGTGCTGGGATGTGCGAGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
1 C-ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
43509206 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43509226 CCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGGAGCAGCGGCACCTTGGTGGCTCGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
43509291 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * * * * *
43509311 CCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCA-GAACTGGGAACTTAGTGGCTCG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGGCTCG
43509375 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * ** *
43509396 CCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCTGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG
43509461 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
65 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * *
43509481 GCATCGACACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTA-CACCATTGGCACCTTGGTGGCTCG
1 -CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCG-AGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG
* *
43509545 GATGTGCGGGAGCCTCAAGCGG
64 GATGTGCGGGAGCCTCGAGC-A
* * * * * *
43509567 CATTGGCACCTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATTGGCACCTTGGTGGCTCGGA
1 CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
*
43509632 TGTGCGGGAGCCTCGACCA
66 TGTGCGGGAGCCTCGAGCA
* * **
43509651 GCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCCAGAGCCTCG-GACACCATCGGCAACCTTGGT-GCT
1 -CATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGGC-ACCTTGGTGGCT
* *
43509714 TGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCA
62 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA
*
43509737 CCATCGGCACCTTGGTGCCTAGGATGTGCGGG
1 -CATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGG
43509769 CTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 1335, Mismatches: 192, Indels: 70
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
83 1 0.00
84 45 0.03
85 1196 0.90
86 84 0.06
87 9 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.37, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
TGTGCGGGAGCCTCGAGCA
Found at i:43517774 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43517643--43518104 Score: 561
Period size: 42 Copynumber: 10.9 Consensus size: 42
43517633 AGAGACTCAA
*
43517643 GCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * ** *
43517686 GCACCTTGGTGCTTGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGAACCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43517728 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGTGCAGCATTG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43517771 GCACCTTGGTG-TTGGATGTG-GGGAGCCTCGTGCCCCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
*
43517811 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43517854 GTACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCACCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* *
43517896 GCACCTTGGTGCCTCGGATGTTCGGGAGCCTCGAGCAGCATCG
1 GCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43517939 GCACATTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
*
43517981 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGCCACTATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
* * * *
43518023 GTAACCTTGGTGCTCGAAAGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 G-CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43518066 ACAACTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43518105 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 358, Mismatches: 53, Indels: 17
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
40 27 0.08
41 10 0.03
42 176 0.49
43 143 0.40
44 2 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43517916 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43517643--43518104 Score: 592
Period size: 85 Copynumber: 5.5 Consensus size: 85
43517633 AGAGACTCAA
*
43517643 GCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
* ** *
43517708 AGGAGCCTCGAGCAGAACCG
66 GGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43517728 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGTGCAGCATTGGCACCTTGGTG-TTGGATGTG-
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
* *
43517791 GGGAGCCTCGTGCCCCATCG
66 GGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43517811 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGC
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
* *
43517876 GGGAGCCTCGAGCAGCACCG
66 GGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * * *
43517896 GCACCTTGGTGCCTCGGATGTTCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTGG
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
*
43517961 GGGAGCCTCGTGCACCATCG
66 GGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * * *
43517981 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-AGCCACTATCGGTAACCTTGGTGCTCGAAAGT
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGG-CACCTTGGTGCTTGGATGT
*
43518044 GCAGGAGCCTCGAGCACCATCG
64 GCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43518066 ACAACTTGGT-GCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43518105 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 48, Indels: 10
0.85 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 65 0.20
84 43 0.13
85 214 0.66
86 2 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGC
GGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43525708 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 43525682--43525726 Score: 90
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
43525672 ATATAGACTC
43525682 CAAGGTTAGACTGGATGACAA
1 CAAGGTTAGACTGGATGACAA
43525703 CAAGGTTAGACTGGATGACAA
1 CAAGGTTAGACTGGATGACAA
43525724 CAA
1 CAA
43525727 AACCATTTGG
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 24 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.16, G:0.27, T:0.18
Consensus pattern (21 bp):
CAAGGTTAGACTGGATGACAA
Found at i:43526947 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 43526886--43527178 Score: 300
Period size: 43 Copynumber: 6.9 Consensus size: 41
43526876 CCTAAAATTA
* *
43526886 GAGCACCATCGGCATCTTGGTGCTGCGATGCGCGGGAGCCTC
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT-CGATGTGCGGGAGCCTC
* * *
43526928 GAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTC
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-TCGATGTGCGGGAGCCTC
* * *
43526970 GTGCACCATCGGCACTTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTC
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC-GATGTGCGGGAGCCTC
**
43527013 GAGCGGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC-GATGTGCGGGAGCCTC
* *
43527056 GACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTC
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCG-ATGTGCGGGAGCCTC
* * *
43527099 G-GACACCATCGGTAACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGTCTC
1 GAG-CACCATCGG-CACCTTGGTGC-TCGATGTGCGGGAGCCTC
* * *
43527142 CACCACCATCGGCACCTTGGTGCCTAGGATGTGCGGG
1 GAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT-CGATGTGCGGG
43527179 CTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 27, Indels: 19
0.82 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
42 65 0.30
43 139 0.65
44 10 0.05
ACGTcount: A:0.15, C:0.28, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (41 bp):
GAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGATGTGCGGGAGCCTC
Found at i:43527076 original size:86 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43526889--43527178 Score: 359
Period size: 86 Copynumber: 3.4 Consensus size: 84
43526879 AAAATTAGAG
* *
43526889 CACCATCGGCATCTTGGT-GCTGCGATGCGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCT-CGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* **
43526953 GGATGTGGGGGAGCCTCGTG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * *
43526973 CACCATCGGCACTTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCGAGCGGCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTC-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
43527038 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
64 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * *
43527059 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGAATGTGCGGGAGCCTCG-GACACCATCGGTAACCTTGGTGC
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGG-CACCTTGGTGC
* *
43527123 TTGGATGTGCGGGAGTCTCCAC
63 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* *
43527145 CACCATCGGCACCTTGGTGCCTAGGATGTGCGGG
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCT-CGATGTGCGGG
43527179 CTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 178, Mismatches: 21, Indels: 12
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
84 17 0.10
85 39 0.22
86 113 0.63
87 9 0.05
ACGTcount: A:0.14, C:0.28, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (84 bp):
CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTG
GATGTGCGGGAGCCTCGAC
Found at i:43527133 original size:129 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43526889--43527178 Score: 361
Period size: 129 Copynumber: 2.3 Consensus size: 127
43526879 AAAATTAGAG
* * * *
43526889 CACCATCGGCATCTTGGT-GCTGCGATGCGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTG-GATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43526953 GGATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACTTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCGAG
65 GAATGTGCGGGAGCCTCGTGCACCATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCCAC
**
43527016 CGGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCT-GGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGT-GCT
** *
43527081 CGAATGTGCGGGAGCCTCG-GACACCATCGGTAACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGTCTCCA
64 CGAATGTGCGGGAGCCTCGTG-CACCATCGG-AACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCCA
43527144 C
127 C
*
43527145 CACCATCGGCACCTTGGTGCCTAGGATGTGCGGG
1 CACCATCGGCACCTTGGTGGCT-GGATGTGCGGG
43527179 CTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 19, Indels: 8
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
127 15 0.11
128 39 0.28
129 78 0.56
130 7 0.05
ACGTcount: A:0.14, C:0.28, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (127 bp):
CACCATCGGCACCTTGGTGGCTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCG
AATGTGCGGGAGCCTCGTGCACCATCGGAACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCCAC
Found at i:43531686 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43531639--43531744 Score: 115
Period size: 42 Copynumber: 2.5 Consensus size: 43
43531629 GCACAACACA
* *
43531639 GGCACCTTGGTGGCTGGGATGCACCGGAGCCCCGAGCAGCATC
1 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGCACCGGAGCCCCGAGCACCATC
* * ** *
43531682 GGCACCTAGGAGG-TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATC
1 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGCACCGGAGCCCCGAGCACCATC
** *
43531724 CACACCTTGGTGCCTCGGATG
1 GGCACCTTGGTGGCTCGGATG
43531745 TACATGACCC
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 12, Indels: 2
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
42 32 0.64
43 18 0.36
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.35, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
GGCACCTTGGTGGCTCGGATGCACCGGAGCCCCGAGCACCATC
Found at i:43532307 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43532236--43532402 Score: 219
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43532226 AGAGCCTCAA
* * * *
43532236 GCACCTTAGTGGCTTGGATATGTGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
43532279 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
* *
43532321 GCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACTATCG
1 GC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * *
43532364 ACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43532403 AAGCTGAAGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 62 0.56
43 47 0.43
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43532662 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43532631--43532685 Score: 101
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
43532621 GTGCTCCGAC
43532631 GATCCATCCGGTGGCACTCTGGT
1 GATCCATCCGGTGGCACTCTGGT
*
43532654 GATTCATCCGGTGGCACTCTGGT
1 GATCCATCCGGTGGCACTCTGGT
43532677 GATCCATCC
1 GATCCATCC
43532686 CGGTATATAG
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 2, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 30 1.00
ACGTcount: A:0.15, C:0.31, G:0.27, T:0.27
Consensus pattern (23 bp):
GATCCATCCGGTGGCACTCTGGT
Found at i:43532864 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43532789--43533035 Score: 282
Period size: 42 Copynumber: 5.8 Consensus size: 42
43532779 ACATGGCAGT
* * *
43532789 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGTATGTGCGAGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-ACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43532832 ATCGGTACCTTGGTACCCGGATGTGCGAGAGCCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGTACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43532874 ATCGGCACCTTGG-AGCTTC-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTA-C-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43532916 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-ACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
** *
43532959 ATCGGCACCTTGGTGTTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * * *
43533001 ATCGACAACTTGGTGCTAGGATGCGCGGAAGCCTC
1 ATCGGCACCTTGGTACTCGGATGTGCGGGAGCCTC
43533036 AAACACCAAA
Statistics
Matches: 179, Mismatches: 20, Indels: 11
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 127 0.71
43 51 0.28
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
ATCGGCACCTTGGTACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43532952 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43532789--43533035 Score: 318
Period size: 85 Copynumber: 2.9 Consensus size: 84
43532779 ACATGGCAGT
* * ** * *
43532789 ATCGGCACCTTGGTGGC-TCGTATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTACCCGGA
1 ATCGGCACCTTGG-AGCTTCG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGA
*
43532853 TGTGCGAGAGCCTCGACCACC
64 TGTGCGGGAGCCTCGACCACC
43532874 ATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGT-GCTCGGAT
*
43532939 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGACCACC
* * * *
43532959 ATCGGCACCTTGGTG-TTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACAACTTGGTGCTAGGAT
1 ATCGGCACCTTGGAGCTT-CGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGAT
* *
43533023 GCGCGGAAGCCTC
65 GTGCGGGAGCCTC
43533036 AAACACCAAA
Statistics
Matches: 145, Mismatches: 14, Indels: 7
0.87 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 55 0.38
85 90 0.62
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
ATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTCGGATG
TGCGGGAGCCTCGACCACC
Found at i:43533034 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43532789--43533035 Score: 341
Period size: 127 Copynumber: 1.9 Consensus size: 127
43532779 ACATGGCAGT
* * *
43532789 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGTATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTACCCGGAT
1 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTACCCGGAT
* * * * *
43532854 GTGCGAGAGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
66 GTGCGAGAGCCTCGACCACCATCGACAACTTGGAGCTACGATGCGCGGAAGCCTCGAGCACC
* ****
43532916 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGTTGGGAT
1 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTACCCGGAT
* * * *
43532981 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACAACTTGGTGCTAGGATGCGCGGAAGCCTC
66 GTGCGAGAGCCTCGACCACCATCGACAACTTGGAGCTACGATGCGCGGAAGCCTC
43533036 AAACACCAAA
Statistics
Matches: 103, Mismatches: 17, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
127 103 1.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.33, T:0.20
Consensus pattern (127 bp):
ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTACCCGGAT
GTGCGAGAGCCTCGACCACCATCGACAACTTGGAGCTACGATGCGCGGAAGCCTCGAGCACC
Found at i:43533444 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43533324--43534208 Score: 1041
Period size: 85 Copynumber: 10.4 Consensus size: 85
43533314 GAGCACATGG
* * *
43533324 CAGCATCGGCACCTTGGTGGGTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
43533389 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * * *
43533409 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAGCAGTATTGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
*
43533474 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * * * *
43533494 CAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAACCGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* *
43533559 GGATGTGCGGGAACCCCGAGC
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGA-C
* *
43533580 C-GCATCGGCACCTTTGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* * *
43533644 GAATGTGCGGGAGACTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * *
43533664 CACCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCCGCATCGGCACCTTGGTG-TT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
*
43533728 GGGATGTGCGGGAGCCCCGAGC
66 -GGATGTGCGGGAGCCTCGA-C
* * *
43533750 C-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCAAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* *
43533814 GGATGTGTGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * * *
43533834 CACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCCCGAGGAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
* *
43533899 GGATGTCCAGGAGCCTCGAGC
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGA-C
* * * * * * *
43533920 C-TCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCACCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * *
43533983 CGGATATGCGGGAGCCTCGAG
65 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * *
43534004 CTGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAGCATCAGG-ACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGT-GC
* *
43534067 TCGGATGTACGGGAGCCTCGAC
64 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * * **
43534089 CAGCATCGGCACCTTGGGGGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCG-GACACCATCGGCAACCTTACTGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGC
*
43534153 TTAGATGTGCGGGAGCCTCGAC
64 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGAC
* * *
43534175 CACCATCGGCACCTTGG-GGCCTAGTATGTGCGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGG-CTCGGATGTGCGGG
43534209 CTAAAGGAAA
Statistics
Matches: 683, Mismatches: 102, Indels: 29
0.84 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
84 40 0.06
85 554 0.81
86 83 0.12
87 6 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.36, T:0.20
Consensus pattern (85 bp):
CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
GGATGTGCGGGAGCCTCGAC
Found at i:43544216 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 43544145--43544239 Score: 145
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
43544135 TTCTTTGCTC
* **
43544145 AAAAACGCCTAAGTCAACCTAACTTGCAGTAATAAAGGATTCAACAGT
1 AAAAACGCCTAAGTCAACCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
* *
43544193 AAAAACGCCTAAGTCAGCTTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
1 AAAAACGCCTAAGTCAACCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
43544240 AATTCCCTTA
Statistics
Matches: 42, Mismatches: 5, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 42 1.00
ACGTcount: A:0.44, C:0.22, G:0.15, T:0.19
Consensus pattern (48 bp):
AAAAACGCCTAAGTCAACCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
Found at i:43544577 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 43544537--43544608 Score: 112
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
43544527 TCTAGGATCA
43544537 CATATC-TCAAAAGATCACCTTT-CATATTTGCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCA-CTTTCCATATTTGCCAAG
*
43544572 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCTTATTTGCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
43544608 C
1 C
43544609 TCCGGAGATG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 1, Indels: 3
0.89 0.03 0.08
Matches are distributed among these distances:
35 10 0.29
36 24 0.71
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
Found at i:43547659 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43547542--43547666 Score: 153
Period size: 43 Copynumber: 2.9 Consensus size: 43
43547532 CTCCCCACAG
* * * *
43547542 TCGGCACCTTGGTGGTTCGGATGCGCGGGAGCCTCGCGTAGCA
1 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGCGCCGGAGCCTCGAGCAGCA
* * *
43547585 CCGGCACCTTGGTGGCTGGGATGCGCCGGAGCCCCGAGCAGCA
1 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGCGCCGGAGCCTCGAGCAGCA
* * *
43547628 TCGGCACCTAGGAGG-TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCA
1 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGCGCCGGAGCCTCGAGCA
43547667 CCGTCCACAC
Statistics
Matches: 69, Mismatches: 13, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 21 0.30
43 48 0.70
ACGTcount: A:0.14, C:0.30, G:0.39, T:0.16
Consensus pattern (43 bp):
TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGCGCCGGAGCCTCGAGCAGCA
Found at i:43548257 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43548183--43548350 Score: 230
Period size: 42 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
43548173 AAGAGCCTCA
* * *
43548183 GGCACCTTGGTGGCGCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
1 GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
43548226 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATC
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATC
* *
43548268 GGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTATCACCATC
1 GGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
* * *
43548311 GACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43548351 AAGCTGAAGT
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 10, Indels: 7
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 62 0.55
43 49 0.44
ACGTcount: A:0.17, C:0.30, G:0.33, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
Found at i:43548350 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43548186--43548343 Score: 237
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
43548176 AGCCTCAGGC
* *
43548186 ACCTTGGTGGCGCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
1 ACCTTGGTGGCGCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
*
43548251 GAGCCTCGGCCACCATCGGCA
66 AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
* * * * *
43548272 ACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTATCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
1 ACCTTGGTGGCGCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
43548336 AAGCCTCG
66 AAGCCTCG
43548344 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 56 0.88
86 8 0.12
ACGTcount: A:0.16, C:0.30, G:0.34, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
ACCTTGGTGGCGCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTGCGG
AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
Found at i:43548597 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43548563--43548640 Score: 88
Period size: 24 Copynumber: 3.3 Consensus size: 24
43548553 CCGGTTAGGT
* *
43548563 TCCCGGTGGTGCTCCGACGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGATGATCCA
*
43548587 TCCCGGCGGTGCT-CTAGTGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGA-TGATCCA
* *
43548611 T-CCGACGGTGCTCCGGTGATCCA
1 TCCCGGCGGTGCTCCGATGATCCA
43548634 TCCCGGC
1 TCCCGGC
43548641 ATATAGAAAA
Statistics
Matches: 44, Mismatches: 7, Indels: 6
0.77 0.12 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.45
24 24 0.55
ACGTcount: A:0.12, C:0.37, G:0.29, T:0.22
Consensus pattern (24 bp):
TCCCGGCGGTGCTCCGATGATCCA
Found at i:43548623 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43548581--43548636 Score: 76
Period size: 23 Copynumber: 2.4 Consensus size: 23
43548571 GTGCTCCGAC
* *
43548581 GATCCATCCCGGCGGTGCTCTAGT
1 GATCCAT-CCGACGGTGCTCCAGT
*
43548605 GATCCATCCGACGGTGCTCCGGT
1 GATCCATCCGACGGTGCTCCAGT
43548628 GATCCATCC
1 GATCCATCC
43548637 CGGCATATAG
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
23 22 0.76
24 7 0.24
ACGTcount: A:0.14, C:0.36, G:0.27, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
GATCCATCCGACGGTGCTCCAGT
Found at i:43548806 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43548740--43549418 Score: 939
Period size: 42 Copynumber: 16.0 Consensus size: 42
43548730 ACATGGCAGT
* * *
43548740 ATCGTCACCTTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43548783 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGTGCCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* **
43548825 ATCGGCACCTTGGAGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43548867 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43548910 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
*
43548952 ATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43548995 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTG-GGAGAGCCTCGTGCCCC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG-GAGCCTCGAGCACC
43549037 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * **
43549079 ATCGTCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGA
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43549121 ACCGTCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43549164 ATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCATC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43549206 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43549248 ATCGGCACCTTAGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
*
43549291 ATCGGCACCTTGGTGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCG-GCTACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACC
*
43549333 ATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43549376 ATCGACAACTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43549418 A
1 A
43549419 AAGCTAATGT
Statistics
Matches: 569, Mismatches: 58, Indels: 19
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 4 0.01
42 357 0.63
43 206 0.36
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43548910 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 43548740--43549418 Score: 939
Period size: 85 Copynumber: 8.0 Consensus size: 84
43548730 ACATGGCAGT
* * * *
43548740 ATCGTCACCTTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * *
43548805 GTGCGAGTGCCTCGACCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43548825 ATCGGCACCTTGGAGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
43548890 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43548910 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGAT
*
43548975 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43548995 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTG-GGAGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGG-GAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
43549059 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * ** * * *
43549079 ATCGTCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGAACCGTCACCTTGGTGGCTCAGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
*
43549144 GTGCGAGAGCCTCGAGCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43549164 ATCGGCACCTTGGTACTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATG
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
*
43549229 TGCGGGAGCCTCGAGCAGC
66 TGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43549248 ATCGGCACCTTAGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCAGAT
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
43549313 GTGCGGGAGCCTCG-GCTACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGC-ACC
* * * * *
43549333 ATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCGACAACTTGGTGCTAGGAT
1 ATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
*
43549398 GTGCGGAAGCCTCGAGCACC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43549418 A
1 A
43549419 AAGCTAATGT
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 55, Indels: 18
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 152 0.29
85 368 0.69
86 10 0.02
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (84 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
TGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43549017 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43548735--43549418 Score: 962
Period size: 127 Copynumber: 5.4 Consensus size: 127
43548725 AGAGTACATG
* * * *
43548735 GCAGTATCGTCACCTTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * **
43548800 CGGATGTGCGAGTGCCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAGCTTTGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43548862 GCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43548927 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43548990 GCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTG-GGAGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGG-GAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC
* * *
43549053 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGTCACCTTGGTGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGA
65 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
43549116 GCAGAACCGTCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTACT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43549181 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCATCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43549243 GCAGCATCGGCACCTTAGTGCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43549308 CAGATGTGCGGGAGCCTCG-GCTACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGA
66 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACCATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43549371 GCACCATCGACAACTTGGT-GCTAGGATGTGCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43549419 AAGCTAATGT
Statistics
Matches: 493, Mismatches: 58, Indels: 12
0.88 0.10 0.02
Matches are distributed among these distances:
126 40 0.08
127 370 0.75
128 83 0.17
ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.35, T:0.20
Consensus pattern (127 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43549511 original size:14 final size:14
Alignment explanation
Indices: 43549492--43549518 Score: 54
Period size: 14 Copynumber: 1.9 Consensus size: 14
43549482 ACACATGAAT
43549492 GTCGCCTGGTAGCA
1 GTCGCCTGGTAGCA
43549506 GTCGCCTGGTAGC
1 GTCGCCTGGTAGC
43549519 GCGTTTCCTA
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
14 13 1.00
ACGTcount: A:0.11, C:0.30, G:0.37, T:0.22
Consensus pattern (14 bp):
GTCGCCTGGTAGCA
Found at i:43560779 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 43560737--43560777 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
43560727 TTTCTCATGT
*
43560737 TGTTATTTATCTTTTCGATTTG
1 TGTTATTTATCTTTACGATTTG
43560759 TGTTA-TTATC-TTACGATTT
1 TGTTATTTATCTTTACGATTT
43560778 TGGTTTTTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.44
21 5 0.28
22 5 0.28
ACGTcount: A:0.17, C:0.10, G:0.12, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TGTTATTTATCTTTACGATTTG
Found at i:43565517 original size:25 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43565474--43565521 Score: 69
Period size: 25 Copynumber: 2.0 Consensus size: 24
43565464 TTTCGTTTCG
**
43565474 TTTGTTTTCTGGGTTTTGTGGGGT
1 TTTGTTTTCTGGGAGTTGTGGGGT
43565498 TTTGTTTTTCTGGGAGTTGTGGGG
1 TTTG-TTTTCTGGGAGTTGTGGGG
43565522 GGTCTTTTGT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 1
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
24 4 0.19
25 17 0.81
ACGTcount: A:0.02, C:0.04, G:0.40, T:0.54
Consensus pattern (24 bp):
TTTGTTTTCTGGGAGTTGTGGGGT
Found at i:43574631 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 43574560--43574654 Score: 154
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
43574550 TTTCTTTCTC
* **
43574560 AAAAATGCCTAAGTCAGCCTAACTTGCAGTAATAAAGGATTCAACAGT
1 AAAAATGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
*
43574608 AAAAATGCCTAAGTCAGCTTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
1 AAAAATGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
43574655 AATTCCCTTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 43 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.20, G:0.16, T:0.21
Consensus pattern (48 bp):
AAAAATGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
Found at i:43574992 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 43574952--43575023 Score: 101
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
43574942 TCTAGGATCA
*
43574952 CATATC-TCAAAAGATCACCATCCATATTTTCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCACCATCCATATTTGCCAAG
** *
43574987 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCTTATTTGCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCACCATCCATATTTGCCAAG
43575023 C
1 C
43575024 TCCGGAGATG
Statistics
Matches: 32, Mismatches: 4, Indels: 1
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 6 0.19
36 26 0.81
ACGTcount: A:0.33, C:0.28, G:0.07, T:0.32
Consensus pattern (36 bp):
CATATCTTCAAAAGATCACCATCCATATTTGCCAAG
Found at i:43579906 original size:48 final size:48
Alignment explanation
Indices: 43579835--43579929 Score: 154
Period size: 48 Copynumber: 2.0 Consensus size: 48
43579825 TTCTTTGCTC
* **
43579835 AAAAACGCCTAAGTCAGCCTAACTGGCAGTAATAAAGGATTCAACAGT
1 AAAAACGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
*
43579883 AAAAACGCCTAAGTCAGCTTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
1 AAAAACGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAG
43579930 AATTCCCTTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 4, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
48 43 1.00
ACGTcount: A:0.43, C:0.22, G:0.17, T:0.18
Consensus pattern (48 bp):
AAAAACGCCTAAGTCAGCCTAACTCGCAACAATAAAGGATTCAACAGT
Found at i:43580267 original size:35 final size:36
Alignment explanation
Indices: 43580227--43580298 Score: 128
Period size: 36 Copynumber: 2.0 Consensus size: 36
43580217 TCTAGGATCA
43580227 CATATC-TCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
*
43580262 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCTTATTTGCCAAG
1 CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
43580298 C
1 C
43580299 TCCGGAGATG
Statistics
Matches: 35, Mismatches: 1, Indels: 1
0.95 0.03 0.03
Matches are distributed among these distances:
35 6 0.17
36 29 0.83
ACGTcount: A:0.32, C:0.26, G:0.08, T:0.33
Consensus pattern (36 bp):
CATATCTTCAAAAGATCACTTTCCATATTTGCCAAG
Found at i:43583292 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43583224--43583392 Score: 137
Period size: 43 Copynumber: 4.0 Consensus size: 42
43583214 GCTCCCCACA
* * *
43583224 ACCGGCACTTTCGTGGCTCGAATGCGCAGGAGCCTCGCGCAGC
1 ACCGGCAC-TTGGTGGCTCGGATGCGCAGGAGCCTCGAGCAGC
* * * *
43583267 ACCGGTATCTTGGTGGTTCGGATGCGTC-GGAGCCCCGAGCAGT
1 ACCGGCA-CTTGGTGGCTCGGATGCG-CAGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * *
43583310 ATCGGCACTTAGGAGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCACC
1 ACCGGCACTT-GGTGGCTCGGATGCGCAGGAGCCTCGAGCAGC
* *
43583352 ATCC-GCAACTTGGTGCCTCGGATGGGCAGGAGCCTCGAGCA
1 A-CCGGC-ACTTGGTGGCTCGGATGCGCAGGAGCCTCGAGCA
43583393 CCATCCGTAA
Statistics
Matches: 100, Mismatches: 19, Indels: 14
0.75 0.14 0.11
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 29 0.29
43 68 0.68
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.29, G:0.35, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
ACCGGCACTTGGTGGCTCGGATGCGCAGGAGCCTCGAGCAGC
Found at i:43583939 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43583868--43584033 Score: 226
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43583858 GAGCCTCAAG
* * *
43583868 CACCTTGGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
1 CACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA
43583911 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGA
* *
43583953 CAACCTTGGTGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGACCACCATCGA
1 C-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA
* * *
43583996 CACCTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCCTTGAGCACCA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43584034 AAGCTGAAGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 10, Indels: 7
0.87 0.08 0.06
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 61 0.55
43 48 0.44
ACGTcount: A:0.18, C:0.30, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (42 bp):
CACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA
Found at i:43584277 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 43584247--43584294 Score: 78
Period size: 23 Copynumber: 2.1 Consensus size: 23
43584237 AGTTAGGTTC
*
43584247 CCGGTGGTGCTTCGGCGATCCAT
1 CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCAT
*
43584270 CCGGTGGTGCTCCGGGGATCCAT
1 CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCAT
43584293 CC
1 CC
43584295 CGGCATATAG
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 2, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
23 23 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.33, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (23 bp):
CCGGTGGTGCTCCGGCGATCCAT
Found at i:43584429 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43584352--43584861 Score: 594
Period size: 42 Copynumber: 12.0 Consensus size: 42
43584342 ACATGGCAGT
* * *
43584352 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
** * * *
43584395 ATAAGCACCTTTGAGCTTC-GATGTGCGGGAGCCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43584437 ATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43584480 ATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43584522 ATCGGCACCTTGGTTCCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * *
43584565 ATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
*
43584607 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43584649 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCT-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43584692 ATCGGCACCTTAGTGC-CTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTC-GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
*
43584734 ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCTACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACC
*
43584776 ATAGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
** * * * *
43584819 ATCGATAACTTGGTGCTAGGATATGCGGAAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43584861 A
1 A
43584862 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 397, Mismatches: 60, Indels: 21
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.01
42 235 0.59
43 158 0.40
44 2 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43584503 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43584352--43584861 Score: 580
Period size: 85 Copynumber: 6.0 Consensus size: 85
43584342 ACATGGCAGT
* * * * * * **
43584352 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGACCACCAT-AAGCACCTTTGAGCTTCGA
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGA-CACCTTGGTGCTGGGA
43584416 TGTGCGGGAGCCTCGACCACC
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCACC
* *
43584437 ATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
* * *
43584502 GTGCAGGAGCCTCGAGCAGC
66 GTGCGGGAGCCTCGACCACC
** * * * * *
43584522 ATCGGCACCTTGGTTCCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGCACCTTGGTGCTTGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
* *
43584587 GTGGGGGAGCCTCGTGCC-CC
66 GTGCGGGAGCCTCG-ACCACC
* *
43584607 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTGGGGA
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCT-GGGA
* *
43584671 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCACC
* * * * * *
43584692 ATCGGCACCTTAGTGCCT-GGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGACACCTTGGTGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
* *
43584756 GTGCGGGAGCCTCGGCTACC
66 GTGCGGGAGCCTCGACCACC
* * * *
43584776 ATAGGCAACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGATAACTTGGTGCTAGGA
1 ATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGA
* * *
43584840 TATGCGGAAGCCTCGAGCACC
65 TGTGCGGGAGCCTCGACCACC
43584861 A
1 A
43584862 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 61, Indels: 14
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
84 68 0.19
85 285 0.80
86 4 0.01
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
GTGCGGGAGCCTCGACCACC
Found at i:43584616 original size:127 final size:126
Alignment explanation
Indices: 43584352--43584854 Score: 589
Period size: 127 Copynumber: 4.0 Consensus size: 126
43584342 ACATGGCAGT
* * * * * *
43584352 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGAGAGCCTCGACCACCATAAGCACCTTTGAG-CTTC-G
1 ATCGACACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACC-TTG-GTCCTCGG
* * * * * * * *
43584415 ATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTGCGAGAGCCTCGAGCACC
63 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
* * * * *
43584480 ATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTCCTCAGAT
1 ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGG-TCCTCGGAT
*
43584545 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATTGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
* * * * *
43584607 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTGGGGAT
1 ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTCCT-CGGAT
* *
43584672 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTAGTGCCTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
*
43584734 ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCTACCATAGGCAACCTTGGTGCTCGGA
1 ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACCATAGGC-ACCTTGGTCCTCGGA
* ** * * * * *
43584798 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGATAACTTGGTGCTAGGATATGCGGAAGCCTCG
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCG
43584855 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 325, Mismatches: 44, Indels: 13
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
125 1 0.00
126 8 0.02
127 259 0.80
128 57 0.18
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (126 bp):
ATCGACACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACCTTGGTCCTCGGATG
TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
Found at i:43584953 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 43584935--43584960 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
43584925 ACACATGAAT
43584935 GTCGCCTGGTAGC
1 GTCGCCTGGTAGC
43584948 GTCGCCTGGTAGC
1 GTCGCCTGGTAGC
43584961 CTGGTAGCAT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.08, C:0.31, G:0.38, T:0.23
Consensus pattern (13 bp):
GTCGCCTGGTAGC
Found at i:43585147 original size:21 final size:22
Alignment explanation
Indices: 43585105--43585145 Score: 59
Period size: 20 Copynumber: 2.0 Consensus size: 22
43585095 TTTCTCATGT
*
43585105 TGTTATTTATCTTTTCGATTTG
1 TGTTATTTATCTTTACGATTTG
43585127 TGTTA-TTATC-TTACGATTT
1 TGTTATTTATCTTTACGATTT
43585146 TGGTTTTTTT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 1, Indels: 2
0.86 0.05 0.10
Matches are distributed among these distances:
20 8 0.44
21 5 0.28
22 5 0.28
ACGTcount: A:0.17, C:0.10, G:0.12, T:0.61
Consensus pattern (22 bp):
TGTTATTTATCTTTACGATTTG
Found at i:43590512 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43590375--43591328 Score: 1238
Period size: 85 Copynumber: 11.2 Consensus size: 85
43590365 GGAGCACATG
*
43590375 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTAGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43590440 TGGATGTACGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * ** * **
43590460 CCACCATCGGCACCTTGGTGGCACGGATATGCTTGAGACTCGAGCAGAATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
43590525 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43590545 GCAGAACCGACACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTAGTGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-G
* *
43590609 CTCGGATGTG-GGAGAGACTCGA
64 CTTGGATGTGCGG-GAGCCTCGA
* * *
43590631 GTAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-TCTACCTTGGTGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGGT-G
* * * * *
43590694 CTCGGATGTACAGCAGCCCCGA
64 CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * * *
43590716 GGAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATTTGTGGGAGCCTCGAGCACCGTCGGCAGCTTGGTGC-
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43590779 TGGCATGTGCGGGAGACTCGA
66 TGG-ATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43590800 TCAGCATCGTCACCTTGGTGGGTCGGATGTGCGGGAGCGTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
43590865 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * *
43590885 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCACTATCGACACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
43590950 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* *
43590970 GCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-T
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
43591034 TGGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 T-GGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * *
43591055 GCAGCATCGGTACCTTGGTGCCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43591120 TGGATGTGGGGGAGCCTTGT
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* ** *
43591140 GCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCTGCATTGGCACCTTGGTGCT
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43591205 GGGATGTGCGGGAGCCTCGA
66 TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
* * * * *
43591225 CCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCTTCGACCAGCATCGGCACCTTGGGGGC
1 GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTGC
*
43591290 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
65 TTGGATGTGCGGGAGCCTCGA
*
43591311 GCACCATCGGCACCTTGG
1 GCAGCATCGGCACCTTGG
43591329 AGCCTTGGAT
Statistics
Matches: 753, Mismatches: 103, Indels: 25
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.00
84 33 0.04
85 637 0.85
86 81 0.11
ACGTcount: A:0.16, C:0.27, G:0.37, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
GCAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
TGGATGTGCGGGAGCCTCGA
Found at i:43591925 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43591859--43592026 Score: 117
Period size: 43 Copynumber: 3.9 Consensus size: 43
43591849 CTCCCCACAG
* ** * *
43591859 CCGGCACATTGGTGGCTGGGATGCG-AGGAAGCCTCGCGCAGCA
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCAGG-AGCCCCGAGCAGCA
*
43591902 CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCCGGAGCCCCGAGCAGCA
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
* * * * * * * * *
43591945 TCGGCACCTCGGAGG-TCGGATGTGCCGGAGTCTCGAGCACCA
1 CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
* * * * *
43591987 TCC-ACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCA
1 -CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCAGGAGCCCCGAGCA
43592027 CCATCCGCAA
Statistics
Matches: 101, Mismatches: 21, Indels: 6
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
42 30 0.30
43 69 0.68
44 2 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.32, G:0.35, T:0.15
Consensus pattern (43 bp):
CCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGCGCAGGAGCCCCGAGCAGCA
Found at i:43591995 original size:42 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43591921--43592032 Score: 127
Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 43
43591911 TGGTGGCTCA
* * * ** *
43591921 GATGCGCCGGAGCCCCGAGCAGCATCGGCACCTCGGAG-GTCG
1 GATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCACACCTCGGAGCCTCG
* * *
43591963 GATGTGCCGGAGTCTCGAGCACCATCCACACCTTGGTGCCTCG
1 GATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCACACCTCGGAGCCTCG
*
43592006 GATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCC
1 GATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCC
43592033 GCAACTTTAG
Statistics
Matches: 58, Mismatches: 11, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
42 30 0.52
43 28 0.48
ACGTcount: A:0.18, C:0.35, G:0.32, T:0.15
Consensus pattern (43 bp):
GATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCACACCTCGGAGCCTCG
Found at i:43592027 original size:43 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43591906--43592032 Score: 137
Period size: 43 Copynumber: 3.0 Consensus size: 42
43591896 GCAGCACCGG
* * * * **
43591906 CACCTTGGTGGCTCAGATGCGCCGGAGCCCCGAGCAGCATCGG
1 CACCTTGGT-GCTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCA
* * * *
43591949 CACCTCGGAGGTCGGATGTGCCGGAGTCTCGAGCACCATCCA
1 CACCTTGGTGCTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCA
*
43591991 CACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCACCATCC
1 CACCTTGGTG-CTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCC
43592033 GCAACTTTAG
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 15, Indels: 2
0.80 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
42 33 0.49
43 35 0.51
ACGTcount: A:0.17, C:0.35, G:0.31, T:0.17
Consensus pattern (42 bp):
CACCTTGGTGCTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCCA
Found at i:43592566 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43592500--43592666 Score: 228
Period size: 42 Copynumber: 3.9 Consensus size: 42
43592490 AGAGCCTCAA
*
43592500 GCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
1 GCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
43592543 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCG
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCG
* * *
43592585 GCAACCTTAGTGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCG
1 GC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
* * * *
43592628 ACACCTTGGTGCTAGGATGTCCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43592667 AAGCTGAAGT
Statistics
Matches: 110, Mismatches: 11, Indels: 7
0.86 0.09 0.05
Matches are distributed among these distances:
41 1 0.01
42 62 0.56
43 47 0.43
ACGTcount: A:0.18, C:0.32, G:0.32, T:0.19
Consensus pattern (42 bp):
GCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCG
Found at i:43592666 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 43592502--43592659 Score: 237
Period size: 85 Copynumber: 1.8 Consensus size: 86
43592492 AGCCTCAAGC
* * * * * *
43592502 ACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
1 ACCTTAGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTCCGG
*
43592567 GAGCCTCGGCCACCATCGGCA
66 AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
*
43592588 ACCTTAGT-GCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTCCGG
1 ACCTTAGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTCCGG
43592652 AAGCCTCG
66 AAGCCTCG
43592660 AGCACCAAAG
Statistics
Matches: 64, Mismatches: 8, Indels: 1
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
85 57 0.89
86 7 0.11
ACGTcount: A:0.17, C:0.31, G:0.32, T:0.20
Consensus pattern (86 bp):
ACCTTAGTGGCTCAGATATGCGGGAGCCTCGACCACCATCGACACCTTGGTGCTAGGATGTCCGG
AAGCCTCGGCCACCATCGGCA
Found at i:43597994 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43597962--43598012 Score: 75
Period size: 24 Copynumber: 2.1 Consensus size: 24
43597952 CCGGTTAGGT
*
43597962 TCCCCGCGGTGCTCCGACAATCCA
1 TCCCAGCGGTGCTCCGACAATCCA
* *
43597986 TCCCAGCGGTGCTCCGGCGATCCA
1 TCCCAGCGGTGCTCCGACAATCCA
43598010 TCC
1 TCC
43598013 GGCGGCGTTC
Statistics
Matches: 24, Mismatches: 3, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
24 24 1.00
ACGTcount: A:0.14, C:0.45, G:0.24, T:0.18
Consensus pattern (24 bp):
TCCCAGCGGTGCTCCGACAATCCA
Found at i:43598218 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43598139--43598817 Score: 822
Period size: 42 Copynumber: 16.0 Consensus size: 42
43598129 ACATGGCAAT
43598139 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598182 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGAGTGTCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43598224 ATCGGCACCTTGGAGCTTC-GATGTGCGGGAGCCTCGACCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* **
43598266 ATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTATAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43598309 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43598351 ATCGGTACCTTGGTACCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * *
43598394 ATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598436 ATCGGCACCTTAGTGGTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* **
43598478 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGA
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43598520 ACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598563 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTACGGGAGACTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* *
43598605 ATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598648 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * *
43598690 ATCGGCACCTTGGTGCTCGAATGGGTGGGAGCCTC-AGCTACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACC
* *
43598732 ATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCGCGATCACC
1 ATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * *
43598775 ATCGACAACTTGGTGCTAGGATGTGCGGAAGCGTCGAGCACC
1 ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43598817 A
1 A
43598818 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 545, Mismatches: 82, Indels: 19
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.00
42 342 0.63
43 199 0.37
44 2 0.00
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (42 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43598309 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43598139--43598817 Score: 837
Period size: 85 Copynumber: 8.0 Consensus size: 85
43598129 ACATGGCAAT
*
43598139 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* * * *
43598203 TGTGCGAGTGTCTCGACCACC
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598224 ATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATCAGCACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
**
43598289 GTGCGGGAGCCTATAGCACC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * **
43598309 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGTACCTTGGTACCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
*
43598374 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * *
43598394 ATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTAGTGG-TCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
* *
43598458 GTACGGGAGCCTCGAGCACT
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
** *
43598478 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
* *
43598543 GTGCGGGAGCCTCGATCACT
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * * *
43598563 ATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTACGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
* *
43598628 GTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
* * * *
43598648 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGAAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
* *
43598712 GGGTGGGAGCCTC-AGCTACC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGC-ACC
* * * * * *
43598732 ATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCGCGATCACCATCGACAACTTGGT-GCTAGGA
1 ATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA
* *
43598796 TGTGCGGAAGCGTCGAGCACC
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACC
43598817 A
1 A
43598818 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 504, Mismatches: 85, Indels: 10
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
83 3 0.01
84 135 0.27
85 363 0.72
86 3 0.01
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
GTGCGGGAGCCTCGAGCACC
Found at i:43598416 original size:127 final size:127
Alignment explanation
Indices: 43598139--43598817 Score: 787
Period size: 127 Copynumber: 5.3 Consensus size: 127
43598129 ACATGGCAAT
*
43598139 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * * * * * *
43598204 GTGCGAGTGTCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAGCTTC-GATGTGCGGGAGCCTCGACCACC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * *
43598266 ATCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTATAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * *
43598331 GTGCGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGTACCTTGGTACCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-CCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * *
43598394 ATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGT-GCCCCATCGGCACCTTAGTGGTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-TAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * *
43598457 TGTACGGGAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGA
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * *
43598520 ACCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACTATCGGCACCTTGGTGCTAGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * *
43598585 GTACGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
66 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-CCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * *
43598648 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGT-GCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGAA
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-TAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * *
43598711 TGGGTGGGAGCCTC-AGCTACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCGCGATCACC
65 TGTGCGGGAGCCTCGAGC-ACCATCGGC-ACCTTGGTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * *
43598775 ATCGACAACTTGGT-GCTAGGATGTGCGGAAGCGTCGAGCACCA
1 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCA
43598818 AAGCTAAAGT
Statistics
Matches: 465, Mismatches: 77, Indels: 20
0.83 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
126 40 0.09
127 346 0.74
128 79 0.17
ACGTcount: A:0.16, C:0.28, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (127 bp):
ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTCCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
Found at i:43598607 original size:254 final size:254
Alignment explanation
Indices: 43598139--43608144 Score: 1722
Period size: 255 Copynumber: 39.2 Consensus size: 254
43598129 ACATGGCAAT
* * * *
43598139 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * * * * * *
43598204 GTGCGAGTGTCTCGACCACCATCGGCACCTTGGAGCTTCGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATC
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAACC
* * *
43598269 AGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTATAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG
130 AGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTA
* * *
43598334 CGGGAGCCTCAAGCAGCATCGGTACCTTGGTACCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
195 CGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * *
43598394 ATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTAGTGGTCGGATG
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
* * * * *
43598459 TACGGGAGCCTCGAGCACTATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGAACCG
66 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAACCA
* * *
43598524 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGATCACTATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTAC
131 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTAC
* *
43598589 GGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
196 GGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
*
43598648 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGAATG
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
* * * * * * *
43598713 GGTGGGAGCCTC-AGCTACCATCGGCAACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCGCGATCACCAT
66 TGCGGGAGCCTCGAGC-ACCATCGGC-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * * * *
43598777 C-GACAACTTGGT-GCTAGGATGTGCGGAAGCGTCGAGCACCAAAGCTAAAGTTGGGCCCCTGTT
129 CAG-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCA-C----C---A--TCGGCACC--TT
* * ** ** * *** * *
43598840 GGTGC-AGGAGCGT-C-GG-G-CTAAAAAAAGTGTC-CCTGTTTCAG-ACACAT-GAATGTCGTC
181 GGTGCTAGGA-TGTACGGGAGACT-CAAGCAGCATCGGCACCTT-GGTAC-C-TCGGATGTC--C
* * * *
43598897 TGGTAGCGCATTGACCAAGTTTT
239 -GGGAGC-C-TCGAGC-AG---C
* ** * * * * * * * * * *
43598920 TTTAGCTCTTTAGGGGGGAAGTGATATTGAGCGAGCAGGGGTTGTCTAGGGCACTGCCCA-C-GC
1 ATCGGCACCTT------G--GTGCT-TGGA-TGTG--GGGG-AGCCTCGTG--C--CCCATCGGC
** * * * * * * ** * *
43598983 -CCATCTCATGCTCGGACGT-CGGG-GCCCCCTACCACCGGTTAGGTTCCTGGTTGTGCTCCGGT
49 ACC-T-TGGTGCTCGGATGTGCGGGAG-CCTCGAGCACC--ATCGGCACCT--TGGTGCT--TG-
* * * * ** * * * * * *
43599045 GATCCATCCCGGCGGTGCTCTGGTGA-TTCATCCGGCGGCGCTCCGGTGATCCATCCTGG-TAT-
104 GAT--GT-GC-G-GGAGC-CT--CGACCACAACCAGC-AC-CT-TGGTG--GC-T-C-GGATGTG
*** *** * * * * *** * * * *
43599107 ATAGAAAATA-ATGCAGCGAGTTGTC-CC--GGTCCCT-CCCTTTTC---AGA-ACAAG-AGCCT
153 CGGGAGCCTAGA-GCA-CCA-TCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTACGGGAGACTCAAGCAGCAT
* * * *
43599162 CCAGCACCTAGG-GCTCTTGGTCATG-CC-GGAGCACAT-GA-CAGC
214 -CGGCACCTTGGTAC-CTCGG--ATGTCCGGGAGC-C-TCGAGCAGC
** ** ** *
43599204 ATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTATGGGAGCCTCGTGTACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * * * * *
43599269 GTGCGGGAGCTTCGACCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAGCAGC-A
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAA
* * * ** * * *
43599333 TCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCA-GAACAGGCACCTTGGTGGCTTGGA
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATC-GGCACCTTGGT-GCTAGGA
* ** * * ** * ** *
43599396 TGTGCGGGACCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACC
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * * *
43599460 ATCGGTACCTTGGTG-TTGGGATGTGGAGGATCCTCGAGTCACATCGGCACCTTGGTGGGTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGTGCTT-GGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
* * * * * * * * * * * * *
43599524 CGTCCAGGAGACTCGAACAACATCCGCACCTTGGGGCTCGGAGGTTCGGGAGCCTCGAGCACCA-
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * ** ** *
43599588 TAGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTCAGTGCTGGGATG
129 CA-GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
* * * * * * * *
43599653 TGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAACGGC
193 TACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGT-ACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * * * *
43599715 ATAGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATTGGTACCTTGGTGGCTCAGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
* * * * * * * *
43599780 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGTTTGGATGTCCGGTAGTCTCGAGCCTC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCACAAC
* * * * * * * * * *
43599844 CGGCACCTTGGTTGTTCAGATGTACAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
* * ** * * * * ** * * * * *
43599909 GCGGCACCCTCGAGCACCATTGGCACCATGGTGGCTCAGACGTGCGGAAGCCTCGAGCTGC
194 ACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * ** * *
43599970 ATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
* * * * ** *
43600035 GCT-CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTGGGATTTGCGGGAGACTCGAGTACTA-
65 G-TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
** * * * * *** * *
43600098 TTGTCAACTTTGTTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCTGTATTGGCACCTTGGTGCTTGGATG
129 CAG-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
* * * * * * * ** *
43600163 TGCGGGAGGCTCGAGCAGCACCGGCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTTGAGCCA-C
193 TACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAG-CAGC
* * *** ** * * *
43600224 ATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCCAGCACCATCGGGACCTTGGTGCTTGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* ** ** **
43600289 GTGCGGTAGCCTCGAGCACCATC-GCTACCTTGGTTG-TTCGGATGTGTAGGAGCCTCGAGTAGT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGG-TGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGACCACA
* * * *
43600352 ATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGACT-GA
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-CTAG-
* * * * * * * ** * * * *
43600414 GATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGCGGGAACCTTGAGCCG
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAG
43600478 C
254 C
* **** * ** ** * *
43600479 ATCGGTACCTTGGTTGC-TGAGATGACCTGGAGACTCGAACATCATCGACACCATTGG-ACTCGG
1 ATCGGCACCTTGG-TGCTTG-GATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACC-TTGGTGCTCGG
* * * *
43600542 -TGGTGCGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA-
63 AT-GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * * * * * * * **
43600605 ACATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGTAGCCTCGAGTAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCG
126 A-ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTAG
* * * * * * * * *
43600669 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACTTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCG
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAG
43600733 C
254 C
* * * * ** ** * *
43600734 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGAAT-GGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGA
* * ** ** * * *
43600798 TGTGCAGTAGCCTCGAGCAGTATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGC-GGAGACTCGAGCACCA
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAA
* * * * * * * * * * *
43600861 TCGGTAGCTTGGCTAG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTGCTGGGAT
128 CCAGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAT
* * * * * * * ** *
43600925 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGCCA-C
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAG-CAGC
* ** * * *
43600987 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGCTTGGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * ** **
43601051 TGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTG-TTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGT
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGACCACA
* * * * *
43601115 ATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCT-GA
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTAG-
* * * * * ** ** *
43601177 GATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAGCCA
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAG-CA
43601241 -C
253 GC
* ** ***** * *** ** ** * *
43601242 ATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTCGAGACTCAAACATCATCAACACCATAGG-ACTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACC-TTGGTGCTCGGA
* * *
43601306 GGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCA-AC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACA-
* * * * * * * ** *
43601370 ACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAA
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
* * * * * * * * *
43601434 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGC
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * ** * *
43601497 ATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACAT-GGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGA
* * * * ** * ** *
43601561 TGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCA
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAA
* * * * * * * * *
43601625 TCGGCACCTTGGCTAGC-CGGATATGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCTGGGAT
128 CCAGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAT
* * * * *** **
43601689 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGC
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* ** * * *
43601752 ATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCG-ACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGA
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCC-CATCGGCACCTT-GGTGCTCGGA
* * * ** * * * * * *
43601816 TGAGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGC-A
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAA
* * ** * * * * *
43601880 TCAGGACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGA
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GCTAGGA
* * * ** ** * * *** * *
43601943 TGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCAACACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCGT
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * ** * *
43602006 ATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT--TAGCAGCATCGGAACCTTGGT-CTTGGT
1 ATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGT-GCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGG-
* * * * *
43602068 ATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCAC
63 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCAC
* * * * * * * * * * * *
43602132 TATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTACGGGAGCCTCA-AGCACCATCGGTAACTTAGTTG-AAT
126 AACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCT-AGAGCACCATCGGCACCTT-GGTGCTA-
* * * * * * * * *
43602194 GGATGTA-GGAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGTGAGCCTCGAGC
188 GGATGTACGG-GAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGC
*
43602257 AAC
252 AGC
* * * * ** * *
43602260 ATCGGTACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* ** * * * * *
43602325 GTGCGGGAGCCGCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCA
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAA
*** ** * * ** * *
43602389 TTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGA
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
* * * * * * * * * ** *
43602452 TGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTCGCT-GCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAGCACC
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * ** * *
43602515 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATG-AGCGGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* ** * * *
43602579 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCACCACCTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCCAC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCACAAC
* * * * * * ** * * * *
43602643 CGGAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAGCACTATTTGTATCTTGGCGCTTGGATGT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
** * * * * * * ** * * *
43602708 GTGGGAGCCTCGAGCACCGTCGGTACCATGGT-GGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGC
194 ACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * * *** * * *
43602768 ATCCGCCCCTCGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGCCACCTTGATGCTGGGATG
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
* * * ** * * *
43602833 TGTGGGAGCGTCGAGC-CACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCCTCGAGCACCAT
66 TGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * * *
43602897 CAGGACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCA-GAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT-AGGAT
** * * * * ** * ** * * * *
43602960 GTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCACCACCTTGCT-GGTAGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGC
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* ** * * ** * * **
43603022 ATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCGGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * ** ** * * * *
43603087 GTGGGGGAGCCTTGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAACATC-
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CA
* * * * * * * *
43603150 ATCAACACCATGG-GACTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGA
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
* * * *********************
43603214 TGTGCGGGAGCCTC--G-AGCA---ACACC---G-ACAC-C---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTAC-CTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
*****************************************************************
43603265 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
************** * ** * *
43603330 NNNNNNNNNNNNNNGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATA
66 TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CA-A
* * * * * *
43603395 --GGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGA
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
** * * * ** * * * * *
43603456 TGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTGCAT-GGATG-CGCAGTAGCCTCGAGCAGC
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTC-CGGGAGCCTCGAGCAGC
** * * ** *
43603519 ATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGG-GACTCGAGTACCATCGGCATCTTGGCTGGC-CG
1 ATC-GGCACCTTGGTGCTTGGATGTG-GGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGG-T-GCTCG
* * * * * **
43603581 GATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGT
62 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACA
* * * * * ** * * *
43603646 ATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGAT
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAT
* * * * * * * *** **
43603711 GTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGC
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
*** * * * ** * * ** * ** *
43603774 ATTTTCAACTTGGTGCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACC-TGTGTAATTGGA
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCA-TCGGCACCTTG-GTGCTCGGA
* * * * * *
43603837 TGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-C
* * ** * * * *
43603901 ATCC-GCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCTCG
126 AACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCTAG
** * * * * * * *
43603963 GATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGATCCTCGAGCC
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGG-ATGTCCGGGAGCCTCGAGCA
43604025 GC
253 GC
* * * * * * * * * * * *
43604027 ATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * * * * ** * * * **
43604092 CTGCGGGAGCCTCAAGCACTATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTACGAGAGCCCCGAGTAGC-A
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAA
* * * * * * * *
43604156 TCGGTACCTTGGT-GCTTGCATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGAT
* * * * * * * * *
43604220 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGG-GCCGCGAGCCGC
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGT-CCGGGAGCCTCGAGCAGC
** ** * ** * * ** *
43604282 ATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * * * * *
43604347 GTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCA
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAA
* * * * * * * * * *
43604411 TCGGCAGCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCTGCACCTCGGTACTGGGAT
128 CCAGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGAT
* * * * * * * ** *
43604475 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGCCA-C
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAG-CAGC
* ** * * *
43604537 ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGCTTGGA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * ** **
43604601 TGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTG-TTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGT
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTT-GGATGTGCGGGAGCCTCGACCACA
* * * * *
43604665 ATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCTTA-
127 ACCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC-TAG
************************************************
43604727 GATGTACGGGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
189 GATGTACGGGA-G----ACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCG
******
43604792 NNNNNN
249 AGCAGC
****************************************** * *
43604798 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGGTACCTTGGTGGCTCAGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
** * * * * * ** * * * * * * *
43604863 GACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAGCACCAT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * * *
43604927 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTGGGATAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
* * * * * * *
43604992 GCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCC-CGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
194 ACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGT-ACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * * * * *
43605053 ATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTCACTTGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
* * ** * * * * * * *
43605118 GTGTGGGAGCCTCGAGCAACATCTTCAACTTGGTGCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAAC
* ** * * * * *
43605182 CAGGACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTAGC-CGGAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GCTAGGAT
* * * * ** * * * *
43605245 ATGCTGGAGCCTCGGGCAGCATCCGCACCTTGGTA-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGT
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* **** * ** *
43605307 ATCCGCACCTTGGTTG-TTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGA
1 ATCGGCACCTTGG-TGCTT-GGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
** * * * * *
43605371 TGTGCACGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-C
* ** * * * * * * * ** *
43605435 -ATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTGGTAATTG
126 AACCAGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGCTAG
* * * * * * *
43605496 GATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACC-T--TACCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTAGAG
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCT---CGGATGTCCGGGAGCCTCGAG
43605558 CAGC
251 CAGC
* * ** * ** *
43605562 ATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGAT
* * * * * *
43605627 GTGTGGGAGCCT-TAGCAGCATCGGAACCTTGGT-CCTGGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGC-A
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGG-ATGTGCGGGAGCCTCGA-CCACAA
* * * * * * * * * * * * *
43605689 TCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGTGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATGGGATC
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
** * * * * * * * * * *
43605754 TGTGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGA-AT-GGATGTGCGAGAGCCCCGAGTAGC
193 TACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTT-GGT-ACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * ** * * *
43605816 ATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGGTGCTGGGAT
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGAT
* * * ** * * * * *
43605881 GTGCAGGAGCCGCAAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCA
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAA
*** ** * * ** * *
43605945 TTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGA
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTAGGA
* * * * ** * * *
43606008 TGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCT-GGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGC
191 TGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGG-TACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * ** * ** * * * *
43606072 ATCCGCACCTCGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGATGCTGGGATG
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
* * * * * * *
43606137 TGTGGGAGCGTCGAGC-CACATCGGCACCTT-G-G--TGG--CT-CGGTAGCCTCGAGCACCATC
66 TGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAACC
* * * * * * * ** * * * *
43606194 GGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTAGGATGTG
130 AGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTA
* * * * ** ** * * * *
43606259 CGGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACC
195 CGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* ** * * * * *
43606319 ATCGGTACCTTGGTGCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
** * * * * * ** * * * * * * *
43606384 GACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAGCACCAT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * * *
43606448 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTGGGATAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGT
* * * * * * * *
43606513 GCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCC-CGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC
194 ACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGT-ACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * * * *
43606574 ATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
* ** ** * * * * * * *
43606639 GTGTGGGAGCCTCGAGCAGTATCTTCAACTTGGTGCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAAC
* ** * * * * * *
43606703 CAGGACCTTGGT-AATTGGATGTGC-GGAGGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGGTCGGAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA-GCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCTAGGAT
* * * * * * * * * *
43606766 GTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGACTCGAGCAGT
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * **** * ** *
43606828 ATCAGCATCTTGGTTG-TTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGA
1 ATCGGCACCTTGG-TGCTT-GGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGA
* * * * * *
43606892 TGTGCAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-C
**** * * * * * * * * ** *
43606956 -ATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTTGTAATTG
126 AACCAGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGCTAG
* * * * ** * * *
43607017 GATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCA
189 GATGTACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGG-TACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCA
43607081 GC
253 GC
* * * ** * ** *
43607083 ATCCGCACCTTGGTTCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGAT
* * * * * *
43607148 GTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGT-CCTGGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGC-A
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGG-ATGTGCGGGAGCCTCGA-CCACAA
* * * * * * * * * * * *
43607210 TCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATGGGATC
128 CCAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
* * * * * * * * * * *
43607275 TGCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGA-AT-GGATGTACGAGAGCCCCGAGTAGC
193 TACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTT-GGT-ACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * **
43607337 ATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGACTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGAT
* * * * * *
43607402 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAGCCGC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGA-CCACAAC
* * * * * ** * *
43607466 CGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCA-AGCACCATTGGTTCCTTGGTACTCGGATG
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCT-AGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATG
** * * * * ** * * *
43607530 TGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACC
193 TACGGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * ** * * * *
43607592 ATCGGTACCTCGCTGCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGAT
1 ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGAT
* ** * * * *
43607657 GAGC-GGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-AT
65 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCA-CAAC
* * * * * *
43607720 CACCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGC-CACATCGGAACCTTGGTGGCTCGGAT
129 CAGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCTAGGAT
* * * * * ** * * * ** *
43607783 TTGCGGTAGCCTCGAGCA-CTATTTGTATCTTGG--CGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACC
192 GTACGGGAGACTCAAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTAC-CTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
* * * * ** * ** * *
43607845 GTCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGGTTC-GA
1 ATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGA
*** * * * * * * * * *
43607909 TGTGTAAGAGCCTCGAGTAGCATCCGTACTTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTC-CCCACAGC
64 TGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAAC
* * * * * * * * *
43607973 C-GACACCTTGGTGGCGCAGATGCGCGGGAGCCTCGTGCAGCACCGGCACCTCGGTGGCTCGGAT
129 CAG-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGAT
* * * * * ** *
43608037 GTGCTGGA-ACCCCGAGCAGCATCGGCACCTAGG-AGGTCGGATGTGCC-GGAGCCTCGAGCACC
192 GTACGGGAGA-CTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGT-CCGGGAGCCTCGAGCAGC
** * ** * *
43608099 ATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCTCCATC
1 ATCGGCACCTTGGTG-CTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATC
43608145 CGCAACTTTG
Statistics
Matches: 7209, Mismatches: 2126, Indels: 833
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
241 1 0.00
242 97 0.01
244 2 0.00
245 3 0.00
246 1 0.00
247 122 0.02
248 65 0.01
249 10 0.00
250 8 0.00
251 10 0.00
252 38 0.01
253 605 0.08
254 2252 0.31
255 3261 0.45
256 311 0.04
257 13 0.00
258 5 0.00
259 9 0.00
260 54 0.01
261 64 0.01
262 9 0.00
263 14 0.00
264 12 0.00
265 7 0.00
266 17 0.00
267 4 0.00
268 14 0.00
269 13 0.00
270 15 0.00
271 3 0.00
272 11 0.00
273 3 0.00
275 1 0.00
276 4 0.00
277 2 0.00
278 2 0.00
280 4 0.00
281 3 0.00
282 2 0.00
284 10 0.00
285 5 0.00
286 3 0.00
287 15 0.00
288 16 0.00
289 9 0.00
290 13 0.00
292 6 0.00
293 10 0.00
294 8 0.00
295 6 0.00
296 1 0.00
297 1 0.00
298 6 0.00
299 4 0.00
300 4 0.00
301 3 0.00
302 2 0.00
303 3 0.00
306 2 0.00
307 7 0.00
308 2 0.00
309 2 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (254 bp):
ATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGGGGGAGCCTCGTGCCCCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATG
TGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGACCACAACCA
GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTAGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTAC
GGGAGACTCAAGCAGCATCGGCACCTTGGTACCTCGGATGTCCGGGAGCCTCGAGCAGC
Found at i:43599063 original size:24 final size:24
Alignment explanation
Indices: 43599035--43599100 Score: 98
Period size: 23 Copynumber: 2.8 Consensus size: 24
43599025 GTTCCTGGTT
43599035 GTGCTCCGGTGATCCATCCCGGCG
1 GTGCTCCGGTGATCCATCCCGGCG
* *
43599059 GTGCTCTGGTGATTCAT-CCGGCG
1 GTGCTCCGGTGATCCATCCCGGCG
*
43599082 GCGCTCCGGTGATCCATCC
1 GTGCTCCGGTGATCCATCC
43599101 TGGTATATAG
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 5, Indels: 2
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
23 20 0.56
24 16 0.44
ACGTcount: A:0.09, C:0.35, G:0.32, T:0.24
Consensus pattern (24 bp):
GTGCTCCGGTGATCCATCCCGGCG
Found at i:43599236 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 43599200--43610879 Score: 5354
Period size: 42 Copynumber: 274.7 Consensus size: 43
43599190 GAGCACATGA
* ** *
43599200 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTATGGGAGCCTCGTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43599243 TACCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCTTCGAC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599285 CACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43599328 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599370 CAG-AACAGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGACCCTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599413 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43599456 CACCATCGGTACCTTGGT-GTTGGGATGTG-GAGGATCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599498 TCA-CATCGGCACCTTGGTGGGTCGGACGTCCAGGAGACTCGAA
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599541 CAACATCCGCACCTTGG-GGCTCGGAGGTTCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599583 CACCATAGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43599626 TAGTATCGGCACCTCAGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599668 CAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599711 CGGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599753 CCGCATTGGTACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599796 CAGCATCGGTACCTTGGT-GTTTGGATGTCCGGTAGTCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43599838 CCTCATCGGCACCTTGGTTGTTCAGATGTACAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599881 CAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGCACCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599923 CACCATTGGCACCATGGTGGCTCAGACGTGCGGAAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599966 CTGCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43600008 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGCT-CGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATG-TGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600051 CACCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATTTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43600093 TA-CTATTGTCAACTTTGTTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600136 CTGTATTGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGGCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600178 CAGCACCGGCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43600220 CCA-CATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCCAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43600263 CACCATCGGGACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * **
43600305 CACCATC-GCTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43600348 TAGTATCAGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43600390 CCGCATCAGCACCTTGGTGACT-GAGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43600433 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGCGGGAACCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * *
43600475 CCGCATCGGTACCTTGGTTGCT-GAGATGACCTGGAGACTCGAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43600518 CATCATCGACACCATT-G-GACTCGG-TGGTGCGGGAGCCTCGTG
1 CAGCATCGGCACC-TTGGTGGCTCGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43600560 CACCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600603 CAACATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43600645 TAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43600688 CAGCATAGGCACTTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43600730 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * ** * *
43600773 CAGCATCTTCAACTTGGTGAAT-GGATGTGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43600815 CAGTATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGC-GGAGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43600856 CACCATCGGTAGCTTGGCTAG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43600899 CAGCATCCGCACCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600941 CAGCATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43600983 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601026 CACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43601068 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43601111 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43601153 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCT-GAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43601196 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** ** * * *
43601238 CCA-CATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTCGAGACTCAAA
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43601281 CATCATCAACACCATAG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43601323 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43601366 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601408 CAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601451 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601493 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * *
43601536 CACCATCTTCAACTTGGT-ACAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43601578 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43601620 TACCATCGGCACCTTGGCTAGC-CGGATATGCTGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43601663 CAGCATCTGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * **
43601705 CAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601748 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43601790 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGAGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * *
43601833 CAGCATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43601875 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43601917 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * **
43601960 CAGCATCAACACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43602002 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43602044 CAGCATCGGAACCTTGGT--CTTGGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43602086 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602129 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTACGGGAGCCTCAAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * *
43602171 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTAG-GAGAGCCCCGAG
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43602214 TAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGTGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602256 CAACATCGGTACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602299 CAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43602341 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43602384 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602426 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43602469 CACCATCGGTACCTCGCT-GCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43602511 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGAGC-GGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602553 CGGCTTCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43602595 CAGCATCACCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602637 CCA-CATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43602680 CA-CTATTTGTATCTTGG-CGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602722 CACCGTCGGTACCATGGTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43602764 CAGCATCCGCCCCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602806 CAGTATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
**
43602848 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43602891 CACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602933 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43602976 TAGTATCACCACCTTGCTGG-TAGGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43603018 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43603061 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * *
43603103 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * *
43603146 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43603188 CACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ****************************
43603231 CAACACCGACACC--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*******************************************
43603272 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
***************************** *
43603315 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGC---AGCATCG-G
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43603354 CACCTTGGTGGC-CC--GAATGTGC-GGGA-GCCT-CGAGCAGCATAG-G
1 CAGCAT--CGGCACCTTG-GTG-GCTCGGATG--TGCG-GGAGCCTCGAG
* * ** * * * ** *
43603397 CA-CCTTGG-TGCTGGGATATGC-GGGA-GCCT-CGAGCCGCATCGA-
1 CAGCATCGGCACCTTGG-T-GGCTCGGATG--TGCG-GGAGCCTCGAG
* * *** * * * **
43603439 CA-CCTTGGTGGCTCGGATGTG-TGGGA-GCCT-CGAGCA-CCATC-TT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TG-GCTCGGATG--TGCG-GGAGCC-TCGAG
* * * * * * *
43603482 CAACTTGGTGCA---TGGAT-GCGCAG-TAGCCT-CGAGCAGCATC-AG
1 CAGCATCG-GCACCTTGG-TGGCTCGGAT-G--TGCG-GGAGCCTCGAG
* * * * * *
43603524 GA-CCTTGGTA-ATTGGAT-G-T--G-CG-G-GGGA--CTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43603557 TACCATCGGCATCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43603600 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * **
43603642 CAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43603685 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43603727 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * *
43603770 CAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43603812 CAGCATTAGG-ACC-T-GTGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTG-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43603854 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * **
43603897 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43603939 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43603981 CAACATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGATCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43604023 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604066 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGCGGGAGCCTCAAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * *
43604108 CA-CTATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTACGAGAGCCCCGAG
1 CAGC-ATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604151 TAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGCATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43604193 CAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43604236 CAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGG-GCCGCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGC-GGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604278 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43604321 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43604363 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604406 CACCATCGGCAGCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604449 CAGCATCTGCACCTCGGT-ACTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604491 CAGCATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43604533 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604576 CACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTTCGGTAGCCTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604618 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604661 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *******
43604703 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTAGATGTACGGGAGGNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA-G---CCTCGAG
*******************************************
43604750 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*******************************************
43604793 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
**** * * ** * * * *
43604836 NNNNATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43604879 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43604921 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604964 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43605006 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43605049 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43605091 CCGCATCGACACCTTGGTCACTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43605134 CAACATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43605176 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605218 TACCATCGGCACCTTGGCTAGC-CGGATATGCTGGAGCCTCGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43605261 CAGCATCCGCACCTTGGT-ACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * **
43605303 CAGTATCCGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* **
43605346 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTAGGATGTGCACGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43605388 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * *
43605431 CAGCATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43605473 CAGCATTAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43605515 CACCATCGGTACCTTACCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTAGAG
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * **
43605558 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43605600 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43605642 CAGCATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605684 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGTGGAAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605727 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGTGGGAGCCTCAAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * *
43605769 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTGCGAGAGCCCCGAG
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43605812 TAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605855 CAGCATCGACACCATGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCGCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43605897 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43605940 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43605982 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43606025 CACCATCGGCAGCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43606068 CAGCATCCGCACCTCGGT-ACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43606110 CAGCACCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
43606152 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTC-G--GT-----AGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43606187 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43606230 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43606272 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43606315 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * *
43606357 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43606400 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43606442 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43606485 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43606527 CAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43606570 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43606612 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43606655 CAGTATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43606697 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGC-GGAGGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA-GCCTCGAG
* * *
43606739 TACCATCGGCACCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43606782 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * **
43606824 CAGTATCAGCATCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43606867 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43606909 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * *
43606952 CAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43606994 CAGCATTAGG-ACCTTTGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43607036 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * **
43607079 CAGCATCCGCACCTTGGT-TCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43607121 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607163 CAACATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43607205 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43607248 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGCGGGAGCCTCAAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43607290 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTACGAGAGCCCCGAG
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607333 TAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43607375 CAACATCGGCACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607418 CAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43607460 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43607503 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607545 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43607588 CACCATCGGTACCTCGCT-GCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43607630 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGAGC-GGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607672 CGGCTTCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * *
43607714 CAGCATCACCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607756 CCA-CATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43607799 CA-CTATTTGTATCTTGG-CGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43607841 CACCGTCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ***
43607884 CAGCATCGGCACCCTGGTGGTTC-GATGTGTAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43607926 TAGCATCCGTACTTTAGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCCCCA-
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCT--CGAG
* * * * *
43607969 CAGC--CGACACCTTGGTGGCGCAGATGCGCGGGAGCCTCGTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43608010 CAGCACCGGCACCTCGGTGGCTCGGATGTGCTGGAACCCCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43608053 CAGCATCGGCACCTAGGAGG-TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43608095 CACCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * * * * * * *
43608138 CTCCATCCGCAACTT--TGGCCCCTGTTGGTGTGGAAGCGTTGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGG-CTCGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAG
** ** * * * **** * *
43608181 CTAAAAAAAGTGTC-CC-T-GT--TTCAGACGT-ATAAAACCT--AA
1 C--AGCATCG-G-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * ** ** *
43608220 AAAAAT-GAC-CCTAT-TTCAGACAC--ATGTATGTCA-CCTGGTAG
1 CAGCATCGGCACCT-TGGT--GGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-AG
* * ** ** * ** * ** *
43608261 C-GCATTGACCAAGTTTTTTTAGCTC-TTTAG-GGGGGAAGTGATATTGAG
1 CAGCATCG-GC-A-CCTTGGTGGCTCGGAT-GTGCGGG-A--G-CCTCGAG
* ** * ** * * * * *
43608309 AGAGCAGGGGTTATCCAGGGCATTGCCCACGCCCATCGCATGCCCGGA-CGTCG-G
1 -CAGCATCGG-CA-CCTTGG---TG-GCTCG--GAT-G--TG-CGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * **
43608363 -TGC-CCCCCACTGATTAGGT-TCCCGGCGGTGCTCCGGCGATCTGTCC-CG-G
1 CAGCATCGGCAC--CTT-GGTGGCTCGGATGTG---CGG-GA---G-CCTCGAG
* * ** ** **** ** * ** * *
43608412 CGGGGCATC-CCAGAATAT-AAGAAAAGGATGAAACGAGTCCCTCCCCAA
1 C--AGCATCGGCA-CCT-TGGTGGCTCGGATG-TGCGGGAGCCT--CGAG
* * ** ** * **** * * * * *
43608460 TACCA-AAGCTAGAATTCGAATATCGTTACGTGTTCGGTACGCAAT--AA
1 CAGCATCGGC-A-CCTTGGTGGCTCG-GA--TGTGCGGGA-GC-CTCGAG
* * * * *** ** * *** *
43608507 TATGAAT--GAACCATCCCGG-TC---CCTCCCCAATCCAAT-G-G
1 CA-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCC--TCGAG
* * * * * ** * * * * **
43608545 TAGAATTCGGATACC-CGACAAT-G-AAGGAATTATCCCGG-TCACTC-CC
1 CAGCA-TCGG-CACCTTG---GTGGCTCGG-A-TGTGCGGGAGC-CTCGAG
* * * ** *** * * **
43608591 CTTTTGCAACAAG-AGCCTCAAGCACCTTGG-TG-GCTCGGA-TATGCG-G
1 C---AGCATC-GGCA-CCT-TGGTGGCTCGGATGTGC-GGGAGCCT-CGAG
* * * *
43608637 GAGCCTCGAGCACCATCGGCACATTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCG-G
1 CAGCATCG-GCACC-TTGG-----T-G-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43608688 CCACCATCGGCAACCTTAGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43608733 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43608775 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43608818 CAGCATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGTGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43608860 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGTAGACTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43608902 CACCATCGGCAGCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43608945 CAGCATCCGCACCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43608987 CAGCATCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** *
43609029 CCA-CATCGGTGCCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43609072 CACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609114 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609157 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609199 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * *
43609242 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAACCTTGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * *
43609284 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43609327 CATCATCAACACCTTGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43609369 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG-CTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609411 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43609453 CAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43609496 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43609538 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTG-GGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * *
43609580 CAGCATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * *
43609622 CAGCATTAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43609664 TACCATCGGCACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43609707 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * **
43609749 CAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43609792 CAACATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609834 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * *
43609877 CAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43609919 CAGCATTAGG-ACCTTTGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43609961 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43610004 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610046 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43610088 CAACATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610130 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610173 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGCGGGAGCCTCAAG
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43610215 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTACGAGAGCCCCGAG
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43610258 TAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43610300 CAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43610343 CAGCATCGACACCATGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCGCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610385 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43610428 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43610470 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43610513 CACCATCGGCAGCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610556 CAGCATCCGCACCTCGGT-ACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43610598 CAGCACCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43610640 CCA-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610682 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610725 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43610767 CCGCATCAGCACCTTGGTGACTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * *
43610810 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAACCTTGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43610852 CCGCATTGGTACCTTGGTGGCTCAGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATG
43610880 ACCTGGAGAC
Statistics
Matches: 8803, Mismatches: 2364, Indels: 940
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
32 2 0.00
33 3 0.00
34 12 0.00
35 31 0.00
36 5 0.00
37 8 0.00
38 17 0.00
39 4 0.00
40 31 0.00
41 250 0.03
42 4445 0.50
43 3751 0.43
44 94 0.01
45 19 0.00
46 16 0.00
47 24 0.00
48 8 0.00
49 17 0.00
50 14 0.00
51 18 0.00
52 22 0.00
53 3 0.00
54 1 0.00
55 2 0.00
56 2 0.00
59 2 0.00
60 2 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (43 bp):
CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
Found at i:43599320 original size:85 final size:85
Alignment explanation
Indices: 43599200--43610828 Score: 5931
Period size: 85 Copynumber: 137.2 Consensus size: 85
43599190 GAGCACATGA
* ** * * *
43599200 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTATGGGAGCCTCGTGTACCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43599265 GGATGTGCGGGAGCTTCGAC
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599285 CACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43599350 GGATGTGCGGGAGCCTCTAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43599370 CAG-AACAGGCACCTTGGTGGCTTGGATGTGCGGGACCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-G
* *
43599433 CTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43599456 CACCATCGGTACCTTGGT-GTTGGGATGTG-GAGGATCCTCGAGTCA-CATCGGCACCTTGGTGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGAG-CACCATCGGCACCTTGGT-G
* * * * * *
43599518 GTCGGACGTCCAGGAGACTCGAA
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599541 CAACATCCGCACCTTGG-GGCTCGGAGGTTCGGGAGCCTCGAGCACCATAGGCACTTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
43599605 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * ** *
43599626 TAGTATCGGCACCTCAGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
43599690 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43599711 CGGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATTGGTACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
*
43599774 TCAGATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43599796 CAGCATCGGTACCTTGGT-GTTTGGATGTCCGGTAGTCTCGAGC-CTCATCGGCACCTTGGTTGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGG-TGC
* * *
43599859 TCAGATGTACAGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599881 CAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGCACCCTCGAGCACCATTGGCACCATGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * *
43599945 CAGACGTGCGGAAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599966 CTGCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
43600029 TCGGATGCT-CGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATG-TGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * * *
43600051 CACCATCGGTACCTTGGT-GCTGGGATTTGCGGGAGACTCGAGTACTATTGTCAACTTTGTTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGGTGCT
43600115 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43600136 CTGTATTGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGGCTCGAGCAGCACCGGCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43600200 GGATGTGTGGGAGCCTTGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600220 CCA-CATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCCAGCACCATCGGGACCTTGGTGCT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43600284 TGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * ** *
43600305 CACCATC-GCTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTAGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43600369 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43600390 CCGCATCAGCACCTTGGTGACT-GAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43600454 GGGATGTGCGGGAACCTTGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * * * *
43600475 CCGCATCGGTACCTTGGTTGCT-GAGATGACCTGGAGACTCGAACATCATCGACACCATTGG-AC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGGTGC
*
43600538 TCGG-TGGTGCGGGAGCCTCGTG
64 TCGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600560 CACCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGTACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43600625 GGATGTGCAGTAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43600645 TAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACTTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43600710 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43600730 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGAAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
* *
43600795 -GGATGTGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43600815 CAGTATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGC-GGAGACTCGAGCACCATCGGTAGCTTGGCTAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-G
* *
43600877 -TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43600899 CAGCATCCGCACCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43600963 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43600983 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43601046 TTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** * * * *
43601068 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43601133 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43601153 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCT-GAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * *
43601217 GGGATGTGGGGGAGCCTTGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** ** * * * * ** * *
43601238 CCA-CATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTCGAGACTCAAACATCATCAACACCATAGG-AC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGGTGC
*
43601301 TCGGAGGTGCGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43601323 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43601388 GGATATGCAGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43601408 CAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43601473 GGATATGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43601493 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * *
43601558 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43601578 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTAG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-G
* *
43601641 C-CGGATATGCTGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43601663 CAGCATCTGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* **
43601727 CGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601748 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGA-C-CCGTATCGGCACCTTGGGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC--ATCGGCACCTT-GGTG
* *
43601810 CTCGGATGAGTGGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * * **
43601833 CAGCATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43601895 TTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * **
43601917 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCAACACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* **
43601981 GGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43602002 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAGCATCGGAACCTTGGT-CTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43602065 GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43602086 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * *
43602151 GGATCTACGGGAGCCTCAAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * * * *
43602171 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTAG-GAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGC
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC
* *
43602234 TTGGATGTGCGTGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602256 CAACATCGGTACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43602321 GGATGTGCGGGAGCCGCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43602341 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43602406 GGATGTGGGGGAGCCTCTAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43602426 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTCGCTGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * *
43602491 AGATCTGAGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43602511 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGAGC-GGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43602575 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43602595 CAGCATCACCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGC-CACATCGGAACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* *
43602658 TCGGATTTGCGGTAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * * * * * *
43602680 CA-CTATTTGTATCTTGG-CGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCGTCGGTACCATGGTGGT
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43602743 CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43602764 CAGCATCCGCCCCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43602828 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
**
43602848 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43602911 TTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * ** ** * * *
43602933 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCACCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43602998 GGATATGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * **
43603018 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43603083 GGATGTGGGGGAGCCTTGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * * * ** *
43603103 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGG-GACT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
*
43603167 CGGAAGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *********
43603188 CACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGACACCNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
********************
43603253 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*****************************************************************
43603273 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
****** *
43603338 NNNNNNGC---AGCATCG-G
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43603354 CACCTTGGTGGC-CC--GAATGTGC-GGGA-GCCT-CGAGCAGCATAG-GCACC-T--------T
1 CAGCAT--CGGCACCTTG-GTG-GCTCGGATG--TGCG-GGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT
* *
43603403 GGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
59 GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** *
43603430 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTGCAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * *
43603495 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43603515 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGGGACTCGAGTACCATCGGCATCTTGGCTGG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-G
*
43603578 C-CGGATGTGCTGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43603600 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* **
43603664 CGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43603685 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGA-C-CCGTATCGGCACCTTGGGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC--ATCGGCACCTT-GGTG
*
43603747 CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * * * * *
43603770 CAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACC-TGTGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTG-GTG
* * *
43603831 ATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43603854 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* **
43603918 GGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43603939 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43604002 GGTATGTGCGGGATCCTCGAG
66 GG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43604023 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43604088 GGATCTGCGGGAGCCTCAAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * * * *
43604108 CA-CTATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTACGAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGC
1 CAGC-ATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC
* *
43604171 TTGCATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604193 CAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43604258 GGATGTGCAGGG-GCCGCGAG
66 GGATGTGC-GGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43604278 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43604343 GGATGTGGGGGAGCCTCTAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604363 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* *
43604428 CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43604449 CAGCATCTGCACCTCGGT-ACTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43604513 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43604533 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* * *
43604596 TTGGATGTTCGGTAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** * * * *
43604618 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43604683 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * ************************
43604703 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTAGATGTACGGGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGA-G----CCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG
*************************
43604768 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
61 TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*********************************************** *
43604793 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* ** * * * *
43604858 CAGATGACCTGGAGACTCAAA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43604879 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
43604943 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43604964 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
43605028 CGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43605049 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTCAC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* *
43605112 TTGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * * **
43605134 CAACATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43605196 TTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43605218 TACCATCGGCACCTTGGCTAGC-CGGATATGCTGGAGCCTCGGGCAGCATCCGCACCTTGGTACT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43605282 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * ** * *
43605303 CAGTATCCGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
**
43605368 GGATGTGCACGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * ** *
43605388 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * *
43605453 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * **
43605473 CAGCATTAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTACCTGG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGT-G
* *
43605536 C-CGGATGTGCTGGAGCCTAGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43605558 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGC
* *
43605621 TCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43605642 CAGCATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-
* * * *
43605704 CTCGAATGCGTGGAAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43605727 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGTGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGA
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTG-
* * *
43605790 AT-GGATGTGCGAGAGCCCCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605812 TAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * *
43605877 GGATGTGCAGGAGCCGCAAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43605897 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43605962 GGATGTGGGGGAGCCTCTAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43605982 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* *
43606047 CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43606068 CAGCATCCGCACCTCGGT-ACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43606132 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43606152 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTC-G--GT-----AGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGC
*
43606208 TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43606230 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
** * *
43606293 TTAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43606315 CACCATCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* ** * * * *
43606378 TCAGATGACCTGGAGACTCAAA
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * *
43606400 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
43606464 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43606485 CAACACCGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
43606549 CGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43606570 CAGCATAGGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
*
43606633 TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * * **
43606655 CAGTATCTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43606717 TTGGATGTGC-GGAGGACTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGA-GCCTCGAG
* * * * *
43606739 TACCATCGGCACCTTGGCTGG-TCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43606803 GGGATGTGCGGGAGACTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** * *
43606824 CAGTATCAGCATCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43606889 GGATGTGCAGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *** *
43606909 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGTGCAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * *
43606974 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43606994 CAGCATTAGG-ACCTTTGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-G
* *
43607057 C-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43607079 CAGCATCCGCACCTTGGT-TCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGC
* *
43607142 TCGGATGTGTGGGAGCCT-TAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607163 CAACATCGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-
* * *
43607225 CTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43607248 CA-CTATCGGTACCTTGGT-GATGGGATCTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGA
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTG-
* * * *
43607311 AT-GGATGTACGAGAGCCCCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43607333 TAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGACT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
43607397 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43607418 CAGCATCGACACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
* * * *
43607481 TCAGATGTGCAGGAGACTCAAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * *
43607503 CACCATTGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GC
*
43607566 TCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43607588 CACCATCGGTACCTCGCT-GCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*
43607652 CGGATGAGC-GGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** *
43607672 CGGCTTCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCACCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43607736 GGATGTGTGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43607756 CCA-CATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAGCACTATTTGTATCTTGGCGCT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* *
43607820 TGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43607841 CACCGTCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGGTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
***
43607906 C-GATGTGTAAGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** * *
43607926 TAGCATCCGTACTTTAGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTC-CCCA-CAGCCGACACCTTGGTGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGT-GC
* * * *
43607988 GCAGATGCGCGGGAGCCTCGTG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43608010 CAGCACCGGCACCTCGGTGGCTCGGATGTGCTGGAACCCCGAGCAGCATCGGCACCTAGGAGGTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43608075 GGATGTGCCGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * * * *
43608095 CACCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCTCCATCCGCAACTTTGG-CCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGGTGCT
* * * * * * *
43608159 CTGTTGGTGTGGAAGCGTTGGG
65 CGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAG
** ** * * * **** * ** ** * *
43608181 CTAAAAAAAGTGTC-CC-T-GT--TTCAGACGT-ATAAAACCT--AAAAAAAT-GAC-CCTAT-T
1 C--AGCATCG-G-CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCT-TGG
* ** ** *
43608235 TCAGACAC--ATGTATGTCA-CCTGGTAG
61 T--G-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-AG
* * ** ** * ** * * ** ** **
43608261 C-GCATTGACCAAGTTTTTTTAGCTC-TTTAG-GGGGGAAG--T-GA-TATTGAGAGAGCA--GG
1 CAGCATCG-GC-A-CCTTGGTGGCTCGGAT-GTGCGGG-AGCCTCGAGCA-CCATCG-GCACCTT
** **
43608317 GGTTATCCAGGGCAT-TGC-CCACGCC-C-ATCG
59 GGTGCT-C--GG-ATGTGCGGGA-GCCTCGA--G
* * * * * ** ** ** ** *
43608347 CATGC-CCGG-ACGTCGGTGCCCCCCACTGAT-TAGGTTCC-CG-GCGGTGC-TCCGGCGATC-T
1 CA-GCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGA-TG-TGCGGGAGCCTCGAGC--ACCAT-CGGC-ACCTT
* * * * *
43608405 -GT-CCCGG-CG-G-GGCATCC-CAGAATAT
59 GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTC-G---AG
* * ** * * ** ** * * *** * * ** **
43608430 AAGAAAAGGATGAAAC--GAGTCCCTCCCCA-ATACCAAAG-CTAGAATTCGAATATCGTTACGT
1 CAG-CATCG--GCACCTTG-GTGGCT-CGGATGTGCGGGAGCCTCG-A-GC-ACCATCGGCAC--
* **** * *** * **
43608491 GTTCGGTACGCAATAATATGAATGAACCATCCCG
56 CTT-GGT--GCTCGGATGTGCGGGAGCC-TCGAG
*** * ** * ** * ** * * ***
43608525 GTCCCTCCCCAATCCAATGGTAGAATTCGGA--TACCCGA-CAAT-GAAGGA--ATTATC-CC--
1 CAGCATCGGC-A-CC-TTGGT-G-GCTCGGATGTGCGGGAGC-CTCG-AGCACCATCGGCACCTT
* *** * * *
43608581 GGTCACTCCCCTTTTGC---A---ACAAG
59 GGT-GCT-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43608604 -AGCCTCAAGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACATTGGTGCT
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43608668 TGGATGTGCGGGAGCCTCG-G
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43608688 CCACCATCGGCAACCTTAGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGC-ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC
*
43608753 TGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** *
43608775 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* *
43608840 -GGATGTGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43608860 CAGCATCAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGTAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGC
* *
43608923 TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43608945 CAGCATCCGCACCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43609009 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** *
43609029 CCA-CATCGGTGCCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* *
43609092 TTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** * * * *
43609114 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43609179 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * **
43609199 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * *
43609264 GGATGTGGGGGAACCTTGGG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * * * * * **
43609284 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCTTGG-GACT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
*
43609348 CGGAGGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43609369 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG-CTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43609433 GGATATGCAGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43609453 CAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
*
43609518 GGATATGCGGGAGCCTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** *
43609538 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTG-GGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * *
43609602 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * *
43609622 CAGCATTAGG-ACCTTGGT-AATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGG
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-G
*
43609685 C-CGGATGTGCTGGAGCCTCGAG
63 CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43609707 CAGCATCCGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* **
43609771 CGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43609792 CAACATCGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGC
* *
43609855 TCAGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * * * * * **
43609877 CAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTTGTAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGC
* *
43609939 TTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43609961 CACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* ** *
43610025 GGGATGTGTAGGAGCCTCGAA
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43610046 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
43610109 GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43610130 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43610195 GGATCTGCGGGAGCCTCAAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * * * * *
43610215 CACCATCGGTAACTTAGTTGAAT-GGATGTACGAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
*
43610279 TGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610300 CAACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * *
43610365 GGATGTGCAGGAGCCGCAAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43610385 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43610450 GGATGTGGGGGAGCCTCTAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43610470 CCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* *
43610535 CGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
65 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43610556 CAGCATCCGCACCTCGGT-ACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGATGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* *
43610620 GGATGTGTGGGAGCGTCGAG
66 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43610640 CCA-CATCGGCACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGC
*
43610703 TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43610725 TAGTATCAGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGAC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-C
* * *
43610788 TCAGATGTGCGGGAGGCTCAAG
64 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* *
43610810 CACCATCGGTACCTTGGTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG
43610829 CGGGGATGTG
Statistics
Matches: 8696, Mismatches: 2439, Indels: 818
0.73 0.20 0.07
Matches are distributed among these distances:
72 2 0.00
74 7 0.00
75 18 0.00
76 28 0.00
77 32 0.00
78 45 0.01
79 13 0.00
80 16 0.00
81 9 0.00
82 12 0.00
83 103 0.01
84 1484 0.17
85 6438 0.74
86 422 0.05
87 26 0.00
88 7 0.00
89 3 0.00
90 1 0.00
91 3 0.00
92 3 0.00
93 1 0.00
94 3 0.00
96 11 0.00
97 7 0.00
98 1 0.00
99 1 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (85 bp):
CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
Found at i:43605440 original size:297 final size:296
Alignment explanation
Indices: 43604905--43610828 Score: 2999
Period size: 297 Copynumber: 20.0 Consensus size: 296
43604895 GGACTCGGAG
* * * *
43604905 GTGCGGGAGCCTTGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACAC
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * *
43604970 CGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* * * *
43605035 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGA
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGG
** * * * * * *
43605100 CACCTTGGTCACTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAACATCTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGC
195 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGC-TCGGATGTGC
* *
43605164 AGTAGCCTCGAGCAGCATCAGGACCTTGGT-AATTGGAT
259 GGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * *
43605202 GTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTAGCCGGATATGCTGGAGCCTCGGGCAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * *
43605267 CCGCACCTTGGTACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCCGCACCTTGGTTGTTCGGATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* ** * ** *
43605332 CCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTAGGATGTGCACGAGCCTCGAGCCGTATCGG
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGG
* * * * *
43605397 CACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGC
195 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGC-TCGGATGTGC
* * *
43605461 AGTAGCCTCGAGCAGCATTAGGACCTTGGT-AATTGGAT
259 GGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGACCTTGGTGAATTGGAT
* * ** * * * *
43605499 GTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTACCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTAGAGCAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * ** * * **
43605564 CCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* * * *
43605629 GTGGGAGCCT-TAGCAGCATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
* * * * * * * *
43605692 GCACCTTGGTGTCTCGAATGCGTGGAAGCCTCGAGCA-CTATCGGT-ACCTTGGTGATGGGATCT
194 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATC-GTCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * * *
43605755 GTGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAA-TGGAT
257 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTT-GGTGAATTGGAT
* * * * * * *
43605796 GTGCGAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * * * * *
43605861 CGACACCATGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCGCAAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* * * * * ** * * *
43605926 GCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGG
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGG
* * * * * *
43605991 TACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGGATGTGC
195 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGG-TGCTCGGATGTGC
* * * * * *
43606056 TGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGT-ACTGGGAT
259 GGGAGCCTCGAGCAGCAT-CGGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * * * *
43606094 GTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGAT-GCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGC-CACA
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CA
* * *
43606157 TCGGCACCTTGGTGGCTC-G--GT-----AGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGAT
64 TCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
* * * * * * *
43606214 GTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATC
128 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATC
* ** * * * **
43606279 AGCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGT-ACCTTGGTGCGGGGATGT
193 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GTCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * ** **
43606343 GGGGGAGCCTTGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCAGAT
257 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTGAATTGGAT
** * * * * * ** * * * *
43606384 GACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGGGA-CTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAGCACCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * *
43606448 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGG-TGCTGGGATA
65 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATG
* * * * * *
43606512 TGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATA
129 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATC
* * * *
43606577 GGCACCTTGGT-GCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGT
193 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGT-GCTCGGATGT
* * ** * *
43606641 GTGGGAGCCTCGAGCAGTATCTTCAACTTGGTGCA-TGGAT
257 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * *** * *
43606681 GCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGC-GGAGGACTCGAGTACCA
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTAGCCGGATGTGCGGGA-GCCTCGAGCACCA
* * * *
43606744 TCGGCACCTTGGCTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGG-TGCTGGGAT
64 TCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
* * * * * * ** *
43606808 GTGCGGGAGACTCGAGCAGTATCAGCATCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCAT
128 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCAT
* * * * * *
43606873 CGGCACCTTGGT-GCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATG
192 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTT-GGTGCTCGGATG
* *** * *
43606937 TGTGGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGTGCA-TGGAT
256 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * * *** *
43606978 GCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTTGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * *
43607042 CGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTTGGTT-CTGGGAT
65 CGGCACCTTGG-T-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
** * * * * * **
43607105 GTGTAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACAT
128 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCAT
* * * * *
43607169 CGGAACCTTGGT-CCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAAT
192 CGGCACCTTGGTGGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTG-CTCGGAT
* * *
43607232 GCGCGGAAGCCTCGAGCA-CTATCGGTACCTTGGTG-ATGGGAT
255 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGG-ACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * * ** * * * * *
43607274 CTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTACGAGAGCCCCGAGTAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAG-CCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
43607339 CGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGG-TGACTCGGATG
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTG-CTCGGATG
* * *
43607403 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAGCCGCATCG
129 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
* * * * * * * *
43607468 GCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGT-TCCTTGGTACTCGGATGTG
194 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGTCACCTTGGTGCTCGGATGTG
* * * * ** *
43607532 GGGGAGCCTCTAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGAT
258 CGGGAGCCTCGAGCAGCATCG-GACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * * *
43607572 GTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTCGCT-GCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAGCACCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * *
43607636 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGAGC-GGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGG-TGCTGGGATG
65 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATG
** * * *
43607699 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCACCACCTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCCACATCG
129 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
* * * * * * *
43607764 GAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAGCA-CTATTTGT-ATCTTGGCGCTTGGATGT
194 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-A-TCGTCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * * ** *
43607827 GTGGGAGCCTCGAGCACCGTCGGTACCATGGTGGCTCGGAT
257 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * *** * *
43607868 GTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGGTTC-GATGTGTAAGAGCCTCGAGTAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAG-CCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * * * * * *
43607932 CCGTACTTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCCCCA-CAGC--CGACACCTTGGTGGCGCAGAT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCT--CGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
* * * * * * * *
43607994 GCGCGGGAGCCTCGTGCAGCACCGGCACCTCGGTGGCTCGGATGTGCTGGAACCCCGAGCAGCAT
128 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCAT
* * * * **
43608059 CGGCACCTAGGAGG-TCGGATGTGCCGGAGCCTCGAGCACCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATG
192 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTG-CTCGGATG
* ** * *
43608123 TGCAGGAGCCTCGAGCTCCATCCGCAACTTTGGCCCCTG--TTGG-T
256 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCAT-CG-GACCTTGG----TGAATTGGAT
* * * * ** ** ** * * **** * ** *
43608167 GT--GGAAGCGTTGGGCTAAAAAAAGTGTC-CC-T-GT-TTCAGACGT-ATAAAACCT--AAAAA
1 GTGCGGGAGCCTCGAGC--ACCATCG-G-CACCTTGGTAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC
* * * * ** ** * * * ** **
43608223 AAT-GAC-CCTAT-TTCAGACAC--ATGTATGTCA-CCTGGTAGC-GCATTGACCAAGTTTTTTT
62 CATCGGCACCT-TGGT--G-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-AGCAGCATCG-GC-ACCTTGGTT
** * ** * * ** * * *
43608281 AGCTC-TTTAG-GGGGGAAGTGATATTGAGAGAGCAGGGGTTATCC-AGG-G--C--AT-TGC-C
120 -GCTCGGAT-GTGCGGG-A--G-CCTCGAG-CAGCATCGG-CA-CCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
* * * **** ** * * *
43608336 CACGCCCATCGCATGCCCGGACGTCGGTGCCCCCCACTGATTAGG-T-TCCCGGCG-GTGCTCCG
176 GA-G-CC-TCG-A-G-CC-G-CATC-G-GCACCTTGGTGGCTCGGATGT-GCGG-GAG-CCT-CG
** * * * ** ** ** * *
43608398 -GC-G-ATCTGTC-CCGGCGGGGCATCCCAGAATATAAGAAAAGGAT-GA--A--A-CGAGTCCC
227 AGCAGCATC-GTCACC-TTGGTGC-T--C-GGATGTGCG-GGAGCCTCGAGCAGCATCG-GACCT
**** ***
43608453 TCCCCAATACCA-
284 TGGTGAATTGGAT
** ** ** * ** * *** * *** * ** *
43608465 AAGCTAGA-ATTCGA--A-TATCGTTACGTGTTCGGTACGCAATAATATGAATGAACCATCCCGG
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCAC--CTT-GGTA-GC-CGGATGTGCGGGAGCC-TCGAGC
* * ** * * * * * * *
43608526 TCCCTCCCCAATCCAAT-G-G-TAGAAT-T-C-GGATACC-CGA-CA--AT-GAAGGA-ATT--A
60 ACCATCGGC-A-CC-TTGGTGCTCGGATGTGCGGGA-GCCTCGAGCAGCATCG--GCACCTTGGT
* *** **** ** * * * *
43608577 T-CCCGGTCACTCCCCTTTTGCAACAAG-AGCCTCAAGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAG
119 TGCTCGG--A-TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAG
* * * *
43608640 CCTCGAGCAC-CATCGGCACATTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCAAC
179 CCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGTC-AC
* * * * *
43608702 CTTAGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTG-CTGGGAT
241 CTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTGAATTGGAT
* * *
43608759 GTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCA
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
** * * * ** *
43608823 TCTTCAACTTGGTGCAT-GGATGTGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGG-TAATTGGA
64 TCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTTGCTCGGA
* * * * * * * *
43608885 TGTGCGGTAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCA
127 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCA
* * * * * * *
43608950 TCCGCACCTCGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTGGGATG
191 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGCTCGGATG
* * * ** *
43609014 TGTGGGAGCGTCGAGCCA-CATCGGTGCCTTGGTGGCTCGGAT
256 TGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGG-ACCTTGGTGAATTGGAT
* * *
43609056 GTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCA
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
* * * * * * * * *
43609119 TCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTT-GCTGGTAGGAT
64 TCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGAT
* * * * *
43609183 GTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCAC-CA
128 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCA
* ** * * * * * *
43609247 TCGGTACCTTGGT-GCGGGGATGTGGGGGAACCTTGGGCCGCATCGGT-ACCTTGGTGGCTCAGA
191 TCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GTCACCTTGGT-GCTCGGA
** * * * * * ** * * *
43609310 TGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCTTGG-GACTCGGAG
254 TGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGACCTTGGTGAATTGGAT
* * *
43609353 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG-CTCGAGCAACAC
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * * *
43609417 CGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* * * *
43609482 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGA
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGG
* * *
43609547 CACCTTGGTGGCTCGGATGTG-GGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGC
195 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGC-TCGGATGTGC
* * *
43609610 AGTAGCCTCGAGCAGCATTAGGACCTTGGT-AATTGGAT
259 GGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * *
43609648 GTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * *
43609713 CCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* ** * * * *
43609778 CCAAGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCCGTATCGG
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGG
* * * ** * *
43609843 CACCTTGGGGGCTCAGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGC
195 CACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGC-TCGGATGTGC
* * * *
43609907 AGTAGCCTCGAGCAGCATTAGGACCTTTGT-AATTGGAT
259 GGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGACCTTGGTGAATTGGAT
* * * * * *
43609945 GTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * ** * * * **
43610010 CCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAACCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGT
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGT
* * * * *
43610075 GTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
130 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCG
* * * * * * *
43610138 GCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCA-CTATCGGT-ACCTTGGTGATGGGATCT
194 GCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATC-GTCACCTTGGTGCTCGGATGT
* * * *
43610201 GCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAA-TGGAT
257 GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTT-GGTGAATTGGAT
* * * * * * * *
43610242 GTACGAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGT-GCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACAT
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * *
43610306 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGG-TGCTGGGATG
65 CGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATG
* * * * * * * *
43610370 TGCAGGAGCCGCAAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCAC-CAT
129 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCAT
* ** * * * *
43610434 TGGTTCCTTGGT-ACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGGT-ACCTTGGTGGCTCGGAT
192 CGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GTCACCTTGGT-GCTCGGAT
* * * * *
43610497 GTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTG-GTCGGAT
255 GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGG-TGAATTGGAT
* * * * * * * * *
43610540 GTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTA-CTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCAC
1 GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGC-CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCAT
* * * * * *
43610604 CGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGCCA-CATCGGCACCTTGG-TGCTTGGATG
65 CGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATG
* * * * * ** *
43610667 TGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATC
129 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATC
* * * * *
43610732 AGCACCTTGCTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCAG-CACCTTGGTGACTCAGATG
193 GGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GTCACCTTGGTG-CTCGGATG
* * *
43610795 TGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTG
256 TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTG
43610829 CGGGGATGTG
Statistics
Matches: 4307, Mismatches: 1050, Indels: 541
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
288 5 0.00
289 41 0.01
290 193 0.04
291 20 0.00
292 17 0.00
293 39 0.01
294 32 0.01
295 162 0.04
296 1042 0.24
297 2004 0.47
298 574 0.13
299 67 0.02
300 27 0.01
301 16 0.00
302 19 0.00
303 17 0.00
304 9 0.00
305 7 0.00
306 10 0.00
307 3 0.00
309 3 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (296 bp):
GTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTAGCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC
GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTTGCTCGGATGTG
CGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGC
ACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGTCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGG
GAGCCTCGAGCAGCATCGGACCTTGGTGAATTGGAT
Found at i:43606378 original size:205 final size:205
Alignment explanation
Indices: 43605985--43606379 Score: 486
Period size: 205 Copynumber: 1.9 Consensus size: 205
43605975 CCTCTAGCCG
* * *
43605985 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGG
1 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCAGCACCTTGGCTGGTAGG
* * * * * *
43606050 ATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCA
66 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTCGGTACTGAGATGTACGGGAGCCTCAAGCACCA
* * *
43606115 CCGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGCCACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGTAG
131 CCGCCACCTTGATGCGGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGTAG
43606180 CCTCGAGCAC
196 CCTCGAGCAC
* * * * * **
43606190 CATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTT-GCTGGTAGG
1 CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCAGCACCTTGGCTGGTAGG
* * * * * *
43606254 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACC
66 ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTCGGT-ACTGAGATGTACGGGAGCCTCAAGCACC
* ** * * * *
43606319 ATCGGTACCTTGGTGCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTC
130 ACCGCCACCTTGATGCGGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCACATCGGCACCTTGGTGGCTC
43606380 AGATGACCTG
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 32, Indels: 2
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
204 39 0.25
205 118 0.75
ACGTcount: A:0.16, C:0.26, G:0.36, T:0.22
Consensus pattern (205 bp):
CATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCAGCACCTTGGCTGGTAGG
ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTCGGTACTGAGATGTACGGGAGCCTCAAGCACCA
CCGCCACCTTGATGCGGGGATGTGGGGGAGCCTCGAGCCACATCGGCACCTTGGTGGCTCGGTAG
CCTCGAGCAC
Found at i:43610836 original size:127 final size:126
Alignment explanation
Indices: 43599200--43610871 Score: 5474
Period size: 127 Copynumber: 91.8 Consensus size: 126
43599190 GAGCACATGA
* ** * * *
43599200 CAGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTATGGGAGCCTCGTGTACCATCGGCACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * *
43599265 GGATGTGCGGGAGCTTCGACCACCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGACTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599328 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCTAGCA-GAACAGGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGT-GCT
* * * *
43599392 TGGATGTGCGGGACCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCA-GATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43599456 CACCATCGGTACCTTGGTGTTGGGATGTG-GAGGATCCTCGAGTCA-CATCGGCACCTTGGTGGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCG-GGAGCCTCGAG-CACCATCGGCACCTTGGT-GC
* * * * * * * * * *
43599519 TCGGACGTCCAGGAGACTCGAACAACATCCGCACCTTGG-GGCTCGGAGGTTCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** ** *
43599583 CACCATAGGCACTTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCACCTCAGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* ** *
43599648 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGAA
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43599711 CGGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATTGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * * *
43599775 CAGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGTTTGGATGTCCGGTAGTCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * * * *
43599838 CCTCATCGGCACCTTGGTTGTTCAGATGTACAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGTACCTTGGTGCTT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * *
43599903 GGATGTGCGGCACCCTCGAGCACCATTGGCACCATGGTGGCTCA-GACGTGCGGAAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43599966 CTGCATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * *
43600030 CGGATGCT-CGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCTGGGATTTGCGGGAGACTCGAG
64 CGGATG-TGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *** *
43600093 TA-CTATTGTCAACTTTGTTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCTGTATTGGCACCTTGGTGCT
1 CAGC-ATCGGC-ACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * * * * *
43600157 TGGATGTGCGGGAGGCTCGAGCAGCACCGGCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCCTTGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600220 CCA-CATCGGCACATTGGTGGCTCGGATGTACAGGAGCCTCCAGCACCATCGGGACCTTGGTGCT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * * **
43600284 TGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATC-GCTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGC-ACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43600348 TAGTATCAGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGACT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGTG-CT
* * * * * *
43600412 -GAGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGCG-GGGATGTGCGGGAACCTTGAG
64 CG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * * * *
43600475 CCGCATCGGTACCTTGGTTGCT-GAGATGACCTGGAGACTCGAACATCATCGACACCATTGG-AC
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGGTGC
* * * *
43600538 TCGG-TGGTGCGGGAGCCTCGTGCACCATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
63 TCGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGA
43600602 G
126 G
* * * * * * * *
43600603 CAACATCGGTACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGTAGCCTCGAGTAGCATCGGCACCTTGGTGGCCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* * * *
43600668 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACTTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43600730 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGTGAAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CT
* * * ** * *
43600795 -GGATGTGCAGTAGCCTCGAGCAGTATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGC-GGAGACTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43600856 CACCATCGGTAGCTTGGCTAG-TCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-T-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * * * *
43600920 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43600983 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* * * * * * *
43601046 TTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43601111 TAGTATCAGCACCTTGCTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * * *
43601175 -GAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCG-GGGATGTGGGGGAGCCTTGAG
64 CG-GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** ** * * * * ** * *
43601238 CCA-CATCGGTACCTTGGTGGCTCAGATGACCTCGAGACTCAAACATCATCAACACCATAGG-AC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACC-TTGGTGC
* * *
43601301 TCGGAGGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43601366 CAACACCGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* * * * *
43601431 GAATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43601493 CCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGC-T
* * * ** * *
43601558 -GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43601620 TACCATCGGCACCTTGGCTAGC-CGGATATGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCTGCACCTTGGTGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGG-T-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * * **
43601684 GGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * *
43601748 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGA-C-CCGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC--ATCGGCACCTT-GGTGC
* * ** * * * * *
43601811 TCGGATGAGTGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43601875 CAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GC
* * ** * * **
43601939 -CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCAACACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43602002 CCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAGCATCGGAACCTTGGT-CTT
1 CAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43602065 GGTATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAG
65 GG-ATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43602129 CA-CTATCGGTACCTTGGTGATGGGATCTACGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAA
1 CAGC-ATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTT-GGTG-C
* * * * * * *
43602193 T-GGATGTAG-GAGAGCCCCGAGTAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGTGAGCCTCGAG
63 TCGGATGT-GCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43602256 CAACATCGGTACCTTGGTGACTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * *
43602321 GGATGTGCGGGAGCCGCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCA-GATGTGCAGGAGACTCAAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * *
43602384 CACCATTGGTTCCTTGGTACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * * * *
43602448 CGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTCGCTGCTCA-GATCTGAGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGT-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43602511 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGAGC-GGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
** * * *
43602575 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCACCACCTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43602637 CCA-CATCGGAACCTTGGTGGCTCGGATTTGCGGTAGCCTCGAGCACTATTTGTATCTTGGCGCT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * * * * * * *
43602701 TGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCGTCGGTACCATGGTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * * *
43602764 CAGCATCCGCCCCTCGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGTATCGCCACCTTGATGCTGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCG
* * * **
43602829 GATGTGTGGGAGCGTCGAGCCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTATGGGAGCCTCGAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43602891 CACCATCAGG-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTT
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* * * * ** * *
43602955 CAGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCACCACCTTGCTGGTAGGATATGCGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * **
43603018 CCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * ** * * * *
43603083 GGATGTGGGGGAGCCTTGAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCA-GATGACCTGGAGACTCAAA
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * *
43603146 CATCATCAACACCATGG-GACTCGGAAGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * *****************
43603210 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGACACC------------NNNNNNNNNNNNNNNNN
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*****************************************************************
43603261 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCG
****************** ** *
43603326 NNNNNNNNNNNNNNNNNNGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43603388 CAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * ** * * * * *
43603452 CGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43603515 CAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGGGACTCGAGTACCATCGGCATCTTGGCTGGC
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GC
* * * *
43603579 -CGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43603642 CAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * *
43603707 GGATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * * * * **
43603770 CAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACC-TGTGTAA
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTG-GTGC
* * * * ** * *
43603832 TTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43603897 CAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCT
* * * * ** *
43603961 CGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGATCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43604023 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * * * * *
43604088 GGATCTGCGGGAGCCTCAAGCA-CTATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTACGAGAGCCCCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43604151 TAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGCATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* * * *
43604216 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGG-GCCGCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGC-GGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43604278 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43604343 GGATGTGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43604406 CACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCTGCACCTCGGTACTG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43604471 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*
43604533 CCA-CATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGC
1 -CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATC-GGCACCTTGGTGC
* * * * * * * *
43604596 TTGGATGTTCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43604661 TAGTATCAGCACCTTGCTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCAGCACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
** * *********************************************
43604725 TAGATGTACGGGAGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
64 CGGATGTGCGGGA-G-----CCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCT
****
43604790 NNNN
123 CGAG
********************************************** *
43604794 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATCGGTACCTTGGTGGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* ** * * * * * ** * * * * *
43604859 AGATGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43604921 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * ** *
43604986 GGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * *
43605049 CAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTCACT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * ** * * * * *
43605113 TGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAACATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43605176 CAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTAGC
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GC
* * * * ** *
43605240 -CGGATATGCTGGAGCCTCGGGCAGCATCCGCACCTTGGTACTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * ** * *
43605303 CAGTATCCGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTA
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
** * * * * *
43605368 GGATGTGCACGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * * * **
43605431 CAGCATCTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTGGTAAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGCT
* * * * ** ** * *
43605494 TGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTACCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTAGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTT-GGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * *
43605558 CAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCT
* * * **
43605622 CGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAGCATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * *
43605684 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGTGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * * * * * *
43605749 GGATCTGTGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTGCGAGAGCCCCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * *
43605812 TAGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * *
43605877 GGATGTGCAGGAGCCGCAAGCCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCA-GATGTGCAGGAGACTCAAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * *
43605940 CACCATTGGTTCCTTGGTACTCGGATGTGGGGGAGCCTCTAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * *
43606004 CGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43606068 CAGCATCCGCACCTCGGTACTGGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGATGCTGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCG
* * * *
43606133 GATGTGTGGGAGCGTCGAGCCA-CATCGGCACC-T--TGGT-GG--CT-CGGTAGCCTCGAG
66 GATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * ** * * * *
43606187 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * *
43606252 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGGCTTA-GATGTGCGGGAGGCTCAAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG--TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * *
43606315 CACCATCGGTACCTTGGTGCGGGGATGTGGGGGAGCCTTGAGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* ** * * * * * ** * * * * *
43606379 CAGATGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCATGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTTGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43606442 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * ** *
43606507 GGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43606570 CAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * ** * * * * *
43606634 CGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGTATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * *
43606697 CAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGC-GGAGGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGG
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGA-GCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGC
* * * * *
43606760 TCGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGACTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * ** * *
43606824 CAGTATCAGCATCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43606889 GGATGTGCAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * * * * * **
43606952 CAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTTGTAAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGCT
* * * * ** * *
43607015 TGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43607079 CAGCATCCGCACCTTGGTTCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGC-CGTATCGGCACCTTGGGGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTT-GGTGCT
* * * * **
43607143 CGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43607205 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * * * * * *
43607270 GGATCTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTACGAGAGCCCCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43607333 TAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTG-CTC
* * * *
43607398 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCGCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43607460 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43607525 GGATGTGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * *
43607588 CACCATCGGTACCTCGCTGCTCAGATCTGAGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* * * * *
43607653 GGATGAGC-GGAGCCTCGAGCGGCTTCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * *
43607714 CAGCATCACCACCTTGGTGCTGGGATGTGTGGGAGCCTCGAGC-CACATCGGAACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * ** * * * * * *
43607778 CGGATTTGCGGTAGCCTCGAGCA-CTATTTGTATCTTGGCGCTTGGATGTGTGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGC-ATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43607841 CACCGTCGGTACCATGGTGGCTCGGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCCTGGTGGTT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
*** * * * * * * * *
43607906 C-GATGTGTAAGAGCCTCGAGTAGCATCCGTACTTTAGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCCCCA-
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCT--CGAG
* * * * * * * *
43607969 CAGC--CGACACCTTGGTGGCGCAGATGCGCGGGAGCCTCGTGCAGCACCGGCACCTCGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * * * *
43608032 CGGATGTGCTGGAACCCCGAGCAGCATCGGCACCTAGGAGGTCGGATGTGCCGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * * * * *
43608095 CACCATCAACACCTTGGTGCCTCGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCTCCATCCGCAACTTTGG-CCC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC-ACCTTGGTGCT
* * * * * * * ** ** * * **** *
43608159 CTGTTGGTGTGGAAGCGTTGGGCTAAAAAAAGTGTC-CC-T-GT-TTCA-GACGT-ATAAAACCT
64 CGGAT-GTGCGGGAGCCTCGAGC--AGCATCG-G-CACCTTGGTGGT-AGGATGTGCGGGAGCCT
*
43608218 --AA
123 CGAG
* ** * * * ** ** * * * * **
43608220 AAAAAT-GAC-CCTAT-TTCAGACAC--ATGTATGTCA-CCTGGTAGC-GCATTGACCAAGTTTT
1 CAGCATCGGCACCT-TGGT--G-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-AGCACCATCG-GC-A-CCTT
** ** * * ** ** **
43608278 TTTAGCTC-TTTAG-GGGGGAAG--T-GA-TATTG-AGAGAGCA--GGGGTTATCCAGGGCAT-T
58 GGT-GCTCGGAT-GTGCGGG-AGCCTCGAGCA--GCATCG-GCACCTTGGTGGT--A-GG-ATGT
**
43608333 GC-CCACGCC-C-ATCG
113 GCGGGA-GCCTCGA--G
* * * * ** ** ** ** *
43608347 CATGC-CCGG-ACGTCGGTGCCCCCCACTGAT-TAGGTTCC-CG-GCGGTGC-TCCGGCGATC-T
1 CA-GCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGA-TG-TGCGGGAGCCTCGAGC--ACCAT-CGGC-ACCTT
* * * * ** ** *** ** * *****
43608405 -GT-CCCGG-CG-G-GGCATCC-C-AG-AATATAAG-A-AAAGGATGAAACGA-GT-CCCTCCCC
58 GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCC
*
43608458 AATACCAAAG
122 --T--C-GAG
* ** * * * ** *** *** *
43608468 CTAGAATTCGAATATCGTTACGTGTTCGG-TACGCAATAATAT-GAATGAACCATCCCGGTC-CC
1 C-AGCA-TCG-GCA-CCTT-GGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCG-A-GCACCAT--CGG-CACC
****** ** * * ** *** *
43608530 TCCCCAATCCAATGGTAGAATTC-GGATACC-CGA-CA--AT-GAAGGAATTATCCCGGTCA--C
56 TTGGTGCTCGGAT-GT-G----CGGGA-GCCTCGAGCAGCATCG--GCACCT-TGGTGGT-AGGA
*** **** ** *
43608587 TCCCCTTTTGCAACAAG
110 TGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43608604 -AGCCTCAAGCACCTTGGTGGCTCGGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACATTGGTGCT
1 CAGCATC-GGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCT
* * * **
43608668 TGGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCAACCTTAGTGGCCCGGATGTGCGGGAGCCTCGA
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CAGCATCGGC-ACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGA
43608732 G
126 G
* * *
43608733 CAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
** * * * *
43608797 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGTGCAGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
** * * * * *
43608860 CAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGTAGACTCGAGCACCATCGGCAGCTTGGCTGGT
1 CAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* * * * * * *
43608924 CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCAAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * **
43608987 CAGCATCGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAGC-CACATCGGTGCCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* * * * *
43609051 CGGATGTACGGGAGCCTCGAGCACCATCAGG-ACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * ** * * * *
43609114 CACCATCGGTACCTTGGTTGTTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTA
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * *
43609179 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCAGCACCTTGGTGGCTCA-GATGTGCGGGAGGCTCAAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** * * * * *
43609242 CACCATCGGTACCTTGGTGCGGGGATGTGGGGGAACCTTGGGC-CGCATCGGTACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
* ** * * * * * ** * * *
43609306 CAGATGACCTGGAGACTCAAACATCATCAACACCTTGG-GACTCGGAGGTGCGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTG-GTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43609369 CACCATCGGCACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAG-CTCGAGCAACACCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * ** *
43609433 GGATATGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCAGCACCTTGGTGGCCCGAATGTGCGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43609496 CAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGAGCCTCGAGC-CGCATCGACACCTTGGTGGCT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAC-CATCGGCACCTTGGT-GCT
** * * * * *
43609560 CGGATGTG-GGGAGCCTCGAGCAGCATCTTCAACTTGGT-GCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* ** * * *
43609622 CAGCATTAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGGC
1 CAGCA-TCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-T-GC
* * * *
43609686 -CGGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * ** * *
43609749 CAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGCTG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * *
43609814 GGATGTGCAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCA-GATGTGTGGGAGCCTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-T-AGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
*** * * * * * * * **
43609877 CAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACCTTTGTAAT
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCGGCACCTTGGTGCT
* * * * ** * *
43609940 TGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTGGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * ** *
43610004 CAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGA--ACCGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACC--ATCGGCACCTT-GGTGC
* * * * **
43610067 TCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGAGCCTCGAG
63 TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGG-ATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * *
43610130 CCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCCTCGAGCACTATCGGTACCTTGGTGATG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * * * * * *
43610195 GGATCTGCGGGAGCCTCAAGCACCATCGGTAACTTAGTTGAATGGATGTACGAGAGCCCCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTA-GGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43610258 TAGCATCGGTACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAACATCGGCACCTTGGTGGCTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGT-GCTC
* * * * * * *
43610323 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCATGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCGCAAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * ** *
43610385 CCGCATCGGCACCTTGGTGGCTCAGATGTGCAGGAGACTCAAGCACCATTGGTTCCTTGGTACTC
1 CAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * *
43610450 GGATGTGGGGGAGCCTCTAGCCGCATCGGTACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGACTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG-TAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * * * * *
43610513 CACCATCGGCAGCTTGGCTGGTCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTCGGTACTG
1 CAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * * *
43610578 GGATGTACGGGAGCCTCGAGCAGCACCGCCACCTTGATGCTGGGATGTGTGGGAGCGTCGAG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * *
43610640 CCA-CATCGGCACCTTGGTGCTTGGATGTGCGGTAGCCTCGAGCACCATCGGTACCTTGGTTGTT
1 -CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGG-TGCT
* * * * *
43610704 CGGATGTGTGGGAGCCTCGAGTAGTATCAGCACCTTGCTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
64 CGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
* * * * * * **
43610767 CCGCATCAGCACCTTGGTGACTCAGATGTGCGGGAGGCTCAAGCACCATCGGTACCTTGGTGCGG
1 CAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTC
* * * * * * *
43610832 GGATGTGGGGGAACCTTGGGCCGCATTGGTACCTTGGTGG
65 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGG
43610872 CTCAGATGAC
Statistics
Matches: 8536, Mismatches: 2541, Indels: 935
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
114 11 0.00
116 3 0.00
117 3 0.00
118 1 0.00
119 28 0.00
120 71 0.01
121 11 0.00
122 17 0.00
123 28 0.00
124 21 0.00
125 44 0.01
126 883 0.10
127 4335 0.51
128 2868 0.34
129 107 0.01
130 24 0.00
131 6 0.00
132 16 0.00
133 36 0.00
134 3 0.00
136 3 0.00
137 5 0.00
138 4 0.00
139 3 0.00
140 1 0.00
141 4 0.00
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.34, T:0.21
Consensus pattern (126 bp):
CAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGCACCTTGGTGCTCG
GATGTGCGGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGGTAGGATGTGCGGGAGCCTCGAG
Found at i:43611187 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 43611041--43611740 Score: 486
Period size: 42 Copynumber: 16.5 Consensus size: 42
43611031 NNNNNNNNNN
* * * *
43611041 AGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGC-AGGAGCCTCG
* * **
43611084 AGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGT-GCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* ** * * * *
43611127 AGCACCATCTTCAACTTGGTACAT-GGATGCGCAGTAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCAGGAGCCTCG
** * * * *
43611169 AGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGGGACTCG
1 AGCAGCATC-GGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * *
43611211 AGTACCATCGGCACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGG-T-GCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * *
43611254 AGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * * *
43611296 AGTAGTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGG-TGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
*
43611339 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * * **
43611381 ACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
*** * * *
43611424 AGCAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGC-TCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* ** * * *
43611466 AGCAGCATTAGG-ACC-TGTGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCG
1 AGCAGCA-TCGGCACCTTG-GTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * *
43611508 AGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGG-T-GCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * *
43611551 AGCAGCATCCGCACCTTGGTTCTGGGATGTGTAGGAGCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * ** *
43611593 AGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-T
1 AGCAGCATCGGCACCTT-GGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
* * * * *
43611635 AGCAACATCGGAACCTTGGTCCT-GGTATGTGCGGGATCCTCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGG-ATGTGCAGGAGCCTCG
* * * *
43611677 AGCCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGC-GGAAGCATCG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTG-CTCGGATGTGCAGG-AGCCTCG
*
43611720 AGCA-CTATCGGTACCTTGGTG
1 AGCAGC-ATCGGCACCTTGGTG
43611741 ATGCTTGTGG
Statistics
Matches: 506, Mismatches: 125, Indels: 52
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
40 2 0.00
41 28 0.06
42 241 0.48
43 225 0.44
44 10 0.02
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (42 bp):
AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTCGGATGTGCAGGAGCCTCG
Found at i:43611251 original size:85 final size:83
Alignment explanation
Indices: 43611075--43611740 Score: 332
Period size: 85 Copynumber: 7.9 Consensus size: 83
43611065 GGATATGCGG
* * * * * **
43611075 GGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCA
1 GGAGCCTCGAGCAGCATCG-GACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCA
* * * * *
43611140 ACTTGGT-ACATGGATGCGCA
64 CCTTGGTGGC-CGGATGTGCT
* ** * * *
43611160 GTAGCCTCGAGCAGCATCAGGACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGGGACTCGAGTACCATCGGCAC
1 GGAGCCTCGAGCAGCATC-GGACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCAC
43611225 CTTGGCTGGCCGGATGTGCT
65 CTTGG-TGGCCGGATGTGCT
* **
43611245 GGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGTATCGGCAC
1 GGAGCCTCGAGCAGCAT-CGGACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCAC
** * *
43611310 CTTGGTTGTTCGGATGTCCA
65 CTTGG-TGGCCGGATGTGCT
* * *
43611330 AGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGA--CCCGTATCGGC
1 GGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACC--ATCGGC
*
43611393 ACCTTGGGGGCTCGGATGTG-T
63 ACCTTGGTGGC-CGGATGTGCT
*** * * * * * * *
43611414 GGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGTGCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG
1 -GGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGACCTTGGTGC-TGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCA-TCGG
**** *
43611478 -ACC-TGTGTAATTGGATGTGCG
62 CACCTTG-GTGGCCGGATGTGCT
* * * * * * * *
43611499 GGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGC
1 GGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGG-T-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGC
* *
43611563 ACCTTGGT-TCTGGGATGTG-T
63 ACCTTGGTGGC-CGGATGTGCT
* * * * * * * * *
43611583 AGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGGA
1 -GGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTT-GGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGC
*
43611647 ACCTTGGT--CCTGGTATGTGCG
63 ACCTTGGTGGCC-GG-ATGTGCT
* * * * * * * * * *
43611668 GGATCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAGCACTATCGGTA
1 GGAGCCTCGAGCAGCATCGG-ACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCA
43611733 CCTTGGTG
64 CCTTGGTG
43611741 ATGCTTGTGG
Statistics
Matches: 449, Mismatches: 100, Indels: 63
0.73 0.16 0.10
Matches are distributed among these distances:
83 7 0.02
84 127 0.28
85 300 0.67
86 14 0.03
87 1 0.00
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (83 bp):
GGAGCCTCGAGCAGCATCGGACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTACCATCGGCACC
TTGGTGGCCGGATGTGCT
Found at i:43611272 original size:127 final size:128
Alignment explanation
Indices: 43611041--43611315 Score: 301
Period size: 127 Copynumber: 2.2 Consensus size: 128
43611031 NNNNNNNNNN
** * *
43611041 AGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGG
1 AGCAGCATAGGCACCTTGGTAATGGGATATGCGGGGAGACTCGAGACGCATCGACACCTTGGTGG
**
43611106 CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCG
66 CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCG
* * *
43611169 AGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGG-GACTCGAGTAC-CATCGGCACCTTGGC
1 AGCAGCAT-AGGCACCTTGGTAATGGGATATGCGGGGAGACTCGAG-ACGCATCGACACCTTGG-
* * * * * *
43611231 TGGC-CGGATGTGCT-GGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGC-TGGGATGTGCGGGAGCC
63 TGGCTCGGATGTG-TGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTACAT-GGATGCGCAGTAGCC
43611293 TCG
126 TCG
* * *
43611296 AGTAGTATCGGCACCTTGGT
1 AGCAGCATAGGCACCTTGGT
43611316 TGTTCGGATG
Statistics
Matches: 123, Mismatches: 18, Indels: 13
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
126 3 0.02
127 83 0.67
128 34 0.28
129 3 0.02
ACGTcount: A:0.18, C:0.26, G:0.35, T:0.21
Consensus pattern (128 bp):
AGCAGCATAGGCACCTTGGTAATGGGATATGCGGGGAGACTCGAGACGCATCGACACCTTGGTGG
CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCCGCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCG
Found at i:43611338 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 43611074--43611696 Score: 398
Period size: 170 Copynumber: 3.7 Consensus size: 169
43611064 GGGATATGCG
* * **
43611074 GGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTC
1 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC
* *
43611139 AACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCAGG-ACCTTGGTAATTGGATGTGCGG
66 AACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATC-GGCACCTTGGTAATGGGATGTGCAG
* *
43611203 GGGACTCGAGTACC-ATCGGCACCTTGGCTGGC-CGGATGTGCT
130 GAGACTCGA--ACCGATCGGCACCTTGG-GGGCTCGGATGTG-T
* * **
43611245 -GGAGCCTCGAGCAGCATCCG-CACCTTGGT-GCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAGTATCGG
1 GGGAGCCTCGAGCAGCAT-CGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGG
* *** **
43611307 CACCTTGGTTGTTCGGATGTC-CAAG-AGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTG
65 CAACTTGGTACAT-GGATG-CGC-AGTAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTAATGGGATGTG
* *
43611370 CAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGT
127 CAGGAGACTCGAACCG-ATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGT
*** * * * * * *
43611414 GGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGT-GCAT-GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAG
1 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGGC-TCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA-TCG
* * * * * * * ****
43611477 G--ACCTGTGTA-ATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGT
64 GCAACTTG-GTACA-TGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGG-TAATGGGATGT
* * * * * * ** *
43611539 GCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTT-GGTTCTGGGATGTGT
126 GCAGGAGACTCGAACCG-ATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGT
* * * * * * * *
43611583 AGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGCAACATCGG-
1 GGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC
* * * * * *
43611646 AACCTTGGT-CCTGGTATGTGCGGGATCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGT
66 AA-CTTGGTACATGG-ATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGT
43611697 GTCTCGAATG
Statistics
Matches: 357, Mismatches: 72, Indels: 49
0.75 0.15 0.10
Matches are distributed among these distances:
168 10 0.03
169 147 0.41
170 191 0.54
171 9 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (169 bp):
GGGAGCCTCGAGCAGCATCGACACCTTGGTGGCTCGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGC
AACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTAATGGGATGTGCAGG
AGACTCGAACCGATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGT
Found at i:43611609 original size:297 final size:296
Alignment explanation
Indices: 43611041--43611695 Score: 979
Period size: 297 Copynumber: 2.2 Consensus size: 296
43611031 NNNNNNNNNN
* * * *
43611041 AGCAGCATAGGCACCTTGGTGCTGGGATATGCGGGGAGCCTCGAGCCGCATCGACACCTTGGTGG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGC-GGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGGGG
43611106 CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
65 CTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAG
* *
43611171 CAGCATCAGGACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGGGACTCGAGTACCATCGGCACCTTGGCTGGCC
130 CAGCATCAGGACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCACCTTGGCTGGCC
* *
43611236 GGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTAG
195 GGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAG
** *
43611301 TATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCG
260 TATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTCCAAGAGCCT-G
* * *
43611339 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGC
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGGGGC
* * *
43611404 TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGCATTTTCAACTTGGTGCATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGC
66 TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGC
* *
43611469 AGCATTAGGACC-TGTGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGTACCTTGGCTGGCC
131 AGCATCAGGACCTTG-GTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCACCTTGGCTGGCC
* * * *
43611533 GGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTTGGTTCTGGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCG
195 GGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAG
**** *
43611598 TATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTT
260 TATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTCCAAGAGCCTG
* * * * *
43611635 AGCAACATCGGAACCTTGGTCCTGGTATGTGCGGGATCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGG
1 AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGG
43611696 TGTCTCGAAT
Statistics
Matches: 320, Mismatches: 36, Indels: 4
0.89 0.10 0.01
Matches are distributed among these distances:
296 55 0.17
297 235 0.73
298 30 0.09
ACGTcount: A:0.17, C:0.26, G:0.35, T:0.22
Consensus pattern (296 bp):
AGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGGGGC
TCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCACCATCTTCAACTTGGTACATGGATGCGCAGTAGCCTCGAGC
AGCATCAGGACCTTGGTAATTGGATGTGCGGGAGACTCGAGCACCATCGGCACCTTGGCTGGCCG
GATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGT
ATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTCCAAGAGCCTG
Found at i:43611723 original size:212 final size:213
Alignment explanation
Indices: 43611236--43611738 Score: 581
Period size: 212 Copynumber: 2.4 Consensus size: 213
43611226 TTGGCTGGCC
* * * * *
43611236 GGATGTGCTGGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTG-CTGGGATGTGCGGGAGCCTCGAGTA
1 GGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCA
* * * ** *
43611300 GTATCGGCACCTTGGTTGTTCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGCTGGG
66 CTATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGG
*
43611365 ATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAGC
131 ATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAAC
**
43611430 ATTTTCAACTTGGTGCAT
196 ATTCGCAACTTGGTGCAT
* * * * *
43611448 GGATGCGCAGTAGCCTCGAGCAGCATTAGG-ACC-T-GTGTAATTGGATGTGCGGGAG-ACTCGA
1 GGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCA-TCGGCACCTTGGTGT-CTCGGATGTGCGGGAGCA-TCGA
* * ** * *
43611509 GCACCATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTGCTGGAGCCTGGAGCAGCATCCGCACCTTGGTTCT
63 GCACTATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCT
* * *
43611574 GGGATGTGTAGGAGCCTCGAGCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCT-TAGC
128 GGGATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGC
* *
43611638 AACA-TCGGAACCTTGGT-CCT
193 AACATTCGCAA-CTTGGTGCAT
* * * * * *
43611658 GGTATGTGCGGGATCCTCGAGCCGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGAATGCGCGGAAGCATCGAGC
1 GG-ATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGC
43611723 ACTATCGGTACCTTGG
65 ACTATCGGTACCTTGG
43611739 TGATGCTTGT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 41, Indels: 20
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
210 13 0.05
211 34 0.14
212 186 0.77
213 7 0.03
ACGTcount: A:0.17, C:0.25, G:0.35, T:0.23
Consensus pattern (213 bp):
GGATGTGCAGGAGCCTCGAGCAGCATCGGCACCTTGGTGTCTCGGATGTGCGGGAGCATCGAGCA
CTATCGGTACCTTGGCTGGCCGGATGTCCAAGAGCCTCGAGCAGCATCCGCACCTTGGTGCTGGG
ATGTGCAGGAGCCTCGACCCGTATCGGCACCTTGGGGGCTCGGATGTGTGGGAGCCTCGAGCAAC
ATTCGCAACTTGGTGCAT
Found at i:43612290 original size:42 final size:41
Alignment explanation
Indices: 43612238--43612389 Score: 182
Period size: 42 Copynumber: 3.6 Consensus size: 41
43612228 TTGGTGGCTC
* *
43612238 GGATATGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGAACCTTAGTGCTT
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGAACCTT-GTGCTA
*
43612280 GGATGTGCGGGAGCCTCG-GCCACCATCGGCAACCTTGATGCTC
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAG-CACCATCGG-AACCTTG-TGCTA
*
43612323 GGATGTGCGGGAGCCTCGACCACCATC-GACACCTTGGTGCTA
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGA-ACCTT-GTGCTA
* *
43612365 GGATGTCCGGAAGCCTCGAGCACCA
1 GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCA
43612390 AAGCTGAAGT
Statistics
Matches: 97, Mismatches: 7, Indels: 12
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
41 2 0.02
42 59 0.61
43 36 0.37
ACGTcount: A:0.20, C:0.30, G:0.32, T:0.18
Consensus pattern (41 bp):
GGATGTGCGGGAGCCTCGAGCACCATCGGAACCTTGTGCTA
Done.