Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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43 TATCTTGGAA
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* * * * * * *
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* *** ** * * *
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* * *
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* * ** * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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1 A-GATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * * ** * * *
361 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGGTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * * *
405 AGACAAGGCTTT-TTGGCTTAAATCTACTTTCCACTA-T-CTT-GGAA
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* * *
449 AGATAAGATTTACCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * * * * * * *
493 AGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTGCGCTGCTGCTCAGAG
1 AGATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * ** * * *
537 AGACAAGGCTTT-ATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
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* * *
581 AGAAAAGATTTGCCATCTTTGATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
1 AGATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
* * * * * * *
625 AGATAAGATCTACAC-TCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGG
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* *** ** * * *
669 AGACAAGGCGTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTA-T-CTT-GGAA
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* *
713 AGATAAGATTTGTCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTTCTTAGGG
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*
757 AAATAAGAT
1 AGATAAGAT
766 CTACAATCTT
Statistics
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43 30 0.07
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Consensus pattern (44 bp):
AGATAAGATTTGCCGTCTTTAATCTGCTCCACTACTGCTTAGGG
Found at i:238 original size:132 final size:132
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3 TCAGGGAAAT
* *
13 AAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCGTCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * * *
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* * * *
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* *
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275 AC
131 AC
* *
277 AAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAGGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* *
342 GCTCCAGTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGGTGCTGCTCAGAGAG
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407 AC
131 AC
* * * *
409 AAGGCTTTTTGGCTTAAATCTACTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTACCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
*
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* *
541 AAGGCTTTATGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGAAAAGATTTGCCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * * *
606 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACACTCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAG
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671 AC
131 AC
* * * * *
673 AAGGCGTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGTCGTCTTTAATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * *
738 GCTCCACTACTTCTTAGGGAAATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTACTCAGAGAG
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131 AC
* *
805 AAGGCTTTGTGGCTTAAATTTGCTTCCCACTATCTTGGAAGGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * * *
870 GCTCCAGTACTGCTTAGGGAGATAATATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGGTGCTACTCAGAGAG
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* * * *
937 GAGGCTTTTTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTACCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * * *
1002 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGGTCTGCAATCTTCAACCTTCTCTGCTGCTGCTCAAAGAG
66 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAG
1067 AC
131 AC
* * * * * *
1069 ACGACTTTGTGGCTTAAATCTGCTTTCCACTATCTTAGAAAGATAAGATTTGCTATCTTTGATCA
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* ** *
1134 GCTCCACTACTTCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCAACTCCACTGCTGCTCA-AGGA
66 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGA-GA
1198 GAC
130 GAC
* * * * *
1201 AAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGACTTGTCGTCTTCGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * * * * *
1266 GCTCCTCTACTGTTTAAGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTACTCCGCTACTGCTCAGGGAG
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1331 AC
131 AC
* *
1333 AAGGCTTGGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCGTCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
* * *
1398 GCTCCACTACTGCTTAGAGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGGTGCTGCTCAAAGAG
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1463 AC
131 AC
* * * * * *
1465 AAGGCTTTTTGGCTTAAATCTACTTTCCACTATCTTGGAATGATAAGGTTTACCATCTTTGATCT
1 AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
1530 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCT
66 GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCT
1577 GC
Statistics
Matches: 1298, Mismatches: 132, Indels: 4
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
131 1 0.00
132 1297 1.00
ACGTcount: A:0.26, C:0.24, G:0.19, T:0.32
Consensus pattern (132 bp):
AAGGCTTTGTGGCTTAAATCTGCTTCCCACTATCTTGGAAAGATAAGATTTGCCATCTTTGATCT
GCTCCACTACTGCTTAGGGAGATAAGATCTACAATCTTCAACCTTCTCCGCTGCTGCTCAGAGAG
AC
Done.