Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: scaffold_1015 ID=scaffold_1015-JGI_221_v2.0
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 898
Length: 1498
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.17, T:0.36
Found at i:1361 original size:624 final size:623
Alignment explanation
Indices: 1--1498 Score: 2525
Period size: 624 Copynumber: 2.4 Consensus size: 623
* *
1 ATATAATATATATGTTTTTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
1 ATATAATATATATATTTGTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
66 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATA-GAAAATGA
66 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAA-AGGAAAATGA
*
130 ATATTTGGTCGTGGCAACTCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAT
130 ATATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTAT
* *
195 GTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAGAGGTGCAAAAATATATTTCAGTT
195 GTGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCAGTT
* *
260 AGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAAGTAATGGACTTAAATGGTAAATGCACCAAAT
260 AGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGATAAATGCACCAAAT
**
325 GAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCATGAAATTTGATTTTTTAAGGAAAAATTGT
325 GAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCACAAAATTTGATTTTTTAAGGAAAAATTGT
* *
390 AAATTTGTAATTAAACGGAAATTAAAACAAACTCAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATT
390 AAATTTATAATTAAACGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATT
* *
455 TTCTATTTCGCAAACCGAATAACAAAGAGGAAGAAGCTTTCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATG
455 TGCTATTTCGCAAACCGAATAACAAAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATG
** *
520 ATCAGGAAACGAACCAAACGGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCT
520 ATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCT
*
585 TCATTTTTACAACTATGTTTCTCGAGGTAAATTTGTAGT
585 TCATTTTTACAACTATATTTCTCGAGGTAAATTTGTAGT
* * * **
624 ATATAATATCTATAATTGTTTCCTTATGGTTATGTATAACAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
1 ATATAATATATATATTTGTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
*
689 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAAAGGAGAATGAA
66 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAAAGGAAAATGAA
*
754 TATTTGGTCGTGGTAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATG
131 TATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATG
*
819 TGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAA-CTACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAATTAGATTTCTA-T
196 TGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATC-ACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTC-AGT
* *
882 TCGTTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGATAAATGCACCAAA
259 TAGGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGATAAATGCACCAAA
947 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCACAAAATTTGATTTTTTAAGGGAAAAATT
324 TGAACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCACAAAATTTGATTTTTTAA-GGAAAAATT
* *
1012 GTAAATTTATAATTAAATGGAAATTAAAACAATCTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
388 GTAAATTTATAATTAAACGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAA
* * * **
1077 TTTGCTATTTTGTAAACCGAATAACAGAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATTTA
453 TTTGCTATTTCGCAAACCGAATAACAAAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCA
1142 TGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTG
518 TGATCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTG
* * * *
1207 CTTCATTTTTACAGCTATATTTGTCGAGGTAAGTTTGTATT
583 CTTCATTTTTACAACTATATTTCTCGAGGTAAATTTGTAGT
1248 ATATAATATATATATTTGTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
1 ATATAATATATATATTTGTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
*
1313 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAATGGAAAATGAA
66 GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAAAGGAAAATGAA
* * *
1378 TAGTTGGTCATGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATT
131 TATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATG
* * * *
1443 TGTACAAATAATAAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGATAAAGCTGCAAAAATAGA
196 TGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGA
Statistics
Matches: 816, Mismatches: 54, Indels: 9
0.93 0.06 0.01
Matches are distributed among these distances:
622 2 0.00
623 353 0.43
624 460 0.56
625 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.10, G:0.17, T:0.36
Consensus pattern (623 bp):
ATATAATATATATATTTGTTTCCTTATGATTATGTATTTCAATTGTTAGTTAAATTATAATTAAT
GTGAAAATTTCATTGTTTGCTTGTAAATTATTAAATGTTGGAATTAAGTACAAAAGGAAAATGAA
TATTTGGTCGTGGCAAATCTTGTGGTTTCACAATTTTGAAATGAATGTAACAGATTTATATTATG
TGTACAGATAATTAATTAAGTAAAAATCACTAAATTGAAAAAGGTGCAAAAATAGATTTCAGTTA
GGTAAAGGGGTCAATTTATTATGGATTATCAAACTAATGGACTTAAATGATAAATGCACCAAATG
AACTTAGAGTGGATGGTTTTGGGTGATTAAATGCACAAAATTTGATTTTTTAAGGAAAAATTGTA
AATTTATAATTAAACGGAAATTAAAACAAACTAAAAGACAAAAATGTTATCATCTCCTCTAATTT
GCTATTTCGCAAACCGAATAACAAAGAGGAAGAAGCTTCCGGTCATGGAGTTTTTACATGCATGA
TCAACAAACGAACCAAACAGATCTAAACCGAGGAAAAGCTAATGTGTCAGATTAGTCGGCTGCTT
CATTTTTACAACTATATTTCTCGAGGTAAATTTGTAGT
Done.