Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397353.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_640.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 16028 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:6555 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 6256--7851 Score: 1176
Period size: 171 Copynumber: 9.4 Consensus size: 171
6246 CATGCCTTCA
* * * * * *
6256 AAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAACTAACTTTAAGTGGAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* * *
6321 T-TATTCTT--TTAAAATAGATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAATATGAAGAAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * ** *
6383 TCATTGGCAAGTAAAGTCCATTTATAGTCACCTGTGCCTTTG
130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
* * *
6425 AAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
6490 ACATTTTTGGCTAAAATAGATTATAAGTAAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGCCATT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * *
6555 CATTTACAAGAAAACTCCATTTATAGTGACCCAT-ACTTTCA
131 CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTT-G
* * * * *
6596 AAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * **********
6661 -TA-TTTTAGTTAAAATAGATTATAATTAATTGTCTA-CT-ATGAGAAACATGNNNNNNNNNNCA
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCA--AGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* *
6722 TTTATTGACAAGAAAAG-CCTATTTATAGTTACCCA--ATCTTTCG
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGA-CTTT-G
* * *
6765 AAAGACTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * *
6830 ACATTTTTGATTAAAACA-ATTTATAATTAAATGTCTACCT-AGAGAAACATATAAGAAAAAGCC
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGA-TTATAATTAAATGTCTACCTCA-AGAAACAT-GAAGAAAAAGCC
* * **
6893 ATTCATTGAC-AGAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCA
128 ATTCATTGACAAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
********** * ** *
6937 AAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTGGATAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA--TTTTT
** * * * ********** *
7001 TTATATTTTTCATTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTNNNNNNNNNNACATGAAGAAAGAGCCA
64 TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* ** * * *
7066 TTCATTGATAAGAAAAGTGTATTTATTGTCACCCATGCCTTTA
129 TTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
*********** * * *
7109 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTNNNNNNNNNNGTAACTGACTTTAAGTGGAATTGTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTT
** * * * ** * * *
7173 TT-CGTTTTTGTTTAAAACAGAATATAATTAAACATCTACCTCAAGAAACTTAAAGAAAAAGCTA
64 TTATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCA
* *
7237 TTCATT-AGCAA-ATAAAGTTCATTTATAGTCACTCAT-ACTTTCG
129 TTCATTGA-CAAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTT-G
* * * * *
7280 AAAGCTTTATTTCTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTTGAATTGTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* *
7345 ATATTTTTGGCTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7410 CATTTG-CAAAAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATAATTTTA
131 CA-TTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
* * **
7451 AAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTCAAATTATTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTT
* ********** * **
7516 T-TA-TTTTAGTTAAAATAGATTNNNNNNNNNNGTATACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
65 TATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCAT
* * * * *
7579 TCATTGACAAGAAAGGTCTATTTATAGTCACCCAAGGCTTCG
130 TCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
********** * * * **
7621 AAAGCCTTATNNNNNNNNNNAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAACCTTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * * ** **
7686 ACATTTTTGGTT-AAACAGAATATAATTAAATGTCTACCTTGAG-AACGCGAAGAAAAAGCCATT
66 ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
* * * * *
7749 CATAGA-AAGGAAAAGTCCATTTGTAGTCACCTATGGCTTCG
131 CATTGACAA-GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
* * *
7790 AAAGCCTAATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTT
1 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
7852 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1086, Mismatches: 302, Indels: 79
0.74 0.21 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 17 0.02
169 287 0.26
170 151 0.14
171 418 0.38
172 163 0.15
173 48 0.04
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
ATATTTTTGGTTAAAATAGATTATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATT
CATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGACTTTG
Found at i:6777 original size:169 final size:161
Alignment explanation
Indices: 6551--6879 Score: 337
Period size: 169 Copynumber: 2.0 Consensus size: 161
6541 AAGAAAAAGC
* *
6551 CATTCATTTACAAGAAAACTCCATTTATAGTGACCCATACTTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTT
1 CATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTGACCCATACTTTCAAAAGACTTATTACCCACTTT
* * * * * *
6616 AAATGGTTTTCTGATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTT-TATTTTAG-TTAAAATAGA
66 AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACA-A
*
6679 -TTATAATTAATTGTCTA-CTATGAGAAACATG
130 TTTATAATTAAATGTCTACCTA-GAGAAACATG
* * * *
6710 NNNNNNNNNNCATTTATTGACAAGAAAAGC-CTATTTATAGTTACCCA-ATCTTTCGAAAGACTT
1 ----------CATTCATTGACAAGAAAA-CTCCATTTATAGTGACCCATA-CTTTCAAAAGACTT
* * * *
6773 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATGATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
54 ATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTA
6838 GATTAAAACAATTTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACAT
119 GATTAAAACAATTTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACAT
6880 ATAAGAAAAA
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 17, Indels: 10
0.84 0.10 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.01
169 93 0.68
170 8 0.06
171 32 0.23
172 3 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.09, T:0.40
Consensus pattern (161 bp):
CATTCATTGACAAGAAAACTCCATTTATAGTGACCCATACTTTCAAAAGACTTATTACCCACTTT
AAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTAGATTAAAACAAT
TTATAATTAAATGTCTACCTAGAGAAACATG
Found at i:20223 original size:22 final size:22
Alignment explanation
Indices: 20198--20244 Score: 94
Period size: 22 Copynumber: 2.1 Consensus size: 22
20188 TTTCAATTTT
20198 TTATAATTTTTATTAAAATAGA
1 TTATAATTTTTATTAAAATAGA
20220 TTATAATTTTTATTAAAATAGA
1 TTATAATTTTTATTAAAATAGA
20242 TTA
1 TTA
20245 AAAAGATATC
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
22 25 1.00
ACGTcount: A:0.45, C:0.00, G:0.04, T:0.51
Consensus pattern (22 bp):
TTATAATTTTTATTAAAATAGA
Found at i:20819 original size:340 final size:323
Alignment explanation
Indices: 20334--20988 Score: 577
Period size: 340 Copynumber: 2.0 Consensus size: 323
20324 TTTTGATCTC
* * * ** *
20334 ATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTTTTAAAACATATTATAATTGTATGTTGAC
1 ATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCGAC
* * * * *
20399 CTCGAGAAACGTGAAGAAAGAGCCATTCAATGGTAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACACATACAT
66 CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAAAAAAAGCCTATTTAAAGTCACACATACAT
*
20464 TCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGT
131 TCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGT
** * * * * *
20529 TTCGTATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATATCTGCCTCAAGAAACCTA-AGAAAAAGCC
196 TTCACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATATCTGCCGCAAGAAACCTAGAGAAAAAGAC
* * *
20593 TTTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTG
261 TTTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTG
*
20656 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATT-GATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-TTGGTTAAAAC
1 -------------------ATAATTAG-TTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATT-GTTAAAAC
* *
20718 AGATTATAATTAAATGTCGACCTTGAGAAACATG-AGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGT
45 AGATTATAATTAAATGTCGACCTCGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCAATGGCAAAAAAAG-
* * * * * * * *
20782 CC-ATTTAAAGTTAC-CTATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTT
108 CCTATTTAAAGTCACAC-ATACATTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTC
********** * * * *
20845 ATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTGC
172 ATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTCACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATATCTGC
* * * * *
20910 CGCAAGAAACCTAGAGAAAGAGATTTTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCCGCACCT
237 CGCAAGAAACCTAGAGAAAAAGACTTTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCT
20975 TCAAAAGCCTTATT
302 TCAAAAGCCTTATT
20989 TTTTGCTATA
Statistics
Matches: 256, Mismatches: 52, Indels: 12
0.80 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 5 0.02
340 178 0.70
341 73 0.29
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (323 bp):
ATAATTAGTTTTAAGTTGAACTTTTTTACATTTATTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCGAC
CTCGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCAATGGCAAAAAAAGCCTATTTAAAGTCACACATACAT
TCAAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGT
TTCACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATATCTGCCGCAAGAAACCTAGAGAAAAAGAC
TTTCATTGATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTG
Found at i:21040 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 20329--21203 Score: 479
Period size: 171 Copynumber: 5.1 Consensus size: 169
20319 NNNNNTTTTG
* * * * **
20329 ATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTGAACTTTTTTATATTTATTTTTAAAACATATTATAATTGTAT
1 ATCTCATAATTGA-TTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-TTGTTAAAACAGATTATAATTAAAT
* * * * * * * *
20393 GT-TGACCTCGAGAAACGTGA-AGAAAGAGCCATTCAATGGTAAGAAAAG-CCTATTTATAGTCA
63 GTCTG-CCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCC-ATTTAAAGTCA
* * * * * * *
20455 CACATACATTCGAAAGCCTTATTACCCACTTTAAATGATTTTATA
125 CCCACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
* * * *** * * * *
20500 ACCTCATAATTGATTTTAAATTGAATTGTTTCGTATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATA
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * * * ** * * *
20565 TCTGCCTCAAGAAACCTAAG-AAAAAGCCTTTCATTGATAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTA
64 TCTGCCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCA
* ***************
20629 CGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTGNNNNNNNNNNNNNN
129 CACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
*****
20670 NNNNNATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATGT
** * * *
20735 C-GACCTTGAGAAACATGAGAAAAAAGCCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTTACCTA
65 CTG-CCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCA
** * *
20799 TGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
129 CACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
* ********** *
20840 ATCTTATNNNNNNNNNNAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATAATAATTAAATG
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATTATAATTAAATG
* * * ** * * *
20905 TCTGCCGCAAGAAACCT-AGAGAAAGAGATTTTCATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCACCC
64 TCTGCCTCAAGAAACATGAGA-AAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCC
* ** *
20969 GCACCTTCAAAAGCCTTATTTTTTGCTATAAATGATTTTATA
128 ACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
* *
21011 ATCTCATAATTGATTTTAATTTCAATTTTTTTGA-ATTTTTGATTAAACCAGATTATAATTAAAT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTT-ACATTTTTG-TTAAAACAGATTATAATTAAAT
* ********** * * * *
21075 GTCTACCTCAAGAAACNNNNNNNNNNAGCCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATTTATACTCACCC
63 GTCTGCCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCC
** * * * *
21140 ATGCCTTCAAAAGCGTTATTACCCGCTTTAAATGGTTTTATA
128 ACACCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
**
21182 ATCTCATAATCAATTTTAAGTT
1 ATCTCATAATTGATTTTAAGTT
21204 TTATTNNNNN
Statistics
Matches: 525, Mismatches: 166, Indels: 26
0.73 0.23 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 48 0.09
170 147 0.28
171 324 0.62
172 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTC
TGCCTCAAGAAACATGAGAAAAAAGACATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTAAAGTCACCCACA
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGATTTTATA
Found at i:21681 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 21309--21722 Score: 458
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
21299 NNNNNNNNNN
* * ** **
21309 TAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAATGTCCTTTTCTT
1 TAAAACCATTTATAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* * * *
21374 ACCAATGAAAGGATTTTTCTTTAGCTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATTATCTGTTTTCACTA
66 ACCAATCAAAGGATTTTTCTTTAGCTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
* **
21439 AAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTA
131 AAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*********
21480 TAAAACCATTTA-ANNNNNNNNNNAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCT
1 TAAAACCATTTATA-GCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC-
* * * * ** * * *
21543 TTGCCGATCAATGGCTTTTTCCTCTT-G-TTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTA
64 TTACCAATCAAAGGATTTTT-CT-TTAGCTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTA
* *
21606 ACCAAAAATTAAAAAAAAATTGAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
127 ACCAAAAA-TAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
21652 TAAAACCATTTATAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
1 TAAAACCATTTATAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
21717 ACCAAT
66 ACCAAT
21723 GAANNNNNNN
Statistics
Matches: 194, Mismatches: 42, Indels: 13
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 5 0.03
171 94 0.48
172 88 0.45
173 7 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTATAGCAAGAAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
ACCAATCAAAGGATTTTTCTTTAGCTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCA
AAAATAAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
Found at i:22804 original size:172 final size:161
Alignment explanation
Indices: 22313--23334 Score: 579
Period size: 171 Copynumber: 6.0 Consensus size: 161
22303 AAAACCATTT
* * * *
22313 AAAGTGGGTAATAAGGCTTTTGAACGTATGGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCATTTAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * *
22378 GCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAAGTAAAAATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTGTAAAA
65 GCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* *
22443 AAATTCAAATTAAAATCAATTATCAGATTATA
130 AAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * *
22475 AAANNNNNNNNNNTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGATGACTATAAATATGCTTTTCTTGC
1 AAA---------GTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGG-TGACTATAAATAGGCTTTTCTTGC
* * * * * *
22540 AAATGAATGGCTCATTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTACCCAAA
56 CAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
* * * * *
22605 AATGTAAAACAATTCTACATGAAATCAATTATGAGATTATA
121 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
* * * * * *
22646 AANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGTTTAGGTGACAATAAAT-GAACTTCTTTTT
1 AA---------AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATAG-GCTT-TTCTT
* * *
22710 GCCAATGAATGGCT-TTTTTCTCATGTTTTTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC
54 GCCAATGAATGGCTCTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC
** *
22774 AAAAATACAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAA
118 AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT---A
* * * * *
22821 CCATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGGTGTGGGTGACTATAAAT-GGACATTTCTTACCA
1 --A---A-AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCA
* * * *** * * * * *
22885 ATGAAAT-GCTTTTTCCTAATGTTTCTTTGGGCAGACATTTAACTATTATATGTTTTAATCAAAA
58 ATG-AATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
* * * * *
22949 ATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGTTTATA
122 ATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
** * * * * * * *
22989 AAA-CCATTTA-AAGCGAGTNNNNNNNNNNTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTT
1 AAAGTGAGTAATAAG-G-CT---------TTTGAAGGTAT-GGTGACTATAAATAGGC--TTTTC
* * * * ** *
23052 TTCCCAATCAATGGCT-TTTTTCTCATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAA
52 TTGCCAATGAATGGCTCTTTCT-TCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAA
* * *
23116 CTAAAAATGT-AAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
116 CCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTAT--A
* * *
23163 ACAATTTGTAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGT-GGGTTACTATAAAT-GGACTTTTCTTAC
1 A-AA---GT---GAGTAATAAGGCTTTTG--AAGGTATGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGC
* * * * * * * * * ** *
23226 CAATGAAAGGATTTTTCTTCAAGTTTCTCAGGGTAAACAATCAATTATTATCTGTTCGAACAAAA
56 CAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAA
*
23291 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
121 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
23332 AAA
1 AAA
23335 CCNNNNNNNN
Statistics
Matches: 654, Mismatches: 140, Indels: 126
0.71 0.15 0.14
Matches are distributed among these distances:
160 3 0.00
161 5 0.01
162 6 0.01
163 1 0.00
166 1 0.00
168 3 0.00
169 2 0.00
170 57 0.09
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175 3 0.00
177 1 0.00
180 1 0.00
181 1 0.00
182 4 0.01
183 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (161 bp):
AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTATGGTGACTATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGG
CTCTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA
AATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATA
Found at i:23023 original size:343 final size:333
Alignment explanation
Indices: 22672--23336 Score: 811
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 333
22662 GTAATAAGGC
** * * *
22672 GTTTGAAGGTTTAGGTGACAATAAAT-GAAC-TTCTTTTTGCCAATGAATGGCTTTTTTCTCATG
1 GTTTGAAGGCATAGGTGACAATAAATAG-ACTTTCTTTTTCCCAATCAATGGCTTTTTTCTCATA
22735 TTT-TTCGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAATCAACTTAA
65 TTTCTT-GAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAA-CAACTTAA
* * *
22799 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGGTTTTG-AAGGTGTGGGTGAC
128 AATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAG-GTGGGTGAC
* * ** * * *
22863 TATAAATGGACATTTCTTACCAATGAAATGCTTTTTCCT-AATGTTTCTTTGGGCAGACATTTAA
192 TATAAATGGACATTTCTTACCAATGAAAGGATTTTTCCTCAA-GTTTCTCAGGGCAAACAATCAA
** * * * *
22927 CTATTATATGTTTTAATC-AAAAATGTAAAACAATTCAATTTAAAATCGATTATGAGTTTATAAA
256 CTATTATATGTTCGAA-CAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
22991 ACCATTTAAAGCGA
320 ACCATTTAAAGCGA
* * *
23005 GTNNNNNNNNNNTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTTCCCAATCAATGGCTTT
1 GT----------TTGAAGGCATAGGTGACAATAAATAGACTTTCTTTTTCCCAATCAATGGCTTT
* * ** *
23070 TTTCTCATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTTTTTTAACTAAAAATGTAAAAAATAC
56 TTTCTCATATTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAAC
* *
23135 AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTGTAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGTG
121 AACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACAATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGTG
* * * *
23200 GGTTACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAAGGATTTTTCTTCAAGTTTCTCAGGGTAAACA
186 GGTGACTATAAATGGACATTTCTTACCAATGAAAGGATTTTTCCTCAAGTTTCTCAGGGCAAACA
* *
23265 ATCAATTATTATCTGTTCGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
251 ATCAACTATTATATGTTCGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
23330 TAAAACC
316 TAAAACC
23337 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 37, Indels: 22
0.83 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
333 2 0.01
342 1 0.00
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344 82 0.29
345 2 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (333 bp):
GTTTGAAGGCATAGGTGACAATAAATAGACTTTCTTTTTCCCAATCAATGGCTTTTTTCTCATAT
TTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATACAAAAAAAACAACTTAAAAT
CAATTATAAGATTATAAAACAATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAAGGTGGGTGACTATA
AATGGACATTTCTTACCAATGAAAGGATTTTTCCTCAAGTTTCTCAGGGCAAACAATCAACTATT
ATATGTTCGAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGCGA
Found at i:26639 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 26256--28063 Score: 1670
Period size: 171 Copynumber: 10.6 Consensus size: 170
26246 NNNNNNNNNN
* *
26256 AAAGTCTATTTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGG-TTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-TGGTTTTATAA
* * *
26320 TCTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAATAGATAATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* * *** * *
26384 CTGCCCCAAGAAATC-TAAAGAAAAAGTTTTTCATTGGTAACA
129 CTACCCCAAGAAA-CATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * *
26426 AAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTATAAATTGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
26491 ATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTCAAGCAGATTATAATTAAATGTC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * *
26556 TACCCCAAGAAACATG-AGAAAAAAGTCATTCATCGACAAAA
130 TACCCCAAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
26597 AAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * **
26662 CTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATACC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
*** * * *
26727 TACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAGTGGCAAGA
130 TACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * * * * *
26768 AAAG-CCTATTCCTAGTCACACATGCGTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTCAATGGTTTTATAA
1 AAAGTCC-ATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
* * * * *
26832 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* * * *
26897 CTACCCCAAGAAACCTGAAGAAAATGCCTTTCATTGGTAAGA
129 CTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * ** ** ** *
26939 AAAGTCCATGTATAATCATCCACGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCCATAAATAATTTTCTAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * *
27004 CTCATAATTGATTTGAAGTTGAA-TTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
* * *
27067 ACCTCAAGAAACATG-AGAAAACAGCCATTC-TTCGACAAAA
131 ACCCCAAGAAACATGAAGAAAA-AGCCATTCATT-GGCAAGA
* * *
27107 AAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * *
27172 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATAATAATTGAATGC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTT-GAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* * * *
27237 CTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGA
129 CTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * *
27279 AAAGTCCATTTGTAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
** * * * **
27344 -TCATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATAATAATTGAACATC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
* * * *
27408 TACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGA
130 TACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
** * * * * **
27449 AAAGTATATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTAAGTACTCGCTTTAAATCATTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
* * * * * * * *
27514 CTGATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAAT-CC
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTC
**** * * * * *
27578 TTACATTGACAAATATGAAGAAAGAGCCATTTAATGGCAAGA
130 -TACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * * * ** * * *
27620 AAAG-CCTATTCATA-ACAACGCATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATA
1 AAAGTCC-ATTTATAGTC-ACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
* * * * * * * *
27683 ACCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTTTATTAAAACAGACATTAATTGAAT
64 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAAT
* ** * * *
27748 GTTTGTCCCAAGAAACCTGAAG-AAAAGCCTTTCATTGGTAAGA
127 GTCTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
* * *
27791 AAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTC-ATTATAAATGATTTTATAA
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAA
* * * *
27855 TCTCATAATTGATTTTAAGTT--TTTTTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAGATGT
65 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAGATAATAATTAAATGT
* ** * * * * *
27918 CTGCCCTGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGA
129 CTACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
********** * * *
27960 AAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
*
28025 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTT
66 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTT
28064 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1312, Mismatches: 294, Indels: 62
0.79 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 13 0.01
168 152 0.12
169 107 0.08
170 229 0.17
171 637 0.49
172 166 0.13
173 8 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAGATAATAATTAAATGTCT
ACCCCAAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGA
Found at i:27691 original size:681 final size:674
Alignment explanation
Indices: 26275--28063 Score: 1869
Period size: 681 Copynumber: 2.6 Consensus size: 674
26265 TTATAGTAAC
** * * *
26275 CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGT
1 CCATGCCTTCAAAAGAATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * *
26340 TGAATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAATAGATAATAATTGAATGTCTGCCCCAAGAAATCTAAAG
66 TGAA-TTTTTTACTTTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCCAAGAAA-CT-GAG
** * *
26404 AAAAAGTTTTTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCGAAAGCCTTATTAC
126 AAAAAGCCTTTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTAC
* * * * * *
26469 TGGCTATAAATTGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTAATTC
191 TCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTA-TTTTTT-GTTA
* * * * * * * * ** *
26534 AAGCAGATTATAATTAAATGTCTACCCCAAGAAACATG-AGAAAAAAGTCATTCATCGACAAAAA
252 AAACAAATAATAATT-AATGTCTACCCTAAGAAACCTGAAG-AAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAA
* * * *
26598 AAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCCTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTCATAATC
315 AAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAATC
* * * *
26663 TCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATACCT
380 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTAAACACCT
* * * * * * *
26728 ACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAGTGGCAAGAAAAGCCTATTCCTAGTCACACATGC
445 ACCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCATATTCATAGTCACACATCC
* * * * ** *
26793 GTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
510 CTTCAAAAGCCTAAGTACCCACTTTAAATCATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATT
* * * * * *
26858 GTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCCCAAGAAACCTGAAGAAAATG
575 GTTTCACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAATCTCTACACCAACAAACATGAAGAAAATG
* * *
26923 CCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAATCAT
640 CCTTTCAATGGCAAGAAAAGTCCATGTATAATCAA
* ** ** * * *
26958 CCACGCCTTCAAAAGTTTTATTACTCGCCATAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTGAAGT
1 CCATGCCTTCAAAAGAATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
*
27023 TGAATTTTTTA-TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAA
66 TGAATTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACC-CAAGAAAC-TGAGAAA
* ** * * *
27087 ACAGCCATTC-TTCGACAAAAAAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACT
129 A-AGCCTTTCATT-GGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACT
*
27151 CGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATCGATTTTAAGTTAAAATGTTTTTATATTTTTTGTTA
192 CGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT--AAT-TTTTT-TATTTTTTGTTA
* *
27216 AAACATATAATAATTGAATGCCTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAA
252 AAACAAATAATAATT-AATGTCTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAA
* * * *
27281 AGTCCATTTGTAGTCACTCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAT-T
316 AGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAATCT
** * * * *
27345 CATAATTGATTTTAAGTAAAATTTTTTTACATTTTTGGTCAAAATAGATAATAATTGAACATCTA
381 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTAAACACCTA
* * * * * *
27410 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTTGCAAGAAAAGTATATTTATAGTTACCCATCCC
446 CCTCGAGAAACATGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCATATTCATAGTCACACATCCC
* * * * * *
27475 TTCAAAAGCCTAAGTACTCGCTTTAAATCATTTTATAATCTGATTATTGATTTTAACTTGAATTT
511 TTCAAAAGCCTAAGTACCCACTTTAAATCATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTG
* * * * * *** *
27540 TTTTATATTTTTTATTAAAACATATTATAATTAAATC-CTTACATTGACAAATATGAAGAAAGA-
576 TTTCACATTTTTGATTAAAACAAATAATAATTAAATCTC-TACACCAACAAACATGAAGAAA-AT
27603 GCCATTT-AATGGCAAGAAAAG-CCTAT-TCATAA-CAA
639 GCC-TTTCAATGGCAAGAAAAGTCC-ATGT-ATAATCAA
* * * * *
27638 CGCATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTTATTTTAAG
1 C-CATGCCTTCAAAAGAATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
27703 TTGAATTGTTTCACATTTTTTTATTAAAACAGACATTAATTGAATGTTTGTCCCAAGAAACCTGA
65 TTGAATT-TTTTAC--TTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCT-ACCCAAGAAA-CTGA
*
27768 -AGAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATT
125 GA-AAAAGCCTTTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATT
* * *
27832 ACTC-ATTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-TTTTTTTTGCATTTTTAGT
189 ACTCGCTT-TAAATG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTT--ATTTTTTGT
* * * *
27895 TAAAACAAATAATAATTAGATGTCTGCCCTGAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTAGTAAGA
250 TAAAACAAATAATAATTA-ATGTCTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGA
********** *
27960 AAAGTCCATTTANNNNNNNNNNTGCTTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAAT
314 AAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAAT
*
28025 CTCATTATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTTACATTTTT
379 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTT
28064 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 913, Mismatches: 162, Indels: 62
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
679 1 0.00
680 27 0.03
681 517 0.57
682 146 0.16
683 86 0.09
684 89 0.10
685 44 0.05
686 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (674 bp):
CCATGCCTTCAAAAGAATTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTACTTTTTTATTAAAACAGATAATAATTGAATGTCTACCCAAGAAACTGAGAAAAA
GCCTTTCATTGGTAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTATTTTTTGTTAAAACAAATA
ATAATTAATGTCTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA
TAGTCACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTATAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTCAAAACAGATAATAATTAAACACCTACCTCGAGAAA
CATGAAGAAAAACCCATTCAGTGGCAAGAAAAGCATATTCATAGTCACACATCCCTTCAAAAGCC
TAAGTACCCACTTTAAATCATTTTATAACCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTGTTTCACATTT
TTGATTAAAACAAATAATAATTAAATCTCTACACCAACAAACATGAAGAAAATGCCTTTCAATGG
CAAGAAAAGTCCATGTATAATCAA
Found at i:27780 original size:852 final size:851
Alignment explanation
Indices: 26256--27919 Score: 2304
Period size: 852 Copynumber: 2.0 Consensus size: 851
26246 NNNNNNNNNN
* * * *
26256 AAAGTCTATTTATAGTAACCCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATTGGTTTATAAT
1 AAAGTCCATTAATAGTAACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTATAAT
* * * *
26321 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAATAGATAATAATTGAATGTCT
66 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATAATAATTGAATGCCT
* * **
26386 GCCCCAAGAAATCTAAAGAAAAAGTTTTTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGC
131 ACCCCAAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGC
* * * **
26451 CTTCGAAAGCCTTATTACTGGCTATAAATTGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTTGAATT
196 CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTAAAATT
* * * * ** *
26516 TTTTTACTTTTTTAATTCAAGCAGATTATAATTAAATGTCTACCCCAAGAAACATGAGAAAAAAG
261 TTTTTACATTTTTAAGTCAAACAGATAATAATTAAACATCTACCCCAAGAAACATGAGAAAAAAC
* * * * * * *
26581 TCATTCATCGACAAAAAAAGTCCATTCATAGTCACCCATGCCTTCAAACGCCTTATTACTTGCTT
326 CCATTCATCGACAAAAAAAGTACATTCATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTAAGTACTCGCTT
**
26646 TAAATGGTTTCATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
391 TAAATCATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * *
26711 ATTATAATTAAATACCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAGTGGCAAGAAAAGCCTA
456 ATTATAATTAAATACCTACATTGACAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAATGGCAAGAAAAGCCTA
* * ** * *
26776 TTCCTAGTCACACATGCGTTCAAAAGCCTTATTACCCACTTTCAATGGTTTTATAACCTCATAAT
521 TTCATAGACACACATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
* *
26841 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAACAAATAATAATTGAATGTCTACCCCAA
586 TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCCCAA
*
26906 GAAACCTGAAGAAAATGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAATCATCCACGCCTTCAAA
651 GAAACCTGAAGAAAATGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAATCACCCACGCCTTCAAA
** * *
26971 AGTTTTATTACTCGCCATAAATAATTTTCTAATCTCATAATTGATTTGAAGTTGAATTTTTT-AT
716 AGCCTTATTACTCACCATAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTT-AATTTTTTCA-
*
27035 TTTTTA-TTAAAACAGATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAACAGCCATTCTT
779 TTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAACAGCCATTCTT
27099 CGACAAAA
844 CGACAAAA
* *
27107 AAAGTCCATTAATAGTCACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAAT
1 AAAGTCCATTAATAGTAACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTATAAT
* * *
27172 CTCATAATCGATTTTAAGTTAAAATGTTTTTATATTTTTTGTTAAAACATATAATAATTGAATGC
66 CTCATAATCGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTAGTT-AAACAGATAATAATTGAATGC
* * * * *
27237 CTACCCTAAGAAACCTGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCACTCAC
129 CTACCCCAAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
*
27302 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAAT-TCATAATTGATTTTAAGTAAAA
194 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTAAAA
* * * * *
27366 TTTTTTTACATTTTT-GGTCAAAATAGATAATAATTGAACATCTACCTCGAGAAACATGA-AGAA
259 TTTTTTTACATTTTTAAGTC-AAACAGATAATAATTAAACATCTACCCCAAGAAACATGAGA-AA
* * * * *
27429 AAACCCATTCATTTG-CAAGAAAAGTATATTTATAGTTACCCATCCCTTCAAAAGCCTAAGTACT
322 AAACCCATTCA-TCGACAAAAAAAGTACATTCATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTAAGTACT
* * * *
27493 CGCTTTAAATCATTTTATAATCTGATTATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTATATTTTTTA-TTA
386 CGCTTTAAATCATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACA-TTTTTAGTTA
* *
27557 AAACATATTATAATTAAAT-CCTTACATTGACAAATATGAAGAAAGAGCCATTTAATGGCAAGAA
450 AAACAGATTATAATTAAATACC-TACATTGACAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAATGGCAAGAA
*
27621 AAGCCTATTCATA-ACAACGCATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAAC
514 AAGCCTATTCATAGAC-ACACATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAAC
* * * *
27685 CTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTTTATTAAAACAGACATTAATTGAATGT
578 CTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACA-TTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGT
* ** * *
27750 TTGTCCCAAGAAACCTGAAGAAAA-GCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCAC
642 CTACCCCAAGAAACCTGAAGAAAATGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAATCACCCAC
** * * **
27814 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTATAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTTTT
707 GCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCATAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAAT
*
27879 TTTTTGCATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAGATGTCT
772 TTTTT-CATTTTTAGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCT
27920 GCCCTGAGAA
Statistics
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0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
851 91 0.13
852 423 0.60
853 193 0.27
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (851 bp):
AAAGTCCATTAATAGTAACCCATGCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGGTTTATAAT
CTCATAATCGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTAGTTAAACAGATAATAATTGAATGCCT
ACCCCAAGAAACCTAAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCACGC
CTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTATAAATGGTTTTATAATATCATAATTGACTTTAAGTAAAATT
TTTTTACATTTTTAAGTCAAACAGATAATAATTAAACATCTACCCCAAGAAACATGAGAAAAAAC
CCATTCATCGACAAAAAAAGTACATTCATAGTCACCCATCCCTTCAAAAGCCTAAGTACTCGCTT
TAAATCATTTCATAATCTCATAATTGATTTTAACTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
ATTATAATTAAATACCTACATTGACAAACATGAAGAAAGAGCCATTTAATGGCAAGAAAAGCCTA
TTCATAGACACACATGCGTTCAAAAGAATTATTACCCACTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAAT
TGATTTTAAGTTGAATTGTTTCACATTTTTGATTAAAACAAACAATAATTGAATGTCTACCCCAA
GAAACCTGAAGAAAATGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATGTATAATCACCCACGCCTTCAAA
AGCCTTATTACTCACCATAAATAATTTTATAATCTCATAATTGATTTGAAGTTAATTTTTTCATT
TTTAGTTAAAACAAATAATAATTAAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGAAAACAGCCATTCTTCG
ACAAAA
Found at i:29001 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 28508--29267 Score: 547
Period size: 171 Copynumber: 4.5 Consensus size: 170
28498 NNNNNNNNNN
* * * * * * * * *
28508 TGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGGTTATAATTAAATATCTACTTTG
1 TGATTTTGAGTTAA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTAC-CTG
* * * * *
28573 AGAAACATTAAGAAAAAGCCATTCGTTGGTAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCATGCCTTCAA
64 AGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAA
********** *
28638 AAGCCTTNNNNNNNNNNTTAAATGGTTTTGTAATCTCATAAT
129 AAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * ** * *
28680 TGA-TTTGAAGTTGAATTTTTGTCTATTTTTTATTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
1 TGATTTTG-AGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTGA
* * * * *
28744 GGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGACAAGAAAAGTCTATTTACAGTCACTCATGCCTTCG
65 -GAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCA
********** *
28808 AAAGCCNNNNNNNNNNCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAGAAT
128 AAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
**
28851 CAATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTCGA
1 TGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCT-GA
* * * * *
28916 TAAACATGAAGAAAAAGCCTTTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACACACGTCTTCAAA
65 GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAA
* *
28981 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGAG-TTTATAATCTCTTAAT
130 AGCCTTATTACTCACTTTAAATG-GTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * * *
29022 TGATTTTAATTTGAATTTTTTTTTACATTTTT-GCTAAAATCAGATAATAATTAAATGCCTGCCT
1 TGATTTTGAGTT-AA-ATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAAT-AGATAATAATTGAATGTCTACCT
* ** * * * * * *
29086 AAGGAAATGTGAAGGAAAAGCCAATCATGGGCAAGAAAAGTCTA-TT-TA-T-A-T---GCTTTT
63 GA-GAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTC
* * *
29143 GAAAGTCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-CTTCATCAT
127 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATC-TCATAAT
* * * * * *
29187 TGATTTTGAGTTGAGTTTTTTCTCTTTTTTTTTGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTTTACCTT
1 TGATTTTGAGTTAAATTTTTT-T-ATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACC-T
29252 GAGAAACATGAAGAAA
63 GAGAAACATGAAGAAA
29268 NNNNNNNNNN
Statistics
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0.76 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
163 6 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGATTTTGAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAGATAATAATTGAATGTCTACCTGAG
AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCACGCCTTCAAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
Found at i:30687 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 30397--31616 Score: 1054
Period size: 171 Copynumber: 7.1 Consensus size: 169
30387 NNNNNNNNNN
* * * *
30397 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATA-GACTTTT-TTTACCGAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATAGGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTT-CCAAT
* * *
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63 GAATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AA
** * *
30524 CCAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCA
126 TTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
30568 TTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCGTAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCCAATGA
* * * * * *
30633 GAT-GTTTTTTCTTTAGGTTTCTT-AGGGCAGATATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATG
65 -ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-GGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-
* * * * * *
30696 TGAAACAATTCAACTTAAAATCACTTATGAGGTTATAAAATCA
127 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
30739 TTTAAAGTGGGTTATAAGGCTTTTGAATGCAT-GAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCACT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATAG-GTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTTCCAAT
* * * * * *
30802 AAATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT-GAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAT
63 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAG-ATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
* ** **
30866 ATAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATCTGATTATAAAATGA
127 -TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * *
30910 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGCCCTTA-GTGACTATAAATATG-CTTTCCTTGCAAAT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAG--CATAGGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTTCCAAT
* * * * *
30973 GAATGGCTCTTTCTTTATGTTT-TTCGTGGTAG-TCATTTAATTATTATCTATTTTAACCAAAAA
63 GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTT-GAGGTAGAT-ATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA
* * *
31036 TGTAAAAACAATTCT-ACTGAAAAACAGTTATGAGATTATAAAACCA
126 T-TAAAAA-AATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
********** * * * * * *
31082 TTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTGCTTGCCAATGA
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT-TAAAGCATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCCAATGA
* * * *
31147 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATTTATTTTAACCAACAA-TAA
65 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAA
* * * * * *
31211 AAAAAATCAACTTGAAGTCAGTTATGCGATTATAAAACCA
130 AAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * *
31251 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTAT-CAATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAA-GCATAGGTGACTATAAAAGGAC-TTTTCTTTCCAATG
* * * * *
31315 AATAGTTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACGATAAATGT
64 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-T
* * * *
31380 AAAAAAAATTCAACTTAGAATCAATTATGAGGTTATAAAACTA
128 -AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* * * * * * **
31423 TTTAAAGCGAGCAGTAAGACTTTTGAAGGCA-GGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTTGCTGATG
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGCATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTT-CCAATG
* * *
31486 AATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGATAGATATTTAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATA
64 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-
* *
31550 TAAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATCAAACCA
127 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
* *
31593 TTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTTT
1 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT
31617 GAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 839, Mismatches: 176, Indels: 69
0.77 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
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173 8 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGCATAGGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTTCCAATGAA
TGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGATATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATTAAA
AAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
Found at i:31029 original size:342 final size:336
Alignment explanation
Indices: 30397--31616 Score: 1223
Period size: 342 Copynumber: 3.6 Consensus size: 336
30387 NNNNNNNNNN
* * * * * *
30397 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTTACTATAAATAGACTTTTTTTACCGATGA
1 TTTAAAGCGAG-CATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGA
* * * *
30462 ATGGCTTTTT-TCTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAATAA-C
64 ATGGCTTTTTCT-TCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAA-AATA
* * * * *
30525 CAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTT
127 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
30590 TTCAAAGCGTAGGTGACTATAAA-AGGACTTTTCTTTCCAATGAGATGTTTTTTCTTTAGGTTTC
192 TT-AAAGCATAGGTGACTATAAATAGGACTTTTC-TT-CAATGA-ATGTTTTTTCTTTATGTTTC
* * *
30654 TTAGGGCAGAT-ATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGT-GAAACAATTCAACTTAAAAT
253 TT-GGGTAG-TCATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAAT
*
30717 CACTTATGAGGTTATAAAATCA
316 CAATTATGAGGTTATAAAA-CA
* * * * *
30739 TTTAAAGTGGGTTATAAGGCTTTTGAATGCATGAGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCACTA
1 TTTAAAGCGAG-CATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCA-TG
* * *
30803 AATGGCTCTTTCTTCATGTTTCTTAAGGT-GAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATA
63 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAG-ACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATA
* * **
30867 TAAAAAAATTTAAGTTAAAATCAATTATCTGATTATAAAATGATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
127 TAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* * * * * *
30932 TTGAAGCCCTTA-GTGACTATAAATATG-CTTTCCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTTATGTTT
192 TTAAAG--CATAGGTGACTATAAATAGGACTTTTCTT-C-AATGAAT-GTTTTTTCTTTATGTTT
* * *
30995 -TTCGTGGTAGTCATTTAATTATTATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCTACTGAAAA
252 CTT-G-GGTAGTCATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAA
* * *
31059 ACAGTTATGAGATTATAAAACCA
315 TCAATTATGAGGTTATAAAA-CA
********* * * *
31082 TTTAAAGCGNNNNNNNNNNCTTTCGAAGGCAT-AGGTGACTATAAATGGACCTTGCTTGCCAATG
1 TTTAAAGCG-AGCATAAGGCTTTTGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATG
* * * *
31146 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATTTATTTTAACCAACAATA-
63 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * *
31210 AAAAAAA-TCAACTTGAAGTCAGTTATGC-GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
128 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTAT-CAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
* *
31273 TTAAAGGCATAGGTGACTGTAAAT-GGACTTTTTCTATCAATGAATAGTTTTTTCTTCATGTTTC
192 TTAAA-GCATAGGTGACTATAAATAGGAC-TTTTCT-TCAATGAAT-GTTTTTTCTTTATGTTTC
* * * * * *
31337 TTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACGATAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAGAATC
253 TTG-GGTAGTCATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATC
31402 AATTATGAGGTTATAAAACTA
317 AATTATGAGGTTATAAAAC-A
* * * *
31423 TTTAAAGCGAGCAGTAAGACTTTTGAAGGCA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTGATGA
1 TTTAAAGCGAGCA-TAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CATGA
* * * *
31487 ATGGCTTTTTCTTCATGTTT-TCTGAGATAGATATTTAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATAT
64 ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-TGAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATAT
* * * * *
31551 AAAAAAATTTAACTTTAAATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGTTTT
128 AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
31616 T
193 T
31617 GAAGNNNNNN
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 121, Indels: 66
0.79 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 86 0.12
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344 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
TTTAAAGCGAGCATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATGAAT
GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAA
AAAATTTAACTTAAAATCAATTATCAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAA
AGCATAGGTGACTATAAATAGGACTTTTCTTCAATGAATGTTTTTTCTTTATGTTTCTTGGGTAG
TCATTTAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
GTTATAAAACA
Found at i:31127 original size:172 final size:159
Alignment explanation
Indices: 31101--31599 Score: 315
Period size: 169 Copynumber: 3.0 Consensus size: 159
31091 NNNNNNNNNN
* * *
31101 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTGCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTT
1 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTCCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTT
* * **
31166 TCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATTTATTTTAACCAACAATAAAAAAAATCAACTTGAAGTCA
66 TCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAACTTGAAAACA
*
31231 GTTATGCGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
131 GTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC----------G
** * * * * * *
31270 CTTTTAAAGGCATAGGTGACTGTAAATGGACTTTTTCTAT-C-AATGAATAGTTTTTTCTTCATG
1 CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGAC-CTTCCT-TGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATG
* * * * *
31333 TTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACGATAAATGTAAAAAAAATTCAACTT-A
64 TTTCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCA-AAA-ATAAAAAAAA-TCAACTTGA
* * * *
31397 GAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGCAGTAAG
126 -AAACAGTTATGAGATTATAAAACCATTT-AA---AGC-----G
* * * ** ** *
31441 ACTTTTGAAGGCA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTTTTGCTGATGAATGGCTTTTTCTTCATGT
1 -CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTCCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGT
* * * * * * *
31505 TT-TCTGAGATAGATATTTAATTATAATATGTTTTACCCAAAAATATAAAAAAATTTAACTTTAA
65 TTCT-TGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATA-AAAAAAA-TCAACTTGAA
* * *
31569 ATCAATTATGAGATTATCAAACCATTTAAAG
127 AACAGTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
31600 TGAGTAATAA
Statistics
Matches: 275, Mismatches: 39, Indels: 35
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
166 2 0.01
169 88 0.32
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173 2 0.01
176 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (159 bp):
CTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACCTTCCTTGCAAATGAATGGCTCTTTCTTCATGTT
TCTTGTGGTAGATATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATAAAAAAAATCAACTTGAAAACA
GTTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
Found at i:39731 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 39418--41830 Score: 2254
Period size: 171 Copynumber: 14.1 Consensus size: 171
39408 NNNNNNNNNN
* * * * * *
39418 AAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCTAATGAAC
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT
** * * * * * * * **
39482 ATCTCTATCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTT-ATATATAATTTATTTTAA-CTAAAATAAAA
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAT-TATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
** *
39545 AAATAATTCAACTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAATCATTT
129 AAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * * * *
39589 AAAGAGAGTAATAAGGCTTCTGAAGGCGTGGACGAATATAAATTGATTTTTCTTGCAAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
** * * *
39654 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCGATGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
*
39719 AAATAT-AACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTT
131 AAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* ** * * *
39760 AAAGCTAAAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATG
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* * * * * * *
39825 GCTCTTTCTTCAAGTTTCTTGATGTAGACATTTAACTATAATCTGTTTTAACTAAATATGTAAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* *
39890 AAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTT
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** * ** * *
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1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* ***********
39996 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNATAAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
40061 AAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
40101 AAAGTC-AGTAATAAGGCTGTTAAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAAA
1 AAAG-CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * *
40165 GGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACGTTTAGTTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* *
40230 AAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** * * *
40272 ATAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * * ***
40337 GCTTTTTCTTTAGGTTTCTTTAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATACGAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * *
40402 CAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * ** *
40443 AAAGTGGGTAACAAAGCTTTTGAATACATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCACTGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * *
40507 GGCTCTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* ** ********
40572 ACAATTCAAGATAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNN
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** ** * *
40614 NNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACAGGTGACTATAAATATG-CTTTTCTTGCAAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAAT
* * * * * *
40678 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAGATGTAAA
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
40743 AAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGCTTATAAAACCATTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
40785 AAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* ********** * *
40850 GCTTTTTCTTCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAAT-AAAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
40914 AAATTCAACTTGAAGTCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * ** *
40955 AAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGATGGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTAT--CAATGAA
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTTCT-TGCCAATGAA
* * * *
41018 TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTCGACATTTAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAA
64 TGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* * * * *
41083 AAAAATTCAATTTAGACTCAATTATGAGGTTATAAAACTATTT
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
** * *
41126 AAAATGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * * *
41191 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATATCTTTTACCCAAAAATGTTAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * * *
41256 ATATTTAAGTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTT
131 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * *
41297 AAAACGAGTAATAAGGGTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATG
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
* * * * *
41362 GCTTTTTCTTCATGTTTC-TACAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTTTAACCATAAATGCAAA
66 GCTTTTTCTTCACGTTTCTTA-AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAA
* *
41426 AAAAAATCAACTTAAAAAT-AATTATGA-AGTTATAAAATCATTT
129 AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTT
* ********** * * *
41469 AAAGCGAGTAGTAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTT-CCTGATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-AATGAAT
* * * *
41533 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATAT-TTTT-ACCAATAAATGTAA
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAATGTAA
* * *****
41596 AACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNN
129 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
***** *
41639 NNNNNGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TATGCCAATGAAT
1 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAAT
* * * * * * * * ***
41703 GGCTTTTTCATCAAGTTTTTTAATGTAGACATTGAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATNNN
65 GGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
******* * *
41768 NNNNNNNAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCACTT
130 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
41810 AAAGTC-AGTAATAAGGCTTTT
1 AAAG-CGAGTAATAAGGCTTTT
41831 AAAAAGATGT
Statistics
Matches: 1806, Mismatches: 407, Indels: 58
0.80 0.18 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
170 393 0.22
171 1267 0.70
172 133 0.07
173 6 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
GCTTTTTCTTCACGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:40260 original size:512 final size:512
Alignment explanation
Indices: 39418--42865 Score: 2261
Period size: 512 Copynumber: 6.8 Consensus size: 512
39408 NNNNNNNNNN
* * * * *
39418 AAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCT-TGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCTAATGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAA-GATATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTT-TTGCCAATGAA
*** * * * * * * * **
39481 CATCTCTATCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTT-ATATATAATTTATTTTAAC-TAAAATAAA
63 TGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAT-TATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTA
** * **
39544 AAAATAATTCAA-CTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTT
127 AAAA-AATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTT
* * ** * * *
39608 CTGAAGGCGTGGACGAATATAAATTGATTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT
190 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT
* * * *
39673 CGATGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATTA
255 CAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCA
* * **
39737 ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAAAAATAAGGCTTTCGAAGGCAT-GGTTGACTATAA
319 ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGG-TGACTATAA
* * * * * * *
39801 ATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTCTTGATGTAGACATTTAACTATAA
383 ATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAA
* * * * *
39866 TCTGTTTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTT
448 TCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* *
39931 AAAGTTAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAAAG
1 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATG
* ***********
39996 GCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNATAAAA
65 GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
* *
40061 AAATTCAA-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTGTTAAA
130 AAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * * * *
40125 GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAAAGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGG
195 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * *
40190 TAGACGTTTAGTTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACG
260 TAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
* * * * * * *
40255 AGATTATAAAACCATTTATAGCGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGATTATAAATGAACT
325 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * * * * *
40320 TTTCTTGCCAATGAAAGGCTTTTTCTTTAGGTTTCTTTAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTT
390 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTT
* * * *
40385 TAACCAAAAAT-ACGAAACAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTT
455 TAACCAAAAATGA-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * *
40443 AAAGTGGGTAACAA-AGCTTTTGAATACATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCACTGAA
1 AAAGTGAGTAATAAGA-CTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTT-TTGCCAATGAA
* *
40506 TGGCTCTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTATACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
63 TGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAA
* * **********
40571 AACAATTCAAGATAAAATCAATTATGAGATTATAANNNNNNNNNNAG-CGAGTAATAAGGCTTTT
128 AAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTTT
** * *
40635 GAAGGCACAGGTGACTATAAATATG-CTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTT
192 GAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *
40699 AGGGTAGACATTCAATTATTATCTATTTTAATCAAAGATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAAT
256 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAAT
* * *
40764 TACGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTCGAAGGCATAGGTGGCTATAAATG
321 TACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
**********
40829 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTTAATTATAATCT
386 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAATCT
* * * * *
40894 ATTTTAACCAAAAAT-AAAAAAAATTCAACTTGAAGTCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTT
451 GTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * ** * **
40955 AAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGATGGTATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTATCAATGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT-TGCCAATGAATG
* * * * *
41020 GCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTCGACATTTAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAA
65 GCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAA
** * * * * * * *
41085 AAATTCAATTTAGACTCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAATGAGTAGTAAGGCTTTTGAA
130 AAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAA
** * **
41150 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGG
195 GGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGG
* * * * * * * * *
41215 TAGACATTTAATTATAATATCTTTTACCCAAAAATGTTAAAATATTTAAGTTGAAATCAATTATG
260 TAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACG
* * * * * *
41280 AGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTTGAAGACATGGGTGACTATAAATGGACT
325 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACT
* * * * *
41345 TTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTACAGGTAGACATTGAATTATAATATGTTT
390 TTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTT
* * *
41410 TAACCATAAATGCAAAAAAAAATCAACTTAAAAAT-AATTATGA-AGTTATAAAATCATTT
455 TAACCAAAAATG-AAAAAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGA-TTATAAAACCATTT
* * ********** ** * * *
41469 AAAGCGAGTAGTAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTTTCTT-CCTGATGAAT
1 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCC-AATGAAT
* * * * * *
41533 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATAT-TTTTACCAATAAATGTAAA
64 GGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAA
* * ***********
41597 ACAATTTAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGTAATAAGGCTTTTG
129 AAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
41661 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TATGCCAATGAATGGCTTTTTCATCAAGTTTTTTA
193 AAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCA
* * * * **********
41725 ATGTAGACATTGAATTATAATCTATTTTAACAAAAAATATNNNNNNNNNNAACTTAAAATCAATT
257 AGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * * * * * *** *
41790 ATGAGGTTATAAAACCACTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTTT-TAA---AAAGATG--T-TTTCTT
322 ACGAGATTATAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATG
* * * * * * *** ** * * **
41847 CACGTTTC-T--CAAGGTA-GACATTTAAGT-AT-AATC-T-A-TTTGA-A-CCAA--A-AA---
386 GACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAATCT
* * * ** ** * ***
41895 --TATAA--AAACATTCAACTTAAAA-TCAA-TTACGA-GAA-TAT-A-AAAC------CATTT
451 GTTTTAACCAAA-AATGAA-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
* * * * * * * ** *
41943 AAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGACATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATG
1 AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATGAATG
* * * * * *
42008 GCTTTTTCTTTACATTTTC-CAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATATTT-A-AAAAAATAG-A
65 GCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGT-TTTAACAAAAAAT-GTA
* * * * *
42069 AAAAAACTCAA-CTTCAAATCAATTATAAGATAATAAGACCATTTAAAG-CAAGTAATAAGG-TT
127 AAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGGCTT
*** * * * * *
42131 TTCGAAAATATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TCAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTT
190 TT-GAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTT
* ** ** * **********
42195 ATGGATATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATNNNNNNNNNNATC
253 CTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATC
* * * * * * * *
42260 AATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCTGAAAGTAT-GAGTTACTAA
318 AATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATAG-GTGACTAT
* * * *** * * * *
42323 AAATGGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGGTTTC-CCAAGGTAGACATTCAATTA
381 AAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTC-AGGTAGACATTTAATTA
* * * *
42387 TTATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCA
445 TAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA
42451 TTT
510 TTT
* * * ** *
42454 AAAGCT-AGAAATAAGGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGGA
1 AAAG-TGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTT-TTGCCAATGAA
* * * * *
42517 TGGCTTTTTTTTCATA-TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGT
63 TGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAAATGT
* ********** * *
42581 AAAAAAA-TCAA-CTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAATAATAAAGCTT
126 AAAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTT
*** * * *
42644 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTGATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTTT
190 TTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT
** * * * * ******
42709 TGAGATAAACATTTAATTATAATTTGTTTT-ACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTNNNNNNN
255 CAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTT-AAAATC
*** ** * ** * * *
42772 NNNTGTGAGATTATAAAACTATTTAAATAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAA
318 AATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAA
* *
42837 ATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
383 AT-GGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTTT
Statistics
Matches: 2260, Mismatches: 581, Indels: 189
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
473 7 0.00
474 256 0.11
475 9 0.00
476 3 0.00
477 1 0.00
478 2 0.00
480 1 0.00
481 9 0.00
482 4 0.00
483 4 0.00
484 6 0.00
485 13 0.01
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487 6 0.00
489 1 0.00
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491 1 0.00
492 5 0.00
493 1 0.00
494 1 0.00
495 3 0.00
496 1 0.00
497 3 0.00
498 1 0.00
499 4 0.00
500 12 0.01
501 8 0.00
502 11 0.00
503 7 0.00
504 1 0.00
505 2 0.00
506 8 0.00
507 1 0.00
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511 98 0.04
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513 587 0.26
514 124 0.05
515 4 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
AAAGTGAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATGAATGG
CTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA
AATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTTTTGAAG
GCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGT
AGACATTTAATTATAATCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGA
GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATAGGTGACTATAAATGGACTT
TTCTTACCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTT
AACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT
Found at i:41596 original size:854 final size:847
Alignment explanation
Indices: 39422--42858 Score: 2404
Period size: 854 Copynumber: 4.1 Consensus size: 847
39412 NNNNNNAAAG
* * * * * *
39422 CGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTTCTAATGAACA-TC
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAA-AGGC
* * * * * *
39485 TCTATCTTCATGTTTCTTAAGGTAGATATTT-ATATATAATTTATTTTAACTAAAATAAAAAAAT
64 TTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAAT-TATAATATATTTTACCAAAAATAAAAAAAT
* *
39549 AATTCAACTTAAGCTCAATTATGAGATTATAAAA-TCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTCTGAA
128 -ATTCAACTTAA-ATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAA
* * ** * * * * *
39613 GGCGTGGACGAATATAAATTGATTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCT-CGAT
189 GACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTAC-AG
* * * *
39677 GTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAATCAAAAATGTAAAAAAATAT-AACTTAAAATTAATTA
253 GTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAAATCAACTTAAAAATAATTA
* ** * *
39741 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAAAAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGTTGACTATAAATGGA
317 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGA
* * * * *
39806 CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTCTTGATGTAGACATTTAACTATAATCTGT
382 CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATAT-T
* * * * *
39871 TTTAACTAAATATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGT
446 TTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
39936 TAGTAATAAGACTTTTGAAGATATGGGTGACTATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAAAGGCTTT
510 GAGTAATAAGACTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAAAGGCTTT
* *********
40001 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTNNNNNNNNNNATAAAAAAATT
575 TTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTT-AAACCAAAAATAAAAAAATT
* *
40066 CAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGGCTGTTAAAGACATG
639 CAACTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGCCTGTTAAAGACATA
* * * * *
40131 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAGTGAAAGGCTTTTTCTTTACGTTTCTCAAGGTAGACG
704 AGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACA
* *
40196 TTTAGTTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTA
768 TTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTA
* *
40261 TAAAACCATTTATAG
833 TAAAACCATTTAAAA
* * ** * *
40276 CGAGTAATCAGGCTTTTGAAGGTATAAGTGATTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT
* * * * * * * * * *
40341 TTTCTTTAGGTTTCTTTAGGCAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAATACGAAACA-A
66 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTT-ACCAAAAATA-AAAAAATA
* * * * * * * *
40405 TTCAACTTAAAATTAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTGGGTAACAAAGCTTTTGAATAC
129 TTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGAC
* * *
40470 ATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCACTGAATGGCTCTTTCTTCAAGTTTCTTA-AGGT
192 ATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTC-TACAGGT
* * * * * **
40533 ATACATTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAACAATTCAAGAT-AAAATCAATTATG
255 AGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATCAACTTAAAAAT-AATTATG
********** * **
40597 AGATTATAANNNNNNNNNNAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCACAGGTGACTATAAATATG-C
319 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATA-GAC
* * * * *
40661 TTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTTAGGGTAGAC-ATTCAATTATTATCTAT
383 TTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAATT-AACTA-TA-ATAT
* * * *
40725 TTTAATCAAAGATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGCTTATAAAACCATTTAAAGC
445 TTTTACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
40790 GAGTAATAACG-CTTTCGAAGGCATAGGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCTT
510 GAGTAATAA-GACTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAAAGGCTT
**********
40854 TTTCTTCATGTTTCTNNNNNNNNNNATTTAATTATAATCTATTTT-AACCAAAAATAAAAAAAAT
574 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAACCAAAAAT-AAAAAAAT
* * * * * * * **
40918 TCAACTTGAAGTCAGTTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAG-CGAGTAATAAGCCTTTTGATGGT
638 TCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTC-AGTAATAAGCCTGTTAAAGAC
* *
40982 ATAAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTAT-CAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTC
701 ATAAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCT-TCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTA
* * ** * * *
41046 GACATTTAATTATAATCTGTTTTTACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAGACTCAATTATGAG
764 GACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAG
* *
41111 GTTATAAAACTATTTAAAA
829 ATTATAAAACCATTTAAAA
* * * *
41130 TGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT
* * ***
41195 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTTAATTATAATATCTTTTACCCAAAAATGTTAAAATAT
66 TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTA-CCAAAAATAAAAAAATAT
* * *
41260 TTAAGTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGGTTTTGAAGACA
130 TCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGACA
* * * *
41325 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCCTACTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTACAGGTAGA
193 TGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTACAGGTAGA
* * *
41390 CATTGAATTATAATATGTTTTAACCATAAATGCAAAAAAAAATCAACTTAAAAATAATTATGA-A
258 CATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAAAAAATCAACTTAAAAATAATTATGAGA
* * ********** *
41454 GTTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAGTAANNNNNNNNNNGGCATGGGTGACTATAAGTAGACTTT
322 -TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTT
* * *
41519 TCTTCCTGATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATATTTTTAC
386 TCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATATTTTTAC
* * **********
41584 CAATAAATGTAAAACAATT-TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACNNNNNNNNNNGAGT
451 CAA-AAATGTAAAAAAATTCT-ACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * *
41648 AATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGAGTTTT-TATGCCAATGAATGGCTTTTTC
514 AATAAGACTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTAT-TACCAATGAAAGGCTTTTTC
* * * * * * *********
41712 ATCAAGTTTTTTAATGTAGACATTGAATTATAATCTATTTT-AACAAAAAATATNNNNNNNNNNA
578 TTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAACCAAAAATA--AAAAAATTCA
* *
41776 ACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCACTTAAAGTCAGTAATAA----G-----G-C-T--
641 AC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGCCTGTTAAAGACATAA
*
41828 -T---T-T--A--AA----------AA-G--ATG--TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
705 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATT
* * * * * * *
41869 TAAGTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATA
770 TAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATA
*
41934 AAACCATTTAAAG
835 AAACCATTTAAAA
* * * * * ** * *
41947 CGAGTTATAAGGCTTTCGAAGACATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGGCTT
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT
* * * * *
42012 TTTCTTTACAT-TTTC-CAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATATTTA-AAAAAATAGAAAAAA
66 TTTC-TT-CATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATAT-TTTACCAAAAATA-AAAAAA
* * * * *
42074 -ACTCAACTTCAAATCAATTATAAGATAATAAGACCATTT-AAAGCAAGTAATAAGG-TTTTCGA
127 TATTCAACTT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAG--AGTAATAAGGCTTTT-GA
* * * * * * * **
42136 AAATATGGATGACTATAAATGGACTTTT-TCAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA-TTTATGG
188 AGACATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCTAC
** * **********
42199 ATATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATNNNNNNNNNNATCAAT
251 AGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATCAACTTAAAAAT-AAT
* * * * * * * *
42263 TATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCTGAAAGTATGAGTTACTAAAAAT
315 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGGGTGACTATAAAT
* * * * *** * * ** * *
42327 GGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGGTAGAC-ATTCAATTATTAT
379 AGACTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAATT-AACTATAAT
* * * * * **
42391 CTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTA
443 AT-TTTT-ACCAAAAATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTA
* * * * * * * * *
42455 AAGCTAGAAATAAGGCTTTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGGAT
506 AAGCGAGTAATAAGAC-TTTCGAAGACATAGGTGACTATAAAT-GGACTTTTATTACCAATGAAA
* * * * * * * *
42518 GGCTTTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTT-AACAAAAAAATGTA
569 GGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAAC-CAAAAA--TA
* ********** * *
42582 AAAAAA-TCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNAATAATAAAG-CTTT
631 AAAAAATTCAAC-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAAT-AAGCCTGT
* * ** * *** * * * * *
42645 TGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTGATGAATGGCTTTTTATTCATGTTTTTT
694 TAAAGACATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT-CCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * *******
42710 GAGATAAACATTTAATTATAATTTGTTTT-ACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTNNNNNNNN
758 AAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAAATCA
** ** *
42773 NNTGTGAGATTATAAAACTATTTAAATA
821 ATTACGAGATTATAAAACCATTTAAA-A
*
42801 -GAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAA
1 CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAA
42859 TGACTTT
Statistics
Matches: 1987, Mismatches: 493, Indels: 207
0.74 0.18 0.08
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (847 bp):
CGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAAGGCTT
TTTCTTCATGTTTCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATATATTTTACCAAAAATAAAAAAATATT
CAACTTAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGACATGG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTACAGGTAGACAT
TTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAAATCAACTTAAAAATAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTG
CTAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCTTAAGGTAGACAATTAACTATAATATTTTTACCAAAA
ATGTAAAAAAATTCTACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGA
CTTTCGAAGACATAGGTGACTATAAATGGACTTTTATTACCAATGAAAGGCTTTTTCTTCATGTT
TCTTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTATTTTAAACCAAAAATAAAAAAATTCAACTAAAATCA
ATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTAATAAGCCTGTTAAAGACATAAGTGACTATAAA
TGAACTTTTCTTCCAATGAAAGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATC
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAA
AA
Found at i:42136 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 41851--42620 Score: 655
Period size: 170 Copynumber: 4.5 Consensus size: 169
41841 TTTCTTCACG
* * * * * *
41851 TTTCTCAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAA
1 TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAGAAAAA-AATCAACTTAAA
* * * *
41916 ATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGACATGGATGACTA
63 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGACATGGATGACTA
* * *
41981 TAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGGCTTTTTCTTTACAT
128 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACAT
* * *
42023 TTTCCAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATATTTAA-AAAAATAGAAAAAAACTCAACTTCAAA
1 TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACAAAAATAGAAAAAAA-TCAACTTAAAA
* * * * * *
42087 TCAATTATAAGATAATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAAATATGGATGACTAT
64 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGACATGGATGACTAT
* * *
42152 AAATGGACTTTT-TCAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACAT
129 AAATAGACTTTTCTTA-CCAATGAATGACTTTTTCTTTACAT
** * *******
42193 TTATGGATA--TAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-GTAAAAAAATNNNNNNNN
1 TT-TCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATAG-AAAAAAAT-CAACTTA
** * * * * *
42255 NNATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAG-CTTCTGAA-AGTAT-GAGT
61 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTC-GAAGA-CATGGA-T
* * * * * * * * **
42317 TACTAAAAATGGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGGT
123 GACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACAT
* * *
42364 TTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAATA-AAAAAAATTCAATTTAAAA
1 TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATAGAAAAAAA-TCAACTTAAAA
* * * * *
42428 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTTC-AAGGCATGGGTGACTA
64 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGACATGGATGACTA
* * * *
42492 TAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTT-TTT-CAT
128 TAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACAT
* * *
42532 ATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAA
1 -TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATA-G-AAAAAAATCAACTTAA
*
42597 AATTAATTATGAGATTATAAAACC
62 AATCAATTATGAGATTATAAAACC
42621 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 474, Mismatches: 97, Indels: 55
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 21 0.04
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171 182 0.38
172 19 0.04
ACGTcount: A:0.41, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAGAAAAAAATCAACTTAAAATC
AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGACATGGATGACTATAA
ATAGACTTTTCTTACCAATGAATGACTTTTTCTTTACAT
Found at i:42607 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 41840--42620 Score: 822
Period size: 341 Copynumber: 2.3 Consensus size: 340
41830 TAAAAAGATG
* * * * *
41840 TTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-A
* * * * *
41905 TTCAACTTAAAATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGAC
65 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGAC
* * * * *
41970 ATGGATGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGGCTTTTTCTTTACATTTTCCAAAGTAG
130 ATGGATGACTAAAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGACTTTTTCTTTACATTTCCCAAAGTAG
*
42035 ACATTCAATTATAATCTATATTTAAAAAAATAGAAAAAAACTCAACTTCAAATCAATTATAAGAT
195 ACATTCAATTATAATCTATATTTAAAAAAATAGAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGAT
* * *
42100 AATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCGAAAATATGGATGACTATAAATGGACTTTTT
260 AATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGTTTTCGAAAACATGGATGACTATAAATGGACTTTTT
42165 CAGCCAATGAATGACT
325 CAGCCAATGAATGACT
* ** **
42181 TTTTCTTCACATTTATGGATATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
********* * *
42246 TNNNNNNNNNNATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC-TTCTGAA-A
66 T-CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTC-GAAGA
* * * * * * * * ** *
42309 GTAT-GAGTTACTAAAAATGGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAGG
129 -CATGGA-TGACTAAAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGACTTTTTCTTTACATTTCCCAAAG
* * * *
42373 TAGACATTCAATTATTATCTGT-TTTAACTAAAAATA-AAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTAT
192 TAGACATTCAATTATAATCTATATTTAA--AAAAATAGAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTAT
* * ** *
42436 AAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTTC-AAGGCATGGGTGACTATAAATAGG
255 AAGATAATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGG-TTTTCGAAAACATGGATGACTATAAAT-GG
* * *
42500 -C-TTTTCTTGCCAATGGATGGCT
318 ACTTTTTC-AGCCAATGAATGACT
* * * * * *
42522 TTTTTTTCATATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAA
*
42587 ATCAACTTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACC
65 ATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC
42621 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 349, Mismatches: 81, Indels: 20
0.78 0.18 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 18 0.05
341 301 0.86
342 30 0.09
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (340 bp):
TTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAGACA
TGGATGACTAAAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGACTTTTTCTTTACATTTCCCAAAGTAGA
CATTCAATTATAATCTATATTTAAAAAAATAGAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTATAAGATA
ATAAAACCATTTAAAGCAAGAAATAAGGTTTTCGAAAACATGGATGACTATAAATGGACTTTTTC
AGCCAATGAATGACT
Found at i:42653 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41851--42758 Score: 596
Period size: 171 Copynumber: 5.3 Consensus size: 170
41841 TTTCTTCACG
* * * * * * * * *
41851 TTTCTCAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTATTTGAACCAAAAATATAAAAACATTCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAAA
** * * ** * * *
41916 ATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGC-TTTCGAAGACATGGATGACT
65 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAAGCTTTTC-AAGGCATGGGTGACT
* ** * *
41980 ATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGGCTTTTTCTTTACAT-
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-ATT-CATA
* * * * *
42023 TTTC-CAAAGTAGACATTCAATTATAATCTATATTT-A-AAAAAATAG-AAAAAAACTCAACTTC
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGT-TTTAACAAAAAAT-GTAAAAAAA-TCAACTTA
* * * * * *** *
42084 AAATCAATTATAAGATAATAAGACCATTTAAAGCAAGTAAT-AAGGTTTTCGAAAATATGGATGA
63 AAATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAAGCTTTTC-AAGGCATGGGTGA
* * * *
42148 CTATAAATGGACTTTT-TCAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
127 CTATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* ** ** * * * * *********
42192 TTTATGGATATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATNNNNNNNNNN
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT-CAACTTAAA
* * * * * * * * * * *
42257 ATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTCTGAAAGTATGAGTTACTA
65 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAAGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTA
* * * *** * * **
42322 AAAATGGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGG
130 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* * * * *
42363 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAACTAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAAA
*
42427 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAGGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTA
65 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAAGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTA
* *
42492 TAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTTTTCATA
130 TAAAT-GGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
42533 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAA
* * ********** *
42598 ATTAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNA-ATAATAAAGCTTTTGAAGGCATGGGTGACT
65 ATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGA-AATAAAGCTTTTCAAGGCATGGGTGACT
*** *
42662 ATAAATGGACTTTTCTTGTTGATGAATGGCTTTTTATTCATG
129 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* ** * * * * *
42704 TTTTTTGAGATAAACATTTAATTATAATTTGTTTTACCAAAAAATGTAAAAAAAT
1 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAAT
42759 TCAATTNNNN
Statistics
Matches: 576, Mismatches: 141, Indels: 40
0.76 0.19 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 12 0.02
170 264 0.46
171 279 0.48
172 19 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAA
TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGAAATAAAGCTTTTCAAGGCATGGGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
Found at i:42860 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 41851--42865 Score: 535
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
41841 TTTCTTCACG
* * * * * * * * *
41851 TTTCTCAAGGTAGACATTTAAGTATAATCTATTTGAAC-CAAAAATATAAAAACATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAA-AATCAACTTAA
* * * ** * * * * *
41915 AATCAATTACGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAAGGCTTTCGAAGACATGGATGACT
65 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATAGA-TAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACT
* ** * *
41980 ATAAATAGACTTTTCTTATCAACGAATGGCTTTTTCTTTACAT-
129 ATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTT-ATT-CATA
* * *
42023 TTTC-CAA-AGTAGACATTCAATTATAATCTATATTTAA-AAAAATA-G-AAAAAAACTCAACTT
1 TTTCTCAAGA-TAAACATTCAATTATAATCTGT-TTTAACAAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTT
* * * * * * * *** *
42083 CAAATCAATTATAAGATAATAAGACCATTTAAAGCA-AGTAATAAG-GTTTTCGAAAATATGGAT
63 AAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-TAGA-TAATAAGACTTTT-GAAGGCATGGGT
* * * *
42146 GACTATAAAT-GGACTTTT-TCAGCCAATGAATGACTTTTTCTTCACA
125 GACTATAAATAGG-CTTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* ** * * * * ********
42192 TTTATGGATATAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATNNNNNNNNN
1 TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAAT-CAACTTAA
* * * * ** * * * * *
42256 NATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAA-AGCTTCTGAAAGTATGAGTTAC
65 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATAGA-TAATAAGA-CTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* * * *** * * **
42320 TAAAAAT-GGACTTTTCCTGCCAATGACTTATTTTTTCTTTAGG
128 TATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* * * * * * *
42363 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATTATCTGTTTTAAC-TAAAAAT-AAAAAAAATTCAATTTAA
1 TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTTAA
* * * *
42426 AATCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGCTAGA-AATAAGGCTTTTCAAGGCATGGGTGAC
65 AATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA--TAGATAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGAC
* *
42490 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGGATGGCTTTTTTTTCATA
128 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* *
42533 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAA
1 TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAA
********
42598 ATTAATTATGAGATTATAAAACCNNNNNNNNNNA-ATAATAA-AGCTTTTGAAGGCATGGGTGAC
66 ATTAATTATGAGATTATAAAACC--ATTTAAATAGATAATAAGA-CTTTTGAAGGCATGGGTGAC
*** *
42661 TATAAAT-GGACTTTTCTTGTTGATGAATGGCTTTTTATTCATG
128 TATAAATAGG-CTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
* ** * * * *
42704 TTTTTTGAGATAAACATTTAATTATAATTTGTTTT-ACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TTNN
1 TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAA-TCAACTT-A
******** * *
42767 NNNNNNNNTGTGAGATTATAAAACTATTTAAATAGAGTAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGAC
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*
42832 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGACTTT
128 TATAAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTT
Statistics
Matches: 643, Mismatches: 163, Indels: 75
0.73 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 21 0.03
170 251 0.39
171 342 0.53
172 27 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAA
ATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATAGATAATAAGACTTTTGAAGGCATGGGTGACTAT
AAATAGGCTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTTTATTCATA
Done.