Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398259.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1562.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 28824
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.27
Warning! 8357 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:405 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 109--564 Score: 414
Period size: 171 Copynumber: 2.7 Consensus size: 171
99 NNNNNNNNNN
* * *
109 TCAAAAGCTTTATTACTCACTTTATATGATTTTATAATCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTT
*
174 TTTACATTTTTGGTCAAACCAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAATAGTAAAAGAAAA-GA
66 TTTACATTTTTGGTCAAAACAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAATAGTAAAAGAAAATG-
* *
238 GATTCATT-GTCAAGAAAAGTTCATATATAGCCTCTTATTCTT
130 CATTCATTAGT-AAGAAAAGTCCATATATAGCCTCTTATTCTT
* * *
280 TCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATAACCTCAGAATT-GATTTTAGGTTCAATT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGA-TTTTATAACCTCAAAATTAG-TTTTAAGTTCAATT
* * *
343 TATTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACA-ATAATTGAATGT-TCACCTTTTGA-AAT-GT-AAAG
64 T-TTTTACATTTTTGGTCAAAACAAA-ATATAATTGAATGTCT-ACC--TCGAGAATAGTAAAAG
* * *
403 AAAATGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATC-CATTCTT
124 AAAATGCATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAG-CCTCTTATTCTT
********** * * * *
451 TCAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAAATGGTTGTATAATCTCAAAATT-GATTTTGAGTTCAATTT
1 TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAG-TTTTAAGTTCAATTT
* * * * *
515 TTTTATATTTTTGG-CAAAAACAGATTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAA
65 TTTTACATTTTTGGTC-AAAACAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
565 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 230, Mismatches: 40, Indels: 32
0.76 0.13 0.11
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.01
169 2 0.01
170 35 0.15
171 140 0.61
172 44 0.19
173 4 0.02
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.10, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTT
TTTACATTTTTGGTCAAAACAAAATATAATTGAATGTCTACCTCGAGAATAGTAAAAGAAAATGC
ATTCATTAGTAAGAAAAGTCCATATATAGCCTCTTATTCTT
Found at i:2104 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1424--2520 Score: 698
Period size: 170 Copynumber: 6.4 Consensus size: 172
1414 NNNNNNTAAA
* * * * * *
1424 TTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGA-TATAATTGAATG-CTTGCCT-TAGGAAACGTGTAG-A
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-TACCTCGA-GAAAAGTGAAGAA
* * * *
1485 AAAAGCCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTAT
64 AAAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTAC
** * * * * * *
1548 TTGCTTTAAATGGTTTTATAAGCTCACAATTGATTTTCAGTTGAA-
127 TCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * * * **********
1593 TTTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGAATGCCTACNNNNNNNNNNGT-ATAG-AA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA-AGAAA
* *
1655 AAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTGCAAAAG-TCTTATTAC
65 AAAG-CATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTAC
* * * *********** *
1718 TCGCTTTAAATGGTTTNNNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA-
127 TCACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * *
1763 TTTTTTTACA-TTTGAGTTAAAAC-TACCTATAACTGAATGTCTACCTCGAGAAACA-T-AAGAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
*** * *
1824 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTC
64 AAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTC
* **********
1889 ACTTTAAAAGNNNNNNNNNNCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTCAAT
129 ACTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAAT
* * * * * *
1933 TTTTATTAAATTATTAGCTAAAACATATTATAATTGAATGTCTAGCTCGAGAAAAGCGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
**********
1998 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAG-TCTTATTACTCA
66 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCA
* * * * *
2062 CTTTAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTCAAT
130 CTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* * ** * *
2105 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
** * *
2170 ATCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAT
66 AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAC
*
2234 TTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCCAAT
131 TTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
* ** * *
2276 TTTTTTTACATTTTTGGTTTGAAC-TAATTATAATTGAATGT-TTCCTCGAGAAAAATGAAGAAA
1 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAT-ATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAA
* * * * * * **********
2339 AAGGGATTCATCGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNA
65 AAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA
* * * *
2404 CTTTGAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAT
130 CTTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
** * * * *
2446 TTTTTTTAC-TTTTTCA-TTAAAGTAGACTATAATTGAATGTCTACCTTGACAAACA-TGAAGAA
1 TTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAGAA
2508 AAAAGCATTCATT
64 AAAAGCATTCATT
2521 AGCGAAAAAA
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 183, Indels: 53
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 9 0.01
169 166 0.23
170 193 0.27
171 187 0.26
172 162 0.23
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAA
AAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCAC
TTTAAACGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAT
Found at i:2280 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1332--2520 Score: 798
Period size: 169 Copynumber: 7.0 Consensus size: 172
1322 CTCGCTTTAA
* * * * *
1332 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATAAC-CTGCTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTT
********** * * *
1396 ATAATCTCATAATTNNNNNNNNNNT-AAATTTTTTTACATTTTTAATTAAAACAGA-TATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
* * * *
1459 AATG-CTTGCCT-TAGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAG-
130 AATGTC-TACCTCGA-GAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTG-GC
* * * * **
1502 AA-AAAAGTCCATTTTTAGTCACCCATTTCTTCAAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
1566 TAAGCTCACAATTGATTTTCAGTTGAA-TTTTTTTATATTTTTAGTT-AAACAGACTATAATTGA
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
* **********
1629 ATGCCTACNNNNNNNNNNGT-ATAGAAAAAGCCATTCATTGAG-
131 ATGTCTACCTCGAGAAAAGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTG-GC
* * * *
1671 AAGAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTGCAAAAG-TCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
********* * * * *
1735 NNNNNNNNNTAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACA-TTTGAGTTAAAACTA-CCTATAACT
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGACTATAATT
1797 GAATGTCTACCTCGAGAAACA-T-AAGAAAAAAG-CATTCATTGGC
129 GAATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC
*** * * * ******
1840 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTTCATTCCATCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGNNNNNN
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
**** * * * * * * * *
1905 NNNNCTCAAAATT-ATTTTTAAGTTCAATTTTTATTAAATTATTAGCTAAAACATATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
* *
1969 AATGTCTAGCTCGAGAAAAGCGAAGAAAAAAG-CATTCATTGGC
130 AATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGC
**********
2012 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCANNNNNNNNNNAG-TCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCT-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
* * *
2076 ATAATTTCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACAATAATTG
65 ATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTG
* * * *
2141 AATGTCTACCTCAAGAAATGTGAAGAAAAATCCATTCATTGGT
130 AATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * *
2184 AAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAACGATTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * *
2248 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTCCAATTTTTTTTACATTTTTGGTTTGAACTA-ATTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAAATAGACTATAATTG
* * ** *
2312 AATGT-TTCCTCGAGAAAAATGAAGAAAAAGGGATTCATCGGC
130 AATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
* * * ********** *
2354 AAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTTCTTCAAAAGCNNNNNNNNNNACTTTGAATGGTTTTA
1 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
*
2419 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTAC-TTTTTCA-TTAAAGTAGACTATAATTG
66 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAGACTATAATTG
* *
2481 AATGTCTACCTTGACAAACA-TGAAGAAAAAAG-CATTCATT
130 AATGTCTACCTCGAGAAA-AGTGAAG-AAAAAGCCATTCATT
2521 AGCGAAAAAA
Statistics
Matches: 790, Mismatches: 198, Indels: 62
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 15 0.02
169 228 0.29
170 191 0.24
171 194 0.25
172 161 0.20
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.11, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTGA
ATGTCTACCTCGAGAAAAGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGC
Found at i:7294 original size:685 final size:670
Alignment explanation
Indices: 6070--7355 Score: 1441
Period size: 685 Copynumber: 1.9 Consensus size: 670
6060 NNNNNNATTC
*
6070 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTGTTATTTCGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCC
1 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTATTATTTCGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCC
* *
6135 AACATCATGAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
66 AACATCATGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
* ******
6200 CCTTCAAATGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGNNNNNNNNNNAAAT
131 CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTG----AATTTTAAAT
* *
6265 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGTAGAAAAA
192 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCAGAAAAA
* *
6330 GGGATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTTCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
257 GGGATTCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
********** * *
6395 TTAANNNNNNNNNNAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTCAACTTTTTTTACTTTATTAGTTAAAAT
322 TTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTCAACTTTTTTTACATTATTAGTTAAAAC
* *
6460 AGATTACAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATATTCATTAGCAAGAAAAGTC
387 AGATTACAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTC
******************** * *
6525 CATTTATAGTCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTATTACTTTCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCACA
452 CATTTATAGTCACCCATTCTCTGAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCACA
*
6590 ATTGATTTTAAGCTATATTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAATT-AGCTGTCTACCTA
517 ATTAATTTTAAGCTATATTTTTTATATTTTT-ATTAAAATAAACTATAATTGA-CTGTCTACCTA
* *
6654 GAGAAACGTTAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCTTCTATTCNNNNN
580 GAGAAACATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCTTCTATTC-----
6719 NNNNNCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATT
640 -----CTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATT
* *
6755 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTATTATTTTGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGTC
1 TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTATTATTTCGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCC
* * *
6820 AACCTCATGAAA-TATGATGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCGAT
66 AACATCATGAAACT-TGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCAT
* * * * *
6884 ATCTTTAAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTG-ATTTTAAGTTGN
130 ACCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGAATTTTAAATT--
***** * **
6948 NNNNNNNNNATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAATGTGCAGAA
193 ----TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCAGAA
* **
7013 AAAGGGATTCAATGGAAGGAAAAGTTTATTTATAGTC-TCTTATTCCCTCAAGAA-CCTTATTAC
254 AAAGGGATTCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTC-TATTCCCTCAA-AAGCCTTATTAC
********** * *
7076 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAANNNNNNNNNNGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTT
317 TCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTCAACTTTTTTTACATTATTAGTT
** * * *
7141 AAAACAGATTATGATTGAATGTTTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAA
382 AAAACAGATTACAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAA
*
7206 ACGT-CATTTATAGTCACCCATTCTCTGAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTC
447 AAGTCCATTTATAGTCACCCATTCTCTGAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTC
* * *
7270 TCATAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTATATTTTTATTAAAATAAACTATAATTGATTGTCTAC
512 TCACAATTAATTTTAAGCTATATTTTTTATATTTTTATTAAAATAAACTATAATTGACTGTCTAC
*
7335 CTTGAGAAACATGAAGAAAAA
577 CTAGAGAAACATGAAGAAAAA
7356 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 496, Mismatches: 95, Indels: 21
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
680 4 0.01
684 45 0.09
685 240 0.48
686 205 0.41
687 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (670 bp):
TCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTATTATTTCGTTGGTTAAAACATATTATAATTAAATGCC
AACATCATGAAACTTGAAGAAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATA
CCTTCAAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGAATTTTAAATTTTT
TTATATTTTTAGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGCAGAAAAAGGGA
TTCAATGGAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTTCTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAA
ATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTGAGGTTCAACTTTTTTTACATTATTAGTTAAAACAGAT
TACAATTGAATGTCTAGCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGACATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATTCTCTGAAAATCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAGTCTCACAATTA
ATTTTAAGCTATATTTTTTATATTTTTATTAAAATAAACTATAATTGACTGTCTACCTAGAGAAA
CATGAAGAAAAAAGCATTCGTTGGTAAGAAAACTCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTATTACTCA
CTTTAAATGGTTTTATAATT
Found at i:10696 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 9740--10971 Score: 861
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 172
9730 NNNNNNNNNN
* * * *
9740 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGA
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGA
* * * * * * *
9805 ATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTTATTGGTAAAAAAAGTTCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * **********
9870 CAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTA
131 CAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
9912 TAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTTACATTTTT--TATCAAACTAGATTATAAT
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAA-GTTTTTTGCATTTTTGGT-TAAAAC-AGAATATAAT
* ** ********** *
9975 TGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGT
63 TGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
10040 CACCCATTCCTTTTAAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
128 CACCAATTCC-TTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
10086 TAA-CTTCATAATTGATGTTAAGTTG-AA-TATTTTTACATTTTTTGTTAAAATAGACTATAATT
1 TAATC-TCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGT-TTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATT
* ***************** *
10148 GAATGTCTATCTCA-AGAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNNNGAAAAGTCTATTTATAGT
64 GAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * * **
10212 CACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTATTTTA
128 CACCAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * *
10257 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGC-TATTTTGGTTAAAA-AAAACTATAATT
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCAT-TTTTGGTTAAAACAGAA-TATAATT
* * * * * *
10320 GAATGTCTACGTAGAGAAACATGAAGATAAAGGAATTCACTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGT
64 GAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGG-CAAGAAAAGTCCATTTATAGT
********** * *
10385 CACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
128 CACCAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * *
10430 TAATCTCAAAATTAAT-TTGAAGTTCAATTTA-TTTTTTACATTTTTTG-TAAAACCAGAATATA
1 TAATCTCAGAATTGATGTT-AAGTTGAA---AGTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAA-CAGAATATA
* * * * *
10492 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGGATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATA
61 ATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * * * ****
10557 GTCACCTATTCCTTCAAAATCTTTATTACTCACTTTAAATGGTNNNN
126 GTCACCAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
****** * * *
10604 NNNNNNCATAATTGATGTTAAGTTG-AATTTGTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGTT-TTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTG
* * * * *
10668 AATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAA-TAATTTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGTC
65 AATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAA-TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
10732 ACCCATTCCTTAAAAAGCTTTATTTCTCGTTTTAATTGGTTTTA
129 ACCAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
* * * * * * *
10776 TAATCTCAGAATTGATTTTTAGTTGAAAGTTTTATGTAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTTA
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGA
* * * *
10841 ATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC
66 ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
* * *
10906 CAATTTCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
131 CAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
** * *
10948 TGGTCTCAAAATTGATTTTAAGTT
1 TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTT
10972 CAATTNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 208, Indels: 60
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 60 0.07
172 427 0.52
173 164 0.20
174 108 0.13
175 57 0.07
176 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (172 bp):
TAATCTCAGAATTGATGTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGAATATAATTGA
ATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGGAATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC
CAATTCCTTAAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
Found at i:10725 original size:519 final size:518
Alignment explanation
Indices: 9740--10974 Score: 1454
Period size: 519 Copynumber: 2.4 Consensus size: 518
9730 NNNNNNNNNN
9740 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGC-AGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCTAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
*
9804 AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTTATTGGTAAAAAAAGT-TCATTTATAGTC
66 AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCT-ATTTATAGTC
* ********** * *
9868 ACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCNNNNNNNNNNTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAA
130 ACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAA
* * * *
9933 GTTCAAATTTTTTTTACATTTTTTATCAAACTAGATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGT
195 GTTCAAATTTTTTTTACATTTTTTATAAAACCAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT
********** * *
9998 GAAGANNNNNNNNNNCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATTGTCACCCATTCCTTTTAAAAGCTTT
260 GAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCTTT
10063 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATGTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT
325 ATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATGTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTT
* * * * ****************
10128 TGTTAAAATAGACTATAATTGAATGTCTATCTCAAGAAACATGAAGAAANNNNNNNNNNNNNNNN
390 GGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATAATTTCATTGGCA
* * *
10193 NGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTTATTTTA
455 AGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTTA
* *
10257 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCTA-TTTTGGTTAAAAAAAACTATAATTG
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCTAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* * *
10321 AATGTCTACGTAGAGAAACATGAAGATAAAGGAATTCACTGGTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTC
66 AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGT-AAAAAAAGTCTATTTATAGTC
**********
10386 ACNNNNNNNNNNAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAA
130 ACCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAA
* *
10451 GTTCAATTTATTTTTTACATTTTTTGTAAAACCAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
195 GTTCAAATT-TTTTTTACATTTTTTATAAAACCAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACG
* * * *
10516 TGAAGAAAAAGGGATTCGTTGGCAAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACCTATTCC-TTCAAAATCTT
259 TGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCTT
********** * *
10580 TATTACTCACTTTAAATGGTNNNNNNNNNNCATAATTGATGTTAAGTTGAATTTGTTTTGCATTT
324 TATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATGTTAAGTTGAATAT-TTTTACATTT
* *
10645 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAATAATTTCATTGG
388 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATAATTTCATTGG
* * * *
10710 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCTTTATTTCTCGTTTTAATTGGTTTT
453 CAAGAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTT
10775 A
518 A
* * * *
10776 TAATCTCAGAATTGATTTTTAGTTGAAAGTTTTATG-TAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTT
1 TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCTAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
* *
10840 AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
66 AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA
* * * ** * *
10905 CCAATTTCTTTAAAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATGGTCTCAAAATTGATTTTAAG
131 CCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAAG
10970 TTCAA
196 TTCAA
10975 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 593, Mismatches: 119, Indels: 11
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
517 99 0.17
518 199 0.34
519 295 0.50
ACGTcount: A:0.34, C:0.12, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (518 bp):
TAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAAGTTTTTTGCTAGTTTTGGTTAAAACAGACTATAATTG
AATGTCTACATAGAGAAACATGAAGATAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA
CCAATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTGAAG
TTCAAATTTTTTTTACATTTTTTATAAAACCAGAATATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGTG
AAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTCAAAAGCTTTA
TTACTCACTTTAAATGGTTTTATAACTTCATAATTGATGTTAAGTTGAATATTTTTACATTTTTG
GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATAAAGAAAAATAATTTCATTGGCAA
GAAAAATCTATTTATAGTCACCCATTCCTTAAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAATTGATTTTA
Found at i:11959 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11457--12884 Score: 1248
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
11447 NNNNNNNAGT
** * * **
11457 GAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATCCCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* *
11522 TTCTTCATGTTTCA-TGAGGTTGACATTCAATT-TATATATGTTTTAACCAAAAGA-ATAAAAAA
66 TTCTTCATGTTT-ATTGAGGTAGACATTCAATTATA-ATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAA
* * * *
11584 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGATATT-TGAAAACCATTTAAAGT
128 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT-AAAACCATTTAAAGC
* * ** * * * * *
11628 GAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATAGAAGACTATAAATAGAGTTTTTTTACCAA-CAATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * * * * * * *
11692 TTTTTCATGTTT-TTCATGATAGACAATCAATTACAGTTTATTTTAA-TAAAAAT-TATAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTATTGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAA
* * *
11754 TATAACTTAAAATCAATTATGAAACTATAAAACCATTTAAAGC
129 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * * * * *
11797 GAGTAATAAATATTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGTACTTTTCTTACCAATGAATTCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* ** * *
11862 TTCTTCATCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATTTTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
66 TTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
* * *
11927 TAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAAGA
131 TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
11968 GAATAATAAAGCTTTTGAATGAATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAAT-CTCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCT-TT
* * * * * * * * *
12032 TTTTTTTACGTTT-CTCACGGTAGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAA
65 TTTCTTCATGTTTATTGA-GGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * *
12096 TTTAACTTGAAATCAAATATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGT
129 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
12139 GAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATGGATGACTATAATTGGACTTTTATT-CTCAGTAAATAGCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTT
** * * * * * * ** *
12203 TTTT-GACATGTTTCTAGAGGCAGGCAATCAATTATAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAAGAA
64 TTTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * *
12267 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGC
129 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * * * *
12310 AAGTAATAAGGCTTTAAAAGGATTGGGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTT
* * * * **
12374 TTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTACAATATGTTTTAACCAATAATGTAAAGCAA-
65 TTTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * *
12438 TTAAATCTAAAATCAATT-TGGGATTAAAAAACCATTTAAAGC
130 TTAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
12480 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTTGCCTATGAATGCATTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * ** * * * *
12545 CTCTTCATGTTTCTCGAGGTCA-ACATTCAATTATTCTCTGTTTTGACTAAAAATGTGAAAAAAT
66 TTCTTCATGTTTATTGAGGT-AGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * *
12609 TCAACTTAAAATCATTTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGT
130 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * *
12651 GAGTAAGAAGGGTTTTGAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAACGAATGCCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
* * * * *
12716 TTCTTCATGTTTCA-TGAGGTTGATATTCAATTATCATTTGTTTTAA-C-----T-AAAAAAAAT
66 TTCTTCATGTTT-ATTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * *
12773 TGAACTTCAAATCAATTTTGAGAGTATTAAACCATTTAAAGT
130 TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *** * * * *
12815 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAGAAAACTATAAATAGAGTTTTCTTACCAACGAATGCTTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
12880 TTCTT
66 TTCTT
12885 TACGTTTTTC
Statistics
Matches: 1010, Mismatches: 221, Indels: 59
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
164 100 0.10
165 1 0.00
168 3 0.00
169 89 0.09
170 227 0.22
171 579 0.57
172 9 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTT
TTCTTCATGTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
TAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
Found at i:12612 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 11457--12838 Score: 1238
Period size: 341 Copynumber: 4.1 Consensus size: 340
11447 NNNNNNNAGT
** * **
11457 GAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATCCCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCATT
* *
11522 TTCTTCATGTTTCATGAGGT-TGACATTCAATT-TATATATGTTTTAACCAAAAGA-ATAAAAAA
66 TTCTTCATGTTTC-TGAGGTCAGACATTCAATTAT-TATATGTTTTAACCAAAA-ATGTAAAAAA
* * ** *
11584 ATTGAACTTAAAATCAATTTTGATATT-TGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAG
128 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTAT-AAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAG
* ** * * * * * * * *
11648 GAATAGAAGACTATAAATAGAGTTTTTTTACCAA-CAATGCTTTTTTTTTCATGTTT-TTCATGA
192 GAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTCACGG
* * * *
11711 TAGACAATCAATTACAGTTTATTTTAATAAAAATTATAAAAAA-TATAACTTAAAATCAATTATG
257 TAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAACAAAAATTA-AAAAAATTA-AACTTAAAATCAATT-TG
* *
11775 AAACTATAAAACCATTTAAAGC
319 AGATTATAAAACCATTTAAAGC
*** * * * * * *
11797 GAGTAATAAATATTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGTACTTTTCTTACCAATGAAT-TCTTT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGC-AT
* * * * *
11861 TTTCTTCATCTTTATTGAGGT-AGACATTCAATTATTTTCTATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
65 TTTCTTCATGTTT-CTGAGGTCAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * * *
11925 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAAG-AGAATAATAAAGCTTTTGAATG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTA-AGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * * * * * *
11989 AATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATCTCTTTTTTTTTACGTTTC-TCACGGT
193 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTCACGGT
* * * * * * * *
12053 AGACATTTAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAATTTAACTTGAAATCAAATATGA
258 AGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-CAAAAA-TTAAAAAAATTAAACTTAAAATC-AATTTGA
* *
12118 GATTTTAAAACCATTTAAAGT
320 GATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * *
12139 GAGTAATAAGGCTCTTGAAGGAATGGATGACTATAATTGGACTTTTATT-CTCAGTAAATAGC-T
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAATAGCAT
* * **
12202 TTT-TTGACATGTTTCTAGAGG-CAGGCAATCAATTA-TAGTATGTTTTAATGAAAAATGTAAAA
65 TTTCTT--CATGTTTCT-GAGGTCAGACATTCAATTATTA-TATGTTTTAACCAAAAATGTAAAA
* * * *
12264 GAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAA
126 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAA
* * *
12329 GGATTGGGTGA-TAATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGA-
191 GGAATGGGTGACT-ATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAC
* * * **
12392 GGTAGACGTTCAATTACAATATGTTTTAACCAATAATGTAAAGCAATTAAA-TCTAAAATCAATT
255 GGTAGACATTCAATTACAATTTGTTTTAA-CAAAAAT-TAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAATT
* *
12456 TGGGATTAAAAAACCATTTAAAGC
317 TGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
12480 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTTGCCTATGAAT-GCATT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCATT
* * * * *
12544 TCTCTTCATGTTTCTCGAGGTCA-ACATTCAATTATTCTCTGTTTTGACTAAAAATGTGAAAAAA
66 T-TCTTCATGTTTCT-GAGGTCAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
* * * * * *
12608 TTCAACTTAAAATCATTTATG-GGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGGTTTTGAAGG
129 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGG-TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
* * * * * * *
12672 TATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATGA-GGT
193 AATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTCACGGT
* * * * *
12736 TGATATTCAATTATC-ATTTGTTTTAAC-----TAAAAAAAATTGAACTTCAAATCAATTTTGAG
258 AGACATTCAATTA-CAATTTGTTTTAACAAAAATTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA-TTTGAG
* * *
12795 AGTATTAAACCATTTAAAGT
321 ATTATAAAACCATTTAAAGC
12815 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
1 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
12839 AGAAAACTAT
Statistics
Matches: 848, Mismatches: 159, Indels: 75
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 17 0.02
335 47 0.06
339 2 0.00
340 189 0.22
341 299 0.35
342 282 0.33
343 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (340 bp):
GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCATT
TTCTTCATGTTTCTGAGGTCAGACATTCAATTATTATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATT
CAACTTAAAATCAATTATGAGGTTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAAT
GGGTGACTATAAATAGACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTCACGGTAGA
CATTCAATTACAATTTGTTTTAACAAAAATTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTTGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGC
Found at i:12760 original size:512 final size:504
Alignment explanation
Indices: 11457--12768 Score: 1364
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 504
11447 NNNNNNNAGT
* *
11457 GAGTAATAAATCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCGAATGAATCCCATT
1 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CATGAAT--CATT
* * *
11522 TTCTTCATGTTTCAT-GAGGTTGACATTCAATT-TATATATGTTTTAACCAAAAGAATAAAAAAA
63 TTCTTCATGTTTC-TCGAGG-TAACATTCAATTAT-TATCTGTTTTAACCAAAA-AGTAAAAAAA
* * *
11585 TTGAACTTAAAATCAATTT-TGATATTTGAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGG
124 TTCAACTTAAAATC-ATTTATGAGATTT-AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
11649 AATAGAAGACTATAAATAGAGTTTTTTTACCAACAATGCTTTTTTTTTCATGTTTTTCATGA--T
187 AATGGATGACTATAAATAGA-CTTTTATACCAACAATGC-CTTTTTTTCATG--TTTCATGAGGT
*
11712 AGACAATCAATTA-CAGTTTATTTTAATAAAAATTATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGA
248 AGACAATCAATTATCAGTTTGTTTTAATAAAAATTATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
11776 AACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAATATTTTCAAGGAATGGGTGACTATGAATGTACTT
313 AACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGATTTAAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *** *
11841 TTCTTACCAATGAATTCTTTTTTCTTCATCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTATTTTCTATTTT
378 TTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTACAATATATTTT
* * *
11906 AACCAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGTTTATAAAACCATATAAAGA
443 AACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATATAAAGA
* * * *
11968 GAATAATAAAGCTTTTGAATGAATCGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCACTGAATCTCTTT
1 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA-TGAA--TCATT
* * * *
12033 TTTTTTACGTTTCTC-ACGGTAGACATTTAATTA-TAGTCTGTTTTAACCAAAAACGTAAAAAAA
63 TTCTTCATGTTTCTCGA-GGTA-ACATTCAATTATTA-TCTGTTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAA
* * ** *
12096 TTTAACTTGAAATCAAATATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTCTTGAAGGA
124 TTCAACTTAAAATCATTTATGAGA-TTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
* * * *
12161 ATGGATGACTATAATTGGACTTTTATTCTCAGTA-AATAG-CTTTTTTGACATGTTTC-TAGAGG
188 ATGGATGACTATAAATAGACTTTTATAC-CA--ACAAT-GCCTTTTTT-TCATGTTTCAT-GAGG
* * * *
12223 CAGGCAATCAATTAT-AGTATGTTTTAATGAAAAATGTA-AAAGAAT-TCAACTTAAAATCAATT
247 TAGACAATCAATTATCAGTTTGTTTTAAT-AAAAAT-TATAAAAAATAT-AACTTAAAATCAATT
*** * * * *
12285 ATGAGGTTATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTAAAAGGATTGGGTGA-TAATAAATG
309 ATGAAACTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAAGATTTAAAAGGAATGGGTGACT-ATAAATG
* * *
12349 GACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACGTTCAATTACAATAT
373 GACTTTTCTTACCAATGAATCCCTTTTTCTTCATCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTACAATAT
* * ** * *
12414 GTTTTAACCAATAATGTAAAGCAATTAAA-TCTAAAATCAATT-TGGGATTAAAAAACCATTTAA
438 ATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACT-TAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATATAA
*
12477 AGC
502 AGA
* *
12480 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACGTTTCTTGCCTATGAATGCATTT
1 GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCC-ATGAAT-CATTT
* * * *
12545 CTCTTCATGTTTCTCGAGGTCAACATTCAATTATTCTCTGTTTTGACTAAAAATGTGAAAAAATT
64 -TCTTCATGTTTCTCGAGGT-AACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAA-GTAAAAAAATT
* * * * *
12610 CAACTTAAAATCATTTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGGTTTTGAAGGTAT
126 CAACTTAAAATCATTTATGAGATT-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT
* * * * *
12675 GGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATGAGGTTGAT
190 GGATGACTATAAATAGACTTTT-ATACCAAC-AATGCCTTTTT-TTCATGTTTCATGAGGTAGAC
*
12740 ATTCAATTATCA-TTTGTTTTAACTAAAAA
252 AATCAATTATCAGTTTGTTTTAA-TAAAAA
12769 AAATTGAACT
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 103, Indels: 79
0.78 0.12 0.09
Matches are distributed among these distances:
509 1 0.00
510 23 0.03
511 179 0.27
512 273 0.41
513 180 0.27
514 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (504 bp):
GAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCATGAATCATTTTC
TTCATGTTTCTCGAGGTAACATTCAATTATTATCTGTTTTAACCAAAAAGTAAAAAAATTCAACT
TAAAATCATTTATGAGATTTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGATGA
CTATAAATAGACTTTTATACCAACAATGCCTTTTTTTCATGTTTCATGAGGTAGACAATCAATTA
TCAGTTTGTTTTAATAAAAATTATAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGAAACTATAAAACCA
TTTAAAGCAAGTAATAAAGATTTAAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGA
ATCCCTTTTTCTTCATCTTTATTGAGGTAGACATTCAATTACAATATATTTTAACCAAAAATGTA
AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAAACCATATAAAGA
Found at i:12913 original size:164 final size:163
Alignment explanation
Indices: 12602--12932 Score: 373
Period size: 164 Copynumber: 2.0 Consensus size: 163
12592 TAAAAATGTG
* * * *
12602 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGGGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGGTTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTT
* * *** *
12667 GAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCCTGCCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATG
66 GAAGGAATAGAAAACTATAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATG
* ** * *
12732 AGGTTGATATTCAATTATCATTTGTTTTAACTAA
131 AGGTTGACAACCAATTATAATTTATTTTAA-TAA
* * * *
12766 AAAAAATTGAACTTCAAATCAATTT-TGAGAGTATTAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATC-ATTTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTT
* * * * *
12830 TGAAGGAATAGAAAACTATAAATAGAGTTTTCTTACCAACGAATGCTTTTTTCTTTACGTTTTTC
65 TGAAGGAATAGAAAACTATAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGCCTTTTTC-TT-CATGTTTC
12895 -T-AGGTAT-ACAACCAATTATAATTTATTTTAATAA
128 ATGAGGT-TGACAACCAATTATAATTTATTTTAATAA
12929 AAAA
1 AAAA
12933 TATAAAANNN
Statistics
Matches: 139, Mismatches: 24, Indels: 9
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
163 7 0.05
164 118 0.85
165 8 0.06
166 6 0.04
ACGTcount: A:0.37, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (163 bp):
AAAAAATTCAACTTAAAATCATTTATGAGAGTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTT
GAAGGAATAGAAAACTATAAATAGACTTTTCCTACCAACGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCATG
AGGTTGACAACCAATTATAATTTATTTTAATAA
Found at i:14281 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 13980--14373 Score: 456
Period size: 171 Copynumber: 2.3 Consensus size: 171
13970 NNNNNNNNNN
** ** * * * *
13980 TACCAATGAATACT-TTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGTAGACATTCAATTATAGTTTATTTTAAT
1 TACCAATGAAT-CTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAAT
* * * *
14044 TAAAAATATAAAAAAATATAACTTAAAATCATTTATGAGATTATAAAACTATTTGAAGCTAGTAA
65 TAAAAATATAAAAAAATATAACCTAAAATAATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
14109 TAATGATTTTGAAAAAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
130 TAAAGATTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
* * *
14151 TACTAATGAATGTCTTTTTCTTTACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAA-T
1 TACCAATGAATCTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATT
*
14215 AAATAA-AGTAAAAAAAT-TGAACCTAAAATAAATTT-TGAGATTATAAAACTTTTTAAAGCGAG
66 AAA-AATA-TAAAAAAATAT-AACCTAAAAT-AATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAG
* ** * *
14277 TAATAAAGCTTTTGAAGGAATATGAGACTATAAGTAGACTTTTCT
127 TAATAAAGATTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
* * *
14322 TTCCAATGAATCTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATA
1 TACCAATGAATCTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATA
14374 GTCTGNNNNN
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 31, Indels: 10
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 7 0.04
171 176 0.94
172 4 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TACCAATGAATCTCTTTTTCTTCACATTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAATCTATGTTAATT
AAAAATATAAAAAAATATAACCTAAAATAATTTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAAT
AAAGATTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATAGACTTTTCT
Found at i:15524 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 15290--16881 Score: 1384
Period size: 171 Copynumber: 9.3 Consensus size: 172
15280 NNNNNNNNNN
* * * *
15290 TTTT-GTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAGGGATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
* * *
15354 GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCTTCCAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTT
66 GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* *
15418 TTATAATCTCAAAATTGATATTAGGTTCAAATTTTTTTACAT
131 TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
* * * *
15460 TATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACGT-ATAGAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCAT
* * * * * * *
15524 TAGAAAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCCTTATCATTCGCATTAAATGG
65 T-GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
15588 TTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACAT
129 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
* * ** *
15631 TTTTCA-TTAAAATAAACTATAATTGAATGTCT-ACATCGAA-AATTGTGAAGAAAAAGGGATTC
1 TTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC-TC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * *
15693 ATTGGTAAAA-AAAA-TCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
63 ATT-G-AAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
15756 TGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACAT
126 TGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
* * * * * *
15803 TATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACAT-ATAAAAAAAGGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCAT
* * * * **
15867 T-AACAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAATCCTTATCATTCGCTTTAAACA
65 TGAA-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCT-CCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG
* * * *
15930 GTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTATAT
128 GTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
* * ** * * *
15974 TTTTCA-TTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTATGTCTAA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATCCA
1 TTTT-AGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTC-AAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA
** * * * ** * * *
16037 TTGGTACGAAAACTCTATTTATAGTCTTTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGA
64 TTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
16102 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC-AA----TTT---T
129 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
** * * * * *
16138 TTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTC-AACCTCATGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCAT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAA-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
** * * * *
16202 TGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACCTTAAATGG
65 TGAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
16266 TTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTT-GAATTATTTTATATT
129 TTTTATAAT-CTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACA-T
* * * * ** * * * *
16310 TTTTA-TTAAAATAGACAATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAATGCATTCATA
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
** * * * *
16374 GGCAAGAAAAGTTCC--TGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
66 GAAAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
16437 TTTATAATCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACAT
130 TTTATAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTTCAA-ATTTTTTTACAT
* * * ** * *
16481 TTTTAGTT-AAACTAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCAT
1 TTTTAGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAT
* * *
16545 TGGCAAA-AAAAGTCCATTTATAATCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGG
65 T-GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
16609 TTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTGTTTTTTACAT
129 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAAT-TTTTTTACAT
* * * * ** * **
16654 TTTTGGTTAAAACCGACAATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAACATACATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
** ********* * *
16719 GGCAAGAAAAGTCCATTNNNNNNNNNNC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGT
66 GAAAAGAAAAGTCCATT-TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGT
* **
16783 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTTAGTTCACTTTTTTTTGACAT
130 TTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTT-ACAT
* ** * * * *
16827 TTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGTCTAGCAT-GAGAAATGTGAAGAAAAA
1 TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAAC-TCAAGAAACGTGAAGAAAAA
16882 AACTTTCATT
Statistics
Matches: 1148, Mismatches: 217, Indels: 111
0.78 0.15 0.08
Matches are distributed among these distances:
163 2 0.00
164 126 0.11
165 2 0.00
167 3 0.00
168 3 0.00
169 5 0.00
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173 254 0.22
174 7 0.01
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TTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATT
GAAAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
TTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAAATTTTTTTACAT
Found at i:15834 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 14569--16856 Score: 1766
Period size: 343 Copynumber: 6.7 Consensus size: 341
14559 NNNNNNNNNA
* * *
14569 GTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTT-ATATTTATTACATTTTTCATTAAAATAAACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAT-TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATA
** * * * * *
14633 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
* * * * *
14698 GTGTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATATCAAAATTGATTT
129 GTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * * * *
14763 TAAGTTTAATTTTTTTATTC-TT-TTAGTTAAAACATA-CATTAATTGAATG-TTAATCTCATGA
194 TAAGTTCAATTTTTTT-TACATTATTGGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTTTAA-CTCAAGA
** * ********** * * *
14824 AATGTAAAGAAAAAGGCATTCATNNNNNNNNNNAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAG
256 AACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
* *
14889 CCTTCTTACTCGCTTTAAATG
321 CCTTATCACTCGCTTTAAATG
* * * * ********** *
14910 GTTTCATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTTTNNNNNNNNNNAGACAATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATA
* ** * * * * * * ** * *
14975 ATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAATGAATTTATAGGCTAGAAAAGCCCA-TTAAA
65 ATTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
* * * * *
15039 GTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTATATAATCTTAAAATTGATT
129 GTCTTCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATT
* * * * * * * * * *
15103 TTAAGTTTAATTTTTTTTACATTTTTGGTCAAACCAGATCAGAATTGAATATCTACCTTAAGAAA
193 TTAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAA
* * * * * *
15168 CAT-AATGAAAAAAAG-ATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAAG
258 CATGAA-G-AAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
*
15231 CCTTATTACTCGCTTTAAATG
321 CCTTATCACTCGCTTTAAATG
********************************** * *
15252 G--TT-T--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTT-GTTAAAACAGACTATAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAA
* ** * ** * *
15311 TTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAGGGATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTATAG
66 TTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAG
* * *
15376 TC-TCTTATTTCTTCCAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATAT
130 TCTTC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * *
15439 TAGGTTCAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAAC
194 TAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAAC
* * *
15504 GT-ATAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATCC
259 ATGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
15568 TTATCATTCGCATTAAATG
323 TTATCACTCGCTTTAAATG
* * *
15587 GTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATA
* * *
15652 ATTGAATGTCTACATCGAAAATTGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCGAAAA-TGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
* *
15717 GTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTT
129 GTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
15782 TAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAAC
194 TAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAAC
* * * *
15847 AT-ATAAAAAAAGGCATTCATTA-ACAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAATC
259 ATGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGA-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGC
* **
15910 CTTATCATTCGCTTTAAACA
322 CTTATCACTCGCTTTAAATG
* * *
15930 GTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-ATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATA
** * * * * *
15995 ATTGAATGTCTATGTCTAAAAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGTACGAAAACTCTATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTC-GAAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATA
* * *
16060 GTCTTTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTT
129 GTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTT
* * * *
16125 TAAGTTCAA----TTTT---TT-TGGGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TCAACCTCATGAAA
194 TAAGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAA-CTCAAGAAA
* * * * * *
16181 CATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCC
258 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC
* *
16246 TTCAT-ACTCACCTTAAATG
323 TT-ATCACTCGCTTTAAATG
* * * *
16265 GTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTTATTAAAATAGACAAT
1 GTTTTATAAT-CTCATAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTAT
* * * * * * * ** * *
16329 AATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAATGCATTCATAGGCAAGAAAAGT-TCCTGAA
64 AATTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTAT
** * *
16393 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATT-AGT
128 AGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA-T
* * * * * **
16457 TTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACTAAATTATAATTGAATGTCTACCTTGAG
192 TTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTATTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAG
** * * * * * *
16521 AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCTATTCCTTCAAAA
255 AAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAA
16586 GCCTTATCACTCGCTTTAAATG
320 GCCTTATCACTCGCTTTAAATG
* * * ** ** *
16608 GTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAATTGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCGACAA
1 GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAA-T-TTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTA
** * * *** * * *
16673 TAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAACATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTNN
63 TAATTGAATGTCTACCTCGA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATT-T
******** * *
16738 NNNNNNNNC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
126 ATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGA
* * * **
16802 TTTTTAGTTCACTTTTTTTTGACATTTTTGGCCAAAACAGATTATAATTGAATGT
191 TTTTAAGTTCAATTTTTTTT-ACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
16857 CTAGCATGAG
Statistics
Matches: 1556, Mismatches: 337, Indels: 103
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
333 1 0.00
334 79 0.05
335 395 0.25
336 40 0.03
337 3 0.00
338 1 0.00
339 9 0.01
340 4 0.00
341 110 0.07
342 245 0.16
343 487 0.31
344 7 0.00
345 82 0.05
346 87 0.06
347 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (341 bp):
GTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAGACTATAA
TTGAATGTCTACCTCGAAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAGAAAAATCTATTTATAGT
CTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTA
AGTTCAATTTTTTTTACATTATTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACAT
GAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTA
TCACTCGCTTTAAATG
Found at i:16149 original size:678 final size:681
Alignment explanation
Indices: 14568--16706 Score: 1648
Period size: 678 Copynumber: 3.1 Consensus size: 681
14558 NNNNNNNNNN
* * * * * *
14568 AGTTTTATAATCTCATAATTGATATTAAGTTATA-TTTATTACATTTTTCATTAAAATAAACTAT
1 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTAT
* * * * * ** *
14632 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAAAAAAAGCATTCATTGGTAAGAAAACTCTATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATCCATTGAAAAGAAAACTCCATTTAT
* * * * * *
14697 AGTGTTTTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTCATAATATCAAAATTGATT
131 AGTCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATA
* * * * * * * * *
14762 TTAAGTTTAATTTTTTTATTCTTTTAGTTAAAACATA-CATTAATTGAATGTTAATCTCATGAAA
195 TTAAGTTCAA-ATTTTTA-T-TATGAGTTAAAACAGATTA-TAATTGAATGTCAACCTCAAGAAA
** * ********** * *
14826 TGTAAAGAAAAAGGCATTCATNNNNNNNNNNAGTCTATTTATAGTCACCCATACCTTTAAAAGCC
256 CATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCC
* * * * * * *
14891 TTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTCATGATCCCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TGTTTACATT
321 TTCATACTCACATTAAATGGTTTTATAATACCATAATTAATTTTAAGTTGAATTAT-TTTACATT
********** * * * ** * * * *
14955 TTNNNNNNNNNNAGACAATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAGGAAAAATGAATTTATAG
385 TTTCATTAAAATAAACAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAG
* * *** * * * * * *
15020 GC-TAGAAAAGCCCATTAAAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTTCTCGCTTTAAATGGTTA
450 GCAAAAAAAATTAC-TGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTT
* * * * * * * * *
15084 TATAATCTTAAAATT-GATTTTAAGTTTAA-TTTTTTTTACATTTTTGGTCAAACCAGATCAGAA
514 TATAATCTAAAAATTAG-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAACTAAATTATAA
* * * ** * *
15147 TTGAATATCTACCTTAAGAAACATAATGAA-AAAAA-G-ATTCATTGGCAAGAAAAGGCCATTTA
578 TTGAATGTCTAACTCAAG-AA-AT-ATGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTA
* *
15209 TAGT-TACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-
640 TAATCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAC
* * ********************************** * *
15250 TG-GTT-T---NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTT-GTTAAAACAGACTAT
1 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTAT
* * *
15309 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAATAAAAAGGGATTCATTGAAAAGAAAAGTCCATTTAT
66 AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATCCATTGAAAAGAAAACTCCATTTAT
* * * *
15374 AGTCTCTTATTTCTTCCAAAGCCTTATTACTCCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATAT
131 AGTCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATAT
* * * *
15439 TAGGTTCAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTAA-CTCAAGAAA
196 TAAGTTCAAA--TTTTT--ATTATGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATG-TCAACCTCAAGAAA
* * * *
15503 CGT-ATAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAATC
256 CATGA-AGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGC
* * * *
15567 CTT-ATCATTCGCATTAAATGGTTTTATTAT-CTCATAATTAATTTTAAGTT-ATATTTTTTTAC
320 CTTCAT-ACTCACATTAAATGGTTTTATAATAC-CATAATTAATTTTAAGTTGA-ATTATTTTAC
* *
15629 ATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACATCGA-AAATTGTGAAGAAAAAGGGATTC
382 ATTTTTCATTAAAATAAACAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAA-TGTGAAGAAAAAGGCATTC
* * * * * ** *
15693 ATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
446 ATAGGCAAAAAAAAT-TACTGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATG
* *
15758 ATTTTATAATCTAAAAATT-GATTTTAAGTTCAA-TTTTTTTTACATTATTGGTTAAAAC-AGAT
510 ATTTTATAATCTAAAAATTAG-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTT-AAACTAAAT
* *
15820 TATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACATAT-AA-AAAAAGGCATTCATTAACAAGAAAAGTCCA
573 TATAATTGAATGTCTAACTCAAG-AA-ATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAAAAAAGTCCA
* * *
15883 TTTATAGT-TACCCATTCCTTCAAAATCCTTATCATTCGCTTTAAAC
636 TTTATAATCT-CCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAC
* * * *
15929 AGTTTTATTATCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTAT
1 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTAT
** ** ** * *
15994 AATTGAATGTCTATGTCTAA-AAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGTACGAAAACTCTATTTA
66 AATTGAATGTCTACCTC-AAGAAACATGAAGAAAAAGGGATCCATTGAAAAGAAAACTCCATTTA
*
16058 TAGTCTTTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
130 TAGTCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTC-CTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGAT
* * * *
16123 TTTAAGTTC-AA-TTTT-TT-TGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACAT
194 ATTAAGTTCAAATTTTTATTATGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACAT
* * * * *
16184 GAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTC
259 GAAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTC
* * * *
16249 ATACTCACCTTAAATGGTTTTATAATACCATAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATATTTTTT
324 ATACTCACATTAAATGGTTTTATAATACCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTC
* * * * * *
16314 ATTAAAATAGACAATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAATGCATTCATAGGCAA
389 ATTAAAATAAACAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAA
* * * * *
16379 GAAAAGTTCCTGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
454 AAAAAATTACTGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAA
* *
16444 TCTCAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAAATTATAATTGAAT
519 TCTAAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAACTAAATTATAATTGAAT
* ** * * ** *
16509 GTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCT
584 GTCTAACTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCC
*
16574 ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAT
649 ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAC
* * * ** **
16607 GGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCTCA-ATTGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACCGAC
1 AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG-TTATA-T-TTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAAC
* ** *
16671 AATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAA
63 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAA
16707 CATACATTCA
Statistics
Matches: 1143, Mismatches: 271, Indels: 88
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
676 53 0.05
677 357 0.31
678 516 0.45
679 21 0.02
680 52 0.05
681 3 0.00
682 5 0.00
684 4 0.00
685 93 0.08
686 39 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.11, T:0.37
Consensus pattern (681 bp):
AGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCATTAAAACAAACTAT
AATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAGGGATCCATTGAAAAGAAAACTCCATTTAT
AGTCTCTTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCCTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATAT
TAAGTTCAAATTTTTATTATGAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCAACCTCAAGAAACATGA
AGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAAAAGCCTTCAT
ACTCACATTAAATGGTTTTATAATACCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTACATTTTTCAT
TAAAATAAACAATAATTGAATGTCTACATCGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAA
AAAATTACTGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATC
TAAAAATTAGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTATTAGTTAAACTAAATTATAATTGAATGT
CTAACTCAAGAAATATGAAGAAAAAGGCATTCATTAACAAAAAAAGTCCATTTATAATCTCCCAT
TCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAC
Found at i:16476 original size:507 final size:507
Alignment explanation
Indices: 15295--16648 Score: 1281
Period size: 507 Copynumber: 2.7 Consensus size: 507
15285 NNNNNTTTTG
* * * *
15295 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGA-ATAAAAAGGGATTCATTGAA-A
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACAT-ATAAAAAAAGGCATTCATT-AACA
* * * ** * * * **
15358 AGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTTCTTCCAAAGCCTTATTACTC-CTTTAAATGGTTTTAT
64 AGAAAAGTCCA-TGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAACAGTTTTAT
* * * * * *
15422 AATCTCAAAATTGATATTAGGTTCAAATTTTTTTACATTATTAGTTAAAATAGATTATAATTGAA
128 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTT-ATATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTGAA
* * * * * * * * * * *
15487 TGTTTAAC-TCAAGAAACGT-ATAGAAAAAGGCATTCATTAGAAAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
192 TGTCTACCTTGAA-AAATGTGA-AGAAAAAGGGATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCT
* * * * * * * * * * *
15550 CCCATTCCTTTAAAATCCTTATCATTCGCATTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTAATTTTAAG
255 CCTATTCCTTCAAAAACCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAG
* * *** * * * * *
15615 -TTATATTTTTTTACATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTACATC--GAAA-ATTG
320 CTCA-A---TTGT---TTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACA---
* * * ** *
15676 TGAAGAAAAAGGGATTCATTGGTAAAAAAAATCTATTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTT
375 TGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTT
* *
15741 ATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTACATTAT
440 ATTACTCACCTTAAATGATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTACATTAT
*
15806 TGG
505 TGA
** *
15809 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAACTCAAGAAACATATAAAAAAAGGCATTCATTAACAAG
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATATAAAAAAAGGCATTCATTAACAAG
* * * * * *
15874 AAAAGTCCATTTATAGTTACCCATTCCTTCAAAATCCTTATCATTCGCTTTAAACAGTTTTATTA
66 AAAAGTCCA-TGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAACAGTTTTATAA
* *
15939 TCTCATAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTATATTTTTCA-TTAAAATAAACTATAATTGAATG
130 TCTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAATAAACTATAATTGAATG
** * ** * * **
16003 TCTATGTCT-AAAAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGTACGAAAACTCTATTTATAGTCTTTT
194 TCTACCT-TGAAAAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCTCCT
* * *
16067 ATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTC
258 ATTCCTTCAAAAACCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCTC
*
16132 AATT-TTTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACATGAAGAGAAAGGC
323 AATTGTTTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGC
* *
16196 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACCTT
388 ATTCATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCACCTT
* * * * * * *
16260 AAATGGTTTTATAATAC-CATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTATTTTATATTTTTTA
452 AAATGATTTTATAAT-CTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTACATTATTGA
* * * ** * * * *
16315 TTAAAATAGACAATAATTGATTGTCTACCTTGAG-AA-ATGTGAGGAAAAATGCATTCA-TAGGC
1 TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATAT-A-AAAAAAGGCATTCATTA-AC
* **
16377 AAGAAAAGTTCC-TGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTA
63 AAGAAAAG-TCCATGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAACAGTTTTA
* * *
16441 TAATCTCAAAATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAAATTATAATT
127 TAATCTCAAAATTGA-TTTTAAGTT--ATATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAACTATAATT
* * *
16505 GAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAATC
189 GAATGTCTACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATC
* * *
16570 TCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
254 TCCTATTCCTTCAAAAACCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAA
16635 GCTCAATTGTTTTT
319 GCTCAATTGTTTTT
16649 TACATTTTTG
Statistics
Matches: 694, Mismatches: 123, Indels: 52
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
504 4 0.01
505 69 0.10
506 61 0.09
507 280 0.40
508 7 0.01
509 4 0.01
510 2 0.00
511 2 0.00
513 3 0.00
514 222 0.32
515 39 0.06
516 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TTAAAACAGACAATAATTGAATGTCTAACTCAAGAAACATATAAAAAAAGGCATTCATTAACAAG
AAAAGTCCATGAAAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAACAGTTTTATAAT
CTCAAAATTGATTTTAAGTTATATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAAACTATAATTGAATGTC
TACCTTGAAAAATGTGAAGAAAAAGGGATCCATTGGCAAAAAAACTCCATTTATAATCTCCTATT
CCTTCAAAAACCTTATCACTCACTTTAAATGATTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAGCTCAAT
TGTTTTTGGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCAACCTCATGAAACATGAAGAAAAAGGCATT
CATTGGCAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACTCACCTTAAAT
GATTTTATAATCTAAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTATTTTACATTATTGA
Found at i:16600 original size:173 final size:173
Alignment explanation
Indices: 16153--16881 Score: 762
Period size: 173 Copynumber: 4.2 Consensus size: 173
16143 GTTAAAACAT
* * ** *
16153 ATTATAATTGAATGTCAACC-TCATGAAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGA-GAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * *
16217 ATTTATAGTCACCTATACCTTCAAAAGCCTTCA-TACTCACCTTAAATGGTTTTATAATAC-CAT
65 ATTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT-CTCAA
* * * * *
16280 AATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTATA-TTTTTTA-TTAAAATAG
128 AATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAG
** * * * *
16324 ACAATAATTGATTGTCTACCTTGAGAAATGTGAGGAAAAATGCATTCATAGGCAAGAAAAGTTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAG-TCC
* *
16389 --TGA-AAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
65 ATTTATAA-TCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAA
*
16451 ATT-AGTTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAA
129 ATTGA-TTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAG
* *
16496 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAAAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * *
16561 TTTATAATCTCCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAAT
66 TTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
* * * *
16626 TGATTTTAAGCTCAATTGTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-CG
131 TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTT-AAACTAG
** * * * **
16669 ACAATAATTGAATGTCTACCTTTAGAAACGTGAAGAAACATACATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
********* * *
16734 TTNNNNNNNNNNC-ATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
66 TT-TATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAA
* * * * **
16798 TTGATTTTTAGTTCACTTTTTTTTGACATTTTTGGCCAAAAC-AG
130 TTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAG-TTAAACTAG
* *
16842 ATTATAATTGAATGTCTAGCATGAGAAATGTGAAGAAAAA
1 ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAA
16882 AACTTTCATT
Statistics
Matches: 464, Mismatches: 79, Indels: 28
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 71 0.15
171 56 0.12
172 65 0.14
173 260 0.56
174 8 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (173 bp):
ATTATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
TTTATAATCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAAT
TGATTTTAAGTTCAATTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAACTAG
Found at i:17933 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17756--18171 Score: 566
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
17746 NNNNNNNNNN
** * * *
17756 ATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGAC-TTAAATGGTTTTATAATCTAACAATCG
1 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTG
* ** * *
17820 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAA-G
65 ATTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCT-AAGG
* * * *
17884 AAACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTT
129 AAACATGCAGAAAAAGCCATTCACTAAGAAGAAAAGTCCATTT
* * * *
17927 ATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAGTTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA
*
17992 TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCTAAGGAA
66 TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTAAGGAA
* *
18057 ACATGTAGAAAAAGCCATTCACTAAGAGGAAAAGTCCATTT
131 ACATGCAGAAAAAGCCATTCACTAAGAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
18098 ATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA
18163 TTTTAAGTT
66 TTTTAAGTT
18172 AANNNNNNNN
Statistics
Matches: 214, Mismatches: 29, Indels: 4
0.87 0.12 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 211 0.99
ACGTcount: A:0.33, C:0.15, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
ATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTAATAATTGA
TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTAAATGCCTGCCTAAGGAA
ACATGCAGAAAAAGCCATTCACTAAGAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:18242 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17756--18273 Score: 542
Period size: 171 Copynumber: 3.0 Consensus size: 169
17746 NNNNNNNNNN
** * * * * *
17756 ATAGTCACTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTTGAC-TTAAATGGTTTTATAATCTAACAATCG
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* ** * * *
17820 ATTTGAAGTTGAATTTTTTTACGTTTTTAGTTAAAATAGACTATAATTAAATGCTTGCCTCAAGA
65 ATTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGC-TGCCTCAAGA
* * *
17885 AACATGCAGAAAAAGCCATTCATTGATAAGAAAAGTGCATTT
129 AACATGCAGAAAAAGCCATTCA-TAAGAAGAAAAGTCCATTT
* * * * *
17927 ATAGTCACCCATTCCTTTAGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAGTTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
*
17992 TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGTTTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTGCCT-AAGGA
66 TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCAA-GA
* *
18056 AACATGTAGAAAAAGCCATTCACTAAGAGGAAAAGTCCATTT
129 AACATGCAGAAAAAGCCATTCA-TAAGAAGAAAAGTCCATTT
* * *
18098 ATTGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATTATCTCATAATTGA
1 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
********** * *
18163 TTTTAAGTT-AANNNNNNNNNNATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAA
66 TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATG-CTGCCTCAAGAA
* *
18227 ACAT-AAGGAAAAAAG-CATTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTT
130 ACATGCA-G-AAAAAGCCATTCATAAG-AAGAAAAGTCCATTT
18268 ATAGTC
1 ATAGTC
18274 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 46, Indels: 15
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 4 0.01
170 72 0.24
171 217 0.74
172 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
TTTTAAGTTGAAAGTTTTTACGATTTTAGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCTGCCTCAAGAAA
CATGCAGAAAAAGCCATTCATAAGAAGAAAAGTCCATTT
Found at i:19266 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18592--19337 Score: 496
Period size: 172 Copynumber: 4.3 Consensus size: 171
18582 NNNNNNNTCA
* * * * * * * *
18592 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTGGAAAAACATAAAGGAAAAA-GTATTCATTCGCAA
1 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTGGCAA
* * ** * ** *
18656 GAGAACTCCATTTAAAGTCTTCTATT-TCTCTAAAAGCCTTATTACTAACTTTAAATAGTATTAT
65 GAAAACTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTC-AAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
* * ** * *
18720 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTGTTTTAC-TTTTTCGC
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAATCCAATTT-TTTTACATTATT-GG
* * * ** * * * * * ** *
18764 TTGAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCATGTGAAATATGAAGAAAAAAACATTCATTTGCAAG
1 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* ** *********** * * * *
18829 AAAAGTTTATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGCTTTATAA
66 AAAACTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAA
* * * ** * ** *
18894 ACGCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTCTTTTATGTGT-TTAG
131 TCTCAAAATTGATTTTAAATCCAATTT-TTTTACAT-TATTGG
* * * *
18936 TGAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCATAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
19001 AGAACTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTTCAAAAGCCTTTTTACGCACTTTAAATAGTTTTATAA
66 AAAACTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAA
**
19066 TCTCAAAATTGATTTTAGGTCCAATTTTTATTACATTATTGG
131 TCTCAAAATTGATTTTAAATCCAATTTTT-TTACATTATTGG
** * * *
19108 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAT
1 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
* * *
19173 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTT-AAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
66 AAAACTCCATTTATAGTCACCTATT-CTTTCAAAAGCCTT-ATTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
********** ** *
19236 ANNNNNNNNNNTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGG
129 AATCTCAAAATTGATTTTAAATCCAATTTTTTTACATTATTGG
* * * * *
19279 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATT
1 TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATT
19338 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 437, Mismatches: 129, Indels: 17
0.75 0.22 0.03
Matches are distributed among these distances:
171 73 0.17
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173 7 0.02
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG
AAAACTCCATTTATAGTCACCTATTCTTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAA
TCTCAAAATTGATTTTAAATCCAATTTTTTTACATTATTGG
Found at i:19424 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 18592--19440 Score: 456
Period size: 172 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
18582 NNNNNNNTCA
* * * * * *
18592 TTAAAACAGACTATAATTGAATGTCTATCTGGAAAAACATAAAGGAAAAA-GTATTCATTCGCAA
1 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAACATGAA-GAAAAAGGCATTCATTAGCAA
* * * * * ** * * * * * *
18656 GAGAACTCCATTTAAAGTCTTCTATTTCTCTAAAAGCCTT-ATTACTAACTTTAAATAGTATTAT
65 TAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * * * *
18720 AATCTCAAAATTAATTTTAAGTTTAATTTGTTTTAC-TTTTTCGC
129 AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTATT-GG
* * ** * * * ** *
18764 TTGAAATAGATTATAATTGAATGTATGCCATGTG--AAATATGAAGAAAAAAACATTCATTTGCA
1 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACC-TG-GAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCA
* ** * ********** * *
18827 AGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCNNNNNNNNNNAAGCCTT-ATTACTCGCTTTAAATGGCTTTA
64 ATAAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTA
* * * * * ** *
18891 TAAACGCATAATTGATTTTAGGTTCAATTTCTTTTATGTGT-TTAG
128 TAACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACAT-TATTGG
* * * * * * * * * *
18936 TGAAAACATACAATAATTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGCATAAAAAAGCATTCATTGGCAAG
1 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAT
* * * * * * * *
19001 AGAACTCCATTTATAGTCTCCTATT-CTTTCAAAAGCCTT-TTTACGCACTTTAAATAGTTTTAT
66 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTT-AAAAG-CTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * **
19064 AATCTCAAAATTGATTTTAGGTCCAATTTTTATTACATTATTGG
129 AACCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTATTGG
* * ** * * *
19108 TTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCTGGAGAAACATGAAGAAAAAGGGATTCATTGGCAAT
1 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAT
* * *
19173 AAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAN
66 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
********* * *
19238 NNNNNNNNNTGATTTTAAATTGAATTTTTTTACATTTTTGG
131 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGG
* * * ***
19279 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTGTACCTTGAAAAACTTGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCNNN
1 TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAT
******* * * *
19344 NNNNNNNCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCTTTATTGCTCGCTTTAAATGGTTTTATAA
66 AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
* *
19409 CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTA
131 CCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
19441 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 513, Mismatches: 152, Indels: 25
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 149 0.29
172 352 0.69
173 9 0.02
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.12, T:0.37
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TTAAAAAAGACAATAATTGAATGTCTACCTGGAAAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAT
AAAAGTCCATTTATAGCCACCCATTCCTTTAAAAGCTTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
CCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGG
Found at i:19989 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 19541--20253 Score: 628
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 170
19531 NNNNNNNNNN
* * * * * * *
19541 TTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATATGTTTTAACCAATAATGTAATAAAATTTGAACCTAA
1 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAGCAA-AAAAATTGAACCTAA
* * * * *
19606 AATCAATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGACTTTTGAAGGAATAGGAGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACT
* * * * * *
19671 ATAAAT-AGAGTTCTCTTGCCAATGAATG-TTTTTTCCTCATG
129 ATAAATGA-ACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
* * *
19712 TTTCTCAAGGTAGACTTTCAATTATTATCTATTTTAACAAAAAA-CATAAAAGAAATTGAACCTA
1 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGC--AAAA-AAATTGAACCTA
* * ** *
19776 AAATCAATTATG-CATT-TAGAAAGCCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTATTGAAGGAATGGGTG
63 AAATCAATTATGAGATTATA-AAA-CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAG
* *
19839 ACTATAAATGAATTTTTATTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
126 ACTATAAATGAACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
* * * *
19884 TTTCACATGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAAGCAAAAAAGCAAAACAAATTAAACTTAA
1 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA-CAAAAAAGCAAAA-AAATTGAACCTAA
* * * ** * * *
19949 AATGAATTTTGAGATTATAATACCATTTAAAGTTAGTAATAAAGCCTTTGAAGGAATAAAAGACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACT
* * *
20014 ATAAATGGACTTTTCTTTCCAATGAATGCCTTTTT-TTCATA
129 ATAAATGAACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
** * ********* * * * *
20055 TTTCTTGAGATAGACATTCAATTATAGTCTNNNNNNNNNNAAAATGTAAAAAAAATTCAACTTAA
1 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACAAAAAAG-CAAAAAAATTGAACCTAA
* * * * * * * *
20120 AATTAAATATCAGATAATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGACA
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACT
* * *
20185 ATAAATGGACTTTTATTGCCAATGAATCCCTTTTTCTTCATG
129 ATAAATGAACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
* *
20227 TTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
1 TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAA
20254 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 438, Mismatches: 90, Indels: 27
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 13 0.03
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173 12 0.03
174 3 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.12, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
TTTCTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAAAAAAGCAAAAAAATTGAACCTAAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATAAGAGACTAT
AAATGAACTTTTATTGCCAATGAATGCCTTTTTCTTCATA
Found at i:20959 original size:117 final size:107
Alignment explanation
Indices: 20752--20976 Score: 227
Period size: 117 Copynumber: 2.0 Consensus size: 107
20742 AAGGAATGAG
** * * * *
20752 TGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGGATGACTTTTTTTAAACATTTCTTGAGGCAGGCATT
1 TGACTATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTAAACATTTCCTAAGGCAGGCATT
*
20817 CAATTATAGTCTGTTTTAACCAAAAAC-AAAGAAAAATTCAAC
66 CAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAACGAAA-AAAAATTCAAC
* *
20859 NNNNNNNNNNTGACTATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGAATGGCTTTTTCTATACATTTCCTAA
1 ----------TGACTATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTAAACATTTCCTAA
* * * *
20924 GGTAGGTATTCAATTATAGTCTGTCTTAACTAAAAACGTAAAAAAATTCAAC
56 GGCAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAACGAAAAAAAATTCAAC
20976 T
1 T
20977 TAAAATTAAT
Statistics
Matches: 94, Mismatches: 13, Indels: 12
0.79 0.11 0.10
Matches are distributed among these distances:
107 1 0.01
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ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.11, T:0.35
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TGACTATAAATAAACTTTTCTTCTCAATGAATGACTTTTTCTAAACATTTCCTAAGGCAGGCATT
CAATTATAGTCTGTCTTAACCAAAAACGAAAAAAAATTCAAC
Found at i:23238 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 22537--24184 Score: 1809
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 170
22527 NNACCCAAAG
* * ** *
22537 TCAATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-ATTAGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTA-GTGACTA
* * * * * * *
22601 TAAATGGACTTTTCTTGCCATTGAATCCCTTTTTCTTCACGTTTCTCTATGCAGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * ** * *
22666 TAATCTATTATGGCCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAA
130 TAGTCTGTTTTAACCAAAAA--T-ATAAAAAATTCAACTTAAAA
* * **
22709 TCAATTATGAGATTAAAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
* * **
22774 AAATGGACTTTTCATGCCAATGAATGTCTTTTTT-TTCATGTTTCTCAAAGTAGGTATTCAATTA
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG-CTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * *
22838 TAGTCTATTTTAACTAAGAACATAAAAAATTCAACTTAAAA
130 TAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
22879 TCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTGAGTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
* * * * * *
22944 AAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTTCTCTAGGTAGACGTTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* ** * *
23008 AGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAACAAAAGTCAACTCAAAA
131 AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAA
* ** *
23049 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
* * * * ** *
23114 AAATGGACTTTTCTTGCTAATTAATGCTTTTTTCTTTATGCTTCTTGAGGTCGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * *
23179 AGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAATTTAAAA
131 AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAA-AAATTCAACTTAAAA
* * * ** ** * *
23220 TCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAATAATGGGTCAATAT
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
* *
23285 AAATAGACTTTTCTTGCCAATTAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
66 AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
* * * * * *
23350 AATCTGTTTTGACCCAAAATTTAAAAAAATTGAACTCAAAA
131 AGTCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
23391 TCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAA-TAGGAGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTA-GTGACTA
* * *
23455 TAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCGAA-GTAGACATTCAATT
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAATT
*
23519 ATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAA
129 ATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAA
* * * * * *
23562 TTAATTATGAAACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGT-GTGATTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-TAGTGACTA
* * * * * * *
23626 TAAATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGC-TTTTTCTACATGTTT-TCTGAGGCAAACAATGAA
65 TAAATGGACTTTTCTTGC-CAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGTAGACATTCAA
* **
23688 TTATAGTATGTTTTAATGAAAAATATAAAACAATTCAACTTAAAA
127 TTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAA
* *
23733 TCAATTATAAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAA-TAGGTGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTA-GTGACTA
* * * *
23797 TAAATGGAC-TTTCTTACTAATGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
* * * * *
23861 TAATCTGTTTTAACCAATAATGTTAAAAAATTGAAGC-TGAAA
130 TAGTCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAA-CTTAAAA
* * * * *
23903 TCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTTAGTAATCAGGCTTTTGAAGGAA-TAGAAGACTA
1 TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAG-TGACTA
* *
23967 TAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
65 TAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTA
*
24032 TAGTCTAG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA
130 TAGTCT-GTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAA
* * * *
24074 TC-ATCTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG-ATTGGGTGACT
1 TCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATT-AGTGACT
* * * *
24137 ATAAATGGACATTTCTTGCCATTGAATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTC
64 ATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
24185 TATNNNNNNN
Statistics
Matches: 1239, Mismatches: 205, Indels: 65
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 6 0.00
169 67 0.05
170 304 0.25
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172 123 0.10
173 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATTAGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTAT
AGTCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAA
Found at i:24064 original size:512 final size:510
Alignment explanation
Indices: 22539--24181 Score: 1922
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 510
22529 ACCCAAAGTC
* * * * * *
22539 AATTATGGGTTTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTAG-GTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GTGTGACTATA
* * * * *
22603 AATGGACTTTTCTTGC-CATTGAATCCCTTTTTCTTCACG-TTTCTCT-ATG-CAGACATTCAAT
65 AATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTTCT-TGAGGTCA-ACAATCAAT
* * * *** * * * *
22664 TATAATCTATTATGGCCAAAAATGTAAAAAAAAATT-AATTTAAAATCAATTATGAGATTAAAAA
127 TATAGTATATTTTAATCAAAAA--TATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
*
22728 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGCGTGACTATAAATGGACTTTTCATGCCA
190 ACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
* * * ** * * *
22793 ATGAATGTCTTTTTTTTCATGTTTCTCAAAGTAGGTATTCAATTATAGTCTATTTTAACTAAGAA
254 ATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AA
** * * *
22858 CATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
318 TTTAAAAAATTGAAC-TAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCT
* * * * * *
22923 TTTAAAGGAAT-GAGTGAGTATAAATAGACTTTT-TTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTATGTTT
382 TTTGAAGGAATAGA-AGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTT
* * * * * * * *
22986 CTCTAGGTAGACGTTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGCAACAAAAGTCAACTCAAAATC
446 CTCAAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
* * *
23051 AATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGAAT-TAGTGACTATA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGT-GTGACTATA
* * * * *
23115 AATGGACTTTTCTTGCT-AATTAATGCTTTTTTCTTTATG-CTTCTTGAGGTCGACATTCAATTA
65 AATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGC-TTTTTCTTCATGTTTTCTTGAGGTCAACAATCAATTA
* *
23178 TAGTCTATTTTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
129 TAGTATATTTTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTA
* * ** * * * *
23243 TTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTTGAAATAATGGGTCAATATAAATAGACTTTTCTTGCCAATTA
194 TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA
* *
23308 ATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTGACCCAAAATTTA
258 ATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACCAAAATTT-
* *
23373 AAAAAATTGAACTCAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGCCTTTT
321 AAAAAATTGAACT-AAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * * * *
23438 GAAGGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATAAATGCTTGTTTCTTCATGTTTCTCG
385 GAAGGAATAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC-
* *
23503 AA-GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTCAACTTAAAATT
449 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
* * * * *
23564 AATTATGAAACTATAAAACAATTTAAAGTGAGTAATAAAGCTTTTGAAGGAATGTGTGATTATAA
1 AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAA
* * *
23629 ATGAACTTTTCTT-CTCAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTTC-TGAGG-CAAACAATGAATTA
66 ATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTTTCTTGAGGTC-AACAATCAATTA
* * * *
23691 TAGTATGTTTTAATGAAAAATATAAA-ACAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGATTATAAAACC
129 TAGTATATTTTAATCAAAAATATAAAGA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT
* * *
23755 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTTAAGGAATAGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTACTAATG
193 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
*
23819 AATCCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAATAATGT
257 AATGCCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAA-AAT-T
* * * *
23884 TAAAAAATTGAAGCTGAAATCAATTTTGAGATTATAAAGCCATTTAAAGTTAGTAATCAGGCTTT
320 TAAAAAATTGAA-CTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
*
23949 TGAAGGAATAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAAGGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
384 TGAAGGAATAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTC
*
24014 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTAG-TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAA-T
449 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCT-GTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
* * * * * *
24075 CATCTATGAGATTATAAAACCACTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGATTGGGTGACTATA
1 AAT-TATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATA
* * *
24140 AATGGACATTTCTTGC-CATTGAATCCCTTTTTCTTCATGTTT
65 AATGGACTTTTCTTGCTCAATGAAT-GCTTTTTCTTCATGTTT
24182 CTCTATNNNN
Statistics
Matches: 967, Mismatches: 137, Indels: 54
0.84 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 10 0.01
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514 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (510 bp):
AATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGTGTGACTATAA
ATGGACTTTTCTTGCTCAATGAATGCTTTTTCTTCATGTTTTCTTGAGGTCAACAATCAATTATA
GTATATTTTAATCAAAAATATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
TAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAATG
CCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAATTTAAAAA
ATTGAACTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA
ATAGAAGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAG
ACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATT
Found at i:25206 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24742--25924 Score: 1206
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
24732 NNNNNNNNNN
* ** * ** * * *
24742 TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTAGCTCT-AGAAATGTGAAGAAAAAGGTATTTATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCT-TAAGAAACATGAA-AAAAATGCATTCATTG
* * *
24806 GCATGAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTT
64 GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTT
* * *
24870 TTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTATATTT
128 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTACATTT
* * * * ** * * * *
24914 TTGATCATAACAGACTATAACTGAATGTGTACCTCAAGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAATGCATTCATTGG
* ** * * *
24979 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTT
* *
25044 ATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACTTTT
130 ATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* ** * *
25085 TTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGACAAAAAATGCATTCACTAG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGA-AAAAAATGCATTCATTGG
*
25150 -AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAGGGTTTT
65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTT
* **
25214 ATAATCTCA-AAATTGATTTTACA-TTCAATTTTTTTTTATATT
130 ATAATCTCATAAA-TGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACAT-TT
*** * * * * * * * * *
25256 TTCACTAAAATAAACTGTAATTGAATGCATGCC-TAGGGAACCGTGTAGAAAAA-GCCATTCATT
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTA-AGAAACATG-AAAAAAATG-CATTCATT
** * *
25319 GAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTGATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGT
63 G-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGT
* *
25382 TTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
127 TTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
25426 GTGGTTAAAATAGACAACAATTGAATGCCTATCTTGAGAAACATGAAAAAAAATACATTCATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAATGCATTCATTGG
* * *
25491 TAAGAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAAATATTCACTTTAAATGGTTTT
65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTT
* *
25555 ATAATGTCA-AAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACATTT
130 ATAATCTCATAAA-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
** *
25596 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATTTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAA-AAAAATGCATTCATTGG
*** * *
25661 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTACATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTT-GCTTTAAATGGTTT
65 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTA-TTCACTTTAAATGGTTT
* * *
25725 TATAATCTCATAAATGATTTTATGTTCAATTTTTTTACATTC
129 TATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
* * * * * * *
25767 TTAGTTAAAATAGTCTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAACCATGTAGAAAAA-GCCATTCATTG
1 TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATG-AAAAAAATG-CATTCATTG
* * * * *
25831 GGAAG-AAAGATCCATTTGTAGTCACCCATTCCTCCAGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTT
64 GCAAGAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTT
* * *
25895 TTAAAATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA
128 TTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAA
25925 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 841, Mismatches: 145, Indels: 51
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 8 0.01
170 288 0.34
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172 146 0.17
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
TTGGTTAAAACAGACTATAATTGAATGCCTACCTTAAGAAACATGAAAAAAATGCATTCATTGGC
AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTA
TAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTT
Found at i:25416 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 24810--25924 Score: 1307
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 336
24800 TTATTGGCAT
* * *
24810 GAAAAGTCCATTTATAGTC-CCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATGGTTTTTT
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-CATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAT
* * *
24874 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTTTATATTTTTGATCATAACAGACTATAACTGA
65 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATA-TTTTGAT-AAAACAGACTATAATTGA
* * *
24938 ATGTGTACCTCA-AGAAACATGAAGAAAAAAGAATTCATTTGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
128 ATG-CTACCT-AGAGAAACATGAAG-AAAAAGCATTCA-TTG-AGAAAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
25001 TCTTATTCCCTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAA
188 AC-TATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAA
* * * ** *
25066 GTTGAATTTTTTCACTTTTTTGGTTAAAACAGACAATAATTGAATGTATACCTTAAGAAACATGA
252 GTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTATCTTAAGAAACATGA
* *
25131 CAAAAAATGCATTCACTAGAA
317 -AAAAAATGCATTCATTGGAA
*
25152 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAAGGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * * * *
25217 ATCTCAAAATTGATTTTACA-TTCAATTTTTTTTTATATTTTCACTAAAATAAACTGTAATTGAA
66 ATCTCAAAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTTTATATTTTGA-TAAAACAGACTATAATTGAA
* * * * *
25281 TGCATGCCTAGGGAACCGTGTAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTG
129 TGC-TACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACT-
* * * *
25346 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGGTTTTAAGTTG
191 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTG
* * *
25411 AATTTTTTTACATTTGTGGTTAAAATAGACAACAATTGAATGCCTATCTTGAGAAACATGAAAAA
256 AATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTATCTTAAGAAACATG-AAAA
*
25476 AAATACATTCATTGGTAA
320 AAATGCATTCATTGG-AA
* *
25494 GAAAAGTCCA-TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTAAATATTCACTTTAAATGGTTTTATA
1 GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATA
* * ** *
25558 ATGTCAAAATTGATTTTAAGTAGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGACTATAATTGAAT
66 ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTT-GATAAAACAGACTATAATTGAA-
* *
25622 TTCTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTG-GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGTA
129 TGCTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTC--A
* * * *
25686 C-ATTTCTTCAAAAGCCTTATTAGTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTATGT
189 CTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGT
* * * * * * * *
25750 TCAATTTTTTTACATTCTTAGTTAAAATAGTCTATAATTGAATGCCTATCTCAAGAACCATGTAG
254 TGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTATCTTAAGAAACATG-AA
25815 AAAAA-GCCATTCATTGGGAA
318 AAAAATG-CATTCATT-GGAA
* * * * *
25835 G-AAAGATCCATTTGTAGTCACCCATTCCTCCAGAAGCCTTATTATTCGCTTTAAATGGTTTTAA
1 GAAAAG-TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTAT
* *
25899 AATCTCATAATTGATTTTCAGTTGAA
65 AATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAA
25925 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 660, Mismatches: 90, Indels: 46
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 57 0.09
341 385 0.58
342 200 0.30
343 17 0.03
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (336 bp):
GAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTATTCACTTTAAATGGTTTTATA
ATCTCAAAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTTATATTTTGATAAAACAGACTATAATTGAATG
CTACCTAGAGAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTATTCC
TTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAATGATTTTAAGTTGAATTT
TTTTACATTTTTGGTTAAAATAGACAATAATTGAATGCCTATCTTAAGAAACATGAAAAAAATGC
ATTCATTGGAA
Found at i:27893 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27524--27932 Score: 433
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
27514 NNNNNTCATC
* * *
27524 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTC----GTGATTTTAAGTT
1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * ** * *
27585 GATTTTTTTTTATATTTTGGGTTAAAACAAACTATATTTGAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAA
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*
27650 AAAAAGCATTCATTAACAAAAAAAGTCTCTTTATAATCACGT
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* *
27692 -ATCCCTTCAAAAG-CTCCATTACTCGCTTTAAAT-ATATTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
1 CATTCCTTCAAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGAT-TTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
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* * * * * * * *
27818 AGAAAAGGCCAATGATTGAGAAAACAAGTC-CATTTATAGTTAC-T
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* * *
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1 CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
*
27927 AAATTT
66 GAATTT
27933 TTTTTGTNNN
Statistics
Matches: 198, Mismatches: 31, Indels: 21
0.79 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
166 3 0.02
167 38 0.19
169 1 0.01
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171 97 0.49
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Consensus pattern (171 bp):
CATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT
GAATTTCTTTATATTTTGCATTAAAACAAACTATAATTGAATGTCTACCTCGAGAAACATGAAAA
AAAAGCAATCATTAACAAAAAAAGTCTCTTTATAATCACGT
Done.