Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398261.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1564.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
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Warning! 1104 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:419 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 1--4024 Score: 3015
Period size: 171 Copynumber: 23.6 Consensus size: 169
* * * **
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* * * * * * *
64 TTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTGTTTATATTTTGGGTTAAAACT
64 TTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACA
* * * *
129 GATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGT
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * *
237 TAATG-GTTTATAATCTCATAATTGAATTTATGTTGAATTGTTTTACAATTTTGGTAAATACAGA
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* * * *
301 TTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAAGGTGATGAAAAGG
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* * * * * * *
341 C-TGTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTGACCCATTCCTTTGGAAGCCTTATTACTCACTT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * ** *
405 TAAATGATTTTATAATCCCTTAATTGA-TTTATGTTAAATTTTTTTACGTTTTTTTATTAAAATA
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTAC--ATTTTTGGTAAAACA
** * * * * *
469 GGCTATAATTGAATGCCTGCCCT-GGCAAACATGAAGAAAAAG
128 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAAAGG
* * * * * * *
511 CTATTCATTAGCAAGAAAGGTTCATTTATAG-CTACCCATGAC-TTCAGAAGCCTAATTACTCAC
1 C-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACCCATGCCTTTGA-AAGCCTTATTACTCGC
* * * * *
574 TTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGCTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
63 TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAAC
* * * * * *
639 AGATTATAATTGAATTTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
127 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
** * ** * * * **
683 CATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
748 AAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACGTTTTTGGTGAAAATAG
66 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAG
* * ** *
812 ATTATAATTGATTG-CTTG-TTTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGA
129 ATTATAATTGAATGTC-TGCCTT-AAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * *
854 CATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
919 AAA-CAGTTTTATAATCTCATAA-TGACTTTTAAGCTT-AA-TGTTTTAGATTTTTGGCT-AAAC
66 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTT-AGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAAC
* * * * *
979 AGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAGC
127 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGG
* * * * * * * *
1022 CATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACTCAAG-CTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCAT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * **
1086 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATGTTTTACATTTTTTGTCAAAATTG
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAG
* ** * *
1151 ATTATAATTGAATATCTGCCTTGAA-AAATATAAAGAAAAAGT
129 ATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACGTGAAG-AAAAGG
*** * * ** * * * *
1193 CATTCATTGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGGT-ATCCTTGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA-GTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * * * *
1257 TAAATGGTTTTATAATCTCGTAACTGATTTTATGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAA
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAACAG
* * * * * *
1322 ATTATAGTTGAAAGTCTACCTTGA-AAATGTGAAGAAACAGC
129 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAA-AGG
* * * * * *
1363 CATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCTATACCTTTGAAAGCGTTATTACGCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * *
1428 AAATG-GTTTATAATCTCATAATTAATTTTATATTTAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAACAGA
* * * *
1491 TTATAATTGAATATCTACTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGT
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * * * * **
1532 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTAGACGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * ** * * * * * *
1597 AAATG-GTTTGTAATCAAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTAGTTCAAACAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTAAAACAGA
* * * * *
1661 TTATAATTGAATGACTGCCTCAAGAAACATAAATAAAAAGG
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAGG
* * * * * * *
1702 CATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCA-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** * * *
1766 AAATGGTTTTAGAATCTTATAATTGATTTTACGTAAAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACTGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTAAAACAGA
* * **
1831 TTATAATTGAATATCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAAC
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * * * * * *
1872 CACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAAATACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
1937 AAATG-GTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTGAAAACAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAGA
* * * * * * *
2001 TTATATATTTAAAGTTTGCCTCAGGAAAGGTGATGAAAAAGG
130 TTATA-ATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * * *
2043 C-TATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *** **
2107 TGAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTTGTTTTTTATTAAAACA
65 TAAATGATTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTTACATTTTTGGTAAAACA
* * * ** * *
2171 GACTATAATTGAATGTATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGT
128 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * *
2214 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCATGACTTCGAAAGCCTAATTACTCGC-TT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * *
2278 AAATGATTTTATAATCTTATATTTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGA
* * * * *
2343 TTATAATTGAATGTCTGCTTTAGGAAACATGAAAAAAAAGC
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAGG
* * * * * * *** * *
2384 CATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTTACTCATGCCTTTAAAATTATAATTACTCGCTTG
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
2449 AAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGATTGAAATATTTTACATTTTTGGTGAAAATAG
66 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAAACAG
* * * * * *
2513 ATTATAATTGATTGTTTACCTCGAA-AAATGTGAAGAAAA-A
129 ATTATAATTGAATGTCTGCCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAGG
* * * * * * *
2553 CATTCATTGGCAAGCAAAGTCCTTTTGTGGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
2618 AAACGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA-TGTTTTAGATTTTTGGCTAAAACAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACAGA
* * *
2682 TTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAGG
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGG
* * * * ** * *
2722 CATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTT
1 CATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * ** * * **
2787 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTG
65 TAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTTTGGTAAAACAG
* * ** * *
2852 ATTATAATTAAATGTCTGCCTT-GGAAAATATAAAGAAAAAGC
129 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * * * ** * * * *
2894 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTCATAGTTATCCATGTCTTAAAAATCATAATTACTCGTTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * *
2959 AAATGATTTTATAATCTCGTAACTGATTTTATGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAATAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-GTAAAACAGA
* * * **
3024 TTATAATTGAAAGTCTACCTT-CGAAAACGTGAAGAAACATC
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAG-AAACGTGAAGAAA-AGG
* * * * ** * *
3065 CATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAATCATCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACGCGTTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * ** *
3130 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAA-ATTTTTATGTTTTTAGTTAAAACAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAACAGA
* *** * *
3194 TTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACACAAATAAAAAGC
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAA-GAAAAGG
* * * * * * * * * *
3235 CATTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTTTATTCACACAAGCATTCGAATGCCTAATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * *
3300 AAATGGTTTTAT--TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTAAAACAGA
* ** * * *
3363 TAATAATTGAATAACGGCCTTATGAAACGTGAAAAAAAAGG
130 TTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTG-AAGAAAAGG
* ** * * * * *
3404 -GTGTCATTTTCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCTTTATTTCTCACTT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * *
3468 AAAAT-AGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACA
65 TAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAACA
*
3532 GATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGG
128 GATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAGG
** * * * * * *
3575 CATTCATTGGTGAGAAAAGTTCAGTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * *
3640 AAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTCTTGGTGAAAGA-AA
66 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGT-AAA-ACAG
* * *
3704 ATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGG
129 ATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * * * *
3746 C-TGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTTGAAAGCATTATTACAT-GCT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCT
* * * * * * *
3809 TTAAAT-AGTTTCACAATCTCATAATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAAC
64 TTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGG-TAAAAC
* * * *
3873 AAATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGG
127 AGATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
* * *** * ** * *
3917 CATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATATAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* *
3982 AAAT-AGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
66 AAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTT
4025 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3055, Mismatches: 700, Indels: 196
0.77 0.18 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 9 0.00
168 196 0.06
169 490 0.16
170 818 0.27
171 1430 0.47
172 100 0.03
173 12 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGG
Found at i:1138 original size:510 final size:511
Alignment explanation
Indices: 1--4024 Score: 3113
Period size: 510 Copynumber: 7.9 Consensus size: 511
* * * * *
1 CATTCATTAGACAA-AAAAGTCCATGTATAGTCACCCAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTC-CTT
1 CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGC-T
* * * * **
64 TTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTAG-AATTTGTTTATATTTTGGGTTAAAAC
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAAC
* ** * ** * *
128 TGATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAATGTAAAGAAAAAGTAATTTATTGGCAAGAAAATTC
128 AGATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
* * * * * ** * * * * * *
193 TATTTCTAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTAAATACTTGTTTTTAATGG-TTTATAATCTCATA
193 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * * * *
257 ATTGAATTTATGTTGAATTGTTTTACAATTTT-GGTAAATACAGATTATAATTGAATG-TCTACC
258 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAA-ATAGATTATAATTGATTGCT-TGCC
* * * * * ** * * * *
320 TCAAGAAAGGTGATGAAAAGGCTGTT-ATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTGACCCATTCCTT
321 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* * * * *
384 TGGAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCTTAATTGA-TTT-ATGTTAAATTTT
386 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTTAAA-TTT
* ** * ** * * * * * *
447 TTTACGTTTTTTTATTAAAATAGGCTATAATTGAATGCCTGCCCT-GGCAAACATGAAGAAAAAG
449 TTTAC-ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAG-AAAAG
511 C
511 C
* * * * * * * *
512 TATTCATTAGCAAGAAAGGTTCATTTATAG-CTACCCATGAC-TTC-AGAAGCCTAATTACTCAC
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTC-ACCCAAG-CTTTCGA-AAGCCTTATTACTCGC
* * * * * * *
574 TTTATATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGCTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
63 TTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
* * * * * **
639 AGATTATAATTGAATTTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATCAGCAAGAAAAGTC
128 AGATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTC
** *
704 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATA
193 CATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * ** * * *
769 ATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACGTTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGCTTG-TTT
258 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCTTGCCTT
* * *
833 CGGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
323 -AGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * *
898 GAAAGCCTTATTACGCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAA-TGACTTTTAAGCTT-AATGTT
387 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGGTTAAATTTT
* * * *
961 TTAGATTTTTGGCT-AAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAGC
450 TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGC
* * * * * *
1022 CATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACTCAAGCTTTCAAAAGCCTAATTACTCGCATT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* * * * * * **
1087 AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATGTTTTACATTTTTTGTCAAAATTGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * ***
1152 TTATAATTGAATATCTGCCTTGAA-AAATATAAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTTTG
131 TTATAATTGAATATCTGCCTT-AAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
1216 TTTATAGGTATCCTTGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTAAC
195 TTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * ** *
1281 TGATTTTATGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAGTTGAAAG-TCTACCTT-
260 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCT-TGCCTTA
* * * * * * *
1344 GAAAATGTGAAGAAACAGCCATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCTATACCTTTGA
324 GGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGA
* * * * * * *
1409 AAGCGTTATTACGCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTAATTTTATA--TTTAATTTTTTA
389 AAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGGTTAAATTTTTTA
* * * * *
1472 CATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTACTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGT
453 CATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAG-AAAAGC
* * * * **
1532 CATTCATTGGTAAGAAAAGTCTATTTCTAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTAGACGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
* ** * * * * *
1597 AAATGG-TTTGTAATCAAATAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTAGTTCAAACAGA
66 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * * * *
1661 TTATAATTGAATGA-CTGCCTCAAGAAACATAAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTA
131 TTATAATTGAAT-ATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * * *
1725 TTTATAGTCA-CTATACCTTCGAAAGCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTTATAAT
195 TTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* ** * * *
1789 TGATTTTACGTAAAATTTTTTTACATGTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTGAATAT-C-TACCT
260 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTG-AT-TGCTTGCCT
* * * * * * * *
1851 TAAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCATTC
322 TAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTT
* * * * *
1916 GAAAGCCTAAATACTCACTTTAAATGGTTTATAATCTCATAATTGAATTT-AGGTTAAATTTTTT
387 GAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTTAAA-TTTTT
* * * * * * * * * *
1980 TATATATTTGGTGAAAACAGATTATATATTTAAA-GTTTGCCTCAGGAAAGGTGATGAAAAAGG
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* * ** * *
2043 C-TATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAAGCCTTATTACTCACT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * * ***
2106 TTGAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTTGTTTTTTA-TTAAAA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTACATTTTTAGTTAAAA
* * * * ** *
2169 CAGACTATAATTGAATGTATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGT
127 CAGATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * * * *
2234 CCATTTATAGTTACTCATGACTTCGAAAGCCTAATTACTCGC-TTAAATGATTTTATAATCTTAT
192 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * * *
2298 ATTTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATG-TCTGCT
257 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCT-TGCC
* * * * * * *
2362 TTAGGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTTACTCATGCCTT
321 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
* *** * * * * * *
2427 TAAAATTATAATTACTCGCTTGAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-TGATTGAAATAT
386 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AAATTT
* * * * * * * *
2491 TTTACATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTCGAA-AAATGTGAAGAAAA-A
449 TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCT-TAAGAAACGTGAAGAAAAGC
* * * * * * * *
2553 CATTCATTGGCAAGCAAAGTCCTTTTGTGGTCACCTATGCCTTT-GAAAGCCTTATTACGCACTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAG-CTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * * * * *
2617 TAAACGGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTG-AATGTTTTAGATTTTTGGCTAAAACAG
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
* * * * * *
2681 ATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGGCATTCATTGACAAAAAAAAATCC
130 ATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGC-AAGAAAAGTCC
* * * * *
2745 ATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTC-TTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATTTCATA
194 ATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAA-TCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* ** * * * *
2809 ATTGATTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTGATTATAATTAAATG-TCTGCCT
258 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCT-TGCCT
** * * * * * * *
2873 T-GGAAAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCGTTCATAGTTATCCATGTCTT
322 TAGG-AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTT
** * * * ** * * * *
2937 AAAAATCATAATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAACTGATTTT-ATGTTAAATTTT
386 TGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAG-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTTAAATTTT
* * * *
3001 TCTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAA-GTCTACCTT-CGAAAACGTGAAGAAACAT
450 T-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT-AAATGTCTACCTTAAG-AAACGTGAAGAAA-AG
3064 C
511 C
* * * * * *
3065 CATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTAC-AATCATCCATATCTTT-GAAAGCCTTATTACGCGTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTT-CTAGTCACCCA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* * **
3128 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAAA-TTTTTATGTTTTTAGTTAAAACA
64 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACA
** * * * *
3192 GATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACACAAATAAAAAGCCATTCATTAGCAAGAAAAGTTC
129 GATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * * * * *
3257 ATTTTTA-TTCACACAAGCATTC-GAATGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAT--TCTCAT
194 ATTTATAGTT-ACCCATGCCTTCAAAAT-CATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * ** *
3318 AATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGATAATAATTGAATAAC-GGCC
257 AATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTG-ATTGCTTGCC
* * ** ** * *
3382 TTATGAAACGTGAAAAAAAAG-GGTGTCATTTTCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
321 TTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCT
* * * * *
3446 TTGAAAGCTTTATTTCTCACTTAAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTT-AGGTTGAATTT
385 TTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTT-AAATT
* * * * *
3510 TTTTACATTTCTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGG
448 TTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGA-AAAGC
** * * * *
3575 CATTCATTGGTGAGAAAAGTTCAGTTAC-AGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA-TTTCTAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTT
* * * *
3639 TAAATGGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTG-AATTTGTTTACATTCTTGGTGAAAGA-
65 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTT-TTTACATTTTTAGTTAAA-AC
* * * * ** *
3702 AAATTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAATGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATTGACAAGAAAAGT
128 AGATTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCAT-TCATTGGCAAGAAAAGT
* * * * ** * * * * *
3766 CCATTTATAATCACCCATTCTTTTGAAAGCATTATTACAT-GCTTTAAATAGTTTCACAATCTCA
192 CCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * *
3830 TAATTTATTTTAAGCTGAATTTTTTTATATGTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTG-TCTGC
256 TAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCT-TGC
* * * * *** *
3894 CTT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATAGTCATATAAGCC
320 CTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCC
** * * *
3958 TTCAAAAGCCTTGTTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAA-GTTGAATT
384 TTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTTAAATT
4022 TTT
448 TTT
4025 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2794, Mismatches: 618, Indels: 201
0.77 0.17 0.06
Matches are distributed among these distances:
507 3 0.00
508 154 0.06
509 416 0.15
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511 414 0.15
512 537 0.19
513 334 0.12
514 11 0.00
515 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACCCAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
TTATAATTGAATATCTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGATTGCTTGCCTTAGG
AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAA
GCCTTATTACTCACTTTAAAAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGGTTAAATTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAGC
Found at i:1311 original size:681 final size:677
Alignment explanation
Indices: 1--4024 Score: 3369
Period size: 681 Copynumber: 5.9 Consensus size: 677
* * * ***
1 CATTCATTAGACAA-AAAAGTCCATGTATAGTCACCCAAGCCTCCGAAAGCCTTATTACTC-CTT
1 CATTCATT-GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG-CTTATTACTCAC-T
* * * * * * * *
64 TTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAATTTGTTTATATTTTGGGTTAAAACT
63 TTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * * * *
129 GATTATAATTGAATATCTGCCTT-AAGAAATGTAAAGAAAAAGTAATTTATTGGCAAGAAAATTC
128 GATTATAATTGAATGTCTG-CTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTC
* * * * * * * * * *
193 TATTTCTAGTCACCCAAGCATTTGAAAGCCTAAATACTTGTTTTTAATGGTTTATAATCTCATAA
192 CATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAA
* * * *
258 TTGAATTTATGTTGAATTGTTTTACAATTTTGG-TAAATACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
257 -TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTT
* * * * * * * * **
322 AAGAAAGGTGATGAAAAGGC-TGTTATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATATTGACCCATTCCTTTG
319 AAGAAACGTGAAGAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTG
* * * * * *
386 GAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATAATCCCTTAATTGA-TTTATGTTA-AATTTTTT
382 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-GGTAGAAATTTTT
* * ** ** * **
449 TACGTTTTTTTA-TTAAAATAGGCTATAATTGAATGCCTGCCCTGGCAAACATGAAGAAAAAGCT
446 TAC--ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGC-
* * * * *
513 ATTCATTAGCAAGAAAGGTTCATTTATAGCT-ACCCATGACTTCAGAAGCCTAATTACTCACTTT
508 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTT
* * * * * *
577 ATATGATTTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGCTCAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGA
572 AAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGA
* * * *
642 TTATAATTGAATTTTTGCTTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC
637 TTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
** * * * * *
683 CATTCATCAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTTACTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGC-TTATTACTCACTTT
* * * * *
748 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGCTGAATTGTTTTACGTTTTTGGTGAAAATAGA
65 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGA
* * * * * *
813 TTATAATTGATTG-CTTGTTTCGGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTGGCAAGCAAAGTCCA
130 TTATAATTGAATGTC-TGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * * *
877 TTTATAGTCACCCATGCCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAACAGTTTTATAATCTCATAAT
194 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAA-TGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * *
942 GACTTTTAAGCTT-AATGTTTTAGATTTTTGGCT-AAACAGATTATAATTAAATATCTACCTTAA
258 GA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAA
* * * * *
1005 GAAATGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTCTTGTCACTCAAGCTTTCAAAA
321 GAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTT-GAAA
* * *
1070 GCCTAATTACTCGCATTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATGTTTTACA
385 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATTTTTTACA
* * ** * *
1135 TTTTTTGTCAAAATTGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAATATAAAGAAAAAGTCATTCAT
450 TTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAG-CATTCAT
** * * * **
1200 TGGCAAGAAAAGTTTGTTTATAGGT-ATCCTTGCCTTCAAAATCATAATTACTTGCTTTAAATGG
514 TGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGG
* * * * * *
1264 TTTTATAATCTCGTAACTGATTTTATGTTAAATTTTTTAATATTTTTAGTTAAAACAAATTATAG
578 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAA
* * *
1329 TTGAA-AGTCTACCTTGA-AAATGTGAAGAAACAGC
643 TTGAATA-TCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * * *
1363 CATTCATTGGCAAGAAAATTCCATTTGTAGTCACCTATACCTTTGAAAGCGTTATTACGCGCTTT
1 CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGC-TTATTACTCACTTT
* * * *
1428 AAAT-GGTTTATAATCTCATAATTAATTTTATA-TTTAA-TTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAG
65 AAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTA-AGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** *
1490 ATTATAATTGAATATCTACTTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCTA
129 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * ** * * **
1555 TTTCTAGTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAATTAGACGCTTTAAATGGTTTGTAATCAAATAATT
194 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAA-T
* * * * * * * *
1620 AATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATGTTTAGTTCAAACAGATTATAATTGAATGACTGCCTCAAG
258 GATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAG
* * * * * * * * *
1685 AAACATAAATAAAAAGGCATTCATTGGTAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACT-ATACCTTCGAAA
322 AAACGTGAA-GAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCTTTGAAA
* * * * *
1749 GCCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTAGAATCTTATAATTGATTTTACGTA-AAATTTTTTTAC
385 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAA-TTTTTTAC
* * * * * *
1813 ATGTTTAGTTAAAACTGATTATAATTGAATATCTACCTT-AAGAAACGTGAAGAAAAAACCACTC
449 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAA-AAACATGAAG-AAAAAGCATTC
* * * * * * *
1877 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTCTA-GTCACCCAAGCATTCGAAAGCCTAAATACTCACTTTAAAT
512 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAT
* * * *
1941 GG-TTTATAATCTCATAATTGAATTTAGGTTAAATTTTTTTATATATTTGGTGAAAACAGATTAT
576 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* * * * * *
2005 ATATTTAA-AGTTTGCC-TCAGGAAAGGTGATGAAAAAGG
641 A-ATTGAATA-TCTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGC
* *
2043 C-TATCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG-CTTATTACTCACTT
* * * *** **
2107 TGAATGGTTTTATAATC-CTATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTTTGTTTTTTATTAAAACA
64 TAAATAGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACA
* * * * * *
2171 GACTATAATTGAATGTATACCTCGAGAAACATGAAGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
128 GATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * *
2236 ATTTATAGTTACTCATGACTTCGAAAGCCTAATTACTCGC-TTAAATGATTTTATAATCTTATAT
193 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATA-
* * * * * *
2300 TTGAATTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGCTTTA
256 ATGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * * * * *
2365 GGAAACATGAAAAAAAAGCCATTCATCGGCAAGAAAGGTCCATTTGTAGTTACTCATGCCTTTAA
320 AGAAACGTG-AAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTGA
*** * * * * * *
2430 AATTATAATTACTCGCTTGAAAT-AGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGATTGAAATATTTT
383 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATTTTTT
* * * * * * * * **
2494 ACATTTTTGGTGAAAATAGATTATAATTGATTGTTTACCTCGAAAAATGTGAAGAAAAA-CATTC
447 ACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCATTC
* * * * ** * * *
2558 ATTGGCAAGCAAAGTCCTTTTGT-GGTCACCTATGCCTTTGAAAGCCTTATTACGCACTTTAAAC
512 ATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAAT
* * * * * * * *
2622 GGTTTTATAATCTTATAATTAATTTTAAGTTGAA-TGTTTTAGATTTTTGGCTAAAACAGATTAT
576 GGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTAT
* ** *
2686 AATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAG-AAAAGG
641 AATTGAATATCTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
* * * * * *
2722 CATTCATTGACAAAAAAAAATCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGTCTTATTACTCCCTT
1 CATTCATTGGC-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAG-CTTATTACTCACTT
* * * ** * * **
2787 TAAATGGTTTTATAATTTCATAATTGATTTTAGGTAAAATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATTG
64 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * ** * *
2852 ATTATAATTAAATGTCTGCCTTGGA-AAATATAAAGAAAAAGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
129 ATTATAATTGAATGTCTG-CTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCC
* * * * * ** * * * *
2916 GTTCATAGTTATCCATGTCTTAAAAATCATAATTACTCGTTTTAAATGATTTTATAATCTCGTAA
193 ATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATG-TTTTATAATCTCATAA
* * * * *
2981 CTGATTTTATGTTAAATTTTTCTACATTTTTGATTAAAATAGATTATAATTGAAAGTCTACCTT-
257 -TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * *
3045 CGAAAACGTGAAGAAACATCCATTCATTGGAAAGAAAAGTCCATTTACAATCA-TCCATATCTTT
320 AG-AAACGTGAAGAAA-AGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CA-AGCTTT
* * * * * *
3109 GAAAGCCTTATTACGCGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTATGTTGAAA-TTTT
381 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATTTTT
** ** *
3173 TATGTTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTT-AAGAAACACAAATAAAAAGCCA
446 TACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAA-AAACATGAAGAAAAAG-CA
* * * * * * * *
3237 TTCATTAGCAAGAAAAGTTCATTTTTA-TTCACACAAGCATTCGAATGCCTAATTACTCGCTTTA
509 TTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTA
* * *
3301 AATGGTTTTAT--TCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTCAAATAGAT
573 AATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGAT
* * * *
3364 AATAATTGAATAACGGCCTT-ATGAAACGTGAAAAAAAAG-
638 TATAATTGAATATCTGCCTTGA-GAAACGTGAAGAAAAAGC
** ** * * * *
3403 GGTGTCATTTTCAAGGAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCTTTATTTCTCACTT
1 CAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGC-TTATTACTCACTT
* * * *
3468 AAAATAGTTTTATAATCTCATAGTTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTCTGGTTAAAACAG
64 TAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAG
* * * * * *
3533 ATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTGAGAAAAGTTCA
129 ATTATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* * * * * *
3598 GTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGTCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAAT
194 TTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAAT-GTTTTATAATCTCATAA-
* * * *
3663 TGATTTTAAGTTGAATTTGTTTACATTCTTGGTGAAAGA-AAATTATAATTGAATGTTTACCTTA
257 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTA
* * * * * **
3727 AGAAATGTGAAGAAAAAGGC-TGTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTATAATCACCCATTCTTTTG
320 AGAAACGTGAAG-AAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC-TTTG
* * * * * *
3791 AAAGCATTATTACAT-GCTTTAAAT-AGTTTCACAATCTCATAATTTATTTTAAGCT-GAATTTT
382 AAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGGTAGAAATTT
* * * * * * * **
3853 TTTATATGTTTGGTTAAAACAAATTATAATTGATTGTCTGCCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGC
444 TTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAA-GC
* * **
3918 ATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTATA-GTCA-TATAAGCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCACTT
508 ATTCATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGGTCACCAT--GCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTT
* * * *
3981 TAAATAGTTTTATAATGTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
571 TAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTT
4025 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2655, Mismatches: 596, Indels: 180
0.77 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
676 2 0.00
677 22 0.01
678 187 0.07
679 236 0.09
680 476 0.18
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683 122 0.05
684 34 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (677 bp):
CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTTAAAAGCTTATTACTCACTTTA
AATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGAT
TATAATTGAATGTCTGCTTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGTCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGTTTTATAATCTCATAATGAT
TTTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAAC
GTGAAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTGAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTAGAAATTTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGATTATAATTGAATATCTGCCTTGAAAAACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAG
AAAAGTTCATTTATAGGTCACCATGCCTTCAAAAGCCTAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA
TCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATAT
CTGCCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGC
Found at i:5597 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5144--6509 Score: 1029
Period size: 171 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
5134 NNNNNNNNNN
* * *
5144 ATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCT
1 ATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
** * * * * * * *
5208 CACG-AAACATGAAGAAAATGCTATTCGTTGGCAATAAAGGTCGATTTATTGTTACCCATACCTT
65 -TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTT
* * ********
5272 TGAAACCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNN
129 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * * *
5315 NNTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTGTGGTTCAAA-TAGATTATTATTGAATGTTTGCC-
1 ATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * *** * ** * *
5378 TCGAGAA-ATGTTAA-AAAAAAAAATTCACTGATG-AA-AAAAGTTTATTTATACTTACCCAAAC
65 TGGAAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATAC
* * *
5439 CTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAATGGTTTTAGAATCTCATA
126 CTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * **
5485 ATTGATTTTAGGTAGACTTTTTTACATTTTTAGTTAATGCTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTT
1 ATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * **
5549 GGAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATACCTTCA
66 GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTG
* * * * * *
5614 AAATCATAATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATT
131 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * **
5655 ATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAAAGACAACCT
1 ATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * *
5719 TCGG-AAACGTGAAGAAACAGCCATTCACTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTT
65 T-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTT
* *
5783 TGAAACCCTTATTA-TGCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATA
129 TGAAAGCCTTATTACT-CGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
5826 ATTGATTTTATGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATATCT-TCTT
1 ATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * * * ** *
5889 TAAATAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACACAAATATTC
66 GGAA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTT
* *
5954 GAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
130 GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * *
5996 ATTGATTTTTGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTCAAACCT--ATTATAATTGAATGACTGCC
1 ATTGATTTTAGGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTT-AAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCC
** * * *** * * *
6059 TCAAGAAAA-GTTAAG-AAAAGGGTTGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCC
64 T-TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACC
* * * * * *
6122 TTTAAAAGTCTT-TTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCCCGTA
127 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * **
6166 ATTGATTTTATTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAAC-AGACTATAATTGAATGTTTATC-
1 ATTGATTTTAGGTT-GATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
* * * * * * *
6229 T-CAAGAA-ATTGGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTGATAGTTACCTATGCC
65 TGGAA-AACA-T-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACC
*** * *
6292 TTTGAAAGCGGCATTAATCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATA
127 TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
6337 ATTGATATTT-GGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTAAATGTCTGTC
1 ATTGAT-TTTAGGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
6400 TTAGG-AAACATGAAGAGATATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCT
64 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCT
** * * * * * *
6464 TCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTA
128 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
6508 AT
1 AT
6510 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 927, Mismatches: 228, Indels: 80
0.75 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 3 0.00
169 53 0.06
170 423 0.46
171 424 0.46
172 17 0.02
173 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTGATTTTAGGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACTAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTTG
AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Found at i:5705 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5144--6509 Score: 1005
Period size: 170 Copynumber: 8.0 Consensus size: 171
5134 NNNNNNNNNN
* * * * *
5144 ATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT-
** * * * * * * * *
5209 ACG-AAACATGAAGAAAATGCTATTCGTTGGCAATAAAGGTCGATTTATTGTTACCCATACCTTT
65 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTC
* * * * ********
5273 GAAACCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNN
130 AAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
** * * * * * *
5315 NNTGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTGTGGTTCAAATAGATTATTATTGAATGTTTGCC-T
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * *** * ** * *
5379 CGAGAA-ATGTTAA-AAAAAAAAATTCACTGATG-AA-AAAAGTTTATTTATACTTACCCAAACC
66 GGAAAACATG--AAGAAAAAGCCATTCATTG--GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACC
** * * * * * *
5440 TTTGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAAATGGTTTTAGAATCTCATA
127 TTCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * **
5485 ATTGATTTTAGGTAG-ACTTTTTTACATTTTTAGTTAATGCTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCT
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
** *
5548 TGGAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATACCTTC
65 TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTC
* *
5613 AAAATCATAATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATT
130 AAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * **
5655 ATTAATTTTATGTTGAATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGACAACCTT
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * * *
5720 CGG-AAACGTGAAGAAACAGCCATTCACTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTT
66 -GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTC
* * * * * *
5784 GAAACCCTTATTA-TGCGCTTTGAATGGTTTTATAATCTCATA
130 AAAATCATAATTACT-CACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * *
5826 ATTGATTTTATGTTG-ATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCT-TCTT
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
** * * * * **
5889 TAAATAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACACAAATATTC
66 GGAA-AACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTC
* * * *
5954 GAAAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
130 AAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *** *
5996 ATTGATTTT-TGGTTGAATTATTTTACATTTTTGGTTCAAACCTATTATAATTGAATGACTGCCT
1 ATTGATTTTAT-GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCT
** * * *** * * *
6060 CAAGAAAA-GTTAAG-AAAAGGGTTGTCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCATTCCT
65 -TGGAAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCT
* * * * *
6123 TTAAAAGTC-T-TTTACTCACTTTCAATGGTTTTATAATCCCGTA
128 TCAAAA-TCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * * **
6166 ATTGATTTTATTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATC-T
1 ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
* * * * * * *
6230 -CAAGAA-ATTGGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTGATAGTTACCTATGCCT
66 GGAA-AACA-T-GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCT
** * *** * * *
6293 TTGAAAGCGGCATTAATCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATA
128 TCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * *
6337 ATTGATATTT-GGTTGAATTGTTTTACATTTTTAGTTAAAACT-GATTATAATTAAATGTCTGTC
1 ATTGAT-TTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAA-TAGATTATAATTGAATGTCTGCC
* * * * *
6400 TTAGG-AAACATGAAGAGATATCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCT
64 TT-GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCT
* *
6464 TCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTA
128 TCAAAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
6508 AT
1 AT
6510 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 929, Mismatches: 229, Indels: 74
0.75 0.19 0.06
Matches are distributed among these distances:
167 2 0.00
168 3 0.00
169 51 0.05
170 427 0.46
171 427 0.46
172 15 0.02
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
ATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTGCCTT
GGAAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATACCTTCA
AAATCATAATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
Found at i:5878 original size:341 final size:336
Alignment explanation
Indices: 5144--6509 Score: 1116
Period size: 341 Copynumber: 4.0 Consensus size: 336
5134 NNNNNNNNNN
* * * * * *
5144 ATTGATTTTAGGATGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTC
1 ATTGATTTTATGTTG-ATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCTTC
* * * * * * * * * *
5209 ACGAAACATGAAGAAAATGCTATTCGTTGGCAATAAAGGTCGATTTATTGTTACCCATACCTTTG
65 A-AAAACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CCATACCTTCG
* * * ********** *
5274 AAACCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATANNNNNNNNNNTGATTTTATGTTGAATTGTTTT
128 AAAGCGTAATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-TGTTGAATTATTTT
* * * * * ** * * * ***
5339 ACATTTGTGGTTCAAATAGATTATTATTGAATGTTTGCC-TCGAGAAATGTTAAAAAAAAAAATT
192 ACATTTTTAGTTAAAAT-GATTATAATTGAAAGACTGCCTTCG-GAAACGTGAAGAAAAGCCATT
* ** * * * *
5403 CACTGATG-AA-AAAAGTTTATTTATACTTACCCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCCCTCTAA
255 CA-TTA-GCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
*
5466 ATGGTTTTAGAATCTCATA
318 ATGGTTTTATAATCTCATA
* * * ** *
5485 ATTGATTTTAGGTAGACTTTTTTACATTTTTAGTTAATGCTA-ATTATAATTGAATGTCTGCCTT
1 ATTGATTTTATGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAA-AATAGATTATAATTGAATGTCT-TCTT
** * *
5549 GGAAAACACAAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTATCCATACCTTCA
64 CAAAAACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CCATACCTTCG
* * * * * * *
5614 AAATCATAATTATTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTATTAATTTTATGTTGAATTTTTTT
128 AAAGCGTAATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTT-TGTTGAATTATTTT
* **
5679 ATATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAAAGACAACCTTCGGAAACGTGAAGAAACAGCCATT
192 ACATTTTTAGTTAAAAT-GATTATAATTGAAAGACTGCCTTCGGAAACGTGAAGAAA-AGCCATT
* * * * * * *
5744 CACTAGCAGGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATATCTTTGAAACCCTTATTA-TGCGCTTTGAA
255 CATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACT-CACTTTAAA
5808 TGGTTTTATAATCTCATA
319 TGGTTTTATAATCTCATA
* * *
5826 ATTGATTTTATGTTGATTTTTTTACATTTTCAGTTAAAATAGATTATAATTGAATATCTTCTTTA
1 ATTGATTTTATGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCTTCA
* * * * **
5891 AATAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTCTAGTCACACAAATATTCGA
66 AA-AACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTAC-CATACCTTCGA
*
5956 AAGCGTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGGTTGAATTATTTTA
129 AAGCGTAATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTT-GTTGAATTATTTTA
* * * * * * ***
6021 CATTTTTGGTTCAAACCT-ATTATAATTGAATGACTGCC-TCAAGAAAAGTTAAGAAAAGGGTTG
193 CATTTTTAGTT-AAA-ATGATTATAATTGAAAGACTGCCTTC-GGAAACGTGAAGAAAAGCCAT-
* * * * *
6084 TCATTAGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTTACCCAT-TCCTTTAAAAGTCTT-TTACTCACTTTCA
254 TCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATAT-CTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
6147 ATGGTTTTATAATCCCGTA
318 ATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * * *
6166 ATTGATTTTATTTTAAATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGACTATAATTGAATGT-TTATCT
1 ATTGATTTTATGTT-GATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCT-T
*** * * * * * *
6230 CAAGAAATTGGAGGAAAAAGTCATTCATTGGCAAGAAAAGTACATTGATAGTTACCTATGCCTTT
64 CAA-AAACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACC-ATACCTTC
** * * *
6295 GAAAGCGGCATTAATCGCTTTAAATGGTTGTATAATCTCATAATTGATATTTGGTTGAATTGTTT
127 GAAAGCGTAATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTTGTTGAATTATTT
* * * * * *
6360 TACATTTTTAGTTAAAACTGATTATAATT-AAATGTCTGTCTTAGGAAACATGAAGAGATATCCA
191 TACATTTTTAGTTAAAA-TGATTATAATTGAAA-GACTGCCTTCGGAAACGTGAAGA-AAAGCCA
* ** ** * * *
6424 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATGCCTTCAAAATCATAATTACTCACTTTAA
253 TTCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAA
* *
6489 ATAGTTTTATAATCTCGTA
318 ATGGTTTTATAATCTCATA
6508 AT
1 AT
6510 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 822, Mismatches: 174, Indels: 57
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 243 0.30
341 535 0.65
342 42 0.05
343 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.13, T:0.39
Consensus pattern (336 bp):
ATTGATTTTATGTTGATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAATAGATTATAATTGAATGTCTTCTTCA
AAAACACGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCATACCTTCGAAA
GCGTAATTAATCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTTGTTGAATTATTTTACAT
TTTTAGTTAAAATGATTATAATTGAAAGACTGCCTTCGGAAACGTGAAGAAAAGCCATTCATTAG
CAAGAAAAGTCCATTTATACTTACCCATATCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTT
ATAATCTCATA
Found at i:8098 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 7631--11434 Score: 2713
Period size: 171 Copynumber: 22.3 Consensus size: 170
7621 AAATAACGTA
* * ** * * **** *
7631 AAGAAAAAGTCATTCATTGACAAGAAAAGTTTATTTCTAGTCACACAAATATTCGAAAGCGTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
* * * * * *
7696 TACTCGTTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTTGGTTGAGTTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTTTTTG
* * * * * * *
7761 TTCAAACATATTATAATTGAATGACTGCCTCAAGAAA-AGTT
130 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACTG-G
* * * * * * * *
7802 AAGAAAAGGGC-TATCATTTGG-AAGAAAAGTCTATCTATAGTTACCCATTCCTTTGAAAGTCT-
1 AAGAAAAAGCCAT-TCA-TTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTA
* * * ** *
7864 TTTACTCGCTTTCAATGGTTTTATAATATCATAATTGATTTTATTTTAAATTTTCTTACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTT
* * *
7929 TGTTAAAACAGACTATAATTGAATGTTTATCTCAGGAAACTGG
128 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACTGG
* * * * * *
7972 AAGAAAATGCCACTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCTATGCCTTCGAAAGCGTCAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
* * * *
8037 TAATCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATATTT-GGTTAAATTGTTTTACATTTTTG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT-TTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTT
* * * *
8101 GTTAAAACTGATTATAATTAAATGTCTGCCTTAGGAAACAT-G
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAAC-TGG
* * * * * * * * *
8143 AAGAGATACCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATACTTATCCATGCCTTCAAAATCATAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
* * * * * *
8208 TACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGATGAATTTTTTTACATTTTTGG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTTG
* * *
8273 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTCA-GAAAATATG
130 TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACT-GG
* * * * * * * **
8314 AAGAAAATGCTATTCATTGGCAAGAAAGGTCAATTTATAGTTACTCATACCTTTAAAAGCCTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAAT
* * * * * *
8379 CACTTGCTTTAAATGGTTTTATAATGTCATAACTGATTTTAGGTTGAATTATTTTATATTTTTAG
66 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATTTTTTG
* * * ** *
8444 TTAAAA-TGAATTATAATTGAATGACTGCCTCAACAGAC-GTG
130 TTAAAACAG-ATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACTG-G
** * * * * * *
8485 AAGAAAAAG-GTTGTCATTAGCAAGAAAAATCCATATT-TTGTCACCCATGTCTTTGAAAGCCTT
1 AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCAT-TTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTA
* * * * * *
8548 ATTACTTGCTTTAAATGATTTTATAATCCCATAATTGACTTTATGTTGATTTTTTTTACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGA-ATTTTTTACATTTTT
* * * * * *
8613 TGTGAAAGA-AAATTATAAGTGAATGTCTGACTTGA-AAAACCT--
128 TGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTCT-ACCTCAGGAAA-CTGG
* * * * **
8655 AAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTTCAATTATAGTTACCCATGTCTTTAAAAGCCTAA
1 AA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAA
* * * * *
8720 TTACTTGGTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAATTTGTTTTATATTGTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TT-TTTTACATTTTT
** * *
8784 TGTTAAAATTGATCATAATTGAATGTCTACCTC-GAAAAACAT--
128 TGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAAC-TGG
** * * * * * *
8826 AAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTTACCCACGCCTTCAAAATCATTA
1 AA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAA
* * * * * *
8891 TTACTCGCTTTAAATAGTTTTCTAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTATATATTTTT
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACAT-TTTTT
*
8956 GATTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCT-TGAGAAAC-GTG
129 G-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAG-GAAACTG-G
* * * * * * *
8999 AA-AATATAGCCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCACCCTTACCTTTGAAAGCCTTA
1 AAGAA-AAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAA
* * * * * * * * * *
9063 TTACGCGATTTATATGATTTTACAAACTCAAAATTCATTTTAAGCTGAATTTTTTACATTTTTTA
65 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTT-
* * * * * * *
9128 GTCAAAACAAATTATAATTCAATATCTGCGTCAAGAAAC-GTG
129 GTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAGGAAACTG-G
* * * * * * **
9170 AA-AAAAAGGC-TATAATTGACAAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTT
1 AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTAA
** * *
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* * * * * * *
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** * * * * *
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* * * *
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* *** * * * * ** *
11641 AATCCATTTATGATCACTCATGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATTATTTTATAATCC
213 CA-CCATGCCT--TCA--AAAG-C-CT--------TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCT
* * * * * * *
11706 CATAACTGACTTTATGTTGATTTTTTTTACATGTTTT-GTGAAAA-AAATTATAATTGAATGTCC
263 CATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-T
* * *
11769 GA-CTCGGAAAACCT-
326 TACCTCAGAAAACATG
* * * * *
11783 AAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAATCTAATTATAGTTACCCACGCCTTTAAAAGCCTAA
1 AA-GAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAA
* * *
11848 TTACTTAG-TTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGA-TTTAGGTTGAATTTGTTTTATATTGT
65 TTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTTTACATT-T
* * * * *
11911 TT-GTTAAAATTGATTATAATTGAATGTCTTCCTC-GAAAAACATG-AGAAAAAAGTCATTTATT
127 TTGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATT
* * * * * *
11973 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTTACCCACGCTTTCAAAATCATTATTACTCGCTTTAAATGGTT
190 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-CCATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * * * *
12038 TTATAATCTCGTTATTGATTTTATGTTGAATGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
254 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* * *
12103 GAATGTCTACCT-AGGGAAACGTG
319 GAATGTTTACCTCA-GAAAACATG
* * ** * * * *
12126 AAGAAATAA-CCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCTTACCGTT-GAAAGCCTT
1 AAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAAAGCCTA
* * * * ** * * *
12189 ATTACGCGATTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTCTTTTTAAGCT-AAATTTTTTACATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACA-TTTT
** * ** * * * * * *
12253 TACTCAAAACAAATTATAATTCAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-TATCATTGG
128 TGGTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAAGCCAT-TCATTGG
* * * * * *
12317 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTTTTACTCACTCTAAATGATTTT
192 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * * * * *
12382 ATAATGTCATAATT-AGTTTT-GGATTGAATTTTTCTATATTTTTGGCTAAAACAAATTATTATT
256 ATAATCTCATAATTGA-TTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATT
* ** **
12445 GAATGTTTGCCTTGGGTAACATG
319 GAATGTTTACCTCAGAAAACATG
* * * *
12468 AAGAAAAAGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTATAGTTCCCCATGCCTTCAAAATCCTAAT
1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
* * * *
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* * * * * * *
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* ** * * * * *
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* * * * * * *
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258 AATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAAT
* ** *
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323 GTTTACCTCAGA-AAACATG
* ** * * * * * *
12810 AAGAAAAAGGC-TGTCATTGATAAGAAAGGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAGGCCGT-
1 AAGAAAAAGCCAT-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCC-TA
* * * ** * *
12873 ATTGCTTGCTTTAAATGGTTTTATAATCCCATAATTGATTTTATCTTGAATTCTTTTATATTTTT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTT
* * * * * * *
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* * * * * *
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192 CAAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-CATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTT
* * * *
13065 GTAATCTCATAATTGA-TTTAAGATTGAA-TTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTA
256 ATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTG
* *
13128 AATGTTTATCT-TGAAAA-ATG
320 AATGTTTACCTCAGAAAACATG
* * *
13148 TAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCCT
1 --AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTTACCC-A----T-----G-C-
* * * * *
13212 TATAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGATTTTAAG
51 -------CTTCAAAAGCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGG
* * * * * * * *
13277 TTGAATTTTTTAAAATTTTTGG-TGACAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACTTGA
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* * ** *
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173 AG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
* * * * * * * *
13405 TACTCACTTTCAATAGTTTTATTATCCCAT-ATATGATTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTT
236 TACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG
* * ** * * * * *
13469 ATTAAAACTGACAATAATTGAGTGTCTATCTCAAAAAACTTG
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* * * * * **
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* * * *
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* * * * ** * * *
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*** * ** * * * * *
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195 GAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATA
** * * * * * *
13770 ATCTTGTAAATAATTTTAAGTT-AAATTTTTTACATTTTTGGCTACAACAGATTATAATTGATTG
259 ATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATG
* * *
13834 TCTGCCTCA-AGAAACGTG
324 TTTACCTCAGA-AAACATG
* * * * ** *
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1 AAGAAAAAGCCA-T-TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTA
** * * * * *
13915 ATTACTTACATTCAATGATTTTATAATCCCATAATT-AGTTGTGTA--TTGAATTTTTTTATATT
64 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA-TT-T-TAGGTTGAATTTTTTTACATT
** * * * * ** * * * *
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* * * *
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190 GGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTT
* * *
14102 TTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAAG-TAAAACTA-ATTATAA
254 TTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GGTTAAAAC-AGATTATAA
* ** *
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317 TTGAATGTTTACCTCAGAAAACATG
* *
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1 AAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAAGCCTAAT
* * ** * * *
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** * * * ** * *
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130 GTTAAAACTGATTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGC
* **
14383 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTTAT
193 AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACC-ATGCCTTCAAAAGCCTTAT
14427 NNNNNNNNNN
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11549 NNNNNNNNTA
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* * * * * *
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* * * * *
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* * * * ** *
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* * * * * * *
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* * * ** * * *
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* * * * * * *
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* * * * *
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* *
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* * * * * * * ***
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* * * * *
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*
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* * * * * * * ** * * *
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* * * ** * * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* ** * * * * * * *
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* * ** *
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* * ** * * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * * * * * *
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* * *
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13968 TTTTATATTTTTTA-TTAAAACAGACTATATTTAAATGTCTAT-CTTGAGAATCTTGAGGAAAAA
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64 GCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCT
* *
14092 TTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATAT
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* **
14135 TTTTACATTTTTAAG-TAAAACTA-ATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGGGAAACATGAAGAAAA
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* * * * *
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* ** *
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* ** * * * * * *
14307 TTTTACATATTTAGTGCAAACAGATCATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAGAAAGTA-
1 TTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTTCCTCGAAAAACATGAAGAAA-AAG
* * * *
14371 TCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTTAT
65 CCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTAT
14427 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2090, Mismatches: 485, Indels: 243
0.74 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
165 3 0.00
166 7 0.00
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177 1 0.00
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CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTT
AAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT
Found at i:12538 original size:513 final size:511
Alignment explanation
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11787 AAAAAGCCAT
* * * * ** * * * * *
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* * * ** *
11862 TGATTTTATAATCTCATAATT-GATTTAGGTTGAATTTGTTTTATATTGTTTGTTAAAATTGATT
66 TGATTTTATAATCCCATAATTAG-TTTTGGTTGAA-TT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACT
* * * * *
11926 ATAATTGAATGTCTT-CCTCGAAAAACATG-AGAAAAAAGTCATTTATTGGCAAGAAAAGCCCAT
128 ATAATTGAATGT-TTACCTTGAGAAACATGAAG-AAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
11989 TTATAGTTACCCACGCTTTCAAAATCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCGTTATT
191 TTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
12054 GATTTTATGTTGAATGTTTTTGCATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTACCTAGGG
256 GATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * *
12119 AAACGTGAAGAAATAA-CCATTTATTGGCAAGAAAAGTTCATTTATAGTCGCCCTTACCGTT-GA
320 AAACGTGAAGAAA-AAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTTCGA
* ** *
12182 AAGCCTTATTACGCGATTTAAATGGTTTTACAATCTCAAAATTCTTTTTAAGCTAAATTTTTTAC
384 AAGCCTTATTACGCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAC
* * *
12247 ATTTTTTACTCAAAACAAATTATAATTCAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTA
449 ATTTTTTACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTA
* * * * *
12310 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATGCCTTCGAAAGCGTTTTTACTCACTCTAAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAA
** * * * *
12375 TGATTTTATAATGTCATAATTAGTTTTGGATTGAATTTTTCTATATTTTTGGCTAAAACAAATTA
66 TGATTTTATAATCCCATAATTAGTTTTGG-TTGAATTTTT-TATATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * * * *
12440 TTATTGAATGTTTGCCTTGGGTAACATGAAGAAAAAGCCGTTCATTGGCTAGAAAAGTCCATTTA
129 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
* *
12505 TAGTTCCCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGAT
194 TAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
12570 TTTGGGTTGAATTTATTTGCATTTTTGGTTAAAACATAATGTAATTGAATGTCT-GCTATAGGAA
259 TTTAGGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCT-TGGGAA
* * * * ** *
12634 ACGTAAAGAAAAAGCTATTCATTGGTAAGAATAGTCCAACTATAGTCACCCATACC-TTCGAAGG
322 ACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTTCGAAAG
* * * * * *
12698 CCTAATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAACTAATTTTAAGTTAAATTCTTTTACA-
387 CCTTATTACGCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATT-TTTTACAT
* * * ** *
12762 TTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTAAATATTTTTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTG
451 TTTTTACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTA
** * * * **
12823 TCATTGATAAGAAAGGGCCATTTATAGTCACCCATTCCTTT-AAAGGCCG-TATTGCTTGCTTTA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAA-G-CGTTATTACTCACTTTA
* ** **
12886 AATGGTTTTATAATCCCATAATT-GATTTTATCTTGAATTCTTTTATATTTTTTGTTAAAGTAGA
64 AATGATTTTATAATCCCATAATTAG-TTTT-GGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGA
* * *
12950 CTATAAGTGAATGTTTGCCTTAAGAAACAT--AGAGAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
126 CTATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGA-AAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCA
* * * * * * * * *
13013 TTTCTAGTCACTCAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTCGCTTTAGATAGTTTTGTAATCTCATAAT
190 TTTATAGTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* * * * * * **
13078 TGATTTAAGATTGAATTTTTTACATTTTTAGTGAAAACAGATTATAATTAAATGTTTATCTTGAA
255 TGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * *
13143 AAATGTAAAGAAAAAGGCATTCATTAGCAAGAAAAG-CTCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAA
320 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTC-CATTTATAGTCACCC-A----T----
* * * *
13207 AGCCTTATAAGTCTTCGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATGGTTTTAGAATCTCATAATTGAT
375 A-CC------G--TTCGAAAGCCTTATTACGCGA-TTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAAT
* * * ** * ** *
13271 TTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTGACAGTAGATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAA
430 TTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTTACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAA
* *
13336 CTTGAAGAAAAAAGCTA
495 CGTGAAGAAAAAGGCTA
* * *
13353 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATTCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTCAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAA
* * * * * *
13418 T-AGTTTTATTATCCCATATATGA-TTTTATGTTGAATTGTTTTACATTTTTTATTAAAACTGAC
66 TGA-TTTTATAATCCCATA-ATTAGTTTT-GGTTGAATT-TTTTATATTTTTTGTTAAAACAGAC
* * * * ** * * * * * *
13481 AATAATTGAGTGTCTATCTCAAAAAACTTGAAGAAAATGCCATTCATTGGCAATAATAGTCCCTT
127 TATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
13546 TATAGTTACCCATGCCCTCAAAATTAC-AATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAGTCTCATAATT
192 TATAGTTACCCATGCCTTCAAAA-TCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
13610 GATTTTGGGTTGAATTTGTTTACGTTTTTGGTGAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTTGG
256 GATTTTAGGTTGAATTT-TTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * * *** * * * *
13675 AAACATGAAAAAAAAGTCATTCATTAGCAATCGAAGTCCATTTATAGGCACCGATGCC-TTTGAA
320 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTTCGAA
* * * * * **
13739 AGGCTTATTACGCGCTTTAGACGATTTTATAATCTTGTAAA-TAATTTTAAGTTAAATTTTTTAC
385 AGCCTTATTACGCGATTTAAATGGTTTTATAATC-TCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTAC
** * * * * ** *
13803 ATTTTTGGCT-ACAACAGATTATAATTGATTGTCTGCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGATTG
449 ATTTTTTACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTA
* * * * * *
13865 TCGTTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCCTTATTACTTACATTCAA
1 TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAA
* * *
13930 TGATTTTATAATCCCATAATTAGTTGTGTATTGAATTTTTTTATATTTTTTATTAAAACAGACTA
66 TGATTTTATAATCCCATAATTAGTTTTG-GTTGAA-TTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTA
* * * * * * * *
13995 TATTTAAATGTCTATCTTGAGAATCTTGAGGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAACGTCCATTTA
129 TAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTA
*
14060 TAGTTACCTATGCCTTCAAAAGT-CTAATTA----CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
194 TAGTTACCCATGCCTTCAAAA-TCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* *
14120 TTTTAGGTTGAATATTTTTACATTTTTAAG-TAAAACTA-ATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGG
258 TTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTT-GGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGG
* * * *
14183 AAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTTACCCATGCC-TTCAAA
320 AAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTTCGAA
* * * * ** * *** * * *
14247 ATCATAATTACTCGCCTTAAATTGTTTTATAATCTGGTAATTGATTTTATGTTGAATTGTTTTTA
385 AGCCTTATTACGCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTT-AAAT-TTTTTA
* * * * * * ** * **
14312 CA-TATTTAGTGCAAACAGATCATAATTGAATGTCTACTTTGAGAAACATGAAG--AAAGTATCA
448 CATTTTTTACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCT-A
* * *
14374 TTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCTATACCTTTGAAAGCCTTAT
1 -TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTAT
14427 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1715, Mismatches: 337, Indels: 133
0.78 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
TCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTTGAAAGCGTTATTACTCACTTTAAA
TGATTTTATAATCCCATAATTAGTTTTGGTTGAATTTTTTATATTTTTTGTTAAAACAGACTATA
ATTGAATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTTACCCATGCCTTCAAAATCCTAATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTT
TAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTGGGAAACGT
GAAGAAAAAGCCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCGTTCGAAAGCCTT
ATTACGCGATTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTACATTTTTT
ACTGAAAACAGATTATAATTGAATATCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCTA
Found at i:15025 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14555--18909 Score: 3180
Period size: 171 Copynumber: 25.4 Consensus size: 170
14545 TCAAGGCAAT
* ** * * * **
14555 CATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAGCATGTAAAAAAATTCCACCTAAAATTAATTATTTGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * **
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66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
14684 TTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTTAAGGCAAA
131 TTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * ** * * *
14725 TATTCAATTCTAATCTACTTTAACCAAAAATGT-AGAAAATTCAATATAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
14789 TATAAAATCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATAGACTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* ** ** *
14854 TTCCCAATGAAGGACAGTTTCTTCACATTTCCTAGGGTAGA
131 TTGCCAATGAAGG-CTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
14895 CATTCAATTATGATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTACGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
14960 TATAAAATAATTT-AAGATGAATAGTTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTT
66 TATAAAATCATTTAAAG-CGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
15024 CTTGCTAATGAATGGATTTTTCTTCATGTCTCTTAAGGTAGA
130 CTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * * * * *
15066 TATTCAATTATAACCAGTTTTAATCAAAAATATAAAAAAATTTAACCTAGAAGCAATTATTAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
15131 TACAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTT-
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
** * * * * *
15195 TT-TTAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGT
131 TTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
15235 CATTTAATTATAATATGTTTGAACCAAACATGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAATTATTTA-A
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTA-TGAGA
* * * * * * *
15298 TTAT-AAACCATTTAAAGTGAATAATTAGGCTTTCGAATGCTTGGGTGATTAGAAATGGACTTTT
65 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
15362 CTTACCAATGAAGGCCTTTTTATTCATGTTTCTCT-AGGTAGT
130 CTTGCCAATGAAGG-CTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGGTAGA
* * ** * * **
15404 CATTCAATTATAATTTGTTTGAACCAAGCATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATTTGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
15469 TAT-AAATCATTTAAAGCGAGTAATTTA-GCTTTTGAATGCTTGGCTGACTAGAAATGGACTTTA
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA-TTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * *
15532 CTTACCAACGAATCGCTTTTTCTTCATGTTTCTTCAGGCAAA
130 CTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * *
15574 TATTCGATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGT-AAAAAATTCAATATAAAATTAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
15638 TATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATAGGTGACTATAAATGGAGTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
15703 TTGCCAATGAATGATAGTTTCTTCAAGTTTCCCAACGTAGA
131 TTGCCAATGAAGGCT-TTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
15744 CATTCAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACAA-TCAACATAAAATCAATTACGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * *
15808 TTATAAAA-CAATTTAAGGCGAGTAGTTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAACTGGACTTT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * *
15872 TCTTGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAA
129 TCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
** *
15915 CATTCAATTATAAT-TAGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAATC-TAAAATCGATTATGAG
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA-CATAAAATCAATTATGAG
* ** * * * *
15978 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGAACTTT
64 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * ***
16043 TCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCCTCAGGATTCCCAACACAGA
129 TCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * ** * * *
16086 TACTCAATTGTAGTTTGTTTTAATAAAAAATGTAAAAAAATTCAACACAAAATTAATTATGGGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
16151 TATAAAATCATTGAATGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATGGGTGACTATAAATGGGCTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
16216 TTGCCAATGGTAA-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAA-GCAGA
131 TTGCCAAT-G-AAGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGA
* * * * * * * * *
16257 CAATCAATTATAATTTATTTTAGCCAAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATGATTTATAAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * *
16321 TATAAAA-CTGTTTAAAGCGCGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTA
66 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * *
16385 CTTGCTAAAGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAA
130 CTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * ** *
16427 CATTCAATTATAATCTGTTTTCATCAAAAACGTAAAATATTTCAACCCAAAATCAATTATGAGAC
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * ** *
16492 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAACAGACTTTTA
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
16557 TTGCCAATGAATGGCGTTTCCCTCAAGTTTTCTGAGAG-AGA
131 TTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAG-GTAGA
* * * * * *
16598 CACTCAATTATAGTCAGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTCAATATAAAATC-ATATATGGGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAAT-TATGAGA
* * * * * * * *
16662 TTATAACACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * *
16727 CTTGCCAATGACA-GCATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGA
130 CTTGCCAATGA-AGGC-TTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
** * * * * *
16769 CATTCAATTATAATCTACTGTCATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *** * * *
16834 TCTAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGTAAGGCTTTCAAA-GG-C-TTG
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTAT-AAATGGACTTTT
** * * * * *
16896 AGTGACTATAAATGAGCTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTCCACATTTTTCAAGATAGA
130 CTTGCCAATGAA-G-GC-TTT-TT-CT--T-CATG-----TT-T-C-C-----T-AAGGTAGA
* * * * * *
16959 CATTCAATTATAATCTGTTTTCACTAAAAATATAAAAACATTCAACCTTAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * * *
17024 TATAAAATTATTTAAAGCGAATAGTTAAGCTTTCGAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTC
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* *
17089 TTACCAATGAATGG-TTTTTCTTCATGTTT-CTAAAGGCAGA
131 TTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGA
* * *
17129 CATTCAATTATAGTCTAG-TTTAACAAAAAAATGTAAAAAAAGTT-AACATAAAATCAATTATGG
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAA-TTCAACATAAAATCAATTATGA
* * * * * * * *
17192 GATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAA-TACGGCCTTCAAAGGAATGAGTGACTATAAATGGGCT
63 GATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTA-GGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACT
* * *
17256 TTTCTTGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCATGTTT-CTGGAGGCAGA
127 TTTCTTGCCAATGA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGA
* * * * * * * * *
17301 TATTTAATTGTAATCTATTTTCACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * ** *
17366 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGTTGGACTATTC
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * ** *
17431 TTACTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCACGACAAA
131 TTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * ** *
17472 CATTCAATTACATTATGTTTTAACCAAAAATGTAAATAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* *
17537 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGAGTTT-GAAGGCATGAGG-AACTATAAATGGACTTT
66 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGG-CTTTCGAAGGCATG-GGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * *
17600 TCTAGCCAATGAACGGCTTTTCCTTCATGTTACCTAAGGCAAA
129 TCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
** * * * ** * * * *
17643 CATTCAAAAATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATTGAAAAATTCAACCTAAAACCAATTATGACAA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * ** * *
17708 TATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTTAAGGCATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
66 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
17772 CTTACCAATGATAGCCCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
130 CTTGCCAATGA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * * *
17814 TATTGAAATATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGT-AAAAAATTCAGCTTAAAATGAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * * * * * *
17878 TTGTAAAA-CTATTTAAATCGCGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATATATGGACTTT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * *
17942 TATTACTAATAAATAG-TTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGA
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* * * * * *
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* * ** * * * *
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* * *
18115 CTTGTCAATGAATGACTTTTTCCTCATGTTTTCC-AAGGTAGA
130 CTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGA
** *
18157 CATTCAATTATAATCAATTTTAA-CAAACAATGTAAAAAAATTCAACCT-AAATCAATTATGAGA
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAA-AATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * ** * * *
18220 TTATAAAA-CTATTTAAATCAAGTAATTGGGCTTTTAAAGGCATGGGTAACTGTAATTGGACTTT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * ** * *
18284 TCTTGCCAATGAATAGCTTTTT-TCCTAGGTTTTTTGAGTTAGA
129 TCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTC-ATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * *
18327 CATTCAATTATAATTTTTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAAAT-AA-ATAAAAAGTCAATTATGGG
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACAT-AAAA-TCAATTATGAG
** * ** * *
18390 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGACTATAAATCGATTTT
64 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * ** ** * *
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129 TCTTGCCAATGA-AGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * *
18498 CATTCAATTATAAT-TGGTTTTAACCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGACA
1 CATTCAATTATAATCT-GTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
18562 TTATAAAA-CTATTTAAAGCAAGTAATTAGGCTTTTGAA-GTATGGGTAACTATAAATCGACCTT
65 TTATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * *
18625 TCTTACCTATGAATAGCATTTTCTTCATGTTTCCTGAA-GTAGA
129 TCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGTAGA
* * * * * *
18668 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAACTCATCTTAAAATCAATCACGAGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
* * * * * * *
18733 TATAAAA-CTATTTAAAGCTAGTAATTATGATTT-TAATGGCATAGGTAAGTATAAATGGACTTT
66 TATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTCGAA-GGCATGGGTGACTATAAATGGAC-TT
* * * ** * * * *
18796 TTTTTGCCAATGAATGCCTTTTTATTCCCGTTTCTTGAGGCAGT
128 TTCTTGCCAATGAA-GGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGTAGA
* * * * * * **
18840 CGTTTAATTATAATCTATTTGAACCAAACATGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAATTATTTGAT
1 CATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGAT
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*
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16697 AAAGGAATAG
* *
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* *
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* *
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*
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** * *
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** *
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14525 NNTTTGTTTA
* * * ** *
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* ** * * * *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** * * * * *
14855 TCCCAATGAA-GGACAGTTTCTTCACATTTCCTAGGGTAGACATTCAATTATGA-TCTGTTTTAA
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* * * * * *
14918 CTAAAAATGTAAAAACATTCAACATAAAATCAATTACGAGATTATAAAATAATTT-AAGATGAAT
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* * * * * *
14982 AGTTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTTGCTAATGAATGGATTTTTC
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
15111 CCTAGAAGCAATTATTAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGAAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAG
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** * * *
15175 GTGACTATAAATGGACTTTT-TT-TTAATGAATGCCTTTTTATTCATGTTTCTTGAGGTAGTCAT
131 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAT
* * * ** * * *
15238 TTAATTATAATATGTTTGAACCAAACATGTAAAAAAATTTAAC-TAAAATCAATTATTTA-ATTA
195 TCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-TGAGATTA
* * * * * * *
15301 T-AAACCATTTAAAGTGAATAATTAGGCTTTCGAATGCT-TGGGTGATTAGAAATGGACTTTTCT
258 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * * *
15364 TACCAATGAA-GGCCTTTTTATTCATGTTTCTCTAGGTAGTCATTCAATTATAATT-TGTTTGAA
322 TGCTAATGAATGG-CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTAA
** * **
15427 CCAAGCATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATTAATTATTTGATTAT-AAATCATTTAAAGCGAGTA
386 CCAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * * * *
15491 ATTTA-GCTTTTGAATGCTTGGCTGACTAGAAATGGACTTTACTTA-CCAACGAATCGCTTTTTC
450 A-TTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC-TAGCCAATGAATGGCTTTTCC
* * * * * * *
15554 TTCATGTTTCTTCAGGCAAATATTCGATTATAATCTGTTTT-AACAAAAA-ATGTAAAAAATTCA
1 TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAAACAAAAATAT-AAAAAAATTCA
** * * * *
15617 ATATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGCGTAATAAGGCTTTCAAAGGTAT-A
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* * * * *** * *
15681 GGTGACTATAAATGGAGTTTTCTTGCCAATGAATG-ATAGTTTCTTCAAGTTTCCCAACGTAGAC
130 GGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-GCCT-TTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGAC
* * * * * *
15745 ATTCAATTATGATCTATTTTAACCAAAAATATAAAAACAATCAACATAAAATCAATTACGAGATT
193 ATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * * ** * * *
15810 ATAAAACAATTTAAGGCGAGTAGTTACGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAACTGGACTTTTCT
257 ATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
15875 TGCCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGCAAACATTCAATTATAATTA-GTTTTAAT
322 TGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTAAC
* * * * **
15939 AAAAAATGTAAAAAAATTCAATCTAAAATCGATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAA
387 CAAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAA
* * * *
16004 TTAGGCTTTTGAAGGCATAGGTAACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATGAATGGCTTGTTCC
451 TTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTT-TTCC
* * * ** * * * * ** *
16067 -TCAGGATTCCCAACACAGATACTCAATTGTAGTTTGTTTTAATA-AAAAATGTAAAAAAATTCA
1 TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAA-ACAAAAATATAAAAAAATTCA
* * * * * *
16130 ACAC-AAAATTAATTATGGGATTATAAAATCATTGAATGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAATG
65 AC-CTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATG
* * *
16194 -GGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGGTAA-CCTTTTTCTTCACGTTTCTTGAAGCAGA
129 AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-G-AAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * * * *
16257 CAATCAATTATAATTTATTTT-AGCCAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATGATTTATAAGAT
192 CATTCAATTATAATCTATTTTCA-CCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** * * * *
16321 TATAAAACTGTTTAAAGCGCGTAATAAGCCTTTCAAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTAC
256 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * *
16386 TTGCTAAAGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAA-TCTGTTTTCA
321 TTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTAA
* * * * * *
16450 TCAAAAACGTAAAATATTTCAACCCAAAATCAATTATGAGACTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
386 CCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTA
* ** * * *
16515 ATTATGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAACAGACTTTTATTGCCAATGAATGGCGTTTCC
450 ATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTCC
* * * * * * *
16578 CTCAAGTTTTCTGAGAG-AGACACTCAATTATAGTCAGTTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTC
1 TTCATGTTTCCTAAG-GCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAAAC-AAAAATATAAAAAAATTC
** * * * * * *
16641 AATATAAAATC-ATATATGGGATTATAACACCATTGAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGAAT
64 AACCTAAAATCAAT-TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * * * *
16705 -AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGACAGCATTTTTCTTCACGTTTCTTAATGTAGA
128 GAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGA
* * * *
16769 CATTCAATTATAATCTACTGTCATCAAAAATTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
192 CATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
16834 TCTAAAACCATTTATAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGACTTGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
256 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC----A-----AAGG---T---A----TGGGT
* * * ** *
16899 GACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGCTAATGAATGTCTTTTTCTCCACATTTTTCAAGATAGACATT
302 GACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATT
* * * * *
16963 CAATTATAA-TCTGTTTTCACTAAAAATATAAAAACATTCAACCTTAAATCAATTATGAGATTAT
366 CAATTATAATTATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * * * * * *
17027 AAAATTATTTAAAGCGAATAGTTAAGCTTTCGAATGCTTGAGTGACTAGAAATGGACTTTTCTTA
430 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGGATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTC-TA
*
17092 -CCAATGAATGG-TTTTTC
494 GCCAATGAATGGCTTTTCC
* * *
17109 TTCATGTTT-CTAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTAG-TTTAACAAAAAAATGTAAAAAAAGT
1 TTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATC-AGTTTTAA-ACAAAAATATAAAAAAA-T
* * ** * * * *
17172 T-AACATAAAATCAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAGCAAGCAATACGGCCTTCAAAGGAA
62 TCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCA
* *
17236 TGA-GTGACTATAAATGGGCTTTTCTTGCCAATGATAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTGGAGGCAG
127 TGAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * *
17300 ATATTTAATTGTAATCTATTTTCACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGA
191 ACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * ** *
17365 TTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATTAGGCCTTCGAAGGTATGGGTGACTATAGTTGGACTATT
255 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * *
17430 CTTACTAATGAATGGCTTTTTCTTTACGTTTCCCACGACAAACATTCAATTA-CATTATGTTTTA
320 CTTGCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTA
* *
17494 ACCAAAAATGTAAATAAATTCAACCCAGAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
385 ACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGT
* *
17559 AATTAGGAGTTTGAAGGCATGAGG-AACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAACGGCTTTTCC
449 AATTAGGATTTTGAAGGCATG-GGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTCC
* * ** ** ** **
17623 TTCATGTTACCTAAGGCAAACATTCAAAAATAATTTGTTTTAGCCAAAAATATTGAAAAATTCAA
1 TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAA
* * * * * **
17688 CCTAAAACCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTTTTAAGGCATGA-
66 CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
* * * *
17752 GTGACTATAAATGAACTTTTCTTACCAATGATAGCCCTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATAT
131 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-AGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACAT
* * * * * * * *
17817 TGAAATATAATCTGTTTTGACCAAAAAATGTAAAAAATTCAGCTTAAAATGAATTTTGAGATTGT
195 TCAATTATAATCTATTTTCACC-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * * * *
17882 AAAACTATTTAAATCGCGTAATAAAGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATATATGGACTTTTATTA
259 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG
* * * * *
17947 CTAATAAATAG-TTATTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAA-TATGTTTTAGCT
324 CTAATGAATGGCTT-TTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTAACC
* * * * *
18010 AAAAATGTAAAAAAATTTAACATAAAATTAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
388 AAAAATGT-AAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * * *
18075 AATGATTTTTGAAGGAATGGGTAACTATAAATGGGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCC
452 TAGGA-TTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGC-TTTTCC
* * *
18138 -TCATGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCAATTTT-AACAAACAATGTAAAAAAATTC
1 TTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAAACAAA-AATATAAAAAAATTC
* * ** *
18200 AACCT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA-TCAAGTAATTGGGCTTTTAAAGGCAT
64 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCAT
* * * * * * * **
18263 G-GGTAACTGTAATTGGACTTTTCTTGCCAATGAATAGCTTTTTTCCT-AGGTTTTTTGAGTTAG
128 GAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG-A-AGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAG
* * * * * * *
18326 ACATTCAATTATAATTTTTTTTCACAAAAAATGTAAAAAAAAT-AAATAAAAAGTCAATTATGGG
191 ACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAA-TCAATTATGAG
* * * * *
18390 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTTTCAAAGATATGGGTGACTATAAATCGATTTT
254 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTT
* ***** * * *
18455 TCTTGCTAATGACAT-CCTTTTTCTTCACGTTTTTTGTGGCAGTCATTCAATTATAATT-GGTTT
319 TCTTGCTAATGA-ATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTT
* * *
18518 TAACCAAAAATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGACATTATAAAA-CTATTTAAAGCA
383 TAACCAAAAATGTAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC-ATTTAAAGCG
* * * * * *
18582 AGTAATTAGGCTTTTGAA-GTATGGGTAACTATAAATCGACCTTTCTTA-CCTATGAATAGCATT
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* * * *
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* * * * * * * * * *
18711 ATCTTAAAATCAATCACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCT-AGTAATTATGATTTTAATGGCAT
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* * * * **
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* * * ** * * **
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191 ACATTCAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
18903 TTATAAA
255 TTATAAA
18910 C
Statistics
Matches: 3106, Mismatches: 635, Indels: 245
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
506 2 0.00
507 86 0.03
508 99 0.03
509 188 0.06
510 108 0.03
511 313 0.10
512 671 0.22
513 1033 0.33
514 158 0.05
515 14 0.00
517 2 0.00
520 1 0.00
522 4 0.00
523 4 0.00
528 1 0.00
530 3 0.00
531 36 0.01
532 375 0.12
533 8 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (512 bp):
TTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAAACAAAAATATAAAAAAATTCAA
CCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCATGAG
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAAGCCTTTTTCTTCATGTTTCTTGAGGCAGACATT
CAATTATAATCTATTTTCACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGTATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCT
AATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTATGTTTTAACCAAA
AATGTAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATTAGG
ATTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGCCAATGAATGGCTTTTCC
Done.