Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397354.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_656.0, whole genome shotgun sequence
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Warning! 8065 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1280 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 700--1855 Score: 603
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690 NNNNNNAAAC
* * * *
700 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAAT-GAGCTTTTGTTGTCAA
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAA
* * *
764 TGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTAT-ATTTTTTTTAACAATAAAT
65 TGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAA-AAAT
* *********
828 ATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNN
129 ATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG-ATTATAAAA
* * * ** * ** *
870 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCCAAGGCTTGGGTGATTATAAATGTTCTTTACCAGCAAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * ** * *
935 GAATTAGTTTTTCTTCATGTTTCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATG
66 GAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAAT-
* **********
1000 A-AAAAAAATTCAACCTANNNNNNNNNNTGAGATTATAAAA
129 ATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
1040 CAATTTAAAGCGAGTAATAAGTTTTTCAAAGGCATGGATGACTATATATGGA-TTTCTCTTGTCA
1 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTT-TCTTGCCA
* * * *
1104 ATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAT
64 ATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAT
* * *
1169 TTAAGAA-AATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAA
129 ATAA-AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* *
1210 TCATTTAAAGCGAGCAATAA-GCATTTCGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
1 -CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCA
** * *
1274 ATGAATGGTTTTGTTC-TCACATTTC-CTATGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAA
64 ATGAATGACTTT-TTCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAA
* * ********* *
1337 AATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNAAC
126 AATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTAT-GAGATTATAAAA
* * * * * * * *
1382 CATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTC----G-A--GG-GAATGTAAATAGATTTTTGTTGCTAAT
1 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
* * * * * *
1439 -ATATGCCTTTGTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACATTTAATTATAACCTGTTTTAACCAAAAA
66 GA-ATGACTTTTTCTTCACATTTCT-CAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA
*
1502 TGT------A---AA---AAAATCAATTATGAGATTATAAAA
128 TATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
********** ** * * * * * **
1532 NNNNNNNNNNAGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGTTTGAGTGACTGTAAGTGAAACTTTT-ATGTTA
1 -CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCA
* * * * * * * * * * *
1596 GTGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTGTAATTTATTTTAATCAGAAA
64 ATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA
** ** * *
1661 TATAAAACAATTCAAGTTAAAAAAAATTTTGAGATTATAAATC
128 TATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA-A
* * * * * * *
1704 CAATTTATAGCGTGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAA
1 C-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA
* ** ** * *
1769 TGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CTAAGACAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAA
65 TGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTC-AAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAA
* *
1833 TATAAAAGAATTCAACTTAAAAT
128 TATAAAACAATTCAACCTAAAAT
1856 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 724, Mismatches: 212, Indels: 98
0.70 0.21 0.09
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.00
151 27 0.04
154 2 0.00
155 1 0.00
157 1 0.00
158 1 0.00
159 64 0.09
160 5 0.01
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164 4 0.01
165 1 0.00
167 1 0.00
168 2 0.00
169 1 0.00
170 219 0.30
171 209 0.29
172 114 0.16
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.35
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CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT
GAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATAT
AAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
Found at i:1330 original size:341 final size:331
Alignment explanation
Indices: 696--1339 Score: 674
Period size: 341 Copynumber: 1.9 Consensus size: 331
686 NNNNNNNNNN
* * * * *
696 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTGTTGT
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCATGGATGACTATAAATGAGATTTTCTTGT
* * * * *
761 CAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATATTTTTTTTAACAATAA
66 CAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATATCTGTTTTAACAATAA
* ********** *
826 ATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGNNNNNNNNNNCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
131 ATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGG
* * ** **
891 CTTTCCAAGGCTTGGGTGATTATAAATGTTCTTTACCAGCAAATGAATTAGTTTTTCTTCATGTT
196 CTTTCCAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTACCAGCAAATGAATTAGTTTTTCTTCACATT
*
956 TCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTANNNN
261 TCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTA----
1021 NNNNNNTGAGATTATA
322 ------TGAGATTATA
* *
1037 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAA-GTTTTTCAAAGGCATGGATGACTATATATG-GATTTCTCTT
1 AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAA-GCATGGATGACTATAAATGAGATTT-TCTT
* *
1100 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCA
64 GTCAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAATCAATTAT-ATCTGTTTTAACAA
* *
1165 -AAATTTAAGAA-AATTCATCCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
128 TAAATATAA-AACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGCAAT
* * ** * *
1228 AA-GCATTTCGAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGAA-TGGTTTTGT-TC
192 AAGGC-TTTCCAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTACCAGCAAATGAATTAGTTTT-TCT-
* * *
1290 TCACATTTC-CTATGGTAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAAAAAAT
254 TCACATTTCTCGA-GGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAAT
1340 ATAAAACAAT
Statistics
Matches: 251, Mismatches: 44, Indels: 16
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 23 0.09
341 215 0.86
342 13 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (331 bp):
AAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTCAAAGCATGGATGACTATAAATGAGATTTTCTTGT
CAATGAATGACTTTTTCTTCACATTTCTCAAGGCAAACAATCAATTATATCTGTTTTAACAATAA
ATATAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGCGAGCAATAAGG
CTTTCCAAGGCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTACCAGCAAATGAATTAGTTTTTCTTCACATT
TCTCGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACAAAAAATGAAAAAAAATTCAACCTATGAG
ATTATA
Found at i:1731 original size:172 final size:172
Alignment explanation
Indices: 1545--1854 Score: 392
Period size: 172 Copynumber: 1.8 Consensus size: 172
1535 NNNNNNNAGA
* * * * * *
1545 GTAATAAGGCTTTCGAAGG-TTTGAGTGACTGTAAGTGAAACTTTT-ATGTTAGTGGATGGCTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAG-GTGACTATAAAT-AAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTT
** * * * *
1608 TGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTGTAATTT-ATTTTAATCAGAAATATAAAACAAT
64 TGCTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGA-TTTAACCAAAAATATAAAACAAT
*
1672 TCAAGTTAAAAAAAATTTTGAGATTATAAATCCAATTTATAGCGT
128 TCAACTTAAAAAAAATTTTGAGATTATAAATCCAATTTATAGCGT
* * * *
1717 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTT
1 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTG
* * *
1782 CTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAATATAAAAGAATTCA
66 CTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAATATAAAACAATTCA
1847 ACTTAAAA
131 ACTTAAAA
1855 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 115, Mismatches: 20, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 7 0.06
172 104 0.90
173 4 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATAAACTTTTCATGTCAATGAATGGCTTTTG
CTTCACGTTTCCCAAGACAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAATATAAAACAATTCA
ACTTAAAAAAAATTTTGAGATTATAAATCCAATTTATAGCGT
Found at i:2353 original size:157 final size:155
Alignment explanation
Indices: 2125--2415 Score: 352
Period size: 157 Copynumber: 1.9 Consensus size: 155
2115 GAAGGTTTAA
* * * *
2125 GTGACTATAAATGGATTTTTCTTATCAATGAATAGCTTTTTATTCATGTTTCCTAAGGCAGACAA
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTATTCATATTTCCTAAGGCAGACAA
* * * **
2190 TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA-AGT-GAAAATTTTAATTTAAAATCAATTATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTATTTTAA--AAAAATA-TAGAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
2253 TAAAACCATTTAAAGCTTCGAAGGCATGG
127 TAAAACCATTTAAAGCTTCGAAGGCATGG
* * * * * ***
2282 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATAAATCGCTTTTTCTTCATATTTCTTAAGGTAGATGC
1 GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTATTCATATTTCCTAAGGCAGACAA
* *
2347 TTAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAA
66 TCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATAT-AGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAA
2412 AACC
130 AACC
2416 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 112, Mismatches: 19, Indels: 7
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
155 6 0.05
156 31 0.28
157 75 0.67
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.38
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GTGACTATAAATAGACTTTTCTTATCAATAAATAGCTTTTTATTCATATTTCCTAAGGCAGACAA
TCAATTATAATCTATTTTAAAAAAATATAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
ACCATTTAAAGCTTCGAAGGCATGG
Found at i:3210 original size:170 final size:161
Alignment explanation
Indices: 2896--3215 Score: 306
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2886 TAACAGCAAT
* * * * *
2896 TATGAGATTGTAAAACCCTTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTCTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTCTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
* * * * * * * * *
2961 GGCTTTTCTAACTAATGAGTAGCTATTTCTTCATGTTTCCATAGGTAAACATTCAATTGCAATCT
66 GACTTTTCTAACAAATGAATAGATATTTCTTCATATTTCCAGAGGTAAACACTCAATTACAATAT
3026 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACC
131 GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACC
* *
3057 NNNNNNNNNNTATGAGATTATAAAGCCATTTAAAACGAGTAATAAGACTT-TCAAAGGTTTGGGT
1 ----------TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTCTC-AAGGCTTGGGT
* *
3121 GACTATAAAT-GACTTTTTCT-ACAAATGAATGGATTTTTCTTCATATTTCTC-GAGGTAAACAC
55 GACTATAAATGGAC-TTTTCTAACAAATGAATAGATATTTCTTCATATTTC-CAGAGGTAAACAC
* * *
3183 TCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAA
118 TCAATTACAATATGTTTTAACTAAAAATATAAA
3216 TGTATTCAAC
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 21, Indels: 7
0.82 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.51
171 61 0.49
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (161 bp):
TATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGACTTCTCAAGGCTTGGGTGACTATAAATG
GACTTTTCTAACAAATGAATAGATATTTCTTCATATTTCCAGAGGTAAACACTCAATTACAATAT
GTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACC
Found at i:3585 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3183--6980 Score: 1097
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3173 AGGTAAACAC
* * *** * * *
3183 TCAATTATAATATGTTTTAAGTAAAAATGTAAATGTATTCAAC-CTAAAATGAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTC-AACATCAATTATGAGATTA
* * * * * * * *
3247 TAAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAAGACTTTTAAAGGC-ATGGGTGACTATAAATGAGCTTTTCT
65 CAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-GAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * *
3311 TGTCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCACG-TTTCTTAAGACAGATAG
129 TGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTC-CAAG-TAGACAT
*********
3354 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTC-A-TCCNNNNNNNNNNTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACT-C-AACATCAATTATGAGATT
** * * *
3417 GTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTCGAAGGGGAA-G-GTGACTATAAATGAACTTT
64 ACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-G-A-GGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTT
** * * * *
3479 TCTTGTCAATGA-ATAACTTTGTCTTTACACTTTCCACAGCAAACAT
126 TCTTGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCA-AGTAGACAT
* *
3525 TCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* *
3590 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTT
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAAC-TTTTCTT
* * * * *
3655 TTACTAATATATGCCTTTTTATTCATGTTTTCCAAGGTAGACAT
130 GT-C-AATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAA-GTAGACAT
********** * ** * * * **
3699 TCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTGT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* * * * ** * *
3764 AAAACCATTTACAGGGAGTAAAAAGG-TTTTCGAAGGGGA-GGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-G-AGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * * * *
3827 TATCAATGA-ATGGCTTTGTCTTTATGCTTCCCATGGTAGACAT
129 TGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCA-AGTAGACAT
* * * * * *
3870 TCAATTGTAGTTTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAACATTCGACTTAACATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
** * *
3934 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGATAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTG
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * *
3999 CCAATATAT-CTCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACAA
131 TCAATATATGC-CTTTGTCTTCACGCTTTCC-AAGTAGACAT
* * * * * *
4040 TCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTAGACTTAACATCAATTATAAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* * *
4105 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTTA
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * *
4170 TCAATATATGCCTTTTTATTCACGTTTTCCATTGTAGACAT
131 TCAATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCA-AGTAGACAT
* * * *
4211 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAATTTAAAATCAANNNNNNNNNNNN
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAA------------
***************************************************************
4276 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
54 --TTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAA
************************** * * * * * *
4341 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTT-TTTTCATGTTTTTCTAGGCAGACAT
117 ATGAACTTTTCTTGTCAATATATGCCTTTGTCTTCACG-CTTTCCAAGTAGACAT
* * * ** * * ********
4395 TCAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNN
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
** * * ** * *
4460 NNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGG-TTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAT
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG-AGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * ** * *
4524 ATCAA-AGGATGGCTTT-TACTTCA-TATTTCTTAAGGTCGACAT
130 GTCAATA-TATGCCTTTGT-CTTCACGCTTTC-CAA-GTAGACAT
* * * * * *
4566 TCAATTACAATATAG-TTTAATCAAAAAAAT-AAAAAAAATTC-AATGTAACATCAATTATGAGA
1 TCAATTATAATCT-GTTTTAA-C-TAAAAATGTAAAAAAATTCGACT-CAACATCAATTATGAGA
* * *** * * * * **
4628 TTATAAAACTATTTAAAGT-AAGTAATAAGGCTTCCCAAG-ACTTGACTAACTATAAATGGGCTT
62 TTACAAAACCATTTAAAGTGAA-TAATAAGGCTTTTGAGGCA-ATGAGTGACTATAAATGAACTT
* * * * *
4691 TTCTT-TCCAATGA-ATGGCTTTTTATTCACG-TTTCTTAAGGTAAACAT
125 TTCTTGT-CAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTC-CAA-GTAGACAT
********** *
4738 TCAATTATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNNAAAAAAATTCAACTTCAA-ATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGAC-TCAACATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
4802 TAAAACCATCTAAAGAGAGTAAATAAGGCTTTTGAGGAAATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCT
65 CAAAACCATTTAAAGTGAAT-AATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * *
4866 TGCCAATATATGCTTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGTTGACAT
129 TGTCAATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAA-GTAGACAT
* * * * *******
4909 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAGTGCAAAAAAAATTCAACTTCAA-ATCAATTANNNNNNN
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAAAAATTCGAC-TCAACATCAATTATGAGATT
*** * * * * * * *
4973 NNNAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAGGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
64 ACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCT
* * * ** * * *
5038 TGCCTATATATGCCTTTGTCTTTACTTTTTTCAAGGTGGACAC
129 TGTCAATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAA-GTAGACAT
* * * * * * ** * * * * * *
5081 TCAATTATATTCTGTTTGAACCAAATATTTAAAAAAGTTTAAGTTAAAATCAATTATAAAATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* * * *
5146 AAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAG-AATGAGTGACTATAAATAAACCTTTCTT
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAG-GCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* *
5210 G-CAAATATATGCCTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACAT
130 GTC-AATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAA-GTAGACAT
* * * ** * * *
5252 TCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* * * * *
5317 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTT-
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * *
5381 ACTAATATATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGATAGGCAT
131 TC-AATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAAG-TAGACAT
* * *
5423 TCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCCACAT-AA-AACTAATTATGAGAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCGAC-TCAACATC-AATTATGAGAT
* * * * * * *
5485 TATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC-TTGAGTGACTATAAGTGGAACTTT
63 TACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG-AGGCAATGAGTGACTATAAAT-GAACTTT
* * ** * * *
5549 T-ATGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCATG-TTTCCCAAGGTAGATAT
126 TCTTGTCAATATATGCCTTTGT-CTTCACGCTTT-CCAA-GTAGACAT
* * * * * * *
5594 TCAATTATAATATATTTTAA-TCATAAATG-AAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA-ATTCGACTCAACATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * *
5657 ATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAAGTGACTATAAATGGATTTTT
64 ACAAAAC-CATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTG-AGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * * *
5721 TTTGTCAATGA-ATGACTTTTTCTTTA-GGTTTCCCAAAGCAGACAA
127 CTTGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTT-CC-AAGTAGACAT
* * * * * * *
5766 TCAATTGTAATCTGTTCTAAC-AAAAATGT-AAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTAT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* ** * *
5829 AAAACCATTCAAAGCT---T-CGAAGG----TG-TG----GA-TGACTAT-AATGGACTTTTCTT
66 AAAACCATTTAAAG-TGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTT
* * * * *
5879 GTCAATGA-AT-CACTTTTTTTTCATG-TTTGTCAAGGTTGACACT
130 GTCAAT-ATATGC-CTTTGTCTTCACGCTTT-CCAA-GTAGACA-T
* * * * * *
5922 T-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTCAAC-CTAAAATTAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTC-AACATCAATTATGAGATTA
* * *
5985 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAGG-AAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-GAGGCAATGA-GTGACTATAAATGAACTTTTC
* * * * *
6048 TTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAAG-TTTCCCGAGGTAAACAT
128 TTGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTT-CC-AAGTAGACAT
* * ** * * *
6092 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATGAAAAAATTCAAC-CTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTC-AACATCAATTATGAGATTA
* ** * * * *** **
6156 TAAAA-CAGTTTAAAGCAAATGACAAGACTTCCAATGG-TTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
65 CAAAACCA-TTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGA-GGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
*** ** * * ** * * *
6219 CAATCAATGGATGGCTTT-TGCTACACATTTTTCATGGCAGACAT
128 TTGTCAATATATGCCTTTGT-CTTCACGCTTTCCA-AGTAGACAT
* * * * * *
6263 TCAATTATAATATATTTTCATCCAAAAA-GTAAAACAATTC-AGCGT-AGCATCAATTATGAGAT
1 TCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAAAATTCGA-C-TCAACATCAATTATGAGAT
* * * ** * * **
6325 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGC-TTGGGTGACTATAAATGGGCTTTT
63 TACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTT-TGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * * * *
6389 CTT-TCCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCAAG-TTTCTCGATGTAAATAT
127 CTTGT-CAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTC-C-AAGTAGACAT
* ** * * * * *
6434 TTAATTGCAATATGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAACAATTCAGCCT-AAGATCAATTATGATATT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTC-GACTCAACATCAATTATGAGATT
* * * * * * * * * **
6497 ATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAG-ATCTCG-GTGACTATAAAAGGGCTTTT
64 ACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCA-AT-GAGTGACTATAAATGAACTTTT
* * * ** * * *
6560 ATTGTCAATGA-ATGGCTTT-TTTTCACATTTTTCAAGACAAACAT
127 CTTGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAAG-TAGACAT
* * * * * * * * * *
6604 TCAATTATAATTTATTTTAACCATAAATAT-AAAAAATTC-AATATAAAATTAATTATGAGATTT
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACT-CAACATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
6667 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGC-ATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTC
65 CAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-G-AGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTC
* ** * *
6730 TTGTCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCACATTTTCCATAGAAAACAT
128 TTGTCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCA-AGTAGACAT
* * * * * *
6774 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTAC
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
* * * * *
6839 AAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
66 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
* * * *
6904 TAAATATATGCCTTTGTCTTTACGTTTTCTAAGGTAGACAT
131 TCAATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAA-GTAGACAT
*
6945 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAA
1 TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
6981 GTTCAACTTA
Statistics
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TCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTAC
AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTG
TCAATATATGCCTTTGTCTTCACGCTTTCCAAGTAGACAT
Found at i:3817 original size:345 final size:331
Alignment explanation
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3398 NNNNNNNNNN
*
3408 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGGGAAGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGGAAGGTGACTATAAATG
* *
3473 AACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTGTCTTTACACTTTCCACAGCAAACATTCAATTATAATTT
66 AACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTGTCTTTACACTTCCCACAGCAAACATTCAATTATAATTT
*
3538 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
131 GTTTTAACCAAAAATGT-AAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAA
* * * *
3603 GTGAATAATAAGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTACTAATATATG
195 GTGAATAATAAGGCTTTTGAGACAATGAATGACTATAAATGAAC---TTTTTTTACCAATATAT-
* * *
3668 C-CTTTTTATTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAA
256 CTCTTTTTATTCACGTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATC----------AAAAATATAAA
3732 AAAATTAAACTTAAAATTAAT
311 AAAATTAAACTTAAAATTAAT
* * *
3753 TATGAGATTGTAAAACCATTTACAGGGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGGAGGGTGACTATAAATG
1 TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGGAAGGTGACTATAAATG
* ** ** ** * * * *
3818 GACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTTATGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTGTAGTTT
66 AACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTGTCTTTACACTTCCCACAGCAAACATTCAATTATAATTT
*
3883 GTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCGACTTAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
131 GTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
* *
3948 TGAATAATAAGGCTTTTGAGATAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATATATCTCTT
196 TGAATAATAAGGCTTTTGAGACAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTACCAATATATCTCTT
*
4013 TTTCTTCACGTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAAT
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4051 TTGTTTTAAC
Statistics
Matches: 268, Mismatches: 29, Indels: 6
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Matches are distributed among these distances:
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TATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGGAAGGTGACTATAAATG
AACTTTTCTTATCAATGAATAACTTTGTCTTTACACTTCCCACAGCAAACATTCAATTATAATTT
GTTTTAACCAAAAATGTAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
TGAATAATAAGGCTTTTGAGACAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTACCAATATATCTCTT
TTTATTCACGTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAA
ATTAAT
Found at i:4213 original size:341 final size:342
Alignment explanation
Indices: 3419--4244 Score: 944
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 342
3409 ATGAGATTGT
* * * * *
3419 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTCGAAGGGGAAG-GTGACTATAAATGAACTTTTCTT
1 AAAACCATTTAAAGGGAATAAAAAGGTTTTCGAA-GGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
* ** * * * * ** * *
3483 GTCAATGAATAACTTTGTCTTTACACTTTCCACAGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTA
65 ATCAATGAATGCCTTTGTATTCACGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTA
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* * * *
3613 AGGCTTTTGAGGCAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTTTTACTAATATATGCCTTTTTATT
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* * * **********
3678 CATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCNNNNNNNNNNAAAAATATAAAAAAATTAAACT
257 CACGTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACT
* * **
3743 TAAAATTAATTATGAGATTGT
322 TAAAATCAATTATAAGATTAC
* * ** *
3764 AAAACCATTTACAGGGAGTAAAAAGGTTTTCGAAGGGGAGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
1 AAAACCATTTAAAGGGAATAAAAAGGTTTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
* * * * * * *
3829 TCAATGAATGGCTTTGTCTTTATGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTGTAGTTTGTTTTAACCAA
66 TCAATGAATGCCTTTGTATTCACGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
*
3894 AAATGTAAAACATTCGACTTAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAG
131 AAATGTAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAG
* * *
3959 GCTTTTGAGATAATGAATGACTATAAATGAAC-TTTTTTTGCCAATATAT-CTCTTTTTCTTCAC
196 GCTTTTGAGACAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTTACCAATATATGC-CTTTTTATTCAC
* * * *
4022 GTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAACATTAGACTTAA
260 GTTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAA
*
4087 CATCAATTATAAGATTAC
325 AATCAATTATAAGATTAC
* * *
4105 AAAACCATTTAAAGTGAATAATAAGGCTTTT-G-AGGCAATGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCT
1 AAAACCATTTAAAGGGAATAAAAAGG-TTTTCGAAGGCAA-GAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * *
4168 TATCAAT-ATATGCCTTTTTATTCACGTTTTCCATTGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC
64 TATCAATGA-ATGCCTTTGTATTCACGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
4232 TAAAAATGTAAAA
128 TAAAAATGTAAAA
4245 AAATTCAATT
Statistics
Matches: 408, Mismatches: 68, Indels: 14
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.37, C:0.13, G:0.13, T:0.35
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AAAACCATTTAAAGGGAATAAAAAGGTTTTCGAAGGCAAGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTA
TCAATGAATGCCTTTGTATTCACGCTTCCCATGGTAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACTAA
AAATGTAAAACATTCGACTCAACATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAATAATAAG
GCTTTTGAGACAATGAATGACTATAAATGAACTTTTTTTTACCAATATATGCCTTTTTATTCACG
TTTTCCAAAGTAGACAATCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAA
ATCAATTATAAGATTAC
Found at i:5058 original size:172 final size:169
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Indices: 4389--6970 Score: 1445
Period size: 171 Copynumber: 15.2 Consensus size: 169
4379 TTTTCTAGGC
* * ** **
4389 AGACATTCAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATNN
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
******** * * * **
4454 NNNNNNNNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGAAGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * *
4519 TTCATATCAA-AGGATGGCTTT-TACTTCA--TATTTCTTAAGGT
129 TTCTTGCCAATA-TATGCCTTTGT-CTTCACGT-TTTC-CAAGGT
* * * * * *
4560 CGACATTCAATTACAATATAG-TTTAATCAAAAAAATAAAAAAAATTCAA-TGTAACATCAATTA
1 AGACATTCAATTATAATCT-GTTTTAA-C--TAAAATAAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTA
* * * ** *** * * * *
4623 TGAGATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCCCA-AGACTTGACTAACTATAAATGG
61 TAAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGA-ATGAGTGACTATAAATGG
* * * * * *
4687 GCTTTTCTTTCCAATGA-ATGGCTTTTTATTCACG-TTTCTTAAGGT
125 ACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTC-CAAGGT
* ******** * * *
4732 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNNAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--CTAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
* * * *
4797 GATTATAAAACCATCTAAAGAGAGTAAATAAGGCTTTTGAGGAAATGAGTGACTAT-AATGGACT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
*
4861 TTTCTTGCCAATATATGCTTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
128 TTTCTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * **
4903 TGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAGTGCAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTANN
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-T--AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATA
******** * * *
4968 NNNNNNNNAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTGAGGGAACGAGTGACTATAAATGGACT
63 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
5033 TTTCTTGCCTATATATGCCTTTGTCTTTACTTTTTTCAAGGT
128 TTTCTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * * * * *
5075 GGACACTCAATTATATTCTGTTTGAACCAAATATTTAAAAAAGTTTAAGTTAAAATCAATTATAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAA-A-TAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
* * * ** *
5140 AATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATAAACCT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* *
5205 TTCTTGCAAATATATGCCTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGT
129 TTCTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * *
5246 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
* *
5311 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
5376 TTCTTACTAATATATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGAT
129 TTCTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* ** *
5417 AGGCATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATATAAAAAAATTCCACATAAAA-CTAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT--AAAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATC-AATTAT
* * * ** ** *
5480 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGAA
62 AAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGG-A
* ** * * *
5545 CTTTT-ATGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCATGTTTCCCAAGGT
126 CTTTTCTTGCCAATATATGCCTTTGT-CTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * * * *
5588 AGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCATAAATGAAAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAAT-AAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATA
* * * * ** * *
5652 AGATTATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGAT
63 AAATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
5717 TTTTTTTGTCAATGA-ATGACTTTTTCTTTAGGTTTCCCAAAGC
127 TTTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * ** * * * *
5760 AGACAATCAATTGTAATCTGTTCTAACAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAA
* *** *
5825 TTATAAAACCATTCAAAGC---TTCGAAGG----T--GTG---GA-TGACTAT-AATGGACTTTT
66 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * *
5876 CTTGTCAATGA-AT-CACTTTTTTTTCATGTTTGT-CAAGGT
131 CTTGCCAAT-ATATGC-CTTTGTCTTCACGTTT-TCCAAGGT
* * * * * * *
5915 TGACACTT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATG
1 AGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATA
* *
5979 AGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGA-GGAAT-AGGTGACTATAAATGGA
63 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAGGGAATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * * *
6042 CTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCGAGGT
126 CTTTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * * *
6086 AAACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAA-ACATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATA-A--AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATA
* * * * * * *** * ** *
6150 AGATTATAAAA-CAGTTTAAAGCAAATGACAAGACTTCCAATGGTTTGAGTGACTATAAATGAAC
63 AAATTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGAC
**** ** * * * * * *
6214 TTTTCCAATCAATGGATGGCTTT-TGCTACACATTTTTCATGGC
127 TTTTCTTGCCAATATATGCCTTTGT-CTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * * * * * ** *
6257 AGACATTCAATTATAATATATTTTCATCCAAAA-AGTAAAACAATTCAGCGTAGCATCAATTATG
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAATA--AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATA
* ** * ** * *
6321 AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCT
63 AAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * * * *
6386 TTTCTTTCCAATGA-ATGTCTTTTTCTTCAAG-TTTCTCGATGT
128 TTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTC-CAAGGT
* * * ** * * * * *
6428 AAATATTTAATTGCAATATGTTTTAA-TAAAA-AATGTAAAACAATTCAGCCTAAGATCAATTAT
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAA---AAAA-AATTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * * * * * *
6491 GATATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGGTTTTGA-AGATCTCG-GTGACTATAAAAGG
62 AAAATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGA-AT-GAGTGACTATAAATGG
* * * * * * * **
6554 GCTTTTATTGTCAATGA-ATGGCTTT-TTTTCACATTTTTCAAGAC
125 ACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
* * * * * * * *
6598 AAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCATAAATATAAAAAATTCAA-TATAAAATTAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAATAAAAAAAATTTAACT-TAAAATCAATTATAA
* * * * * *
6662 GATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACT
* * * *
6726 TTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCACATTTTCCATA-GA
128 TTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCA-AGGT
* * * * *
6768 AAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CTAAAATA-AAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAA
* * * *
6833 GATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
64 AATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
*** * *
6898 TTCTTATAAATATATGCCTTTGTCTTTACGTTTTCTAAGGT
129 TTCTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
*
6939 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
1 AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA
6971 ATGTAAAAAA
Statistics
Matches: 1911, Mismatches: 404, Indels: 193
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
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173 13 0.01
174 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
AGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATAAAA
TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
CTTGCCAATATATGCCTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGT
Found at i:5392 original size:342 final size:338
Alignment explanation
Indices: 4391--6990 Score: 1972
Period size: 342 Copynumber: 7.6 Consensus size: 338
4381 TTCTAGGCAG
* * * ****
4391 ACATTCAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATGTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATNNNN
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
****** * * **
4456 NNNNNNAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCGTTTGA-AGGTTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
4520 TCATAT-CAA-AGGATGGCTTTTACTTCA--TATTTCTTAAGGTCGACATTCAATTACAATATAG
129 TC-T-TGCAATA-TATGCCTTTT-CTTCACGT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTAT
* * *
4581 TTTAATCAAAAAAATAAAAAAAATTCAA-TGTAACATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAA
188 TTTAA-C-AAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
** *** * * * * *
4645 GTAAGTAATAAGGCTTCCCAA-GACTTGACTAACTATAAATGGGCTTTTCTT-TCCAATGAATGG
250 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA-ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGC
* **
4708 CTTTTTATTCACGTTTCTTAAGGTAA
313 CTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAA
******** *
4734 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAANNNNNNNNNNA-AAAAAATTCAACTTCAAATCAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAA--CCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* *
4798 ATTATAAAACCATCTAAAGAGAGTAAATAAGGCTTTTGAG-GAAATGAGTGACTAT-AATGGACT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT-AATAAGGCTTTTGAGAG-AATGAGTGACTATAAATGGACT
* *
4861 TTTCTTGCCAATATATGCTTTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTT
127 TTTCTTG-CAATATATGCCTTT-TCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * ********** *
4926 TAACTAAAAGTGCAAAAAAAATTCAACTTCAAATCAATTANNNNNNNNNNAAATCATTTAAAGCG
190 TAACAAAAAAT--ATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
4991 AGTAATAAGGTTTTTGAGGGAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGC-CTAT-ATATGCCTT
253 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA-ATGCCTT
* * * ** **
5054 TGTCTTTACTTTTTTCAAGGTGG
316 TTTCTTCACGTTTCCCAAGGTAA
* * * * * * * * *
5077 ACACTCAATTATATTCTGTTTGAACCAAATATTTAAAAAAGTTTAAGTTAAAATCAATTATAAAA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** *
5142 TTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATAAACCTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
* *
5207 CTTGCAAATATATGCCTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
130 CTTGC-AATATATGCCTTT-TCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
*
5272 CAAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
193 CAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* *
5337 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTACT-AAT-ATATGCCTTTTTC
257 ATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-CTCAATGA-ATGCCTTTTTC
* * *
5400 TTCACGTTTTCCAAGATAG
320 TTCACGTTTCCCAAGGTAA
* ** * *
5419 GCATTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCCACATAAAA-CTAATTATGAG
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATC-AATTATGAG
* * ** *
5483 ATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGAACTT
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGG-ACTT
* ** * * * * *
5548 TT-ATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTT
128 TTCTTG-CAATATATGCCTTTT-CTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * *
5612 AATC-ATAAATGA-AAAAACATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGC
191 AA-CAAAAAAT-ATAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGC
* ** * * * * *
5675 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATGACTTT
252 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTT
* * * * *
5740 TTCTTTAGGTTTCCCAAAGCAG
317 TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAA
* * * * *
5762 ACAATCAATTGTAATCTGTTCTAA-CAAAAATGTAAAAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGAT
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *** *
5826 TATAAAACCATTCAAAGC---TTCGAAGG----T--GTG---GA-TGACTAT-AATGGACTTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
5877 TTGTCAATGA-AT-CACTTTTTTTTCATGTTTGT-CAAGGTTGACACTT-AATTATAATCTGTTT
131 TTG-CAAT-ATATGC-C-TTTTCTTCACGTTT-TCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTATTT
* * *
5938 TAACAAAAAATATAAGAAAATTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGA
190 TAACAAAAAATATAA-AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* *
6003 GTAATAAGGCTTTTCG-AGGAAT-AGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT
254 GTAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTT
* *
6066 TTCTTCAAGTTTCCCGAGGTAA
317 TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAA
* * *
6088 ACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *** ** *
6153 TTATAAAA-CAGTTTAAAGCAAATGACAAGACTTCCAATG-GTTTGAGTGACTATAAATGAACTT
65 TTATAAAACCA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-GAGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* ** * * * * * * *
6216 TTCCAAT-CAATGGATGGCTTTTGCTACACATTTTTCATGGCAGACATTCAATTATAATATATTT
128 TT-C-TTGCAATATATGCCTTTT-CTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTT
* * * * * **
6280 TCATCCAAAAAGTA-AAACAATTCAGCGTAGCATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
190 T-A-ACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** ** * * *
6344 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTT-TCCAATGAATGTCTTT
253 AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCT-CAATGAATGCCTTT
* * * *
6408 TTCTTCAAGTTTCTCGATGTAA
317 TTCTTCACGTTTCCCAAGGTAA
* * ** * ** * * * * *
6430 ATATTTAATTGCAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAAGATCAATTATGATA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * * * *
6495 TTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGGTTTTGA-AGATCTCG-GTGACTATAAAAGGGCTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGA-AT-GAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * ** * *
6558 TTATTGTCAATGA-ATGGCTTTTTTTCACATTTTTCAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTTT
128 TTCTTG-CAAT-ATATGCCTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTT
* * * *
6622 AACCATAAATATAAAAAATTCAA-TATAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAG
191 AACAAAAAATATAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
6686 TAATAAGG-TTTTGGAAGGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGT
255 TAATAAGGCTTTT-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTT
* * *
6750 CTTCACATTTTCCATA-GAAA
319 CTTCACGTTTCCCA-AGGTAA
**
6770 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
6835 TTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
65 TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT
** * * *
6900 CTTATAAATATATGCCTTTGTCTTTACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA
130 CTT-GCAATATATGCCTTT-TCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAA
* *
6965 CCAAAAATGTAAAAAAGTTCAACTTA
193 CAAAAAATATAAAAAA-TTCAACTTA
6991 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1787, Mismatches: 371, Indels: 199
0.76 0.16 0.08
Matches are distributed among these distances:
325 1 0.00
326 107 0.06
327 95 0.05
328 59 0.03
329 2 0.00
331 4 0.00
332 1 0.00
334 1 0.00
337 1 0.00
338 6 0.00
339 13 0.01
340 221 0.12
341 166 0.09
342 605 0.34
343 461 0.26
344 43 0.02
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (338 bp):
ACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGCAATATATGCCTTTTCTTCACGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACAA
AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTCTCAATGAATGCCTTTTTCTTCACG
TTTCCCAAGGTAA
Found at i:6095 original size:669 final size:670
Alignment explanation
Indices: 5229--6900 Score: 1837
Period size: 669 Copynumber: 2.5 Consensus size: 670
5219 TGCCTTTGTC
*
5229 TTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAACTTTAA
1 TTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAA-TTCAA
* *
5294 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAG
64 CATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-GGAATG-G
* * * * * **
5359 TGACTGTAAATGGACTTTTCTT-ACTAAT-ATATGCCTTTTTCTTCACGTTTTCCAAGATAGGCA
127 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTC-AATGA-ATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACA
** *
5422 TTCAATTATAATCTGTTTTAATAAAAAATATAAAAAAATTCCACATAAAA-CTAATTATGAGATT
190 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATC-AATTATGAGATT
* * * *
5486 ATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGAGTGACTATAAGTGGAACTTTT-
254 ATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAACTTTTC
* ** * *
5550 ATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAAT
318 AT--CAATGGATGACTTTTGCTACACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAT
* *
5615 -CATAAATGAAAAA-ACATTCAAG-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTAAAGCGA
381 CCA-AAAAGAAAAACA-ATTC-AGCGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-AATTTAAAGCGA
* * *
5677 GTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAAT-GGATTTTTTTTGTCAATGAATGACTTTT
442 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGATTTTCTTT-CCAATGAATGACTTTT
* * * * * *
5741 TCTTTAGGTTTCCCAAAGCAGACAATCAATTGTAATCTGTTCTAA-CAAAAATGTAAAA-AATTC
506 TCTTCAAGTTTCCCAAAGCAAACAATCAATTGCAATATGTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTC
** * *
5804 AATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT-C-A-AA-GCTTCGAAGGTGT-GGATGACT
571 AACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAATAAGGCTTCGAAGATCTCGG-TGACT
* *
5863 AT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTTTT
635 ATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGAATCACTTTTTT
*
5898 TTCATGTTTGTCAAGGTTGACACTT-AATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAATTCA
1 TTCATGTTT-TCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAA-AAAATTCA
* *
5962 ACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCGAGGAATAG
63 ACATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAGGAAT-G
* *
6027 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCGAGGTAAACAT
126 GTGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACAT
* * * *
6092 TCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAACATGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTAT
191 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTAT
* * * * ** *
6157 AAAACAGTTTAAAGCAAATGACAAGAC-TTCCAATGGTTTGAGTGACTATAAAT-GAACTTTTCC
256 AAAACA-TTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAA-GGATTGAGTGACTATAAATGGAACTTTT-C
* ** * *
6220 AATCAATGGATGGCTTTTGCTACACATTTTTCATGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCATC
318 -ATCAATGGATGACTTTTGCTACACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATC
* ** *
6285 CAAAAAGTAAAACAATTCAGCGTAGCATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
382 CAAAAAGAAAAACAATTCAGCGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAAT
** * *
6350 AAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATGTCTTTTTCTTCA
447 AAGGCTTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGATTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCA
* * * * * * * * *
6415 AGTTTCTCGATGTAAATATTTAATTGCAATATGTTTTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTA
512 AGTTTCCCAAAGCAAACAATCAATTGCAATATGTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTA
* * * * *
6480 AGATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGAGCGAGTAATAAGGGTTTTGAAGATCTCGGTGAC
577 AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-C----AATAA-GGCTTCGAAGATCTCGGTGAC
* **
6545 TATAAAAGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTT
634 TATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGAATCACTTTTTT
* ** * * * * * *
6582 TCACAT-TTTTCAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCATAAATATAAAAAATTCAAT
1 T-TCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAAC
* *
6646 ATAAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGGAAGGCATGGG
65 ATAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-G-AGGAAT-GG
* * *
6710 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACA-TTTTCCATA-GAAAACA
127 TGACTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-AGTTTCCCA-AGGTAAACA
* ** *
6773 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTA
190 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
6838 CAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTC
255 TAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAACTTTTC
6901 TTATAAATAT
Statistics
Matches: 838, Mismatches: 123, Indels: 72
0.81 0.12 0.07
Matches are distributed among these distances:
668 106 0.13
669 360 0.43
670 47 0.06
671 4 0.00
675 1 0.00
680 1 0.00
681 8 0.01
682 216 0.26
683 58 0.07
684 34 0.04
685 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (670 bp):
TTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCAACA
TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGAATGGTGAC
TGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAACATTCAAT
TATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTTGAAGGATTGAGTGACTATAAATGGAACTTTTCATCAATGG
ATGACTTTTGCTACACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAATCCAAAAAGAA
AAACAATTCAGCGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
AAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGGATTTTCTTTCCAATGAATGACTTTTTCTTCAAGTTTCCCA
AAGCAAACAATCAATTGCAATATGTTCTAATAAAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATT
ATGAGATTATAAAACCATTTACAATAAGGCTTCGAAGATCTCGGTGACTATAAAAGGACTTTTAT
TGTCAATGAATCACTTTTTT
Found at i:6143 original size:840 final size:844
Alignment explanation
Indices: 4561--6987 Score: 2127
Period size: 840 Copynumber: 2.9 Consensus size: 844
4551 TCTTAAGGTC
* * *** *
4561 GACATTCAATTACAATATAGTTTAATCAAAAAAATAAAAAAAATTCAATGTAACATCAATTATGA
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAAT-AAAAAAATTCAGCATAAAATCAATTATGA
* ** * * * * * *
4626 GATTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTCCCAAGACTTGACTAACTATAAATGGGCTT
65 GATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * ** * ** * * * *
4691 TTCTTTCCAATGAATGGCTTTTTATTCACGTTTCTTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTT
130 TTCATGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTACAATATATTTT
********* * * * * * *
4756 AANNNNNNNNNNAAAAA-AATTCAACTTCAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATCTAAAGAGA
195 AA-TAAAAAATGAAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGA
* * ** * * * *
4820 GTAAATAAGGCTTTTGAGGAAATGAGTGACTAT-AATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATG-CTTT
259 GT-AATAAGGCTTTCGAAGATCTAAGTGACTATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGA-ATGACTTT
* * **** * * * * *
4882 TGTCTTCACGTTTTCCAAGGTTGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAGTGCAAAAAAAA
322 T-T-TTCACATTTCCCAAGACAAACAATCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAAT--ATAAAAAA
* ********** * * *
4947 TTCAACT-TCAAATCAATTANNNNNNNNNNAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTTG-AGG
383 TTCAA-TATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-C----AATAAGGTCTTCGAAGG
* ** * * * *
5010 GAACGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCTAT-ATATGC-CTTTGTCTTTACTTTTTTCAAG
440 CATGGA-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-AT-CACTTTGTCTTCAC-ATTTTCAAG
* * * * * * * *
5073 GTGGACACTCAATTATATTCTGTTTGAACCAAATATTTAAAAAAGTTTAAGTTAAAATCAATTAT
501 GTAGACACTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTAT
* * * **
5138 AAAATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATAAAC
566 GAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
* *
5203 CTTTCTTG-CAAATATATGCCTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
630 TTTTCTTGTC-AATATATGCCTTTGTCTTCAAGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
5267 TTTAA-CAAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAA
694 TTTAACCAAAAAAT-GAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CAGTTTAAA
* * * * *** * * ** *
5330 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTA-CTAATATATGCC
757 GCAAATAACAAGACTTCCAAGGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCAATC-AATAGATGCC
* * * *
5394 TTTTTCTTCACGTTTTCCAAGATA
821 TTTTGCTACACATTTTCCAAGACA
* * *
5418 GGCATTCAATTATAATCTGTTTTAAT-AAAAAATATAAAAAAATTCCA-CATAAAA-CTAATTAT
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAA-ATAAAAAAATT-CAGCATAAAATC-AATTAT
* * *
5480 GAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCTTGAGTGACTATAAGTGGA
63 GAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-
* * * *
5544 ACTTTT-ATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATA
126 ACTTTTCATGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTACAATATA
* * *
5608 TTTTAATCATAAATGAAAAA-ACATTCAAG-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTAATTTA
191 TTTTAATAAAAAATGAAAAACA-ATTC-AGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACT-ATTTA
* * * *
5671 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTTTTGTCAATGAATG
253 AAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGATC-TAAGTGACTATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGAATG
* ** * * * *
5735 ACTTTTTCTTTAGGTTTCCCAA-AGCAGACAATCAATTGTAATCTGTTCTAA-CAAAAATGTAAA
317 ACTTTTT-TTCACATTTCCCAAGA-CAAACAATCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAA
* **
5798 AAATTCAATTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TT-C-A-AA-G-CTTCGAAGGTGTGG
380 AAATTCAATATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAATAAGGTCTTCGAAGGCATGG
* * ** *
5857 ATGACTAT-AATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTTTTTTCATGTTTGTCAAGGTTGACAC
445 ATGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTGTCTTCACATTT-TCAAGGTAGACAC
* * * *
5921 TTAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATATAAGAAAA-TTCAACCTAAAATTAATTATGAGATTA
509 TTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAA-AAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
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573 TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
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*
6113 CAAAAACATGAAAAAA-TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAGCAAATG
700 CAAAAA-ATGAAAAAACTTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAGCAAATA
* ** * *
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764 ACAAGACTTCCAAGGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCAATCAATAGATGCCTTTTGCTA
* * *
6242 CACATTTTTCATGGCA
829 CACATTTTCCAAGACA
* * * * * **
6258 GACATTCAATTATAATATATTTTCATCCAAAAAGTAAAACAATTCAGCGTAGCATCAATTATGAG
1 GACATTCAATTATAATATATTTTAATCAAAAAAATAAAAAAATTCAGCATAAAATCAATTATGAG
* *
6323 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGGCTTT
66 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * * * * *
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131 TCATGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTACAATATATTTTA
* * * *
6453 ATAAAAAATGTAAAACAATTCAGCCTAAGATCAATTATGATATTATAAAACTATTTAGAGCGAGT
196 ATAAAAAATGAAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
* * ** * *
6518 AATAAGGGTTTTGAAGATCTCGGTGACTATAAAAGGGCTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTTT
261 AATAAGGCTTTCGAAGATCTAAGTGACTATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGAATGACTTTTTTT
** * * * *
6583 CACATTTTTCAAGACAAACATTCAATTATAATTTATTTTAACCATAAATATAAAAAATTCAATAT
326 CACATTTCCCAAGACAAACAATCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATAT
* * * * *
6648 AAAATTAATTATGAGATTTTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGTTTTGGAAGGCATGGGTGA
391 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-C----AATAAGGTCTTCGAAGGCATGGATGA
* ** * *
6713 CTGTAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTGTCTTCACATTTTCCA--TAGAAAACATTC
449 CTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTGTCTTCACATTTTCAAGGTAG-ACAC-TT-
* *
6776 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACAA
511 AATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAA
* * *
6841 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGTCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATA
576 AACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA-GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTC
* * *
6906 AATATATGCCTTTGTCTTTACGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAA
640 AATATATGCCTTTGTCTTCAAGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAA
*
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6988 TTANNNNNNN
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ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCATGCCAATGAATGACTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGGTAAATATTCAATTACAATATATTTTA
ATAAAAAATGAAAAACAATTCAGCCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGCGAGT
AATAAGGCTTTCGAAGATCTAAGTGACTATAAAAGGACTTTTATTGTCAATGAATGACTTTTTTT
CACATTTCCCAAGACAAACAATCAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAATTCAATAT
AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTACAATAAGGTCTTCGAAGGCATGGATGACTATAAA
TGGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTGTCTTCACATTTTCAAGGTAGACACTTAATTATAATC
TGTTTTAACCAAAAATATAAAAAACTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATATATGCCT
TTGTCTTCAAGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAATGAAAAAAC
TTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACAGTTTAAAGCAAATAACAAGACTTCCAAGGGA
ATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCCAATCAATAGATGCCTTTTGCTACACATTTTCCAAGACA
Found at i:8241 original size:171 final size:171
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7847 NNNNNNNNNN
* * **
7857 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAAGGCATCGGTGACTATAAAT-GGCTTTTGTTGT
1 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTGT
* * *
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* * *
7986 GATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATA
131 AAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGAATATA
********** * *
8027 AAACC-TTTGAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCGAAGGCTTGGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTG
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* * *
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* * * *
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* * * * * *
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8257 TCTTATCANN
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AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGGCTTTACTTGT
CAATAAATGACTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCATA
AAAATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATAAGAATATA
Found at i:10262 original size:170 final size:169
Alignment explanation
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9651 NNNNNTGGCT
* * * * * *
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** * * *
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** * ** *
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* * * * * * * **********
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* * *
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*
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* * * ***
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1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAA-AAA
****** * *
10065 NNNNNNTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-GAAGTAATAAGGCCTTTAAGGG
65 ATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG-AGTAATAAGGCTTTTGAGGG
* *
10129 AATGAGTGACTATAAAAGGACTTTTCTTGTCAATATATG-C
129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * *
10169 TTTGTTGTCATGTTTTACAAGGTAAAAATTCAATTATATTCTGTTTT-ACTTAAAAATGTAAAAA
1 TTTGTT-TCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAA
* * * * * *
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* ** *
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* * * * *
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1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
* * * *
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*
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129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * * *
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1 TTTGTTTCATG--TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATG-TAAAA
* * * * *
10572 AAATTCAACTTAAAATTAATTATAAGATTATAAAACGATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAG
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* * *
10637 GGATTGAGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGCCAATATATGAC
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* ** * * * * *
10680 TTTATCTTCACATTTTTTAAGATAAACACTCAATTATAATCTGTTTT-ACATAAAAATATAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAA
* * * **
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64 -AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCA-TTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* * * *
10809 GGGAATAAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGTCAATATATGTC
126 GGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * *
10853 TTTGTGTACATGTTTTCCAAGGTAGACATTAAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
*************** **
10917 ATTCAACTTAAAATCAATTATNNNNNNNNNNNNNNNTTTGGAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
* * *
10982 AATGAGTCATTATAAATGGACTTTCCTTGCCAATATATGCC
129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
*
11023 TTTTGTTT-ATATTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAACTGTAAAAA
1 -TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAA
* * * *
11086 GATTCAACTTAAAATCAATTATGAGACTATAAAACTATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAGG
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* * *
11151 GAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTTGCAAATATATGCT
128 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* **
11193 TTTGTCTTC-TCGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCCAAAATGTAAAAA
1 TTTGT-TTCAT-GTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
********* * * * *
11257 NNNNNNNNNNAAAATCAATTACGAGATCATAAAATCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
64 -AATTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
* * * * *
11322 AAATGAGTGACTATAAATGGAATTTGCTTACTAATATATGCC
128 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * *
11364 TTTGGCTTCATGTTTTTCAAGGTAGAGATTTAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
1 TTT-GTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
11429 ATTCTACA-TAAAACCAATTGTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG
65 ATTC-A-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
** ** * ** *
11493 GCTTGAGTGACTATATGTGGAACTTTT-ATGCCAATGGATGAC
128 GAATGAGTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* ** * * * *
11535 TTT-TACGTCATGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAA-TCATTAAATG-AAA
1 TTTGT--TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-A-AAAATGTAAA
* *
11597 AACATATTCATGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
62 AA-A-ATTCA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * ** *
11662 CGAAGG-CTTAGGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGA-ATGAC
123 TGAGGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * * * * * *
11709 TATT-TCTTGAAGTTTTCCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTCTAAC-AAAAATAT-AAAA
1 T-TTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * **
11771 AATTCAATTTAAAATCAATTATGAAATTATAAAACCATTCAAAGCT---T-CGAAGG----T---
64 AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAG
* * *
11825 -G--TGGGTGACTAT-AATGGAC-TTTCTTGTCAATAAAT-CAC
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGC-C
* ** * *
11863 TTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGTTGACACTT-AATTATAATCTGTTTTAAC-AAAATATGTAAGA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAA-ATGTAAAA
** * * * * * *
11926 AAATTCGACCTAAAATCAGTTATGAGATTCTAAAACCATTTAAAGTGTGCAATAAGGCTTTTCAA
63 AAATTC-AATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
* * * * *
11991 GGAAT-AGGTAATTATAAATGGACTTTTCTTACTAATGA-ATGGC
127 GGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * ** * * ** *
12034 TTTTTCTTCAAGTTTCCCAAGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCCAAAACGTAAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * ********** * ** * * ** *
12099 ATTCAACCTAAAATTAATNNNNNNNNNNTAAAACTATTTAAAGCAAGTGATAAGTCTTTCAAAGG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
** **** ** *
12164 TTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCAAAATCAATGGATGGCT
129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TTGCCAATATAT-GCC
* * * * * * * * *
12207 TTTGCTTCACGTTTCTCATGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTCA-TCAAAAAAGTAAAAAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * **
12271 TTTCAGCA-TAACATCTATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT-AGAG-TTTCCAA
65 ATTCA--ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAG-GCTTT-TGA
* * * * * * *
12333 AGG-CTTAGGTTACTATAAATGGGCTTTTCTTTCCAATGAATAT--A
126 GGGAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT--ATATGCC
* * * * * * * *
12377 TTTTTCTTCACGTTTCTT-GAGGTAAATATTCAATTGTAATATGTTTTAA-TCAAAAATATAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAA
* ** * * * ** *
12440 AAATTCAACGTAGGATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTAAAA
63 AAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
* * * * * *
12505 GGCATCAGTGACTATAAATGGGCTTTTGTTGTCAATGA-ATGGC
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* ** * * * * * * * * *
12548 TTTTTCTTCACATTTTTTAAGGCAAACGTTCAATTATAATTTATTTTAACCATAAATAT-AAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * ** *
12612 ATTAAACTTAAAATTAATTATGAGATTGTACAACTA-TTAAAACGAGTAATAAGG-TTTTGGAAG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-GAGG
** * * *
12675 GCGTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGC
128 GAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * ** * * * * * *
12717 TTTGTCTTCGTATTTCCCATGGCAAACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAGAATATAAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * *
12782 ATTTGACTTCAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
65 A-TTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
* ***
12847 AATGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTTATAAATATATGCC
129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* *
12888 TTTGCCTTT-ACG-TTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCAGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
1 TTTG--TTTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * *
12951 AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA
63 AAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
** * * * ** *
13016 GGCTTGAGTGACTATAAGTGCAACTTTT-ATGCCAATGGATGACT
127 GGAATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATATATG-CC
* * ** * * ** *
13060 TTTGCTTCATGTCTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAATTTATTTTAA-TCAAAAATACAAAACA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * * *
13124 ATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCGAAG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
* * * *
13189 G-CTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGC
128 GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * * * * * * * * *
13231 TTTTTCTTCAAG-TTTTCTGAGGCAGATATTCAATAATAATATGTTTTAACCAAAAATATAAAAG
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* * * ** * * * ** *
13295 AATT-TATCACAAAATCAATTATAAGATGGTAAAACTATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAAA
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** * * * ** ** **
13359 GGTTTAAGTGACTACAAATGGAC-TTTCATATCAATGGATGGGT
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATAT-GCC
* * ** * * * * *
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* * ** *
13465 AATTC-ATCGTAACATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAT
64 AATTCAAT--TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
* * * * * *
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* * * * * * * * *
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* * * ** *
13699 GGCATGGGTGACTGTAAATGGACTTTTCTTATCAATGA-ATGGC
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** * * * * * * *
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**
13870 G---GA---A-TATAAATGGACTTTTCTTATCAATATATGCC
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* * * *
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* * *
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** * * * * * ** *
14035 TTTAAGTGACTATAAGTGAAACTTTT-ATGCGAATGGATGGCT
129 AATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATATAT-GCC
* * ** * * * * * * *
14077 TTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAGTTATAATTTATTTTAATTAGAAATATAAAACAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
14142 TTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCAATTTATAGCT-AGTAATAAGGCTTTCAAAG
66 TTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
* * * ** * **
14206 G-CTTAGGTGATTATAAATGGACTTTTCTTTTCAACGA-ATGGG
128 GAATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAA-TATATGCC
* * ** * * * * * *
14248 TTTTTCTTCATGTTTCCTC-AGACAAACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAATATAAAAT
1 TTTGT-TTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * ** ** *
14312 AATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTAGAAAATAATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTTAGG
64 AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
* * * * ** * ** **
14377 AAATGGGTGA-TCGTAATTAAACTTTTTTTAG-CAATGGGA-GGG
128 GAATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTT-GCCAAT-ATATGCC
* * * * * *
14419 TTTTTTTCATGTTTCTCGAGGCAGATATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT-AAAAAA
* * ** * * **
14484 ATT-AACTTAAAATCAATTGTGAGGTTATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGATTTCGAAAG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
** * * *
14548 CGTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTT-TAGGCCAATGTATGACT
129 AATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATATATG-CC
* * * *
14590 TTTGCTTCATGTTTCTT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATATTTTAAAC-AAAAATG-AAAAA
1 TTTGTTTCATGTTT-TTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-AACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
14652 TAATTCAGCA-CAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGA
64 -AATTCA--ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGA
* ** * * ** * *
14716 AGGCTTGAGTGACAATAAATAGACTTTTTCTTATCAATGA-GTGGC
126 GGGAATGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * * ** * * * * * * *
14761 TTTTTTTCACGTCTCCCATGGCAAACATTTAATTAGAATCTCTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* * *
14826 TTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTACTAAGGC-TTTGAGGGA
66 TTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGA
* *
14890 ATGAGTGACAATAAATAGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
130 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * ** * * * *
14930 TTTTTTTCATATTTTTTGAGGCAGACATTCAAATATAATTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
* ** *
14995 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAACACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGACGGA
66 TTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGA
*
15060 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCT
130 ATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * * ** * *
15100 TTTGTCGTCA-GGTTTTCTAAGGTATAAATTCAATTATGTTATGTTTTAATTAAAAATGTAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * * * * **
15164 CATTTGAAGCTAAAATCAATGATGAGATTATAAAACCAATTTAAA-TCTAGCAATGAGGCTTACG
64 -AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGT-GAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * *
15228 AGGGAATGAGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGTCAATATACGGC
125 AGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * * *
15273 TTTGTCTTCACG-TTTTCTAAGATAGACATTCAATTCTAATATGTTTT-ACATCAAAATGTAAAC
1 TTTGT-TTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-TAAAAATGTAAA-
* * * * *
15336 ACAAA-TCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAACCAATTTAAAGCGATTAATAAGGCTTTC
62 A-AAATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT
* * *
15400 AAGGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGTC
124 GAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * * * * *
15446 TTCGTGTACATG-TTTTCAAGGTACACATTTAATTATAATTTGCTTTAACAAAAAATGTAAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * *
15510 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTTCAAGTGAGTAATAAGGC-TTTAAGGT
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
** ****
15574 AATGAGTGACTATAAATAAACTTTTCTTATTGATATATGCC
129 AATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
* * * * * * * *
15615 TTTGTCTTCACGTTTTCCAAGGAAAACATTTAATTATAATTTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * * * * * * *
15680 ATTTGACA-TAAAACCAATTGTGAGATTATAAAATCATTTAAAACT-AGTAATAAAGCTTTCGAA
65 A-TTCA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT-AAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
** * * * * * *
15743 GGCTTGAGTGACTATAAGTGGAGCTTTT-ATGTCAATGTAAGACT
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATATATG-CC
* ** * * * * *
15787 TTTGTTTCACGTTTCCCAAGGTAGATATTCAATTCTAATATATTTTAA-TCATAAATG-AAAAAA
1 TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAA
* * * *
15850 CATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTAGAA
65 -ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
** * * * *
15915 GGCTTAAGTGACTATAAATGGAATTTTCTTGTCAATGA-ATGAC
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * ** * * *
15958 TGTT-TCTTGAGGTTTCCCAAGGCAGACAATCAATTATAATCTGTTCTAAC-AAAAATGT-AAAA
1 T-TTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * **
16020 AATTCAATCTAACATCAATTATGAGATTATAAATCCATTCAAAGCT---T-CGAAGG----T---
64 AATTCAAT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-TGAGTAATAAGGCTTTTGAG
* * * *
16074 -G--TGGGTGACTAT-AATAGACTTTTCTTGTCAAT-GA-GTCAC
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATG-C-C
* * * * * * *
16113 TTTTTCTTCATGTTTGTCAAGGTTGAAACTT-AATCATAATCTGTTTTAACAAAAAATGTAAGAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * *
16177 AATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTCAAG
64 AATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
*
16242 GAAT-AG-GCTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGA-ATGAC
128 GAATGAGTG--ACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * * * * *
16284 TTTTTCTTCAAG-TTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAA
* * * * ** *
16348 AATTC-ATCCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAAGCTTTCAAA
64 AATTCAAT--TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAG
** * **** *
16412 GGTTTGAGGGACTATAAATGGACTTTTCAAATCAATGGATA-GCT
127 GGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT--ATATGCC
* * * * * * * * *
16456 TTTGCTTT-ACGTTTCTCATGGCAGACGTTCAATTATAATATATTTTCA-TCAAAAAAGTAAAAA
1 TTTG-TTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAA
** * *** *
16519 AATTCAGCGTAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTCCAAAG
64 AATTCA-ATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGG
** * * * * *
16584 GCTTGGGTTGACTATAAATGGGCTTTTGTTTCCAATGA-ATGTC
128 GAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT-ATATGCC
* * * * * * ** * *
16627 TTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATATTCAATTGCAATATGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
1 TTTGT-TTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
* * ** * * *
16691 ATTTAACCTAGGATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
65 ATTCAA-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGG
*
16756 CATCGA-TGACTATAA
129 AAT-GAGTGACTATAA
16771 TGGGCATATT
Statistics
Matches: 5451, Mismatches: 1200, Indels: 578
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
153 4 0.00
154 59 0.01
155 65 0.01
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157 43 0.01
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159 5 0.00
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162 2 0.00
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174 97 0.02
175 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTGTTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAA
TTCAATTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAA
TGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCC
Found at i:11883 original size:154 final size:158
Alignment explanation
Indices: 11672--11970 Score: 381
Period size: 154 Copynumber: 1.9 Consensus size: 158
11662 CGAAGGCTTA
* * * * *
11672 GGTGACTATAAATGGAATTTTCTTATCAATGAATGACTATTTCTTGAAGTTTTCCAAGGCAGACA
1 GGTGACTATAAATGGAACTTTCTTATCAATAAATCACTATTTCTTCAAGTTTGCCAAGGCAGACA
**
11737 ATCAATTATAATCTGTTCTAACAAAA-ATATAA-AAAATTCAATTTAAAATCAATTATGAAATTA
66 ATCAATTATAATCTGTTCTAACAAAATATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTA
11800 TAAAACCATTCAAAGCTTCGAAGGTGTG
131 TAAAACCATTCAAAGCTTCGAAGGTGTG
* * * **
11828 GGTGACTAT-AATGG-ACTTTCTTGTCAATAAATCACTTTTTCTTCATGTTTGCCAAGGTTGACA
1 GGTGACTATAAATGGAACTTTCTTATCAATAAATCACTATTTCTTCAAGTTTGCCAAGGCAGACA
* * * * * * * *
11891 CTTAATTATAATCTGTTTTAACAAAATATGTAAGAAAATTCGACCTAAAATCAGTTATGAGATTC
66 ATCAATTATAATCTGTTCTAACAAAATATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTA
*
11956 TAAAACCATTTAAAG
131 TAAAACCATTCAAAG
11971 TGTGCAATAA
Statistics
Matches: 120, Mismatches: 21, Indels: 4
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
154 62 0.52
155 10 0.08
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ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (158 bp):
GGTGACTATAAATGGAACTTTCTTATCAATAAATCACTATTTCTTCAAGTTTGCCAAGGCAGACA
ATCAATTATAATCTGTTCTAACAAAATATATAAGAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAAATTA
TAAAACCATTCAAAGCTTCGAAGGTGTG
Found at i:16785 original size:1 final size:1
Alignment explanation
Indices: 16779--17591 Score: 1275
Period size: 1 Copynumber: 813.0 Consensus size: 1
16769 AATGGGCATA
*
16779 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * ** *
16844 TTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTTGTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
**
16909 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * *
16974 TTGTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * * *
17039 TTTTGTTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTGTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
*
17104 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* *
17169 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* *
17234 TTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * * ***
17299 TTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTGTTGGGTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* *
17364 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * * * * *
17429 CTCTCTCTTTTTTTTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
* * * *
17494 TTCTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTTTTTTATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
*
17559 TTTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
17592 CTGTCAATGA
Statistics
Matches: 740, Mismatches: 72, Indels: 0
0.91 0.09 0.00
Matches are distributed among these distances:
1 740 1.00
ACGTcount: A:0.01, C:0.01, G:0.02, T:0.95
Consensus pattern (1 bp):
T
Found at i:17919 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 17588--23459 Score: 3529
Period size: 171 Copynumber: 34.5 Consensus size: 169
17578 TTTTTTTTTT
* * * * * *
17588 TTTTC-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACAT-TTTTCAAGG-AAAAAGTTCAATTATAATTTA
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTT--CATGTTTTCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTG
* * * ** *
17650 TTTTAACCATAACAT-AAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAGC
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* ** * *
17714 GAGTAATAATG-TTTTCGA-AGGCGTGGGGGACTATAAATGGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTT-GAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
*** ** * * * *
17756 TTTTCTTATTAATGAATGGCTTTGTCTTCACATTTATCATGGCAAACATTCAATTATAATCTATT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** * *
17821 TTAATCAAGAATATAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTG
65 TTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
17886 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAACGGAC
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
*** * * * * *
17927 TTTTCTTATAAAT-ATATGCCTTTGCCTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
17991 TTTAACTAGAAATGTAAAAATATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
64 TTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
18056 GAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTGAGTGACTATAAGTGAAAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATG-GAC
* * * * * * * *
18099 TTTT-ATGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAATTTAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGT-CTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * ** * * *
18162 TTTAATTAGAAATGCAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAATTTAAAG
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAG
* * * * *
18227 CGAGTAATAACGCTTTTGAAAG-CTTAGGCGACTATAAATGGAC
127 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGA-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
18270 TTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATAATAATATGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * ** *
18335 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTATCATAAAATCAATTATGAGATGGTAAAACTATTTAAAGCG
65 TTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * ** *
18400 AGTGATAAGGC-TTTCAAAGGTTTGAATGACTATAAATGGAC
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * *
18441 TTTTCATATCAATGGATGGCTTT-TGCATCATGTTTCTCATA-GCAGACATTCAATTATAATAAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGT-CTTCATGTTT-TCA-AGGTAGACATTCAATTATAAT-CT
* * * *
18504 -TTTTAATAAAAA-AGTAAACAAATTCAACATAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
62 GTTTTAACAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * ** * *
18567 ACGAGTAACAAGGCTTTTGA-AGGCTTG-GATGACTATCAATGGGC
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * * ** *
18611 TTTTTTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAAATATTCAATTGCAATATGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * *
18676 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTG
65 TTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** *
18741 AGTAATAAGGCTTTTGAAAGCAA-GGGTGAC--TAACCGTA-
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAG-AATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * * *
18779 ATTTGTTGTCAATGAATGAG-TTTTTCTTCACAT-TTTTCAAAGCAAACATTTAATTATAATTTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATG-GCTTTGTCTT--CATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* ** *
18842 TTCTAACCGTAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-
63 TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* ** *
18904 CGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCG-C
127 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATG-GAC
* * * ** * *
18947 TTTACCTG-CATAAGAATTGG-TTTGTCTTCATGTTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTG
1 TTTTCTTGCCA-ATGAA-TGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
19010 TTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAG
63 TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * *
19075 CGAGTAATAAGTCTTTTGA-AGGCATGGGTGACTATGAATGGAC
127 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
19118 -TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGATAAACAGTCAATTATAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * * * *
19182 TTAACCAAAATTTATAAAAATTCATCATAAAATGAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAACGA
65 TTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGA
* ** *
19247 GTAATAA-GCTTTTCGAAAGCGTG-GTGACTATAAATAGAC
130 GTAATAAGGCTTTT-GAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * * *
19286 TTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTGTTTTCACATTTCCCATGGCAAACATTCAATTATATTCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
19351 TGAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGTG
65 TTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
*
19416 AGTAATAAGGCTTTTGAG-G---GA---A-TACAAATGGAC
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* *
19449 TTTTCTTGCCAAT-ATATGCCTTTGTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
19513 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGA
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * *
19578 GAGTAATAAGGTTTTTGA-AGGTTTGAGTGATTATAAGTGGAAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGG-AC
* * * * * * *
19621 TTTT-ATACCAAT-AGATGGCTTT-TGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACGTTCAATTGTAATTTA
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGT-CTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
19683 TTTTAATCAGAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCAATTTACA
63 TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAA
* * ** *
19748 GCAAGTAATAAGGCTTTCGA-AGGCTTAGGTGACTATAAATGGAC
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGA-GTGACTATAAATGGAC
** * * * ** * * *
19792 TTTTCTTGTTAATGACTGACTTTTTCTTCATGTTACCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
19857 TTAACCAAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTAGAAAACAATTTAAAGTG
65 TTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
** * * ** * **
19922 AGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACCGTAATTAAAC
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
19963 TTTTCTTAG-CAATGGAA-GGGTTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTG
1 TTTTCTT-GCCAAT-GAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * *
20026 TTTTAACAAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTGTGAGGTTATAAAATCATTTAAA
63 TTTTAACAAAAA-TAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * **
20089 ACAAGTAATATA-GATTTCGA-AGTCGTGAGTGA-TAATAAATGGAC
126 GCGAGTAATA-AGGCTTTTGAGAG-AATGAGTGACT-ATAAATGGAC
* * * * * * * * * *
20133 TTTT-TAGGCCAATGGATGGCTTT-TGCTTCTTATTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATATA
1 TTTTCT-TGCCAATGAATGGCTTTGT-CTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
*
20196 TTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAA-TCAACAT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
63 TTTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * ** * * *
20258 CGAGTAATAAGGC-TTCGAAAAGCTTGAGTGACCATAAATAGAT
127 CGAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
** * ** * * *
20301 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTTACT-TCTCCCATGGCAGACATTTAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCA-TGT-TTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
20365 TTTCACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
64 TTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
20430 AAGTAATAAGGC-TTTGAGGGAATGAGTTACTATAAATGAAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
20471 TTTTCTTGCCAAT-ATAT-GCTTT-TTTTTATGTTTTCAAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * *
20533 TTAACGAAAAATGTAAAAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAAATTCTAAAACCATTTAAAGCA
65 TTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * * *
20598 AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAATGACTAAAAATGAAC
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
20639 TTTTCTTGCCAAT-ATAT-GCTTT-TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGAAATTCAATTATATTCTA
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGT-CTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * *
20701 TTTTAATTAATTAAAAATTGAAGAAAAAATT-AAGC-TAAAATCAATGATGAGGTTATAAAATCA
63 TTTTAA-CAA--AAATA-T--A-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CC
** * * *
20764 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAGGGAATGAGTGGCTATAAATAGAC
119 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * *
20815 TTTTCTTGTCAAT-ATACAGCTTTGTCTTCATATTTTCAAACGTAGACATTCAATTATAATCTGG
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
20879 TCTAACAGAAAA-ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTACAAAACCATTTAAAG
64 TTTAACA-AAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * *
20943 TGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTTACTATAAATGGAC
127 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
20986 TTTTCTTGCCAATAAAT-GCATTTTTTCTT-AT-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTACAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGC--TTTGTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* **********
21048 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAA
64 TTTAAC-AAAAA--TATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* *
21112 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAACGAGTGACTATAAATGGAT
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
21156 TTTTCTTGCCAAT-ATATGACTTTATCTTCATGTTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
21220 TTTATATAAAAATGTAAAAACAATTCAAGC-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAA
64 TTTA-ACAAAAATATAAAAA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAA
* * ** * * **
21284 AGTGATTAATAAGGCTTTCAAGGGAATAAGTGACTATAAATAAAC
125 AGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
21329 TTTTCTTGCCAAT-ATATGTCTTTTTGTACATGTTTTCCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* ********** * * ** *
21393 TTTAACCAAAAATGT-NNNNNNNNNNACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTGGAGT
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
21457 GAGTAATAAGGCTTTTAAGGGAATGAGTGATTATGAACGGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
21499 TTTTCCTACCCAT-ATATGCCTTTTTTTTCATGTTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTT-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * ********** **
21563 TTCAACCAAAAATGTAAAAATATTCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGC
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* *
21628 GAGTAATAAGGCTTTT-ACAGGAATGAGTGACTATAAATGAAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * *
21670 TTTTTTTGCTAAT-ATATGACTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTT-CAAGGT-AGACATTCAATTATAATCTG
* *
21733 TTTT-ACTTAAAAATATAAAAACAATTCAAGC-TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTAATTT
63 TTTTAAC--AAAAATATAAAAA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTT
* * *
21796 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATAAGTGACTATAAATGGAC
123 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *
21843 TTTTCTTGCCAAT--ATGTCTTTGTGTACATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG-T
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * ** ** *
21905 TTAACAAAAA-ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTACAAAATTATTTGGAGT
65 TTAACAAAAATAT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGC
* **********
21968 GAGTAATAAGGCTTTTGAGGGNNNNNNNNNNTATAAATGGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * *
22010 TTTTCTTGCCAAT-ATATACCTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGGTACACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGCCAATGA-ATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
22074 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATGTAAAGC
64 TTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** ******
22139 GAGTAATTAGGCTTTT-AAAGGCTTGAGTGACTATAAGNNNNN
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGAC
****** * * ** * * *
22181 NNNNNATGCCAATGGATGACTTT-TGCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATATAT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGT-CTTCATG-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * *
22245 TTTAATTAGAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAACTAATTTAAAG
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAG
* ********** ** * *
22310 TGAGTAANNNNNNNNNNGA-AGGCTTAGGTGAATATAAATGGAC
127 CGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGA-GTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * * *
22353 TTTTCCTGTTAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * * *
22418 TTAACAAAAAATGTCAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGGTTACAAAACCATTTGAAGT
65 TTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAGC
** * * * *
22482 GAGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATG-GATGACTGTAATTAGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * *
22524 TTTTCTTACCAATGAATGGGTTT-TTTTCAACGTTTTTCGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTC-ATG-TTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * *
22588 TTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAAGTTAATATCAATTATGATATTATAAGACCATTTAAAGC
64 TTTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * *
22653 AAGTAATATGACTTTTGA-AGATTTGAATGACTATAAATGGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTTGAGAGA-ATGAGTGACTATAAATGGAC
* ** * * ** ********** * *
22695 TTTTCAT-CTTGATGGATGACTTT-TGCTTCACATTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTATAATATA
1 TTTTCTTGC-CAATGAATGGCTTTGT-CTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
22758 TTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACATAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
63 TTTTAA-CAAAAATA-TAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
********** * *
22822 NNNNNNNNNNAGGCTTTT-AAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAGC
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGA-GAATGAGTGACTATAAATGGA-C
* * * * * **
22866 TTTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACG-TTTCTAGAGGTA-ACTATTTAATTGGAATCTG
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTC-A-AGGTAGAC-ATTCAATTATAATCTG
* *
22929 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
63 TTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ******************* *
22993 GTGAGTAATAAGGCTTTTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATGGGC
126 GCGAGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
* * * *** * *
23037 TTTTCTTGTCACTGAATGGCTTTTTAGGCATGTTTCTCAA-GTAGACAGTCAATTAAAATCTG-T
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTT-TCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * * *
23100 TTAATGAAAAATGTAAAACAATTC-ATTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAGC
65 TTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
23164 GACTAATAA-GTTTTTCGGAGGGGAA-G-GTGACTATAAATGGAC
128 GAGTAATAAGGCTTTT--GA-GAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
** * * * * * * * * *
23206 TTTTCTTATCAATGATTAGCTTTGTCTTCACGTCTCCTAGGATAGACTTTTAATTATAATATGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * ********** *
23271 TTAACCAAAAATGTAAAAAAATTTATCCTANNNNNNNNNNTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCG
65 TTAA-CAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** *
23336 AGTAATAAAGTTTTTGA-AG-GGGAGGTGACTATAAATAGG-T
129 AGTAATAAGGCTTTTGAGAGAATGA-GTGACTATAAAT-GGAC
* * * * * * **
23376 TTTTCTTGTCAATGCATAGCTTTTTCTTCATGTTTCCAGAGGTAAACATTCAATTGCAATCTGTT
1 TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
*
23441 TTAACTAAAAATGTAAAAA
65 TTAAC-AAAAATATAAAAA
23460 CATTTAACCT
Statistics
Matches: 4440, Mismatches: 1035, Indels: 456
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
162 2 0.00
163 128 0.03
164 6 0.00
165 24 0.01
166 5 0.00
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173 178 0.04
174 2 0.00
175 27 0.01
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177 41 0.01
178 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (169 bp):
TTTTCTTGCCAATGAATGGCTTTGTCTTCATGTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAACAAAAATATAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
TAATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAATGGAC
Found at i:18400 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 17588--23459 Score: 3817
Period size: 343 Copynumber: 17.2 Consensus size: 340
17578 TTTTTTTTTT
** * * * * *
17588 TTTTC-TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCACATTTTTCAAGG-AAAAAGTTCAATTATAATTTAT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACA-TTCAATTATAATCTGT
* * ** *
17651 TTTAACCATAACA--T-AAAAAATTCAACTTAAAATTGATTATGAGATTGTAAAACCATTTAAAG
65 TTTAACTA-AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* * * * * *** * *
17713 CGAGTAATAATGTTTTCGAAGGCGTGGGGGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATGAATGGC-T
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
** * * * * * * *
17777 TTGTCTTCACATTTAT-CATGGCAAACATTCAATTATAATCTATTTTAATCAAGAATATAAAACA
194 TTG-CTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-A
** * * *
17841 ATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGAG
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
** *
17906 AATGAGTGACTATAAACGGAC
321 CTTG-GTGACTATAAATGGAC
* * * ** * * * *
17927 TTTTCTTATAAAT-ATATGCCTTTGCCTTTACGTTTTCTAAGGTAAACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
17991 TTTAACTAGAAATGTAAAAATATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * *
18056 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGAAACTTTT-ATGCCAATGGATGACTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
* * * * * ** * *
18120 TTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACATTCAATTACAATTTATTTTAATTAGAAATGCAAAACAAT
194 TTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AAT
* * *
18185 TCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAAGC
258 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC
*
18250 TTAGGCGACTATAAATGGAC
322 TT-GGTGACTATAAATGGAC
* * ** * * *
18270 TTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATAATAATATGTT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
* * * * ** *
18335 TTAACTAAAAATATAAAAAAATTTATCATAAAATCAATTATGAGATGGTAAAACTATTTAAAGCG
66 TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
* * ** * * ** *
18400 AGTGATAAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCATATCAATGGATGGCTTTT
131 AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTT
* * * * *
18465 GCATCATG-TTTCTCATA-GCAGACATTCAATTATAATAAT-TTTTAA-TAAAAAAGTAAACAAA
196 GCTTCATGTTTTC-CA-AGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACCAAAAATGTAAA-AAA
* * * * *
18526 TTCAACATAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGC
257 TTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC
* *
18591 TTGGATGACTATCAATGGGC
322 TTGG-TGACTATAAATGGAC
* * * * * * ** *
18611 TTTT-TTTTCTAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAAATATTCAATTGCAATATGT
1 TTTTCTTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
18675 TTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * ** * * * * * *
18740 GAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCAAGGGTGAC--TAACCGTA-ATTTGTTGTCAATGAATGAGTTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTT
* ** * * * * * * * ** *
18802 TTCTTCACATTTTTCAAAGCAAACATTTAATTATAATTTGTTCTAACCGTAAATATAAAACAATT
195 TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAA-AATT
18867 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-CGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGCT
259 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAA-GCT
18928 TGGGTGACTATAAATGCG-C
323 T-GGTGACTATAAATG-GAC
* * * * ** * *
18947 TTTACCTG-CATAAGAATTGG-TTTGTCTTCATG-TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCT
1 TTTTCTTGTCA-ATGAA-TGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCT
* * * * * *
19009 GTTTTAACCAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAA
63 GTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * * * * *
19074 GCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCATGGGTGACTATGAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGACT
128 GCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACT
* * * * *
19138 TTTTCTTCATG-TTTCTCAAGATAAACAGTCAATTATAATCTGTTTTAACC-AAAATTTATAAAA
193 TTTGCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA-AAAA
* * * * * *
19201 ATTCATCATAAAATGAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAAACGAGTAATAA-GCTTTTCGAAA
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-GAAA
* *
19265 GCGTGGTGACTATAAATAGAC
320 GCTTGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * * * *
19286 TTTTTTTGTCAATGAATGGCTTTGTT-TTCACATTTCCCATGGCAAACATTCAATTATATTCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * * * * *
19350 TTGAACAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGT
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * ** *
19415 GAGTAATAAGGCTTTTG-AGG---GA---A-TACAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATG-CCTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTT
* *
19471 TGTCTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT
195 TG-CTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT
* * * * *
19536 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTT
258 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT
* *
19601 TGAGTGATTATAAGTGGAAC
323 TG-GTGACTATAAATGG-AC
* ** * * * * *
19621 TTTT-ATACCAAT-AGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGTAGACGTTCAATTGTAATTTA
1 TTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * * * * *
19683 TTTTAA-TCAGAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAC
64 TTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAA
* * **
19747 AGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGC-TTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTTAAT-GACTG
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGA-TG
* * * * * *
19810 ACTTTTTCTTCATG-TTACCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGATTTAACCAAAAATATAAA
190 ACTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * * * * **
19874 AGAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTAGAAAACAATTTAAAGTGAGCGATAAGGCTTTTGA
254 A-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
** * * ** * **
19939 GGGAATGGGTGACCGTAATTAAAC
318 AAG-CTTGGTGACTATAAATGGAC
* * * *
19963 TTTTCTTAG-CAATGGAA-GGGTTTTTTTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTG
1 TTTTCTT-GTCAAT-GAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
* * *
20026 TTTTAAC-AAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTT-AAATCAATTGTGAGGTTATAAAATCATTTAA
64 TTTTAACTAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * * *
20088 AACAAGTAATATA-GATTTCGAAGTCGTGAGTGA-TAATAAATGGACTTTT-TAGGCCAATGGAT
127 AGCGAGTAATA-AGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCT-TGCCAATGGAT
* * * * * * *
20150 GGCTTTTGCTTC-T-TATTTCTTAAAGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-TA
189 GACTTTTGCTTCATGT-TTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTA
* * *
20212 AAAAAATCAACAT-AAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCG
252 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
20275 AAAAGCTTGAGTGACCATAAATAGAT
317 -AAAGCTTG-GTGACTATAAATGGAC
* * * * * * * *
20301 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTTACT-TCTCCCATGGCAGACATTTAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * *
20365 TTTCACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGT
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * **
20430 AAGTAATAAGGCTTT-GAGGGAATGAGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATATATG-CTTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTT
* * * * * *
20493 T-TTTTATGTTTT-CAAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAAT
195 TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATT
* * * ** **
20556 CAACTTAAAATCAATTATGAAATTCTAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAAT
259 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTT
* * *
20621 GAATGACTAAAAATGAAC
324 G-GTGACTATAAATGGAC
* * * *
20639 TTTTCTTGCCAAT-ATAT-GCTTTTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGAAATTCAATTATATTCTAT
1 TTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATC--T
* * * * * *
20702 TTTAATTAATTAAAAATTGAAGAAAAAATT-AAGC-TAAAATCAATGATGAGGTTATAAAATCAA
63 GTT--TTAACTAAAAA-TGTA-AAAAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA-CCA
* * * *
20765 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGGGAATGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTTGTCAAT-
122 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATG
* * * * * * *
20828 -AT-ACAGCTTTGTCTTCATATTTTCAAACGTAGACATTCAATTATAATCTGGTCTAACAGAAAA
186 GATGAC--TTTTG-CTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-CAAAA
* * * *
20891 ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
247 ATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** ** *
20956 TTTTGAGGGAATGAGTTACTATAAATGGAC
312 TTTTGAAAGCTTG-GTGACTATAAATGGAC
* * *
20986 TTTTCTTGCCAATAAAT-GCATTTTTTCTT-AT-TTTT-CAAGGTAGACATTCAATTACAATCTG
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGC--TTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
**********
21047 TTTTAACTAAAAATGTAAAAAAAAATT-AACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAA
64 TTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAA
* * * * **
21111 AGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AGAGAACGAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATATATGA
127 AGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAG-GCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA
* * *
21175 CTTTAT-CTTCATGTTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAATCTGTTTTATA-TAAAAATGTAAA
191 CTTT-TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTA-ACCAAAAATGT-AA
* * *
21238 AACAATTCAAGC-TAAAATTAATTATGAGATTATAAAACCAATTTAAAGTGATTAATAAGGC-TT
253 AA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * ** **
21301 TCAAGGGAATAAGTGACTATAAATAAAC
315 TGAA-AG-CTTGGTGACTATAAATGGAC
* * * * *
21329 TTTTCTTGCCAAT-ATATGTCTTTTTGTACATGTTTTCCAAGGTACACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* ********** * * ** *
21393 TTTAACCAAAAATGT-NNNNNNNNNNACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTGGAGT
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * * * * * * * ** *
21457 GAGTAATAAGGCTTT-TAAGGGAATGAGTGATTATGAACGGACTTTTCCTACCCATATATGCCTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
** * *
21521 TTTTTTCATGTTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAATAT
194 TTGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AT
********** ** * *
21586 TCNNNNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-ACAGGA
258 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA-AAGC
* *
21650 ATGAGTGACTATAAATGAAC
322 TTG-GTGACTATAAATGGAC
* * *
21670 TTTTTTTG-CTAAT-ATATGACTTTGTCTTCATGTTTTCCAAGGTCA-ACATTCAATTATAATCT
1 TTTTCTTGTC-AATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGT-AGACATTCAATTATAATCT
* * *
21732 GTTTT-ACTTAAAAATATAAAAACAATTCAAGC-TAAAATCAATTAGGAGATTATAAAACTAATT
63 GTTTTAAC-TAAAAATGTAAAAA-AATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATT
* * *
21795 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAAT--AT
124 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGAT
* * * * *
21858 GTCTTTGTG-TACATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG-TTTAACAAAAAATGTAA
189 GACTTT-TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAA
* ** ** *
21921 AAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTACAAAATTATTTGGAGTGAGTAATAAGGCTTTTG
253 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** *********
21985 AGGGNNNNNNNNNNTATAAATGGAC
317 AAAG-CTTGGTGACTATAAATGGAC
* ** * * *
22010 TTTTCTTGCCAAT-ATATACCTTTTTCTTCACGTTTTCGAAGGTACACATTCAATTATAATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
22074 TTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACTGAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATGTAAAGC
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* ** * ************
22139 GAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGNNNNNNNNNNATGCCAATGGATGACTTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTT
*** * * * ** * *
22204 TGCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACAATCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATATAAAAACATT
195 TGCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATT
* * * * * ********** *
22269 CAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTATAAAACTAATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCT
259 CAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCT
*
22334 TAGGTGAATATAAATGGAC
323 T-GGTGACTATAAATGGAC
* * * * * *
22353 TTTTCCTGTTAATGAACGGGTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * * *
22417 TTTAACAAAAAATGTCAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGGTTACAAAACCATTTGAAG
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTATAAAACCATTTAAAG
* ** * * * * * * * * **
22481 TGAGCGATAAGGCTTTTGAGGGAATG-GATGACTGTAATTAGACTTTTCTTACCAATGAATGGGT
129 CGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACT
* * * * * * *
22545 TTT-TTTCAACGTTTTTCGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATATAAAAAA
193 TTTGCTTC-ATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
* * * * * * * *
22609 ATCCAAGTTAATATCAATTATGATATTATAAGACCATTTAAAGCAAGTAATATGACTTTTG-AAG
256 ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAG
* *
22673 ATTTGAATGACTATAAATGGAC
321 -CTTG-GTGACTATAAATGGAC
* * ** * * * ** ********** * *
22695 TTTTCATCTTGATGGATGACTTTTGCTTCA-CATTTCTCAAGGTANNNNNNNNNNTATAATATAT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * * **
22759 TTTAATTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACATAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAANN
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
******** ** * * *
22824 NNNNNNNNAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAAT-GAGCTTTTCTTGTCAATGAATGACTT
130 GAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGA-CTTTTCTTGCCAATGGATGACTT
* * * * ** *
22888 TTTCTTCACG-TTTCTAGAGGTA-ACTATTTAATTGGAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAA
194 TTGCTTCATGTTTTCCA-AGGTAGAC-ATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AAAAA
* * **
22951 ATTCAA-TCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGNNN
256 ATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG-AA
**************** *
23015 NNNNNNNNNNNNNNNNATGGGC
319 AGCTTGGTGACTATAAATGGAC
* *** * *
23037 TTTTCTTGTCACTGAATGGCTTTTTAGGCATG-TTTCTCAA-GTAGACAGTCAATTAAAATCTG-
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
* * * *
23099 TTTAA-TGAAAAATGTAAAACAATTC-ATTCTAAAATCAATTATGAGATTGTAAAATCATTTAAA
65 TTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* ** * * * ** *
23162 GCGACTAATAAGTTTTTCGGAGGGGAAG-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAAT-GATTAG
128 GCGAGTAATAAGGCTTTC-GAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGA-
* * * * * *
23225 C-TTTGTCTTCACG-TCTCCTAGGATAGACTTTTAATTATAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAA
191 CTTTTG-CTTCATGTTTTCCAAGG-TAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT-AA
* * * ********** * * *
23288 AAAATTTATCCTANNNNNNNNNNTGAGATTGTAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGTTTTTGA
253 AAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGA
* *** *
23353 AGGGGAGGTGACTATAAATAGG-T
318 AAGCTTGGTGACTATAAAT-GGAC
* * * **
23376 TTTTCTTGTCAATGCATAGCTTTTTCTTCATG-TTTCCAGAGGTAAACATTCAATTGCAATCTGT
1 TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCA-AGGTAGACATTCAATTATAATCTGT
23440 TTTAACTAAAAATGTAAAAA
65 TTTAACTAAAAATGTAAAAA
23460 CATTTAACCT
Statistics
Matches: 4313, Mismatches: 1004, Indels: 430
0.75 0.17 0.07
Matches are distributed among these distances:
331 13 0.00
332 51 0.01
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349 7 0.00
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Consensus pattern (340 bp):
TTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTT
TTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCG
AGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATGGATGACTTTT
GCTTCATGTTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCA
ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGCTTGG
TGACTATAAATGGAC
Found at i:20058 original size:514 final size:509
Alignment explanation
Indices: 17635--23011 Score: 4058
Period size: 514 Copynumber: 10.5 Consensus size: 509
17625 AAGGAAAAAG
* * * ** *
17635 TTCAATTATAATTTATTTTAA-CCATAACATAAAAAATTCAA-CTTAAAATTGATTATGAGATTG
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* * * * *
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65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * ** * * * * *
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130 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAA-
* **
17826 C-AAGAATATAAAACAATTTGACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
193 CAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTA
* * ** * * **
17890 ATAAGGCTTTTGAGAGAATGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTTATAAATATATGCCTTTGCCTT
257 ATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATAGAAGCCTTT-TTTT
* * * *
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* * *
18019 GTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTGAGT
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* * * * * * *
18084 GACTATAAGTGAAACTTTTATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGGTAGACA
449 GACTATAAATG-GACTTTTTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
* * * ** *
18146 TTCAATTACAATTTATTTTAATTAGAAATGCAAAACAATTCAAGTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAA-AATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * *
18211 CAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAACGCTTTTGAAAGCTTAGGCGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * * *
18276 TGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCAAGTTTTCTGAGGCAGACATTCAATAATAATATGTTTTAACT
130 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACA
* * * *** * * *
18341 AAAAATATAAAAAAATTTATCATAAAATCAATTATGAGATGGTAAAACTATTTAAAGCGAGTGAT
195 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
** * ** * * * * ***
18406 AAGGCTTTCAAAGGTTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCATAT-CAATGGATGGCTTTTGCATC
259 AAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-T-TGCAATAGAAGCCTTTTTTTTC
* * * * *
18470 ATG-TTTCTCATA-GCAGACATTCAATTATAATAAT-TTTTAATAAAAAAGTAAACAAATTCAAC
322 ATGTTTTCT-A-AGGTAGACATTCAATTATAAT-CTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * *
18532 ATAACATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA-ACGAGTAACAAGGCTTTTGAAGGCTTG-G
384 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
* * * * * * * * * *
18595 ATGACTATCAATGGGCTTTTTTTTCTAAT-GAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAAGTAAATA
448 -TGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATAG-ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
** * * * * *
18659 TTCAATTGCAATATGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATAT-AAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * ** * * *
18724 TAAAACC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGC-AAGGGTGAC--TAACCGTA-ATTTG
65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA-GGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * *
18784 TTGTCAATGAATGAG-TTTTTCTTCACAT-TTTTC-AAAGCAAACATTTAATTATAATTTGTTCT
129 TTGTCAATGAATG-GCTTTTTCTT--CATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTT
*** * *
18846 AACCGTAAATATAAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTT--A-CGAG
191 AACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAG
* * ** * * * *
18908 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGCG-CTTTACCTGC-ATAAGAATTG-GTTT
255 TAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATG-GACTTTTCTTGCAAT-AGAA--GCCTTT
* * * * * *
18970 GTCTTCATG-TTTCTTGAGGTAAACATTCAATTACAATCTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAAT
316 TTTTTCATGTTTTC-TAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAT
* * * * * * *
19034 TCAACCTAAAATAAATTATGAGATTGTAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGTCTTTTGAAGGCA
379 TCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCT
* * * * * *
19099 TGGGTGACTATGAATGGACTTTCTTGTCAAT-GAATGACTTTTTCTTCATGTTT-CTCAAGATAA
444 TGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTGCCAATAG-ATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAA
19162 ACA
507 ACA
* * * * * * *
19165 GTCAATTATAATCTGTTTTAA-CCAAAATTTATAAAAATTC-ATCATAAAATGAATTATGAGATT
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATA-AAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
19228 GTAAAATC-ATTTAAAACGAGTAATAA-GCTTTTCGAAAGCGT-GGTGACTATAAATAGACTTTT
64 ATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* ** * * * *
19290 TTTGTCAATGAATGGCTTTGTT-TTCACATTTCCCATGGCAAACATTCAATTAT-ATTCTGTTTG
128 CTTGTCAATGAATGGCTTT-TTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATT-TGTTTT
* * *
19353 AACAAAAAATATAAAACAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGCTTACAAAATCATTTAAAGTGAG
191 AACAAAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * *
19418 TAATAAGGCTTTTGAGGG-A--A-T-AC---AAATGGACTTTTCTTGCCAATATATGCCTTTGTC
255 TAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATAGAAGCCTTTTTT
*
19475 TTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTCAA
319 TTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
* * *
19540 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGTTTTTGAAGGTTTGAG
383 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
* * * * * * *
19605 TGATTATAAGTGGAACTTTTATACCAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAGACG
448 TGACTATAAATGG-ACTTTTTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
* * ** *
19668 TTCAATTGTAATTTATTTTAATCAGAAATATAAAACAATTCAATTTAAAATGAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAA-AATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTA
* *
19733 TAAAACCAATTTACAGCAAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * * * * *
19798 TGTTAATGACTGACTTTTTCTTCATGTTACCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGATTTAACC
130 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACA
* * * * **
19863 AAAAATATAAAAGAATTCAACTTAAAATCAATTACGAGGTTAGAAAACAATTTAAAGTGAGCGAT
195 AAAAATATAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAAT
* ** * ** * **
19928 AAGGCTTTTGAGGGAATGGGTGACCGTAATTAAACTTTTCTTAGCAATGGAAGGGTTTTTTTTCA
259 AAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATAGAAGCCTTTTTTTTCA
*
19993 TGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATGATCTGTTTTAACAAAAATTGTAAAAAAAATT-AACTT
323 TGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAA-TGT-AAAAAAATTCAACTT
* * * * * * * *
20057 -AAATCAATTGTGAGGTTATAAAATCATTTAAA-ACAAGTAATATA-GATTTCGAAGTCGTGAGT
386 AAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATA-AGGCTTTTGAAGGCTTGAGT
* * * * * * * *
20119 GA-TAATAAATGGACTTTTTAGGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCTTATTTCTTAAAGCAAACA
449 GACT-ATAAATGGACTTTTT-TGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
* * *
20181 TTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAAT-TAAAAAAATCAA-C-ATAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAAGCTA-AAATCAATTATGAGATTA
* * * *
20243 TAAAACC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTCGAAAAGCTT-GAGTGACCATAAATAGATTTTT
65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG-AAGGCTTAG-GTGACTATAAATGGACTTTT
* * * * * * * * *
20305 CTTATCAATGAATGGCTTTGTCTTTACT-TCTCCCATGGCAGACATTTAATTATAATCTGTTTTC
128 CTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTA
* * *
20369 ACAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGTAAGT
192 ACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * *
20434 AATAAGGC-TTTGAGGGAATGAGTTACTATAAATGAACTTTTCTTGCCAATATATG-CTTTTTTT
256 AATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATAGAAGCCTTTTTTT
* * *
20497 T-ATGTTTTC-AAGGTAGGCATTCAATTATAATTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAAATCAAC
320 TCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAAC
* * * ** *
20560 TTAAAATCAATTATGAAATTCTAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAA
384 TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAG
* * *
20624 TGACTAAAAATGAACTTTTCTTGCCAATATATG-CTTTTGCTTCATGTTTTCC-AAGGTAGAA-A
448 TGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATG-TTTCCTAAGGTA-AACA
* * *
20686 TTCAATTAT-ATTCTATTTTAATTAATTAAAAATTGAAGAAAAAATT-AAGCTAAAATCAATGAT
1 TTCAATTATAATT-TA--TT--TTAATCAAAAA-T--ATAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTAT
* * ** * *
20749 GAGGTTATAAAATCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC-AAGG-GAATGAGTGGCTATAAATA
58 GAGATTATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA-G-GTGACTATAAATG
** * * * * * * *
20812 GACTTTTCTTGTCAAT-ATACAGCTTTGTCTTCATATTTTCAAACGTAGACATTCAATTATAATC
121 GACTTTTCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATT
* * * * *
20876 TGGTCTAACAGAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTCTGAGATTACAAAACCATTTAA
185 TGTTTTAACA-AAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAA
*
20941 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTTACTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATA-AATGC
249 AGTGAGTAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATAGAA-GC
* *
21005 ATTTTTTCTT-AT-TTTTC-AAGGTAGACATTCAATTACAATCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAA
312 CTTTTTT-TTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGT--AA
********** *
21067 AAAAATT-AACTTAAAATCNNNNNNNNNNTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
373 AAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTG
* * *
21131 AGAGAAC--GAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATATATGACTTTAT-CTTCATGTTTTC
438 A-AG-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGCCAATAGATGACTTT-TGCTTCATG-TTTC
*
21193 C-AAGATAAACA
498 CTAAGGTAAACA
* * * *
21204 TTCAATTATAATCTGTTTTATAT-AAAAATGTAAAAACAATTCAAGCTAAAATTAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATTTATTTTA-ATCAAAAATAT-AAAA-AATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGAT
* * ** * **
21268 TATAAAACCAATTTAAAGTGATTAATAAGGCTTTC-AAGGGAATAAGTGACTATAAATAAACTTT
63 TATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTT
* * * * * * *
21332 TCTTGCCAAT-ATATGTCTTTTTGTACATGTTTTCC-AAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTT
127 TCTTGTCAATGA-ATGGCTTTTTCTTCATG-TTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTT
* * ********** * **
21395 TAACCAAAAATGTNNNNNNNNNNACTTAAAATTAATTATGAGATTACAAAACCATTTGGAGTGAG
190 TAACAAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAG
* * * * ** * * *
21460 TAATAAGGCTTTTAAGGGAATGAGTGATTATGAACGGACTTTTCCTACCCATATATGCCTTTTTT
255 TAATAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTGCAATAGAAGCCTTTTTT
** * * **
21525 TTCATGTTTTCCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAATATTCNN
319 TTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCAA
******** ** * **
21590 NNNNNNNNCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTT-ACAGGAATGA
383 CTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGA-AGGCTTGA
* * * *
21654 GTGACTATAAATGAACTTTTTTTGCTAATATATGAC-TTTGTCTTCATGTTTTCC-AAGGTCAAC
447 GTGACTATAAATGGAC-TTTTTTGCCAATAGATGACTTTTG-CTTCATG-TTTCCTAAGGTAAAC
21717 A
509 A
* * * * *
21718 TTCAATTATAATCTGTTTTACTTAAAAATATAAAAACAATTCAAGCTAAAATCAATTAGGAGATT
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATAT-AAAA-AATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATT
* * ** *
21783 ATAAAACTAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
64 ATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * * * * *
21848 TTGCCAAT--ATGTCTTTGTGTACATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATTTG-TTTAAC
129 TTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAAC
* ** **
21910 AAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTA-GAAGATTACAAAATTATTTGGAGTGAGTAA
194 AAAAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
********** * *
21974 TAAGGCTTTTGAGGGNNNNNNNNNNTATAAATGGACTTTTCTTGCCAATATATA-CCTTTTTCTT
258 TAAGGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTG-CAATAGA-AGCCTTTTTTTT
* * * *
22038 CACGTTTTCGAAGGTACACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAACT
321 CATGTTTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTCAACT
* * * * * *
22103 GAAAATCAATTATAAGATTATAAAACCATGTAAAGCGAGTAATTAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTG
385 TAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTG
*********** * ** * *
22168 ACTATAAGNNNNNNNNNNATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATGTTTTTTGAGGTAGACA
450 ACTATAA-ATGGACTTTTTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
* * * * * * *
22229 ATCAATTATAATATATTTTAATTAGAAATATAAAAACATTCAAGTTAAAATCATTTTTGAGATTA
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAA-ATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTA
* * ********** * *
22294 TAAAACTAATTTAAAGTGAGTAANNNNNNNNNNGAAGGCTTAGGTGAATATAAATGGACTTTTCC
65 TAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* * *
22359 TGTTAATGAACGGGTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACA
130 TGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACA
* * * * **
22424 AAAAATGTCAAAACATTCAACTTAAAATCAATTAT-AGGGTTACAAAACCATTTGAAGTGAGCGA
195 AAAAATAT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGA-GATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAA
* * * * **
22488 TAAGGCTTTTGAGGGAATG-GATGACTGTAATTAGACTTTTCTTACCAAT-GAATG-GGTTTTTT
258 TAAGGCTTTTGAGGGAATGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTT-GCAATAGAA-GCCTTTTTTT
* * * * * *
22550 TCAACGTTTT-TCGAGGTAGACATTAAATTATAATCTGGTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCA
320 TC-ATGTTTTCT-AAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTCA
* * * * * * **
22614 AGTTAATATCAATTATGATATTATAAGACCATTTAAAGCA-AGTAATATGACTTTTGAAGATTTG
382 ACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTG
* * ** * ** **
22678 AATGACTATAAATGGACTTTTCAT-CTTGATGGATGACTTTTGCTTCACATTT-CTCAAGGTANN
446 AGTGACTATAAATGGACTTTT-TTGC-CAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGTAAA
**
22741 NN
508 CA
****** * * *
22743 NNNNNNTATAATATATTTTAATTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAA-CATAACATCAATTATGAGAT
1 TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATA-T-AAAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGAT
********** **
22806 TATAAAACC-ATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTTAAAGG--TATGAGTGACTATAAAT-GAGCT
63 TATAAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTA-G-GTGACTATAAATGGA-CT
* * * * ** *
22867 TTTCTTGTCAATGAATGACTTTTTCTTCACGTTT-CTAGAGGTA-ACTATTTAATTGGAATCTGT
125 TTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTA-AGGCAGAC-ATTCAATTATAATTTGT
* * * *
22930 TTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTCAA-TCTAAAATAAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
188 TTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAG
22994 TGAGTAATAAGGCTTTTG
251 TGAGTAATAAGGCTTTTG
23012 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3913, Mismatches: 767, Indels: 370
0.77 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (509 bp):
TTCAATTATAATTTATTTTAATCAAAAATATAAAAAATTCAAGCTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCAATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTT
GTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGTTTTAACAA
AAAATATAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAA
GGCTTTTGAGGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTGCAATAGAAGCCTTTTTTTTCATGT
TTTCTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAAT
CAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTGAGTGACTATA
AATGGACTTTTTTGCCAATAGATGACTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGTAAACA
Found at i:24607 original size:171 final size:173
Alignment explanation
Indices: 24213--24941 Score: 438
Period size: 171 Copynumber: 4.3 Consensus size: 173
24203 TTTTCTAGGG
* * *
24213 TAGACATTCAGTTATAATAC-ATTTTAA-TCAAAAATGT-AAAAA-AATTCAAGTTAAAATCAAT
1 TAGACATTCAATTATAAT-CTATTTTAACT-AAAAATATAAAAAATAATT-AACTTAAAATCAAT
** * * *
24274 TATGAGATTGTAAAACCAATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAAT
63 TATGAGATTACAAAACCAATTTAAAGGGAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTGAGGTGACTATAAAT
* ** * *
24339 GGACTTTTCTTATTAATGAATGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGG
128 AGACTTTTCTTAGCAATGAAAGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGA
* * * * *
24385 CAGACATTCAATTATAATTTGA-TTGAACCAAAAATATTAAAAAAT--TTAACTTAAAATCAACT
1 TAGACATTCAATTATAATCT-ATTTTAACTAAAAATA-TAAAAAATAATTAACTTAAAATCAATT
* * * * * *
24447 ATGAGATTACAAAACC-ATTTAAAGGGAGCGATAAGGCTTTTGAGGGAAC-GA-GTGACTGTAAT
64 ATGAGATTACAAAACCAATTTAAAGGGAGCAATAAGACTTTCGAAGG--CTGAGGTGACTATAAA
* *
24509 TAGACTTTTCTTAGCAATGAAAGAG-TTTTTCTTCTTGTTT-CTGAGA
127 TAGACTTTTCTTAGCAATGAAAG-GCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGA
* *
24555 TAGACATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATGAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATCAATTAT
********** * * * *
24620 GAGNNNNNNNNNNC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCTTGA-GTGACAATAAATG
66 GAGATTACAAAACCAATTTAAAGGGAGCAATAA-GACTTTCGAAGGC-TGAGGTGACTATAAATA
** * * * * * *
24682 GACTTTTGGT-GTCAATGGATGGCTTTTACTTCATATTT-CTCAAGG
129 GACTTTTCTTAG-CAATGAAAGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCT-AAGA
* * * * * * * * *
24727 CAGATATTCAATTATAATATATTTTAACCAAAAATGT-AAAACTATTTAGCATAAAATCAATTAT
1 TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATCAATTAT
* * ********** * * *
24791 GAGATTATAAAA-CTATTTNNNNNNNNNNATAAGGCTTTTGAAGGCCT-AGGTGACTATAAATGG
66 GAGATTACAAAACCAATTTAAAGGGAGCAATAAGACTTTCGAAGG-CTGAGGTGACTATAAATAG
* * * * * *
24854 ACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGA
130 ACTTTTCTTAGCAATGAAAGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGA
* * *
24898 TAGACAATT-AATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAT
1 TAGAC-ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAAT
24942 TTAATTTNNN
Statistics
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0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
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174 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (173 bp):
TAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATCAATTAT
GAGATTACAAAACCAATTTAAAGGGAGCAATAAGACTTTCGAAGGCTGAGGTGACTATAAATAGA
CTTTTCTTAGCAATGAAAGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGA
Found at i:24859 original size:342 final size:333
Alignment explanation
Indices: 24292--24941 Score: 670
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 333
24282 TGTAAAACCA
* * * *
24292 ATTTAAAGTGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATTAATG
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAGGTGACAATAAATGGACTTTTCGTATCAATG
* * * * *
24357 AATGGCTTTTCCTTCTTGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATTTGATTGAACCAAAAATAT
66 AATGGCTTTTACTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGATTGAACCAAAAATAG
*
24422 TAAAAAATTTAACTTAAAATCAACTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGCGATAAGGCTTT
131 TAAAAAATTTAACATAAAATCAACTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGCGATAAGGCTTT
* * * *
24487 TGAGGGAACGAGTGACTGTAATTAGACTTTTCTTAGCAATGAAAGAG-TTTTTCTTCTTGTTT-C
196 TGAAGGAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAAAG-GTTTTTTCTTCATGTTTCC
** * * *
24550 TGAGATAGAC-ATTCAATTGTAATCTATTTTAACTAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATG
260 CAAGATAGACAATT-AATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATG
24614 AATTATGAGNNNNNNNNNNC
324 AATTATGAG----------C
* *
24634 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGA-TTTCGAAGGCTT-GAGTGACAATAAATGGACTTTTGGTGTCAA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAA-GACTTTCGAAGGCTTAG-GTGACAATAAATGGACTTTTCGTATCAA
* * *
24697 TGGATGGCTTTTACTTCATATTT-CTCAAGGCAGATATTCAATTATAATAT-ATTTTAACCAAAA
64 TGAATGGCTTTTACTTCATATTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAATATGA-TTGAACCAAAA
* * * * * **********
24760 AT-GTAAAACTATTTAGCATAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATTTNNNNNNNNNNATAAG
127 ATAGTAAAA-AATTTAACATAAAATCAACTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGCGATAAG
* * * * *
24824 GCTTTTGAAGG-CCTAGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTTCATG
191 GCTTTTGAAGGAACGA-GTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAAAGGTTTTTTCTTCATG
*
24888 TTTCCCAAGATAGACAATTAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATGTAAAAAAT
255 TTTCCCAAGATAGACAATTAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAAT
24942 TTAATTTNNN
Statistics
Matches: 254, Mismatches: 45, Indels: 17
0.80 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
341 12 0.05
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (333 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCGAAGGCTTAGGTGACAATAAATGGACTTTTCGTATCAATG
AATGGCTTTTACTTCATATTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAATATGATTGAACCAAAAATAG
TAAAAAATTTAACATAAAATCAACTATGAGATTACAAAACCATTTAAAGGGAGCGATAAGGCTTT
TGAAGGAACGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTTAGCAATGAAAGGTTTTTTCTTCATGTTTCCC
AAGATAGACAATTAATTATAATCTATTCTAACCAAAAATATAAAAAATAATTAACTTAAAATGAA
TTATGAGC
Found at i:34815 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 34766--35043 Score: 272
Period size: 35 Copynumber: 7.9 Consensus size: 35
34756 TGCCACATTC
**
34766 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGAACTTAATTG
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
* * * *
34801 ATCAAATTATTTAATTAAGTCATTGAGCTTAATTG
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
* * *
34836 ATTAAATTTGTTTAATCACGTTATTGGGCCTAATTG
1 ATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
* * * *
34872 ATTAAATTTTTTTAATCAAGTTTTTGGGCTTAATTT
1 ATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
* * * *
34908 ATCAAATTATTCAATTAAGTTATTGGGCCTAATTG
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
* * *
34943 ATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATT-GGCCTAATTA
1 ATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
*
34978 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATT-GGATCTAATTG
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCT-TAATTG
****
35013 ATTAAATTAAACAATTAAGTTAATTGGGCTT
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTT-ATTGGGCTT
35044 CTTAAGAACT
Statistics
Matches: 201, Mismatches: 37, Indels: 9
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Matches are distributed among these distances:
34 19 0.09
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Consensus pattern (35 bp):
ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGGCTTAATTG
Found at i:34861 original size:71 final size:70
Alignment explanation
Indices: 34766--35020 Score: 305
Period size: 71 Copynumber: 3.6 Consensus size: 70
34756 TGCCACATTC
* * * * *
34766 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGAACTTAATTGATCAAA-TTATTTAATTAAGTCATTGAGCT
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATTAAATTTATTTAATCAAGTTATTG-GCT
*
34830 TAATTG
65 TAATTA
* * * * *
34836 ATTAAATTTGTTTAATCACGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTTTTTAATCAAGTTTTTGGGC
1 ATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATTAAATTTATTTAATCAAGTTATT-GGC
*
34901 TTAATTT
64 TTAATTA
* * * * * *
34908 ATCAAATTATTCAATTAAGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGCCT
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATTAAATTTATTTAATCAAGTTATTGGCTT
34973 AATTA
66 AATTA
*
34978 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGATCTAATTGATTAAATT
1 ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATTAAATT
35021 AAACAATTAA
Statistics
Matches: 157, Mismatches: 25, Indels: 6
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.34, C:0.07, G:0.13, T:0.47
Consensus pattern (70 bp):
ATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGACCTAATTGATTAAATTTATTTAATCAAGTTATTGGCTT
AATTA
Found at i:34912 original size:107 final size:105
Alignment explanation
Indices: 34730--35032 Score: 371
Period size: 107 Copynumber: 2.9 Consensus size: 105
34720 TCTCAAGCAC
* * * * *
34730 TTGATTAAAATTGTTTAATTAAGTT-GT-GCC-ACATTCATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGA
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGCCTA-ATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGG
* *
34792 ACTTAATTGATCAAATTATTTAATTAAGTCATTGAGCTTAA
65 ACTTAATTGATCAAATTATTCAATTAAGTCATTGAGCCTAA
* * * * *
34833 TTGATTAAATTTGTTTAATCACGTTATTGGGCCTAATTGATTAAATTTTTTTAATCAAGTTTTTG
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATT-GGCCTAATTAATTAAA-TTGTTTAATTAAGTTATTG
* * * *
34898 GGCTTAATTTATCAAATTATTCAATTAAGTTATTGGGCCTAA
64 GACTTAATTGATCAAATTATTCAATTAAGTCATTGAGCCTAA
34940 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGCCTAATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGA
1 TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGCCTAATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGA
* **
35005 -TCTAATTGATTAAATTAAACAATTAAGT
66 CT-TAATTGATCAAATTATTCAATTAAGT
35033 TAATTGGGCT
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 25, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
103 22 0.13
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Consensus pattern (105 bp):
TTGATTAAATTTGTTTAATCAAGTTATTGGCCTAATTAATTAAATTGTTTAATTAAGTTATTGGA
CTTAATTGATCAAATTATTCAATTAAGTCATTGAGCCTAA
Found at i:35928 original size:35 final size:32
Alignment explanation
Indices: 35889--35967 Score: 95
Period size: 32 Copynumber: 2.3 Consensus size: 32
35879 TTAATTGTTT
*
35889 AATTTAATCAATTAGGCCCAATAACTTAATTAAAC
1 AATTTAATCAATTAGG--C-ACAACTTAATTAAAC
* *
35924 AATTTAATAAATTAGGCACAACTTAATTAAAT
1 AATTTAATCAATTAGGCACAACTTAATTAAAC
35956 AATTTTAATCAA
1 AA-TTTAATCAA
35968 GTACTTGAGA
Statistics
Matches: 39, Mismatches: 4, Indels: 4
0.83 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
32 15 0.38
33 9 0.23
35 15 0.38
ACGTcount: A:0.48, C:0.13, G:0.05, T:0.34
Consensus pattern (32 bp):
AATTTAATCAATTAGGCACAACTTAATTAAAC
Found at i:37941 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 37286--38713 Score: 1202
Period size: 171 Copynumber: 8.3 Consensus size: 171
37276 CTCATCCCAA
* * * * *
37286 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTGAACAT-TTCCT-GAGG
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCT--TCATGTTTCTCAAGG
* * *
37349 CAGACACTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATA-TAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTAT
64 CAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * * **
37413 GATACTATAAAACCAT-T-TAA--AGT-ATAAGGCTTTTGAAAA
128 GAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * *
37452 AAT-ACGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTTCTTTACAT-TTTCT-GAG
1 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAG
* * * * * *
37514 ACAAATATTCAATTACAATTTGTTTTAACCAAAAATG-AAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTA
63 GCAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTA
* *
37578 TGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
127 TGAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* ** * * * * *
37623 CAT-AGGTGACTATAAGTATACTTTT-TTGTCATTAAATGACTTTGTCTTCACT-TTTCTCAAGG
1 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTCTCAAGG
* *
37685 CAAACAGTCAATTAT-ATTCTGTTTTAACTAAAATA-TAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
64 CAAACACTCAATTATAATT-TGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* *
37748 GAGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGG
128 GAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
*
37792 CATGAGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGC
1 CATGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGC
* * *
37856 AGACAGTCAATTATAATTT-TGTTTAACTAAAAAAGTATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
65 AAACACTCAATTATAATTTGT-TTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* ** * * *
37920 AGATTATTAAACCCCATAAAGCGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGG
129 AGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * *
37963 CATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* * * *
38028 AATACTCAATTATAATTTGTTTTAACTTAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
66 AACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
* * * * *
38093 ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAGTACGACTTTTGAAGG
131 ATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
38134 AATGAGTGACTATAATTAGACTTTTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
* * * * * * * * *
38199 AACATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAATAG-AAAAATATTCAACTTAAAATCAACTCTAA
66 AACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAA-AGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * ** * *
38263 GGTTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAAGAATTTTAAAAG
130 GATTATAAAACCATATAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * ** * * *
38305 CTTGAGTGACTATAAATGGGCTACCCTTACCAATGAATGGGTTTTTAATGGGTTTTTCTTCACGT
1 CATGAGTGACTATAAAT-GG--A-CTTTTCTTATCAAT--G-----AATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * * *
38370 TTTTTAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTATTTTTTAA--AAAAATGTAAAAACATTTAACTTAA
55 TTCTCAAGGCAAACACTCAATTATAAT-T-TGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAA
* * * * * *** * *
38433 AATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGG
118 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * *
38487 CATAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTT-GCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGG
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GG
* * * ** * * *
38550 CAAACATTCAATCATAATCTGTTTTAACTAATGATGTAGAAAAATTCAACATAAAATCAATTATG
64 CAAACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* *
38615 AGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAGTAAGGCTTTTGAAGG
129 AGATTATAAAACCATATAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
* * * * * * *
38658 CTTAAGTGACAATAAGTGGGCTTTT-TT-TGCTAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTT
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTAT-C-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTT
38714 TCANNNNNNN
Statistics
Matches: 1029, Mismatches: 187, Indels: 87
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
165 5 0.00
166 114 0.11
167 2 0.00
168 5 0.00
169 100 0.10
170 110 0.11
171 542 0.53
172 5 0.00
174 1 0.00
175 8 0.01
176 1 0.00
178 6 0.01
179 1 0.00
181 3 0.00
182 119 0.12
184 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCA
AACACTCAATTATAATTTGTTTTAACTAAAAAAGTAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATATAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
Found at i:38175 original size:342 final size:340
Alignment explanation
Indices: 37286--38714 Score: 1261
Period size: 353 Copynumber: 4.2 Consensus size: 340
37276 CTCATCCCAA
* * * * * ** *
37286 CATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTTATCAATGAATGGTTTTTTCTGAACAT-TTCCT-GAGG
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCT--TCATGTTTTTCAAGG
* * *
37349 CAGACACTCAATTATAA-TCTGTTTTAACTAAAAATATAAAAAAATTCAATCTAAAATCAATTAT
64 CAAACACTCAATTATAATTATGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTAT
* * **
37413 GATACTATAAAACCATTT--AA--AGT-ATAAGGCTTTTGAAAAAAT-ACGTGACTATAAATGGA
128 GAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GTGACTATAAATGGA
* * * * * *
37472 CTTTTCTTACCAATGAATGGCCTTTTCTTTACAT-TTTCT-GAGACAAATATTCAATTACAATTT
192 CTTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTC-TT-CATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTT
* *
37535 GTTTTAACCAAAAATGAAAAATAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
255 GTTTTAACTAAAAAAG-AAAA-AATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
* * *
37600 -ACAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG
318 GA-GAGTAAAAAAGCTTTTGAAGG
* ** * * * * *
37623 CAT-AGGTGACTATAAGTATACTTTT-TTGTCATTAAATGACTTTGTCTTCACT-TTTCTCAAGG
1 CATGA-GTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCA-TGTTTTTCAAGG
* * *
37685 CAAACAGTCAATTAT-ATTCTGTTTTAACTAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
64 CAAACACTCAATTATAATTATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATG
* ** * *
37749 AGATTATAAAACCATATAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGAGTGA-TGATAAATGGAC
129 AGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACT-ATAAATGGAC
* * *
37813 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTTATGTTTCTCAAGGCAGACAGTCAATTATAATTT-TG
193 TTTTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGT-
* *** *
37877 TTTAACTAAAAAAGTATAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATTAAACCCCATAAAGC
257 TTTAACTAAAAAAG-A-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA
37942 GAGTAAAAAAGCTTTTGAAGG
320 GAGTAAAAAAGCTTTTGAAGG
* *
37963 CATGAGTGACTCTAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGACA
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCA
* * * *
38028 AATACTCAATTATAATT-TGTTTTAACTTAAAATGTAAAACAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
66 AACACTCAATTATAATTATGTTTTAAC-AAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGA
* * * * *
38092 GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAGTACGACTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAATTAGACTT
130 GATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTT
* * * * * *
38157 TTCTTGTCAATCAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTT
195 TTCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTT
* * * * * *
38222 AAGTAAAAATAGAAAAATATTCAACTTAAAATCAACTCTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAG
260 AACTAAAAA-AGAAAAA-ATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAG
* *
38287 TAATAAGAA--TTTTAAAAG
323 TAA-AA-AAGCTTTTGAAGG
* ** *** * * *
38305 CTTGAGTGACTATAAATGGGCTACCCTTACCAATGAATGGGTTTTTAATGGGTTTTTCTTCACGT
1 CATGAGTGACTATAAAT-GG--ACTTTTA-TTGTCAAT--G-----AATGGCTTTTTCTTCATGT
* * * * * * * *
38370 TTTTTAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTATTTTTTAA-AAAAATGTAAAAACATTTAACTTAAA
55 TTTTCAAGGCAAACACTCAATTATAAT-TATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAA
* * * * ** * * * *
38434 ATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGTCTTTTAAAGGCATAAGTGACTA
119 ATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTA
* *
38499 TAAATGGACTTCTCTT-GCTAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTC-CAAGGGCAAACATTCAAT
184 TAAATGGACTTTTCTTATC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAA-GGCAAACATTCAAT
* * ** * *
38562 CATAATCTGTTTTAACTAATGATGTAGAAAAATTCAACATAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
247 TATAATTTGTTTTAACTAAAAAAG-A-AAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAAC
** *
38627 CATTTAAAGAGAGTAGTAAGGCTTTTGAAGG
310 CATTTAAAGAGAGTAAAAAAGCTTTTGAAGG
* * * * * * * *
38658 CTTAAGTGACAATAAGTGGGCTTTTTTTG-CTAATGAATGGGTTTTTTTTCATGTTTT
1 CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTC-AATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTT
38715 CANNNNNNNN
Statistics
Matches: 886, Mismatches: 159, Indels: 89
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
334 2 0.00
335 54 0.06
336 43 0.05
337 21 0.02
338 2 0.00
339 12 0.01
340 161 0.18
341 60 0.07
342 237 0.27
343 8 0.01
344 2 0.00
345 5 0.01
346 4 0.00
347 1 0.00
348 1 0.00
349 3 0.00
350 3 0.00
351 1 0.00
352 8 0.01
353 246 0.28
354 5 0.01
355 7 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (340 bp):
CATGAGTGACTATAAATGGACTTTTATTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGCA
AACACTCAATTATAATTATGTTTTAACAAAAATATAAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAG
ATTATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTT
TCTTATCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACATTCAATTATAATTTGTTTTA
ACTAAAAAAGAAAAAATTCAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
AAAAGCTTTTGAAGG
Found at i:38484 original size:182 final size:181
Alignment explanation
Indices: 38169--38532 Score: 444
Period size: 182 Copynumber: 2.0 Consensus size: 181
38159 CTTGTCAATC
* * *
38169 AATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAATATATTTTAAGTAAAAATAG
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAGTATAATATATTTTAAG-AAAAATAG
*
38234 AAAAATATTCAACTTAAAATCAACTCTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAATTT
65 AAAAACATTCAACTTAAAATCAACTCTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAATTT
* * * *
38299 TAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTACCCTTACCAATGAATGGGTTTTT
130 TAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTACCCTTACCAATGAATGGCTTTTT
* *** *
38351 AATGGGTTTTTCTTCACGTTTTTTAAGGCAAACATTCAAGTATAATCTATTTTTTAA-AAAAAT-
1 AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAGTATAA--TATATTTTAAGAAAAATA
* * * * * * **
38414 GTAAAAACATTTAACTTAAAATCAATTTTAAGGTTATAAAATCATTTAAGGTGAGTAATAAGTCT
64 G-AAAAACATTCAACTTAAAATCAACTCTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAAT
* * * * *
38479 TTTAAAGGCATAAGTGACTATAAATGGACTTCTCTTGCTAATGAATGGCTTTTT
128 TTTAAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTACCCTTACCAATGAATGGCTTTTT
38533 CTTCATGTTT
Statistics
Matches: 153, Mismatches: 26, Indels: 6
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
181 1 0.01
182 143 0.93
184 9 0.06
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (181 bp):
AATGGCTTTTTCTTCACGTTTCCCAAGGCAAACATTCAAGTATAATATATTTTAAGAAAAATAGA
AAAACATTCAACTTAAAATCAACTCTAAGGTTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGAATTTT
AAAAGCATAAGTGACTATAAATGGACTACCCTTACCAATGAATGGCTTTTT
Found at i:40794 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 40206--42058 Score: 1572
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 171
40196 GAAGGTTTGA
** * * * * * *
40206 GTGACTATAAATGGACTTTTGATATCAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTTCTCAAGACAGACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * *
40271 TCAATTATAATATATTTTAATTAAACAA-GTTAAAAAAATTCAACGTAAAATCAATTATGAGATT
66 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAA-AATG-T-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
* * * * ** * *
40335 GTAAAA-TTATATAAAACGGGTAATGAGGCTTTCGAAGGCAT-G
128 ATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * *
40377 CGTGACTATAAATAGACTTTTCTTGTGAATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAAGAAAACA
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * * *
40442 TTTAATTGTAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAGAAAAATTCAA-TTGAAAATCAATTATGTGATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTA-AAAAATTCAACTT-AAAATCAATTATGAGATT
* * * * * *
40506 ACAAAAC-CATTTAAAGCGAGTGATAAGACTTTCGAAGGCTTAG
128 ATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * * * * * * *
40549 GTGACTGTAAATGGAACTTTT-ATGCCAATGGATGACTTTTGCTTCATAG-TTCCCAAAGTAAAT
1 GTGACTATAAATGG-ACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCAT-GTTTCTCAAGGCAAAC
* * * ** *
40612 ATTTAATTATAATATATTTTAA-TAAGAAATGTAAAAGAATTCAAGTTAAAATCAGCTATGAAAT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAA-AAATGTAAAA-AATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * **
40676 TATAAAACTAATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGTTTAG
127 TATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * ** * *
40721 GTGACTGTAAATGCACTTTTCTTGTCAATGAATAACTTTTTCTTCATGTTT-TCCAAGGTAGACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACA
* * *
40785 TTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
* * * * * *
40850 CAAAAC-CATTTAAAGTGAA-CAATAAGGCTTTT-CAGAGAATGG
129 TAAAACTCATTTAAAG-CAAGTAATAAGGCTTTTGAAG-GCATAG
* * * * * * * *
40892 GCGATTGTAATTGGACTTTTCTTATCAACGAAT-GCCTTTTCTTCACAT-TTTC-CAAAGCAAAC
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTT--CATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * * *
40954 ATTCAATTATAATCTATTGTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTATTTATGAGCTCA
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
41019 TAAAAC-CATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCTTAG
129 TAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * **
41061 GTGAATATAAGTAGG-CTTTTCTTGCCAATG-ATCGAG-TTTTTCTTTATGTTTCTTGAGGCAAA
1 GTGACTATAAAT-GGACTTTTCTTGTCAATGAAT-G-GCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAA
* *
41123 CATTCAATTATAATCTGTTTTAA-TAAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATTAATTATGAGAT
63 CATTCAATTATAATCTATTTTAACT-AAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* ** *
41187 TATAAAAC-CATTTAAAG-AGAGTAATTAGGCTTTCAAAGGCATGG
127 TATAAAACTCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* *
41231 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTGTTCATGTTTCTCAAGGAAAACAT
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
* * *
41296 TCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAACAATTCAA-TCTGAAATCAATTATGAGATTA
66 TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAA-AATTCAACT-TAAAATCAATTATGAGATTA
* ** * * * *
41360 CAAAACT-ATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTTTGAGGGAATGG
129 TAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * * * * * **
41402 GTGATTGTAATTGGACTTTTTTTGTCAATGAATGCCTTTGTCTTCACGTTT-TATAAGATAAACA
1 GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCT-CAAGGCAAACA
* *
41466 TTCAATTATAATCTAGTTTAATTAAAAATGTAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGTA-ATT
65 TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATG-AGATT
* * *
41530 ATAAAAC-CATTTAAAGTAGGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAA
128 ATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
** * * * * ** *
41573 AAGACTATAAACGGACTTTTTTTTGTCAATCAATGGCTTTTTTTTTCACATTTCTCAAGGCAGAC
1 GTGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGTCAATGAATGGC-TTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAAC
* * * *
41638 AATT-AATTATAATTTATTCTAACTAAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGTGATT
64 -ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
41702 ATAAAACT-ATTTAAAGC-----AT----C----GAAGGCAT-G
128 ATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * ** * *
41731 GTTAATTATAAATAGACTTTTCTTGTCAATGAATCACTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGTAGACA
1 G-TGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACA
* * * *
41796 CTT-AACTATAGTCTGTTTTAACCAAAAATGTAAGAAAATTCAAGC-TAAAATCAATTATGAGAT
65 -TTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAA-AAAATTCAA-CTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
41859 TATAAAACT-ATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGC-TTG
127 TATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
* * * * * *
41902 AGTGACTATAAGTGGGCTTTTTTTGTCACTGAATGGGTTTTTCTTCATGCTTCTCGAA-GCAAAC
1 -GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTC-AAGGCAAAC
* * * *
41966 ATTCAATTACAATCTACTTTAACCAAAAATATAAAAAACATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
64 ATTCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGT-AAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* *
42031 TATCAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAG
127 TATAAAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAG
42059 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1363, Mismatches: 244, Indels: 148
0.78 0.14 0.08
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 49 0.04
158 58 0.04
159 19 0.01
163 3 0.00
167 3 0.00
168 6 0.00
169 81 0.06
170 256 0.19
171 504 0.37
172 330 0.24
173 49 0.04
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GTGACTATAAATGGACTTTTCTTGTCAATGAATGGCTTTTTCTTCATGTTTCTCAAGGCAAACAT
TCAATTATAATCTATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
AAACTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATAG
Done.