Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397355.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1709.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41815
ACGTcount: A:0.26, C:0.09, G:0.09, T:0.25
Warning! 12729 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1271 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 984--3290 Score: 1682
Period size: 171 Copynumber: 13.4 Consensus size: 171
974 TTTTAATTCG
* * * *
984 CTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTT--ATTTTTTGGTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTT-ATTAA
* * * ** * *
1047 AACAGTCTATAATTGAACGTCTACC-TCGAGAAATATGATCA-AAAAAG-CATTCATCGATAAGA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGA--AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGA
* * * *
1109 AAAGTCCACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCG
126 AAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
1155 CCTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * ** * * * *
1220 CAGGCTAGAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAACAAGTAGAAAAAGCCATTCATTTATAAAAAAAGT
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
*
1285 CCATTTATAGTCTA-TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCA
131 CCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * *
1326 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAG
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAA
* * * * * *
1390 ACAGACTATAATTGAATGTCT-GCTTCAAGAAACAT-ATAGAAAACA-CCACTCATTTA-AAAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACGTGA-AGAAAA-AGCCATTCATTGACAAGAA
* * * * *
1451 AAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTGCCCA
127 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* *** * * * * * * * **
1496 CTCTAAACAATTTTACAATTTCAAAATTGATTATAAGTTTAATTTTTATAAAAATTTTTGGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-T-TACATTTTTTATTAA
* * * * * *
1561 AACAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGAC-TGAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAG-AAAAAGCCATTCATTGACAAG-AA
* * * *
1624 AAGTCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCT
127 AAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * *
1669 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * * * * *
1734 TAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTTG-CAATAAAAG
66 CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAAAG
* * *
1798 TCCACTTATAGTTTC-CT-GTTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCA
130 TCCATTTATAG--TCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * **
1840 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAA
* * * ** ** *
1905 A-AAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACTTGAAGCGAAAGCCACCCATTGAC-ACAAAA
65 ACAGA-CTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * * ** * * **
1968 GTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTG
129 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * *
2011 CTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACA-TTTATAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTTTTA-TTAA
* * * * ** * * * *
2075 AATAGACTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACGAAAAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACG-TGAAGAAAAAGC-CATTCATTGACAAGAA
* * *
2140 AAGTCCACTTATAGTCAC-CTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCG
127 AAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * *
2185 CTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATCTTTACCTTTCTCT-TTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTT-TTTATTAAA
* * * * * * * ** * *
2249 ACAAATTATAAATAAATGCCTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATG-AATTCATT-ATTCAA-AA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAA-GCCATTCATTGA--CAAGAA
* * * ** *
2311 AAGTCCATTTATAGTCTC-CTATTCTTTTAAAAGCCTTCGTACTTA
127 AAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * * *
2356 CTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAA
* * * * * ** * * *
2421 AAAGGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAAGCGAAAGTCATCCATTGGCACA-AAAA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACA-AGAAAA
* * ** * * * * **
2485 GTCTATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGACTTATTATTTG
129 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * * * ** *
2528 CTCTAAATTGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTGAGTTAAACATTTTTACA-TTTATAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAA
* ** * * * *
2592 ACAGACTATAAATGAAAATTTACCTT-GAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGACAAGAACA
65 ACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAG-GAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAA
* * *
2656 GTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCGTATTACTCA
129 GTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * **
2699 CTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACTTTTTTTTTACA-TTTTTAGTTAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATTTTTTTACATTTTTTA-TT-A
* * ** *
2763 AAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT-GGAGAACGTGAAGTGAAAGCTA-TCAATTGACACA-
63 AAACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGA-AACGTGAAGAAAAAGCCATTC-ATTGACA-AG
** * ** * * * *
2825 AAAAGTCCACATATAGCCACTCAAGCCTTTAGAAGCCTT-TTAATTCG
125 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATT-ACTCA
* * * * * * *
2872 CTTTAAATAGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTTATAATTTTTAGTTTA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAA
* * * * * *
2937 AACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTAAGAAACATGATAAAAAAAG-CATTCATCGGCAAGAAA
64 AACAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGA-AGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAA
* *
3001 AGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* ** * * *
3045 TTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
* * * *
3110 CATG-CAAGAATTGAATGT-TCACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGA-AAGAAA
66 CA-GACTATAATTGAATGTCT-ACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCA-TTGACAAGAAA
* * ** *
3172 AGTCTATTTATGGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCA
128 AGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
* * * * ** *
3216 TTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCCTTTATTAAGA
1 CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
3281 CAGACTATAA
66 CAGACTATAA
3291 GTAAATGCCT
Statistics
Matches: 1665, Mismatches: 404, Indels: 134
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.00
170 121 0.07
171 807 0.48
172 288 0.17
173 347 0.21
174 97 0.06
175 2 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAA
CAGACTATAATTGAATGTCTACCTTAGGAAACGTGAAGAAAAAGCCATTCATTGACAAGAAAAGT
CCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCA
Found at i:1627 original size:343 final size:342
Alignment explanation
Indices: 984--3111 Score: 930
Period size: 343 Copynumber: 6.2 Consensus size: 342
974 TTTTAATTCG
* * * * * ** *
984 CTTTAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTA-TTTTTTGGTTTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATGTTTTTACATTTTTCATTAAA
** * * * * * * * *
1048 ACAGTCTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAATATGATCA-AAAAAG-CATTCA-TCGATAAGAA
65 ACAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGA--AGAAAAAGACACTCATTTGA-AAAAA
* * *** **
1110 AAGTCCACTTATAG-TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGC-CT-TAAATGGTTTTGTA
127 AAGTCCACTTATAGTTC-CT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTAC-C-CACTCTAAACAATTTTACA
* * * * * * * * ** * * * *
1172 ATCTTATAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTA-TTAAAACAGGCTAGAATTGAAT
188 ATGTCAAAATTGATTATAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTAAAT
* * * ** * * *
1236 GTTTGCCTTAGGAAACAAGTAG-AAAAAGCCATTCATTTA-TAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTA
253 GTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACT-GAAAAAGTCCATTTATAGTC-A
**
1299 -TCATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCA
315 CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCA
** *
1326 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATGTTTTTACATTTTTTGTTAAG
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAG-TTAAATGTTTTTACATTTTTCATTAAA
* * *
1390 ACAGACTATAATTGAATGTCTGCTTCAAGAAACAT-ATAGAAAACA-CCACTCATTT-AAAAAAA
65 ACAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGA-AGAAAA-AGACACTCATTTGAAAAAAA
* * * * *
1452 AGTCTATTTATAG-TCACTCATACCTTTAAAAGCCTTATTGCCCACTCTAAACAATTTTACAATT
128 AGTCCACTTATAGTTC-CT-ATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACAATTTTACAATG
* * * * *
1516 TCAAAATTGATTATAAGTTTAATTTTTATAAAAATTTTTGGTT-AAAACAGATTATAATTAAATG
191 TCAAAATTGATTATAAGTTGAATTTTT-TAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAG-CTATAATTAAATG
*
1580 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACTGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
254 TTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACTGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* *
1645 TTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCT
319 TTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCA
* * * *
1669 TTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAA
* * * * * *
1734 TAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTTGCAATAAAAGT
66 CAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACACTCATTTGAAAAAAAAGT
* * * * * * *
1799 CCACTTATAGTTTCCTGTTCCTTCAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAA
131 CCACTTATAG-TTCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACAATTTTACAATGTCAA
* * *
1864 AATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTGAATGTTTACC
195 AATTGATTATAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTAAATGTTTACC
* * * ** ** * * * **
1929 TTAGGAAACTTGAAG-CGAAAGCCACCCATTGAC--ACAAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCC
260 TCAAGAAACGTGAAGAAAAAAG-CATTCATTGACTGA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCC
* * * **
1991 TTCGAAAGCCTAATTACTTG
323 TTCAAAAGCCTTATCACTCA
* * * * * * *
2011 CTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTAT-AGTTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAA-ATGTTTTTACATTTTTCA-TTAA
* * * * * * * * * * * *
2075 AATAGACTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACGA-AAAAAAAAAAACACAT-TTATTGATAAG
64 AACAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAAC-ATGAAGAAAAAGACAC-TCAT-TTGA-AAA
* * * * * * * * *
2138 AAAAGTCCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAA
125 AAAAGTCCACTTATAGT-TCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACAATTTTACAA
* * * * ** ** * *
2203 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATATCTTT---ACCTTTCTCTTTAAAACAAA-TTATAAATAA
189 TGTCAAAATTGATTATAAGTTGAAT-TTTTTAAAAAGTTT-TAGTTAAAA-AAAGCTATAATTAA
** * * * * * * * *
2264 ATGCCTGCCTCAAAAAATGTGAAGAAAAATGAATTCATT-ATTCAAAAAAGTCCATTTATAGTCT
251 ATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACT-GAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * *
2328 C-CTATTCTTTTAAAAGCCTTCGT-ACTTA
315 CTC-ATTCCTTCAAAAGCCTT-ATCACTCA
* * * * * * *
2356 CTTTAAAT-AGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTT-AGTTA
1 CTTTAAATGA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTT-ACATTTTTCA-TTA
* * * * * * * * * ** * * * *
2419 AAA-AAGGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAAGCGAAAGTCA-TCCATTGGCACAA
63 AAACAA-ACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACACT-CATTTGAAAAA
* * * * * **** *** *
2482 AAAGTCTATTTATAG-TCACT-TAAGCTTTCGAAAGACTTATTATTTGCTCTAAATTGTTTTATA
126 AAAGTCCACTTATAGTTC-CTAT-A-CCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACAATTTTACA
* * * * * * *
2545 A-GCTAAAAATTGATTTTGAGTTAAACATTTTT--ACA-TTTATAGTT-AAAACAGACTATAAAT
188 ATG-TCAAAATTGATTATAAGTTGAA-TTTTTTAAAAAGTTT-TAGTTAAAAAAAG-CTAT-AAT
* * ** * *
2605 GAAA-ATTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGAC--AAGAACAGTCCATTTATA
248 TAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACTGAA-AA-AGTCCATTTATA
* * * *
2667 GTCACCCATTCCTTCGAAAGCCGTATTACTCA
311 GTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCA
* * * ** *
2699 CTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTACTTTTTTTTTACATTTTT-AGTTAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTA-AATGTTTTTACATTTTTCA-TTAA
* * ** * ** * *
2763 AAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCT-TGGAGAACGTGAAGTGAAAG-CTA-TCAATTGACACA
64 AACAA-ACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGA-AACATGAAGAAAAAGAC-ACTCATTTGA-AAA
* * * * ** * * * *
2825 AAAAGTCCACATATAG-CCACTCA-AGCCTTTAGAAGCCTT-TTAATTCGCTTTAAATAGTTTTA
125 AAAAGTCCACTTATAGTTC-CT-ATA-CCTTCAAAAGCCTTATT-ACCCACTCTAAACAATTTTA
* ** * * * * * *
2887 TAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTAAAATTTTCTT-ATAATTTTTAGTT-TAAACAGACTATAA
186 CAATGTCAA-AATTGATTATAAGTT-GAATTTT-TTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAG-CTATAA
* * * * * * * *
2949 TTGAACGTCTACCTTAAGAAACATGATA-AAAAAAGCATTCATCGGC-AAGAAAAGTCCATTTAT
247 TTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGA-AGAAAAAAGCATTCATTGACTGA-AAAAGTCCATTTAT
* * *
3012 AGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCA
310 AGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCA
* * ** * * *
3045 TTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTCATTAAAA
1 CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAA
3110 CA
66 CA
3112 TGCAAGAATT
Statistics
Matches: 1391, Mismatches: 316, Indels: 155
0.75 0.17 0.08
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 4 0.00
341 97 0.07
342 179 0.13
343 484 0.35
344 260 0.19
345 229 0.16
346 129 0.09
347 7 0.01
348 1 0.00
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
CTTTAAATGATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTTTTCATTAAAA
CAAACTATAATTGAATGTCTGCATCAAGAAACATGAAGAAAAAGACACTCATTTGAAAAAAAAGT
CCACTTATAGTTCCTATACCTTCAAAAGCCTTATTACCCACTCTAAACAATTTTACAATGTCAAA
ATTGATTATAAGTTGAATTTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTAAATGTTTACCT
CAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACTGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTC
AAAAGCCTTATCACTCA
Found at i:2302 original size:516 final size:514
Alignment explanation
Indices: 987--2738 Score: 1541
Period size: 514 Copynumber: 3.4 Consensus size: 514
977 TAATTCGCTT
* * * * * * *
987 TAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-ATTTTTTTA-TTTTTTGGTTTAAAC
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAAC
* * * * ** * ** *
1050 AGTCTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAA-TATGATCAAAAAAGCATTCATCGATAAGAAAAGT
65 AGACTATAATTAAAAGTTTACCTTAAGAAACGA--AAAAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGT
* * * * * * * *
1114 CCACTTATAGTC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTTA
128 CCATTTATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * * * * * ** * * * ** *
1178 TAATTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTAGAATTGAATGTTTGCC
192 TAATTGATTTTAAGTTAAATATCTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAAATAAATGCCTGCA
* ** ** * * * * *
1243 TTAGGAAACAAGTAGAAAAAGCCATTCATTTAT-AAAAAAAGTCCATTTATAGTCT-ATCATTCC
257 TCAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCA-TTATGCAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCT-ATTCC
* * * * * * * *
1306 TTCAAAAGCCTTATTGCTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTT-TAGCTTAAAT
320 TTCAAAAGCCTTAGTACGCACTTTAAATAG-TTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAG-TTGAAT
* * * * * * * * * *
1369 GTTTTT--ACATTTTTTGTT-AAGACAGACTATAATTGAATGTCT-GCTTCAAGAAACAT-ATAG
383 -TTTTTAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAG-CTATAATTCAATGTTTACCTT-AGGAAACGTGA-AG
* * * * * * * * ** * *
1429 -AAAACACCACTCATTTA-AAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATA-CCTTTAAAAGCCTTATT
444 CGAAA-GCCACCCATTGACACAAAAAGTCGATTTATAGTAACTTA-AGCCTTCGAAAGACTAATT
* ***
1491 GCCCACTC
507 ACTTGCTC
*** * ** * * * ** * * *
1499 TAAACAATTTTACAATTTCAAAATTGATTATAAGTTTAATTTTTATAAAAATTTTTGGTTAAAAC
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAAC
* * * * * *
1564 AGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACTGA-AAAAGT
65 AGACTATAATTAAAAGTTTACCTTAAGAAACG-AAAAAAAAAAGCATTCATTGA-TAAGAAAAGT
* * **
1628 CCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
1693 AATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCAT
193 AATTGATTTTAAGTTAAATATCTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAAATAAATGCCTGCAT
** * *
1758 CAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATT-TGCAATAAAAGTCCACTTATAGTTTCCTGTTCCTT
258 CAAAAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTATGCAA-AAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTT
* * *
1822 CAAAAGCCTTATTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTTTT
322 CAAAAGCCTTAGTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTT
* *
1887 TAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACTTGAAGCGAAAGCC
387 TAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCC
*
1952 ACCCATTGACAC-AAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTC
452 ACCCATTGACACAAAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGACTAATTACTTGCTC
* *
2014 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAACA
* * *
2079 GACTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACGAAAAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAAAAGT
66 GACTATAATTAAAAGTTTACCTTAAGAAACG--AAAAAAAAAA-GCATTCATTGATAAGAAAAGT
* * *
2144 CCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
128 CCATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * *
2209 AATTGATTTTAAGTTGAATATCTTTACCTTTCTCTTTAAAACAAATTATAAATAAATGCCTGCCT
193 AATTGATTTTAAGTTAAATATCTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAAATAAATGCCTGCAT
* * * *
2274 CAAAAAATGTGAAGAAAAATGA-ATTCATTATTCAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCTTT
258 CAAAAAACGTGAAGAAAAA-GACATTCATTATGCAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTT
* * **
2338 TAAAAGCCTTCGTACTTACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTT
322 CAAAAGCCTTAGTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTT
* * * * *
2403 TTAAAATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAAGCGAAAGTC
387 TAAAAAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCC
* * * * * * *
2468 ATCCATTGGCACAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGACTTATTATTTGCTC
452 ACCCATTGACACAAAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGACTAATTACTTGCTC
* * ***
2531 TAAATTGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTGAGTTAA-ACATTTTTACATTTATAGTTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAACA
* * * * * * * *
2595 GACTATAAATGAAAA-TTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGACAAGAACAGTC
66 GACTAT-AATTAAAAGTTTACCTTAAGAAACG-AAAAAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTC
* * * * * *
2659 CATTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAA
129 CATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
2724 ATTGATTTTAAGTTA
194 ATTGATTTTAAGTTA
2739 CTTTTTTTTT
Statistics
Matches: 1020, Mismatches: 193, Indels: 52
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
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515 129 0.13
516 355 0.35
517 92 0.09
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (514 bp):
TAAATGGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAACA
GACTATAATTAAAAGTTTACCTTAAGAAACGAAAAAAAAAAGCATTCATTGATAAGAAAAGTCCA
TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
TGATTTTAAGTTAAATATCTTTACATTTCTCATTAAAACAAACTATAAATAAATGCCTGCATCAA
AAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTATGCAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAA
AGCCTTAGTACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATTTTTTAAA
AAGTTTTAGTTAAAAAAAGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGCCACCC
ATTGACACAAAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGACTAATTACTTGCTC
Found at i:3004 original size:517 final size:507
Alignment explanation
Indices: 987--3278 Score: 1771
Period size: 516 Copynumber: 4.4 Consensus size: 507
977 TAATTCGCTT
* * * * *
987 TAAATGGTTTTATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGAAATTTTTTTA-TTTTTTGGTTTAAACA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACA
* ** * ** ** ** * * *
1051 GTCTATAATTGAACGTCTACCTCGAGAAATATGATCAAAAAAGCATTCATCGATAAGAAAAGTCC
65 GACTATAA-TGAAAATTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCC
* * * * * * * * *
1116 ACTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTGTTACTCGCCTTAAATGGTTTTGTAATCTTATAA
129 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * ** * *
1181 TTAATTTTAAGTTTAATTTTTTTACATTTTTTATTAAAACAGGCTAGAATTGAATGTTTGCCTTA
194 TTGATTTTAAG-TTAATTTTTTTACA-TTTTTATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGCC-TA
** * * * * ** *
1246 GGAAACAAGTAGAAAAAGCCATTC-ATTTATAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTATCATTCCTTCA
256 GGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCAATTGA-CAAAAAAGTCCACTTATAGTCCCT-ATTCCTTTA
** * * * *
1310 AAAGCCTTATT-GCTCACTTTAAAT-GATTTTATAATCTCATAATTGATTTT-AGCTTAAATGTT
318 AAAGCCTTATTAATTCACTTTAAATAG-TTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAG-TTGAAT-TT
* * * * * * *
1372 TTT-ACATTTTTTG-TTAAGACAGACTATAATTGAATGTCT-GCTTCAAGAAACAT-ATAG-AAA
380 TTTAAAATTTTTAGTTTAA-AAAGACTATAATTGAATGTTTACCTT-AGGAAACATGA-AGCGAA
* *** * * * * * **
1432 ACACCA-CTCATTTAAAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTCATACCTTT-AAAAGCCTTATTGCCC
442 A-GCCATC-CATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA-AGCTTTCGAAAGCCTTATTACTT
*
1495 ACTC
504 GCTC
*** * ** * * * * * *
1499 TAAACAATTTTACAATTTCAA-AATTGATTATAAGTTTAATTTTTATAAAAATTTTTGGTTAAAA
1 TAAATGGTTTTATAAGCT-AATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTT-T-TACATTTATAGTTAAAA
* * * * * *
1563 CAGATTATAATTAAATGTTTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC-TGAAAAAG
63 CAGACTATAATGAAA-ATTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAG-AAAAG
** * **
1627 TCCATTTATAGTCACTTATTCTTTCAAAAGCCTTATCACTCTTTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
126 TCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCA
* * *
1692 TAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTCATTAAAATAAACTATAATTGAATGTCTGCA
191 TAATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTTTT-ATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGCC
* * *
1757 TCAGGAAACGTGAAGAAAAAGACATTCATTTG-CAATAAAAGTCCACTTATAGTTTCCTGTTCCT
254 T-AGGAAACGTGAAGAAAAAG-CATTCAATTGACAA-AAAAGTCCACTTATAG-TCCCTATTCCT
* ** *
1821 TCAAAAGCCTTATT-ACGCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTTATTTTAAGTTGAATTT
315 TTAAAAGCCTTATTAATTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTT
* * *
1885 TTTAAAAAGTTTTAG-TTAAAAAAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACTTGAAGCGAAA
380 TTT-AAAATTTTTAGTTTAAAAAGA-CTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCGAAA
* * * * * * *
1949 GCCACCCATTGACACAAAAGTCGATTTATAGTAACTTAAGCCTTCGAAAGCCTAATTACTTGCTC
443 GCCATCCATTGGCAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTC
* *
2014 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAATTTTTTTTTACATTTATAGTTAAAATA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAA-ATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACA
* * ** * ** * *
2079 GACTATAATTAAAAGTCTACCTTAAGAAACGAAAAAAAAAAAACACATTTATTGATAAGAAAAGT
65 GACTATAATGAAAA-TTTACCTTAAGAAACG--TGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGT
* * * *
2144 CCACTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATAGTTTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * * * * * * *
2209 AATTGATTTTAAGTTGAATATCTTTACCTTTCTCT-TTAAAACAAATTATAAATAAATGCCTGCC
192 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACATTT-T-TATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGCC
** * * * *
2273 TCAAAAAATGTGAAGAAAAATGAATTC-ATT-ATTCAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCCTATTCT
254 T-AGGAAACGTGAAGAAAAA-GCATTCAATTGA--CAAAAAAGTCCACTTATAGTC-CCTATTCC
** * *
2336 TTTAAAAGCCTTCGTACTT-ACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTCAAGTTGAATT
314 TTTAAAAGCCTTATTAATTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAA-T
* * * * *
2400 TTTTTAAAATTTTTAGTTAAAAAAGGCTATAATTCAATGTTTACCTTAGGGAACGTGAAGCGAAA
378 TTTTTAAAATTTTTAGTTTAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCGAAA
* * * *
2465 GTCATCCATTGGCACAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGACTTATTATTTGCT
443 GCCATCCATTGGCA-AAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCT
2530 C
507 C
* * * **
2531 TAAATTGTTTTATAAGCTAAAAATTGATTTTGAGTTAAACATTTTTACATTTATAGTTAAAACAG
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAG
* * *
2596 ACTATAAATGAAAATTTACCTTGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCAATGACAAGAACAGTCCA
66 ACTAT-AATGAAAATTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCA
* * * * *
2661 TTTATAGTCACCCATTCCTTCGAAAGCCGTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATTATCTCAAAAT
130 TTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
* *
2726 TGATTTTAAGTTACTTTTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAAAAGACTATAATTGAATGTCTGCCTT
195 TGATTTTAAGTTA--ATTTTTTTACATTTTTA-TTAAAAAAA-ACTATAATTGAATGTCTGCCTA
** * **
2791 GGAGAACGTGAAGTGAAAGC-TATCAATTGACACAAAAAGTCCACATATAG-CCACTCAAGCCTT
256 GGA-AACGTGAAGAAAAAGCAT-TCAATTGACA-AAAAAGTCCACTTATAGTCC-CT-ATTCCTT
* * ** * *
2854 TAGAAGCCTT-TTAATTCGCTTTAAATAGTTTTATAAACT-AATAATTGATTTTAAGTTAAAATT
316 TAAAAGCCTTATTAATTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAA-AATTAATTTTAAGTT-GAATT
* * * * * ***
2917 TTCTTATAATTTTTAGTTTAAACAGACTATAATTGAACGTCTACCTTAAGAAACATGATAAAAAA
379 TT-TTAAAATTTTTAGTTTAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGA-AGCGAA
* * * * ** * ***
2982 AG-CATTCATCGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCTCTCATTCTTTCAAAAGCCTTATTACTCAT
442 AGCCATCCATTGGCAA-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGC
*
3046 TT
506 TC
** * * * * *
3048 TAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTTTACGTTTTTCA-TTAAAACA
1 TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTAT-AGTTAAAACA
* * ** * ** * *
3112 TG-CAAGAATTGAATGTTCACCTTGGGAAACGTGTAGAAAAAGCCATTCATTTGA-AAGAAAAGT
65 -GACTATAA-TGAAAATTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TTGACAAGAAAAGT
* * *** * * * *
3175 CTATTTATGGTCTTTCATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATAATCTCAT
127 CCATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
* * *
3240 AATTGATTTTAGGTTAAATGTTTTTACATCCTTTATTAA
192 AATTGATTTTAAGTT-AATTTTTTTACAT-TTTTATTAA
3279 GACAGACTAT
Statistics
Matches: 1430, Mismatches: 286, Indels: 124
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
511 7 0.00
512 27 0.02
513 24 0.02
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515 149 0.10
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517 365 0.26
518 12 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (507 bp):
TAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAG
ACTATAATGAAAATTTACCTTAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAT
TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
GATTTTAAGTTAATTTTTTTACATTTTTATTAAAAAAAACTATAATTGAATGTCTGCCTAGGAAA
CGTGAAGAAAAAGCATTCAATTGACAAAAAAGTCCACTTATAGTCCCTATTCCTTTAAAAGCCTT
ATTAATTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTAATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTT
TAGTTTAAAAAGACTATAATTGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCGAAAGCCATCCATTGGC
AAAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTCGAAAGCCTTATTACTTGCTC
Found at i:4343 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 3998--4650 Score: 611
Period size: 172 Copynumber: 3.8 Consensus size: 170
3988 NNNNNNNNNN
*** * * * * *
3998 ATAAATGGACTTTTTCAGTCAATGAATGCTTTTTTCT-TCACGTTTCTCGAGGTAGACCTTTAAT
1 ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATGC-TTTTTCTAT-AAGTTTCTCGAAGTAGACATTCAAT
* * * * * *
4062 TATAATCTGTTTTAACTAAAAAATTTTAAAAAATTAAACTTATAATCAATTTTGAAATTGTAAAA
64 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAAA-TATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * * * *
4127 TTGTTTAGAGTGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGT-GACT
128 TCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-TAGACT
* *
4170 ATAAATAGACTTTTTTTTTAAATGAATAG-TGTTTTCTATAAGTTTCTTGAAGTAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAAT-GCT-TTTTCTATAAGTTTCTCGAAGTAGACATTCAAT
* * * *
4234 TATAGTCTGTCTTAAC-AAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
64 TATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
*
4298 TCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAGACT
128 TCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAGACT
* * * * * * *
4341 ATAAATGGAATTTTTTTTATAAATGAATGGCTTTTTTTACACGTTTC-CCAAGACAAACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTTTTT-TAAATGAAT-GCTTTTTCTATAAGTTTCTCGAAG-TAGACATTCAA
* * * * *
4405 TTCTAGCCTGTTTTAAC-AAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * * * *
4469 ACCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
127 ATCATTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAGACT
* * * *
4513 ATAAATGGACTTTTCTTGTT-GATGAATGCTTTTT-TCATCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTT-TTTTTAAATGAATGCTTTTTCT-AT-AAGTTTCTCGAAGTAGACATTCAA
* * * * * * * *
4576 TTATAGACTATTTAAACTAAAAAATATTAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATTAGTTTATAAAA
63 TTATAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
4641 TCATTTAAAG
128 TCATTTAAAG
4651 CGAATTAAAA
Statistics
Matches: 393, Mismatches: 74, Indels: 29
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 16 0.04
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ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (170 bp):
ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATGCTTTTTCTATAAGTTTCTCGAAGTAGACATTCAATTA
TAGTCTGTTTTAACTAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCA
TTTAAAGTGAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAGACT
Found at i:4665 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 3998--4830 Score: 637
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
3988 NNNNNNNNNN
*** * * * *
3998 ATAAATGGACTTTTTCAGTCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACCTTTAAT
1 ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATAGCTTTTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * * *
4062 TATA-ATCTGTTTTAACTAAAAAATTTTAAAAAATTAAACTTATAATCAATTTTGAAATTGTAAA
66 TATAGA-CTGTTTTAAC-AAAAAA-TATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
** * * * ** * *
4126 ATTGTTTAGAGTGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACT
128 ATCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
* * * * *
4170 ATAAATAGACTTTTTTTTTAAATGAATAG-TGTTTTCTAT-AAGTTTCTTGAAGTAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATAGCTTTTTTC-ATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * * * *
4233 TTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATATAAAAACATTTAACCTAAAATTAATTATGAGATTATAAAA
65 TTATAGACTGTTTTAACAAAAAATATAAAAA-ATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** * *
4298 TCATTTAAAGTAAGCAATAAGGCTTTTGAAGGAATGATAGACT
129 TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
* * * * * ** *
4341 ATAAATGGAATTTTTTTTATAAATGAATGGCTTTTTTTA-CACGTTTCCCAAGACAAACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTTTTTT-TAAATGAATAGCTTTTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * * * *
4405 TTCTAGCCTGTTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAA
65 TTATAGACTGTTTTAACAAAAAATAT-AAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
4470 CCATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
129 TCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
* * *
4513 ATAAATGGACTTTTCTTGTT-GATGAAT-GCTTTTTTCATCATGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
1 ATAAATGGACTTTT-TTTTTAAATGAATAGCTTTTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAA
* * * * * * *
4576 TTATAGACTATTTAAACTAAAAAATATTAAAAATTCAACTTAAAATCTATTATTAGTTTATAAAA
65 TTATAGACTGTTTTAAC-AAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
** ** * *
4641 TCATTTAAAGCGAATTAA-AAGGC-TTCTGAAGGGTTGAGTGGCT
129 TCATTTAAAGCG-AGCAATAAGGCTTTC-GAAGGAATGAGAGACT
* ** *** * * * * * * ** *
4684 ATAAGTGGACTTTTCGTACCAATGGATAAC-TTTTGCTTCACATTCCTAAAGGCAGACATTCAAT
1 ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATAGCTTTTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
* * * * * * *
4748 TATAGCCTTTTTCTAACCAAAAATGTAAAACA--AAGCATTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAA
66 TATAGACTGTTT-TAACAAAAAATATAAAAAATTAAAC-TTAAAATCAATTATGAGATTATAAAA
* * *
4811 ACATTTAAAGTGAGTAATAA
129 TCATTTAAAGCGAGCAATAA
4831 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 523, Mismatches: 120, Indels: 38
0.77 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 6 0.01
170 53 0.10
171 244 0.47
172 205 0.39
173 15 0.03
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATAAATGGACTTTTTTTTTAAATGAATAGCTTTTTTCATCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAAT
TATAGACTGTTTTAACAAAAAATATAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATC
ATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGAATGAGAGACT
Found at i:5743 original size:170 final size:172
Alignment explanation
Indices: 5440--5804 Score: 424
Period size: 170 Copynumber: 2.1 Consensus size: 172
5430 NNNNNNNNNN
* ** **
5440 ATGAGATTATAAAACCATTTCAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGGTTATAAATAG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* *
5505 ACTTTTTTTTCAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTCTAGCCTG
66 ACTTTTTTGTCAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGCCTG
**
5570 TTTAAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
131 TTTAAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* *
5611 ATGAGATTA-CAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGG
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
* * * *
5675 A-TTTCTCTTGTC-GATGAATG-CTTTTT-TCATCATGTTT-CT-CGAG-ATAGACGTTCAATTA
66 ACTTT-T-TTGTCAAATGAATGACTTTTTCT-A-CACGTTTCCTAAG-GCA-AG-CATTCAATTA
* *
5733 TAGTCTGTTTAAACCAAAAAATGTAAACAAATTCAACTTAAAATCAATT
124 TAGCCTGTTTAAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
* * *
5782 ATTAGTTTATAAAATCATTTAAA
1 ATGAGATTATAAAACCATTTAAA
5805 GTGAATTAGA
Statistics
Matches: 164, Mismatches: 21, Indels: 17
0.81 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.02
169 15 0.09
170 83 0.51
171 52 0.32
172 11 0.07
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (172 bp):
ATGAGATTATAAAACCATTTAAACCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATAG
ACTTTTTTGTCAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGCCTG
TTTAAACCAAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATT
Found at i:7231 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 6256--7906 Score: 891
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 168
6246 CTGTTCTTGT
* *
6256 CAATGAATGCTTTTTTTCTTCACGTTT-CTCAAGG-TAG-ATTTTCAATTATAGTCTGTTTTAAC
1 CAATGAATGC--TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAGCA--TTCAATTATAGTCT-ATTTAAC
* * * * * *
6318 -AATAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTTTTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCA-AGT
60 TAA-AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGT
* ** * * *
6381 AATAAGGCTTTCGACA-GCTTAAGCGACTAAAAATGGACTTTTTGTG
123 AATAAGGCTTTTGA-AGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* ** * * * * * * *
6427 TCAATGGATGGCTTTCGCTTCATGTTCCCTAAAGAAAACATTCAATTATAGACTTTTTTAACTAA
1 -CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTC-TATTTAACTAA
* * * ** *
6492 AAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACCATTTAAAGTCAGTACTA
63 AAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATA
* * * *
6557 AGGCTTTTAAAAGAATAGGAGACTATAAATGGACTTTTTTTG
127 AGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * * * *
6599 ATAATGAATTCATTTTTCTTCACGTTTCTTGAGGCAGGCATTC----AT--T-TA--T-A-GAAA
1 -CAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTAACTAAA
* * *
6653 AATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAG
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAG
* ** * *
6718 GCTTTTGAAAGAATGGGTGA-TTTCAAGTGGACTTTTCTTAT-
129 GCTTTTGAAGGAATAAGTGACTAT-AAATGGACTTTT-TT-TG
* * * * * * * *
6759 CAATAAATG-TTTTTTTTAGACGTTT-CTCGAGCCAAACTTTCAATTATAGTCTATTTTAACTAT
1 CAATGAATGCTTTTTCTT-CACGTTTCCT-AAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTA-TTTAACTAA
* * * * * * *
6822 AAATCTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGCTTATCAAACCATTTAGAGCA-AGTAATT
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAATA
* ** * **
6886 AGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATCGAC-TTTCGTG
127 AGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * * ** * * *
6927 TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGATAAGCATTTAATTATAGCCTTTTTTAACTAA
1 -CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTC-TATTTAACTAA
* * * * * * *
6992 AAATTTTAGAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGCA-TAAT
63 AAA-TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAG-AGTAAT
* * * *
7056 AAGGCTTTTGAAGGAACAAGAGATTATAAGTGGACTTTTTTTG
126 AAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * *
7099 CAAATGAATGCCTTTTTCTTCACATTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTTTGTTTCAACGAA
1 C-AATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTT-AACTAA
* *
7164 AAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAA
63 AAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAA
* * *
7229 GGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTCTG
128 GGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * * * *
7270 TCAATGAATGCTTTTTTTTCACATTT-CTCGAGG-TAGACATTTAATTATAATCTATTTTAACTA
1 -CAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAG-CATTCAATTATAGTCTA-TTTAACTA
* * * * * * *** * * * *
7333 AAAAGTTTTAAAACAATTGAACTTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGTGGGCAA
62 AAAA--TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAA
* * ** * *
7398 TAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTT
125 TAAGGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * * * * ** * *
7442 CAAATGAATGGTGTTTTCTAT-ATGTTTCTTGAGACAGGCATTGTATTATAGTCTGTCTTAACAA
1 C-AATGAATGCT-TTTTCT-TCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTAT-TTAACTA
* * * **
7506 AAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATTATTTAAAGTA-AGTAAT
62 AAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG-AGAGTAAT
** * *
7570 GCGGCTTTTGAAGGAATGAA-AGACTATAAATGGACTTTTTTTTTAT
126 AAGGCTTTTGAAGGAAT-AAGTGACTATAAATGGAC--TTTTTTT-G
* * * * * * ***********
7616 AAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCAAGGCAAGCATTCAATTCTAGCCTGNNNNNNNNNNN
1 CAATGAAT-GCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCT-ATTTAACTAAA
******* * * * *
7681 NNNNNNNAAAAATTGAGCTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACTATTT-AAGACGAGTAATAA
64 AATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGA-GAGTAATAA
* * * *
7745 GGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATGTACTTTTCTTG
128 GGCTTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
* * * * * * * *
7786 TCGATGAATGCTTTTTTCATCATGTTT-TTCAAGGTAA-AAGTTCAATTATAGACTGTTTAAACC
1 -CAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCT-AAGGCAAGCA-TTCAATTATAGTCTATTT-AA-C
* * * * * * *
7849 AAAAAATATAAAAAAATTCAACTCAAAATCAGTTATTAGTTTATAAAACTATTTAAAG
60 TAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
7907 CGNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1110, Mismatches: 296, Indels: 145
0.72 0.19 0.09
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (168 bp):
CAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCCTAAGGCAAGCATTCAATTATAGTCTATTTAACTAAAAA
TGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
TTTTGAAGGAATAAGTGACTATAAATGGACTTTTTTTG
Found at i:7525 original size:343 final size:342
Alignment explanation
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Period size: 343 Copynumber: 2.4 Consensus size: 342
6787 GAGCCAAACT
* * * * * * *
6797 TTCAATTATAGTCTATTTTAACTATAAATCTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAATTATTAGCTTA
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* * * * ** *
6862 TCAAACCATTTAGAGCAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTGACTATAAATCGAC--TTTCG
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* * *
6925 TGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGATAAGCATTTAATTATAGCCTTTTTTAACT
129 TGTCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGATAAGCATTTAATTATAACCTATTTTAACT
*
6990 AAAAATTTTAGAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGCATAA
194 AAAAATTTTAGAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGCACAA
* * * *
7055 TAAGGCTTTTGAAGGAACAAGAGATTATAAGTGGACTTTTTTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTC
259 TAAGGCTTTTAAAGGAACAAGAGACTATAAATAGACTTTTTTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTC
*
7120 ACATTTCCTAAGGCAAGCA
324 ACATTTCCTAAGACAAGCA
* *
7139 TTCAATTATAGTTTGTTTCAACGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGTTT-AACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
*
7204 TAAAACCATTTAAAG-AGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGAACTTTTTC
65 TAAAACCATTTAAAGCA-AGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATG-ACTTTTTC
** * * * *
7268 -TGTCAATGAAT-GCTTTTTTTTCACAT-TTCTC-GAGGT-AGACATTTAATTATAATCTATTTT
128 GTGTCAATGAATGGCTTTTGCTT--CATGTTCCCTAAGATAAG-CATTTAATTATAACCTATTTT
* * * * * * * *
7328 AACTAAAAAGTTTTA-AAACAATTGAACTTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGT
190 AACTAAAAA-TTTTAGAAA-AAGTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGT
** * *** * * *
7392 GGGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATG-GTGT
253 GCACAATAAGGCTTTTAAAGGAACAAGAGACTATAAATAGACTTTTTTTGCAAATGAATGCCT-T
** * * *
7456 TTTCTAT-ATGTTTCTTGAGACAGGCA
317 TTTCT-TCACATTTCCTAAGACAAGCA
** * *
7482 TTGTATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTA
1 TTCAATTATAGTCTGT-TTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
** * ** **
7547 TAAAATTATTTAAAGTAAGTAATGCGGCTTTTGAAGGAATGAAAGACTATAAATGGACTTTTT
65 TAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAAT-GACTTTTT
7610 TTTTATAAAT
Statistics
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0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.15, T:0.37
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TTCAATTATAGTCTGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTAT
AAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGTGACTATAAATGACTTTTTCGTG
TCAATGAATGGCTTTTGCTTCATGTTCCCTAAGATAAGCATTTAATTATAACCTATTTTAACTAA
AAATTTTAGAAAAAGTCAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGCACAATA
AGGCTTTTAAAGGAACAAGAGACTATAAATAGACTTTTTTTGCAAATGAATGCCTTTTTCTTCAC
ATTTCCTAAGACAAGCA
Found at i:8612 original size:173 final size:170
Alignment explanation
Indices: 8144--9167 Score: 807
Period size: 171 Copynumber: 5.9 Consensus size: 170
8134 CACATTCCCT
* * * * * * *
8144 AAGGTAAGCATTCAATTGTAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAAAAAAGTCAACTTAAAATCAA
1 AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA-TGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAA
* * ** * *
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* **
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** * * *
8315 TAAGACAGGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAA-TGAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAGATCA
1 -AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT-AAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * *
8379 ATTATGACATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAGCAAT-AGGTGACTATAA
64 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGA-GAGACTATAA
*
8443 ATGGACTCTTTCTGTCAATGAATGCTTTTTTCTTCACATTTCTC
128 ATGGACTCTTTCT-TCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTC
* * * * * * *
8487 GAGGTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATTTTTAAAAAAATTGAACTTATAATCA
1 AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAA--TGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
8552 ATTTTGAGATTGTAAAATTATTTAGAGTGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAGTGACTATAAA
64 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
** * * * * *
8617 TACACAT-TTTTTTCAAATGAAAGGTGTTTTC-T-ATATTTTTC
129 TGGAC-TCTTTCTTC-AATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTC
** * * * * *
8658 CTGAGTCAGGCATTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCA
1 AAG-GT-AGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * * * * *
8723 ATTATAAGATTATAAAATTATTTAAAGTAAATAATACGGCCTTTGAAGGAATAAGAGACTATAAA
64 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * * * *
8788 TAGACTTTTTTTTTATAAATGAATGGC-TTTTTC-T-ATATGTTTTCC
129 TGGAC--TCTTTCT-TCAATGAAT-GCTTTTTTCTTCATAT-TTCT-C
* * * * * *
8833 AAGGCAAGCATTCAATTCTAGCCTGTTTTAACAAAAAAAATATAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
1 AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC--TAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCA
* * * * *
8898 ATTGTGAGACTACAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
64 ATTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAA
* * * *
8963 TGGAC-CTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCCC
129 TGGACTCTTTCTT--CAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTC
** * * * * *
9006 AAAATAGGCATTCAATTATAATTTGTTTGAATTAAAAATGTAAGAAAAATTAAACTTAAAATTAA
1 AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAA-AAAAATTAAACTTAAAATCAA
* * * * *
9071 TTTTGAGATAATAAAATTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCGAGGGAATGGGTA-ACTATAAA
65 TTTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAG-AGACTATAAA
*
9135 TGGACT-TTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT
129 TGGACTCTTTCTT--CAATGAATGCTTTTTTCTT
9168 TACNNNNNNN
Statistics
Matches: 679, Mismatches: 143, Indels: 60
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 229 0.34
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174 11 0.02
175 89 0.13
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (170 bp):
AAGGTAGGCATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAAATCAAT
TTTGAGATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGAGAGACTATAAATG
GACTCTTTCTTCAATGAATGCTTTTTTCTTCATATTTCTC
Found at i:9878 original size:172 final size:169
Alignment explanation
Indices: 9459--9920 Score: 423
Period size: 172 Copynumber: 2.7 Consensus size: 169
9449 ACGACTTTTG
* * * * ** * *
9459 AAGGAATAAGAGACTATAAAT-AAACTTTTTTCATAAATGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCCA
1 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTT-ACCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCCCA
** * ** * **
9523 AAGCA-AGCATTCAATTCTAGCCTGTTTTAA-CAAAAAAATATA-AAAAATTAAACTTAAAATTA
65 AAATACA-CATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTA-ACAAAAATTAAACTTAAAATTA
* * *
9585 ATTGTGAGATTACAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTT
128 ATTGTGAGATAACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
* *
9627 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGCCTTTTTCTACATGTTTCCCAA
1 AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCCCAA
** **
9692 AATAGGCATTCAATTATAATCTGTTTGAATTAAAAATGTAACAAAAATTAAACTTAAAATTAATT
66 AATACACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAACAAAAATTAAACTTAAAATTAATT
* * * *
9757 TTGAGATAATAAAATTATTTAAAGTGAGTAACAAGGCTTT
131 GTGAGATAACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGC-TT
* * * ** *
9797 CGAGCGAATGGGTA-ACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTTACGTTTCT
1 -AAG-GAATGAG-AGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCC
**** * * * * *
9861 CGGGGTACACTTTCAATTATAGTCTGTTTTAACCACAAATGTAAC-AAAATTCAACTTAAA
63 CAAAATACACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAACAAAAATTAAACTTAAA
9921 TTCAATTATT
Statistics
Matches: 240, Mismatches: 46, Indels: 13
0.80 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 71 0.30
169 67 0.28
170 2 0.01
171 16 0.07
172 83 0.35
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (169 bp):
AAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTACCAATGAATGCCTTTTTCTACACGTTTCCCAA
AATACACATTCAATTATAATCTGTTTGAACCAAAAATGTAACAAAAATTAAACTTAAAATTAATT
GTGAGATAACAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAGGCTT
Found at i:13588 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 13411--13747 Score: 424
Period size: 171 Copynumber: 2.0 Consensus size: 172
13401 AAAGTGAGTA
* ** * *
13411 ATAAGGCTTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTTTTGCCAATGAATGCCTTTTGCTT
1 ATAAGGCCTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGACTTTTGCTT
* * * * * * * *
13476 CATGTTTCCTGAGGCAGGCATTCAATTATAATTTTTTTTAACGAAAAATA-TAAAAAAATTTAAC
66 CACGTTGCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATTAAAAAAATTGAAC
*
13540 TTAAAATTAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTG
131 TTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTG
** * * * *
13582 ATAAGGCCTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATGAACTTTTCCTATCAATGAATGACTTTTTCTT
1 ATAAGGCCTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGACTTTTGCTT
* * *
13647 CACGTTGCTTGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATTTAAAAAATTGAAC
66 CACGTTGCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATTAAAAAAATTGAAC
* * * *
13712 TTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAACCGTTTAAAG
131 TTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAG
13748 TGGNNNNNNN
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 27, Indels: 1
0.83 0.16 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 95 0.69
172 43 0.31
ACGTcount: A:0.39, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (172 bp):
ATAAGGCCTTTGAAAAAATAGGAGACTATAAATGAACTTTTCCTACCAATGAATGACTTTTGCTT
CACGTTGCCTGAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACAAAAAAAATTAAAAAAATTGAAC
TTAAAATCAATTATAAGATTGTAAAACCATTTAAAGCAAGTG
Found at i:14370 original size:171 final size:162
Alignment explanation
Indices: 14125--14443 Score: 313
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 162
14115 GCTTTTGAAG
* **
14125 GAATAAGAGACCATAAATGGACTTTTCTTCCAATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCATTGGC
1 GAATAAGAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCAATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCAGAGGC
* * * * *
14190 AAGCATTCAATTCTAGCCTGTTTTAA-TGAAAAACGTAAACAAATTGAACTTAAAATCAATTATA
66 AAGCATTCAATTATAGCCTGTTTAAACTAAAAAACATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATA
14254 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATNNNNNNNNNNAAA
131 AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT----------AAA
* * * * *
14296 GAATGAGAGACTATAAATAGACTTTTCTTGCCAA-TGAAT-GCTTGTTTTTTCATGTTTCTAGAG
1 GAATAAGAGACCATAAATAGACTTTTCTT-CCAATTGAATGGCTT-TTTCTACATGTTTCCAGAG
* * * *
14359 G-TAGACATTCAATTATAGTCTGTTTAAACTAAAAAATATAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATT
64 GCAAG-CATTCAATTATAGCCTGTTTAAACTAAAAAACATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATT
* * *
14423 ATTAGTTTATAAAACCATTTA
128 ATAAGATTACAAAACCATTTA
14444 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 20, Indels: 7
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 6 0.05
171 66 0.53
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (162 bp):
GAATAAGAGACCATAAATAGACTTTTCTTCCAATTGAATGGCTTTTTCTACATGTTTCCAGAGGC
AAGCATTCAATTATAGCCTGTTTAAACTAAAAAACATAAAAAAATTGAACTTAAAATCAATTATA
AGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAA
Found at i:16726 original size:171 final size:172
Alignment explanation
Indices: 16327--17390 Score: 835
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 172
16317 CAAAAAAAAT
*
16327 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTTAA-AAGGC-T
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG-TAATAAGGCTT
** * * * * * * **
16389 TCTGAAGGCTTGAGTGGCTGTAAGTGGACTTTTCGTACCAATGGATAACTTTCGCTT--CACG-T
64 TC-GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTAACACGTT
* * * * * *
16451 TCCCAAAGGCAGACATTCAATTATAGTCTTTTTTTTAACCAAAAATGTA
127 TCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAATC--TGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * *
16500 AAACAAA-GCAATTTTAAATAAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAATGCTTT
1 AAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * *
16564 TAAAGAAATGGGTGACTATAAATGTACTTTTCTTACCAATAAATGTCTTTTTCTTAAC-CG-TTC
65 CGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTAACACGTTTC
*
16627 TCGAGGTAGACATTCAACTATAATCTGTTTTAA-TAGAAAATGTA
129 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTA-AAAATGTA
*
16671 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTTAAGCGAGTAATAAGGCTTT-
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
* * * * *
16735 GAAGGAATGAGAGACTATAAATGGACCTTTCTTCCCAATGAATGGCTTTTTC-T-ACATGTTTTT
66 GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTAACACGTTTCT
* * * * * *
16798 CGAGATAAACATTCAATTATAATCTGCTTGAATTAAAAATATA
130 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * *
16841 AGAAAAATTAAAGTTAAAATCAATTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTT
1 A-AAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
* * * * * *
16906 CGTAGGAATGGGTAACTATAAATGCACTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTT--TACGTTTC
65 CGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATG-CTTTTTCTTAACACGTTTC
* * * * *
16969 TCGAGGTAGACTTTTAATTATAGTCTGTTTTAACCATAAATGTA
129 TCGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
* * * * * *
17013 AAACAATTCAACTTAAATTCAATTATT-AGCTTATAAAACTATTTAGAGCAAGTAATAAGGCTTT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTT
** * * * * *
17077 CGAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGATTTTTCTTGCCAATGAATGCTTTTT-TTATCATGTTTCT
65 CGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTAACACGTTTCT
* * * * * *
17141 CAAGGTAGACGTTTAGTTATAGTCTGTTTAAACTAAAAAATGTAA
130 CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACT-AAAAATGT-A
* * * * * *
17186 AAAAAATT-AACTTAAAATCAATTATT-AGTTTATAAAATCACTTAAAGCGAATTAGAAGGCTTA
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATT-TTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT-
* ** * * * * * * ** **
17249 T-AAAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGGACTTTCCATGCCAATGGATAGCTTTCGCTT--TGCGTTT
64 TCGAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAAT-GCTTTTTCTTAACACGTTT
* * * ** * *
17311 -TCCAAAGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACCAAAAATGTAAA
128 CT-CGAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGT--A
*
17358 AAAAAAGT-AACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
1 AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTAT
17391 NNNNNNNNNN
Statistics
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AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTC
GAAGGAATGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTACCAATGAATGCTTTTTCTTAACACGTTTCTC
GAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACTAAAAATGTA
Found at i:21911 original size:173 final size:173
Alignment explanation
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Period size: 173 Copynumber: 2.3 Consensus size: 173
21574 GAAAACATAT
* * * ** *
21584 AGAAAAAGGCATTCATTGGGAAAAAAGGTCCATTTATAATCTCACATTCCTTCAAAAGTCTTATC
1 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATC
* * * * * * *
21649 ACTAGCTTTAAATGGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTAGAATTTTCATTTACATTTTTC
66 ACCAGCTTGAAATGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTAGAATTTTCATTAAAATTTTTC
* *
21714 ATTAAAACAAACTATAAATGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGA
131 ATCAAAACAAACTAGAAATGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGA
* * *
21757 AGAAAAAGGCTTTCATTGGCAAAAAAAATCGATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATT
1 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTA-T
* * *
21822 GC-CCA-CTTGAAATGATTTTAT-AACGTCAAAATTAATTTTAGGTTGAATTTTTA-TAAAATTT
65 -CACCAGCTTGAAATGATTTTATAAAC-TCAAAATTAATTTTAAGTAGAATTTTCATTAAAATTT
** * * * * *
21883 TTGGTCAAAA-AAAGGCTAGAATTGAATGTTTTCCTGAGGGAACGTGA
128 TTCATCAAAACAAA--CTAGAAATGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGA
* * * * *
21930 AGCAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTA
1 AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTA
21976 AGCCNNNNNN
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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175 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (173 bp):
AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTCAAAAGCCTTATC
ACCAGCTTGAAATGATTTTATAAACTCAAAATTAATTTTAAGTAGAATTTTCATTAAAATTTTTC
ATCAAAACAAACTAGAAATGAATGTCTGCCTCAGGAAACGTGA
Found at i:24745 original size:173 final size:168
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Period size: 171 Copynumber: 5.2 Consensus size: 168
23874 NNNNNTAGGA
* * * * *
23884 TACTATAAATGCACTTTTT-T-TGAAACTGAATTCATTTTTCTTCATGTTTTCTAAGGCA-AGCA
1 TACTATAAATGGACTTTTTCTAT-CAA-TGAATGCATTTTTCTTCATGTTCT-TGAGGCAGA-CA
* * * * ** * * * *
23946 TTCATTTATAATTTGTTTTAA-TGAAAACTATAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATT
62 TTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTTTGAGATT
* *
24010 ATAAAACCATTTAAAGCGAG---T--GGCTTTTGAAA-GAATGGG
126 -TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGAATGAG
* * * * *** *
24049 TGACTATAAGTTGAC-TTTTCTTATCAATGAATGCCTTTTTCTTCACAT-TTCTCGATATAGACT
1 T-ACTATAAATGGACTTTTTC-TATCAATGAATGCATTTTTCTT--CATGTTCTTGAGGCAGACA
* * * * * *
24112 TTCAATTATAGTCTGTTTTAATC-ATAAATGTAAAAAAAATT-AGCTTAAAATCAATTATT-AGC
62 TTCAATTATAGTCTATTTTAA-CAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATT-TTGAGA
* * * * ** ** *
24174 TTACAAAACTATTTAAAGTAAGTAATTAGGCTTTCGAAGGCTTAAG
124 TT-TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG
* ** ** * *
24220 TGACTATAAATTGAC--TTTCGTGCCAAT-AGATGGC-TTTCACTTCATGTTCCTTAAGGCAAAC
1 T-ACTATAAATGGACTTTTTC-TATCAATGA-AT-GCATTTTTCTTCATGTT-CTTGAGGCAGAC
* * * ** *
24281 ATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAAATTTTAAGCAAATTCAACTTCAAATCAATTTTGACAT
61 ATTCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTTTGAGAT
* * * *
24346 TAAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGGTTTTGAAAGAACAAGAG
125 TTAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTT-AAAGGA-ATGAG
* * * * * *
24392 -ACTATAAATGGATTTTTTTTACCAATGAATGCCTTTTTCTTCATGTTTTCTGAGGCAGGCATTC
1 TACTATAAATGGACTTTTTCTATCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTCT-TGAGGCAGACATTC
* * * * * * * *
24456 AATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAA-TGTAAAAATATTTAACTTAAAATCAGTTATGAGATTATA
65 AATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTT-AAATCAATTTTGAGATT-TA
* * **
24520 AAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTCGAAGGAATG-G
128 AAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG
* * *
24560 ATGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTGCTTGAGGTAGACTT
1 -T-ACTATAAATGGACTTTTTCTATCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTT-CTTGAGGCAGACAT
* * *
24625 TCAATTATAATCTATTCTAACAAAAAATTTTAAAAAAAATTGAACTTATAATCAATTTTGAGATT
63 TCAATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTT-AAAAAAATTCAACTTA-AATCAATTTTGAGATT
* * * *
24690 GTAAAATCATTTAAAGTGGGCAATAAGGCTTTTAAAGGTATGAG
126 -TAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG
*
24734 TCACTATAAATGGAC-TTTTCTTTCAAATGAATG
1 T-ACTATAAATGGACTTTTTCTATC-AATGAATG
24767 ACGTTTTTTA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.36, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TACTATAAATGGACTTTTTCTATCAATGAATGCATTTTTCTTCATGTTCTTGAGGCAGACATTCA
ATTATAGTCTATTTTAACAAAAAATTTTAAAAAAATTCAACTTAAATCAATTTTGAGATTTAAAA
CCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAG
Found at i:27448 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27163--29544 Score: 1846
Period size: 172 Copynumber: 13.9 Consensus size: 171
27153 NNNNNNAGAT
* * *
27163 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGAC-AGAAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAG-AAAAGTCCAT
* * * * * * **
27227 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTTTT
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
27292 TATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAAAC
130 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * *
27334 TATAATTGAATGCCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
27399 TATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATA
66 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* **
27464 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAA-AAGGT
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAACAA-AC
* * * * * * * * **
27506 TATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACGTAAAG-AGAAGGCCATCCATTGGC-ACAAAAGTTGAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** * ** * * * *
27569 TTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTATAATTACTTACTCTAAATAGTTTTATAAGT-T-AGTAA
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAA-TCTCA-TAA
* * *
27632 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGAC
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* ** * * *
27676 TATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
27741 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
66 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * *
27805 ATTTTAAGTTGAATTTCTTAATATTTTTCA-TTAAAACAAAT
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAAC
* ** * * ** *
27846 TATAAATGAATGTCTGTCTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTATCAAAAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * *
27911 TATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTG
66 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
27976 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTGAAAA-AGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ACATTTTTAGTT-AAAACAAAC
* * * * * * * ** ** * *
28018 CATAATTGAATGTTTATCTTAGGGAACATGAAGCGAAA-GCTACCCATTGACACGAAAAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAT
* ** ** * * *
28082 TTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATA
65 TTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT-
* * * *
28147 T-ATTTTAAGCTGAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * * * * *
28189 TATAATTGAAAGTTTATCTCGAGAAACGAGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * * * * *
28253 TATAGTCA-CTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATTATGTCAAAACT
66 TATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
28317 GATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACA-TTTTAGTT-AAACTAGAT
130 GATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAAC-AAAC
* * * * * *
28359 TATAATTTAATG-CTTATCT-TAGAAAACAT-ATA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGGTCC
1 TATAATTGAATGTC-TACCTCAAG-AAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCC
* * ** ** *
28420 ATTTATTA-TC-TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCAT
63 ATTTA-TAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCAT
*
28483 AATTGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTGCATTTTTCA-TTAAAACAAAC
126 AATTGATTTTAAGTTGAA-TT-TTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAAAC
* * * * * * *
28531 TATAATTGAATGCCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAATCTATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
** * * * * *
28596 TATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGATTTTATAATGTCAAAATTG
66 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * *
28661 ATTTCAAGTTGAATTTTTGTAAAATTTTTGGTTAAAA-AAGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAA-AC
* * * * * * * ** * * *
28703 TAGAATTGAATGTTTTCCTTAGGGAACATGAAGTGAAA-GCGA-TCGATTGTCACGAAAAGTCTA
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTC-ATTGGCAAGAAAAGTCCA
* ** ** * ** * * *
28766 TTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACT-TGTTCTAAATAGTTTTATAAGCTAATAA
64 TTTATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATAA
* * *
28830 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGAC
128 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * * * *
28874 TATAATTGAAAGTCTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * *
28939 TATAGTCA-CTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATT
66 TATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
29003 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAACAAAT
130 GATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* ** * *
29046 TATAATTGAATGCCTGTCTC-AGAAAACAT-ATAGAGAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCC
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAG-AAACGTGA-AGAAAAAGGCATTCATT-GGCAAGAAAAGTCC
* * * * * **
29108 ATTTATAATCTTCC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAATTAATTTTATAATCTCATA
63 ATTTATAGTC-ACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATA
* *
29172 ATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTTAGTTAAAACATAT
127 ATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * ** * * * *
29218 TATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAATGGTTAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* * * ********** * *
29283 TCTAGTCACCCATTCCTTTAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * **
29348 ATTTTAAATTG-CTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA-AGGC
131 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
* * * * * ** * * * *
29387 TATAATTGAATGTCTGCCTTAGGGAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACATGAAAAGTCCACT
1 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
* ** * * * * * * * * *
29452 TATCGTCA-CTCAAGCTTTCAGAAGCCATCA-AATTCGCTTTAAATGGTTTCATAAACTAATAAT
66 TATAGTCACCT-ATTCCTTCAAAAGCC-TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAAT
*
29515 TGATTTTAAGTTGATTTTTTTTACATTTTT
129 TGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT
29545 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1732, Mismatches: 414, Indels: 131
0.76 0.18 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 106 0.06
170 426 0.25
171 491 0.28
172 596 0.34
173 108 0.06
174 4 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATT
TATAGTCACCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAAAC
Found at i:28227 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 27163--29300 Score: 1613
Period size: 512 Copynumber: 4.2 Consensus size: 511
27153 NNNNNNAGAT
* * * *
27163 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATT-GACAGAAAAAGTCTAT
1 TATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGA-AG-AAAAGTCCAT
* * **
27227 TTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTTTT
64 TTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCT-ATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATT
* * * *
27292 TATTTTAAGTTCAATTATTTTACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCAAG
128 GATTTTAAGTTCAATTATCTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAAATGAATGCCTACCTCAAG
* *
27357 AAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
193 AAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
*
27422 ACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA
258 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA
** * * *
27487 ATTTTTAGTTAAAAAAGGTTATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACGTAAAGAGAAGGCCATCCA
323 ATTTTTAGTTAAAAAAGGCCATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATAAAGAGAAAGCCACCCA
* ** * * *
27552 TTGGCACAAAAGTTGATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTATAATTACTTACTCTAAATAGT
388 TTGACACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCATAATTACTTACTCTAAATAGT
* * * * *
27617 TTTATAAGTTAGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGAC
453 TTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGCTGAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
* * *
27676 TATAATTGAAAGTCTACCTTGAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATT
27741 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGA
* * * **
27806 TTTTAAGTTGAATT-TCTTA-ATATTTTTCATTAAAACAAATTATAAATGAATGTCTGTCTCAAG
130 TTTTAAGTTCAATTATCTTACAT-TTTTT-ATTAAAACAAACTATAAATGAATGCCTACCTCAAG
* * * * *
27869 AAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTATCAAAAAAAGTCCATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAA
193 AAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAA
* * * * *
27934 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCAA
258 ACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAA
* * * * * *
27999 ATTTTTGGTTGAAAAAGGCCATAATTGAATGTTTATCTTAGGGAACATGAAGCGAAAGCTACCCA
323 ATTTTTAGTTAAAAAAGGCCATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATAAAGAGAAAGCCACCCA
* * * *
28064 TTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGG
388 TTGACAC-AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCATAATTACTTACTCTAAATAG
28129 TTTTATAAGCTAATAATAT-ATTTTAAGCTGAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
452 TTTTATAAGCTAATAAT-TGATTTTAAGCTGAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
* * * *
28189 TATAATTGAAAGTTTATCTCGAGAAACGAGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAACAGTCCATT
1 TATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATT
* * * ** * * * * *
28253 TATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATTATGTCAAAACTG
65 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTG
* * * * * * * * *
28318 ATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACA--TTTTAGTT-AAACTAGATTATAATTTAATGCTTATCT-T
129 ATTTTAAGTTCA-ATTATCTTACATTTTTTA-TTAAAAC-AAACTATAAATGAATGCCTACCTCA
* * * * * * *
28379 AGAAAACAT-ATA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATTA-TCT-CTCATTCCT
191 AG-AAACGTGA-AGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCACTTA-TAGTCTCCT-ATTCCT
* * ** ** * * * * *
28440 TCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTA
252 TCAAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTT-
*** * * * * * * ** * *
28505 TTTTTGCATTTTTCA-TTAAAACAA-ACTATAATTGAATGCCTT-CCTCAAGAAATGTGAAGAAA
316 TTTTAAAATTTTT-AGTTAAAA-AAGGCCATAATTGAATG-TTTACCTTAGGGAACATAAAGAGA
* ** * * * * * * ** * * * **
28567 AAGGCATTCATAGGCAAAAAAAATCTATTTATAGTC-TTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCC
378 AAGCCACCCATTGAC-ACAAAAGTCCATTTATAGTCACT-TAAACCTTCAAAAGCATAATTACTT
* * * * * *
28631 ACTTTAAAT-GATTTTATAATG-TCAA-AATTGATTTCAAGTTGAA-TTTTTGTAAAATTTTTGG
441 ACTCTAAATAG-TTTTATAA-GCT-AATAATTGATTTTAAGCTGAACTTTTT-T-ACATTTATAG
* *
28692 TTAAAAAAGGC
501 TTAAAACAGAC
* * * * * * * ** * * *
28703 TAGAATTGAATGTTTTCCT-TAGGGAACATGAAGTGAAA-GCGA-TCGATTGTCACGAAAAGTCT
1 TATAATTGAAAGTCTACCTCGA-GAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTC-ATTG-GAAGAAAAGTCC
** ** ** * * * *
28765 ATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTTG-TTCTAAATAGTTTTATAAGCTAATA
62 ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TATCACTCGCTT-TAAATGGTTTTATAATCTCATA
* * * * ** * * * *
28829 ATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTC
125 ATTGATTTTAAGTTCAATTATCTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAAATGAATGCCTACCTC
* * * * * * * * *
28894 TAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTC-ACTCATTCCTTC
190 AAGAAACGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCT-ATTCCTTC
* * * * * * *
28958 AAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTC
254 AAAAACCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTT-
* * ** ** ** * ** *
29023 TT-ACATGTTTAGTTTAAACAAA--TTATAATTGAATGCCTGTCTCAGAAAACATATAGAGAAAG
318 TTAAAATTTTTAG-TTAAA-AAAGGCCATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATAAAGAGAAAG
* ** * * ** * * * **
29085 GCATTCATTAGGA-AGAAAAGTCCATTTATAAT--CTTCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCG
381 CCACCCATT--GACACAAAAGTCCATTTATAGTCACTT--AAACCTTCAAAAGCATAATTACTTA
* * * * * * * *
29147 CTTTAATTAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTTAGTTAAA
442 CTCTAAATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGCTGAACTT-TTTTACATTTATAGTTAAA
* *
29212 ACATAT
506 ACAGAC
* * ** * * *
29218 TATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAATGGTTAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGG-AAGAAAAGTCCATT
*
29283 TCTAGTCACCCATTCCTT
65 TATAGTCACCCATTCCTT
29301 TAAANNNNNN
Statistics
Matches: 1314, Mismatches: 251, Indels: 118
0.78 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
510 2 0.00
511 10 0.01
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513 394 0.30
514 72 0.05
515 293 0.22
516 125 0.10
517 5 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
TATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGAAGAAAAGTCCATTT
ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGAT
TTTAAGTTCAATTATCTTACATTTTTTATTAAAACAAACTATAAATGAATGCCTACCTCAAGAAA
CGTGAAGAAAAAGGAATTCATTAGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCAAAAACC
TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAAATT
TTTAGTTAAAAAAGGCCATAATTGAATGTTTACCTTAGGGAACATAAAGAGAAAGCCACCCATTG
ACACAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTCAAAAGCATAATTACTTACTCTAAATAGTTTT
ATAAGCTAATAATTGATTTTAAGCTGAACTTTTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
Found at i:28639 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 27163--29544 Score: 1786
Period size: 343 Copynumber: 7.0 Consensus size: 343
27153 NNNNNNAGAT
* * * * * *
27163 TATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAGAAAAAGTCTATT
1 TATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
* * * * * * * * *** *
27228 TATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTTTTT
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTG
* * * * * * *
27293 ATTTTAAGTTCAATTATT-TTACATTTTTTGTTAAAACAA-ACTATAATTGAATGCCTACCTCA-
131 ATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTT-AAACAAGACTATAATTGAATGCTTATCTTAG
* * * * * *
27355 AGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTC-CTATTCCTTCA
195 A-AAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC-ATTCCTTCA
* * *** ** * * * *
27419 AAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAATAATTTTAAGTTGAATTTTTTT
258 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
* * **
27484 AAAATTTTTAGTTAAAA-AAGGT
323 TACATTTTTA-TTAAAACAA-AC
* * * * * * * * **
27506 TATAATTGAATGT-TTACCTTAGGGAACGTAAAG-AGAAGGCCATCCATTGGC-ACAAAAGTTGA
1 TATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGG-CATTCATAGGCAAAAAAAGTCCA
* ** * ** * * * * *
27568 TTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTATAATTACTTACTCTAAATAGTTTTATAA-GTTAGTAA
64 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCA-AAA
* * * * * *
27632 TTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACATTTATGGTTAAA-ACAGACTATAATTGAAAG-TCTACC
128 TTGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTAAACA-AGACTATAATTGAATGCT-TATC
** * * *
27694 TT-GAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCT
191 TTAGA-AAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
* **
27758 TCAAAAGCC-TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTT
255 TCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTT
* * * *
27821 CTTAATATTTTTCATTAAAACAAAT
320 TTTTACATTTTT-ATTAAAACAAAC
* * * *
27846 TATAAATGAATGTCTGT-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTA-TCAAAAAAAGTCCA
1 TATAATTGAATGTCT-TCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TAGGCAAAAAAAGTCCA
* * * *
27909 TTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAT
64 TTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAAT
* * * *
27974 TGATTTTAAGTTTAATTTTT-TTCAAATTTTTGGTTGAAA-AAGGCCATAATTGAATGTTTATCT
129 TGATTTTAAGTTTAATTTTTCTT-AAATTTTTAGTT-AAACAAGACTATAATTGAATGCTTATCT
** * ** ** * * **
28037 TAGGGAACATGAAGCGAAA-GCTACCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTT
192 TAGAAAACATGAAGAGAAAGGC-ATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTT
* * ** * * * *
28101 CAAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATAT-ATTTTAAGCTGAA-CTT
256 CAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTT
* *
28164 TTTTACATTTATAGTTAAAACAGAC
320 TTTTACATTTTTA-TTAAAACAAAC
* * * * * * *
28189 TATAATTGAAAGT-TTATCTCGAGAAACGAGAA-AAAAAGGCATTCATTGGCAAGAACAGTCCAT
1 TATAATTGAATGTCTT-CCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCAT
* * * *
28252 TTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATTATGTCAAAACT
65 TTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATT
* * * * * *
28317 GATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACA-TTTTAGTTAAACTAGATTATAATTTAATGCTTATCTTAG
130 GATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTAAACAAGACTATAATTGAATGCTTATCTTAG
* * *
28381 AAAACAT-ATA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGGTCCATTTATTA-TCTCTCATTCCTTCA
195 AAAACATGA-AGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTA-TAGTCACTCATTCCTTCA
*
28443 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTATTT
258 AAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTT
*
28508 TTGCATTTTTCATTAAAACAAAC
322 TTACATTTTT-ATTAAAACAAAC
* * * *
28531 TATAATTGAATGCCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAATCTATT
1 TATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
* * *
28596 TATAGTC-TTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAAT-GATTTTATAATGTCAAAAT
66 TATAGTCACTC-ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATGTCAAAAT
* * * * * * * * *
28659 TGATTTCAAGTTGAATTTTTGTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAGAATTGAATG-TTTTCCTT
129 TGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTAAACAAGACTATAATTGAATGCTTAT-CTT
** * * * * **
28723 AGGGAACATGAAGTGAAA-GCGA-TCGATT-GTCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCT
193 AGAAAACATGAAGAGAAAGGC-ATTC-ATTGGT-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCT
** * *
28785 TTGAAAGCCTTATCACTTG-TTCTAAA-TAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAA-T
255 TCAAAAGCCTTATCACTTGCTT-TAAATTA-TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT
** *
28847 TTTTTTACATTTATGGTTAAAACAGAC
318 TTTTTTACATTT-TTATTAAAACAAAC
* * * * * * * *
28874 TATAATTGAAAGTCTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
* *
28939 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATTATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTG
* * * * * *
29004 ATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAACAA-ATTATAATTGAATGCCTGTCTCAG
131 ATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAG-TTAAACAAGACTATAATTGAATGCTTATCTTAG
* *
29068 AAAACAT-ATAGAGAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTATAATC-TTCCATTCCTTC
195 AAAACATGA-AGAGAAAGGCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CATTCCTTC
* *
29130 AAAAGCCTTATCACTCGCTTT-AATTAATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCT
257 AAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* *
29194 TTTACATTTTTAGTTAAAACATAT
321 TTTACATTTTTA-TTAAAACAAAC
* * * ** * * * * * *
29218 TATAGTTGAATGTCTACCTCGAGAATGGTTAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCCATT
1 TATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
* * * ********** * * *
29283 TCTAGTCACCCATTCCTTTAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAATTG
66 TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTG
* ** * * * **
29348 ATTTTAA-ATTGCTTTTT-TTACATTTTTGGTTAAA-AAGGCTATAATTGAATG-TCTGCCTTAG
131 ATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTAAACAAGACTATAATTGAATGCT-TATCTTAG
** * ** * ** * * * ** * *
29409 GGAACGTGAAGCA-AAAGTTATCCATTGACATGAAAAGTCCACTTATCGTCACTCAAGCTTTCAG
195 AAAACATGAAG-AGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAA
* ** * * *
29473 AAGCC--ATCAAATTCGCTTTAAATGGTTTCATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTT
259 AAGCCTTATC-ACTT-GCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTT
29535 TTACATTTTT
322 TTACATTTTT
29545 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1631, Mismatches: 333, Indels: 153
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
339 4 0.00
340 157 0.10
341 279 0.17
342 416 0.26
343 494 0.30
344 201 0.12
345 80 0.05
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (343 bp):
TATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCATT
TATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATGTCAAAATTG
ATTTTAAGTTTAATTTTTCTTAAATTTTTAGTTAAACAAGACTATAATTGAATGCTTATCTTAGA
AAACATGAAGAGAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAA
GCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTTAC
ATTTTTATTAAAACAAAC
Found at i:28691 original size:685 final size:682
Alignment explanation
Indices: 27161--29542 Score: 2389
Period size: 685 Copynumber: 3.5 Consensus size: 682
27151 NNNNNNNNAG
* * * * * * *
27161 ATTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGAAAAAAGCATTCATTGACAGAAAAAGTCTA
1 ATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCA
* * * * * * * ***
27226 TTTATAGTCACCCATTCCTTTAAAAGTCTAATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATTTT
66 TTTATAGTC-TCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAT
* * * * ** * ** *
27291 TTATTTTAAGTTCAATTATTTT-ACATTTTTTGTTAAAACAAACTATAATTGAATGCCTACCTCA
130 TGATTTTAAGTTGAATT-TTTTAAAATTTTTGGTTAAAA-AGGCTATAATTGAATG-TTTTCTTA
* * * ** * * ** * * * **
27355 AGAAACGTGAAGAAAAAGGC-ATTCATTGGCAAAAAAAGTCCACTTATAGTCTCCTATTCCTTCA
192 GGGAACATGAAGCGAAA-GCTATCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCA
* * *** * * *
27419 AAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATG-TCAA-AAATAATTTTAAGTTGAATTTTT
256 AAAGCCTTATAACTTGCTCTAAATGGTTTTATAA-GCT-AATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * * ** * * * * * *
27482 TTAAAATTTTTAGTTAAAAAAGGTTATAATTGAATGTTTACCT-TAGGGAACGTAAAG-AGAAGG
319 TT-ACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGA-GAAACATAAAGAAAAAGG
* * ** * ** * * ** * * *
27545 CCATCCATTGGC-ACAAAAGTTGATTTATAGTCACTTAAGCCTTCGAAAGTATAATTACTTACTC
382 -CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * * * *
27609 TAAATAGTTTTATAAGT-T-AGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTT-TTACAT-TTATGGTTAAA
446 TAAATAGTTTTATTA-TCTCA-AAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATGTT-TAGTTTAA
* * * * * * * * *
27670 ACAGACTATAATTGAAAGTCTACCT-TGAGAA-ATGTGAAGAAAAAGGCATTTATTGGTAAGAAA
508 ACAAATTATAATTGAATGCCTATCTCAGAAAACATAT--AGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAA
* * **
27733 AGTCCATTTA-TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGCC-TATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATC
571 AGTCCATTTATTA-TCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTATAATC
**
27796 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTCTTAAT-ATTTTTCATTAAAACAA
635 TCATAATTGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTTCATTAAAACAA
* * * * *
27844 ATTATAAATGAATGTCTGT-CTCAAGAAACGTGAAGAAAAATGAATTCATTA-TCAAAAAAAGTC
1 ATTATAATTGAATGTCT-TCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCA-TAGGCAAAAAAAGTC
27907 CATTTATAGTCTCTTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAA
64 CATTTATAGTCTC-TATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAA
* * *
27972 ATTGATTTTAAGTTTAATTTTTTTCAAATTTTTGGTTGAAAAAGGCCATAATTGAATGTTTATCT
128 ATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTAAAATTTTTGGTT-AAAAAGGCTATAATTGAATGTTT-TCT
* *
28037 TAGGGAACATGAAGCGAAAGCTACCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAACCTTC
190 TAGGGAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTC
* * *
28102 AAAAGCCTTATTACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATAT-ATTTTAAGCTGAACTTTT
255 AAAAGCCTTATAACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAAT-TGATTTTAAGTTGAATTTTT
* * *
28166 TTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTTTATCTCGAGAAACGA-GAA-AAAAAGGC
319 TTACATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAAC-ATAAAGAAAAAGGC
* *
28229 ATTCATTGGCAAGAACAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTTACTTTA
383 ATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTA
* * *
28294 AATAGTTTTATTATGTCAAAACTGATTTTAAGTTCAGTTTTTCTTACAT-TTTAG-TTAAACTAG
448 AATAGTTTTATTATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAAC-AA
* * * *
28357 ATTATAATTTAATGCTTATCTTAGAAAACATATA-AAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAGGTCCA
512 ATTATAATTGAATGCCTATCTCAGAAAACATATAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCA
* *
28421 TTTATTATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTTGCTTTAAATTATTTTTTAATCTCATAAT
577 TTTATTATCTCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAAT
28486 TGATTTTAAGTTGAATTTATTTTTGCATTTTTCATTAAAACAA
642 TGATTTTAAGTTGAATTT-TTTTT-CATTTTTCATTAAAACAA
* * * *
28529 ACTATAATTGAATGCCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAATCTA
1 ATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCA
* * * *
28594 TTTATAGTCTTCTATTCCTTCAAAAGCCTTATTGCCCACTTTAAATGATTTTATAATGTCAAAAT
66 TTTATAGTC-TCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAAT
* *
28659 TGATTTCAAGTTGAATTTTTGTAAAATTTTTGGTTAAAAAAGGCTAGAATTGAATGTTTTCCTTA
130 TGATTTTAAGTTGAATTTTT-TAAAATTTTTGGTT-AAAAAGGCTATAATTGAATGTTTT-CTTA
* * * * * **
28724 GGGAACATGAAGTGAAAGCGATCGATTGTCACGAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAAGCCTTTGA
192 GGGAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAA
* * *
28789 AAGCCTTATCACTTGTTCTAAATAGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
257 AAGCCTTATAACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* *
28854 CATTTATGGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCTAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
322 CATTTATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTC
* *
28919 ATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
387 ATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* *
28984 GTTTTATTATCTCAAAATTGATTTTAAGTTTAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAACAAATTAT
452 GTTTTATTATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAACAAATTAT
* *
29049 AATTGAATGCCTGTCTCAGAAAACATATAGAGAAAGGCATTCATTAGG-AAGAAAAGTCCATTTA
517 AATTGAATGCCTATCTCAGAAAACATATAGAAAAAGGCATTCATT-GGTAAGAAAAGTCCATTTA
*
29113 TAATCT-TCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTT-AATTAATTTTATAATCTCATAATTG
581 TTATCTCT-CATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATT-ATTTTATAATCTCATAATTG
* *
29176 ATTTTAAGTTGAATTTCTTTTACATTTTT-AGTTAAAACAT
644 ATTTTAAGTTGAATTT-TTTTTCATTTTTCA-TTAAAACAA
* * * * * * * * *
29216 ATTATAGTTGAATGTCTACCTCGAG-AATGGTTAAGAAAAAGACATTTATTGGTAAGAAAAGTCC
1 ATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAAT-GTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCC
* * * ********** * *
29280 ATTTCTAGTCACCCATTCCTTTAAANNNNNNNNNNCTCACTTTAACTGGTTTTATAATCTCAAAA
65 ATTTATAGTC-TCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAA
* * * * **
29345 TTGATTTTAAATTG-CTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAAAGGCTATAATTGAATGTCTGCCTTAG
129 TTGATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAGGCTATAATTGAATGT-TTTCTTAG
* * * * * * * * *
29409 GGAACGTGAAGCAAAAGTTATCCATTGACATGAAAAGTCCACTTATCGTCACTCAAGCTTTCAGA
193 GGAACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAA
* * * * *
29474 AGCC--ATCAAATTCGCTTTAAATGGTTTCATAAACTAATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTT
258 AGCCTTAT-AACTT-GCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT
29537 ACATTT
321 ACATTT
29543 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1427, Mismatches: 228, Indels: 87
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
682 70 0.05
683 326 0.23
684 278 0.19
685 357 0.25
686 125 0.09
687 161 0.11
688 108 0.08
689 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (682 bp):
ATTATAATTGAATGTCTTCCTCAAGAAATGTGAAGAAAAAGGCATTCATAGGCAAAAAAAGTCCA
TTTATAGTCTCTATTCCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATGTCAAAATT
GATTTTAAGTTGAATTTTTTAAAATTTTTGGTTAAAAAGGCTATAATTGAATGTTTTCTTAGGGA
ACATGAAGCGAAAGCTATCCATTGACACGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAAGCCTTCAAAAGC
CTTATAACTTGCTCTAAATGGTTTTATAAGCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT
TATAGTTAAAACAGACTATAATTGAAAGTCTACCTCGAGAAACATAAAGAAAAAGGCATTCATTG
GCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCATTCATTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTT
TATTATCTCAAAACTGATTTTAAGTTCAATTTTTCTTACATGTTTAGTTTAAACAAATTATAATT
GAATGCCTATCTCAGAAAACATATAGAAAAAGGCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATTTATTATC
TCTCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATTATTTTATAATCTCATAATTGATTTTAA
GTTGAATTTTTTTTCATTTTTCATTAAAACAA
Found at i:31710 original size:18 final size:20
Alignment explanation
Indices: 31687--31725 Score: 64
Period size: 18 Copynumber: 2.0 Consensus size: 20
31677 ATATAAAAAA
31687 ATTAACTTA-AAAA-CAATT
1 ATTAACTTATAAAACCAATT
31705 ATTAACTTATAAAACCAATT
1 ATTAACTTATAAAACCAATT
31725 A
1 A
31726 GAGCAAGTAA
Statistics
Matches: 19, Mismatches: 0, Indels: 2
0.90 0.00 0.10
Matches are distributed among these distances:
18 9 0.47
19 4 0.21
20 6 0.32
ACGTcount: A:0.54, C:0.13, G:0.00, T:0.33
Consensus pattern (20 bp):
ATTAACTTATAAAACCAATT
Found at i:35525 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 35037--36919 Score: 1010
Period size: 171 Copynumber: 11.0 Consensus size: 168
35027 NNNNNNNNNN
* * * * * ** *
35037 AAAGAATGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTTGCCGATGAATG-CTTTTTTTATCGTGTTTCTCG
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCT-TCACGTTTCTCA
* * * * *
35101 AGGTCGACGTTCAATTATAGTCTGTTTAAAGTAAAAAATTTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT--AAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
** * * ***********
35166 TATT-ATTTTATAAAACCATTTAAAGCGAATTAGNNNNNNNNNN
126 T-TTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** * * * * * * *
35209 AAGGCTTGAGTGGCTATAAGTGGATTTTTCTTGTCAATGGATAG-CTTTTGCTTCATG-TTCTCC
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGA-CTTTCTTGTCAATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCT-C
* * * * ***
35272 AAGGCAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAA
63 AAGGTAGACATTCAATTATAGTC-TGTTTTAACTAAAA-TGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * *
35337 TTTTGAGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTG
125 TTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTG
35381 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTGTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACT-TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
** * *
35446 GGTAGATTTTTAATTATAGTCTGTTTTAACTATAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTT
65 GGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTT
* ** * *
35511 TTAGCTTATAAAACCATTTAGGGCAAGTAATAAGGCTTTCG
128 TGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
** ** * * * * ** * *
35552 AAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTCGCTTCATGTGTC-CTA
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * * * * * *
35616 AAGCAAACATTCAATTATAGCCT-TTTTAAACTAAAAATTTTGAAACAATTCAACTTAAAATCAC
64 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACT-AAAA-TGT-AAAAAATTTAACTTAAAATCAA
* * ** *
35680 TTTTGA-CATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACGAAGGCTTTTA
125 TTTTGAGC-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * ** * * * *
35724 AAAAAATAGGAAACTATAAATGAACTTTTTTTGAT-AATGAAT-TCATTTTTCTTTACGTTTCTT
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TTTCTTG-TCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTC
* * * * * ** *
35787 GAGGTAGGCATTCATTTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAAT
63 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTT-AACTAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
35852 TATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTG
126 TTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * *
35895 AAGGAATGGGTGACTAGAAGTGGAATTTTCTTATCAATGAATGTTTTTTTTTTCACGTTTCT-AG
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGG-ACTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-
* * * * * *
35959 AGATAGACTTTCAATTATAGTCTATTTTAACTATAAATATAAAAAAATTAA-TTCAAAAACAATT
64 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTA-AAATGTAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATT
* * * * * *
36023 ATT-AGCTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTAATTAGACTTTCG
127 -TTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* ** *** * * * **
36065 AAGGCTTAAATGACTATAAATCGACTTTCGTGTCAATGGAA-GGCTTTCGCTTCACG-TTCTCTA
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAAT-GAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTC-A
* * * * *
36128 AGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAGATTTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
64 AGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAA-A--TGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *
36193 TTTGA-CATTATAAAATCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTG
126 TTTGAGC-TTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * *
36236 AAGGAACAGGAT-ACTATAAGTGGAATTT-TTTTACAAATGAATG-CTTTTTTCTTCACGTTTC-
1 AAAGAA-TGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGT-C-AATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCT
* * * *
36297 CTGAGGCA-AGCATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATC
62 C-AAGGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-TAAAATGT-AAAAAATTTAACTTAAAATC
* * ** *
36361 AATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGAAAGTGATAAGGCTTTTG
123 AATTTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * *
36407 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGTCAACGAATG-CTTTTT-TTTACGTTTCTCGA
1 AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCT-TGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
* * * * * * *
36470 GCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTTAA-AAAAATTTAAAAAAAAATTAAACTTATAATCAAT
65 GGTAGACATTCAATTATAGTCTG-TTTTAACTAAAATGT---AAAAAATTTAACTTAAAATCAAT
* * *** * * * *
36534 TTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGTGTGCAATAAGGCTTTT-
126 TTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * * * **
36576 AAAGGCATGAGAGATTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATGGT-GTTTTCTACATATTTC-C
1 AAA-GAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTC-AATGAAT-GTCTTTTTCTTCACGTTTCTC
** * * *
36639 ----T-GAGGTTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAAT
63 AAGGTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAAC-TAAAATGTAAAAA-ATTTAACTTAAAATCAAT
* * * **
36699 TATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTG
126 TTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
* * * * * * * *
36742 AAGGAAT-GATAGACTGTAAATGGACTTTTTTATAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCTCAA
1 AAAGAATGGGT-GACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAA
** * * * * *
36806 GACA-AGCATTCAATTCTAGCCTATTTTAA-TAAAAAATGTAAACAAATTGAACCTAAAATCAAT
65 GGTAGA-CATTCAATTATAGTCTGTTTTAACT--AAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAAT
* * * * * *
36869 TATAAGATTACAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTG
126 TTTGAGCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
*
36912 AAGGAATG
1 AAAGAATG
36920 AGAGACTNNN
Statistics
Matches: 1301, Mismatches: 328, Indels: 165
0.73 0.18 0.09
Matches are distributed among these distances:
163 1 0.00
164 25 0.02
165 76 0.06
166 17 0.01
167 8 0.01
168 12 0.01
169 85 0.07
170 275 0.21
171 434 0.33
172 331 0.25
173 37 0.03
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (168 bp):
AAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG
GTAGACATTCAATTATAGTCTGTTTTAACTAAAATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGA
GCTTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTG
Found at i:35672 original size:343 final size:343
Alignment explanation
Indices: 35212--35892 Score: 773
Period size: 343 Copynumber: 2.0 Consensus size: 343
35202 NNNNNNNAAG
* * * * * * * *
35212 GCTTGAGTGGCTATAAGTGGATTTTTCTTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTCATGTTCTCCAAGGC
1 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTCTCCAAAGC
* * *
35277 AGACATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTG
66 AAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAACAAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTG
* * * * * ** *
35342 AGATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC
131 ACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGA-AGGCTTTTAAAAAAATAGGAAACTATAAATGAAC
** * *
35406 TGTTCTTG-TCAATGAATGTC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATTTTTAATTATAGTCTG
195 TGTTCTTGAT-AATGAAT-TCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
** * * * * * **
35469 TTTTAACTATAAATGTAAA-AAAGTTTAACTCAAAATCAATTTTTAGCTTATAAAACCATTTAGG
258 TTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAA-TTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAA
35533 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA
322 GCAAGTAATAAGGCTTTCGAAA
*
35555 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGAT-GACTTTCGCTTCATGTGTC-CTAAA
1 GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAG-CTTTCGCTTCATGT-TCTCCAAA
* * * ** *
35618 GCAAACATTCAATTATAGCC-TTTTTAAACTAAAAATTTTGAAACAATTCAACTTAAAATCACTT
64 GCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAAC-AAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATT
* * *
35682 TTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACGAAGGCTTTTAAAAAAATAGGAAACTATAAATGA
128 TTGACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAAAATAGGAAACTATAAATGA
* * * ** * * *
35747 ACTTTTTTTGATAATGAATTCATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCATTTATAATTTG
193 ACTGTTCTTGATAATGAATTCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTG
*
35812 TTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
258 TTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAG
* *
35877 CGAGTGATAAGGCTTT
323 CAAGTAATAAGGCTTT
35893 TGAAGGAATG
Statistics
Matches: 278, Mismatches: 53, Indels: 14
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
342 12 0.04
343 260 0.94
344 6 0.02
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.15, T:0.36
Consensus pattern (343 bp):
GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATAGCTTTCGCTTCATGTTCTCCAAAGC
AAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAAACAAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTG
ACATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAAAATAGGAAACTATAAATGAACT
GTTCTTGATAATGAATTCATTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTT
TAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTCAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCAA
GTAATAAGGCTTTCGAAA
Found at i:36296 original size:512 final size:513
Alignment explanation
Indices: 35280--36496 Score: 1594
Period size: 512 Copynumber: 2.4 Consensus size: 513
35270 CCAAGGCAGA
* ** * ** *
35280 CATTCAATTATAGCCTTT-TTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 CATTCAATTATA--ATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * * *
35344 ATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTG
64 ATTATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATA-AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * *
35408 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCA-AGGTAGATTTTTAATTATAGTCTGTTT
128 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCT-AGAGATAGA-CTTTAATTATAGTCTGTTT
* * * * * *
35472 TAACTATAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTTTTAGCTTATAAAACCATTTAGGGCAA
191 TAACTATAAATATAAAAAAGATTAACTCAAAAACAATTATTAGCTTATAAAACCAATTAGAGCAA
* * * *
35537 GTAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTCG
256 GTAATAAGACTTTCGAAAGCTTAAATGACTATAAATCGACTTTTCGTGCCAATGGAAGACTTTCG
* *
35602 CTTCATGTGTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAACAATTC
321 CTTCACGTGTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAAAAATTC
* * *
35667 AACTTAAAATCACTTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACGAAGGCTTTTAAAAAAATA
386 AACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAAAACA
* * * * * *
35732 GGAAACTATAAATGAACTTTTTTTGATAATGAATTCATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGG
451 GGAAACTATAAATGAACTTTTTTTGAAAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
* *
35795 CATTCATTTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
35860 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAGTGGAATTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
35925 TTATCAATGAATGTTTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGATAGACTTTCAATTATAGTCTATTTTAAC
131 TTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGATAGACTTT-AATTATAGTCTGTTTTAAC
*
35990 TATAAATATAAAAAA-ATTAATTCAAAAACAATTATTAGCTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTAA
195 TATAAATATAAAAAAGATTAACTCAAAAACAATTATTAGCTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTAA
* * * *
36054 TTAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATCGAC-TTTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCGCTTC
260 TAAGACTTTCGAAAGCTTAAATGACTATAAATCGACTTTTCGTGCCAATGGAAGACTTTCGCTTC
* * * * *
36118 ACGT-TCTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAGATTTTTAAAAAATTTAAC
325 ACGTGTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAAAAATTCAAC
* * * **
36182 TTAAAATCAATTTTGACATTATAAAA-TCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGG
389 TTAAAATCAATTTTGACATTATAAAACT-ATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAAAACAGG
* * *
36246 ATACTATAAGTGGAA-TTTTTTT-ACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
453 AAACTATAAAT-GAACTTTTTTTGA-AAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
* * * *
36307 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
*
36372 TATAAAACCATTTAAAGAAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
66 TATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
36436 TCTGTCAACGAATG-CTTTTTTTT-ACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTT
131 T-TGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGATAGAC-TTTAATTATAGTCTGTTTT
36497 TAAAAAAATT
Statistics
Matches: 611, Mismatches: 81, Indels: 25
0.85 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
510 30 0.05
511 16 0.03
512 306 0.50
513 85 0.14
514 163 0.27
515 11 0.02
ACGTcount: A:0.37, C:0.12, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (513 bp):
CATTCAATTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGAGAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGATAGACTTTAATTATAGTCTGTTTTAACT
ATAAATATAAAAAAGATTAACTCAAAAACAATTATTAGCTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTAAT
AAGACTTTCGAAAGCTTAAATGACTATAAATCGACTTTTCGTGCCAATGGAAGACTTTCGCTTCA
CGTGTCCTAAAGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAAAAATTCAACTT
AAAATCAATTTTGACATTATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAGAAGGCTTTTAAAAAAACAGGAAA
CTATAAATGAACTTTTTTTGAAAATGAATGCATTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
Found at i:36487 original size:341 final size:337
Alignment explanation
Indices: 35280--36917 Score: 1176
Period size: 341 Copynumber: 4.8 Consensus size: 337
35270 CCAAGGCAGA
* *** *
35280 CATTCAATTATAGCCTTTTTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTGAGA
1 CATTCAATTATAG--TTTTTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * * *
35345 TAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGAC-TG
63 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** * * *
35408 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATTTTTAATTATAGTCTGTTTT
127 TTC-TGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTT
* * * * ** *
35473 AACTATAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTTTTAGCTTATAAAACCATTTAGGGCAAG
190 AA-TAAAAATGTAAAAAA-TTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * *** * * * * * * *
35538 TAATAAGGCTTTCGAAAGCTTAAG-TGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGAC-TTTC
253 TAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACAAATGAATG-CTTTTT
* * * * * *
35601 GCTTCATGTGTCCTAAAGCAAA
317 TCTTCACGTTTCCT-GAGGAAG
* * * * * * * * *
35623 CATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAACAATTCAACTTAAAATCACTTTTGACA
1 CATTCAATTATAG-TTTTTTTAAC-AAAAA-TGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGA
* * ** * * ** *
35688 TTATAAAACTATTTAAAGTGAGTACGAAGGCTTTTAAAAAAATAGGAAACTATAAATGAACTTTT
63 TTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTT
* * * ** * * * **
35753 TTTGAT-AATGAATTCATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAGGCATTCATTTATA-ATTTGTTTT
128 TCTG-TCAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGCCTT-TTTT
* * *
35816 AAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
190 -AATAAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAG
* * * * * *
35881 TGATAAGGCTTTTGAAGGAA-TGGGTGACTAGAAGTGGAATTTTCTTATC-AATGAATGTTTTTT
253 TAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTA-CAAATGAATGCTTTTT
*
35944 TTTTCACGTTT-CT-AGAGATAG
317 TCTTCACGTTTCCTGAG-GA-AG
* * * * * *
35965 ACTTTCAATTATAGTCTATTTTAACTATAAATATAAAAAAA-TTAA-TTCAAAAACAATTATTAG
1 -CATTCAATTATAGT-TTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTT-AAAATCAATTATGAG
* * * * * * * * ** ** *
36028 CTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTAATTAGACTTTCGAAGGCTTAAATGACTATAAATCGAC--T
62 ATTATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTT
* ** *
36091 TTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCGCTTCACG-TTCTCTAAGGC-AAACATTCAATTATAGCCTTTT
127 TTC-TGTCAAT-GAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTC-AA-GCTAGACATTCAATTATAGCCTTTT
* * * * *
36154 TTAACTAAAGATTTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGT
188 TTAA-TAAA-A-ATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGC
* * *
36219 GCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGGAT-ACTATAAGTGGAATTTTTTTACAAATGAATGCTTT
250 GAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACAAATGAATGCTTT
36283 TTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
315 TTTCTTCACGTTTCCTGAGG-AAG
*
36307 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTTT-TTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * *
36372 TATAAAACCATTTAAAGAAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTT
* * * * **
36437 CTGTCAACGAATGCTTTTT-TTTACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTTAA-
129 CTGTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGCCT-TTTTTAAT
* * * * *** * * * *
36500 AAAAATTTAAAAAAAAATTAAACTTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGTGTGCA
193 AAAAATGT---AAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * * *
36565 ATAAGGCTTTTAAAGG--CATGAGA-GATTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATGGTGTTTT
255 ATAAGGCTTTTGAAGGAACA-G-GATGACTATAAATGGAATTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTT
* **
36627 CTACATATTTCCTGA-G--G
318 CTTCACGTTTCCTGAGGAAG
* * * *
36644 --TTCAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGT-TTTTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
36707 TATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAGACTGTAAATGGACTTTT
64 TATAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGT-GACTATAAATGGACTTTT
* * * * * *
36771 T-TATAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTTCTCAAGACAAG-CATTCAATTCTAGCCTATTTTA
128 TCTGTCAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCTCAAG-CTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTA
* * * * * * *
36834 ATAAAAAATGTAAACAAATTGAACCTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACTATTTAAGGCGAGT
191 AT-AAAAATGTAAA-AAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGT
36899 AATAAGGCTTTTGAAGGAA
254 AATAAGGCTTTTGAAGGAA
36918 TGAGAGACTN
Statistics
Matches: 1015, Mismatches: 225, Indels: 116
0.75 0.17 0.09
Matches are distributed among these distances:
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344 14 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (337 bp):
CATTCAATTATAGTTTTTTTAACAAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTA
TAAAACCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATAGGTGACTATAAATGGACTTTTTCT
GTCAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGCTAGACATTCAATTATAGCCTTTTTTAATAAA
AATGTAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTTTGAGATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTTGAAGGAACAGGATGACTATAAATGGAATTTTCTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGT
TTCCTGAGGAAG
Found at i:36597 original size:512 final size:503
Alignment explanation
Indices: 35280--36919 Score: 1584
Period size: 512 Copynumber: 3.2 Consensus size: 503
35270 CCAAGGCAGA
* * ** *
35280 CATTCAATTATAGCCTTT-TTTTAACCAAAATTGTAAAAAAAAGCAACTTAAAATCAATTTTGAG
1 CATTCAATTATAG--TTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAG
* * *
35344 ATAATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATATA-GCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTG
64 ATTATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATA-AGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTT
* * * *
35408 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTTCTTCACGTTTCTCAAGGTAGATTTTTAATTATAGTCTGTTTT
128 TTCTTGTCAATGAATGTCTTTTT-TTTACGTTTCTCGAGATAGA-CTTTAATTATAGTCTGTTTT
** * *
35473 AACTATAAATGTAAAAAAGTTTAACTCAAAATCAATTTTTAGCTTATAAAACCATTTAGGGCAAG
191 AAC-ATAAAT-TAAAAAAAATTAACTTAAAATCAA-TTTTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAG
* * * * *
35538 TAATAAGGCTTTCGAAA-GCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCGTGCCAATGGATGACTTTCG
253 TAATAAGGCTTTC-AAAGGC-TAAGAGACTATAAATAGAC-TTTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCG
* * * *
35602 CTTCATGTGTC-CTAAAGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTAAACTAAAAATTTTGAAACAATT
315 CTTCATGT-TCTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACT-AAAATTTTTAAAAAATT
* * ** * **
35666 CAACTTAAAATCACTTTTGACATTATAAAA-CTATTTAAAGTGAGTACGAAGGCTTTTAAAAAAA
378 TAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATC-ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA
* * * * * * *
35730 TAGGAAACTATAAAT-GAACTTTTTTTGATAATGAATTCATTTTTCTTTACGTTTCTTGAGGTAG
442 -AGGATACTATAAATGGAA-TTTTTTT-AAAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAA
35794 G
503 G
* * * *
35795 CATTCATTTATAATTTGTTTTAAAGAAAAATGTAAAGAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * * *
35860 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTGATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTAGAAGTGGAATTTTC
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * * *
35925 TTATCAATGAATGTTTTTTTTTTCACGTTTCTAGAGATAGACTTTCAATTATAGTCTATTTTAAC
131 TTGTCAATGAATGTCTTTTTTTT-ACGTTTCTCGAGATAGACTTT-AATTATAGTCTGTTTTAAC
* *
35990 TATAAA-TATAAAAAAATTAA-TTCAAAAACAATTATTAGCTTATAAAACCAATTAGAGCAAGTA
194 -ATAAATTA-AAAAAAATTAACTT-AAAATCAATT-TTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTA
* * * *
36053 ATTAGACTTTCGAAGGCTTAA-ATGACTATAAATCGACTTTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCGCTT
255 ATAAGGCTTTCAAAGGC-TAAGA-GACTATAAATAGACTTTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCGCTT
*
36117 CACGTTCTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAGATTTTTAAAAAATTTAAC
318 CATGTTCTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAA-ATTTTTAAAAAATTTAAC
*
36182 TTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGGA
382 TTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAA-AGGA
*
36247 TACTATAAGTGGAATTTTTTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
446 TACTATAAATGGAATTTTTTTA-AAATGAATGC-TTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
* *
36307 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAT
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
** *
36372 TATAAAACCATTTAAAGAAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTT-
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
* * *
36436 TCTGTCAACGAATG-CTTTTTTTTACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTTAA
131 T-TGTCAATGAATGTCTTTTTTTTACGTTTCTCGAGATAGAC-TTTAATTATAGTCTG-TTTTAA
* * * * *** *** *
36500 -AAAAATTTAAAAAAAAATTAAACTTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGTGTGC
193 CATAAA-TT-AAAAAAAATT-AACTTAAAATCAATTTT-AGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGT
* * * ** * **
36564 AATAAGGCTTTTAAAGGCATGAGAGATTATAAATAGACTTTTTTTTCAAAT-GAATGG-TGTTTT
254 AATAAGGCTTTCAAAGGC-TAAGAGACTATAAATAGACTTTCGTGTC-AATGGAA-GGCT-TTCG
* * * * * * ** *
36627 CTACATATT-TCCTGAGG------TTCAATTATAGTCTGTCTTAAC-AAAAAATGTAAAAACATT
315 CTTCATGTTCT-CTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAATTTTTAAAAA-ATT
* * * *
36684 TAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGG-AA
378 TAACTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAA
* * * * * *
36748 TGATAGACTGTAAATGG-ACTTTTTTATAAATGAATGACTTTTTCTACACGTTT-CTCAAGACAA
443 GGAT--ACTATAAATGGAATTTTTTTA-AAATGAATG-CTTTTTCTTCACGTTTCCT-GAGGCAA
36811 G
503 G
* ** * ** * * * *
36812 CATTCAATTCTAGCCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTGAACCTAAAATCAATTATAAGAT
1 CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
* * * *
36877 TACAAAACTATTTAAGGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATG
66 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATG
36920 AGAGACTNNN
Statistics
Matches: 944, Mismatches: 148, Indels: 76
0.81 0.13 0.07
Matches are distributed among these distances:
504 6 0.01
505 136 0.14
506 73 0.08
507 19 0.02
509 4 0.00
510 26 0.03
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512 376 0.40
513 105 0.11
514 152 0.16
515 11 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (503 bp):
CATTCAATTATAGTTTGTTTTAACGAAAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAT
TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGAATGTCTTTTTTTTACGTTTCTCGAGATAGACTTTAATTATAGTCTGTTTTAACAT
AAATTAAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTTTAGCTTATAAAACCATTTAGAGCAAGTAATAAGG
CTTTCAAAGGCTAAGAGACTATAAATAGACTTTCGTGTCAATGGAAGGCTTTCGCTTCATGTTCT
CTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAATTTTTAAAAAATTTAACTTAAAATCA
ATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAAGGATACTATAAAT
GGAATTTTTTTAAAATGAATGCTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAG
Found at i:36868 original size:335 final size:334
Alignment explanation
Indices: 36117--36869 Score: 802
Period size: 335 Copynumber: 2.2 Consensus size: 334
36107 GCTTTCGCTT
* * ** *
36117 CACG-TTCTCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCCTTTTTTAACTAAAGATTTTTAAAAAATTTAA
1 CACGTTTCTC-AA-GCAAGCATTCAATTATAGCCTATTTTAA-TAAA-AAATTTAAAAAATTAAA
* *
36181 CTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGCGTAATAAGGCTTTTGAAGGAACAGG
62 CTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGCGCAATAAGGCTTTTAAAGG-ACAGG
* * * * * *
36246 ATACTATAAGTGGAATTTTTTTACAAATGAATGCTTTTTTCTTCACGTTTCCTGAGGCAAGCATT
126 AGACTATAAATAGAATTTTTTTACAAATGAATGCTGTTTTCTACACATTTCCTGAGG--AG-ATT
* * ** *
36311 CAATTATAGTTTGTTTTAACGGAAAATGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATA
188 CAATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATA
* * *
36376 AAACCATTTAAAGAAAGTGATAAGGCTTTTGAAAGAATGGGTGACTATAAATGGACTTTTTCTGT
253 AAACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTCTAT
* *
36441 CAACGAATGCTTTTTTT
318 AAACGAATGCTTTTTTA
* * * * ** * *
36458 TACGTTTCTCGAGCTAGACATTTAATTATAATCTGTTTTTA-AAAAAATTTAAAAAAAAATTAAA
1 CACGTTTCTCAAGCAAG-CATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAAAATTT---AAAAAATTAAA
* * * ** * *
36522 CTTATAATCAATTTTGAGATTGTAAAATTGTTTAGAGTGTGCAATAAGGCTTTTAAAGG-CATGA
62 CTTAAAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGCGCAATAAGGCTTTTAAAGGACA-G-
* * * * *
36586 GAGATTATAAATAGACTTTTTTTTCAAATGAATGGTGTTTTCTACATATTTCCTGA-G-G-TTCA
125 GAGACTATAAATAGAATTTTTTTACAAATGAATGCTGTTTTCTACACATTTCCTGAGGAGATTCA
*
36648 ATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAACATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
190 ATTATAGTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAA
* * * *
36713 ATCATTTAAAGTAAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAAT-GATAGACTGTAAATGGACTTTTT-TATA
255 ACCATTTAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGAT-GACTATAAATGGACTTTTTCTATA
*
36776 AATGAATGACTTTTTCTA
319 AACGAATG-CTTTTT-TA
* * * *
36794 CACGTTTCTCAAGACAAGCATTCAATTCTAGCCTATTTTAATAAAAAATGTAAACAAATTGAACC
1 CACGTTTCTCAAG-CAAGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAAAATTTAAA-AAATTAAACT
36859 TAAAATCAATT
64 TAAAATCAATT
36870 ATAAGATTAC
Statistics
Matches: 338, Mismatches: 61, Indels: 32
0.78 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
334 14 0.04
335 137 0.41
336 29 0.09
337 12 0.04
338 4 0.01
339 5 0.01
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341 127 0.38
342 5 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (334 bp):
CACGTTTCTCAAGCAAGCATTCAATTATAGCCTATTTTAATAAAAAATTTAAAAAATTAAACTTA
AAATCAATTTTGACATTATAAAATCATTTAAAGTGCGCAATAAGGCTTTTAAAGGACAGGAGACT
ATAAATAGAATTTTTTTACAAATGAATGCTGTTTTCTACACATTTCCTGAGGAGATTCAATTATA
GTCTGTCTTAACAAAAAATGTAAAAAAATTTAACCTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
TAAAGAAAGTAATAAGGCTTTTGAAAGAATGGATGACTATAAATGGACTTTTTCTATAAACGAAT
GCTTTTTTA
Done.