Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398280.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1584.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8057
ACGTcount: A:0.20, C:0.08, G:0.07, T:0.21
Warning! 3525 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1618 original size:172 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1358--2585 Score: 1333
Period size: 172 Copynumber: 7.1 Consensus size: 171
1348 CACCTACCTC
* * * * * *
1358 GAGAAACATAAAGAATAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* *
1423 AGAGCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTG
66 AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTTG
* *
1488 TACATTTTTGGTTAAAATACACTAGAATTGAATGTCTACCAT
130 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
* * * *
1530 GAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTAACCCATTGCTTCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * * *
1595 ATAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTAT
66 AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTT-G
* * * * * * * **
1660 TGC-TTTTCTGGTTAAAAGATATTATAATTGAACGCCTACCCC
130 TACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
* * * * * *
1702 AAGAGACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * *
1767 AAAGCCTTATTACTCATTTTAAAT-GTTTTTATAATCCCAAAATTGATTTAAATTTGAATTCTTT
66 AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAG-TTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATT-TTT
* * * *
1831 GAACATTTTTGGTT-AAACTAGA-TGGGGATTGAATGTCTACCTT
129 GTACATTTTTGGTTAAAAC-AGACT-AGAATTGAATGTCTACCAT
* * * * * *
1874 CAAAAACATGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAATAATAGTGTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * * ** *
1939 AGAGCCTTATTACTAAGTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAATTTTTTTAAATTTGATTTTTTTG
66 AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGA-ATTTTTG
* *
2004 TACATTTTTGGTCAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCAT
130 TACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
* * * * *
2046 GAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCATGGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTACTTCG
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
* * * *
2111 AGAGCCTTATTAATCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAA-TGTATTTTAAGTTCAATTTTTT
66 AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTAAATTTGAA-TTTTT
* * * * * *
2175 TTGC-TTTTCTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTATCC-T
129 GTACATTTT-TGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTA-CCAT
* * * * * * *
2218 GAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATGGTCACCAATTCCTTCG
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC-
* * *
2283 AA-AGCCTTATTACTCACTTTGAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAACTCTTT
65 AAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAA-TTTTT
* * *
2347 GTACATTTTTAGTTAAAGCAGATTA-AGATTGAATGTCTACC-T
129 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGA-ATTGAATGTCTACCAT
* * *
2389 GCATAAACATGAGGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTC
1 G-AGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTC
* * * *
2454 AAGTGCATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTAAATTTGAATGTTTT
65 AAGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAAT-TTTT
** ** * **
2519 GTACATTTTTTTTTAAAGTAGACTACAATTGAATGTCTGTCAT
129 GTACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
*
2562 AAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
1 GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATT
2586 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 875, Mismatches: 157, Indels: 48
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 26 0.03
172 823 0.94
173 26 0.03
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (171 bp):
GAGAAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCA
AGAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATTTTTGT
ACATTTTTGGTTAAAACAGACTAGAATTGAATGTCTACCAT
Found at i:2296 original size:516 final size:516
Alignment explanation
Indices: 1361--2581 Score: 1807
Period size: 516 Copynumber: 2.4 Consensus size: 516
1351 CTACCTCGAG
* * * * * *
1361 AAACATAAAGAATAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCTCTCATTCCTTCAAGA
1 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGA
1426 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
* * * *
1491 ATTTTTGGTTAAAATACACTAGAATTGAATGTCTACCATGAGAAATATGAAGAAAAAAGTATTCA
131 ATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCA
* * *
1556 TTGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTAACCCATTGCTTCAATAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
196 TGGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTAACCCATTACTTCAAGAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
* *
1621 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTATTGCTTTTCTGGTTAAAAGATATTATA
261 TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTATTGCTTTTCTAGTTAAAACATATTATA
*
1686 ATTGAACGCCTACCCCAAGAGACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
326 ATTGAACGCCTACCCCAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
* * *
1751 GTCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGTTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
391 GTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
* * ** *
1816 AAATTTGAATTCTTTGAACATTTTTGGTTAAA-CTAGATGGGGATTGAATGTCTACCTTCAA
456 AAATTTGAACTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAGC-AGATGAAGATTGAATGTCTACCTGCAA
* * * *
1877 AAACATGAAGAAAAACGTATTCATTGGCAATAATAGTGTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGA
1 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGA
* * ** * *
1942 GCCTTATTACTAAGTTTAAATGGTTTTTTAATCTCAAAATTTTTTTAAATTTGATTTTTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
* *
2007 ATTTTTGGTCAAAACAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCA
131 ATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCA
* * * *
2072 TGGGCAAGAAAAGTTTATTTATAGTCACCCATTACTTCGAGAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
196 TGGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTAACCCATTACTTCAAGAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
*
2137 TTTTATAATCTCAAAA-TGTATTTTAAGTTCAATTTTTTTTGCTTTTCTAGTTAAAACATATTAT
261 TTTTATAATCTCAAAATTG-ATTTTAAGTTCAATTTTTATTGCTTTTCTAGTTAAAACATATTAT
* * * ** *
2201 AATTGAATGTCTATCCTGAGAAACATAAAGAAGAGAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
325 AATTGAACGCCTACCCCAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTAT
* * * *
2266 GGTCACCAATTCCTTCGAAAGCCTTATTACTCACTTTGAATATTTTTATAATCTCAAAATTGATT
390 AGTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCCCAAAATTGATT
* * *
2331 TAAATTTGAACTCTTTGTACATTTTTAGTTAAAGCAGATTAAGATTGAATGTCTACCTGCAT
455 TAAATTTGAACTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAGCAGATGAAGATTGAATGTCTACCTGCAA
* * *
2393 AAACATGAGGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCTATTCCTTCAAGT
1 AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGA
* * *
2458 GCATTATTACTCAGTTTAAATAGTTTTATAATCTCAAAATCGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
66 GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
** * * ** *
2523 ATTTTTTTTTAAAGTAGACTACAATTGAATGTCTGTCATAAGAAACATGAAGAAAAAAG
131 ATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAG
2582 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 624, Mismatches: 79, Indels: 4
0.88 0.11 0.01
Matches are distributed among these distances:
515 2 0.00
516 621 1.00
517 1 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (516 bp):
AAACATGAAGAAAAAAGTATTCATTGGCAAGAAAAGTCTATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAGA
GCCTTATTACTCAGTTTAAATGGTTTTATAATCTCAAAATTGATTTAAATTTGAATGTTTTGTAC
ATTTTTGGTTAAAATAGACTAAAATTGAATGTCTACCATGAGAAACATGAAGAAAAAAGGATTCA
TGGGCAAGAAAAGTCTATTCATAGTAACCCATTACTTCAAGAGCCTTATTAATCACTTTAAATAG
TTTTATAATCTCAAAATTGATTTTAAGTTCAATTTTTATTGCTTTTCTAGTTAAAACATATTATA
ATTGAACGCCTACCCCAAGAAACATAAAGAAGAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATA
GTCACCAATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATATTTTTATAATCCCAAAATTGATTT
AAATTTGAACTCTTTGAACATTTTTAGTTAAAGCAGATGAAGATTGAATGTCTACCTGCAA
Done.