Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397356.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_2830.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 41300
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.11, T:0.30
Warning! 8355 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:308 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 13--328 Score: 393
Period size: 171 Copynumber: 1.8 Consensus size: 170
3 TTTCTCTTCT
*
13 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGCTAGTCATTCAAATATAACATATTTTAACCAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGCTAG-CATTCAAATATAACATATTTTAACCAAAAA
* ********** *
78 TGTAAAAAAATCCAACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAANNNNNNNNNNGTGAGTAATAAGGC
65 TGTAAAAAAATCCAACTCAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
**
143 TTTTGAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGACTTTACTCTCTA
130 TTTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGACTTTACTCTCTA
* * *
184 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCATA-CATTC-AGTAATAGCATATTTTAACGAAA
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGA-GC-TAGCATTCAAAT-ATAACATATTTTAACCAAA
* * *
247 AATGTAAAAAAATCTAACTCAAAATCAATTATGAGAATATATAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
63 AATGTAAAAAAATCCAACTCAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
312 GCTTTCAAAGGCTTGAG
128 GCTTTCAAAGGCTTGAG
329 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 121, Mismatches: 21, Indels: 6
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 2 0.02
171 115 0.95
172 2 0.02
173 2 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.12, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (170 bp):
ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGCTAGCATTCAAATATAACATATTTTAACCAAAAAT
GTAAAAAAATCCAACTCAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGCTTGAGTAAATATAAATAGACTTTACTCTCTA
Found at i:2839 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2295--3134 Score: 771
Period size: 171 Copynumber: 4.9 Consensus size: 171
2285 NNNNNNNNNN
* * * * *
2295 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCTAAGGCTTGAGTGACTATAAATCGACATTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
* * * * *
2360 TCCCATGGATGACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCACACATTCAATTATAGCATATTTTAATCA
66 TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCA
**********
2425 AAAATGTANNNNNNNNNNACTTAAAA-CTAATTATGAGAATA
131 AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATA
* * * * *
2466 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTCTCAAAGGCTT-ATGTAACTAT-AATGGGCTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTGA-GTGACTATAAATGGACTTTTCT
** * * * *
2529 CTCCGTTGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGCAATCATTCACTTATA-AATTATTTTAAC
65 CTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCA-TATTTTAAC
* *
2593 CAAAAATGTAAAAAGATCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATA
129 CAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
********** *
2636 TAAAACCATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
** * * * * *
2701 TCCAATATATGGCTTTTGCTTCACT-TTTCCTGAGGTAAATATTCAATTATAGCACATTTTAATC
66 TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA-TGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC
* *
2765 AGAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGACTA
130 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
* * * * *
2807 TAAAACTATTTAAAACTAGTAAAAATGCTTTCAAATGCTCGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
1 TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
* * ** *** ********** * *
2872 TCCCATGGATGGCTTATGCTTCACATTT-CTCAAGGTTGACANNNNNNNNNNGCCTATTTTAAAC
66 TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACC
*
2936 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAGTCAATTATGAGAATA
130 AAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
* * * * *
2978 TGAAACCATTTAGAACAAGTAATAAA-GCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTATAAATAGACTTTTCT
1 TAAAACCATTTAAAACGAGTAA-AAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT
* *
3042 CGT-CAATGGATGGCTTTTGCTTTATGTTT-CTCGAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAA
65 C-TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCT-AAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAA
*
3105 CCAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAAT
128 CCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
3135 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 530, Mismatches: 128, Indels: 22
0.78 0.19 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 1 0.00
170 131 0.25
171 392 0.74
172 6 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.13, T:0.32
Consensus pattern (171 bp):
TAAAACCATTTAAAACGAGTAAAAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTC
TCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACCA
AAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
Found at i:3600 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 3365--4653 Score: 777
Period size: 171 Copynumber: 7.5 Consensus size: 169
3355 AAAAGTCTGC
* * * * *
3365 TTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCCTATTACTTGCTTTACAT-AGTTTTATATTCCCATAAT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAAT
* *
3429 TGATTTTAAGTTAGATTGTTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTGCCTCGA
65 TGATTTTAAGTTAGATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCGA
* * * * * *
3494 GAAATGTAAAGTAAAAGTCATCCATTGATGAGAAAAGTCTAT
129 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGA-GAGAAAAGTCCAT
* * *
3536 TTATAGTTACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCG-TTCTAAATGATTTCATATTCTCATAAT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTT-TAAATGATTTTATATTCTCATAAT
* * * ********** * *
3600 TGACTTTAAGTTAGATTTGTTTTACATTTTTGTTTAAAATAGGCNNNNNNNNNNTGTCAACCTTG
65 TGATTTTAAGTTAGA-TT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCG
*
3665 AGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGTCCAT
128 AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCAT
* * * *
3708 TTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCATTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
********** * * * *
3773 GATTTTAAGTTAGATTTTTNNNNNNNNNNAATTAAAATGTGCTATAATTGAATATTTACCTCGGG
66 GATTTTAAGTTAGATTTTT-TACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCGAG
* *
3838 AAAAGTGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCAT
130 AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCAT
* * * *
3879 TTATTGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
* * * * * *
3944 GGTTTTAGGTTGGATATTTTTACATTTTTGATTAAAATAAT-TTATAATTGAATGAT-TTCCT-T
66 GATTTTAAGTTAGAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAAT-ATGCTATAATTGAATG-TCTACCTCG
* * *
4006 AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCAAATGGAGAGAAAAGCCCAT
128 A-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATC-CATGGAGAGAAAAGTCCAT
* * * ***
4050 TTATAGTTACAT-AAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTATATTCTCANNN
1 TTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAA
******* * * * *
4113 NNNNNNNTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTGTGCCTCG
64 TTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCG
* * * * * *
4178 GGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATGGGAGAGAAATGTCTAT
128 AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCAT
* ********** * * *
4221 TTATAGTCACTCAAGCCTTAGNNNNNNNNNNTACTTGCTTTAAAT-AGTTTTATATCCCCATAAT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGA-TTTTATATTCTCATAAT
* * * ** * * *
4285 TAATTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTCTGGCTAAAATATTCTATAGTTGAATG-CTTGCCTC
65 TGATTTTAAGTTAG-A-TTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTC-TACCTC
* ********************
4348 -AGGAAACTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAGAGAAAAGTCCAT
127 GA-GAAACGT-GAAGCAAAAGCCATCCATGGAGAGAAAAGTCCAT
*
4392 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
** * * * * * *
4456 GGGTTTAAGTTAGATTATTTTACACTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCCT-TAG
66 GATTTTAAGTTAGATT-TTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCGA-
* * * *********** *
4520 GAAACGTAAATCAAAAGCGATCCATTNNNNNNNNNNCTACAT
129 GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCAT
* * * * * *
4562 TTACAGTCACTTAAGCATTTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
*
4627 GATTTTAAGTTAAATGTTTTTACATTT
66 GATTTTAAGTTAGAT-TTTTTACATTT
4654 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 843, Mismatches: 243, Indels: 64
0.73 0.21 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 125 0.15
171 563 0.67
172 149 0.18
173 4 0.00
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.14, T:0.37
Consensus pattern (169 bp):
TTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATT
GATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTCTACCTCGAGA
AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGAGAGAAAAGTCCAT
Found at i:5074 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 4759--5104 Score: 390
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 171
4749 NNNNNCTTGA
* * *
4759 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCCCTATATAGTCACTCAGGCCTTAGAA
1 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAATGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTAGAA
* ********** ** * * *
4824 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTGC
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAC
* * *
4889 ATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATG-TATGCCTCGG
131 ATTTCTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATGCT-TGCCTCAG
* * * * *
4930 GAAACATGATGTAAAAGTCATCCATAGGAGAGAAATGTCTATTTATAGTCACTCAAG-TTTAGAA
1 GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAATGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTAGAA
* *
4994 AGCCTTATTACTTACTTTAAATAGTTTTATATCCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAT
66 AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAC
* *
5059 ATTTCTGGCTAAAATATTCTATAGTTGAATGCTTGCCTCAG
131 ATTTCTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATGCTTGCCTCAG
5100 GAAAC
1 GAAAC
5105 TTNNNNNNNN
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 31, Indels: 3
0.81 0.18 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 92 0.64
171 51 0.36
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
GAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAATGTCCATATATAGTCACTCAAGCCTTAGAA
AGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATCCCCATAATTAATTTTAAGTTGAATTATTTTAC
ATTTCTGGCTAAAATATGCTATAATTGAATGCTTGCCTCAG
Found at i:6229 original size:173 final size:160
Alignment explanation
Indices: 5899--6218 Score: 347
Period size: 170 Copynumber: 1.9 Consensus size: 160
5889 NNNNNTTATA
* * * * * *
5899 GTCACTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGGTTT
1 GTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * *
5964 TAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTCAGGAAACTT
66 TAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTGCCTCAGGAAACAT
6029 AAAGCTAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAG
131 AAAGCTAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAG
* * *
6059 NNNNNNNNNNGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATATTCTCG
1 ----------GTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCA
**
6124 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTG
56 TAATTGATTTTAAGTTAGA---TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTG
* *
6189 CC-CTGAGAAACATGAAG-TAAAAGCCATCCA
118 CCTCAG-GAAACATAAAGCT-AAAGCCATCCA
6219 TGGGAGAGAA
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 16, Indels: 7
0.85 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
170 64 0.50
172 3 0.02
173 62 0.48
ACGTcount: A:0.31, C:0.13, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (160 bp):
GTCACACAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGATTTTATATTCTCATAATTGATTT
TAAGTTAGATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGACTGCCTCAGGAAACAT
AAAGCTAAAGCCATCCAATAGAGAGAAAAG
Found at i:6442 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5894--6591 Score: 627
Period size: 171 Copynumber: 4.1 Consensus size: 171
5884 NNNNNNNNNN
*
5894 TTATAGTCACTCAAG-TCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAAT
1 TTATAGTCACTCAAGCT-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAAT
* ** *
5958 TGGTTTTAAGTTGG-ATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGA-CTGCCTCA
65 TGATTTTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTCAGTTAAAATATGCTATAATTGAAT-ATCTGCCTCA
* * * * *****
6021 GGAAACTTAAAGCTAAAGCCATCCAAT-AGAGAGAAAAGNNNNN
129 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATGAGAGAGAAAAGTCCAT
***** * * * ** * *
6064 NNNNNGTCACACAAGCCTTTGAGAGCCTTATTACTCATTTTAAATGATTTTATATTCTCGTAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* * ** * *
6129 GATTTTAAGTTAGATTTTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTGCC-CT
66 GATTTTAAGTTGGA--ATTTTTTACATTTTCAGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTGCCTC-
* * * *
6193 GAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAATGTCCAT
128 AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCAT
************* *
6237 TTATAGTCACTCNNNNNNNNNNNNNCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTTTCATAATT
1 TTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* ** **
6302 GATTCTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTCAGTTAAAATATGCTATAATCAAATATCTGCCTCGGG
66 GATTTTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTCAGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTGCCTCAAG
*
6367 AAACATGCAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCAT
131 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCAT
* * * * **
6408 CTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAGGT
1 TTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
* * ** **
6473 GATTTTAAGTT-GAATTTTTT-TATATTTCTAGTTAAAATTTATTATAATTGAATGCCTGCCTCA
66 GATTTTAAGTTGGAATTTTTTACAT-TTTC-AGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTGCCTCA
* * * *
6536 AAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAATCCAT
129 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCAT
6579 TTATAGTCACTCA
1 TTATAGTCACTCA
6592 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 411, Mismatches: 107, Indels: 19
0.77 0.20 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 75 0.18
171 208 0.51
172 4 0.01
173 122 0.30
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.14, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
TTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATT
GATTTTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTCAGTTAAAATATGCTATAATTGAATATCTGCCTCAAG
AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCAT
Found at i:8695 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 8150--9084 Score: 936
Period size: 170 Copynumber: 5.5 Consensus size: 171
8140 TTTATAGTCA
* * * * **
8150 CTTTAAATGGTCTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-ATTTATAAATTTTTAATTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * * ** ** * ** * ** *
8214 TATATTATAATTGCACGCCTGCCTTGAGAAATATGAAGAAAAAGTTATCCATTTGCTAG-AAAAG
66 TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAAT
* * * *
8278 CCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCGTATTACTCG
131 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
8319 CTTGAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTT-GTAATTTTTTACATTTTTAGTTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * *
8383 ATATGTTATAATTGATTGTCTATCTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTA-AGAAAA
65 ATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAA
** ** * *
8447 A-CTATTTATAGTCACTCAAATCACTGAAAGCATTATCACTCG
129 ATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
8489 CTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAATTTAGATTTTTTGACATTTTTCGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * * *
8554 TATGTTGTAATTGAAAGTCTACCTCACGAAACGTGAAGCCAAAGCCATCCATTATAGAGAAAAAT
66 TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAAT
* * *
8619 ATATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCG
131 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * *
8660 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAAT
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * **
8725 TAT-TCTATAATTGAATG-CTTTCTTTGAA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAA
66 TATGT-TATAATTGAATGTC-TAC-CTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAA
* * * **
8787 AGTCCATTTATATTCACTCTCGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
128 AATCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
* * * * *
8831 C-TTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTCAGTTTTGGTTAAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
* * * ** * *
8895 TATGTTATAATTGATTGACTGCCTCAAGAATTGTGAAGCAAAAGCCATCTATTAGAGAGAAAAGT
66 TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAAT
*
8960 CTATTTATAGTCACTCAAACCTTTG-AAGCCCTTATTACTCG
131 CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCG
* * * * * ** **
9001 CTTTAAATGATTTTATATTCACATAATTGATTTTCAGTTGGGTTTTTTTTGTATTTTTTATTAAA
1 CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
*
9066 ATATGCTATAATTGAATGT
65 ATATGTTATAATTGAATGT
9085 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 634, Mismatches: 116, Indels: 29
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 44 0.07
170 340 0.54
171 212 0.33
172 37 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.13, T:0.40
Consensus pattern (171 bp):
CTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
TATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAAT
CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCG
Found at i:8771 original size:341 final size:341
Alignment explanation
Indices: 8280--9084 Score: 985
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 341
8270 TAGAAAAGCC
* * * *
8280 ATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCGTATTACTCGCTTGAAATGGTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * *
8345 TTGATTTTAGGTTGTAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGT-TATAATTGATTGTCTATCTT
66 TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATAT-TCTATAATTGAATGTCTATCTT
* * *
8409 AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGTA-AGAAAA-ACTATTTATAGTCACTCAAATCACT
130 AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAACCACT
* *
8472 GAAAGCATTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAATTTAGATTTTTT
194 GAAAGCATTATCACTCGC-TTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTT
* * * * *
8537 GACATTTTTCGTTAAAATATGTTGTAATTGAAAGTCTACCTCACGAAACGTGAAGCCAAAGCCAT
258 GACAGTTTTCGTTAAAATATGTTATAATTGAAAGACTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
*
8602 CCATTATAGAGAAAAATAT
323 CCATTAGAGAGAAAAATAT
* *
8621 ATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * *
8686 TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTCTGGTTAAATTATTCTATAATTGAATG-CTTTCTTT
66 TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATTCTATAATTGAATGTCTATC-TT
* * * *** **
8750 GAA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATATTCACTCTCGCCTTT
130 -AAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAACCACT
* * * * *
8814 GAAAGCCTTATTACTCGCTTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT
194 GAAAGCATTATCACTCGCTTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTG
* * ** * **
8879 TCAGTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTGACTGCCTCAAGAATTGTGAAGCAAAAGCCATC
259 ACAGTTTTCGTTAAAATATGTTATAATTGAAAGACTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATC
* * *
8944 TATTAGAGAGAAAAGTCT
324 CATTAGAGAGAAAAATAT
* * *
8962 ATTTATAGTCACTCAAACCTTTG-AAGCCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATATTCACATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * *
9026 ATTGATTTTCAGTTGGGTTTTTTTTGTATTTTTTA-TTAAAATATGCTATAATTGAATGT
65 ATTGATTTTAAGTT-GGATTTTTTTATA-TTTTTAGTTAAAATATTCTATAATTGAATGT
9085 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 394, Mismatches: 61, Indels: 16
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 11 0.03
341 313 0.79
342 66 0.17
343 4 0.01
ACGTcount: A:0.32, C:0.14, G:0.13, T:0.41
Consensus pattern (341 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
TTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATTCTATAATTGAATGTCTATCTTA
AGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAGAAAAGACCATTTATAGTCACTCAAACCACTGA
AAGCATTATCACTCGCTTAAAAGCTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTGAC
AGTTTTCGTTAAAATATGTTATAATTGAAAGACTACCTCAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA
TTAGAGAGAAAAATAT
Found at i:9469 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 9185--10364 Score: 1255
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 171
9175 NNNNNNNNNN
* * * * **
9185 TTCAAAGTCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTCTCTATAATGGATGGCTTTTCCTACATGTTTC
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* *
9249 CCAAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
*
9314 ATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
131 ATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
9355 TTCAAAGGCTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGGATGGCTTTTTCTTTACATTGC
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * *
9420 CTAAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAACCCAACTGAAAATCA
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
* * * *
9485 ATTATGTGAATATAAAATTATTTAAAACGAGCAATAAGGGC-
131 ATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA-GGCT
* * * * * *
9526 TTCAAAGGTTTTAATGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATAGATGCCTTTTGCTTCACAATTC
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * * * *
9591 TTAAGGCAGTCAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAACTGGAAAAAAATCCAACTTGAAATCA
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
* * *
9656 ATTATAAGAATATAAAAGCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
131 ATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * ** *
9697 TTCAAAGACTTGGGCGGA-TATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
1 TTCAAAGGCTTGAG-TGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC-ATT
* * * * * * * *
9761 TCC-AAAGAAGGCATTCAATTATAGCATAATTTAACCAGAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAAT
64 TCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAAT
* * *
9825 CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAATGATAAGGCT
129 CAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * * * *
9868 TTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATATATTTTTCTCTATAATGGATGGCTTTGGCTTCACGTTTC
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * * * * * * * *
9933 GTGAGGTAAACTTTCAATTACAACATATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATCCAAATTAAAATTA
66 CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
* * *
9998 ATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTGATAAGGCT
131 ATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* ** * *
10039 TTCAATGATTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCT-TACTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTT
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT
* * ** * * *
10102 CTTGAGATAGACAGTT-AATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAATTACAA-TCTAAAA
65 CCTAAGGCAGACA-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACT-TAAAA
* * *
10165 TCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATACGGCT
128 TCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * ** * ** * *
10209 TTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG-CATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTTCTTCATATTT-
1 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
* * ** * * *
10272 CTCAAGGCAGGCATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATC
66 CT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC
* * * *
10337 CATTATGAGAATAGAAGACCATTTAAAG
130 AATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAG
10365 TGACTATAAA
Statistics
Matches: 836, Mismatches: 160, Indels: 28
0.82 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
169 5 0.01
170 272 0.33
171 551 0.66
172 8 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTC
CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
ATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
Found at i:10403 original size:143 final size:142
Alignment explanation
Indices: 10221--10510 Score: 325
Period size: 143 Copynumber: 2.0 Consensus size: 142
10211 CAAAAGCTTG
* *
10221 AGTGACTATAAATGGCATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTTC-TT-CATATTTCTCAAGGCAGG-
1 AGTGACTATAAATGACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTTACAT-TTTC-CAAGG-AGGA
* * ** * * *
10283 CATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCCATTATGAGAA
63 CATTCAATAATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAA
*
10348 TAGAAGACCATTTAA
128 TAGAAAACCATTTAA
* ** * ** * *
10363 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTTCCAATGTGGACA
1 AGTGACTATAAAT-GACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGAGGACA
* * *
10428 TTCCATAATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTACAATCAATTATGAGAATA
65 TTCAATAATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATA
*
10493 TAAAACCATTTAA
130 GAAAACCATTTAA
10506 AGTGA
1 AGTGA
10511 GTAATAAGGC
Statistics
Matches: 122, Mismatches: 22, Indels: 7
0.81 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
142 15 0.12
143 98 0.80
144 6 0.05
145 3 0.02
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.11, T:0.35
Consensus pattern (142 bp):
AGTGACTATAAATGACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTTACATTTTCCAAGGAGGACAT
TCAATAATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAG
AAAACCATTTAA
Found at i:10676 original size:169 final size:170
Alignment explanation
Indices: 10363--10872 Score: 636
Period size: 170 Copynumber: 3.0 Consensus size: 170
10353 GACCATTTAA
* * * * *
10363 AGTGACTATAAATAGAC-TTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACATTTTCCAATG-TGGA
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTTCTC-CT-ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAA-GATAGT
* * * *
10426 CATTCCATAATAGCATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTACAATCAATTATGAGAA
63 CATTCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATAAATTATGAGAA
*
10491 TATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
128 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* *
10534 AGTGACTATAAATGGACTTTTTCTCCTATGTATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGTCAT
1 AGTGACTATAAATAGACTTTTTCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGTCAT
* * *
10599 TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCTAATTTAAAATAAATTATGAGAATAT
66 TCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATAAATTATGAGAATAT
* *
10663 AAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCTTG
131 AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
* * * * * *
10703 AGTAAATATAAATTGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTAA-ACA-TG
1 AGTGACTATAAATAGACTTTT-TCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCC-AAGATAGT-
* * * * * *
10766 CATTTAGTAATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAATTATAATA
63 CATTCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATAAATTATGAGA
* *
10830 ATATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
127 ATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
10873 AAGTTGTTGG
Statistics
Matches: 295, Mismatches: 37, Indels: 14
0.85 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 88 0.30
170 117 0.40
171 83 0.28
172 7 0.02
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
AGTGACTATAAATAGACTTTTTCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGTCAT
TCAATAATAGCATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATAAATTATGAGAATAT
AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
Found at i:10844 original size:483 final size:482
Alignment explanation
Indices: 9956--10847 Score: 1177
Period size: 483 Copynumber: 1.8 Consensus size: 482
9946 TCAATTACAA
* * * *
9956 CATATTTTAACCAAAAATGTCAAAAAATCCAAATTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCTTTT
1 CATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * *
10021 AAAGCGAGTGATAAGGCTTTCAATGATTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTTACTAATGGATGG
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTTACTAATGGATGG
*** *
10086 CTTTTGCTTCACGTTTCTTGAGATAGACAGTTAATTATAACATATTTTAACTAAAAATGTAAAAA
131 CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAGTTAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
* * * *
10151 ATTACAATCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGTGTGTAATACGGCTTTCAAAA
196 ATTA-AATCTAAAATAAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAA
* * * * * *
10216 GCTTGAGTGACTATAAATGGCATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTTCTTCATATTTCTCAAGGCA
260 GCTTGAGTAAATATAAATGACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCCAAGACA
* ** * * * *
10281 GGCATTCAATTATAATATATTTTAATTAAAAATTTTAAAAAATCTAACTTAAAATCCATTATGAG
325 GGCATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAG
*
10346 AATAGAAGACCATTTAAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTAC
390 AATAAAAGACCATTTAAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTAC
10411 ATTTTCCAATGTGGACATTCCATAATAG
455 ATTTTCCAATGTGGACATTCCATAATAG
* * *
10439 CATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTACAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
1 CATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
* * * * *
10504 AAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-TCTCCT-ATGTAT
66 AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAG-CTTTTCT-TACTAATGGAT
*
10567 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGTCA-TTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA
129 GGCTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAGTT-AATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAA
* *
10631 AAAATCT-AATTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCG
193 AAAAT-TAAATCTAAAATAAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA
* * ** ** *
10695 AAGGCTTGAGTAAATATAAATTGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCTA
257 AAAGCTTGAGTAAATATAAA-TGACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCC-A
* * * * *
10760 A-ACATGCATTTAGTAATAGTATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATTAAT
320 AGACAGGCATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAAT
*
10823 TATAATAATATAAAG-CCATTTAAAG
384 TATAAGAATA-AAAGACCATTTAAAG
10848 CAAGTAATAA
Statistics
Matches: 348, Mismatches: 53, Indels: 16
0.83 0.13 0.04
Matches are distributed among these distances:
482 71 0.20
483 263 0.76
484 14 0.04
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.12, T:0.35
Consensus pattern (482 bp):
CATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAAATTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATAGCTTTTCTTACTAATGGATGG
CTTTTGCTTCACGTTTCCCAAGATAGACAGTTAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA
ATTAAATCTAAAATAAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAG
CTTGAGTAAATATAAATGACATTTCTAGCCAATGGATAACTTTTGCTTCATATTTCCCAAGACAG
GCATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATAAGA
ATAAAAGACCATTTAAAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACA
TTTTCCAATGTGGACATTCCATAATAG
Found at i:11736 original size:52 final size:52
Alignment explanation
Indices: 11658--11770 Score: 156
Period size: 52 Copynumber: 2.2 Consensus size: 52
11648 AACATTGTCA
* * * *
11658 CTTAGTTGATTAAGTCGTCTCTGTCTTTGAACCTAGTTTTTGACAGTAAGCT
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTTTGAACCCAGCTTCTGACAGTAAGCT
*
11710 CTTAGTCGATTAAGTCGT-TCCTGTCTTTGAACCCAGCTTCTGGCAGTAAGCT
1 CTTAGTCGATTAAGTCGTCT-CTGTCTTTGAACCCAGCTTCTGACAGTAAGCT
*
11762 ATTAGTCGA
1 CTTAGTCGA
11771 CTAACACTGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 6, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
51 1 0.02
52 53 0.98
ACGTcount: A:0.21, C:0.20, G:0.20, T:0.38
Consensus pattern (52 bp):
CTTAGTCGATTAAGTCGTCTCTGTCTTTGAACCCAGCTTCTGACAGTAAGCT
Found at i:14698 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 14030--15482 Score: 1350
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 170
14020 NNNNNNNNNN
* * * *
14030 TTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTATAATGGATGACTTTTGGTTTACGTTT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT
* * * * *
14095 CTCT-AGGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCATAAGTGTAAAAAAATCCAACTTCAAAT
66 C-CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
** * *
14159 TTATGATGAGAATATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
130 CAATTATGAGAATATAAAACA-TTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
14201 TTTCAACGGGTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACG-TT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT
********** * * *
14265 NNNNNNNNNNACATTTAATTATAACATATTTTAAACA-AAAT-TACAAAAAAATATAACTTAAAA
66 CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGT--AAAAAAATCTAACTTAAAA
* * * *
14328 TTAATTATGTGCATATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGC
129 TCAATTATGAGAATATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
********* * * * *
14371 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAANNNNNNNNNNT-TGTC-AATGGCTGGCTTTAGC-TTGCTGT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAA-ATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTAC-GT
* * * * * * *
14433 TTCCCATGGTAGTCATTCAATTATAATA-ATTTTTAACTA-AAACTGTAAAAAAATCTAACGTAA
64 TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTTAACCATAAA-TGTAAAAAAATCTAACTTAA
*
14496 AATCAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
127 AATCAATTATGAGAATAT-AAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
14541 TTTCACAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTTGCGTTT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT
* * * * *
14606 CCTAAGGCAGAGATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATCCAACTTAAAATC
66 CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATC
* * *
14671 AATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGAGAATAATAAGGC
131 AATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
14712 TTTCAACA-GCTTGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCCCTAATGGATGGATTTTACTTCATGTT
1 TTTCAA-AGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTT
* * * * *
14776 TCCTAGGGTAGACATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
65 TCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
* * *
14841 TAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAGTAAGAC
130 CAATTATGAGAATATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* ** * *
14883 TTTCAAAGGCTTGTGTGACTGGAAATGG-CTTTTCT-TGAC-AATGGTTGGCTTTCGCTTCATA-
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT--CTAATGGATGGCTTTTGCTT--TAC
* * ** * *
14944 TTTTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAAGATAAATGTAAAGAAATCGAACTTAA
62 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
* *
15008 AATCAATTATGAGAATATAAAACCCTTGAAAGCGAGTAATAAGGC
127 AATCAATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * *
15053 TTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGG-CTTATCT-TGC-AATTGGATGGCTTTTGCATCAAGT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAA-TGGATGGCTTTTGCTTTACGT
* * * * *
15115 TTACC-AAGGCACACATTTAATTATAACATATTTTAACAATAAATGTAAAAAAATATCACTTAAA
64 TT-CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAA
* * * *
15179 ATAAATTATGAGAATATAAAACCGTTTAAAGCGAATAAAAAGGC
128 ATCAATTATGAGAATATAAAA-CATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
15223 TTTCACAGGCTTAAGTGACTATAAATGGA-TTTCTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTT
* * *
15287 T-CTCAAGGCAGGCATTCAATTATAGCATATTTTAACCA-AAATTGTAAAAAAATATAACTTAAA
65 TCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAA-TGTAAAAAAATCTAACTTAAA
** *
15350 ATCAATTATGTCAATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
128 ATCAATTATGAGAATATAAAAC-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *** * * *
15394 CTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAACATACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTCTTGCTTCACGTTT
1 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT
* *
15459 -CTCAAGGTAAACATTCAATTATAA
66 CCT-AAGGCAGACATTCAATTATAA
15483 TAAATNNNNN
Statistics
Matches: 1036, Mismatches: 209, Indels: 74
0.79 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
168 5 0.00
169 27 0.03
170 478 0.46
171 509 0.49
172 17 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTT
CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATC
AATTATGAGAATATAAAACATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:15347 original size:511 final size:511
Alignment explanation
Indices: 14030--15414 Score: 1501
Period size: 511 Copynumber: 2.7 Consensus size: 511
14020 NNNNNNNNNN
* ** * * ** * *
14030 TTTCAAAGGCTTGAG-CGACTATAAATGGACTTT-TCTCTATAATGGATGACTTTTGGTTTACGT
1 TTTCAAAAGCTTGAGTC-ACTATAAATGGACTTTCT-TCGCTAATGGACGGCTTTTGCATCAAGT
* * * * *
14093 TTCTCT-AGGCAGACATTCAAATATAATATATTTTAACCATAAGTGTAAAAAAAT-CCAACTTCA
64 TTC-CTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATATCAACTTAA
** * * * *
14156 AATTTATGATGAGAATATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCA-ACGGGTTGAGTGAC
128 AATAAATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCACA-GGCTTGAGTGAC
* * * ******** *
14220 TATAAATGGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTNNNNNNNNNNA-CATTTAAT
192 TATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT--TCCAAGGCAGCATTCAAT
* ** *
14284 TATAACATATTTTAAACAAAATTACAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGCATATAAAAC
255 TATAACATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGAATATAAAAC
* * ********** *
14349 TATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAANNNNNNNNNNTTGTCAATG
320 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTGACAATG
* * * * * * *
14414 GCTGGCTTTAGCTTGCTGTTTCCCATGGTAGTCATTCAATTATAATAATTTTTAACTAAAACTGT
385 GCTGGCTTTAGCTTGCTATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACAATTTTAAAATAAAACTGT
* * *
14479 AAAAAAATCTAACGTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
450 AAAAAAATCGAACGTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * ***
14541 TTTCACAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTTGCGTTT
1 TTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCTTCGCTAATGGACGGCTTTTGCATCAAGTTT
* * *
14606 CCTAAGGCAGAGATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAATG-AAAAAAA-ATCCAACTTAAAA
66 CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATAT-CAACTTAAAA
* *
14669 TCAATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGAGAATAATAAGGCTTTCAACA-GCTTGAGTGACTA
130 TAAATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTC-ACAGGCTTGAGTGACTA
* * * * * * *
14733 TAGATGGACTTTTCTCCCTAATGGATGGATTTTACTTCATGTTTCCTAGGGTAGACATTCAATAA
194 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGCAG-CATTCAATTA
* * * *
14798 TAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTA
257 TAACATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGAATATAAAACTA
* * * * *
14863 TTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGTGTGACTGGAAATGGCTTTTCTTGACAATGGT
322 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTGACAATGGC
* **
14928 TGGCTTTCGCTT-CATATTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAAGAT-AAA-TG
387 TGGCTTTAGCTTGC-TATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACA-ATTTTAAA-ATAAAACTG
* * *
14990 TAAAGAAATCGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCCTTGAAAGCGAGTAATAAGGC
449 TAAAAAAATCGAACGTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
*
15053 TTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGG-CTTATCTT-GC-AATTGGATGGCTTTTGCATCAAGT
1 TTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGACTT-TCTTCGCTAA-TGGACGGCTTTTGCATCAAGT
* * *
15115 TTACC-AAGGCACACATTTAATTATAACATATTTTAACAATAAATGTAAAAAAATATC-ACTTAA
64 TT-CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATATCAACTTAA
* * *
15178 AATAAATTATGAGAATATAAAACCGTTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTCACAGGCTTAAGTGACT
128 AATAAATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACT
15243 ATAAATGGA-TTTCTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCAAGGCAGGCATTCAAT
193 ATAAATGGACTTT-TCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGCA-GCATTCAAT
* * *
15307 TATAGCATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATATAACTTAAAATCAATTATGTCAATATAAAAC
255 TATAACATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGAATATAAAAC
* * *
15372 TATTTAAAGAGAGTAATAAGGCCTTCAAAAGCTTGAGTGACTA
320 TATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
15415 TAAACATACT
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 123, Indels: 44
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 18 0.02
511 449 0.62
512 248 0.34
513 13 0.02
514 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (511 bp):
TTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGACTTTCTTCGCTAATGGACGGCTTTTGCATCAAGTTT
CCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATATCAACTTAAAAT
AAATTATGAGAATATAAAATCGTTTAAAGCGAATAATAAGGCTTTCACAGGCTTGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGCAGCATTCAATTATAAC
ATATTTTAACCAAAATTGTAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGAATATAAAACTATTTA
AAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTGACAATGGCTGGC
TTTAGCTTGCTATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAACAATTTTAAAATAAAACTGTAAAAAA
ATCGAACGTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAGCGAGTAATAAGGC
Found at i:15348 original size:682 final size:679
Alignment explanation
Indices: 14030--15484 Score: 1612
Period size: 682 Copynumber: 2.1 Consensus size: 679
14020 NNNNNNNNNN
* * * *
14030 TTTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATGGACTTTTCTCTATAATGGAT-GACTTTTGGTTTACGTT
1 TTTCAAA-GCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGA-TTTTGCTTCACGTT
* * * *
14094 TCTCTAGGCAGACATTCAA-ATATAATATATTTTAACCATAAGTGTAAAAAAATCCAACTTCAAA
64 TC-CTAGGTAGACATTCAATA-ATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAA
* * * * *
14158 TTTATGATGAGAATATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAACGGGTTGAGTGACTAT
127 TTAATGATGAGAATATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAG
* ********** *
14223 AAATGGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGCTTTACGTTNNNNNNNNNNACATTTAATTATA
192 AAATGGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTCGCTTTACGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATA
* * * * *
14288 ACATATTTTAAACAAAATTACAAAAAAATATAACTTAAAATTAATTATGTGCATATAAAACTATT
257 ACATATTTTAAACAAAATTA-AAAAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT
* * * ********** *
14353 TAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAANNNNNNNNNNTTGTCAATGGCTG
321 GAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGCTTATCTTGTCAATGGATG
* * * * * ** * *
14418 GCTTTAGCTTGCTGTTTCCCATGGTAGTCATTCAATTATAATAATTTTTAACTAAAACTGTAAAA
386 GCTTTAGCATGCAGTTTACCAAGGCACACATTCAATTATAACAATTTTTAACTAAAAATGTAAAA
* * * * *
14483 AAATCTAACGTAAAATCAATTATGAGAATATGAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCACA
451 AAATATAACGTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTCACA
* * **
14548 GGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTTGCGTTTCCTAAGG
516 GGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGG
*
14613 CAGAGATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
581 CAGAGATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATG
* *
14678 AGAATATAAAA-TCGTTTAAAGAGAATAATAAGGC
646 ACAATATAAAACT-ATTTAAAGAGAATAATAAGGC
* * * *
14712 TTTCAACAGCTTGAGTGACTATAGATGGACTTTTCTCCCTAATGGATGGATTTTACTTCATGTTT
1 TTTCAA-AGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTT
*
14777 CCTAGGGTAGACATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATT
65 CCTA-GGTAGACATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATT
* * * *
14842 AATTATGAGAATATAAAACTA-TTTAAAGCGAGTAGTAAGACTTTCAAAGGCTTGTGTGACTGGA
129 AATGATGAGAATATAAAA-TAGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGA
* * *
14906 AATGG-CTTTTC-TTGAC-AATGGTTGGCTTTCGCTTCATA-TTTTTCAAGGCAGACATTCAATT
193 AATGGACTTTTCACT--CTAATGGATGGCTTTCGCTT--TACGTTTTCAAGGCAGACATTCAATT
* * *
14967 ATAACATATTTTAAAGATAAATGT-AAAGAAATCGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
254 ATAACATATTTTAAACA-AAAT-TAAAAAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* *
15031 CCTTGAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGCTTATCTTG-CAATT
317 CATTGAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGCTTATCTTGTCAA-T
* *
15095 GGATGGCTTTTGCAT-CAAGTTTACCAAGGCACACATTTAATTATAAC-ATATTTTAAC-AATAA
381 GGATGGCTTTAGCATGC-AGTTTACCAAGGCACACATTCAATTATAACAAT-TTTTAACTAA-AA
* * *
15157 ATGTAAAAAAATATCACTTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCGTTTAAAGCGAATAAAAAGG
443 ATGTAAAAAAATATAACGTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAATAAAAAGG
* *
15222 CTTTCACAGGCTTAAGTGACTATAAATGGA-TTTCTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
508 CTTTCACAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTT-TCTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTCACGT
* * * * *
15286 TT-CTCAAGGCAG-GCATTCAATTATAGCATATTTTAACCA-AAATTGTAAAAAAATATAACTTA
572 TTCCT-AAGGCAGAG-ATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAA-TGAAAAAAAATACAACTTA
* *
15348 AAATCAATTATGTCAATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAATAAGGC
634 AAATCAATTATGACAATATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGC
* *** * * *
15394 CTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAACATACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTCTTGCTTCACGTTT
1 TTTC-AAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTT
* * *
15459 CTCAAGGTAAACATTCAATTATAATA
65 C-CTAGGTAGACATTCAATAATAATA
15485 AATNNNNNNN
Statistics
Matches: 641, Mismatches: 110, Indels: 44
0.81 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
680 1 0.00
681 42 0.07
682 580 0.90
683 17 0.03
684 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (679 bp):
TTTCAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGATTTTGCTTCACGTTTC
CTAGGTAGACATTCAATAATAATATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAA
TGATGAGAATATAAAATAGTTTAAAGCGAGTAATAAGACTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAAT
GGACTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTCGCTTTACGTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAACAT
ATTTTAAACAAAATTAAAAAAAATAGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTGAAAA
CGAGTAATAAGGCTTTCAAAAGCTTGAGTCACTATAAATGGCTTATCTTGTCAATGGATGGCTTT
AGCATGCAGTTTACCAAGGCACACATTCAATTATAACAATTTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATA
TAACGTAAAATAAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAATAAAAAGGCTTTCACAGGCTT
AAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGACGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGAG
ATTCAATTATAACAAAATTTAACCATAAATGAAAAAAAATACAACTTAAAATCAATTATGACAAT
ATAAAACTATTTAAAGAGAATAATAAGGC
Found at i:16240 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 15952--16860 Score: 701
Period size: 170 Copynumber: 5.3 Consensus size: 169
15942 NNNNNNNNNN
* * * * *
15952 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGAGAGTAGTAAG
1 AATGT-AAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * ** * * *
16017 GCTTTCAAAAGCTTGTGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTGGCAACGGTTGGCTTTTGCATCATGTC
65 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT-
*
16082 TTTC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACATA
129 TTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAA
* * * * *
16122 AATGTAATGAAATTCAACATAAAATCGATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAACAAG
1 AATGTAA-AAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
*
16187 GCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
65 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTT
* *
16252 TTCTATGGTAGACGATT-AATTATAACATATTTT-AACAAAA
130 TTCTAAGGCAGAC-ATTCAATTATAACATATTTTAAAC-AAA
* ** ** * *
16292 AATATAAAAAAGTCC-AC-TCTTAATCAATTACAAGAATACAAAACCATTTAAAGCGAGTTATAA
1 AATGTAAAAAA-TCCAACAT-AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * * * *
16355 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATAGACTTTT-GTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
64 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAAT-GGCTTTTCCTATC-AATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * *
16419 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTGTAGCACATTTTAACCAAA
127 GTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAA
* * **********
16462 AATGTGAAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGTGAATCTAAAACCATTTNNNNNNNNNNATAA-
1 AATGT-AAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
16526 GCATTTCAAAGTCTTGAGTTACTATAAATGGAC-TTTCGCTAT-AATTGATAGCTTTTCGC-ACA
65 GC-TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTC-CTATCAATGGATGGCTTTT-GCTTCA
* * * ********** *
16588 TGTTTTCCAAGGTAGACATTTAATTNNNNNNNNNNTTAACCAAA
126 TGTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAA
* * * *
16632 AATATAAAAAAAAT-CAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCGTTTAAAGCGAGTAATAA
1 AATGT--AAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* *********** * *
16696 AGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTNNNNNNNNNNNNTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGTTTCAT
64 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGCTTTTC-CTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * *
16760 GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTA-AAGCATATTTCAACCAAA
127 GTTTTCTAAGGCAGACATTCAATTATAA-CATATTTTAAACAAA
* *
16803 AATATAAAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATCTAAAACCATTTAAAGCGAG
1 AATGT-AAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAG
16861 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 572, Mismatches: 141, Indels: 51
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 82 0.14
170 318 0.56
171 168 0.29
172 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.31
Consensus pattern (169 bp):
AATGTAAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCCTATCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
TCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAACAAA
Found at i:18175 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 17861--19523 Score: 1745
Period size: 171 Copynumber: 9.7 Consensus size: 171
17851 NNNNNNNNNN
* * * * *
17861 ATTTCTAGTCACAT-AAGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 ATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * *
17925 ATTAATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTAATTGTTAAAATATGTTATAATTGATCAT-T-TGGC
65 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGA--ATGTCTGCC
** * * ** *
17988 TCTTGAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTATCGAGAAAAGTTC
128 TCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * *
18032 ATTTATAGTCA-TGCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATA
1 ATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
** *
18096 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTGTATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTGCCTC
65 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC
*
18161 AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
130 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * ** * *
18203 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAAATAATTTTAGATTCCCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * * * * * * * *
18268 TTAATTTTACGTTGGATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATTTATTATAATTGAATGTTTACCTTG
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
* * * * *
18333 AGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCTATTCGAGAGAAAAGTCT
131 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * * * *
18374 GTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATGGTTTTATATTCACATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * *
18439 TTGATTTTAAGTCAGATTTTTTTATAATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-CATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC
** * *
18503 GAGAAACATGAAGCAAAAATCATCCATTAAAGAGAAAAATCC
130 GAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * * *
18545 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAACGATTTTATATCCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * * * * *
18610 TTTATTTTAAGTTATATATTTTTACATTTATTGTTAAAATATGTTAAAATTAAATGTGTGCCTTG
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
* * * *
18675 -GTAAACTTGATGCAAAAGCAATCCAATT-GCA-AGATAAG-CC
131 AG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAG-AGAGAAAAGTCC
* * * *
18715 ATTTATAGTTACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTCAAGGGTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * **
18780 TTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTACATTTATGTTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTA
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
* * *
18845 AAAAATATGAAGCAAAAGCCAACCATT-GTCA-AGAAAAG-CC
131 AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCC
** * ** * * **
18885 ATTTCCATTCACAGAAGCCTTAGAAAGTCTTACAACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * *
18950 TTAATTTTAGGTTAGATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATATGTTATTATTGAATGTCTACCTC-
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
* * *
19014 AGAAAACATGAAGTAAAATCCATCCATTAGGGAGAAAAGTCC
131 AG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * *
19056 ATCTATAGTCACTCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCTCATA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA
* * * * *
19120 ATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTT-AAATTTAGTTATAATTGAATCTCTGTCT
65 ATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATAT-GTTATAATTGAATGTCTGCCT
* * *
19184 TG-GGAA-ATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCC
129 CGAGAAACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
* * *
19227 ATTTATAGTCATTCAAGCCTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* * * * * * * *
19292 ATGATTTTATGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAA-ATTGTTATAATTGAATGACTACCAT
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATA-TGTTATAATTGAATGTCTGCC-T
* * * *
19356 -GGGAAACA-GCAAGCTAAAGCCAGCCATT-GACAAGAAAAGT-C
129 CGAGAAACATG-AAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCC
* * * *
19397 ATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATGCACATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
* *
19462 TTAATTTTAAGTTAGA-TTGTTTAGCAATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCC
66 TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-C-ATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCC
19524 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (171 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAA
TTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCG
AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCC
Found at i:19173 original size:682 final size:677
Alignment explanation
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17851 NNNNNNNNNN
* * * * *
17861 ATTTCTAGTCACAT-AAGCCTTTAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATA
1 ATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGA-TTTTATATTCTCATA
* * * *
17925 ATTAATTTTAAGTTGGATATTTTTACATTAATTGTTAAAATATGTTATAATTGATCATTTG-GCT
64 ATTAATTTTAAGTTAGATATTTTTACATTTATTGTTAAAATATGTTATAATT-A-AATGTGTGC-
* * *
17989 CTT-GAAACGTGAAGCAAAAGCTATCCATTATCGAGAAAAGTTCATTTATAGTCATGCAAGCCTT
126 CTTGGAAAC-TGAAGCAAAAGCAATCCATT-GCAAGAAAAG-TCATTTATAGTCAT-CAAGCCTT
* * *
18053 TGAAAGCCTTATTACTAGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTT
187 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTCT
** * *
18118 TTGTATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
252 TTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCA
* * * **
18183 TCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTCTAA
317 ACCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACAAGCCTTTAAAAGCCTTACAACTCGCTCTAA
* * *
18248 ATAATTTTAGATTCCCATAATTAATTTTACGTTGGATTTTTTCATATTTTTGATTAAAATTTATT
382 ATAATTTTAGATTCCCATAATTAATTTTACGTTAGATTTTTTCACATTTTTGATTAAAATATATT
* * * * * * ** *
18313 ATAATTGAATGTTTACCTTGAGAAACGTGAAGCAAGAGCCATCTATTCGAGAGAAAAGTCTGTTT
447 ATAATTGAATGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATCT
* * *
18378 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACTCTCCTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGA
512 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAACGGTTTTATATTCACATAATTGA
*
18443 TTTTAAGTCAGATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAA
577 TTTTAAGTCAGATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTGCCTCG-GAA
*
18508 ACATG-AAGCAAAAATCATCCATTAAAGAGAAAAATCC
641 A-ATGAAAGCAAAAACCATCCATTAAAGAGAAAAATCC
* *
18545 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAACGATTTTATATCCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GATTTTATATTCTCATAA
* * *
18610 TTTATTTTAAGTTATATATTTTTACATTTATTGTTAAAATATGTTAAAATTAAATGTGTGCCTTG
65 TTAATTTTAAGTTAGATATTTTTACATTTATTGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTGTGCCTTG
* * * * *
18675 GTAAACTTGATGCAAAAGCAATCCAATTGCAAGATAAGCCATTTATAGTTACTCAAGCTTTTGAA
130 G-AAAC-TGAAGCAAAAGCAATCC-ATTGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCA-TCAAGCCTTTGAA
* ** * *
18740 AGCCTTATTACTCGCTTTCAAGGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTAC
191 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTCTTTAC
* * *
18805 ATTTATGTTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAAAAAATATGAAGCAAAAGCCAACCA
256 ATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCA
* * * * *
18870 TT-GTCA-AGAAAAG-CCATTTCCATTCACAGAAGCC-TTAGAAAGTCTTACAACTCGCTTTAAA
321 TTAG--AGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACAAGCCTTTA-AAAGCCTTACAACTCGCTCTAAA
** * * * ** * *
18931 TGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAGGTTAGATTTTTTTGCATTTTTGGTTAAAATATGTTA
383 TAATTTTAGATTCCCATAATTAATTTTACGTTAGATTTTTTCACATTTTTGATTAAAATATATTA
* * * *
18996 TTATTGAATGTCTACCTCAGA-AAACATGAAGTAAAATCCATCCATTAGGGAGAAAAGTCCATCT
448 TAATTGAATGTCTACCT-AGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATCT
* * *
19060 ATAGTCACTCAAG-CTATTGAAAGCCTTATTATTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATTG
512 ATAGTCACTCAAGCCT-TTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAACGGTTTTATATTCACATAATTG
** * * * *
19124 ATTTTAAGTTGGATTTTTTTA-CATTTATGGTT-AAATTTAGTTATAATTGAATCTCTGTCTTGG
576 ATTTTAAGTCAGATTTTTTTATAATTT-TGGTTAAAATAT-GTTATAATTGAATCTCTGCCTCGG
* * ** *
19187 GAAATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCC
639 AAAATG-AAAGCAAAAACCATCCATTAAAGAGAAAAATCC
* * * *
19227 ATTTATAGTCATTCAAGCCTGTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCATATTCTCATAA
1 ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-GATTTTATATTCTCATAA
* * * * * * ** *
19292 ATGATTTTATGTTAGATTTTTTTATATTT-TTAGTTAAAA-ATTGTTATAATTGAATGACTACCA
65 TTAATTTTAAGTTAGATATTTTTACATTTATT-GTTAAAATA-TGTTATAATTAAATGTGTGCC-
* * * * *
19355 TGGGAAACAGCAAGCTAAAGCCAGCCATTGACAAGAAAAGTCATTTATAGTCAGTCAAGCCTTTG
127 TTGGAAACTG-AAGCAAAAGCAATCCATTG-CAAGAAAAGTCATTTATAGTCA-TCAAGCCTTTG
* * *
19420 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATGCACATAATTAATTTTAAGTTAGA-TTGTTT
189 AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTCTTT
*
19484 AGCAATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCC
254 A-C-ATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCC
19524 NNNNNNNNNN
Statistics
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Consensus pattern (677 bp):
ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAGATTTTATATTCTCATAAT
TAATTTTAAGTTAGATATTTTTACATTTATTGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTGTGCCTTGG
AAACTGAAGCAAAAGCAATCCATTGCAAGAAAAGTCATTTATAGTCATCAAGCCTTTGAAAGCCT
TATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTCTTTACATTTA
TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATTAGA
GAGAAAAGTCCATTTACAGTCACACAAGCCTTTAAAAGCCTTACAACTCGCTCTAAATAATTTTA
GATTCCCATAATTAATTTTACGTTAGATTTTTTCACATTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAA
TGTCTACCTAGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATCTATAGTCACT
CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCCTTAAACGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTC
AGATTTTTTTATAATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATCTCTGCCTCGGAAAATGAAAGCA
AAAACCATCCATTAAAGAGAAAAATCC
Found at i:20621 original size:171 final size:168
Alignment explanation
Indices: 20330--20768 Score: 481
Period size: 171 Copynumber: 2.5 Consensus size: 168
20320 NNNNNNNNNA
* ** *
20330 AATGTCTACCTTGGAAAACGTCCAGCAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCA
1 AATGTCTACCTAGGAAAA-GTGAAGCAAAAGCCAT-CATTAG-AA-AAAAGTCCATTTATAGTCA
* * * * * * * *
20395 -TGCAAGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCAATTTAAGTAATTTTATATTCTCATAATTGATTTGAA
62 CT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGATTCACATAATTCATTTGAA
* * *
20459 GTTGGATT-TTTTTACA-TGTTTGCTTAAAATTTGTTATAATTG
126 GTTGAATTCTTTTCACATTGTTAG-TTAAAATTTGTTATAATTG
20501 AATGTCTACCTAGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
1 AATGTCTACCTAGGAAAA-GTGAAGCAAAAGCCATC-ATT--AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCA
* * ** * *
20566 CTTAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTTAGATTCACATAATTCATTTTATG
62 CTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGATTCACATAATTCATTTGAAG
20631 TTGAATTCTTTTCACATTGTTAGTTAAAATTTGTTATAATTG
127 TTGAATTCTTTTCACATTGTTAGTTAAAATTTGTTATAATTG
* *
20673 AATGTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAGAAAAAAGTCCATTTATATTC
1 AATGTCTACC-TAGGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCAT-CATT--AGAAAAAAGTCCATTTATAGTC
* * *
20737 ACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATCACTCGATT
61 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATT
20769 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 228, Mismatches: 31, Indels: 17
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
170 1 0.00
171 107 0.47
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Consensus pattern (168 bp):
AATGTCTACCTAGGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCATTAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGATTCACATAATTCATTTGAAGTTGA
ATTCTTTTCACATTGTTAGTTAAAATTTGTTATAATTG
Found at i:20706 original size:172 final size:170
Alignment explanation
Indices: 20376--20768 Score: 477
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20366 CATTAGCAAG
* * * * * * *
20376 AAAAGTCCATTTGTAGTCA-TGCAAGTCTTTGAAAGTCTTATTACTCAATTTAAGTAATTTTATA
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGA
* * * * *
20440 TTCTCATAATTGATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATGTTTGCTTAAAATTTGTTATAATTGAATG
65 TTCACATAATTCATTTGAAGTTGAATTTTTTCACATGTTAGCTTAAAATTTGTTATAATTGAATG
* **
20505 TCTACCTAGGAAAATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGAGAA
130 TCTACCTAAGAAAA-GTGAAGCAAAAGCCATCAATTAAAGAA
* * **
20547 AAAAGTCCATTTATAGTCACTTAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATGGTTTTAGAT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGAT
* *
20612 TCACATAATTCATTTTATGTTGAATTCTTTTCACATTGTTAG-TTAAAATTTGTTATAATTGAAT
66 TCACATAATTCATTTGAAGTTGAATT-TTTTCACA-TGTTAGCTTAAAATTTGTTATAATTGAAT
*
20676 GTCTACCTTAAGAAACA-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAAAGAA
129 GTCTACC-TAAGAAA-AGTGAAGCAAAAGCCATCAATTAAAGAA
* * * *
20719 AAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATCACTCGATT
1 AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATT
20769 TAANNNNNNN
Statistics
Matches: 189, Mismatches: 28, Indels: 9
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
171 73 0.39
172 104 0.55
173 11 0.06
174 1 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTCAAATAATTTTAGAT
TCACATAATTCATTTGAAGTTGAATTTTTTCACATGTTAGCTTAAAATTTGTTATAATTGAATGT
CTACCTAAGAAAAGTGAAGCAAAAGCCATCAATTAAAGAA
Found at i:21583 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 20910--25012 Score: 3528
Period size: 171 Copynumber: 23.8 Consensus size: 171
20900 NNNNNNNNNN
* * * * *
20910 TAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAAATTCACATAATTAAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * *
20975 TTTAAGTTAGATTTTTTCACATTCTTGATTAAAATTTGTTATAATTGAATCTTTACCTTAGGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* ** * * * *
21040 CGTGAAGCCCAAGCCATCCATTGGTGAGAAAAGTTCACTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
21081 TAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAACAGTTTTATATTATAATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * *
21146 TTTAAGTTAGA-ATTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTTAATGTCTACCTTAAGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * **
21210 CATGAAGCAAAAGCTATCCATTTGTA-A-AAAAAACCATTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTA
* * * **
21250 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAGGCCTTATTACGCGCTGTAAAGGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * * *
21315 TTTAAGTTGGATTTCTTTACATTTATGTTTAAAATATGTTATAATTAAATGCCTGCATCAAGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * *
21380 CATGAAGTAAAAGCCAACCATT-GTTA-AGAAAAG-CCATTTC
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * *
21420 TAGTCACACAAGCTTTTGAAAGCCTTACTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAACTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * *
21485 TTTAAGTTAGATTGTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATGTTATAATTGAAGGTCTGCCTTAGGAA
66 TTTAAGTTAGATT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
*
21550 ACATGAAGCAAAATCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* ***
21592 TAGTCACTCAAGCCTTTTAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACCTTTTTATATTCTC-TGAATTGA
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT-AATTGA
* * * * * *
21656 TTTTAAGTT-GAATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCT-TCTTGGGG
65 TTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
*
21719 AA-ATGCAAAGCAAAAGCCATCCATTAGATAGAAAAGTCCATTTA
129 AACATG--AAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * ** * * * *
21763 TAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTTCTCATTTTAAATGGTTTCATATTCTAATAATCGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* *
21828 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGAT-TGCCTTAGTAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGGAA
* * * *
21892 ACGTGAAGCAAAAGCTAACCATTGGTAG-GAAAAGAT--ATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAG-TCCATTTA
* * *
21933 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGTCTTGTTACTCGCTTTAAAT-GATTTTATATTCTCATAATTAA
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATATTCTCATAATTGA
* * ** *
21997 TTTTAAGTTAGATTTTTGTACATTTTTTGATTAAAATATAATATAATTGAATGTCTGCCTTGGGA
65 TTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * **
22062 AATACGAAGCAAAA-CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTA
129 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * **
22104 TAGTCATTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* ** * * * * * * * *
22169 TTTAAGTTAGATTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGT-TAGATT-T-TTTTACATTTTTG-AT
66 TTTAAGTTAGA-TTTTT-TT-ACATTTTTG-GTTAAAATAT-G-TTATAATTGA-ATGTCTGCCT
* * ** * * * * *
22230 TCA--AATATATTATAATAGAATGTC-TGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAG-CCTTTTA
124 T-AGGAA-ACATGA-AGCA-AAAGCCATCCATT-----A-GAG-AG-AAAAGTCCATTTA
* *** * * * * * * ** * * *
22286 TTA-TAGAGAAAAGTTCATTCATAG--TCACT-CAAGACTTTGAA-AGTCTTATA-ACTCGATTT
1 -TAGT-CACTCAAG-CCTTTGAAAGCCTTATTACTCG-CTTTAAATAGTTTTATATTCTC-A--T
22345 AAATGGTTTTAGATTCATGTAATTGATTTTA-AGTTGGATTGTTTCACATTTTTGGTTAAAATAT
59 -AA-----TT-GATT--T-TAA--G---TTAGA-TT---TT-TTT-ACATTTTTGGTTAAAATAT
* * * * ** * * * *
22409 GATATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAATGTAAAGCGAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAGTCCA
103 GTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCA
22474 TTTA
168 TTTA
* * * * *
22478 TAGTCACTCAAACCTTTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAT-GATTTTATATGCTCATAATTGG
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG-TTTTATATTCTCATAATTGA
* * * * * * ** *
22542 TTATAAGTTGGATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTGTAATAGAATGTTTTTCTTGGGAA
65 TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* * * **
22607 ATATGAACCAAAAGGCATCCATGGGA-ATGAAAAGTCCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA-GAAAAGTCCATTTA
* *
22649 TATTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * ** * *
22714 TTTAAGTTGGATTTCTTTACATTTTTTATTCAAATATGTTATAATTGAATGAT-TGCCTTGGGAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGGAA
** * * *
22778 ATGTGAAGCAAAGGCCATTCATTAGAGGGAAAAGTCCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
22820 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * ** * * * *
22885 TTTAGGTTGGATTTTTTGACAATTCCGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGACTG-CGTCGAGAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-GAA
* * *
22949 ACATGAAG-AAAAGCCATCCGTTAGAGAGAGAAGCCCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* ** * * * * ** *
22990 TAGTCACTCAAGCCTTTAAAAAACTTATTACTCACTGTAAA-AGGTTTTATATGCTGATCTTTTA
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGA
* * *
23054 TTTTAAGTGT-GATTTTTTTTACATTTTTGGTTTAAATATGTTATAATTGAATCTCCGCCTT-GA
65 TTTTAAGT-TAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAG-
* *
23117 GAAAGATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAATAGTCCATTTA
127 GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * *** * *
23162 TAGTCATTCAAGCCTTTG-AAGACCTTATTTCTTTTTTTAAACTA-TTTTATATTTTCATAATTA
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * *
23225 ATTTAAAGTTAGATTTTTTTACAATTGTGGTTGAAATATGTTATAATTGAATGTTTACGTCAAGA
64 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGA
* * *
23290 AACATAAAGCAAAAGTCATCCATTAGGGAGAAAAGTCCATTTA
129 AACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * ** ** * *
23333 TAGTTATTCAAGCCTTAGACAGCCTTATTAATCAATTTAAAGGGTTTTACATTCTTATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * *
23398 TTTGAGTTGGATTTTTTTATATTTTCGATTGAAATATGTTATAATTGAATGTCTGTCTTAGGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* *
23463 CA-CAAGGCAAAAGCCA-CTCGTTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
131 CATGAA-GCAAAAGCCATC-CATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * * *
23504 TAGTCCCTTAAG-CTTTTAAGAGCCTTATTTCACGTTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAACTAA
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGA
* * * *
23568 TTTTAAGTTAGATTTTTTTAAAATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGAT-TTCCTTAAG
65 TTTTAAGTTAGATTTTTTT-ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTTAGG
* * * * ** * *
23632 AAACCTAAAGTAAAAGCTATCTGTTAGAGGGAAAAGTCTATTTA
128 AAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
23676 TAGTCACTCAACCCTTTAAAAACCTAATTACTCACCTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
** ** * * *
23741 TTTATCTTAGATTTTTTTACATTTTTTATT-AAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTCAGGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * *
23805 CGTGAAGTAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGTCTATTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * *
23846 TAATCACTCAGGCCCTTGGAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTAGATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * ** *
23911 TTCAAGTTAGATTTTTTTATATCTTTAGTTAAAATATACTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* ** * *
23976 CGTGAAGCAAAAGTAATCCATTAGAGAAAAAAGTCCGTTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
24017 TAGTTACTCAAGCCTTGGAAAGCTTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * * *
24082 TTTAAGTTGGATATTTTTACTTTTTTGGTTGAAATATATTATAATTGAAAGTCTACCTTGGGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * *
24147 CGTAAAGTAAAAGCCATCCGTTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * *
24188 GAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACACGGTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * * * *
24253 TTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATCTTATAGTTGAATGT-TAACCTCAAGAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGGAA
** * ** *
24317 ATGTGAAGCAAAAGCGATCCATGGGAGAGAAAAGTTCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * * * * * *
24359 TAGTTACTTAAGCCCTTGAAAGGCTTATTACCCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAACTAAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* ** * * * * * *
24424 TTTAAGTTAGATTTTTTAACATTTTTGACTAAAATATATTATAATTAAATATCTACCTCAAGAAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
* * * *
24489 CATAAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGGGAAAAGTCTATTTA
131 CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * *
24530 TAGTCACTCAAACCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * *
24595 TTTAAGTTAGATTTGTTTACATTTTTGATTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTGCCTTACGAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAA
* *
24659 ACATAAAGCAAAAGCCATCCGTTAGAGA-AAGAAGTCCATTTA
130 ACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAA-AAGTCCATTTA
* * * * *
24701 TAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACAT-GCTTTAGATGGTTTTATATTCTTATAAATT-
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCAT-AATTG
*
24764 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGT-TAGCCTTAGG
64 ATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCCTTAGG
** ** *
24828 AAATC-TGAAGCAAAAGTGATCCATGGGAGAGAAAAGTCTA-TTA
128 AAA-CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
* * * ** *
24871 TAGTCACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTGTAAATAGTTTTATATTCTTGTAACTGAT
1 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * *
24936 TTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTACCTT-GGTAA
66 TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGG-AA
**
25000 ATGTGAAGCAAAA
130 ACATGAAGCAAAA
25013 ACCANNNNNN
Statistics
Matches: 3166, Mismatches: 635, Indels: 263
0.78 0.16 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 90 0.03
170 664 0.21
171 1861 0.59
172 316 0.10
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201 3 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGAT
TTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTTAGGAAA
CATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
Found at i:22218 original size:34 final size:32
Alignment explanation
Indices: 22148--22217 Score: 131
Period size: 32 Copynumber: 2.2 Consensus size: 32
22138 CTTTAAACGG
*
22148 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
1 TTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
22180 TTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
1 TTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
22212 TTTTTT
1 TTTTTT
22218 TACATTTTTG
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 1, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
32 37 1.00
ACGTcount: A:0.27, C:0.06, G:0.09, T:0.59
Consensus pattern (32 bp):
TTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
Found at i:22355 original size:203 final size:203
Alignment explanation
Indices: 21975--22384 Score: 536
Period size: 203 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
21965 CGCTTTAAAT
21975 GATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTGTACATTTTTTGATTAAAATATAATA
1 GATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTGTACATTTTTTGATTAAAATATAATA
* * * * * *
22040 TAATTGAATGTCTGCCTTGGGAAATACGAAGCAAAACCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTAT
66 TAATAGAATGTCTGCATTGGGAAACACGAAGAAAAACCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCATTCAT
* * * * *
22105 AGTCATTCAAGTCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAACGGTTTTATATTC-TCATAATTGAT
131 AGTCACTCAAGACTTTGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAACGGTTTTAGATTCAT-ATAATTGAT
22169 TTTAAGTTA
195 TTTAAGTTA
* * * * *
22178 GATTTTTTATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGATTCAAATATATTA
1 GATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTGTACATTTTTTGATTAAAATATAATA
** * ** * * *
22242 TAATAGAATGTCTGCATTGGGAAACGTGAAGAAAAAGCCTTTTATTATAGAGAAAAGTTCATTCA
66 TAATAGAATGTCTGCATTGGGAAACACGAAGAAAAA-CCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCATTCA
* * *
22307 TAGTCACTCAAGACTTTGAAAGTCTTATAACTCGATTTAAATGGTTTTAGATTCATGTAATTGAT
130 TAGTCACTCAAGACTTTGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAACGGTTTTAGATTCATATAATTGAT
*
22372 TTTAAGTTG
195 TTTAAGTTA
22381 GATT
1 GATT
22385 GTTTCACATT
Statistics
Matches: 177, Mismatches: 28, Indels: 4
0.85 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
202 48 0.27
203 128 0.72
204 1 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.11, G:0.14, T:0.41
Consensus pattern (203 bp):
GATTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTGTACATTTTTTGATTAAAATATAATA
TAATAGAATGTCTGCATTGGGAAACACGAAGAAAAACCATCCATGAGAGAGAAAAGTCCATTCAT
AGTCACTCAAGACTTTGAAAGCCTTATAACTCGATTTAAACGGTTTTAGATTCATATAATTGATT
TTAAGTTA
Found at i:25854 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25547--26894 Score: 1232
Period size: 170 Copynumber: 7.9 Consensus size: 170
25537 NNNNNNNNNN
* * * *
25547 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTAA
* * * * * *
25612 GTTTGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAACATATGTTATAATTCAATGTCTGCCTTGAGAAACATG
66 GTTGGATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATG
* **
25676 AAGCAAAAGTAATCCATTGACAAGAAAGGCCATTTATAGTC
130 AAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTC
* * ** * *
25717 ACTCGAA-CCTTTGGAACCCTTATCGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTAATTTTC
1 ACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTA
* * * *
25781 AGTTGGATATTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATA
65 AGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATG
* * *
25846 AAGCAAAAGCCATCCATGGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTC
130 AAGCAAAAGTCATCCAT-TGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTC
* *
25888 ACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATA-TTCACATAATTGATTTT
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTTTA-ATAATTGATTTT
* * * *
25951 AAGTTAGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT
64 AAGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAT
* * *
26016 GAAGCAAAAGTCATCCATGGGA-GAGAAAAGTCCATTTATGGTC
129 GAAGCAAAAGTCATCCAT-TGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTC
* * * * * *
26059 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAAGGTTTTACATTCTCATAATTGGTTTCAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTAA
* * * **
26124 GTAGGATTTTTTTACT-TTTTTTATT-AAATATATTATAATTGATTGT-TTACTTAGAGAAACAT
66 GTTGGATTTTTTTA-TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTA-AGAAACAT
* * * * *
26186 GAAG-AAAA-TGCTATCCATTGGCAAAAAAATACATTTATGGCC
129 GAAGCAAAAGT-C-ATCCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTC
* * * * * * * * *
26228 ACTGAAGTCTTTGAAACCCTGACTACTCGCTCTAAATGGTTTTATA-TTCACATAATTAATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTA-ATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
26292 AGCTGGATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATAGT-TTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAATA
65 AGTTGGA-TTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATA-TATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACA
* * * * *
26356 TGAAGCAAAAGTTATCCATGGGA-GAGAAAAATTCATTTATAATC
128 TGAAGCAAAAGTCATCCAT-TGACAAG-AAAATCCATTTATAGTC
* * * * * *
26400 ACTCAAGTCTTTTAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATGTTCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTA
* ** * * **
26464 AGTTGGATTTTTTTACA-TTTTTGATTAAAATATGA-TATAATAAAAT-CCTTGGCTTGGGAAAC
65 AGTTGGATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATAT-ATTATAATTGAATGTC-TGCCTTAAGAAAC
* * * *
26526 ATAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
127 ATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTC
* * * *
26570 ACTCAACCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTT-ATAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-TTAATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
26634 AGTTGGAATATTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTATG-TTTCAAGAAACGT
65 AGTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTT-AAGAAACAT
* * *
26698 GAAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTC
129 GAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAA-TCCATTTATAGTC
* * * * * * *
26740 ACTAAAGTCTTTGAAAGCCTTATCATTCGCTTTAAAAGGTTTCATATAATT-ATAATTAATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATAT-TTTAATAATTGATTTTA
* ** * *
26804 AGTTAGATTTTTTTATA-TTTTTGATTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAACAT
65 AGTTGGATTTTTTTATATTTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACAT
26867 GAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAA
129 GAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAA
26895 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 947, Mismatches: 190, Indels: 83
0.78 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 128 0.14
170 409 0.43
171 326 0.34
172 80 0.08
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTGATTTTAA
GTTGGATTTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTTAAGAAACATGA
AGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAATCCATTTATAGTC
Found at i:26185 original size:341 final size:338
Alignment explanation
Indices: 25547--31749 Score: 2010
Period size: 342 Copynumber: 18.1 Consensus size: 338
25537 NNNNNNNNNN
* *
25547 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * **
25612 GTTTGATTTTTTTACATTTTTGATTAACATATGTTATAATTCAATGTCTGCCTTGAGAAACATGA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * *
25677 AGCAAAAGTAATCCATTGACA-AGAAAGGCCATTTATAGTCACTCGAA-CCTTTGGAACCCTTAT
131 AGCAAAAGTCATCCATGGAGAGA-AAAGTCCATTTATAGTCACTC-AAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * * * *
25740 CGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTAATTTTC-AGTTGGATATTTTTATATTTTTT
194 CACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAA-TTTCAAGTAGGATTTTTTTATA-TTTTT
* *
25804 G-TTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAG-GAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGA
257 GATT-AAA-ATATTATAATTGAATGT-TGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGA
25867 GAGAAAAGTCCATTTATAGTC
319 -AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* *
25888 ACTTAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* ** *
25953 GTTAGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* *
26018 AGCAAAAGTCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
131 AGCAAAAGTCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATC
* * ** *
26083 ACTCGCATTAAAAGGTTTTACATTCTCATAATTGGTTTCAAGTAGGATTTTTTTACT-TTTTTTA
195 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTA-TATTTTTGA
* * * * *
26147 TTAAATATATTATAATTGATTGTTTACTTAGAGAAACATGAAG-AAAATGCTATCCATTGGCAA-
259 TTAAA-ATATTATAATTGAATGTTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAA-GCCATCCA-TGGGAAG
* * * *
26210 AAAAATACATTTATGGCC
321 AAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
26228 ACTGAAGTCTTTGAAACCCTGACTACTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTAATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* ** * * * *
26293 GCTGGATTTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATA-GTTTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAATAT
66 GTTGGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT
* * * * * * *
26357 GAAGCAAAAGTTATCCATGGGAGAGAAAAATTCATTTATAATCACTCAAGTCTTTTAAGGCCTTA
129 GAAGCAAAAGTCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * *
26422 TTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATGTTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTT
193 TCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTATATTTTT
** * * * * **
26486 GATTAAAATATGATATAATAAAATCCTTGGCTT-GGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGAC
257 GATTAAAATAT--TATAATTGAAT-GTTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA-TGGG
26550 AAGAAAAG-CCATTTATAGTC
318 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * **
26570 ACTCAACCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
26635 GTTGGAATATTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTATGTTTCAAGAAACGTGA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * * *
26700 AGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGT-TATTTATAGTCACTAAAGTCTTTGAAAGCCTTATC
131 AGCAAAAGTCATCCATGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATC
* * ** * *
26764 ATTCGCTTTAAAAGGTTTCATATAATTATAATTAATTTTAAGTTA-GATTTTTTTATATTTTTGA
195 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATATTTTTGA
* * * * **
26828 TTAAAATATTTATAATTGAATGTCT-ATCTCA-AAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAA
259 TTAAAATA-TTATAATTGAATGT-TGA-CTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA-TGGGAA
***************
26891 GAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
320 GAAA--------------------AGTCCATTTATAGTC
*****************************************************************
26930 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
******** * * * ** ** ** * ** * * * * *
26995 NNNNNNNNTTTATATAATCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTACATTTTTG-GTTAA-AATA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAA-AATATGTT--ATAATTGA-ATGTCTGCCTCAAGAA-A
* *** * * * *** * * * *****
27058 TTTTATG-ATTGAATGTC-TACC-T-CAG-GAAACA-T-GAAGCAAACGCCA-TCCATGGGAGAG
126 ---CATGAAGCAAAAGTCAT-CCATGGAGAGAAA-AGTCCATTTATA-GTCACT-CAAGCCTTTG
* * * * * ** * * * *
27115 AAAAGTCCATTTAT-AGTCAC-TT--AAGCTTTCAAAAGC-C-TTATTACTCGCTTTAAATA-G-
184 -AAAG-CC--TTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAAT---TTCAAGTAGGA
* ** * *
27172 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAACTG
242 TTTT-T-TTAT-ATTTTTGA--TTAAA--ATATTATA-A-------TTG--A-ATG---T---TG
** * * * * *
27237 AATGTCTGCCTTAAGAAAC-GAGTAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGT-CATTTATGGTC
283 -A---CT---TAGAGAAACATA-AAGCAAAAGCCATCCATGGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
27300 ACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
27365 GTTAGATTTATTTTATATTTATGATTAACATATGTTATAATTGAATGACTGCCTC-GGAAA-ATG
66 GTTGGATTT-TTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACA--
* * * * * **
27428 TGAAGTAAAGGCCATCCATTAGAGGGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
128 TGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * * * * * * * * *
27493 ATTACTCGCTTT-AAATGTTGTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGGATTGTTTGACAATTCT
192 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTATATTTTT
* * * * * * * *
27557 GGTTAAAATATGTTATAAGTAAATGACTGCCTCA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-C-TGTTG
257 GATTAAAATA--TTATAATTGAATG-TTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATG-GG
*
27619 AGAGAAAAG-CATATTTATAGTC
318 A-AGAAAAGTC-CATTTATAGTC
* ** * * ** * *
27641 ACTCAAGCCTTTAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATGCTGATCATTTATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* ** * * * * *
27706 G-TGTGATTTTTTTTACATTCTTAATTTAAATATGTTATAATTAAATCTCTACCT-AGAGAAAGA
66 GTTG-GA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AGAAACA
* * * *
27769 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAGACCN
128 TGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCT
********* *** * *
27833 NNNNNNNNNCTTTAAACTATTTTATATTCTCATAATTAATTTAAAGTTGGATTTTTTTATAATTT
191 TATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTAT-ATTT
* * * * **
27898 TTG-TTCAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCA-AGAAACATAAAGCAATAGCCATTTATTT
255 TTGATT-AAA-ATATTATAATTGAATG-TTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA--T
* *
27961 GGG-AGAAAAGTCTATTTATAGTT
315 GGGAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * ** * * *
27984 ATTCAAGCCTTTGACAGCCTTATTAATCAATTTAAAGGGTTTTACATTCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * ***
28049 GTTGGATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATATATTATAATTGAATGTCTACCTTGGGAAACAT-A
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * * * *
28113 AGTGAAAGGCCAACCGTTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTTAAGAGTCTTA
131 AG-CAAAAGTCATCC-ATGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTA
* * * *
28177 TTTCACT---TTTAAATA-GTTTTATTATTCTCACAACTAATTTTAAGTTA-GATTTTTTTACAT
193 --TCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTA-TATTCTCATAATTAATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATAT
* * * * * * *
28237 TTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGATTGCCTTA-AGAAACCTGAAGCAAAAGCTATGCGT
253 TTTTGATT-AAA-ATATTATAATTGAATG-TTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCAT
** *
28301 TAGACGAAAAAGTCCATTTATAGTC
315 GGGAAG-AAAAGTCCATTTATAGTC
********* * * * *
28326 ACTCANNNNNNNNNNAA-CCTAATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCA-AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTA
* * * * * * * * *
28390 ACTTGTATTTTTTTATAGTTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTG
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATG
* * * * * * *
28455 AAGCAAAAG-CTATCCATTAGAGAAAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGGCCCTTGGAAGCCTTA
130 AAGCAAAAGTC-ATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * *
28519 TTACTCGCTTTAAATA-GTTTTAGATTCTCATAATCAATTTTAAGTTA-GATTTTTTTATATTTT
193 TCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATATTTT
** * * * * * ** **
28582 TGGCTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCCTT-GGGAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTAG
256 TGATTAAAATA--TTATAATTGAATGT-TGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGG
*
28646 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTT
318 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
28668 ACTCAAGCC-TTGAAAAGCTTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTA
* * * * * * * *
28732 AGTTGGATCTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAAAGTTTACC-CTAGGAAACCT
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTC-AAGAAACAT
* * * * * * * *
28796 AAAGCAAAAGTCATCCGTTAGACAGAAAATTCCATTTATAGTCACTTAAGCTTTTAAAAGCCTTA
129 GAAGCAAAAGTCATCC-ATGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * * * * *
28861 TTACACACTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATG
193 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTATATTTTTG
* ** * ** * **
28926 GTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCAACCTT-GGGAAATGTGAAGCAAAAGTGATCCATGGGAG
258 ATTAAAATA--TTATAATTGAATGTTGA-CTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGA-
* *
28990 ATAAAAGTCCATTTATAGTT
319 AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * *
29010 ACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAACTGATTTGAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* ** * * * * * *
29075 GTTAGATTTTAATATATTTTTGGTTAAAATATAG-AATAATT-AAGTATCTACTTCGAGAAACAT
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-GTTATAATTGAA-TGTCTGCCTCAAGAAACAT
* * ******************************
29138 GAAGCAAAAGTCATCCATTAGAGGGAAAAGT-C--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
129 GAAGCAAAAGTCATCCA-TGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
******** * ** * * * *
29200 NNNNNNNNTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTA-GATTTGTTCATACTTTT
193 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATATTTTT
* * * ** **
29264 GATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACATCA-AAAAACATAAAGCAAAAGCCATCTGTTAGA
257 GATT-AAA-ATATTATAATTGAATGTTGAC-TTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGA
* * *
29328 GTGAAAAGTTCATTTATTGTC
319 -AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
29349 ACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACAT-ACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTA
* * * * * *
29413 AATTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGT-TAGCATTAGGAAATC-
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCCTCAAGAAA-CA
* *
29476 TGAAGCAAAAG-CAATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
128 TGAAGCAAAAGTC-ATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* *************************************** *** * *
29540 TATTACTCGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNA-TTAAATATCTAC
191 TATCACTCGCT-TTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTATAT-T
* * * * ** *** * * * * * *
29604 CTTG-GT-AAATGTGA-AGCA-AAAACCAT-CCATTAGAGGAA-A-AAATCTTTTATAGTCA-CT
254 TTTGATTAAAATATTATA--ATTGAATGTTGAC-TTAGAGAAACATAAAGC---AAAAGCCATC-
***
29661 CA-GGCCTTTG-AAAG-CC--TTAT--T-
312 CATGG--GAAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
29682 ACTC-A--CTTT--AA-----A-T--T-GTTTTATAT--TCTCATA---A-TTGATT--TTA--A
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * * * *
29723 GTTAGATTTGTTTACATTTTTTGTTAAAATA-GATTATAATTGAATGTTTTG-CTCAGGAGACGT
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* * ** * * * * * * *
29786 AAAGCAAAAGCCATCTGTTAGAGCGAAAAGTCTATTAATAATCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTA
129 GAAGCAAAAGTCATC-CATGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * * * * *
29851 TTA-TACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTA-GATTTTCTCATGTTTT
193 TCACT-CGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATATTTT
* * * * * * ** * *
29914 TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTTTG-GAAATATGAAGCAAAAGCCATCTTTTGT
256 TGATTAAAATA--TTATAATTGAATG-TTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGG
* *
29978 AGAGAAAAGTCCATTTATAATA
318 A-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
30000 ACTTAAGCCTTTGGAAGCATTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * * * ** *
30065 GTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATTAACATATGATATAATTCAAT-TTTGTCTTGAGAAACGTG
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* * * *
30129 AAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCGAAAGCCTTAT
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* * * * * *
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* * *
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319 -AGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * *
30340 ACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATCTTCACATCATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
* * * * * *
30405 GTTGGATTTTTTTATATTTATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGA
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* * *
30470 AGAAAAAGTCATCCATGGGAGAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCAAG-CTTTGAAAAGCCTTAT
131 AGCAAAAGTCATCCAT-GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTAT
* * * * * *
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* * * * * *
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* *
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318 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * *
30680 ACTGAAGCCTTTGAAAGCCTGATTATTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
** * * * ** *
30745 GTTCAATTTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAACTAAATGTCTGCCTTGAGAAATAT
66 GTTGGATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT
* * * * * * * * *
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* * *
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* ** ** * * *
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*
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* * * * *
31022 ACTCAACCCTTTGAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
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* * * * ** * *
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66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGA
* * * * * *
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* ** * * *
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195 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATT-AATTTCAAG-TAGGATTTTTTTATATTTTTG
* * * * * * ** *
31277 AGTTAAAATATTTTTTAATTGAATGTTCACCTCA-AAAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTGGC
258 A-TTAAAATA--TTATAATTGAATGTTGA-CTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCA-TGGG
*
31341 AAGAAAAG-CTATTTATAGTC
318 AAGAAAAGTCCATTTATAGTC
* * * * * * *
31361 ACTCAAGCTTTTGAAAACCTTATCACTCACTTTTAAA-GGTTTTATA-TAATCATAATTAAATTT
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTATATTCA-CATAATTGATTTT
* * * * * * * *
31424 AAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATTTTATAATTAAATTTTTACCTCAAAAAACGT
64 AAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACAT
* * * * *
31489 GAAGTAAAAATCATCCATTGGCA-AGAAAAG-CTATTTATAATCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTT
129 GAAGCAAAAGTCATCCA-TGG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
** * * * *
31552 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATAATTATAATTAAATTT-AAGT-TGAATTTTTTACATTTT
192 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATT-AATTTCAAGTAGGATTTTTTTATATTTT
* * * *
31615 TGGTTAAAATATGTTATGAGTT-AATGTCT-ACCTCA-AGAAATATAAAGCAAACA-CCATCCAT
256 TGATTAAAATA--TTAT-AATTGAATGT-TGA-CTTAGAGAAACATAAAGCAAA-AGCCATCCAT
*
31676 GGGAGAGAAACGTCCATTTATAGTC
315 GGGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTC
*
31701 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTC
31750 TNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4265, Mismatches: 1279, Indels: 636
0.69 0.21 0.10
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CTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTCAAGTAGGATTTTTTTATATTTTTGATT
AAAATATTATAATTGAATGTTGACTTAGAGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGAAGAAAAG
TCCATTTATAGTC
Found at i:26527 original size:512 final size:507
Alignment explanation
Indices: 25547--31750 Score: 1637
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25537 NNNNNNNNNN
*
25547 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAGTTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * **
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* * * *
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* * * * *
25739 TCGCTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTTTAATAATTAATTTTCAGTTGGATATTTTTATATTTTTT
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* * ** * *
25804 GTTAAAATATATTATAGTTGAATGTCTGCCTTAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGA
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* * *
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319 GAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATA
** * ** *
25934 TTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTGTATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATG
384 TTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATAAAATC
* * * * *
25999 TCTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGA-GAGAAAAGTCCATTTATGGTC
449 TCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCAT-GGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTC
* * * * *
26059 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCATTAAAAGGTTTTACATTCTCATAATTGGTTTCAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
26124 GTAGGATTTTTTTACTTTTTTTATTAAATATATTATAATTGATTGTTTACTTAGAGAAACATGAA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAATATGTTATAATTGATTGTTTACTTAGAGAAACATGAA
* * * * *
26189 G-AAAATGCTATCCATTGGCAAAAAAATACATTTATGGCCACTGAAGTCTTTGAAACCCTGA-CT
131 GCAAAA-GCTATCCATTGACAAAAAAGT-CATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAACCCTTATC-
* * * * *
26252 ACTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTAATTTTAAGCTGGATTTTTTTTGTATTTTTGG
193 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTTATATTTTTGG
* * * *
26317 TTAAAATAGTTTATAACTAAATGTCTGCCTCAAAAAATATGAAGCAAAAGTTATCCATGGGAGAG
256 TTAAAATA-TTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGAGAG
* * * * *
26382 AAAAATTCATTTATAATCACTCAAGTCTTTTAAGGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATGT
320 AAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATAT
* *
26447 TCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATGA-TATAATAAAATC
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* *** *
26511 -CTTGGCTTGGGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
449 TC-TGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
* * * *
26570 ACTCAACCCTTTGAAAGTCATATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * ** *
26635 GTTGGAATATTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTATGTTTCA-AGAAACGTG
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTGTTTACTT-AGAGAAACATG
* * * * *
26699 AAGTAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGTTATTTATAGTCACTAAAGTCTTTGAAAGCCTTATC
129 AAGCAAAAGCTATCCATTGACAA-AAAAGTCATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAACCCTTATC
* * * *
26764 ATTCGCTTTAAAAGGTTTCATA-TAATTATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGA
193 ACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTAA--ATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGG
** * *
26828 TTAAAATATTTATAATTGAATGTCTATCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCAT-TGACAAG
256 TTAAAATATTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGA-GAG
****************************************
26892 AAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
320 AAA----------------------AATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
********************************************** * * ** *
26957 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTATATAATCATAATTAA
363 CTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTT-TTTTA-CATTTTTGA
** * * * * * * * * ** * * * * * *
27022 TTTTAAGTTAGATT-T-TTTACATTTTTG-GTTAA-AATATTTTATGATTGAATGTCTACCTCA-
426 --TTAAAATATATTATAATAAAATCTCTGCCTCAAGAA-ACATAAAGA--AAAAG-CCATC-CAT
*
27082 GGAAACATGAAGCAAACGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTC
484 GG--AC---AAG-AAAAGCCA---------------------TTTATAGTC
* * *
27133 ACTTAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTT-GAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* * * * * **
27197 AATTAGA---TTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAACTGAATGTCTGCCTTA-AGAAACGA
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTGT-TTACTTAGAGAAAC-A
* * * * * * * * * *
27258 -GTAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCATTTATGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTA
127 TGAAGCAAAAGCTATCCATT-GACAAAAAAGTCATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAACCCTTA
* ** * * * *
27322 TTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTAGATTTATTTTATATTTA
191 TCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTT-TTTTATATTTT
* * * ** ** * * * **
27386 TGATTAACATATGTTATAATTGAATGACTGCCTCGGAAAATGTGAAGTAAAGGCCATCCATTAGA
253 TGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGA
* * ** * *
27451 GGGAAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GTTGTA
317 GAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * * * * * * *
27515 TATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGGATTGTTTGACAATTCTGGTTAAAATATGTTATAAGT-AA
382 TATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAA-TAAA
** * * ** * * *
27579 ATGACTGCCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTGTTGA-GAGAAAAGCATATTTATAGTC
446 ATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGC-CATTTATAGTC
* ** * * * * *
27641 ACTCAAGCCTTTAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATGCTGATCATTTATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * *
27706 G-TGTGATTTTTTTTACATTCTTAATTTAAATATGTTATAATTAAATCTCTACCTAGAGAAAGAT
66 GTTG-GA-TTTTTTTACATTTTTGA-TTAAATATGTTATAATTGATTGTTTACTTAGAGAAACAT
* * * * * * **
27770 GAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCGTTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAGA-CCNN
128 GAAGCAAAAGCTATCCATT-GACAAAAAAGT-CATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAA-ACCCTT
******** *** ** *
27834 NNNNNNNNCTTTAAACTATTTTATATTCTCATAATTAATTTAAAGTTGGATTTTTTTATAATTTT
190 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTAT-ATTTT
* * * * * * ** *
27899 T-GTTCAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAAGCAATAGCCATTTATTTGG
253 TGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA-TGGG
* * * * * * * ** **
27963 -GAGAAAAGTCTATTTATAGTTATTCAAGCCTTTGACAGCCTTATTAATCAATTTAAAGGGTTTT
316 AGAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTT
* * * * **
28027 ACATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTT-AGTTGAAATATATTATAATTG
381 ATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAAATATATTATAATAA
* * *** * * * * * *
28091 AATGTCTACCTTGGGAAACAT-AAGTGAAAGGCCAACCGTTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGT
445 AATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGCCATCC-ATGGACAAGAAAAG-CCATTTATAGT
28154 C
507 C
* * * * * * *
28155 ACTCAAG-CTTTTAAGAGTCTTATT--TCACTTTTAAATAGTTTTATTATTCTCACAACTAATTT
1 ACTCAAGCCTTTGAA-AGCCTTATTACTCGC-TTTAAATGGTTTTA-TATTCTCATAATTGATTT
* * * * **
28217 TAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATATTATAATTGAATGATTGCCTTA-AGAAAC
63 TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTG-TTTACTTAGAGAAAC
* * * * * *********
28281 CTGAAGCAAAAGCTATGCGTTAGACGAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNNAA-CC
126 ATGAAGCAAAAGCTATCCATT-GACAAAAAAGT-CATTTATAGTCACTGA-AGTCTTTGAAACCC
* * * * * ** * * * *
28345 TAATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAACTTGTATTTTTTTATAGTT
188 TTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTT
* * * * * * **
28410 TTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAG-CTATCCATTA
252 TTGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCCATGG
* * * * * *
28474 GAGA-AAAAAGTCTATTTATAGTCACTTAGGCCCTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
315 GAGAGAAAAA-TCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
* * ** * ** * *
28538 TTAGATTCTCATAATCAATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTGGCTAAAATATGTTATAATT
379 TTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATA
* *** * * * * *
28603 AAATGTCTGCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAA-TCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAG
444 AAATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGCCATCCA-TGGACAAGAAAAG-CCATTTATAG
*
28666 TT
506 TC
* * * *
28668 ACTCAAGCC-TTGAAAAGCTTTATTACTTGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCAAAATTGATTTTA
1 ACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
* * * ** * *
28732 AGTTGGATCTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAAAGTTTACCCTAG-GAAACCT
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTGTTTA-CTTAGAGAAACAT
* * * * * * *
28796 AAAGCAAAAG-TCATCCGTTAGACAGAAAATTCCATTTATAGTCACTTAAG-CTTTTAAAAGCCT
128 GAAGCAAAAGCT-ATCCATT-GACAAAAAAGT-CATTTATAGTCACTGAAGTC-TTTGAAACCCT
* * * * * ** * *
28859 TATTACACACTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTA
189 TATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTT
** **** ** *
28924 TGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCAACCTTGGGAAATGTGAAGCAAAAGTGATCCATGGGA
253 TGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGA
* * * * * *
28989 GATAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTA
317 GAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTA
* * * ** * * ** * *
29054 TATTCTCATAACTGATTTGAAGTTAGATTTTAATATATTTTTGGTTAAAATATAGAATAATTAAG
382 TATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATAAAA
* * * * * * * * ** * ********
29119 TATCTACTTCGAGAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATTAGA-GGGAAAAGTC--NNNNNNNN
447 TCTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCA-TGGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
****************************** * * *
29178 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * * *
29243 GTTAGATTTGTTCATACTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACATCA-AAAAACATA
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTGTTTAC-TTAGAGAAACATG
* ** *** * * * *
29307 AAGCAAAAGCCATCTGTTAGAGTGAAAAGTTCATTTATTGTCACTCAAG-CTTTTAAAAGCCTTA
129 AAGCAAAAGCTATCCATT-GACAAAAAAG-TCATTTATAGTCACTGAAGTC-TTTGAAACCCTTA
* * ** * * * *
29371 TTACAT-ACTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTT
191 TCAC-TCGCTTTAAA-AGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTT
* * * *
29434 TGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGT-TAGCATTAGGAAATC-TGAAGCAAAAG-CAATCCATG
253 TGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCT-GCCTCA-AAAAACATGAAGCAAAAGTC-ATCCATG
* * *********
29496 GGAGAGAAAAGTCTATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNN
314 GGAGAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATAGT
****************************** * * * * *
29561 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAATATCTAC---CTTG-GT-AAATGTGA--A
378 TTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATT---TTTTTACATTTTTGATTAAAATAT-ATTA
** * **** * * * **
29619 GCA-AAAA-C-CAT-CCATTAGAGGAAA-A-AATCTTTTATAGTCA-CTCA-GGCCTTTG-AAAG
439 TAATAAAATCTC-TGCC-TCA-A-GAAACATAA--AGAAAAAGCCATC-CATGGAC-AAGAAAAG
*
29675 CCTTATTACTCA--C
496 CCAT-TTA-T-AGTC
** * *** * * ** * * * * * ** * * **
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1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATA-ATTGATT-TT
** * * ** * * * * *
29748 AAAATAGA---TTATA-ATTGAATG-TT---T-TG--CTCA-GGA--G---ACGTAAAGCAAA-A
64 AAGTTGGATTTTTTTACATT-TTTGATTAAATATGTTATAATTGATTGTTTACTTAGAG-AAACA
* *** * * *** * * * * *
29795 -G--CCATCTGTTA--GA--G-CGAAAAGTCT-ATTAATAATCACTCAAGCT-TTTAAAAGCCTT
127 TGAAGCAAAAGCTATCCATTGAC-AAAAAAGTCATTTATAGTCACTGAAG-TCTTTGAAACCCTT
* ** * ** * * * * *
29850 ATTATACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTCTCATGTTTTT
190 ATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTT
* **** * * ** * *
29915 GGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTTTGGAAATATGAAGCAAAAGCCATCTTTTGTAG
254 GGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGAG
* * * * * *
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318 AGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAT
* * * **
30045 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATTAACATATGA-TATAATTCA
383 ATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGATTAAAATAT-ATTATAATAAA
* * ** * * * * *
30109 AT-TTTGTCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
446 ATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
* * ** * * *
30170 ACTCGAGCCTTCGAAAGCCTTATCGCTCACTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATT-ACTTTTC
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTA
* * * * *
30234 AGTTGGATTTTTTTACA-TATTGATTAAAATATGTTATAGTTGAATGTCTACCTCAG-GAAACAT
65 AGTTGGATTTTTTTACATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGATTGTTTA-CTTAGAGAAACAT
* * * * * *
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128 GA-AGCAAAAGCTATCCAT-TGACAAAAAAGT-CATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAACCCTT
* * * * * * *
30361 ATTACTTGCTTTAAATA-GTTTTATCTTCACATCATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTA
190 ATCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTT
* ** * *
30425 TAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGTCATCCATGGGA
253 TGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGA
* * **
30490 GAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCAAG-CTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTT
317 GAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTT
* * * * * *
30553 TACATTCTCAGAATT-AGTTTTATG-TAGGATTTTTTTACTTTTTTGGTT-AAATATATTATAAT
380 TATATTCACATAATTGA-TTTTAAGTTA-GATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAAT
** * * * * * * ** *
30615 TGATTGTCTACCTAAAGAAACATGAAA-AAAATGCTATCCATTGG-CAAGAAAATACATTTATGG
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30678 TC
506 TC
* * * * *
30680 ACTGAAGCCTTTGAAAGCCTGATTATTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
** * * * * * ** *
30745 GTTCAATTTTTTTTCTATTTTTGGTTAAA-ATAGCTTATAACTAAATGTCTGCCTT-GAGAAATA
66 GTTGGATTTTTTTAC-ATTTTTGATTAAATAT-G-TTATAATTGATTGT-TTACTTAGAGAAACA
* * * * * * * * *
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127 TGAAG-CAAAAGCTATCCAT-TGACA-AAAAAGTC-ATTTATAGTCACTGAAGTCTTTGAAACCC
* ** * *
30871 TTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACT-T
188 TTATCACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATT-AAATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTA-TAT
* ** ** * ** * * *
30934 TTTTGGTTAAAATATGATATAATAAAATCCCTGGCT-AGGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCAT
250 TTTTGGTTAAAATAT-TTATAATTGAATGTCTGCCTCA-AAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA-
* * * * * *
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312 TGGGAGAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAG
* * * * *
31061 TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTAG-TTAAAATATGTTATAA
377 TTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAA
** * * * ** * * * * * * * *
31125 TTGATTGTTTGTATTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGCTATTTATAGT
442 TAAAATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGCCATTTATAGT
31190 C
507 C
* * ** ** * * *
31191 ACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAAGTTTTATATAATCACAATTAAATTTAA
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAA
* * * * * * * * *
31256 GTTAGATTGTTTTACATTTTT-AGTTAAAATATTTTTTAATTGAATGTTCACCTCA-AAAAACGT
66 GTTGGATTTTTTTACATTTTTGA-TT-AAATATGTTATAATTGATTGTTTA-CTTAGAGAAACAT
* * * *
31319 GAAGCAAAA-ATCATCCATTGGCAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAG-CTTTTGAAAACCT
128 GAAGCAAAAGCT-ATCCATTGACAA-AAAAGTC-ATTTATAGTCACTGAAGTC-TTTGAAACCCT
* * * * *
31381 TATCACTCACTTTTAAAGGTTTTATA-TAATCATAATTAAATTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
189 TATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTAA--ATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTT
* * * * * * *
31445 TTGGTTAAAATATTTTATAATTAAATTTTTACCTCAAAAAACGTGAAGTAAAAATCATCCATTGG
252 TTGGTTAAAATA-TTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAAAAACATGAAGCAAAAGTCATCCA-TGG
* * * * *
31510 CA-AG-AAAAGCTATTTATAATCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAA-AGGTT
315 GAGAGAAAAATCCATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTT
* * * * * * * *
31572 TTATA-TAATTATAATTAAATTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATGAG
379 TTATATTCA-CATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTAT-AA
* * * * * * *
31635 T-TAATGTCTACCTCAAGAAATATAAAGCAAACA-CCATCCATGGGA-GAGAAACGTCCATTTAT
442 TAAAATCTCTGCCTCAAGAAACATAAAG-AAAAAGCCATCCAT-GGACAAGAAAAG-CCATTTAT
31697 AGTC
504 AGTC
*
31701 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT
1 ACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT
31751 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 4117, Mismatches: 1280, Indels: 592
0.69 0.21 0.10
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GTTGGATTTTTTTACATTTTTGATTAAATATGTTATAATTGATTGTTTACTTAGAGAAACATGAA
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AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATATTATAATAAAATCTCTGCCT
CAAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCATGGACAAGAAAAGCCATTTATAGTC
Found at i:27534 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 27003--29550 Score: 1911
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26993 NNNNNNNNNN
** * * *
27003 TTTATATAATCATAATTAATTTTAAGTTAGA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATTTTATGAT
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* * * **
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* *
27131 TCACTTAAG-CTTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
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* * *
27173 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGA---TTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAAC
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** * * * * *
27235 TGAATGTCTGCCT-TAAGAAACGAGTAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGT-CATTTATGG
66 TGAATGTCTGCCTCGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAG
*
27298 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATAGT
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* * * * *
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* * * * * **
27405 TTGAATGACTGCCTCGGAAAATGTGAAGTAAAGGCCATCCATTAGAGGGAAAAGTTTATTTATAG
65 TTGAATGTCTGCCTCGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAG
27470 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GT
130 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * * *
27511 TGTATATTCTCATAATTGATTTTAGGTTGGATTGTTTGACAATTCTGGTTAAAATATGTTATAAG
1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * * ** *
27576 TAAATGACTGCCTC-AAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTGTT-GAGAGAAAAG-CATATTTATA
66 TGAATGTCTGCCTCGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTC-CATTTATA
* **
27638 GTCACTCAAGCCTTTAAAAAACTTATTACTCGCTTTAAA-AGGT
129 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GT
* * * * * ** *
27681 TTTATATGCTGATCATTTATTTTAAGTGT-GATTTTTTTTACATTCTTAATTTAAATATGTTATA
1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT-TAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATA
* * * * *
27745 ATTAAATCTCTACCT-AGAGAAA-GATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCGTTTA
64 ATTGAATGTCTGCCTCGGA-AAACG-TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTA
**********
27808 TAGTCACTCAAGCCTTTG-AAGACCNNNNNNNNNNCTTTAAACTA-T
127 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAG-CCTTATTACTCGCTTTAAA-TAGT
* * * * *
27853 TTTATATTCTCATAATTAATTTAAAGTTGGATTTTTTTATAATTTTT-GTTCAAATATGTTATAA
1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA-CATTTTTGGTTAAAATATGTTATAA
* * * * * ** * * *
27917 TTGAATGTTTGCCTC-AAGAAACATAAAGCAATAGCCATTTATTTGGGAGAAAAGTCTATTTATA
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* * * * ** **
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* * * * *
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* * *
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* * * *
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** * * * *
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********* * * * *
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* * * *
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* * * * *
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* * * *
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129 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* ** * *
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1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * **
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* * * * *
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* * * *
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* * * * * * * * * * *
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* * * * * * *
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130 TCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * *
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1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
** * * * ** ** *
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* * *
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131 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * ** * *
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1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-GTTATAA
* * * * * * ****
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********************************** * *
29174 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTAGATTGT
128 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
* * * * * * *
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1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * ** * * ** * * *
29283 TGAATGTTTACATCAAAAAACATAAAGCAAAAGCCATCTGTTAGAGTGAAAAGTTCATTTATTGT
66 TGAATGTCTGCCTCGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGT
* * *
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131 CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC-TCGCTTTAAATAGT
* *
29389 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATCTTATAAT
1 TTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAAT
* * * * ** *
29454 TGAATGT-TAGCATTAGGAAATC-TGAAGCAAAAGCAATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATA
66 TGAATGTCT-GC-CTCGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATA
*
29517 ATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
129 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
29551 NNNNNNNNNN
Statistics
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CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGT
Found at i:28326 original size:513 final size:504
Alignment explanation
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* * *
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* ** *
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* * * * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * * * * *
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* * ** *
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* ** * * **
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*** * *
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* ** *
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* * ** *
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* * * * * *
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1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCT
** * * * *
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* * * *
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130 CCTTTAAAAG-CTTATTATCAC-TTTAAATAGTTTTA-TATTCTCACAATTGATTTTAAGTTAGA
* * * *
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* * * ********* *
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* * * * *
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* * * * *
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382 ATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTC-AGAAACATGAAGC-AAAGCCATCCATTAGGGAGAAAAG
* * *
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* * *
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1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCT
* ** * ** *
28611 GCCTTGGGAAACGTGAAGCAAAAATCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGC
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* * * * * * * * * *
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** * *
28871 TAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATAT
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* *** ** ** **
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* * * * * *
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* * * ** * * * *
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1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-GTTATAATTAAATGTC
* * * ****************
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********************** * * * *
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* * * * * * * * * * * * * *
29251 TGTTCATACTTTTGATTAAAATATATTATAATTGAATGTTTACATCAAAAAACATAAAGCAAAAG
194 TTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAG
** * * * * * * *
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259 CCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-CCTAATTAC-TCGCT
* * * *
29380 TTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAATTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
322 TTAAATA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGATT-AAATA
* * * * * *
29445 TCTTATAATTGAATGTTAGCATTAGGAAATC-TGAAGCAAAAGCAATCCA-TGGGAGAGAAAAGT
385 TGTTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GAAA-CATGAAGC-AAAGCCATCCATTAGG-GAGAAAAGT
* * *****************
29508 CTATTTATAATCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
446 CTATTTATAGTCATTCAAGCCTTTG-AAGCCTTATTACTCGCT--TTAAAAGTTTTACATTC
********************* * * * * * *
29570 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATTAAATATCTAC---CTTGG-T-AAATGTG-AAGCAA--AAAC
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATT---TTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTA-TAATTAAA-
** * * * * * * * *******
29627 CATCCA-TTAGAGGAAA-A--AATCTTTTATAGTCA-CTCAGGCCTTTG-AAAG-CC--TTATTA
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* * * * ** * * * * * * * *
29683 CTCACTTTAAATTG-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAG-ATT-TGTT-T-AC-ATTT
120 GTCAC--TCAA--GCCTTTAAAAGCTTATTA-TCACTTTAA-ATAGTTTTATATTCTCACAATTG
* ** * *
29742 TTTGTTAAAATAGA---TTATA-A-------TTG--A-ATG---T--TT---TG-CT--C--AGG
179 ATT-TTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTAAG
* * * ** * * * * * *
29780 AGACGTAAAGCAAAAGCCATCTGTTAGAGCGAAAAGTCTATTAATAATCACTCAAGCTTTTAAAA
243 AAACCTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA
* * * * *
29845 GCCTTATTA-TACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTCTCAT
308 -CCTAATTACT-CGCTTTAAAT-ATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTAT
* * ** ** * *
29909 GTTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGACTGCCTTTGGAAATATGAAGCAAAAGCCAT-CT
370 ATTTTTGATT-AAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC-TCAGAAACATGAAGC-AAAGCCATCCA
* * * * * *
29973 TTTGTAGAGAAAAGTCCATTTATAATAACTT-AAGCCTTTGGAAGCATTATTACTCGCTTTAAAT
432 TTAG-GGAGAAAAGTCTATTTATAGTCA-TTCAAGCCTTT-GAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-
* *
30037 GGTTTTATATTC
493 AGTTTTACATTC
* * * * * * *
30049 TCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTTACATTTTTGATTAACATATGATATAATTCAAT-TT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTC
** * * * * *
30113 TGTCT-TGAGAAACGTGAAGCAAAAGTCATCCATT-GACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCG
65 TACCTCAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
** ** * *
30175 AGCCTTCGAAAGCCTTATCGCTCACTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATT-ACTTTTCAGTT
128 AGCCTTTAAAAG-CTTAT-TATCACTTTAAATA-GTTTTATATTCTCACAATTGA-TTTTAAGTT
* * * * * * * * *
30238 GGATTTTTTTACA-TATTGATTAAAATATGTTATAGTTGAATGTCTACCTCAGGAAACAT-AGAG
189 AGATTTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCTGA-AG
** * *
30301 CAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
253 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-CCTAATTAC
* * * * *
30366 TTGCTTTAAATAGTTTTATCTTCACATCATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTAT-AGTT
317 TCGCTTTAAATA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGA-TT
* * * * * *
30430 AAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATATGAAGAAAAAGTCATCCA-TGGGAGAGA
380 -AAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCA-GAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTAGG-GAGA
* *
30494 AAAGT-TCATTTATGGTCACTCAAG-CTTTGAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTACA
441 AAAGTCT-ATTTATAGTCATTCAAGCCTTTG--AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAA-GTTTTACA
30557 TTC
502 TTC
* * * * * * *
30560 TCAGAATTAGTTTTATG-TAGGATTTTTTTACTTTTTTGGTT-AAATATATTATAATTGATTGTC
1 TCATAATTAATTTTAAGTTA-GATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTC
* * * * * * * *
30623 TACCTAAAGAAACATGAA-AAAAATGCTATCCATTGGCA-AGAAAA-TACATTTATGGTCACTGA
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* * * * * * *
30685 AGCCTTTGAAAGCCTGATTATTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTCA
128 AGCCTTTAAAAG-CTTATTA-TCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTT-A
* * * * * ** *
30750 -ATTTTTTTTCTATTTTTGGTTAAAATA-GCTTATAACTAAATGTCTGCCTTGAGAAATATGGAG
190 GATTTTTTTAC-ATTTTTGGTTGAAATATG-TTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCTGAAG
* * ** * * * * * * *
30813 CCAAAGGCATCCATGGGAGAGAAAAATCTATTTATACTCACTCAAGTCTTTTAAAGCTTTATTAC
253 CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA-CCTAATTAC
* *
30878 TCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACT-TTTTTGGTT
317 TCGCTTTAAATA-TTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA-TATTTTTGATT
* ** *** * * * *
30942 AAAATATGATATAATAAAATCCCTGGCT-AGGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATT-GGCAAG
380 -AAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCA--GAAACATGAAG-CAAAGCCATCCATTAGG-GAG
* * * * * *
31005 AAAAG-CCATTTATAGTCACTCAACCCTTTGAAAGCCATATTACTTGCTTTAAATAGTTTTATAT
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31069 TC
503 TC
* * * * * * *
31071 TCATAATTGATTTTAAGTTGGAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTTT
1 TCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCT
*** * * * * * * *
31135 GTATTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GATAAAAAAAG-CTATTTATAGTCACTAAAG
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* * * * ** * *
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* * * * * * * * *
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** * * * * * *
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** ** * * * * *
31390 CTTTTAAAGGTTTTATATAATCATAATTAAATTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAA
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* * * * * **
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* * * *
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* * * ** *
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31751 NNNNNNNNNN
Statistics
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CTTTAAAAGCTTATTATCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCACAATTGATTTTAAGTTAGATTTT
TTTACATTTTTGGTTGAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAGCC
ATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAACCTAATTACTCGCTTTAA
ATATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGATTAAATATGTTAT
AATTGAATGTTTGCCTCAGAAACATGAAGCAAAGCCATCCATTAGGGAGAAAAGTCTATTTATAG
TCATTCAAGCCTTTGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGTTTTACATTC
Found at i:30240 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 29615--31750 Score: 1850
Period size: 170 Copynumber: 12.5 Consensus size: 170
29605 TTGGTAAATG
* * * * *
29615 TGAAGCAAAAACCATCCATTAGAGGAA-AAAA-TCTTTTATAGTCACTCAGGCCTTTGAAAGCCT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATT-GA-CAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* ** *
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64 TATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTT
* * * * *
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* ** * * * * *
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1 TGAAGCAAAAGCCATCCATT-GA-CAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * **
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63 TTATTACT-CGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATT
** ** *
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** * * * * * *
29956 TGAAGCAAAAGCCATCTTTTGTA-GAGAAAAGTCCATTTATAATAACTTAAGCCTTTGGAAGCAT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTG-ACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
* *
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64 TATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA-TTTTTTTACATTT
* * * * * * *
30085 TTGATTAACATATGATATAATTCAAT-TTTGTCTTGAGAAACG
128 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * *
30127 TGAAGCAAAAGTCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTCGAAAGCCTTA
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
** * * * *
30192 TCGCTCACTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATT-ACTTTTCAGTTGGATTTTTTTACA-TATT
66 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTT
* * * * * *
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* * *
30296 T-AGAGCAAAAGCCATCCATGGGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCC
1 TGA-AGCAAAAGCCATCCAT-TGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* * * * * *
30359 TTATTACTTGCTTTAAATA-GTTTTATCTTCACATCATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATT
63 TTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATT
* * * * * * *
30423 TATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAATA
127 TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * * * * *
30467 TGAAGAAAAAGTCATCCATGGGA-GAGAAAAGTTCATTTATGGTCACTCAAG-CTTTGAAAAGCC
1 TGAAGCAAAAGCCATCCAT-TGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCC
* * * *
30530 TTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTACATTCTCAGAATT-AGTTTTATG-TAGGATTTTTTTACTT
63 TTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTA-GATTTTTTTACAT
* * * * *
30593 TTTTGGTT-AAATATATTATAATTGATTGTCTACCTAAAGAAACA
126 TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * * ** * * *
30637 TGAA-AAAAATGCTATCCATTGGCAAGAAAATACATTTATGGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTG
1 TGAAGCAAAA-GCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTT
* * * * *
30701 ATTATTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTCA-ATTTTTTTTCTATTT
65 ATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGATTTTTTTAC-ATTT
* * * * *
30765 TTGGTTAAAATA-GCTTATAACTAAATGTCTGCCTTGAGAAATA
128 TTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * * * * * * * * * *
30808 TGGAGCCAAAGGCATCCATGGGA-GAGAAAAATCTATTTATACTCACTCAAGTCTTTTAAAGCTT
1 TGAAGCAAAAGCCATCCAT-TGACAAG-AAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT
*
30872 TATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACTTTT
64 TATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTT
* ** *** * *
30936 TTGGTTAAAATATGATATAATAAAATCCCTGGC-TAGGGAAACA
128 TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTA-AGAAACA
* * * * *
30979 TAAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAACCCTTTGAAAGCCATA
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * *
31044 TTACTTGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAATTTTTTACA-TTTT
66 TTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTT
* * ** *
31107 AGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTTTGTATTAAGAAACG
130 GGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * * *
31148 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAAAAAAGCTATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGAAAGCCTTA
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * ** * * * * *
31213 TCACTCGCTTTAAAAAGTTTTATATAATCACAATTAAATTTAAGTTAGATTGTTTTACATTTTTA
66 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
* * ** * * *
31278 GTTAAAATATTTTTTAATTGAATGTTCACCTCAAAAAACG
131 GTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
** * * * *
31318 TGAAGCAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAGTCACTCAAGCTTTTGAAAACCTTA
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* * * ** * *
31383 TCACTCACTTTTAAAGGTTTTATATAATCATAATTAAATTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
66 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
* * * * * * *
31448 GTTAAAATATTTTATAATTAAATTTTTACCTCAAAAAACG
131 GTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* ** * * * *
31488 TGAAGTAAAAATCATCCATTGGCAAGAAAAGCTATTTATAATCACTCAAGCTTTTGAAAGCCTTA
1 TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
* ** * * * *
31553 TCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATAATTATAATTAAATTTAAGTT-GAATTTTTTACATTTTTG
66 TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
* * * * *
31617 GTTAAAATATGTTATGAGTT-AATGTCTACCTCAAGAAATA
131 GTTAAAATATGTTAT-AATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
* * * *
31657 TAAAGCAAACA-CCATCCATGGGA-GAGAAACGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
1 TGAAGCAAA-AGCCATCCAT-TGACAAGAAAAG-CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCC
* *
31720 TTTTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCT
63 TTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCT
31751 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1625, Mismatches: 292, Indels: 98
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 25 0.02
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171 473 0.29
172 119 0.07
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
TGAAGCAAAAGCCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTA
TTACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTG
GTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAAGAAACA
Found at i:32508 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 32320--33373 Score: 1069
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 167
32310 NNNNNNNNNN
* * *
32320 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
** * ** * *
32385 TTGGGAAACTTCCAGCAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCATGCAAGCCTT
65 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCAT-CAAGCCTT
* * * *
32450 TGAAAGTCTTATTACCCGACTTAAGTGATTTTATATTCTCA
128 TGAAAGCCTTATTACTCG-CTTAAATGATTTTATATTCACA
* * * *
32491 TAAATAATTTGAAGTTGGATTTTTTTACATGTTTGGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACAT-TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* ** * * *
32556 -TAGGGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCAATTGGAGAA-AAAAGTCCATTTATAGTCATTTAACCC
65 TTA-AGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATT--AGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAGCC
* * *
32619 TTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTAGATTCACA
126 TTTGAAAGCCTTATTACTCG-CTTAAATGATTTTATATTCACA
* * *
32662 TAATTCATTTTATGTTGGATTTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-ACA-TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * *
32727 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCT
64 CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAGCCT
* * * * *
32792 TTAAAAGCTTTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCACA
127 TTGAAAGCCTTATTACTCG-CTTAAATGATTTTATATTCACA
* * * *
32834 TAATTGATTTTAAGTTGGATATTGTTACAATTTTGGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTAC-ATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * *
32899 TCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCAT
65 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAGCCTT
* *
32964 TGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAGATTCACA
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* * * * * * * * *
33005 TAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTCATATTCTTGATTAGAATTTGTTATAATTGAATCTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATT-TTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * ** * * * * *
33070 TTAGGAAACGTGAAGCCCAAGCCATCCATTGGTGAGAAAAGTTCACTTATAGTCAGTCAAGCTTT
65 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAGCCTT
* * *
33135 TGAAAGCCTTACTACTCCCTTTAAA-CAGTTTTATATTCTA-A
128 TGAAAGCCTTATTACTCGC-TTAAATGA-TTTTATATTC-ACA
* *
33176 TAATTGATTTTAAGTTGTA-CTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGT-TCAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-AC
* * **
33239 CTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAA-AAAAAACCATTTATAGTCATTCAAGCCT
64 CTTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AAGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TCAAGCCT
* * *
33303 TTGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAAGGGTTTTATATTCTCA
127 TTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TAAATGATTTTATATTCACA
*
33345 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTTACA
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACA
33374 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 734, Mismatches: 127, Indels: 45
0.81 0.14 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 75 0.10
170 76 0.10
171 429 0.58
172 149 0.20
173 4 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (167 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCT
TAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCAAGCCTTTGA
AAGCCTTATTACTCGCTTAAATGATTTTATATTCACA
Found at i:32885 original size:343 final size:340
Alignment explanation
Indices: 32320--33366 Score: 1202
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 340
32310 NNNNNNNNNN
* * * *
32320 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT-ATATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
* * ** * * *
32384 CTTGGGAAACTTCCAGCAAAAGCCATGCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTGTAGTCATGCAAGCC
66 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTA-AAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCAT-CAAGCC
* * * * * * * * * *
32448 TTTGAAAG-TCTTATTACCCGACTTAAGTGATTTTATATTCTCATAAATAATTTGAAGTTGGATT
128 TTTGAAAGCT-TTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATA
* * **
32512 TTTTTACATGTTTGGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGTCTACCT-AGGGAAATGTGAAGCAAAA
192 TTTTTACAT-TTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCA-AGAAACATGAAGCAAAA
* * *
32576 GCCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGAT
255 GCCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT
32641 TTAAATGGTTTTAGATTCACA
320 TTAAATGGTTTTAGATTCACA
* * *
32662 TAATTCATTTTATGTTGGATTTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
*
32727 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATATTCACTCAAGCCT
66 CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC-ATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCAAGCCT
*
32792 TTAAAAGCTTTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATATT
129 TTGAAAGCTTTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATATT
* * * *
32857 GTTACAATTTTGGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGAAGTAAAAGCC
194 TTTAC-ATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCC
* * * * *
32922 ATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
258 ATCAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTA
**
32987 AATAATTTTAGATTCACA
323 AATGGTTTTAGATTCACA
* * * * * * *
33005 TAATTAATTTTAAGTTAGA-TTTTTTCATATTCTTGATTAGAATTTGTTATAATTGAATCTTTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
* ** *** * *
33069 CTT-AGGAAACGTGAAGCCCAAGCCATCCATTGGTGAGAAAAGTTCACTTATAGTCAGTCAAGCT
66 CTTGA-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT-CATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCA-TCAAGCC
* ** **
33133 TTTGAAAGCCTTA-CTACTCCCTTTAAACAGTTTTATATTCTA-ATAATTGATTTTAAGTT-G-T
128 TTTGAAAGCTTTATC-ACTCGATTTAAATGGTTTTATATTC-ACATAATTGATTTTAAGTTGGAT
33194 ACTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGT-TCACCTCAAGAAACATGAAGCAA
191 A-TTTTTACATTT-TGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-ACCTCAAGAAACATGAAGCAA
* * *
33258 AAGCCATCCATTTGTA-AAAAAA-ACCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
253 AAGCCAT-CAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * *
33321 GCTGTAAAGGGTTTTATATTCTCA
317 GCTTTAAATGGTTTTAGATTCACA
33345 TAATTGATTTTAAGTTGGATTT
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATTT
33367 CTTTACANNN
Statistics
Matches: 600, Mismatches: 89, Indels: 33
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 80 0.13
341 68 0.11
342 168 0.28
343 279 0.47
344 5 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTCATATTTTTGGTTAAAATTTGTTATAATTGAATGTCTAC
CTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCATTAAAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCATCAAGCCTTT
GAAAGCTTTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATATTTT
TACATTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
AATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
GGTTTTAGATTCACA
Found at i:32977 original size:514 final size:511
Alignment explanation
Indices: 32320--33364 Score: 1275
Period size: 514 Copynumber: 2.0 Consensus size: 511
32310 NNNNNNNNNN
* * * *
32320 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATATTGTTAAATTTATGGTTAAAATAAGTTATAATTAAATGTCTGCC
*** * * * * *
32385 TTGGGAAACTTCCAGCAAAAGCCATGCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTGTAGTCATGCAAGCCTT
66 TCAAGAAACATCAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCAAGCCAT
* * * * * *
32450 TGAAAGTCTTATTACCCGAC-TTAAGTGATTTTATATTCTCATAAATAATTTGAAGTTGGATTTT
131 TGAAAGCCTTATTACCCG-CTTTAAATAATTTTAGATTCACATAAATAATTTGAAGTTAGATTTT
* * * *
32514 TTTACATGT-TTGGTTAAAATCTGTTATAATTGAATGTCTACC-TAGGGAAATGTGAAGCAAAAG
195 TTCACAT-TCTTGATTAAAATCTGTTATAATTGAATCTCTACCTTA-GGAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * *
32577 CCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCATTTAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATT
258 CCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCACTTATAGTCAGTCAACCCTTTGAAAGCCTTACTACTCCATT
** * * *
32642 TAAATGGTTTTAGATTC-ACATAATTCATTTTATGTTGGATTTTTTTCACATTTTTGGTTAAAAT
323 TAAACAGTTTTAGATTCTA-ATAATTCATTTTAAGTTGGA-CTTTTT-ACATTTATGGTTAAAAT
* **
32706 TTGTTATAATTGAATG-TCTACCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT-C-TAT-TAAAGAGAAA
385 ATGTTATAATTGAATGTTC-ACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATATGTAAA-A-AAA
* * * * *
32767 AGTTCATTTATATTCACTCAAGCCTTTAAAAGCTTTATCACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCA
447 A--CCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGATGTAAAGGGTTTTATATTCA
32832 CA
510 CA
*
32834 TAATTGATTTTAAGTTGGATATTGTTACAATTT-TGGTTAAAATAAGTTATAATTGAATGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTGGATATTGTTA-AATTTATGGTTAAAATAAGTTATAATTAAATGTCTGC
* *
32898 CTCAAGAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGC
65 CTCAAGAAACATCAAGCAAAAGCCATCCATTAGCA-AGAAAAGTCCATTTATAGTCA-TGCAAGC
* * *
32961 CATTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTAGATTCACATAATTAATTTTAAGTTAGATT
128 CATTGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAATTTTAGATTCACATAAATAATTTGAAGTTAGATT
* * * * **
33026 TTTTCATATTCTTGATTAGAATTTGTTATAATTGAATCTTTACCTTAGGAAACGTGAAGCCCAAG
193 TTTTCACATTCTTGATTAAAATCTGTTATAATTGAATCTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAG
* * * * * * *
33091 CCATCCATTGGTGAGAAAAGTTCACTTATAGTCAGTCAAGCTTTTGAAAGCCTTACTACTCCCTT
258 CCATCAATTGGAGAAAAAAGTCCACTTATAGTCAGTCAACCCTTTGAAAGCCTTACTACTCCATT
* * *
33156 TAAACAGTTTTATATTCTAATAATTGATTTTAAGTTGTACTTTTTACATTTATGGTTAAAATATG
323 TAAACAGTTTTAGATTCTAATAATTCATTTTAAGTTGGACTTTTTACATTTATGGTTAAAATATG
*
33221 TTATAATTGAATGTTCACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTTGTAAAAAAAACCATT
388 TTATAATTGAATGTTCACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATATGTAAAAAAAACCATT
* * * * *
33286 TATAGTCATTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTGTAAAGGGTTTTATATTCTCA
453 TATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGATGTAAAGGGTTTTATATTCACA
33345 TAATTGATTTTAAGTTGGAT
1 TAATTGATTTTAAGTTGGAT
33365 TTCTTTACAN
Statistics
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0.83 0.12 0.05
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515 12 0.03
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TAATTGATTTTAAGTTGGATATTGTTAAATTTATGGTTAAAATAAGTTATAATTAAATGTCTGCC
TCAAGAAACATCAAGCAAAAGCCATCCATTAGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCATGCAAGCCAT
TGAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATAATTTTAGATTCACATAAATAATTTGAAGTTAGATTTTT
TCACATTCTTGATTAAAATCTGTTATAATTGAATCTCTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAAAGCCA
TCAATTGGAGAAAAAAGTCCACTTATAGTCAGTCAACCCTTTGAAAGCCTTACTACTCCATTTAA
ACAGTTTTAGATTCTAATAATTCATTTTAAGTTGGACTTTTTACATTTATGGTTAAAATATGTTA
TAATTGAATGTTCACCTCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATATGTAAAAAAAACCATTTAT
AGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATCACTCGATGTAAAGGGTTTTATATTCACA
Found at i:36131 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 35066--36245 Score: 903
Period size: 171 Copynumber: 6.9 Consensus size: 170
35056 NNNNNNNNNN
* ** * *
35066 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTGTATTCTCATAATTGATTTTTGGTTGGATTTTTTGA
1 AAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
* * * * * * *
35131 CAATTCTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCGTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCT
65 TATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * * *
35196 GTTAGAGAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCGTTTAA
130 ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
** * * * * * *
35237 AAAACTTATCACTCATTGTAAA-AGGTTTTATATGCTGATCATTTATTTTAAGTGT-GATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGTT-TAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT-TAGA--TTTT
* * * * *
35300 TTTACATTTTTGGTTTAAATATGTTATAATTGAATCTCTGCCTTGAGAAAGATGAAGCAAAAGCC
61 TTTATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCC
**********
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* ** * *
35409 AAGACCTTATTACTTGCTTTAAACTA-TTTTATATTCTCATAATACATTTAAAGTTGGATTTTTT
1 AAG-CCTTATTACTCG-TTTAAA-TAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT
* * * ** *
35473 TATAATATTGGTTCAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGAAACATAAAGCAAAAGCCAT
63 TATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
** ** * * * *
35538 TTATTTCAGAGAAAAGTCTATTTATAGTTATTCAAACCTTTGA
128 CCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * ** *
35581 TAGCCTTATTAATCAATTTAAAGGGTTTTACATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTC-GTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
* * * * * * * *
35646 CATTTTTAGTTGAAATATGTTATAATTGAATGTCTACCTT-AGGAAACAT-AAGTGAAAGGCCAG
65 TATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGA-GAAACATGAAG-CAAAAGCCAT
* ********** *
35709 CCGTTAGAGAGAAAAGTCCATTTNNNNNNNNNNAAG-CTTTTA
128 CCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * * *
35751 AGAGTCTTATTTCAAT-TTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAACTAATTTTAAGTTAGATTTTTT
1 A-AGCCTTA-TT-ACTCGTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTT
* * * **
35815 TATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGATTGCCTTAAGAAACCTGAAGCAAAAGGTAT
63 TATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * *********
35880 CCGTTAGACAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCANNNNNNNNNN
128 CCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA-AGCCTTTGA
* * * * *
35924 AA-CCTAATTACTTGCCTTAAATAATTTTATATTCTCATAATTGATTTTAACTCT-GATTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCG-TTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGT-TAGATTTTTTT
** * *
35987 ATATTTTTCATTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCTCT-AGAAACGTGAAGCAAAAGCCAT
64 ATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGAAACATGAAGCAAAAGCCAT
*
36051 CCATTAGAGA-AAGAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGGCCCTTGA
128 CCATTAGAGAGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGA
* * *
36094 AAGTCTTATTACTCGTTGTAAATAGTTTTAGATTCTCATAATCGATTTTAAGTTAGATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGTT-TAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA--TTTTTT
* * * * *
36159 TATATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTCT-CCTTTGGGAAACGTGAAGCAAAAGTCA
63 TATATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCC-TTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCA
* *
36223 TTCATTCGAGAGAAAAGTCCATT
127 TCCATTAGAGAGAAAAGTCCATT
36246 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 777, Mismatches: 196, Indels: 70
0.74 0.19 0.07
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169 2 0.00
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ACGTcount: A:0.33, C:0.12, G:0.14, T:0.39
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AAGCCTTATTACTCGTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTAT
ATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
TTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
Found at i:37170 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 36847--39277 Score: 2185
Period size: 171 Copynumber: 14.3 Consensus size: 170
36837 NNNNNNNNNN
* * *
36847 AAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTGTTTG
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTT-
** * * * * *
36912 TAC---TTTAGATTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTAAAGCAAAAGCCA
64 TACATTTTTAG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCA
** ** * *
36974 TCTGTTAGAGAGAAAAGT-TCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAA
127 TCCATGGGAGAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * *
37018 AAGCCTTGTTACACACTTTAAATAGTTATATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * *
37083 TATTTTTAGTT-AAATATCTTATAATTGAAAGT-TAGCATTAGGAAATC-TGAAGCAAAAGCAAT
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GC-TTAGGAAA-CATGAAGCAAAAGCCAT
*
37145 CCATGGGAGAGAAAGGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
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********** * * *
37188 AAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTATTCTTATAACTGATTTTAAGTTGGATCTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * * * ** * *
37253 TATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCTT-GGTAAATGTGAAGCAAAAACTATC
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAGG-AAACATGAAGCAAAAGCCATC
** *
37317 CATTAGAG-GAAAAAGTCT-TTTATAGTCACTCAGGCCTTTGA
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* * ********** * *
37358 AAGCTTTGTTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * * * * * *
37423 CATTTTTTGCTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTTGCTCAGGAAACATAAAGCAGAAGCCATCT
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* ** * * * * * *
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* * * * *
37529 AATCCTTATTACACGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTCA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * * * * *
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66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * * * * * *
37659 ATTGTAGAGAAAAGTCCATTTATAATAACTTAAGCCTTTGG
130 ATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
*
37700 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * *
37764 CATTTTT-GATTAACATATGTTATAATTCAATGTCTGTCTT-GAGAAACATGAAGCAAAAACCAT
66 CATTTTTAG-TTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCAT
* * * *
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** * *
37869 AAGCCTTATCGCTCACTTTAAA-AGGTTTTATATTCTCATAATT-ACTTTTCAGTTGGATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTT
* * * * *
37932 TACATATTTGGTTAAAATATGTTATAGTTGAATATC-GACCTCAGGAAACAT-AGAGCAAAAGCC
64 TACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG--CTTAGGAAACATGA-AGCAAAAGCC
* *
37995 ATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGA
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* * * * * *
38040 AAGCCTTATTACTTGCTTTGAATAGTTTTATCTTCACATCATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * * * *
38105 TATTTATAGTTAAAATATATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGCAAAAGTCATCC
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
*
38170 ATGGGAGAGAAAAGT-TCATTTATGGTCACTCAAGCCTTTGA
130 ATGGGAGAGAAAAGTCT-ATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * *
38211 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAA-AGGTTTTACATTCTCATAATT-AGTTTTAAGTAGGAGTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGGATTTTTT
* * * * * * * * * *
38274 TAC-TTTTTTGGTCAAATATATTATAATTGATTGACTACCTAGAGAAACATGAA-AAAAATGCTA
64 TACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGCAAAA-GCCA
* * *
38337 TCCATTGGCA-AGAAAA-TAC-ATTTATGGTCACTAAAGCCTTTGA
127 TCCA-TGGGAGAGAAAAGT-CTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * * * **
38380 AAGCCTGATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTT
* * * * * * * *
38445 TCTAATTTT-GATTAAAATA-GCTTATAACTAAATGTCTG-TCTCGAGAAATATGGAGCAAAAGT
65 AC-ATTTTTAG-TTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCT-TAG-GAAACATGAAGCAAAAGC
* * * *
38507 CATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTTA
125 CATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
*
38553 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * ** * * *
38618 TATTTTTGGTTAAAATATGATATAATAAAATCTCTGGCTCT-GGAAACATAAAGTAAAAGCCATC
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-GCT-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATC
*
38682 CATTGGTA-AGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTCAA-CCGTTTGA
129 CA-TGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCC-TTTGA
* * *
38723 AAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAATTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * *
38788 CA-TTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGTTTTAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* * *
38852 AT-TGATAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGA
130 ATGGGA-GAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* * ** * * *
38892 AAGCCTTATCACTTGCTTTAAA-AGGTTTTATATAATTATAATTAATTTTAAGTT-GAATTTTTT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA-GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTT
* * * * * * *
38955 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATGATTTAATGTCTGCCTCGAGAAATATGAAGCAAACGCCATC
65 ACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATC
* *
39020 CATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGG
129 CATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
* *
39062 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTA
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
* * * * * *
39127 CATTTTTAGTTGAAATATGTTATAATTGAATGTTTACCT--GAAGAAATGAGTAACAAAAGCCAT
66 CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTAGGAA-ACATGA--AGCAAAAGCCAT
** * * *
39190 CCATTAGAGAGAAGAGTC-ATTTATGGTCACTCAAGCCTTTAA
128 CCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
*
39232 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT-GGTTTATATTCTCATAATTGATT
1 AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATT
39278 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1848, Mismatches: 336, Indels: 154
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 22 0.01
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170 652 0.35
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ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (170 bp):
AAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTA
CATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
TGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGA
Found at i:37587 original size:511 final size:508
Alignment explanation
Indices: 36847--39277 Score: 2431
Period size: 511 Copynumber: 4.8 Consensus size: 508
36837 NNNNNNNNNN
* * ** *
36847 AAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTGTTTG
1 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTG-TT-
* * ** * * *
36912 TAC-T-TTAGATTAAAATATACTATAATTGAATGTTTGCCTCAGAAAACGTAAAGCAAAAGCCAT
64 TACATATTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCAT
** ** * * * *
36975 CTGTTAGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTGTTACACACTTTAAA
129 CCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* *
37040 TAGTTATATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTATATTTTTAGTT-AAATATCTTA
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* * * *
37104 TAATTGAAAGTTAGCATTAGGAAATCTGAAGCAAAAGCAATCCATGGGAGAGAAAGGTCTATTTA
258 TAATTGAATGTTAGCCTTAGGAAATCTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTC-ATTTA
********** * *
37169 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTANNNNNNNNNNTATTCTTATAACTGAT
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* *
37234 TTTAAGTTGGATCTTTTTATATTTTTTGTTAAAATATATTATAATTAAATATCTGCCTTG-GTAA
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** * * * * *
37298 ATGTGAAGCAAAAACTATCCATT-AGAGGAAAAAGTCTTTTATAGTCACTCAGGCCTTTGA
449 ACATGAAGCAAAAACCATCCATTGAGAAG-AAAAGTCATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGA
* * * ********** *
37358 AAGCTTTGTTACTCNNNNNNNNNNGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
1 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
* * * * * *
37423 CATTTTTTGCTAAAATAGGTTATAATTGAATGTTTTG-CTCAGGAAACATAAAGCAGAAGCCATC
66 CATATTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATC
** ** * * * * * * *
37487 TGTTAGAGCGAAAAGTCTATTTATAATCATTCAATCTTTTAAAATCCTTATTACACGCTTTAAAT
130 CATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * ** *
37552 GGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTCACGTTTTTGGTTAAAATATGTTAT
195 AGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTAT
* * * * * * *
37617 AATTGAATGACT-GCCTTTGAAAATATGAAGCAAAAGCCATCTATTGTAGAGAAAAGTCCATTTA
259 AATTGAATG-TTAGCCTTAGGAAATCTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGT-CATTTA
* * * *
37681 TAATAACTTAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
322 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * * *
37746 TTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTGATTAACATATGTTATAATTCAATGTCTGTCTTGAGAAAC
387 TTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAAC
* * **
37811 ATGAAGCAAAAACCATCCATTGACAAGAAAAGCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGA
451 ATGAAGCAAAAACCATCCATTGAGAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGA
* * * * * *
37869 AAGCCTTATCGCTCACTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTACTTTTCAGTTGGATTTTTTTA
1 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
* * *
37934 CATATTTGGTTAAAATATGTTATAGTTGAATATC-GACCTCAGGAAACATAGAGCAAAAGCCATC
66 CATATTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTG-CCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATC
* * * * *
37998 CATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTGAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTTGCTTTGAAT
130 CATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAT
* * * * * *
38063 AGTTTTATCTTCACATCATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATAGTTAAAATATATTAT
195 AGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-GATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTAT
* * *
38128 AATTGAATGTTTGCCTCAGGAAA-CATGAAGCAAAAGTCATCCATGGGAGAGAAAAGTTCATTTA
259 AATTGAATGTTAGCCTTAGGAAATC-TGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAG-TCATTTA
* * *
38192 TGGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAAAGGTTTTACATTCTCATAATT-AG
322 TAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA-
* * * * * * *
38256 TTTTAAGTAGGAGTTTTTTACTTTTTTGGTCAAATATATTATAATTGATTGA-CTACCTAGAGAA
386 TTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAAT-ATCTGCCTTGAGAA
* *
38320 ACATGAA--AAAAATGCTATCCATTG-GCAAGAAAA-TACATTTATGGTCACTAAAGCCTTTGA
449 ACATGAAGCAAAAA--CCATCCATTGAG-AAGAAAAGT-CATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGA
* * * * * * * *
38380 AAGCCTGATTACTCGCTCTAAATGGTTTTATATTCACATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTT
1 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGA-TTTGTTT
* * * * * * ** *
38445 TC-TAATTTTGATTAAAATA-GCTTATAACTAAATGTCTGTCTC-GAGAAATATGGAGCAAAAGT
65 ACAT-A-TTTGGTTAAAATATG-TTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATAAAGCAAAAGC
*
38507 CATCCATGGGAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAGTCTTTT-AAAGCCTTATTACTCGCTT
126 CATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG-CTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTT
*
38571 TAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATAT
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* ** * * * * *
38636 GATATAATAAAATCTCT-GGCTCT-GGAAA-CATAAAGTAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAG
254 GTTATAATTGAATGT-TAGCCT-TAGGAAATC-TGAAGCAAAAGCCATCCA-TGGGAGAGAAAAG
* * *
38697 TCATTTATAGTCACTCAA-CCGTTTGAAAGCCATATTACTCACTTTAAATAGTTTTATATTCTCA
315 TCATTTATAGTCACTCAAGCC-TTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * **
38761 TAATTGATTTTAAGTTGGAATTTTTTACATTTTAGTTAAAATATGTTATAATTGATTGTCTGTTT
379 TAATTGATTTTAAGTTGG-ATTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCT
* * * *
38826 TAAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGATAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTAAAGCCTTT
443 TGAGAAACATGAAGCAAAAACCATCCATTGAGAAGAAAAGTC-ATTTATAGTCACTAAAGCCTTT
38890 GA
507 GA
* ** *
38892 AAGCCTTATCACTTGCTTTAAAAGGTTTTATATAATTATAATTAATTTTAAGTT-GAATTT-TTT
1 AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAG-ATTTGTTT
* * * * * *
38955 ACATTTTTGGTTAAAATATGTTATGATTTAATGTCTGCCTC-GAGAAATATGAAGCAAACGCCAT
65 ACATATTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAG-GAAACATAAAGCAAAAGCCAT
* **
39019 CCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
129 CCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAA
* * *
39084 TGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGCATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATATGTTA
194 TAGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG-ATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTA
* * ** ** *
39149 TAATTGAATGTTTA-CCTGAAGAAATGAGTAA-CAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAGAGTCATTT
258 TAATTGAATG-TTAGCCTTAGGAAATCTG-AAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCATTT
* *
39212 ATGGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATATTCTCATAATTGA
321 ATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGA
39276 TT
386 TT
39278 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1580, Mismatches: 288, Indels: 107
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
508 27 0.02
509 249 0.16
510 22 0.01
511 716 0.45
512 354 0.22
513 198 0.13
514 14 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.14, T:0.39
Consensus pattern (508 bp):
AAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGATTTGTTTA
CATATTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAGGAAACATAAAGCAAAAGCCATCC
ATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATA
GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGATTTTTTTATATTTTTAGTTAAAATATGTTATAA
TTGAATGTTAGCCTTAGGAAATCTGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCATTTATAGT
CACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTA
AGTTGGATTTTTTACATTTTTGTTAAAATATATTATAATTGAATATCTGCCTTGAGAAACATGAA
GCAAAAACCATCCATTGAGAAGAAAAGTCATTTATAGTCACTAAAGCCTTTGA
Done.