Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398287.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1590.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4045
ACGTcount: A:0.26, C:0.10, G:0.09, T:0.29
Warning! 1071 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:287 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--2228 Score: 2295
Period size: 171 Copynumber: 13.0 Consensus size: 171
* * *
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTATTTTTTTTGTTAAAATAAACT-TGA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTGTTAAAACATACTAT-A
* * * * * *
64 ATTGATTGTCTAGCTCGAGAAATGTGCAAAAAAAGCCATTCATCGGGAAGAAAAGTTCATTTATA
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * *
129 GTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACCCGCTTTTAATGG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
171 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTGTTAAAATAGACTATAA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTGTTAAAACATACTATAA
* * * ** * * *
236 TTGAATGTCTACCTTGAGAAATGTGTATCAAAAGCCATTTATTAAGAAGAAAAATTTTTTTAAGT
66 TTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAG-AAAA-----GT---T
* * * *
301 CTATTTATAGTCACCTAGTCCTTCAAAAGGTTTATTACTCGCTTTTAATGG
122 C-ATTTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
352 TTTTATAATCTCATAATT-AGTTTTAAGTTG-ATTTTTTTTATATTTTTGATTAAAACATACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGA-TTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTG-TTAAAACATACTAT
* * * * *
415 TATTGAATGTCTACCTCGAGACACATGAAGAAATAAG--ATTCATTGACAAGAAAAGTTCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTA
* * *
478 GAGTCACCCATTCCTTCAAAA-ACTTATTACTCGCTTTAAATAG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
** * ** *
521 TTTTATAATCTTGTAATTGATTTAAAGTTGAATTATTTTGCATTTTTTTGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATT-TTTTTAATTTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * * * * *
586 AGT-AATTGTTTGCCTCGTGAAACATGCAGAAAAAGTCATTCATTAAGAAAAAAAAG-TCTATTT
65 ATTGAA-TGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAG-AAGAAAAGTTC-ATTT
** * * * * *
649 ATAGTCACATATTCCTTTAAAAGCCTTATTACCCGCTTGAAATGA
127 ATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * * *
694 TTTTATAGTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTCT-TTAAAACAAACAATT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * * * *
758 ATTGAATGTTTAACTCGAGAAAGGTGTAGAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTATC
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * * *
823 GTCACCTATTCCTTCAAAATGCTTATTACTCGCTTTGAATAG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
** *
865 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAA-TTTTTTACA-TTTTTAATAAAAACATACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * * *
928 ATTGAATGTCTACCTCGACAAACATGAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTAG
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTAT
*
992 AGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1035 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTGATTAAAACATACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTG-TTAAAACATACTAT
* * *
1098 AATTGAATGTCTACACT-GAGAAATGTG-AGGAAACAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTTCAGT
64 AATTGAATGTCTAC-CTCGAGAAACGTGCA-GAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATT
* * * * *
1160 TAGAGTCACCCATTCCTTCAAAAGTCTTATTATTAGATTTAAATGG
126 TATAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
1206 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA--TTTTTGATTAAAACATACTAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTG-TTAAAACATACTAT
* * ** * * *
1269 TATTGAATGTCTACCTCGAGACATATGAAGAAATAAG-CATTCATTGACAAGAAAAGTCCATTTA
64 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTA
* * * * *
1333 GAGTCACTCATTCTTTCAAAAAGCTTATCACTCGCTTTAAATGG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
1377 TTTTATAATATCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTATTTTACA-TTTTTTGTTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * * * *
1441 AGTGATTGTTTACCTTGAAAAACGTGCAAAAAAAGCCATTCATTGAGAAAAAAAG-TCTATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTAT
* * * * *
1505 AGTTACACATTCCTTCAAAAGCCTTATTACCCGCTTTAAATGA
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * * *
1548 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTAAATTTTTTTATATATTTCT-TTAAAACAGA-TAAT
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA-ATTTTTTTGTTAAAACATACT-AT
* * * * * *
1611 AATTGAATGTTTAACTCGAGAAAGGTGCAAAAAAAGCCATTGATTGAGAAGAAAAGTCCATTTAT
64 AATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * * * *
1676 CGTCACCCATTGCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTGATTAG
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * ***
1719 TTTTATAATCTCATAATTTATTTTAAGTTGAATTTTTTTGCA-TTTTCAATTAAAACATACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-AATTTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * * * *
1783 ATTGAATTTCTACCTTGACAAACGTGAAGAAACAAG-CATTCATTGACAAAAAAAG-TCTATTAA
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAA-AAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTC-ATTTA
* * * *
1846 GAGTCACCCATTCCTTCAAAAAGCTTATTAGTCGCTTTAAATAG
128 TAGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* *
1890 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTT-ATATTTTTTATTAAAACATACGATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAT-TTTTTTGTTAAAACATACTATA
** * * * * * * * * *
1954 ATTGAATGTCTATGTCAAGAAATGTGAAGAAACAGGCATTCATTGACAAGAAAAGTCCAGTTAGA
65 ATTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATA
* * *
2019 GTCACTCATTCCTTCAAAAGGCTTATTGCTCGCTTTAAATAG
130 GTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
* * *
2061 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-AAATTTTTTAATATTTTTTATTAAAACAGACTATA
1 TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAAT-TTTTTTGTTAAAACATACTATA
* * * * *
2125 ATTAAATGTTTACCTCGAGAAAAC-TGCACAAAAAGCCATTCATTGGGAACAAAAGTTCATTTAT
65 ATTGAATGTCTACCTCGAG-AAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTAT
* * *
2189 AGTCACTCATTCTTTTAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA
129 AGTCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAA
2229 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1738, Mismatches: 268, Indels: 103
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 53 0.03
170 263 0.15
171 1112 0.64
172 107 0.06
173 56 0.03
174 1 0.00
177 1 0.00
179 4 0.00
180 29 0.02
181 109 0.06
182 3 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (171 bp):
TTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTAATTTTTTTGTTAAAACATACTATAA
TTGAATGTCTACCTCGAGAAACGTGCAGAAAAAGCCATTCATTGAGAAGAAAAGTTCATTTATAG
TCACCCATTCCTTCAAAAGGCTTATTACTCGCTTTAAATGG
Done.