Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018397357.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_283.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 40946
ACGTcount: A:0.31, C:0.11, G:0.12, T:0.29
Warning! 6925 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:300 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1--1454 Score: 1525
Period size: 171 Copynumber: 8.5 Consensus size: 171
* * * * * *
1 CCAAAAATGTAAAAAATTCTAACTTAAAACCAGTTATGAGAATGTAAAACAATTTAAAGC-AGGT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGA-GT
* * * * *
65 AATAAGGCTTTGAAAGGCTTGACTGACCATAAATGGACTTTTCTCTTCAATGAATGGCTTTTGCT
65 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
** * * * *
130 TCACGTTTCTTGAGGTAAATATTTAATTATAGCACATTTAAA
130 TCACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
* *
172 CCAAAAATGTAAAAAAAACCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * *
237 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTTAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCCATGGATGGGTTTTGCTT
66 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* ** *
302 CACGTGTCCTAAGG-AAGTTATTCAATTATAACATATTTTAA
131 CACGTTTCCCGAGGTAA-ATATTCAATTATAACATATTTTAA
* * *
343 CCAAAAATATAAACAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * *
408 ATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGTAGTTTTCACTCTAATGGATGGCTTTTGATT
66 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * *
473 CACATTTCCTGAGGTAGATATTCAATTATAATATATTTTAA
131 CACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * *
514 CCAAAAGTGCAAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* *
578 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACATTTT-TCTCCCATGGATGGGTTTTGC
65 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGAC-TTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * * * ** *
642 TTCATGTTTCCCAAGATAGATATTTGATTATAGCATATTTTAA
129 TTCACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * * * * *
685 ACAAAAATGTAAAAACATTCACCTGT-GAATCAATTATTAAAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * * * * * *
749 AATAAGG-TCTGCTATGGCTTGAGTGACTATAAATTGACATTTCTCACCTATGGATAGCTTTTAC
65 AATAAGGCT-TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGC
* * *
813 TTCATGTTTCCCGAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAA
129 TTCACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
*
856 CCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTT--AATCAATTATGTA-AATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG-AGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * * * ** * ** ** *
918 AATAAGGCTTTCCAAGGCTTAAGTAATTATAAATATAGTTTTCTCTTTAATGGATCACTTTTGGT
65 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * ** * * * *
983 TTATC-TTTCTCGTGACAGATATTTAATTGTAATATATTTTAA
130 TCA-CGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
* ** *
1025 CCAAAAGTGTAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGATG-GT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAG-CGAGT
* * * * * * *
1089 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGTACTTTACTTTCTAATTGATGGCTTTTGCT
65 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * *
1154 TCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA-AAGCATATTTCAA
130 TCACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAA-CATATTTTAA
* * * **
1196 CCAAAAATTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTA-CAAAGATATAAAACCATTTGCAGCGAGT
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGA-ATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
* * ** * ** *
1260 AATAAGGCTTTCAAAGGTTTGTGTGACTATAAATGGGTTTTTCTATCCGTTGGATGGTTTTTGCT
65 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCT
* *
1325 GCACG-TTCCCAAGGT-AATCATTCAATTATAACATATTTTAA
130 TCACGTTTCCCGAGGTAAAT-ATTCAATTATAACATATTTTAA
* * * *
1366 CCAAAAATATAAAAAAATCAAACTTAAAACCAATAATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1 CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
1431 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
66 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
1455 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1059, Mismatches: 201, Indels: 47
0.81 0.15 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 132 0.12
170 118 0.11
171 800 0.76
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
CCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTT
CACGTTTCCCGAGGTAAATATTCAATTATAACATATTTTAA
Found at i:5757 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 5431--6142 Score: 409
Period size: 171 Copynumber: 4.2 Consensus size: 171
5421 NCACATATTT
* * * * * * *
5431 AATTATAGCACATTTTAACCAGAAATGTAAGAAAAT-TAGACTTAAAATCAATTCTGAAAATATA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTA-ACTTAAAATCAATTATGAAAATATA
* * * * * * *
5495 AAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTCTTCTCTC
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACAATAAATAGACTCTTCTCTC
** * ** *
5560 CCATAGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTA-AGACAGTTATTC
130 CCATAGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCATA-ACAGACAGTC
* **
5602 AATTATAACATATTTTAATAAAAAATATAAAAAAATCCT-ACTTAAAATCAATTATGTGAATATA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAAT-CTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATA
* * * *
5666 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACTATAAATATAGTTTTCTCT-
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACAATAAATAGACTCTTCTCTC
** * * *
5730 TTATTGGATCACTTTTGGTTTACGTTTCCCATAACAGACAGTC
130 CCA-TAGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCATAACAGACAGTC
* * * * * * ******
5773 AATTGTAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGANNNNNN
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAA
**** * * ** * *
5838 NNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAA-TGCCTATAAATAGACTTTTCTCTC
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTT-AAGTAACAATAAATAGACTCTTCTCTC
* ** * * * ** * * *
5902 CAATAGATGGCTTTCGCTTCACCTTT--CTTGAGGGAAATATTC
130 CCATAGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCAT-A-ACAGACAGTC
* * * * * ***
5944 AATTATAGCACATTTTAACCAGAAATGTAAAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGGGGATATA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAAAATATA
* * * * * * * * * * *
6008 AAACCATTTAAAGTGAGTGATAAGGCTTT-TAAGGACCTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCT
65 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGG-CTTAAGTAACAATAAATAGACTCTTCTCT
* ** * * * * *
6072 CCCATTGATGGCTTTTTCTTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTC
129 CCCATAGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCATA-ACAGACAGTC
* * *
6115 GATTATAGCATATTTTAATAAAAAATAT
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATAT
6143 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 416, Mismatches: 111, Indels: 28
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 2 0.00
170 10 0.02
171 398 0.96
172 4 0.01
173 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAAAATATAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTAAGTAACAATAAATAGACTCTTCTCTCC
CATAGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCCATAACAGACAGTC
Found at i:6130 original size:342 final size:332
Alignment explanation
Indices: 5500--6132 Score: 669
Period size: 342 Copynumber: 1.9 Consensus size: 332
5490 ATATAAAATC
* * * *
5500 ATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACAATAAATGGACTCTTCTCTCCCATA
1 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGACAATAAATAGACTCTTCTCTCCAATA
* * ** * *
5565 GATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGACAGTTATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAATAT
66 GATGGCTTTCGCTTCACCTTTCCTAAGACAAATATTCAATTATAACACATTTTAACAAAAAATAT
* *
5630 AAAAAAATCCTACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
131 AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
* * * ** * *
5695 CAAAGGCTTAAGTAACTATAAATATAGTTTTCTCTTTATTGGATCACTTTTGGTTTACGTTTCCC
196 CAAAGGCCTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTCTCCATTGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCC
* * *
5760 ATAACAGACAGTCAATTGTAATATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
261 ATAACAAACAGTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
5825 TATGAGA
326 TATGAGA
* * *
5832 NNNNNNNNNNATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGCCTATAAATAGACTTTT
1 ----------ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGACAATAAATAGACTCTT
* * ** *
5897 CTCTCCAATAGATGGCTTTCGCTTCACCTTTCTTGAGGGAAATATTCAATTATAGCACATTTTAA
56 CTCTCCAATAGATGGCTTTCGCTTCACCTTTCCTAAGACAAATATTCAATTATAACACATTTTAA
* * * * * * *
5962 CCAGAAATGTAAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGGGGATATAAAACCATTTAAAGTGAGTG
121 CAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTA
* * * * * * ** *
6027 ATAAGGCTTT-TAAGGACCTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCCCATT-GATGGCTTTTTC
186 ATAAAGCTTTCAAAGG-CCTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTCT-CCATTGGATCACTTTTGC
* * * * *
6090 TTCATGTTTCCCA-AGGCAAACATTCGATTATAGCATATTTTAA
249 TTCACGTTTCCCATA-ACAAACAGTCAATTATAACATATTTTAA
6133 TAAAAAATAT
Statistics
Matches: 237, Mismatches: 51, Indels: 6
0.81 0.17 0.02
Matches are distributed among these distances:
341 5 0.02
342 229 0.97
343 3 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.15, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (332 bp):
ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAATGACAATAAATAGACTCTTCTCTCCAATA
GATGGCTTTCGCTTCACCTTTCCTAAGACAAATATTCAATTATAACACATTTTAACAAAAAATAT
AAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGGGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTT
CAAAGGCCTAAGTAACTATAAATAGACTTTTCTCTCCATTGGATCACTTTTGCTTCACGTTTCCC
ATAACAAACAGTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAGTGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAAT
TATGAGA
Found at i:6947 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 6601--11190 Score: 3798
Period size: 171 Copynumber: 26.8 Consensus size: 170
6591 NNNNNNNNNN
* * * *
6601 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * ** * * * *
6666 TTAGGAAACCTCAAGCAAAAGCCATGCATAAGCCAAAAAAGTTCATTTGTAGCCA-TGCAAGCCT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-CAAGCCT
* * *
6730 TTGAAAGTCTTATTTCTCGATTTAAGTGGTTTTATATTCTCA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * *
6772 TAATTGATTTGAAGTTAGATTTTTTTACATGTTTGATTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
6837 TAGGGAAACATGAAGGAAAAAACTATCAATTAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCGCTTAATCCT
66 TA-GGAAACATGAA-GCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* *
6902 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTT-GATTCACA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * * *
6943 TAATTTATTTTATGTTGGATTTTTTCAAATTTTTGGTTAAAATTTATTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
7008 TCAAGAAACTTGAAGCAAAAGCCATCCATTA-AAATTGAAAAGTCCATTTATATTCACTCAAGCC
66 T-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA--GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* *
7072 TTTAAAAGCCTTATCT-CTC-ACTTTAAATGGTTTTATATTCACA
128 TTTGAAAGCCTTAT-TACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * *
7115 TAATTGATTTCAAGTTGGATATTTTTACAATTTTGCTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTTCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * *******
7180 TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCNNNNNNN
66 T-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*** * * * *
7245 NNNAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTAGATTCACA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * * * * * *
7286 TAATTGATTTTAAGTTAAAGTTTTTCACATTGTTGATTAGAATTTGTTACAATTGAATATTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * *
7351 TTGGGAAAAATGAAGCCAAAGCCATCTATTGGAGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * *** *
7416 TGAAAGTCTTACTACTC-ACTTTAAACAATTTTACATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
7457 TAATTGATTTTAAGTTGGA--TTTGTACATTTATGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * *******
7520 TCAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAACCATT-GTCA-AGAAAAG-CCATTTCTAGTCACANNNNNN
66 T-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
**** * *
7582 NNNNAAAGCCTTACTACTC-ACTTTAAAGGGTTTTATATTCTCA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * *
7625 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTCTTGACATTTATGTTTAAAATATGTTATAATTTAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * *
7690 TTAAGAAACATGAAGCAAAAGCCAACTATT-GTCA-AGAAAAG-CCA---A-AGCCA-TCAATTG
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA--G
**** * ** *
7747 -GAGAGAAAAGTCCACTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAA--GCCTTACTACTCTCTTTA
126 CCTTTG-AAAG--C-CTTAT--T-ACTC--G-ATTT-AAATGGTTTTA-TA-T-TC-TCA
* * * * * **
7804 AACAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTAGATTTTTTATATTTATACTTAAAATATGTT
1 TA-A---TT-GATT-T--TAA---G--TT-AG--A-TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTT
* ** * * * *
7869 ATAATTGAATGTTTGTCTCGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATT-GACAAAAAAAG-CCATT
49 ATAATTGAATGTCTACCTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATT
* *
7932 TATAGTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAAGGGTTTTATATTCTCA
112 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * ** * *
7991 TAATTGATTTTAAGTTTGATTTATTTACATTTATATTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
8056 TTATGAAACATGAAGCAACAGCCAACCATT-GTCA-AGAAAAG-CCACTTCTAGTCACACAAGCT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG--AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * **
8118 TTTGAAAGGCTTACTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATATTCAAA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
8161 TAATTAATTTTAAGTTAGATTTCTTTACATTTTT-GTTAAAATATGTTATAATTGAAGGTCTGCT
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC-
* * * *
8225 TTAGGAAACATGAAGCAAAATCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTTACTCAAGCCTC
65 CTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* *
8290 TGAAAGTCTTATTACTC-ACTTTAAACGGTTTTATATTCTC-
130 TGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
8330 TGAATTGATTTTAAGTTAGATATTTTTACATTTATGGTTAAAAAATGTTATAATTGAATGTCTTC
1 T-AATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC
* ** * * *
8395 CTTGGGAAACACAAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGGGAAAAGTCCATTTAGACTCACTCAAGCCT
65 C-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * * *
8460 TTGAAAGCCTTATTACTCGTTTTCAATGGTTTCATATTATAA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * *
8502 TAATTGATTTTAAGTT-GTATTTTTTTACATTTTTTGTTAAACTTTATTATAATTGAATGAT-TG
1 TAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATG-TCTA
* * * * *
8565 CCTTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCAGCTATT-G-GCATAAGAAG-GCATTTATAGTCACTCGAG
64 CC-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG-AGAA-AAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* *
8627 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCA
126 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
** * ** * *
8672 TAATAAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGATTAAAATATAATATAATTAAATGTCTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* **
8737 TTAGGAAATATGAAGCAAAA-CCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
*
8801 TGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAACGGTTTTATATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * *
8842 TAATTAATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATAATAGTATGTCTGCA
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT--A
* * * * ** *
8907 TCTA-GAAACGTGAAGAAAAAG-CTTCCATTATG-GA-AAAAGTTTATTTATAGTCACTCAAGAC
64 CCTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* ** * * **
8968 TTTAAAAATCTTATAACTCGATTTAAATGGTTTTAGATTGACA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* ** * *
9011 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTATTCGCATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
9076 TCAAGAAACGTAAAACAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAATCCTT
66 T-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * ** *
9141 TAAAAACCTAATTACTCGCCTTAAATAGTTTTATATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * *
9182 TAATTGCTTTTAAGTTGGGTTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATATTGTAATT-AATTGTCCAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TGTCTAC
* * * * * * *
9246 CTCGAGAAACGTGAAACAAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTTAGGCCC
65 CTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
9311 TTGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTAGATTTTCA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
*
9353 TAATCGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATAT-TGTATAATTGAATGTCTAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGT-TATAATTGAATGTCTAC
* * *
9417 CTTAGGAAACGTGAAGCGAAAGTCATCCATTAGAGAGAAAAGT-CAGTTTATAGTCACTCAAGCC
65 C-TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCA-TTTATAGTCACTCAAGCC
* **
9481 -TTGAAAAGCTTTATTACTCGCCTTAAATGGTTTTATATTCTCA
128 TTTG-AAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * *
9524 TAATTAATTTTAAGTTGGATCTTTTTACATTTTTGTTTGAAATATGTTATAATTGAAAGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * *
9589 TTGGGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCGTTAAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * *
9654 TCAAAACCTTATTACACGCTTTAAATGGCTTTATATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
9695 TAATTGATTTTAAGTTAGATCTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATCTTATAATTCAATGTC-AGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA-C
* ** ** *
9759 CTCGGGAAATGTGAAGCAAAAGAAATCCA-TGGAGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
65 CT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * *
9823 CTTGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAAATAGTTTTATATTTTCA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * * *
9866 TAACTGCTTTTAAGTTAAATTTTTTTATATTTTTGTTTAAAATATGTTATAATTAAATATCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
* * * * * * * *
9931 TTAAGAAACATAAAGCAAAAGCAAACCATTAGAGGGTAAAGTCTATTTATAGTCACTCAGGCCTT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* *
9996 TGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTAGATTGTTTTATATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * * ** * * * * *
10037 TAATTAAATTTAAGTTGGATTTGTTCACATTTTT-AATGAATTAGGTTATAATTGAATGTTTGCC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
*** * *
10101 TTAGGAAACGCAAAGCAAAAGCCATCCGTTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCTTT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTT
* * * * *
10166 TAAAACCCTTATTACACGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCA
130 TGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
10207 TAATTGATTTTAAGTTGGATTGTTTTACATTTTTGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGTC-AGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTA-C
* * ** ** **
10271 CTTGGAAA-ATGTGAAGCCAAAGTGATTTATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
65 CTAGGAAACA--TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* *
10335 TTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATAGTTTTATATTATCA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * ** * **
10378 TAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGGTTAAAATATAATATAATAGAATCCCTGAC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCT-AC
* * * * * * * *
10443 TTGGGAAACATGAAGTAAAAGTCATCCATT-GATAACAAAAG-CGATTTATAGTTACTCAA-CCT
65 CTAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGA-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC-
* **
10505 TTTGAAAGCCTTATTACTC-ACTTTATACAGTTTTATATTCTCA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * ** * *
10548 TAAATGATTTTAACTTTGCA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATAATATAATTGATTGTCTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAG-ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC
* ** * *
10612 CTCAAGAAATGTGAAGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCC
65 CT-AGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCC
* * * * **
10675 TTTAAAAGCCTTATCAC-CCACTTTAAAGGGTTTTATATAATCA
128 TTTGAAAGCCTTATTACTCGA-TTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * **
10718 TAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACACTTTTT-GTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTGT
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACA-TTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTAC
* * * * ** * * * *
10781 CTTGAAAAACATGTAGTAAAAGTTATCCATTGGAAAGAAAAG-CTATTTATAGTCACTCAAGCTT
65 CTAG-GAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * **
10845 TTGAAAGCCTTATCACTCGCTTTAAAAGGTTTTATATAATCA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * *
10887 TAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTTTGGCTAAAATATGTTATGATTGAATGTCTACC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
*
10951 GTAGGAAACATGAAGCAAACGCCATCCA-TAGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
66 -TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTA-GAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCT
* * * *
11015 TTGAAAACCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTTTATTCTCA
129 TTGAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
* * * * *
11057 TAATTGATTTTAAATTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTGAAATATGTTATAATTGAATG-CGTGC
1 TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC-TAC
* * *
11121 CTTAAG-AA-ATGAGTAGCAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGT-CATTTATGGTCACTCAAGC
65 C-TAGGAAACATGA--AGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGC
*
11183 ATTTGAAA
127 CTTTGAAA
11191 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 3598, Mismatches: 675, Indels: 293
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
166 4 0.00
167 7 0.00
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179 6 0.00
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183 4 0.00
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189 4 0.00
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200 5 0.00
201 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
TAATTGATTTTAAGTTAGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTCTACC
TAGGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTT
GAAAGCCTTATTACTCGATTTAAATGGTTTTATATTCTCA
Found at i:11701 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 11439--11850 Score: 474
Period size: 171 Copynumber: 2.4 Consensus size: 171
11429 NNNNNNNNNN
* ** *
11439 TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATATTATAATTC-AATGACTACCTTAGGAAACGTGAAGCAAA
1 TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATGTTATAA-TCGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAA
* * * * * *
11503 AGCCATCTAACGGAGAGAAATGTCCATTTATAGTTACTCAAG-CCTTAGAAAGTCTTATTACTCG
65 AGCCATCCAACGGAGACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCCTTA-AAAGCCTTATTACTCA
* * * *
11567 TTTTAAAT-GATTTTGTATTCTC-ATAATTGATTATAAA-TTAGAT
129 CTTTAAATAG-TTTTATA-TCCCAATAATTGATTATAAACTGA-AT
* * * *
11610 TTTTTTATATTTTTTATTAAAATATGTTATAATCGAATGTTTGCCTTGGGAAACATGAAGCAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATGTTATAATCGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
** *
11675 GCCATCCATGGGAGACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAGGTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACT
66 GCCATCCAACGGAGACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACT
* *
11740 TTAAATAGTTTTATATCCCAATAATTGATTTTAAGCTGAAT
131 TTAAATAGTTTTATATCCCAATAATTGATTATAAACTGAAT
* ** * * * *
11781 TGTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAGAAACATGAAGTAAAA
1 TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATGTTATAATCGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
11846 GCCAT
66 GCCAT
11851 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 203, Mismatches: 33, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
170 5 0.02
171 190 0.94
172 8 0.04
ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.13, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TTTTTTACATTTTTAATTAAAATATGTTATAATCGAATGTTTACCTTAGGAAACATGAAGCAAAA
GCCATCCAACGGAGACAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGTCCTTAAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATAGTTTTATATCCCAATAATTGATTATAAACTGAAT
Found at i:12973 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 12336--15719 Score: 2887
Period size: 341 Copynumber: 9.9 Consensus size: 340
12326 NNATTAAATA
* * * * * *
12336 TTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAATCAGTCA
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* * ** * *
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* * * * * * * * * *
12465 -GATTTTTCTACATGTTTGGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGACTACCTTGGGAGACATGAAAC
128 AAATTTTT-TACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAAC
** * * * * *
12529 AAAAGTAATCCGA-CAGAGAAAAAAGCCCATCTATAGTCACAT-AAGCCTGTAAAAGCCTTATTA
192 AAAAGCCATCC-ATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTA
* ********** *
12592 CTCACTTTAAATGGTTTTGTATTNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGGATTTTTTCACATTTTTGGTT
255 CTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
12657 -AAATATGCTATAATTGAATG
320 AAAATATGCTATAATTGAATG
* * ********
12677 TTTACCTTGGAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCATAGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCACTCA
1 TTTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * ** * *
12742 AGCCATAGAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATATTCTAATAATTGATTTTCAGTTGA
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * *
12807 AATTTTTTACATATTTT-GTTAAAATATGCTATAATCAAATATCTACATTGAGAAACATGAAACA
129 AATTTTTTACAT-TTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAACA
* * *
12871 AAACCCATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
193 AAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * * * *
12936 GCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTGGATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAA
258 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* *
13001 ATATGTTATAATTGAATA
323 ATATGCTATAATTGAATG
* * * * * * *
13019 TCTATCTT-GAAAATGTGAACCAAAAGCCATCCATTAGATAGAAAACTACATTTATAGTCACTCA
1 TTTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * *
13083 AGCCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTT-A
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA
* * * * * * * * **
13147 GATTTGTTTATATTTTTAGTTAAAATGTGTTATAATTGAATGACTGCCTTGGGACACATGAAGTA
129 AATTT-TTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAACA
* * * * *
13212 AAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTC
193 AAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTC
* * **
13277 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGTTTTTTTTACA-TTTCAGTTAAA
258 ACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA
* * * *
13341 ATTTGCTATAGTTAAATA
323 ATATGCTATAATTGAATG
* * * * * *
13359 TTTACC-TCGAGAAACATGAAGCAACAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTC
1 TTTACCTTGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-T-AGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
13423 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTT-
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * **
13487 AGATTTTTTCACATTTTTAGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGACTACCTT-AGGAGATGTGAAG
128 AAATTTTTT-ACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGA-GAAACATGAA-
* * * * * * *
13551 A-AAAAGCAATTCAAT-AGAGAAAAAAGCCCATCTATAGTCACACAAACCTTTAAAAGCCTTATT
190 ACAAAAGCCA-TCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * * * *
13614 ACTCATTTTAAATGGTTTTGTATTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTTTTGAT
254 ACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGT
13679 TAAAATAT-CT-TATATTGAATG
319 TAAAATATGCTATA-ATTGAATG
* * ** * * * * *
13700 TCTGCC-TCAAGAAACATGATGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTC
1 TTTACCTTGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * ** * *
13764 AAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAACAGTTTTATTTTCTCATAATTAATTTTAAGTT-
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * *
13828 AGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATAA-TAGAATGTCTGCATATG-GAAACGTGAA
128 A-AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTA-AATGTCTACCT-TGAGAAACATGAA
* * * * * * * * * *
13891 GA-AAGAGCCTTTCATTATA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCAAGACTTTGAAAGTCTTATA
190 -ACAAAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATT
* * * *
13954 ACTCAATTTAAATGGTTTTAGATTCACATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTCACATTTTTGGT
254 ACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGT
14019 TAAAATATGCTATAATTGAATG
319 TAAAATATGCTATAATTGAATG
* ** * * * * *
14041 TTTGCC-TCAAGAAACGTAAAACAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTC
1 TTTACCTTGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-T-AGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * *
14105 AATCCTTTAAAAACCTAATTACTCG-TCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAG-T
* * * * * ** * * *
14169 TG-ATTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATATTGTAATTAAATGTCTACCTCAATAAATATGAAG
126 TGAAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAA
** * * * *
14233 CAAAAGCCATTTATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGGCCCTTGAAAGCCTTACTA
191 CAAAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTA
** * * * * * * *
14297 CTTGCTTTAAATGGTTTTAGATTTTTATAATCGATCTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGATT
255 CTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTT
14362 AAAATATGCTATAATTGAATG
320 AAAATATGCTATAATTGAATG
* * * *
14383 TCTACCTT-GAGAAACGTAAAGCAAAGGCCATCCATTAGAGAGAAAACTCCATTTATAGTCACTC
1 TTTACCTTGGA-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCA-TAG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
*
14447 AAGCC-TTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
63 AAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTT
* * *
14511 G-GATCTTTTTACATTTTT-GTTTGAAATATGTTATAATTGAAA-GTCTACCTTGGGAAACAT-A
127 GAAAT-TTTTTACATTTTTAG-TTAAAATATGTTATAATT-AAATGTCTACCTTGAGAAACATGA
* * * * * * * * * * *
14572 AAGTAAAAGTCATCCATTAAAGAGAAAACTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAATCTTTAT
189 AA-CAAAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTAT
* * *
14637 TACACGCTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGG
253 TACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGG
*
14702 TTGAAATAT-CTTATAATTGAATG
318 TTAAAATATGC-TATAATTGAATG
* * * * * * *
14725 -TTAGTCTCGGGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCATGGAAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTC
1 TTTA-CCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCAT--AGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * *
14789 AAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTG
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** * *
14854 AATTTTTTTACATTTTTGGTTACGATATGTTATAATTAAATATCTACCTTGAGAAACAT-AAAGA
128 AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAA-C
* * * * * * * *
14918 AAAAGCCATCCGTTAGAGGAAAAAGTCTAATTATAGTGACTTAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
192 AAAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
* * * * * * * ** *
14983 CGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTGAATTTAAGTTGAATTTGTTCACATTTTT-AATAC
257 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
15047 ATTAGGTTATAATTGAATG
322 AATATGCTATAATTGAATG
* * * * * *
15066 TTTGCCTTAGG-AAACGTAAAGCTAAAGCCATCCGTTAGAGAAAAAAGTACATTTATAGTCACTC
1 TTTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATAG-GAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * *
15130 AAGCTTTTAAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTG
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * * ** *
15195 GATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGT-TAGCCTCGAGAAATGTGAAGC
128 AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTA-CCTTGAGAAACATGAAAC
* * * * * * *
15259 CAAAGCGATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACT
192 AAAAGCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACT
** * *
15324 CACTTTAAATAATTTTATATGCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAT
257 CACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAA
* * *
15389 AATATGATATAATAGAATC
322 AATATGCTATAATTGAATG
** ** * * * * * * *
15408 CCTGGCTTAGG-AAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTGGCAACAAAAG-CCATTTATAGTTACTT
1 TTTACCTT-GGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * * * * * *
15471 AACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGATTGGTTTTATATACTCATAAATGATTTCAAATTG
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * ** ** **
15536 GAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGAAATGTGAGGCA
128 AAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAACA
* * *
15601 AAAGCCATCCATTG-GTA-AAAAAAG-CTATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATCAC
193 AAAGCCATCCA-TGAG-AGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTAC
* * ** *
15663 TCTCTTTAAAAGGTTTTATATAATCATAATTAATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTT
256 TCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTT
15720 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2475, Mismatches: 499, Indels: 140
0.79 0.16 0.04
Matches are distributed among these distances:
339 15 0.01
340 227 0.09
341 1465 0.59
342 754 0.30
343 14 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (340 bp):
TTTACCTTGGAAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATAGGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAA
TTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATGTTATAATTAAATGTCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAA
GCCATCCATGAGAGAAAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACT
TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATA
TGCTATAATTGAATG
Found at i:13112 original size:170 final size:171
Alignment explanation
Indices: 12338--15719 Score: 3201
Period size: 171 Copynumber: 19.8 Consensus size: 171
12328 ATTAAATATT
* * * * *
12338 TACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTATAATCAGTCAA
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * ** * *
12402 GCCTTTGAACG-CTCTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATATTCTCGTAATTGGTTTTAAGTTGG
65 GCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
* * * * * *
12466 ATTTTTCTACATGTTTGGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGAC
129 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * ** * * * *
12509 TACCTTGGGAGACATGAAACAAAAGTAATCCGA-CAGAGAAAAAAGCCCATCTATAGTCACAT-A
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAC-TCA
* * * * **********
12572 AGCCTGTAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTATTNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGG
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
* * *
12637 ATTTTTTCACATTTTTGGTT-AAATATGCTATAATTGAATGTT
129 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * ********
12679 TACCTTG-GAAAACATGAAGTAAAAGCCATCCA-TAG-GNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCACTC
1 TACCTTGAG-AAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAG--AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTC
* * * ** * *
12741 AAGCCATAGAAAACCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATATTCTAATAATTGATTTTCAGTTG
63 AAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * ** *
12806 AAATTTTTTACATATTTT-GTTAAAATATGCTATAATCAAATATC
128 GATTTTTTTACAT-TTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * ** * *
12850 TACATTGAGAAACATGAAACAAAACCCATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTAGAGTCACTCAAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* *
12915 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTTTAAGTTGGAT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
* * *
12980 TTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATC
131 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * *
13021 TATCTTGA-AAATGTGAACCAAAAGCCATCCATTAGATAGAAAACTACATTTATAGTCACTCAAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
13085 CCTTTGAAAGCTTTATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTAGAT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
* * * * *
13150 TTGTTTATATTTTTAGTTAAAATGTGTTATAATTGAATGAC
131 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * ** *
13191 TGCCTTGGGACACATGAAGTAAAACCCATCCATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
13256 CCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGTT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
** * * * * * *
13321 TTTTTTACA-TTTCAGTTAAAATTTGCTATAGTTAAATATT
131 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * *
13361 TACCTCGAGAAACATGAAGCAACAGCCATTCATT-GAAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCAGTCAA
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * *
13425 GCCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTGTTTTATACTCTCATAATTGATTTTAAGTTAGA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * * * * *
13490 TTTTTTCACATTTTTAGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGAC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * * *
13532 TACCTT-AGGAGATGTGAAGAAAAAGCAATTCAATAGAGAAAAAAGCCCATCTATAGTCACACAA
1 TACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * ** * * *
13596 ACCTTTAAAAGCCTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTATTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * *
13661 TTTTTTCACATTTTTGATTAAAATATCTTAT-ATTGAATGTC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* ** * * * * *
13702 TGCCTCAAGAAACATGATGTAAAAGCCATCCATTGGAGAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * ** * * *
13767 CCTTTGAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAACAGTTTTATTTTCTCATAATTAATTTTAAGTTAGAT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
* * *
13832 TTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATAATAGAATGTC
131 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * *
13873 TGCATATG-GAAACGTGAAG-AAAGAGCCTTTCATTATA-AGAAAAGTTCATTTATAGTCACTCA
1 TACCT-TGAGAAACGTGAAGCAAA-AGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * ** * *
13935 AGACTTTGAAAGTCTTATAACTCAATTTAAATGGTTTTAGATTCACATAATTGATTTTAAGTTGG
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
* * *
14000 ATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTT
129 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* ** * * * * * *
14043 TGCCTCAAGAAACGTAAAACAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAATCCATTTATAGTCACTCAAT
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * *
14108 CCTTTAAAAACCTAATTACTCG-TCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGA
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * * *
14172 TTTTTTTACATTTATGGTTAAAATATATTGTAATTAAATGTC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
** * ** **
14214 TACCTCAATAAATATGAAGCAAAAGCCATTTATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-
* * * * * * * *
14278 GCCCTTGAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATGGTTTTAGATTTTTATAATCGATCTTAAGTTGGA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * *
14343 TTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATAATTGAATGTC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * *
14385 TACCTTGAGAAACGTAAAGCAAAGGCCATCCATTAGAGAGAAAACTCCATTTATAGTCACTCAAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
*
14450 CC-TTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
66 CCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * * *
14514 TCTTTTTACATTTTTGTTTGAAATATGTTATAATTGAAAGTC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * * *
14556 TACCTTGGGAAACATAAAGTAAAAGTCATCCATTAAAGAGAAAACTTCATTTATAGTCACTCAAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
* * * * * *
14621 CTTTTAAAATCTTTATTACACGCTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
66 CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
* *
14686 TTTTTTACATTTTTGGTTGAAATATCTTATAATTGAATGT-
131 TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * *
14726 TAGTCTCGGGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCA-TGGAAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCA
1 TA-CCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * *
14790 AGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGA
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
** * *
14855 ATTTTTTTACATTTTTGGTTACGATATGTTATAATTAAATATC
129 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * * * * *
14898 TACCTTGAGAAACATAAAGAAAAAGCCATCCGTTAGAG-GAAAAAGTCTAATTATAGTGACTTAG
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * *
14962 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTGAATTTAAGTTGAA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * ** * * * *
15027 TTTGTTCACATTTTT-AATACATTAGGTTATAATTGAATGTT
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * * *
15068 TGCCTT-AGGAAACGTAAAGCTAAAGCCATCCGTTAGAGAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAA
1 TACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * * * *
15132 GCTTTTAAAAGCCTTATTACACGTTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGGA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* *
15197 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGT-
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
* * * * ** * *
15238 TAGCCTCGAGAAATGTGAAGCCAAAGCGATCCATGGGAGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAA
1 TA-CCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * ** *
15303 GCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTTATATGCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
* * * **
15368 TTTTTTTACATTTTTGGTTATAATATGATATAATAGAATCCC
130 TTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
** * * * * * * *
15410 TGGCTT-AGGAAACATAAAGTAAAAGCCATCCATTGGCA-ACAAAAG-CCATTTATAGTTACTTA
1 TACCTTGA-GAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCA
* * * * * * * *
15472 ACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGATTGGTTTTATATACTCATAAATGATTTCAAATTGG
64 AGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGG
* * * *
15537 AATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGATTGTC
129 ATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
** * * * * * *
15580 TACCTCAAGAAATGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AAAAAAG-CTATCTATAGTCACTCAA
1 TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA
* * * ** *
15643 GCCTTTGAAAGCCTTATCACTCTCTTTAAAAGGTTTTATATAATCATAATTAATTTTAAGTTGGA
65 GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA
15708 -TTTTTTACATTT
130 TTTTTTTACATTT
15720 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 2599, Mismatches: 566, Indels: 94
0.80 0.17 0.03
Matches are distributed among these distances:
168 1 0.00
169 19 0.01
170 1023 0.39
171 1535 0.59
172 20 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
TACCTTGAGAAACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAG
CCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGAT
TTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATGTC
Found at i:13310 original size:512 final size:511
Alignment explanation
Indices: 12328--15719 Score: 3276
Period size: 512 Copynumber: 6.6 Consensus size: 511
12318 NNNNNNNNNN
* * * * * *
12328 ATTAAATATTTACCTTGGGAAACATGAAGCAAAAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATA
1 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATA
* * * * ** * *
12393 ATCAGTCAAGCCTTTGAACG-CTCTATTACTTGCTTTAAATTATTTTATATTCTCGTAATTGGTT
66 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCT-TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
* * * * * * *
12457 TTAAGTTGGATTTTTCTACATGTTTGGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGA-CTACCTTGGGAGA
130 TTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TATCTACCTTAGGAAA
* * ** * * * *
12521 CATGAAACAAAAGTAATCCGA-CAGAGAAAAAAGC-CCATCTATAGTCACAT-AAGCCTGTAAAA
194 CGTGAAGCAAAAGCCATCC-ATTAGAGAAAAAA-CTACATTTATAGTCAC-TCAAGCCTTTAAAA
* * **********
12583 GCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTGTATTNNNNNNNNNNATTTTAAGTTGGATTTTTTCACA
256 GCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT-ACA
* * * *
12648 TTTTTGGTT-AAATATGC-TATAATTGAATGTTTACCTTG-GAAAACATGAAGTAAAAGCCATCC
320 TTTTTGGTTAAAATAT-CTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAG-AAACATGAAGCAAAAGCCATCC
* ********** * * * * *
12710 ATAGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCACTCAAGCCATAGAAAACCTTATTACTCATTTTAAATG
383 ATGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * *
12775 GTTTTATATTCTAATAATTGATTTTCAGTTGAAATTTTTTACATATTTTGTTAAAATATGCTATA
448 GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAATATGCTATA
* * * * *
12840 ATCAAATATCTACATTGAGAAACATGAAACAAAACCCATCCATGGGAGAAAAAAGTCCATTTAGA
1 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATA
* *
12905 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTTTTATATTCTCATAATTGGTTT
66 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * * * *
12970 TAAGTTGGATTTTTTTGCACTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTATCTT-GAAAATG
131 TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACG
* * * * *
13034 TGAACCAAAAGCCATCCATTAGATAGAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCTTT
196 TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
* * * *
13099 ATTACTTGCTTTAAATGGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTAGATTTGTTTATATTTTT
261 ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTT-TTTACATTTTT
* * * * * * * * *
13164 AGTTAAAATGTGTTATAATTGAATGACTGCCTTGGGACACATGAAGTAAAACCCATCCATGGGAG
325 GGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAG
* * *
13229 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCGAGCCTTTGAAAGCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTAT
390 AGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTAT
* ** *
13294 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTT-AGTTTTTTTTACATTTCAGTTAAAATTTGCTATA
455 ATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATGCTATA
* * * * * * * *
13351 GTTAAATATTTACCTCGAGAAACATGAAGCAACAGCCATTCATTGAAGAGAAAAGTCCATTTATA
1 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATA
* * * * *
13416 GTCAGTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTATTTGCTTTAAATTGTTTTATACTCTCATAATTGATTT
66 GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
* * * * * * * *
13481 TAAGTTAGATTTTTTCACATTTTTAGTTAAATTATGTTGTAATTGAAGGA-CTACCTTAGGAGAT
131 TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAA-TATCTACCTTAGGAAAC
* * * * * * * *
13545 GTGAAGAAAAAGCAATTCAATAGAGAAAAAAGC-CCATCTATAGTCACACAAACCTTTAAAAGCC
195 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAA-CTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCC
** * * *
13609 TTATTACTCATTTTAAATGGTTTTGTATTCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTCACATTT
259 TTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTT-ACATTT
* * * * *
13674 TTGATTAAAATATCTTAT-ATTGAATGTCTGCCTCAAGAAACATGATGTAAAAGCCATCCATTGG
323 TTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGG
* * * * *
13738 AGAGAAAAGTCCAATTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTGTTACACGCTTTAAACAGTTTT
388 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* *
13803 ATTTTCTCATAATTAATTTTAAGTT-AGATTTTTTTACATTTTTTGTTAAAATATGCTATA
453 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTACA-TTTTTGTTAAAATATGCTATA
* * * * * * * * *
13863 A-TAGAATGTCTGCATATG-GAAACGTGAAGA-AAGAGCCTTTCATT--ATAAGAAAAGTTCATT
1 ATTA-AATATCTACCT-TGAGAAACATGAA-ACAAAAGCCATCCATTGGAGAA-AAAAGTCCATT
* * * ** * *
13923 TATAGTCACTCAAGACTTTGAAAGTCTTATAACTCAATTTAAATGGTTTTAGATTCACATAATTG
62 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * *
13988 ATTTTAAGTTGGATTTTTTCACATTTTTGGTTAAAATATGCTATAATTGAATGTTTGCCTCAAGA
127 ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGA
* * * * * *
14053 AACGTAAAACAAAAGCCATCTATTAAAGAGAAAAA-TCCATTTATAGTCACTCAATCCTTTAAAA
192 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGA-AAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAA
* * *
14117 ACCTAATTACTCG-TCTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTTGATTTTTTTAC
256 GCCTTATTACTCGCT-TTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTAC
* * * * * * * * **
14181 ATTTATGGTTAAAATATATTGTAATTAAATGTCTACCTCAATAAATATGAAGCAAAAGCCATTTA
319 ATTTTTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCA
** * * ** *
14246 TTAGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACT-AAGGCCCTTGAAAGCCTTACTACTTGCTTTAAATG
384 TGGGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAA-GCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATA
* * * * * * *
14310 GTTTTAGATTTTTATAATCGATCTTAAGTTGGATTTTTTTATATTTTTGATTAAAATATGCTATA
448 GTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTG-TTAAAATATGCTATA
* * * * * * *
14375 ATTGAATGTCTACCTTGAGAAACGT-AAAGCAAAGGCCATCCATTAGAGAGAAAACTCCATTTAT
1 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAA-CAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTAT
*
14439 AGTCACTCAAGCC-TTGAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
65 AGTCACTCAAGCCTTTG-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGAT
* * * *
14503 TTTAAGTTGGATCTTTTTACATTTTTGTTTGAAATATGTTATAATTGAA-AGTCTACCTTGGGAA
129 TTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATA-TCTACCTTAGGAA
* * * * * * * * *
14567 ACATAAAGTAAAAGTCATCCATTAAAGAGAAAACTTCATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAATC
193 ACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGC
* * *
14632 TTTATTACACGCTTTAAATGGCTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATT
258 CTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATT
* * * ** *
14697 TTTGGTTGAAATATCTTATAATTGAATGT-TAGTCTCGGGAAATGTGAAGCAAAAGCAATCCATG
322 TTTGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATG
* * * *
14761 GAAGAGAAAAGTCCATTTACAGTCACTCAAGCCCTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATAGTT
386 GGAGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTT
* ** *
14826 TTATATTCTCATAACTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTACGATATGTTATA
451 TTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATGCTATA
* * * * * *
14888 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACAT-AAAGAAAAAGCCATCCGTTAGAGGAAAAAGTCTAATTAT
1 ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAA-CAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTAT
* * * * * *
14952 AGTGACTTAGGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAGATTGTTTTATATTCTCATAATTGAAT
65 AGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATT
* * * ** * * * * * *
15017 TTAAGTTGAATTTGTTCACATTTTT-AATACATTAGGTTATAATTGAATGTTTGCCTTAGGAAAC
130 TTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAAC
* * * * *
15081 GTAAAGCTAAAGCCATCCGTTAGAGAAAAAAGTACATTTATAGTCACTCAAGCTTTTAAAAGCCT
195 GTGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCT
* * * *
15146 TATTACACGTTTTAAATAGTTTTATATTCTTATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTT
260 TATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGA-TTTTTTACATTTT
* ** * *
15211 TGGTTAAAACATCTTATAATTGAATGT-TAGCCTCGAGAAATGTGAAGCCAAAGCGATCCATGGG
324 TGGTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCT-GCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGG
* * * *
15275 AGAGAAAAGTCTATTTATAGTCATTCAAGCTTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAATTTT
388 AGAGAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTT
* * * *
15340 ATATGCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTATAATATGATATA
453 ATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAATATGCTATA
** ** * *
15400 A-TAGAATCCCTGGCTT-AGGAAACAT-AAAGTAAAAGCCATCCATTGGCA-ACAAAAG-CCATT
1 ATTA-AATATCTACCTTGA-GAAACATGAAA-CAAAAGCCATCCATTGG-AGAAAAAAGTCCATT
* * * * * * * *
15460 TATAGTTACTTAACCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTGATTGGTTTTATATACTCATAAATG
62 TATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTG
* * * * * * * * *
15525 ATTTCAAATTGGAATTTTTTACATTTTTAGTTAAAATATATTATAATTGATTGTCTACCTCAAGA
127 ATTTTAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGA
* * * * *
15590 AATGTGAGGCAAAAGCCATCCATTGGTA-AAAAAAGCT--ATCTATAGTCACTCAAGCCTTTGAA
192 AACGTGAAGCAAAAGCCATCCATTAG-AGAAAAAA-CTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAA
* * * ** *
15652 AGCCTTATCACTCTCTTTAAAAGGTTTTATATAATCATAATTAATTTTAAGTTGGATTTTTTACA
255 AGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACA
15717 TTT
320 TTT
15720 NNNNNNNNNN
Statistics
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513 513 0.22
514 9 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (511 bp):
ATTAAATATCTACCTTGAGAAACATGAAACAAAAGCCATCCATTGGAGAAAAAAGTCCATTTATA
GTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTT
TAAGTTGGATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAATATGTTATAATTGAATATCTACCTTAGGAAACG
TGAAGCAAAAGCCATCCATTAGAGAAAAAACTACATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAGCCTT
ATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATATTCTCATAATTGATTTTAAGTTGGATTTTTTACATTTTTG
GTTAAAATATCTTATAATTGAATGTCTGCCTCGAGAAACATGAAGCAAAAGCCATCCATGGGAGA
GAAAAGTCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTGAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATA
TTCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAATATGCTATA
Found at i:17071 original size:171 final size:169
Alignment explanation
Indices: 16777--18637 Score: 1760
Period size: 171 Copynumber: 10.9 Consensus size: 169
16767 TTCTCAATGT
* * * * * * * *
16777 TGGATGGCTTTTGCATCACGTTTTCTAAGGCAGACATTCAACTATAGCTTATTTTAACTC-CAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-CAAAAA
* * * * ********** *
16841 TCTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATAAGGATATNNNNNNNNNNAAAGTGAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * *
16906 TTTCAAAGACTTTAGTGACTGTAAATGGAATTTTCTCCTCCA
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-CTCCA
* ** *
16948 TGGATGGCTTTTGCTTCATGCTTTCCCAGGTAGACATTTGATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * * *
17013 GTAAAAAAATCTGACTTAGAATGAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAGGCGAGTAATGAGGCT
65 GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
** * * *
17078 TTTTAAGACTTGAGTAACTATAAATGGACATTTCTCTCCCA
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCA
* * * * **
17119 TGGATGGCTTTTACTTCATGTTTTCTAAGGTAGACATTTAATTATAGCATATTTTAACCGTAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * *
17184 ATAAAAAAATCTAATTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
65 GTAAAAAAATCTAACTTAAAATC-AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * ***
17248 TCTCAAAGGCTTGTGTGACTATAAA-GGGCTTTTCTTTTTGT
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTC-TCTCCA
* * * *
17289 TGGCTAGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCA-ATCATTCAGTTATAACATATTTTAACCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * * * *
17353 TAG-ATAAAAATCTAACTTAAAACCAGTTATGAGAACATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATATGA
64 T-GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *
17417 CTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTCCAA
128 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCC-A
* * * * *
17460 TGGATGGCTTTTGTTTCACGTTTCTCTAGGTAGAGATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * * * *
17525 GTAAAAATATCCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAAAAAGGCT
65 GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
* * * * *
17590 TTTAAAGGGTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCTCTCCCG
130 TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCA
* * * * * * *
17631 TGGATGGCTTTGGCTTCATGTTTTCCAAGGCT-GACATTTAATGATAGCCTACTTTAACCAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATG-TTTCCAAGG-TAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * * *
17695 TGTAAAAAAATTTAACTTAAAGTCAATTATGAGAATATGAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAAGC
64 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * * * *
17760 TTTTAAGGGCTTAAGTAACTATAAATGAACTTTTCTAGTCAA
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-CTCCA
* * *
17802 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCGAA-GCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAATCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-C-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * ** * *
17866 TGTAAAAAAATCCAACTTGAAATCAATTTTGAGAATATAAAACCACGTAGAGCAAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
17931 TTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAGTAGACTTTTCTCTCCCA
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCA
** * * *
17973 TGGATAACTTTTACTTCATGTTTCCTAAGGCAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * ** * *
18038 ATAAAAACATCCAACTTAAACCCAATTATTG-GAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
65 GTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTA-TGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
18102 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCCCA
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCA
** ** *
18144 TGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGACA-AGCATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-AAGGTAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* *** *
18208 TGTAAAAAAAT-TAGA-GT--CGCCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCTAGTAATAAGG
64 TGTAAAAAAATCTA-ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
18269 CTTTCAATGGCTTGAGT-ATCTATAAATGGACTTTTCCCTCTAA
128 CTTTCAAAGGCTTGAGTGA-CTATAAATGGACTTTTCTCTC-CA
* * * * * * ** *
18312 TGGAAGGCTTTTGCTTCTTGTTTCTCAAGGTAGATATTGAATTATAACACATCTTAATTATAAAT
1 TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
* * * ** *
18377 ATAAAACAAT-TCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAAGC
65 GTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
18441 TTTCAAAGGCTTGAGTGA-TCATAAAT-GACTTTTCTATCCAA
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCC-A
* ** * * *
18482 TGGATGGCTTTTGCTAC-TCGTTTCTTGAGGCACACATTCAATTATAACATATTTCAACCAAAAA
1 TGGATGGCTTTTGCTTCAT-GTTTC-CAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * * *
18546 TGTAAAAAAATGTAATTTAAAATCAATTATGAAAATAAAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGC
64 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
18611 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
129 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATG
18638 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 264, Indels: 82
0.80 0.15 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 4 0.00
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172 15 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (169 bp):
TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCAAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATG
TAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCA
Found at i:19511 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 19146--20714 Score: 1666
Period size: 171 Copynumber: 9.2 Consensus size: 171
19136 ATAGTTCAAT
* *
19146 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGC-ATGTA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGA-GTA
* * *
19210 ATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTTGCT
65 ATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCT
* * *
19273 TCACGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAGCAGATTTTAAC
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* ** * * *** * *
19316 CATAAATGTAAAAAAATATAACTTAAAATAAATTATGAGAATATGAAATTGTTTAAAGCGAGTAG
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* * * * * ** * * * *
19381 TAAGGCTTTGAAAGGTTTAAGTGACGATAAGTAAACTTTTCTCGCCAATGGATGACTTTTACTTC
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * *
19446 ATGTATCCCTAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC
131 ACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * ** * ** *
19487 CATAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACTGTTTAAATCGAGTAG
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* * *
19552 TAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTGTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCTT
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT-AATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * * *
19616 CATGTTTCT-GAGGCAAACATTGAATTATAACAAATTCTAAT
130 CACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * * *
19657 CAAAAATGTGAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTCAAAGCAAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* * * ** ** *
19722 TAGGGCTTTTAAAGGCTTAAGTGAAAATAAACAGAC--TTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTC
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** *
19785 ACGTTT-TTTGAGGCAGACATTCAATTATAACATTTTTTAAT
131 ACGTTTCTCT-AGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * *
19826 CAAAATTGTAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTAAATTGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* * * * * *
19891 TAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAACAGG-CTTTTCTCTTTAATAGATGGCTTTTACTT
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
* ** * * *
19955 CACGTTTCTCAAGGTGGATATTTAATTATAATAAATTTTAAC
130 CACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * * *
19997 CAAAAATATAAAAAAATCCAACATAAAATCAATTATGTGAATCTAAAACTATTTAAATCGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* * * * *
20062 TAAGGCTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGCACTTTTTTCTCTAATTGATAGCTTTTGCTTC
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * *
20127 ACGTTTC-CGTAGGTAGACATTCAATTGTAACAAATTTTAAT
131 ACGTTTCTC-TAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* *
20168 CAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* *
20232 TAAGGCTTTCAGAGGCTTGCA-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGCATGGCTTTTGCT
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * *
20295 TCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTT-AG
129 TCACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
** * * * * *
20337 CAATAAATGTAAAAAAATATAACTT-AAGTCAATTATGATG-ATATAGAAA-TAATTAAAGCAAG
1 CAA-AAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGA-GAATATA-AAACCATTTAAATCGAG
* * * * *
20399 TAATAAGGTTTTCAAAGGATTGCA-TGACTATAAACGGACTTTTCTCTATAATGGATTGCTTTTG
63 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTG
* * * *
20463 CTTCACATTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAATAAATTTTAAT
127 CTTCACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * * * * *
20508 CAAAAATATATAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAATTGACTAA
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
* *
20573 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGTTTTTGCTTC
66 TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
*
20638 ACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
131 ACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
* * * *
20679 C-AAAATGTGAAAAAATCTAACCTAAAATCAAATATG
1 CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATG
20715 TTGTAACACC
Statistics
Matches: 1176, Mismatches: 196, Indels: 54
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 28 0.02
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ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (171 bp):
CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAATCGAGTAA
TAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTC
ACGTTTCTCTAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC
Found at i:20250 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 19143--25038 Score: 2546
Period size: 341 Copynumber: 17.2 Consensus size: 340
19133 AAGATAGTTC
** *
19143 AATCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGC-AT
1 AATCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGA-
* *
19207 GTAATAAGGCTTTTAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGTCAATGGATGGCTTTT
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTTT
* * * *
19270 GCTTCACGTTTC-CTGAGGTAGACATTCAATTATAGCAGATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATA
128 GCTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * * * * * * * *
19334 TAACTTAAAATAAATTATGAGAATATGAAATTGTTTAAAGCGAGTAGTAAGGCTTTGAAAGGTTT
192 TAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
* * * * * * * * *
19399 AAGTGACGATAAGTAAACTTTTCTCGCCAATGGAT-GACTTTTACTTCATGTATCCCTAGGCAGA
257 AAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAG-CTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGCAGA
*
19463 CATTCAATTATAACATATTTT
320 CATTCAATTATAACAAATTTT
* * ** * *
19484 AACCATAAATGTAAAAAACTTTAACTTAAAATTAATTATGAGAATAT-AAAACTGTTTAAATCGA
1 AATCAAAAATGTAAAAAA-TCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAAC-ATTTAAATCGA
* * * *
19548 GTAGTAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAGTGGACTTTTGTCTTCAATGGATGGCTTTTG
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * * *
19613 CTTCATGTTTCT-GAGGCAAACATTGAATTATAACAAATTCTAATCAAAAATGTGAAAAAATCCA
129 CTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTA
* * * * *
19677 ACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTCAAAGCAAGTAATAGGGCTTTTAAAGGCTTAA
194 ACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTAA
** * **
19742 GTGAAAATAAACAGAC--TTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTT-TTTGAGGCAGACA
259 GTGACTATAAA-TGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGT-AGGCAGACA
**
19804 TTCAATTATAACATTTTTT
322 TTCAATTATAACAAATTTT
* * * * *
19823 AATCAAAATTGTAAAAAAATCCAATTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTAAATTGAG
1 AATCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAG
* * * *
19888 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAATATAAACAGG-CTTTTCTCTTTAATAGATGGCTTTTA
65 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTG
* * * * * * *
19952 CTTCACGTTTCTCAAGGTGGATATTTAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCA
129 CTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTA
* * * * *
20017 ACATAAAATCAATTATGTGAATCTAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTGA
194 ACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTAA
* * *
20082 GTGACTATAAATGCACTTTTTTCTCTAATTGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGTAGACAT
259 GTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGCAGACAT
*
20147 TCAATTGTAACAAATTTT
323 TCAATTATAACAAATTTT
*
20165 AATCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGT
1 AATCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGT
* * * *
20230 AATAAGGCTTTCAGAGGCTTGCA-TGACTATAAATGGACTTTTCT-TGCTAATGCATGGCTTTTG
66 AATAAGGCTTTTAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTTTG
* * * * *
20293 CTTCACGTTTCTCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTT-AGCAATAAATGTAAAAAAATAT
129 CTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAA-AAATGTAAAAAAATCT
* * *
20357 AACTT-AAGTCAATTATGATG-ATATAGAAA-TAATTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTCAAAGGAT
193 AACTTAAAATCAATTATG-TGAATATA-AAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGAT
* * * * *
20419 TGCA-TGACTATAAACGGACTTTTCTCTATAATGGATTGCTTTTGCTTCACATTTCTCG-AGGCA
256 T-AAGTGACTATAAA-TGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTC-CGTAGGCA
*
20482 GACATTCAATTATAATAAATTTT
318 GACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * *
20505 AATCAAAAATATATAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAATTGAC
1 AATCAAAAATGTA-AAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAG
* * * *
20570 TAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAACGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGTTTTTGC
65 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGC
* *
20635 TTCACGTTTCTCGAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACC-AAAATGTGAAAAAATCTAA
130 TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAA
* * * * **** ** ** *
20699 CCTAAAATCAAATATGT---TGTAACACCCCAT-ACCCTCGT-ATAAGAGC---CAATATGATCT
195 CTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAG-GCTTTCAA-AGGAT-T
* * * ****** * **** * * * *
20756 CA-T--CGAT-GA-GAC-AGAGGAT-TGATGGAT-GAAAAT-C-T-AAG--TGCGAAAGAGCAGT
257 AAGTGACTATAAATGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCG-TAG-GCAGA
* * * *
20808 GA-T-AGGTGACAGA-AATATTTT
320 CATTCA-ATTATA-ACAA-ATTTT
* * * * *
20829 GAAAT-AAAATATTCCGTAAGCGAGATAA-CGATAATTAAATAATAATATTTTATCTGTG-GT-T
1 --AATCAAAA-A-T--GTAA---A-A-AATCCA-ACTT-AA-AATCA-A--TTA--TGAGAATAT
*** * * * * * * *** * *
20890 GAAAGTGATCGTGAAGA-AGAAGT-ATATGACCAATCT-AAGTGGAGGAGAAGAAGTA-AGAAT-
47 -AAAAACAT--TTAA-ATCG-AGTAATAAG-GC-TTTTAAAG-GCTTGAG-TG-ACTATA-AATG
* * * * ** * * * ** * *
20950 GAATTTTGAAGAAAAACGACATAAATGG--GGC--CCGCGTGC-C-TTTAT-TAAATAGA-GTAC
101 GACTTTT---------C-TCTTTAATGGATGGCTTTTGC-TTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTC
*** * * ** **** ** *
21007 GAACGGGTAAGTATATATTTAA--ATATTATGGTGACACCTTGAT-TAGGTGT-AAA-C-TTTAT
155 -AA-TTATAA-CAAAT-TTTAACCA-AAAAT-GT-A-A-AAAAATCTAACT-TAAAATCAATTAT
* *** * * * *** * * * *
21066 GT-TATATTTGTACTCATGTAAAGAAAGAAAAATAGAAGAAAATT-GAA-GTTTAA--AACATGT
210 GTGAATA-TAAAACT-ATTTAAAGCAAG--TAAT--AAG-GCTTTCAAAGGATTAAGTGAC-T-A
* * * * *** * *** * *** *
21126 TGGAAGGACTAAATT-GCAAGAATGGAAAG-TTTGGTGGAACAAAGGGTAAATAAGGGAAAAGTT
266 T-AAATGACT--TTTCTCTCTAATGGATAGCTTT--TGCTTC--A-CGT---T-TCCG--TAG--
* *** * * *
21189 G-AGGACCTTTGTTCTATTACCATATTTA
315 GCA-GACATTCAAT-TA-TAACAAATTTT
* * * * ** * * * * *
21217 AAGC-TAAGTGGACATTAAT-TAACTAAAGGAAGTTATATTATGTAAGAACAATAAAATGTGCAT
1 AATCAAAAATGTA-AAAAATCCAACTTAA--AA-TCA-ATTATG--AGAA-TATAAAA---ACAT
* * * * * * *
21280 GTGAAAGTTACTATTACATGCAAACTATAGTG-TTTGCATGAAATG-TAAT-AGTAACTTTCACA
55 -TTAAA--T-C-----GA-G-TAA-TA-AG-GCTTT---T-AAAGGCT--TGAGTGACTAT-AAA
* ** * * * * *
21342 TGCAGGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATGA-TCAATTA
99 TG--GACTTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTA
* * * * * *
21405 TAACATATTTTAACTACAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAAGC-
160 TAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAA-CT
********** * * * * *
21469 ATTTAAANNNNNNNNNNAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCCCTTTAATG
224 ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATG
* * * * * * *
21534 GATGGCATTTGCTTTACGTTTCC-TGAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTT
288 GATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGT-AGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTT
******** * * * * *
21587 AA-CNNNNNNNNNNAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCAA
1 AATC--AAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGA
** * ** *
21651 GTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCATAATGGATGGCTTTGG
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTG
* * * * * *
21716 CTTCACATTTC-CTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTAAACTAAAAATATAAAAAAATCT
129 CTTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT
* * * * * * * *
21780 AATTTAAAATTAATTATGAGAATA-CAAAGTCATTTAAAGCAAGTAATAAGGTTTTGAAAGGCTT
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
* * * * * *
21844 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCATGGATGGCTTTTGCTTCATC-TTTCTC-AAGGTAG
257 AAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCA-CGTTTC-CGTAGGCAG
* *
21907 AGATTCAATTATAACATA-TTT
319 ACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * * * * * *
21928 AAGCCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATAAATGATCAGTATATAAAACCTTTTAAAGCGA
1 AA-TCAAAAATG-TAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGA
* * *
21993 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTCTCTAATGAATGGCTTTT
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTT
* * ** * * * * * *
22057 GCTTCACATTTCTCAAGCCA-ATCATCCAATTATAATATATTTGAACAAAAAATGTAAACAAATC
128 GCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* ** * *
22121 CAACTTAAAATCAATTAT-TAGAATATAAAA-TCATTTAAAGCGGGTAATAAAGCTTTCAAAGGC
192 TAACTTAAAATCAATTATGT-GAATATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
* * * * *
22184 TTAAGTGAATATAAATGGACTTTTCTCTAC-CATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCC-AAGGC
255 TTAAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCGTAGGC
* *
22247 AGACATTCAATTATAACATATTTG
317 AGACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * *
22271 AACCATAAATGCAAACAAATCCAACTTATAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAAT-GA
1 AATCAAAAATGTAAA-AAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTT-AAATCGA
* * * * *
22335 GTAATAACGCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTT-ATGGATAGCTTTT
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTTT
* * * * * * * * *
22399 ACTTCACATTTCCCGAGGTAGACATTTAACTATAATATATTTTAACCATAAATATAAAAAAATCT
128 GCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT
* ******************** * *
22464 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTA
* * * ** ** *
22529 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGAATGGCTTTTG-TCTCACGTTTCCCAAGATAGAT
258 AGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCT-TCACGTTTCCGTAGGCAGAC
* * * *
22593 AATCAATTATAGCATATTTA
321 ATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * * *
22613 AACCAAAAATGCAAAAAAACAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCATGT-AATGCGAG
1 AATCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAAT-CGAG
* * * * ** * *
22677 CAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAACTAGACTTTTCTCTCCATTTGATGGCTTTTGC
65 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGC
* * * * * * *
22742 TTCACGTTTC-CTAAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTTTATCAAAAATATAAAAAAATCCT
130 TTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-CT
* * * ** * *
22806 -ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAATTTTTAAAGCGTGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTA
* * * * * * * *
22870 AGTGACTATGAATGGGCTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTACCCTAGGCAGTCA
258 AGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGCAGACA
* *
22935 TTCAATTATAGCATATTTT
322 TTCAATTATAACAAATTTT
** ** * ********** *
22954 AA-CAAAAAATAAAAAAAAATTGAACAT-AAATCAATTATGAGAATNNNNNNNNNNTTAAAGCGA
1 AATC-AAAAAT-GTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGA
* * * * *
23017 GTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAATTGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGGC-TTT
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGAT-GGCTTTT
* * * * *** * * * * *
23081 GCTTTACATTTTTTGATACAAACATTTAATTATAGCATATTTT-ACGGAAAAATGTAAAAAAATC
128 GCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAAC-CAAAAATGTAAAAAAATC
* * * *
23145 CAACTCT-AAATCAATTATGAGAATATAAAA-TCATTTAGAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
192 TAACT-TAAAATCAATTATGTGAATATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGA
* * * *
23208 TTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCT-TCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT-CTTAAGGC
255 TTAAGTGACTATAAATG-ACTTTTCTCTCT-AATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGT-AGGC
* * **
23271 AAAGATTCAATTATAACTTATTTT
317 AGACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * *
23295 AA-CAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGT-A
1 AATC-AAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAA-TCG
* * ** * * * * *
23358 AGCAACAAGGCTTTCGAACGCTTGAGTGGCTATAAAAGG-CTTTT-T-TTGTCCATGGATGCCTT
63 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-T-AATGGATGGCTT
* * * * * * *
23420 TTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATT-AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAA
126 TTGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGA-CATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAA
* * * * *
23484 ATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACGT-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAATG
189 ATCTAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAAC-TATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAG
* * * * ** **
23547 GCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAATTTCCCAAGGC
253 GATTAAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGC
* *
23611 AGACATTCAATTATAGCATATTTT
317 AGACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * * * *
23635 AACCCAAAATATAAAAATATCCAACTTAAAATGAATTAGGAGAATAT-GAAACAATTAAAAGCGA
1 AATCAAAAATGTAAAAA-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAAC-ATTTAAATCGA
* * ** * *
23699 GTAATATGGCTTTCAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTCTATGATGGATGGCTTTTG
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTG
** * * * * *
23764 CTTCACGTCACCCAAGGCT-GACATTCAATTATAACAAATTTTAACTAAAAATGTAAAACAATTT
129 CTTCACGTTTCTCGAGG-TAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT
* * * * * * * ** *
23828 GACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAATTATTTTAATCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCGTG
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTA
* * * * * * * *
23893 AGTGACTATAAGTAT-ACTTTTCTTTCTAATGGATGGTTTTTGCGTAATGTTT-CATGAGGTAGA
258 AGTGACTATAA--ATGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGT-AGGCAGA
* *
23956 CATTCAATTATAACATATTTA
320 CATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * * * * *
23977 AACCAAAAATGTAAAAAAATCAAACTTAAAATAAATGATGAGCATATAAAACCTTTTAAAGCAAG
1 AATCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAG
*
24042 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAC------T--A----------T-ATGGATGGCTTTTAC
65 TAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGC
* * * * *
24088 TTCATGTTTC-CTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAATC-AAAAT-TATAAAAAATCC
130 TTCACGTTTCTC-GAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAAATCT
* * * ** * ** *
24150 AACCTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGCCTTG
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTA
* * ** * **
24215 AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGGTTTGCATTTCCCAAGGCAGACA
258 AGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGCAGACA
* *
24280 TTCAATTATAATACATTTT
322 TTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * * * * *
24299 AACCATAAATGAAAAAAAATCTAATTTAAAATCAGTTATGAGAACAT-AAAACAATTTAAAGCAA
1 AATCAAAAATG-TAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAAC-ATTTAAATCGA
* * * * *
24363 GTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGTA-TGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTAATGGATTGCATTT
64 GTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTT
* * * * * * *
24427 GCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAGTCT
128 GCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT
*** ** * *
24492 AACTTAAAATCAATTATCAAAATATAAAA-TCATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTGTCAAAGGCTT
193 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACT-ATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
* * * * **
24556 GAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATAGGTTTTGCTTC-GGATTTCTCG-AGATAG
257 AAGTGACTATAAAT-GACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACG-TTTC-CGTAGGCAG
* *
24619 ATATTCAATTATAACATATTTT
319 ACATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * *
24641 AA-CTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGAGAATAT-AAAACCTTCTAAAGCG
1 AATC-AAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATT-TAAATCG
* * ** *
24704 AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCAATGGATGGCATT
63 AGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TTAATGGATGGCTTT
* * ** * * * ** * **
24767 TGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAATAAAAAATATAAAAACTTC
127 TGCTTCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC
* * * * *
24832 TAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTT
192 TAACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATT
** * * * * * * *
24897 GCGTGACTAGAAATGGCTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC-TAAGACAAA
257 AAGTGACTATAAATGACTTTTCTCT-CTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGT-AGGCAGA
*
24960 CATTCAATTATAACATATTTT
320 CATTCAATTATAACAAATTTT
* * * * * *
24981 AACCACAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
1 AATCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTA
25039 TAGTATTTAA
Statistics
Matches: 4252, Mismatches: 965, Indels: 677
0.72 0.16 0.11
Matches are distributed among these distances:
320 2 0.00
321 8 0.00
322 203 0.05
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326 5 0.00
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328 9 0.00
329 3 0.00
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331 1 0.00
332 4 0.00
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338 9 0.00
339 182 0.04
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345 16 0.00
346 1 0.00
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348 7 0.00
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367 3 0.00
368 6 0.00
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387 11 0.00
388 16 0.00
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395 2 0.00
396 5 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
AATCAAAAATGTAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAACATTTAAATCGAGT
AATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTTAATGGATGGCTTTTGCT
TCACGTTTCTCGAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAAC
TTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGATTAAGT
GACTATAAATGACTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACGTTTCCGTAGGCAGACATTCA
ATTATAACAAATTTT
Found at i:21670 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 21359--24073 Score: 2318
Period size: 171 Copynumber: 15.9 Consensus size: 170
21349 TTTTCTTGCC
* * * * * *
21359 AATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATGA-TCAATTATAACATATTTTAACTACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAA
* * * * * **********
21423 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAAGCATTTAAANNNNNNNNNNAG
64 AATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
21488 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCCCTTT
129 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * * * * ****
21530 AATGGATGGCATTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACNNNNN
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAAA
***** *
21595 NNNNNAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGG
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* * **
21660 CTTCCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCCAT
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * *
21701 AATGGATGGCTTTGGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTAAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAAA
* * * * ** * *
21766 ATATAAAAAAATCTAATTTAAAATTAATTATGAGAATACAAAGTCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *
21831 TTTTGAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCT
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-T
* * *
21872 CATGGATGGCTTTTGCTTCATC-TTT-CTCAAGGTAGAGATTCAATTATAACATA-TTTAAGCCA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCA-CGTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA--CA
** * * * * *
21934 AAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATAAATGATCAGTATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATA
62 AAAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATA
*
21999 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATTGG-CTTTTCTCTCT
127 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA-TGGACTTTTCTCTTT
* * * * * *
22043 AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAAGCCA-ATCATCCAATTATAATATATTTGAACAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAAC-AA
* * * * * * *
22106 AAATGTAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATAA
63 AAATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAA
* * * **
22171 AGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATGGACTTTTCTCTAC
128 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * *
22214 CATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTGAACCATA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCAC-GTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAA
** * * * * * ** *
22278 AATGCAAACAAATCCAACTTATAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAC
64 AATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
22343 GCTTTCAAAGGTTTGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTT
129 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TT
* * * ** * * * * *
22386 -ATGGATAGCTTTTACTTCACATTTCCCGAGGTAGACATTTAACTATAATATATTTTAACCATAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAA
* ********************
22450 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
22515 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * ** * * * *
22556 AATGAATGGCTTTTG-TCTCACGTTTCCCAAGATAGATAATCAATTATAGCATATTTAAACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCT-TCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAA
** * * * * * *
22620 AATGCAAAAAAA-CAAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAGAACCATGTAATGCGAGCAATAAG
64 AATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
* * **
22684 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAACTAGACTTTTCTCTCC
129 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * *
22726 ATTTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTTTATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATA-TTTTAACAAAA
* ** *
22791 ATATAAAAAAATCCT-ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAATTTTTAAAGCGTGTAATAAG
65 ATTTAAAAAAAT-CTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAG
* * *
22855 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATGAATGGGCTTTTCTCTCT
129 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * * *
22897 AATGCATGGCTTTTGCTTCATGTTACCCT-AGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTT-TCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAA
** * **********
22961 AATAAAAAAAAAT-TGAACAT-AAATCAATTATGAGAATNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAA
64 AATTTAAAAAAATCT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
23024 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTACAATTGGACTTTTCTCTCT
128 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * ** * ** * * *
23067 AATGAATGGGC-TTTGCTTTACATTTTTTGATACAAACATTTAATTATAGCATATTTT-ACGGAA
1 AATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC--AA
* * * * *
23130 AAATGTAAAAAAATCCAACTCT-AAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATA
63 AAATTTAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATA
* * *
23194 AGGCTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTTC
127 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* * * * *
23238 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAAGGCAAAGATTCAATTATAACTTATTTTAACAAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAAA
* * * ** * *
23303 ATATAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGTAAGCAACAAGG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * *
23368 CTTTCGAACGCTTGAGTGGCTATAAAAGG-CTTTT-T-TTGT
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-T
* * * * * *
23407 CCATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATT-AATTATAACATATTTTAACAAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAAC-AA
* * *
23471 AAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACGTTTTAAAGCGAGTAATA
63 AAAT-TTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATA
* * *
23535 AGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCT-TGCT
127 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-TT
** * * *
23578 AATGGATGGCTTTTGCTTCAAATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAA
* * * * * * ** * *
23643 ATATAAAAATATCCAACTTAAAATGAATTAGGAGAATATGAAACAATTAAAAGCGAGTAATATGG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
** *
23708 CTTTCAAAGGCTTGAGCAACTATAAATGGACTTTTCTCTAT
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
* ** * * *
23749 GATGGATGGCTTTTGCTTCACGTCACCCAAGGCTGACATTCAATTATAACAAATTTTAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-AAAA
* * * * * * * *
23814 ATGTAAAACAATTTGACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAA-TTATTTTAATCGAGTAATAAG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCT-TTTAAAGCGAGTAATAAG
* * **
23878 GCTTTCAAAGGCGTGAGTGACTATAAGTATACTTTTCT-TTCT
129 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-T
* * * * * * * *
23920 AATGGATGGTTTTTGCGTAATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CAAAA
* * * * * *
23985 ATGTAAAAAAATCAAACTTAAAATAAATGATGAGCATATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGG
65 ATTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGG
*
24050 CTTTTAAAGGCTTGAGTGACTATA
130 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
24074 TGGATGGCTT
Statistics
Matches: 2050, Mismatches: 441, Indels: 106
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 2 0.00
169 38 0.02
170 491 0.24
171 1494 0.73
172 24 0.01
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAA
TTTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTTT
Found at i:21984 original size:342 final size:341
Alignment explanation
Indices: 21359--25038 Score: 3407
Period size: 342 Copynumber: 10.8 Consensus size: 341
21349 TTTTCTTGCC
* * * * * *
21359 AATGGATGGGTTTTGCTTCATGTTTCTTGAGGCAGATGA-TCAATTATAACATATTTTAACTACA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACTAAA
* * * * **********
21423 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAAGCATTTAAANNNNNNNNNNAG
65 AATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
21488 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATAGACTTTTCCCTT-TAATGGATGGCATTTGCTTTA-C
130 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATC
* * * * **********
21551 GTTTC-CTGAGGTAAACATTCAATTATAGCATATTTTAACNNNNNNNNNNAAAAAATCTAACTTA
194 -TTTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTA
* * *
21615 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTCCAAAGGCTTGAGTGAC
257 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
*
21680 TATAAATGGACTTTTTTCCAT
322 TATAAATGGACTTTTCTCC-T
* * * *
21701 AATGGATGGCTTTGGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTAAACTAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
* * * * *
21766 ATATAAAAAAATCTAATTTAAAATTAATTATGAGAATACAAAGTCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
66 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * *
21831 TTTTGAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTT
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATCTT
* * * *
21896 TCTCAAGGTAGAGATTCAATTATAACATA-TTTAAGCCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAA
196 TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA
* * * * *
21960 TAAATGATCAGTATATAAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
260 TCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAT
22025 AAATTGG-CTTTTCTCTCT
325 AAA-TGGACTTTTCTC-CT
* * * * * * *
22043 AATGAATGGCTTTTGCTTCACATTT-CTCAAGCCA-ATCATCCAATTATAATATATTTGAACAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCT-AAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACTAA
* * * * *
22106 AAATGTAAACAAATCCAACTTAAAATCAATTATTAGAATATAAAATCATTTAAAGCGGGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
22171 AGCTTTCAAAGGCTTAAGTGAATATAAATGGACTTTTC--TCTACCATGGATGGCTTTTGCTTCA
129 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTA--ATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
22234 -CATTT-TCCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTGAACCATAAATGCAAACAAATCCAACT
192 TC-TTTCT-CAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACT
* * ** * * *
22297 TATAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGTTTGGGTG
255 TAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTG
22362 ACTATAAATGGACTTTTCTCTCT
320 ACTATAAATGGACTTTTCTC-CT
* * * * ** * * * * * *
22385 TATGGATAGCTTTTACTTCACATTTCCCGAGGTAGACATTTAACTATAATATATTTTAACCATAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
********************
22450 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAAGG
66 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
*
22515 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTT-TAATGAATGGCTTTTG-TCTCA-C
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCTAATGGATGGCTTTTGCT-TCATC
* ** * * * * * *
22577 GTTTCCCAAGATAGATAATCAATTATAGCATATTTAAACCAAAAATGCAAAAAAA-CAAACTTAA
194 -TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
* * * *
22641 AATCAATTATGAGAATATAGAACCATGTAATGCGAGCAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
258 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
* * *
22706 ATAACTAGACTTTTCTCTCC
323 ATAAATGGACTTTTCTC-CT
* * * *
22726 ATTTGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGGCATTCAATTATAACATATTTTTA-TCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACT-AAA
* *
22790 AATATAAAAAAATCCT-ACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAAT-TTTTAAAGCGTGTAATA
65 AATATAAAAAAAT-CTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
* * * *
22853 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATGAATGGGCTTTTCTCTCTAATGCATGGCTTTTGCTTCAT
128 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAT
* * * * * * * ** *
22918 GTTACCCTAGGCAGTCATTCAATTATAGCATATTTTAACAAAAAATAAAAAAAAAT-TGAACAT-
193 CTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCT-AACTTA
**********
22981 AAATCAATTATGAGAATNNNNNNNNNNTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
257 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* *
23046 TACAATTGGACTTTTCTCTCT
322 TATAAATGGACTTTTCTC-CT
* * * ** * ** * * * *
23067 AATGAATGGGC-TTTGCTTTACATTTTTTGATACAAACATTTAATTATAGCATATTTT-ACGGAA
1 AATGGAT-GGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAAC-TAA
* * *
23130 AAATGTAAAAAAATCCAACTCT-AAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAGAGCGAGTAATA
64 AAATATAAAAAAATCTAACT-TAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATA
* *
23194 AGGCTTTCAAAGGATTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTTC-AATGGATGGCTTTTGCTTCA
128 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCT-TTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
23258 TGTTTCTTAAGGCAAAGATTCAATTATAACTTATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTA
192 TCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTA
* * ** * * * * *
23323 AAATTAATTATGAGAATATAAAACCTTTTAAAGTAAGCAACAAGGCTTTCGAACGCTTGAGTGGC
257 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * **
23388 TATAAAAGG-CTTTTTTTGT
322 TATAAATGGACTTTTCTCCT
* * * * * * *
23407 CCATGGATGCCTTTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAGATAATT-AATTATAACATATTTTAACAAA
1 -AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGA-CATTCAATTATAACATATTTTAACTAA
* *
23471 AAATATAAAAAAAATTTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAA-CGTTTTAAAGCGAGTAAT
64 AAATAT-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATC-ATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
23534 AAGGCTTTTAATGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTTCTTGCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
127 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
** * * * * * *
23598 AATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCCAAAATATAAAAATATCCAACTTA
192 TCTTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTA
* * * * * * **
23663 AAATGAATTAGGAGAATATGAAACAATTAAAAGCGAGTAATATGGCTTTCAAAGGCTTGAGCAAC
257 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
23728 TATAAATGGACTTTTCT-CT
322 TATAAATGGACTTTTCTCCT
** * * *
23747 ATGATGGATGGCTTTTGCTTCACGTCACCCAAGGCTGACATTCAATTATAACAAATTTTAACTAA
1 A--ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAA
* * * * * * * *
23812 AAATGTAAAACAATTTGACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAATTATTTTAATCGAGTAATAA
64 AAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * ** * * * *
23877 GGCTTTCAAAGGCGTGAGTGACTATAAGTATACTTTTCTTTCTAATGGATGGTTTTTGCGTAATG
129 GGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATC
* * * *
23942 TTTCAT-GAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAAATGTAAAAAAATCAAACTTAA
194 TTTC-TCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
* * * * * *
24006 AATAAATGATGAGCATATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAC-
258 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
24070 -----T--A---------T
323 ATAAATGGACTTTTCTCCT
* * * * * *
24073 -ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAA-TCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
* * * * * *
24136 AT-TATAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAG
66 ATATA-AAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * *
24200 GATTTCAAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGGTT--TGC
130 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAT-C
* * * * * *
24263 ATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCATAAATGAAAAAAAATCTAATTTAA
194 -TTTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
* * * * *
24328 AATCAGTTATGAGAACATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAGGCTTTCAAAGGCTTGTA-TGAC
258 AATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGAC
* *
24392 TATAAATAGACTTTTCTCTTT
322 TATAAATGGACTTTTCTC-CT
* * * * * * *
24413 AATGGATTGCATTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
* * * *
24478 ATATAAAAAAGTCTAACTTAAAATCAATTATCAAAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGG
66 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* * * ***
24543 CTGTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGATAGG-TTTTGCTTCGGAT
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGAT-GGCTTTTGCTTCATCT
* ** * * *
24607 TTCTCGAGATAGATATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAA
195 TTCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAA
* * *
24672 TTATTTATGAGAATATAAAACC-TTCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTA
260 TCAATTATGAGAATATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
24736 TAAATGG-CTTTTCTTGCC-
324 TAAATGGACTTTTC-T-CCT
* * * * * * *
24754 AATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAA-TAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACT-AAA
** * *
24818 AATATAAAAACTTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* * * * *
24883 GCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGG-CTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGT
130 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATCT
* * *
24947 TTC-CTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAA
195 TTCTC-AAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAA
* *
25011 ATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
259 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
25039 TAGTATTTAA
Statistics
Matches: 2707, Mismatches: 539, Indels: 186
0.79 0.16 0.05
Matches are distributed among these distances:
320 1 0.00
321 2 0.00
322 208 0.08
323 49 0.02
326 1 0.00
328 1 0.00
330 1 0.00
334 1 0.00
336 1 0.00
339 5 0.00
340 292 0.11
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342 1180 0.44
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344 2 0.00
345 1 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (341 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTTTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATCTT
TCTCAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAAT
CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
AATGGACTTTTCTCCT
Found at i:24221 original size:151 final size:152
Alignment explanation
Indices: 23921--24224 Score: 396
Period size: 151 Copynumber: 2.0 Consensus size: 152
23911 TTTCTTTCTA
* *
23921 ATGGATGGTTTTTGCGTAATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTACGTAATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAAA
* * * * *
23986 TGTAAAAAAATCAAACTTAAAATAAATGATGAGCATATAAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGGC
66 TGTAAAAAAATCAAACCTAAAATAAATGATGAGAATATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAGGA
* *
24051 TTTTAAAGGCTTGAGTGACTAT
131 TTTCAAAGCCTTGAGTGACTAT
* * * * * *
24073 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAATC-AAAA
1 ATGGATGGCTTTTACGTAATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAAA
* * * * **
24137 T-TATAAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGG
66 TGTA-AAAAAATCAAACCTAAAATAAATGATGAGAATATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAGG
24201 ATTTCAAAGCCTTGAGTGACTAT
130 ATTTCAAAGCCTTGAGTGACTAT
24224 A
1 A
24225 AATGGACTTT
Statistics
Matches: 130, Mismatches: 21, Indels: 3
0.84 0.14 0.02
Matches are distributed among these distances:
150 2 0.02
151 76 0.58
152 52 0.40
ACGTcount: A:0.41, C:0.12, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (152 bp):
ATGGATGGCTTTTACGTAATGTTTCATGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTAAACCAAAAA
TGTAAAAAAATCAAACCTAAAATAAATGATGAGAATATAAAACCATGTAAAGCAAGTAATAAGGA
TTTCAAAGCCTTGAGTGACTAT
Found at i:24394 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 24073--25038 Score: 1115
Period size: 171 Copynumber: 5.7 Consensus size: 170
24063 GAGTGACTAT
* ** ** * * *
24073 ATGGATGGCTTTTACTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAATCAAAAT
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-GTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * * * *
24138 TAT-AAAAAATCCAACCTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACCATGTAAAGTGAGTAATAAGGA
65 TATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
*
24202 TTTCAAAGCCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* * * * *
24243 ATGGATGGCTTTTGGTTTGCA-TTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATACATTTTAACCATAA
1 ATGGATGGCTTTT-GCTT-CAGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
* * * * * *
24307 ATGA-AAAAAAATCTAATTTAAAATCAGTTATGAGAACATAAAACAATTTAAAGCAAGTAGTAAG
64 AT-ATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAG
* *
24371 GCTTTCAAAGGCTTGTA-TGACTATAAATAGACTTTTCTCTTTA
128 GCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* * ** *
24414 ATGGATTGCATTTGCTTCATGTTTCCCAAGGTAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-GTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * * * *
24479 TATAAAAAAGTCTAACTTAAAATCAATTATCAAAATATAAAATCATTTAAAGTGAGTAATAAGGC
65 TATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* *
24544 TGTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTC
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* * * * * *
24585 ATGGATAGG-TTTTGCTTCGGATTTCTCGAGATAGATATTCAATTATAACATATTTTAACTAAAA
1 ATGGAT-GGCTTTTGCTTCAG-TTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
* *
24649 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGAGAATATAAAACC-TTCTAAAGCGAGTAATAAG
64 ATATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATT-TAAAGCGAGTAATAAG
* *
24713 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGG-CTTTTCT-TGCCA
128 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTA
* *** * * **
24755 ATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAATAAAAAA
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-GTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
** *
24820 TATAAAAACTTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
65 TATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * *
24885 TTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGG-CTTTTCT-TACCA
130 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTA
* * *
24925 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAA
1 ATGGATGGCTTTTGCTTCA-GTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA
* * *
24990 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
65 TATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTA
25039 TAGTATTTAA
Statistics
Matches: 678, Mismatches: 102, Indels: 32
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172 4 0.01
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Consensus pattern (170 bp):
ATGGATGGCTTTTGCTTCAGTTTCCCAAGACAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAAT
ATAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCT
TTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
Found at i:25256 original size:260 final size:260
Alignment explanation
Indices: 24795--25298 Score: 792
Period size: 260 Copynumber: 1.9 Consensus size: 260
24785 ACAGACAATC
* * *
24795 AATTATAACATATTTCAATAAAAAATATAAAAACTTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAA
1 AATTATAACATATTTCAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAA
*
24860 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTACCA
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTACCA
* * *
24925 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAA
131 ATGGATAGCTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAA
* * *
24990 TGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTAATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
196 TGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
* * * *
25055 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCCAATTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
1 AATTATAACATATTTCAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAA
* * **
25120 AGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTGTCA
66 AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTACCA
* * * * *
25185 ATGGATAGCTTTTGCTTTATGTGTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAA
131 ATGGATAGCTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAA
*
25250 TGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTA
196 TGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
25299 AAGTGAGTAA
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
260 220 1.00
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Consensus pattern (260 bp):
AATTATAACATATTTCAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAA
AACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTACCA
ATGGATAGCTTTTGCTTCATGTGTCCCAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAA
TGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
Found at i:25349 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 25051--25583 Score: 686
Period size: 170 Copynumber: 3.1 Consensus size: 170
25041 GTATTTAAAT
* * *
25051 AATT-AATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCCAATTTAAAATCAATTATGAGAA
1 AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* *
25115 TATAAAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAG-CTTTTC
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* **
25179 TTGTCAATGGATAGCTTTTGCTTTATGTGTCCCGAGGCAGA-
131 TTGTCAATGGAT-GCTTTTGCTTCATGT-TCCTAAGGCAGAG
* * * *
25220 CATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAA
1 AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
* ** *
25285 TATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGC-TTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGACTTTTC
* * *
25349 -TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATAATTCCTAAGGCA-AT
131 TTGTC-AATGGAT-GCTTTTGCTTCAT-GTTCCTAAGGCAGAG
* * * *
25390 AATTGAATTATAACATATTTTAACCACAATTGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGTGAA
1 AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
*
25455 TATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGA-TTTTC
66 TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGACTTTTC
* * *
25519 TTGCCAATGGATGATTTTTGCTTCATGTTTCCTTAGGCAGAG
131 TTGTCAATGGATG-CTTTTGCTTCATG-TTCCTAAGGCAGAG
* *
25561 GA-TCAATTATAACATATTATAAC
1 AATTCAATTATAACATATTTTAAC
25584 TTAAAATCAA
Statistics
Matches: 314, Mismatches: 40, Indels: 19
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
169 31 0.10
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ACGTcount: A:0.39, C:0.14, G:0.14, T:0.33
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AATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAA
TATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGACTTTTC
TTGTCAATGGATGCTTTTGCTTCATGTTCCTAAGGCAGAG
Found at i:25426 original size:430 final size:430
Alignment explanation
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Period size: 430 Copynumber: 2.0 Consensus size: 430
24615 ATAGATATTC
* * * *
24625 AATTATAACATATTTTAACTAAAAATATAAAAAAATCTAACTTAAAATTATTTATGAGAATATAA
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * *
24690 AACCTTCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGCTTTTCTTGCCA
66 AACCTTCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTGCCA
* * ** *
24755 ATGGATGGCATTTGCTTCATGTTTCTTGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAATAAAAAA
131 ATGGATAGCATTTGCTTCATGTGTCCCGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAACAAAAAA
*** * *
24820 TATAAAAACTTCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
196 TATAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
** **
24885 TTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC
261 TTTCAAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAATTC
* *
24950 CTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATTA
326 CTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
25015 ATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
391 ATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
* * *
25055 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCCAATTTAAAATCAATTATGAGAATAT-A
1 AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * *
25119 AAGCTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTGTC
66 AACCT-TCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTGCC
* * * * * * *
25184 AATGGATAGCTTTTGCTTTATGTGTCCCGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAA
130 AATGGATAGCATTTGCTTCATGTGTCCCGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAACAAAAA
* * * *
25249 ATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGG
195 ATATAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGG
* *
25314 C-TTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCATAA
260 CTTTCAAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGG-CTTTTCT-TACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAA
* * *
25377 TTCCTAAGGCAATA-ATTGAATTATAACATATTTTAACCACAATTGTAAAAAAATCCAACTTAAA
323 TTCCTAAGACAA-ACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAA
**
25441 ATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTA
387 ATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTA
25469 AAGCGAGTAA
Statistics
Matches: 362, Mismatches: 48, Indels: 8
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
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430 331 0.91
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ACGTcount: A:0.42, C:0.13, G:0.12, T:0.33
Consensus pattern (430 bp):
AATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
AACCTTCTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTAGAAATAGCTTTTCTTGCCA
ATGGATAGCATTTGCTTCATGTGTCCCGAGACAGACAATCAATTATAACATATTTCAACAAAAAA
TATAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATAAAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
TTTCAAAGGCTTAAGTGACTAGAAATGGCTTTTCTTACCAATGGATGGCTTTTGCTTCATAATTC
CTAAGACAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCACAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCA
ATTATAAGAATATAAAACCATTTATAGTATTTAAATAATT
Found at i:25891 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 25581--26181 Score: 801
Period size: 171 Copynumber: 3.5 Consensus size: 171
25571 AACATATTAT
* * * * * * *
25581 AACTTAAAATCAATGATGAGAATACAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAAGCTTTCAAAGGTTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTG
* * * * **
25646 CGTGGCTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCCTGAGGTAAACA
66 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCGAGACAAACA
* * * *
25711 TTCAATTATAGCTTATTTTAACCAAAAATGTAAAGAAATCC
131 TTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCC
* * * *
25752 AACTTAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAGTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTA
1 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTG
* * * *
25817 AGTAACTATAAATAGACTTTTCTCTATAATGGATGGTTTTTGCTTCAAGTTTCCCAAGACAAACA
66 AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCGAGACAAACA
*
25882 -TCTAATTATAACATAGTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCC
131 TTC-AATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCC
* *
25923 AACTTTAAATCATTTATGAGAATATAAAACCATTTAAA-TCGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTT
1 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGT-GAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTT
* * * *
25987 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATAGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCCGAGACAGAG
65 GAGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCGAGACAAAC
*
26052 ATTCAATTATAACATATTTTAATAAAAAATGTAAAAACAATCC
130 ATTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAA-AATCC
** * * * * *
26095 AACTTCCAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAATTGAGTAAAAAGGATTTTAAAGGTTTG
1 AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTG
26160 AGTGACTATAAATAGACTTTTC
66 AGTGACTATAAATAGACTTTTC
26182 ATGAATTAAA
Statistics
Matches: 378, Mismatches: 47, Indels: 9
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
170 3 0.01
171 289 0.76
172 85 0.22
173 1 0.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.13, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (171 bp):
AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTG
AGTGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAAGTTTCCCGAGACAAACA
TTCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCC
Found at i:27384 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 27094--28429 Score: 1564
Period size: 171 Copynumber: 7.8 Consensus size: 170
27084 TAGGAAGTTC
* **
27094 TAAAT-GACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACGA-TCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGAC-ATTCAAT
*
27156 TATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATGT-AACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAA
64 TATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAT-TCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* *
27220 GCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTA
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * * *
27264 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGACATTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA
* * *
27329 TAGCATATTTTAACCAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCT
66 TAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* *
27393 TTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
27434 TAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTGAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA
* * * ** * * * *
27499 TAGCATATTTAAATCAAAAAAATAAAAAAATCTAATTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAGCCA
66 TAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
* * *
27564 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGTAACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * * *
27605 TAAATGGACTTTTCTCTTTCATGGATGGCTTTTGCTTCATC-TTT-CTCAAGGAAGACATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCT-GAGGCAGACATTCAAT
* * * * * * *
27668 TATAACATA-TTTAAGTCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATAAATGATCAGTATAT-AAA
64 TATAACATATTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
*
27731 CCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
127 CCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * ** * *
27775 TAAATGGGCTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTATGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA
* * * *
27840 TAACATATTTTAACCAAAATTGTAAAAACATCCAGCCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
66 TAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAA-ATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
*
27905 TTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
130 TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
27946 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATTT-CTCGAGGCA-ATCATCCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-GAGGCAGA-CATTCAAT
* * * *
28009 TATAATATATTTGAACCAAAAATATAAATAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
64 TATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAA-AAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* * * *
28074 CATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAATA
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* * **
28117 TAAATGAACTTTTCTCTAC-CATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCATG-CATTCAAT
1 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCA-GACATTCAAT
* * * * * ** *
28180 TTTAACATATTTGAACCATAAATGCAAAAAAATCCAACTTCTAACCAATTATGAGAATATAAAAC
64 TATAACATATTTTAACCAAAAATG-TAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
* ** * *
28245 TATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTA
128 CATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* ** * * * * *
28288 TAAATGGACTTTTCTCTCTTATGGATATCTTTTACTTGATATTTCCTGAGGCAGACATTTAACTA
1 TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA
* * * * *
28353 TAATATATTTTAACTATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCA
66 TAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTC-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCA
28418 TTTAAAGCGAGT
130 TTTAAAGCGAGT
28430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 995, Mismatches: 146, Indels: 49
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.01
170 297 0.30
171 682 0.69
172 9 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTA
TAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCAT
TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
Found at i:27730 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 27112--28429 Score: 1592
Period size: 341 Copynumber: 3.9 Consensus size: 340
27102 TTTTCTTGCC
**
27112 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACGA-TCAATTATAACATATTTTAACCAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGAC-ATTCAATTATAACATATTTTAACCAAA
** * * *
27176 AATGTAAAAAAATGTAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAAGCATTTAAAGCGAGTAATAAG
65 AATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAG
* * * * *
27241 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGACATTTGCTTTACGT
130 GCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACAT
* * * *
27306 TTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAATGTGAAACAATTCAACTTAAAA
195 TTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAAATCAACTTAAAA
* *
27371 TCAATTATGAGAATATAAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
259 TCAATTATGAGAATATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATA
27436 AATGGACTTTTTTCTCT
324 AATGGACTTTTTTCTCT
* * * * *
27453 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCTTGAGGCAGACATTGAATTATAGCATATTTAAATCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
** * * * *
27518 AAATAAAAAAATCTAATTTAAAATTAATTATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* * * *
27583 CTTTGAAAGGCTTGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTCTTTCATGGATGGCTTTTGCTTCATC-T
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA-CAT
* * *
27647 TT-CTCAAGGAAGACATTCAATTATAACATA-TTTAAGTCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAA
195 TTCCT-GAGGAAGACATTCAATTATAACATATTTTAA-CCAAAAATGTAAAAAAATC-AACTTAA
* * * *
27710 AATAAATGATCAGTATATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
257 AATCAATTATGAGAATATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
* *
27775 TAAATGGGCTTTTCTCTCT
322 TAAATGGACTTTTTTCTCT
* ** * *
27794 AATGGATGGCTTATGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
1 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
* * * *
27859 TTGTAAAAACATCCAGCCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
66 ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
* *
27924 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATT
131 CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
* * * * * *
27989 T-CTCGAGGCAA-TCATCCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAATAAATCCAACTTAAA
196 TCCT-GAGG-AAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-CAACTTAAA
* * * * *
28052 ATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAATA
258 ATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTA
*
28117 TAAATGAAC--TTTTCTCT
322 TAAATGGACTTTTTTCTCT
** * *
28134 ACCATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCCAAGGCATG-CATTCAATTTTAACATATTTGAACCA
1 A--ATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCA-GACATTCAATTATAACATATTTTAACCA
* * ** * * ***
28198 TAAATGCAAAAAAATCCAACTTCTAACCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAATGAGTAATA
63 AAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATA
* * * ** * * *
28263 ACGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTATGGATATCTTTTACTTGAT
128 AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * *
28328 ATTTCCTGAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTAACTATAAATGTAAAAAAATCTAACTTAA
193 ATTTCCTGAGGAAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATC-AACTTAA
* *
28393 AACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGT
257 AATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAAGCGAGT
28430 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 832, Mismatches: 129, Indels: 31
0.84 0.13 0.03
Matches are distributed among these distances:
340 24 0.03
341 507 0.61
342 298 0.36
343 3 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (340 bp):
AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA
ATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGG
CTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATT
TCCTGAGGAAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCAACTTAAAATC
AATTATGAGAATATAAACCTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAA
TGGACTTTTTTCTCT
Found at i:28063 original size:512 final size:508
Alignment explanation
Indices: 27094--28425 Score: 1741
Period size: 512 Copynumber: 2.6 Consensus size: 508
27084 TAGGAAGTTC
* * * *
27094 TAAATG-ACTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGCAGACGA-TCAAT
1 TAAATGAACTTTTCTCTACC-ATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCC-AAGGAAGAC-ATTCAAT
* *
27156 TATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAAT-GTAACTTAAAATCAATTATGAGAATACAAAA
63 TATAACATA-TTTAACCAAAAATGCAAAAAAATCG-AACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
* *
27220 GCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGGCTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
126 -CTTTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
* * *
27285 TGGATGACATTTGCTTTACGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAGCATATTTTAACCAAAAAT
190 TGGATGAC-TTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACC-AAAAT
* * *
27350 GT-GAAACAATTCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT-AAACCTTTTAAAGCAAGTAATAAGCC
253 GTAAAAAC-ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCC
* * *
27413 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT
317 TTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATTT
* ** * * * * *
27478 CTTGAGGCAGACATTGAATTATAGCATATTTAAATCAAAAAAATAAAAAAATCTAATTTAAAATT
382 CTCGAGGCAGACATCCAATTATAACATATTTAAACCAAAAAAATAAAAAAATCCAACTTAAAATC
* *
27543 AATTATGAGAATATAAAGCCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTGAGT-AACTA
447 AATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAA-TA
* **
27605 TAAATGGACTTTTCTCTTTCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCTCAAGGAAGACATTCAATTA
1 TAAATGAACTTTTCTCTACCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTC-CAAGGAAGACATTCAATTA
* * * * * *
27670 TAACATATTTAAGTCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATAAATGATCAGTATATAAACCTT
65 TAACATATTTAA-CCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTT
*
27735 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGGCTTTTCTCTCTAATGGA
129 TTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGA
* *
27800 TGGCTTATGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGTCATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAATTGTAA
194 TGACTT-TGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAA-TGTAA
* * *
27865 AAACATCCAGCCTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTCA
257 AAACATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCA
27930 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATTTCTCGA
322 AAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATTTCTCGA
* * * *
27995 GGCA-ATCATCCAATTATAATATATTTGAACCAAAAATATAAATAAATCCAACTTAAAATCAATT
387 GGCAGA-CATCCAATTATAACATATTTAAACCAAAAAAATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATT
**
28059 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGGGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAATA
451 ATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAATA
*
28117 TAAATGAACTTTTCTCTACCATGGATGGCTTTTGCTTCA-CATTTCCCAAGGCATG-CATTCAAT
1 TAAATGAACTTTTCTCTACCATGGATGGCTTTTGCTTCATC-TTT-CCAAGG-AAGACATTCAAT
* * * ** *
28180 TTTAACATATTTGAACCATAAATGCAAAAAAATCCAACTTCTAACCAATTATGAGAATATAAAAC
63 TATAACATATTT-AACCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAAC
** * * *
28245 TATTTAAAATGAGTAATAACGCTTTCAAAGGCTTCAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTTAT
127 T-TTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAAT
* * * * * * * *
28310 GGAT-ATCTTTTACTTGATATTTCCTGAGGCAGACATTTAACTATAATATATTTTAACTATAAAT
191 GGATGA-C-TTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCA-AAAT
* * *
28374 GTAAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
253 GTAAAAACATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
28426 GAGTNNNNNN
Statistics
Matches: 718, Mismatches: 83, Indels: 38
0.86 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
510 6 0.01
511 155 0.22
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514 5 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (508 bp):
TAAATGAACTTTTCTCTACCATGGATGGCTTTTGCTTCATCTTTCCAAGGAAGACATTCAATTAT
AACATATTTAACCAAAAATGCAAAAAAATCGAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTTTT
AAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATG
ACTTTGCTTCATGTTTCCTGAGGTAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAATGTAAAAAC
ATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGCCTTTCAAAGG
CTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGAATGGCCTTTGCTTCACATTTCTCGAGGCA
GACATCCAATTATAACATATTTAAACCAAAAAAATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAG
AATATAAAACCATTTAAAGCAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTAAGTGAATA
Found at i:30212 original size:171 final size:167
Alignment explanation
Indices: 29645--30467 Score: 755
Period size: 171 Copynumber: 4.8 Consensus size: 167
29635 NNNNNNNNNN
* * *
29645 AGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGTA-TATAAACAGACTTTTCTCTT-TAATGAATGGCTTTTGCTTC
1 AGGCTTTCAAAGGTTTGA-TG-ACTATAAAC-GACTTTT-TTTTGTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * *
29708 ACGTTTCTTAAGGCGGATATTCAATTATAATAAATTTTAATCAAAAATATGAAAAAATCCAACAT
62 ACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTT
* * * *
29773 AAAATCAATTATGTGAATCTAAAACTATTTAAATTGAGTAATA
127 CAAATCAATTATGAGAAT-AAAAAC-ATTTAAATCGAGTAATA
* * * * * *
29816 AGGCTTTCAAAGGGTTTGGTGACTATAAATGCACTTTTTTCTCTAATTGATGGATTTTGCTTCAC
1 AGGCTTTCAAA-GGTTTGATGACTATAAACG-ACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * *
29881 GTTTCC-ATAGGTAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAACTGT-AAAAAATCCAACTTC
64 GTTTCCTA-AGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTC
* *
29944 GAATCAATTATGAGAATACAAAATCATTTAAACCGAGTAATA
128 AAATCAATTATGAGAATA-AAAA-CATTTAAATCGAGTAATA
* * * * * *
29986 AGACTTTCAGAGGCTTGCATGACTATAAATGGAC-TTTTCTTGCTAATGCATGGCTTTTGCTTCA
1 AGGCTTTCAAAGGTTTG-ATGACTATAAA-CGACTTTTTTTTG-TAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * * *
30050 TGTTTCCTAAGGTAAACATTCAATTATGATATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCCAACTT-
63 CGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTC
* *
30114 AAAGTCAATTATGATGATATAAAAACAATTAAAGCGAGTAATA
128 AAA-TCAATTATGA-GA-ATAAAAACATTTAAATCGAGTAATA
* * * *
30157 AGGCTTTCGAAGGATTGCATGACTATAAACGAACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTACTTTAC
1 AGGCTTTCAAAGGTTTG-ATGACTATAAACG-ACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
** * * *
30222 GTTT-CTCAAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAATAAAAAATATATAAAAATCTAGCTTC
64 GTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTC
*
30286 AAATCAATTATGAGAATATAAAATCATTTAAATCGACTAATA
128 AAATCAATTATGAGAATA-AAAA-CATTTAAATCGAGTAATA
*** * * * *
30328 AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAACTGACTTTTCCCTCTAATGGATAGTTTTTGATTCAC
1 AGGCTTTCAAAGGTTTGA-TGACTATAAAC-GACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * * * * *
30393 GTTT-CTCGAGGTAGATATTAAATTATAACAAATTTTAACCAAAAGT-TAAAAAAATCTAACCTA
64 GTTTCCT-AAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTC
*
30456 AAATCAAATATG
128 AAATCAATTATG
30468 TTGTAACACC
Statistics
Matches: 537, Mismatches: 92, Indels: 47
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
169 13 0.02
170 167 0.31
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173 3 0.01
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (167 bp):
AGGCTTTCAAAGGTTTGATGACTATAAACGACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTGCTTCACGT
TTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTCAAA
TCAATTATGAGAATAAAAACATTTAAATCGAGTAATA
Found at i:30445 original size:341 final size:340
Alignment explanation
Indices: 29645--30468 Score: 939
Period size: 341 Copynumber: 2.4 Consensus size: 340
29635 NNNNNNNNNN
* * * *
29645 AGGCTTTTAAAGGTTTGAGTGTA-TATAAACAGACTTTTCTCTTTAATGAATGGCTTTTGCTTCA
1 AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTG-ACTATAAACTGACTTTTCCCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCA
* ** * *
29709 CGTTTCTTAAGGCGGATATTCAATTATAATAAATTTTAATCAAAAATATGAAAAAATCCAACATA
65 CGTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATAAATTTTAA-CCAAAATATAAAAAAATCCAACATA
* * ** * *
29774 AAATCAATTATGTGAATCTAAAACTATTTAAATTGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGGTTTGGTGAC
129 AAATCAATTATGTGAATCAAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGGATTGATGAC
* * * * *
29839 TATAAATGCACTTTTTTCTCTAATTGATGGATTTTGCTTCACGTTTCCATAGGTAGACATTCAAT
194 TATAAACGAACTTTTTTCTCTAATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCATAGGCAGACATTCAAT
* * * *
29904 TATAACAAATTTTAACCAAAACTGTAAAAAATCCAACTTCGAATCAATTATGAGAATACAAAATC
259 TATAACAAATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATACAAAATC
*
29969 ATTTAAACCGAGTAATA
324 ATTTAAACCGACTAATA
* * * * *
29986 AGACTTTCAGAGGCTTGCA-TGACTATAAA-TGGACTTTT-CTTGCTAATGCATGGCTTTTGCTT
1 AGGCTTTCAAAGGTTTG-AGTGACTATAAACT-GACTTTTCCCT-CTAATGAATGGCTTTTGCTT
* * * * * *
30048 CATGTTTC-CTAAGGTAAACATTCAATTATGATATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCCAAC
63 CACGTTTCTC-AAGGTAGATATTCAATTATAATAAATTTTAACCA-AAATATAAAAAAATCCAAC
* * *
30112 TTAAAGTCAATTATGATGATAT-AAAAAC-AATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAA-GGATTG
126 ATAAAATCAATTATG-TGA-ATCAAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGGATTG
* * * *
30174 CATGACTATAAACGAACTTTTTTTTGTAATGGATGGCTTTTACTTTACGTTTCTCA-AGGCAGAC
189 -ATGACTATAAACGAACTTTTTTCTCTAATGGATGGATTTTACTTCACGTTTC-CATAGGCAGAC
* * *
30238 ATTCAATTATAACAAATTTTAATAAAAAATATATAAAAATCTAGCTTCAAATCAATTATGAGAAT
252 ATTCAATTATAACAAATTTTAACAAAAAATATA-AAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAAT
* *
30303 ATAAAATCATTTAAATCGACTAATA
316 ACAAAATCATTTAAACCGACTAATA
* * * *
30328 AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAACTGACTTTTCCCTCTAATGGATAGTTTTTGATTCAC
1 AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAACTGACTTTTCCCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCAC
* * * * *
30393 GTTTCTCGAGGTAGATATTAAATTATAACAAATTTTAACCAAAAGT-TAAAAAAATCTAACCTAA
66 GTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAA-TATAAAAAAATCCAACATAA
*
30457 AATCAAATATGT
130 AATCAATTATGT
30469 TGTAACACCC
Statistics
Matches: 399, Mismatches: 68, Indels: 33
0.80 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
340 10 0.03
341 240 0.60
342 143 0.36
343 6 0.02
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (340 bp):
AGGCTTTCAAAGGTTTGAGTGACTATAAACTGACTTTTCCCTCTAATGAATGGCTTTTGCTTCAC
GTTTCTCAAGGTAGATATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAATATAAAAAAATCCAACATAAA
ATCAATTATGTGAATCAAAAACTAATTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGGATTGATGACTA
TAAACGAACTTTTTTCTCTAATGGATGGATTTTACTTCACGTTTCCATAGGCAGACATTCAATTA
TAACAAATTTTAACAAAAAATATAAAAAATCCAACTTCAAATCAATTATGAGAATACAAAATCAT
TTAAACCGACTAATA
Found at i:32223 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 32047--32378 Score: 493
Period size: 170 Copynumber: 2.0 Consensus size: 170
32037 NNNNNNNNNN
* * *
32047 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGATTATAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTAGAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTT
* * *
32112 CACGTTTCTTAAGACAGACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCCAACT
66 CACGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACT
*** *
32177 TAAAATCAATTATGTGAATATAAAACTATTTAAAATGAGT
131 TAAAATCAATTATAAAAATATAAAACCATTTAAAATGAGT
* * *
32217 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTAACTAGAAATGGCTTTTCTTGTCAATGGATGGCTTTTGCTT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTAGAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTT
* * * * *
32282 CATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCCAACT
66 CACGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACT
*
32347 TAAAATTAATTATAAAAATATAAAACCATTTA
131 TAAAATCAATTATAAAAATATAAAACCATTTA
32379 TAGTATTTAA
Statistics
Matches: 143, Mismatches: 19, Indels: 0
0.88 0.12 0.00
Matches are distributed among these distances:
170 143 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.12, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTAACTAGAAATGGCTTTTCTTGCCAATGGATAGCTTTTGCTT
CACGTTTCCTAAGACAAACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAAATCCAACT
TAAAATCAATTATAAAAATATAAAACCATTTAAAATGAGT
Found at i:32457 original size:90 final size:90
Alignment explanation
Indices: 32297--32466 Score: 259
Period size: 90 Copynumber: 1.9 Consensus size: 90
32287 TTCCTAAGGC
* * * *
32297 AAACATTCAATTATAACATATTTTAACCATAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATAA
1 AAACAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATAA
32362 AAATATAAAACCATTTATAGTATTT
66 AAATATAAAACCATTTATAGTATTT
* * * *
32387 AAACAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCTAATTTAAAATCAATTATGA
1 AAACAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATAA
*
32452 GAATATAAAACCATT
66 AAATATAAAACCATT
32467 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 71, Mismatches: 9, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
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AAACAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATAA
AAATATAAAACCATTTATAGTATTT
Found at i:32607 original size:260 final size:260
Alignment explanation
Indices: 32129--32632 Score: 697
Period size: 260 Copynumber: 1.9 Consensus size: 260
32119 CTTAAGACAG
* *
32129 ACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATGTAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGTGA
1 ACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
* *
32194 ATATAAAACTATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTAACTAGAAATGGCTTTTC
66 ATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTAACTAGAAATGACTTTTC
* * * * *
32259 TTGTCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATTATAACATATTTTAAC
131 TTGTCAACGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAACAGATTTTAAC
* *
32324 CATAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATTAATTATAAAAATATAAAACCATTTATAGTATTTAA
196 CATAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAAAATATAAAACCATTTATAGTATTTAA
* * *
32389 ACAATCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAATTCTAATTTAAAATCAATTATGAGA
1 ACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
********** *
32454 ATATAAAACCATTNNNNNNNNNNAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTGACTAGAAATGACTTTTC
66 ATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTAACTAGAAATGACTTTTC
* * * *
32519 TTGTCAACGGATGACTTTTGCCTCATGTGTT-CTGAGGTAGACATTCAATAATAATAGACTTTTA
131 TTGTCAACGGATGACTTTTGCCTCATGT-TTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAACAGA-TTTTA
* *
32583 ACCATAAATGT-AAAAGAGCCAACTTAAAATCAATTATAAGAATATAAAAC
194 ACCATAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAAAATATAAAAC
32633 TATTNNNNNN
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 31, Indels: 4
0.86 0.13 0.02
Matches are distributed among these distances:
260 193 0.91
261 18 0.09
ACGTcount: A:0.43, C:0.13, G:0.10, T:0.32
Consensus pattern (260 bp):
ACAATCAATTATAACATATTTTAACAAAAAATATAAAAAATTCCAACTTAAAATCAATTATGAGA
ATATAAAACCATTTAAAATGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCGTAACTAGAAATGACTTTTC
TTGTCAACGGATGACTTTTGCCTCATGTTTCCTAAGGCAAACATTCAATAATAACAGATTTTAAC
CATAAATGTAAAAAAAGCCAACTTAAAATCAATTATAAAAATATAAAACCATTTATAGTATTTAA
Found at i:33496 original size:175 final size:172
Alignment explanation
Indices: 33112--33665 Score: 623
Period size: 175 Copynumber: 3.2 Consensus size: 172
33102 NNNNNNNNNA
* * ** * * * * *
33112 AAATCAATTATGTGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGCAATAAGGCTTTCGAAGGCTTAAGTAAC
1 AAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * * * * *
33177 TATAAATGGACTTTTCTCTATAATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTCC-AAGGCAGACATCCAAT
66 TATAAATAGACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGAGATTCAAT
*
33241 TATAACATAGTTTAACTAAAAATGT--AAAAAAATCCAACTTC
131 TATAACATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAAAATCCAACTTC
*
33282 AAATCATTTATGAGAATACAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGAC
1 AAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * * *
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66 TATAAATAGACTTTTTTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGAGATTCAAT
**
33412 TATATTATATTTTAACCAAAAAATGTAAAAAAAAAATCCAACTTC
131 TATAACATATTTTAA-C-AAAAATGT-AAAAAAAAATCCAACTTC
********** * * *
33457 AAATCAATTATGNNNNNNNNNNACCATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTTAAAGGTTTGAGTGAT
1 AAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAATTGAGTAATAAGGATTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* * *
33522 TATAAATAGA-TTTTTCTCTCTAATGGATAGCTTTTGCTTCACATTTCCTGAGGTAGAGATTCAA
66 TATAAATAGACTTTTT-TCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAAGGCAGAGATTCAA
**
33586 TTATAACATATTTTAATCAAAAATG-AAAAAAAAATTGAACTTC
130 TTATAACATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAAAATCCAACTTC
* * *
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* **
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** ** * * ** * *
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*
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130 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CCAATGGATGGCTTTTGCTT
* * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
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66 CGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTA
* * * * *
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131 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
*
35838 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TGATAAATGGACTTTTTTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT-ATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** *** *
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65 ACGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTT
* * *
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* * * *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
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66 CGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTA
* *
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131 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTC
* * * * * * * * *
36242 ACGTTTCTTGACGCAAACATTCAAGTGTAATATATTTTTACCAAAAATATAAAAAAATCCTACTT
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*
36307 AAAATCAATTATGAGAATACAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
130 AAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* ** * * * * *
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** * * **
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ACGTcount: A:0.39, C:0.15, G:0.14, T:0.32
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AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCA
CGTTTCTTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTA
AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:36279 original size:340 final size:341
Alignment explanation
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Period size: 340 Copynumber: 7.5 Consensus size: 341
35318 AACTGACAAC
**
35328 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGG-CTTTT-TCTACTAATGGATAACTTTTGCTTC
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTGCTTC
* ** * * ** *
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* *
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* * * *
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* * * * * *
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* * * *
35644 TAAGACCATTTGAAGTGAATAAT
319 TAAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * *
35667 GAGGCTTTCAAACGCTTGAGAGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGATTTTGCTCCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * *
35732 CGTTTCTTAAGGCAAACATTCAATTATAATATATTTTAACTAAAAATGTAAAAAAATCTAACTTA
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* * * *
35797 AAAGCAATTATCAGAACATAAAACTATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-
130 AAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAC
* ** ** **
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* * *
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*
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324 CCATTTAAAGCGAGTAAT
* * *
36009 AAGGCTGTCAAAGGCTTGAGCGACTATAAATAGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
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* * *
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131 AATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTG-AGTGAC
* * * * * * *
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195 TATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAACGCAGACATTCAAT
* * * * * *
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325 CATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * * *
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * * * * *
36414 CATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAGCA-AATTTAA--AAACATGTAAAAAAATCCATCTTC
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** * ** * **
36476 AAATCAATTATGAGAATGCAAAA-TCATTCAACTCGAGTAATAAGGCTTTCAAA-TC-CCA-TGG
130 AAATCAATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT-G
** * * *** ** * * *
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* * * ** ** * * * *
36594 AAATGTGAA--AAAATC-TAACTTAAAACCAATTATG-AGAATATAAAGCC-ATTTAAAATGAGT
251 ACAT-TCAATTATAA-CAT-A-TTTTAACCAAAAATGTA-AA-A-AAATCCAACTTAAAATCAAT
* * ** * ** * *** *
36654 AATAAGGTTTTCAAAGGC-TTGAGCCCTA-TAA-
309 TATGAGAATAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * * ** * * ** **** *
36685 ATAGTC-TTC----TCTT---T-CCAATGGAT-GACTTTTGCT-TC--A-CGTTTCCCAAAGCAT
1 A-AGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTT-CTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTT
* ** * * * * * * *
36736 -AC-ATT-C-AATTACA-ACA-T--ATTTTAACTAAAAATATAA--AAAAATCT---AACTTCAA
64 CACGTTTCCTAA-GGCAGACATTCAATTATAAC--ATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAATCCAA
* * * * *
36788 -AT-----CAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTCATAAGGCTTTCAAAGGCTTAAG
126 CTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAG
* * * * * * * *
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* *
36912 CAATTATAGCATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
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* *
36977 AAAACCATTTAAAACAAGTAAT
320 AAAACCATTTAAAGCGAGTAAT
* * * **
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1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
* * * *
37064 CATTTCCT-AGCGCAGACATTTAATTATAACATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATCCAACTT
66 CGTTTCCTAAG-GCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAA-TGTAAAAAATCCAACTT
* * * *
37128 AAAA-CTAATTATGAGAATATAAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGT
129 AAAATC-AATTATGAGAATATAAAACT-ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * * *
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* * * * *
37256 CAATTATAACATGTTTTAACCAAAAGTATAAAAATATCCAACTTAAAAAT-AATCATGAGAATAT
256 CAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATGAGAATAT
* *
37320 AAAACAATTTAAATG-AAGTAAT
320 AAAACCATTTAAA-GCGAGTAAT
* * * * * *
37342 AAGGCTTTGAAAGGCTTTAATGACCATAAATGGACTTTTCTCTCTCATGGTTGGCTTTCT-CTTT
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTT-TGC-TT
* * * *
37406 GCA-TTTTCC-AAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAACAAAAAATGTATAAATATCCAAC
64 -CACGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTA-AAAAATCCAAC
* * * * *
37469 TTAAAATGAATTATGGGAATATATAACTATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCAAA-GCTTGAGC
127 TTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGT
* * * *** * *
37533 AACTATAAATAGACTTTCCTCTATGACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCT-A-GATAGACAT
192 GACTATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCT-TAACG-CAGACAT
* *
37596 TCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATAT
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320 AAAACCATTTAAAG-CGAGTAAT
* * *
37683 AAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATAATGGATGGCTTTTGCTTCA
1 AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
*** * * * ** *
37748 CGTTTTGAAAGGCAGCCATTGAATTATAGCATATTTTAACCAAGGATGTAAAAAAATCTAACTTA
66 CGTTTCCTAAGGCAGACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGT-AAAAAATCCAACTTA
*
37813 AAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
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37847 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1702, Mismatches: 366, Indels: 222
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Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (341 bp):
AAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCA
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AATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACT
ATAAATGGACTTTTCTCTCCAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTTAACGCAGACATTCAATT
ATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACC
ATTTAAAGCGAGTAAT
Found at i:37011 original size:172 final size:170
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Indices: 36573--37844 Score: 1416
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36563 TAAATATTAT
* * * *
36573 ATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTGAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAA
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* * * ** * * * * *
36638 GCCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAG-CCCTATAAATAGTCTTCTCTTTCCA
65 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* * * * *
36702 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAAGCATACATTCA
130 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
* * * *
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* *
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65 ACCATTTAAA-ACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT
* * * * *
36872 AATGGATGGGTTTTGCTTTATGCTTCCTAAGGTAGACGTTCA
129 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
*
36914 ATTATAGCATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
1 ATTATAACATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * * *
36979 AACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGTGTTACTATAAATGGACTTTTCTCTCC
64 AACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCT
* ** *
37044 CATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCT-AGCGCAGACATTTA
129 AATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAG-GCAGACATTCA
* *
37086 ATTATAACATATTTTAATCAAAAATTTTAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAA
1 ATTATAACATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATAT-A
* * * * *
37150 AAATCATTTAAAGCGAGTAAGAAAGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC
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* * * *
37215 TAATGGTTGGCTTTCGCTTCATGTTTCCTGAGACAGACATTCA
128 TAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
* * *
37258 ATTATAACATGTTTTAACCAAAA-GTATAAAAATATCCAACTTAAAAAT-AATCATGAGAATATA
1 ATTATAACATATTTTAACAAAAATGTA-AAAAA-ATCCAACTT-AAAATCAATTATGAGAATATA
* * * * * *
37321 AAACAATTT-AAATGAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTTAATGACCATAAATGGACTTTTCTCT
63 AAACCATTTAAAACG-AGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCT
* *
37385 CTCATGGTTGGCTTTCT-CTTTGCAT-TTTCC-AAGGCAGACATTCA
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* * * * * *
37429 ATTACAACATATTTTAACAAAAAATGTATAAATATCCAACTTAAAATGAATTATGGGAATATATA
1 ATTATAACATATTTTAAC-AAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
* * * ** * * * *
37494 ACTATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTCAAA-GCTTGAGCAACTATAAATAGACTTTCCTCTATG
65 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* **
37558 ACGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCTCT-AGATAGACATTCA
130 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTC-CTAAGGCAGACATTCA
* *
37599 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATGAAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
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* * * *
37664 ACCATTTAAGACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTATA
65 ACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTA
* *** * *
37729 ATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTGAAAGGCAGCCATTGA
130 ATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
* ** *
37770 ATTATAGCATATTTTAACCAAGGATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
1 ATTATAACATATTTTAA-CAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
37835 ACCATTTAAA
65 ACCATTTAAA
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Statistics
Matches: 928, Mismatches: 146, Indels: 55
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
168 3 0.00
169 7 0.01
170 230 0.25
171 384 0.41
172 292 0.31
173 12 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
ATTATAACATATTTTAACAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAA
CCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAA
TGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCCTAAGGCAGACATTCA
Found at i:37297 original size:343 final size:339
Alignment explanation
Indices: 36573--37846 Score: 1473
Period size: 341 Copynumber: 3.7 Consensus size: 339
36563 TAAATATTAT
* * * * * *
36573 ATTATAACATATTTCAACAAAAAATGTGAAAAAATCTAACTTAAAACCAATTATGAGAATATAAA
1 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
* ** * ** * * * *
36638 GCCATTTAAAATGAGTAATAAGGTTTTCAAAGGCTTGAG-CCCTATAAATAGTCTTCTCTTTCCA
66 ACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCA
* * * *
36702 ATGGATGACTTTTGCTTCACGTTTCCCAAAGCATACATTCAATTACAACATATTTTAACTAAAAA
131 ATGGATGGCTTTTGCTTCACATTT-CCAAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAAC-AAAAA
* * * * *
36767 TATAAAAAAATCTAACTTCAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGAGAGTCATAAGGC
194 TTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGC
* * * * *
36832 TTTCAAAGGCTTAAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGGTTTTGCTTTATGCTT
259 TTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTT
* *
36897 CCTAAGGTAGACGTTCA
324 CCT-AGATAGACATTCA
* * *
36914 ATTATAGCATATTTTAATCAAAAATGTAAAAACAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
1 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAA-AATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * *
36979 AACCATTTAAAACAAGTAATAAAGCTTTCAAAGGCTTGTGTTACTATAAATGGACTTTTCTCTCC
65 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCC
* * * *
37044 CATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCTAGCGCAGACATTTAATTATAACATATTTTAATCAAAA
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAG-GCAGACATTCAATTACAACATATTTTAA-CAAAA
* * *
37109 ATTTTAAAAAATCCAACTTAAAA-CTAATTATGAGAATATAAAAATCATTTAAAGCGAGTAAGAA
193 ATTTAAAAAAATCCAACTTAAAATC-AATTATGAGAATAT-AAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
* * *
37173 AGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGTTGGCTTTCGCTTCATG
256 GGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
*
37238 TTTCCTGAGACAGACATTCA
321 TTTCCT-AGATAGACATTCA
* * * *
37258 ATTATAACATGTTTTAACCAAAAGTATAAAAATATCCAACTTAAAAAT-AATCATGAGAATATAA
1 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTT-AAAATCAATTATGAGAATATAA
* ** * * * *
37322 AACAATTTAAATGAAGTAATAAGGCTTTGAAAGGCTTTAATGACCATAAATGGACTTTTCTCTCT
65 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTC-
* **
37387 C-ATGGTTGGCTTTCT-CTTTGCATTTTCCAAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAACAAA
129 CAATGGATGGCTTT-TGCTTCACA-TTTCCAAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAAC-AA
* * * * * * * *
37450 AAATGTATAAATATCCAACTTAAAATGAATTATGGGAATATATAACTATTTAAAGCGAGTAATAT
191 AAATTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAA
** * * * * *
37515 GGCTTTC-AAAGCTTGAGCAACTATAAATAGACTTTCCTCTATGACGGATGGCTTTTGCTTCATG
256 GGCTTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATG
37579 TTTCTCTAGATAGACATTCA
321 TTTC-CTAGATAGACATTCA
*
37599 ATTATAACATATTTTAACCAAAAATGA-AAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
1 ATTATAACATATTTTAACCAAAAAT-ATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAA
* * * * **
37663 AACCATTTAAGACGAGTAATAAGGCTTTCAAAGACTTGAGTGACTATAAATGAACTTTTCTCTAT
65 AACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCC
* ** * * * * **
37728 AATGGATGGCTTTTGCTTCACGTTTTGAAAGGCAGCCATTGAATTATAGCATATTTTAACCAAGG
130 AATGGATGGCTTTTGCTTCAC-ATTTCCAAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAA-CAAAA
* *
37793 ATGTAAAAAAATCTAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
193 ATTTAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGC
37847 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 785, Mismatches: 129, Indels: 38
0.82 0.14 0.04
Matches are distributed among these distances:
340 6 0.01
341 288 0.37
342 98 0.12
343 258 0.33
344 135 0.17
ACGTcount: A:0.40, C:0.15, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (339 bp):
ATTATAACATATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAA
ACCATTTAAAACAAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCCA
ATGGATGGCTTTTGCTTCACATTTCCAAGGCAGACATTCAATTACAACATATTTTAACAAAAATT
TAAAAAAATCCAACTTAAAATCAATTATGAGAATATAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTT
TCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGACTTTTCTCTCTAATGGATGGCTTTTGCTTCATGTTTCC
TAGATAGACATTCA
Found at i:38461 original size:170 final size:170
Alignment explanation
Indices: 37950--38530 Score: 636
Period size: 171 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
37940 NNNNNNNCAT
* * * * *
37950 TTTCCAAGACAGACATTCAATTATAACATAA-TTTAACCATAAATATAAAAAAATCTAACTTAAA
1 TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATA-AATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAA
* * *
38014 ATCAATTATGAGAATATAAAACTATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGTGTGACTA
65 ATCAATTATGAGGATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTA
* * *
38079 TAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGCCATTTGCTTCATA
130 TAAATGGACTTTTCTCTCCT-ATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * * * ** * *
38120 GTTCCTGAGGCGAATATTCAATTATAACATATTTTAGTCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTTAA
1 TTTCC-AAGGCAAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAA
* * * *
38185 ATCAATTATGA-GAGTACAAAACTATTTAAGGT-GAGTAATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAGTGAA
65 ATCAATTATGAGGA-TATAAAACTATTTAA-ATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGAC
* * * *
38248 TATAAATAGA-TGTTTCGCTCCAATCGATGGCTTTTGCTTCACA
128 TATAAATGGACT-TTTCTCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * * * *
38291 TTTCTCAAGGCAAAGATTCTATGATGATAAATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCCAACTTCAA
1 TTTC-CAAGGCAAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAA
* **
38356 ATCAATTAAGAGGATATAAAAC-ATTTAAATCGAGTAATAAGATTTTTAAAGGCTTGAGTGACTA
65 ATCAATTATGAGGATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTA
* *
38420 CAAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGGCTTTTGGTTCACA
130 TAAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACA
* * * *
38461 TTTCCCAAGGTAGACATTCAATTATAAT-ATTCTTTAACCATAAATATAAAAAAATCCAACTTAA
1 TTT-CCAAGGCAAACATTCAATTATAATAAAT-TTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAA
38525 AATCAA
64 AATCAA
38531 AGCCTAAGTA
Statistics
Matches: 337, Mismatches: 62, Indels: 24
0.80 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
169 3 0.01
170 130 0.39
171 200 0.59
172 4 0.01
ACGTcount: A:0.40, C:0.14, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (170 bp):
TTTCCAAGGCAAACATTCAATTATAATAAATTTTAACCAAAAATATAAAAAAATCCAACTTAAAA
TCAATTATGAGGATATAAAACTATTTAAATCGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGCTTGAGTGACTAT
AAATGGACTTTTCTCTCCTATGGATGGCTTTTGCTTCACA
Found at i:40891 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 40370--40946 Score: 785
Period size: 169 Copynumber: 3.4 Consensus size: 170
40360 TTTAACTGAC
* * * *
40370 AATAAGGATTTCAAAAGCTTGAGTGACTATAAATGGCTTTTCT-TGCCAATGGATGGCTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGCTTTTCTCTGCTAATGGATGGCTTTTGCT
* * * * * * *
40434 TTACGTTTCTCTAGATAAACAATCAATTATAACATATTTCACCCAAAAATGTAAAAAATTCTAAC
66 TCATGTTTC-CAAGATAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAAC
* *
40499 TTAAAATCAATTATTAGAATATAAAACCATTT-AAGCGAGT
130 TTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* * * *
40539 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGCATGACTAGAAATGGCTTTT-TTTGCTAATGCATGGCTTTTGCT
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGCTTTTCTCTGCTAATGGATGGCTTTTGCT
* * * *
40603 TCATGTTTCCTAAGATAAACATTCAATTATAACCTATTCTAACCATAAATGT-AAAAAATCTAAT
66 TCATGTTTCC-AAGATAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAAC
40667 TTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
130 TTAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
*
40708 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGATTTTGC
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGG-CTTTTCTCTGCTAATGGATGGCTTTTGC
40772 TTCATGTTTTCCAAGGA-AAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTA
65 TTCATG-TTTCCAA-GATAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTA
* *
40836 ACTTAAAA-CTAATTATCAGAATATAAAACCATTTAAAATGAGT
128 ACTTAAAATC-AATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
* *
40879 AATAAAGCTTTCAAAGGCTTGAGTGA-TGATAAATGGACTTTTCTCT-CTAATGGATGGCTTTTG
1 AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACT-ATAAATGG-CTTTTCTCTGCTAATGGATGGCTTTTG
40942 CTTCA
64 CTTCA
Statistics
Matches: 364, Mismatches: 34, Indels: 18
0.88 0.08 0.04
Matches are distributed among these distances:
168 43 0.12
169 137 0.38
170 64 0.18
171 120 0.33
ACGTcount: A:0.38, C:0.14, G:0.13, T:0.34
Consensus pattern (170 bp):
AATAAGGCTTTCAAAGGCTTGAATGACTATAAATGGCTTTTCTCTGCTAATGGATGGCTTTTGCT
TCATGTTTCCAAGATAAACATTCAATTATAACATATTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATCTAACT
TAAAATCAATTATAAGAATATAAAACCATTTAAAGTGAGT
Done.