Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398294.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1598.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 5762
ACGTcount: A:0.28, C:0.11, G:0.10, T:0.28
Warning! 1342 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:286 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 1--1475 Score: 1410
Period size: 170 Copynumber: 8.7 Consensus size: 170
* * * ***
1 TAAAGCGAGTAATAAGG-TTTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATGGACTTTTCTAATCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* *
65 AACTTTTT-TTCCACGTTTTTCAAGATAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAA-GCTA
66 GACTTTTTCTT-CACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TA
* *
128 AAAAAATCAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACTATT
129 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
** *
170 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATACGTGACTATAAATAGACTTTTTTTTGCCTATGAA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTTTTGCCAATGAA
* * **
235 TGGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGTCAAAAATGTA
65 TGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTA
* * *
299 AAACAATTTAACTTAAAATCAATTATAAGATTACAAAACCATT
129 AAA-AAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
342 TAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTAT-GTTG-CTATAAATAAACCCTTTTTTACCAATA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGA--ATGGGTGACTATAAATAGA-CTTTTTTTGCCAATG
* * * * * * * *
405 AATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATAATCAATTCTAATGTGTTTTAACCAAAAATAT
63 AATGACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGT
* * *
470 AAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACGATT
128 AAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
514 TAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* * ** * *
578 GAC-TTTTCTTTACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATGTAAA
66 GACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
* * *
641 AAAATTCAACTTAAACTGAATTATGGGATTATAAAACCATT
131 AAAATT-AACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * *
682 TAAAACGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAACGGGTGGCTATAAAT-GACTTTTTTTTTCTCAATGA
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGAC-TTTTTTTGC-CAATGA
* * * * * * *
746 ATGGCTTTTTCAGT-AC-TTTTTCAAGATAAAAATTCAATTAT-AGCTTGTTTCAACCAAAAATG
64 ATGACTTTTTC-TTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATG
* *
808 TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACTATT
127 TAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * *
852 TAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGTCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
** *
917 -A----------A--TTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-GCTAA
66 GACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-T-A
* *
968 AAAAAATAAACTTGAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
129 AAAAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * ** *
1010 TAAAACGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGCGTGATTATAAATGGACTTTTCTTATCTATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* * * **
1075 GGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATTAT-AGCTTGTTTTAGTCAAAAATGTAA
66 GACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAA
** * * *
1139 AAACGTTTAACTTAGAATCAATTATAAGATTACAAAACCATT
130 AAA-AATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * *
1181 TAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATACACTTTTTTTACCAATGAA-
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* * ** * ** *
1245 CAGCTTTTTCTTCATGTTTTTCAAGCCAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTT-AGTACAAATGTA
66 GA-CTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTA
* *
1308 AAAAAGTTTAACTTAAAATCAATTATGAGATTACAAAACCATT
129 AAAAA-ATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
* * * * * * * * * *
1351 TCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTTACTATAAATGGTCTTTTCTAGTCAATGAAT
1 TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
* * *
1416 GACTTGTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
66 GACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAAT
1476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1062, Mismatches: 198, Indels: 90
0.79 0.15 0.07
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.00
157 36 0.03
158 95 0.09
167 1 0.00
168 64 0.06
169 92 0.09
170 293 0.28
171 285 0.27
172 190 0.18
173 3 0.00
174 2 0.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.13, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (170 bp):
TAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGAATGGGTGACTATAAATAGACTTTTTTTGCCAATGAAT
GACTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAA
AAAATTAACTTAAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATT
Found at i:1074 original size:158 final size:157
Alignment explanation
Indices: 762--1063 Score: 394
Period size: 158 Copynumber: 1.9 Consensus size: 157
752 TTTTCAGTAC
* *
762 TTTTTCAAGATAAAAATTCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAA
1 TTTTTCAAGACAAAAATTCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATAAACTTAAAA
* * * *
827 TCAATTACGAGATTATAAAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTAT
66 TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTAT
892 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAA
131 AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAA
* * *
919 TTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTAT-TTT-AACCAAAAA-GCTAAAAAAAATAAACTT
1 TTTTTCAAGACAAAAATTCAATTAT-AGCT-TGTTTCAACCAAAAATG-T-AAAAAAATAAACTT
* * * * * * *
981 GAAATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGCGTGA
62 AAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAA
*
1046 TTATAAATGGACTTTTCT
127 CTATAAATGGACTTTTCT
1064 TATCTATGAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 17, Indels: 7
0.84 0.11 0.05
Matches are distributed among these distances:
156 1 0.01
157 32 0.26
158 90 0.73
159 1 0.01
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (157 bp):
TTTTTCAAGACAAAAATTCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATAAACTTAAAA
TCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAAACAAATAATAAGGCTTTTAAAGGAATGAGTAACTAT
AAATGGACTTTTCTAGTCAATGAATAA
Found at i:1097 original size:328 final size:325
Alignment explanation
Indices: 251--1475 Score: 1101
Period size: 341 Copynumber: 3.6 Consensus size: 325
241 TTTCTTCATG
* ** * *
251 TTTTTCAAGGTAGACATTCAATTATAA-CTTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAACAATTTAACTTAA
1 TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTT-A
* * * * * *
315 AATCAATTATAAGATTACAAAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGCCTTTTGAAGGAGTATGTTGCT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGA--ATGGTGCT
* * * * * * *
380 ATAAATAAACCCTTTTTTACCAATAAATGACTTTTTCTTCACGTTTCTCGAGGTAAATAA-TCAA
127 ATAAAT-GA--CTTTTTTATCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAA-AATTCAA
* * * *
444 TTCTA-ATGTGTTTTAACCAAAAATATAAAAAAACTCAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
188 TTATAGCT-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAA-TTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAA
* *
508 ACGATTTAAAGCGAGTAATAAGGC-TTTGAAGGCATGGGTGACTATAAATAGACTTTTCTAGTCA
251 ACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTAGTCA
*
572 ATGAATGACTTTTCT
316 ATGAATGA----T-A
* *
587 TTACATTTCCCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTT-ACTAAAAATGTAAAAAAATTCAAC
1 TT---TTT--CAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAAC
* * * *
651 TTAAACTGAATTATGGGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTGATAAGGCTTTTAAAGGAACGGGT
61 TTAAA-TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAA-TGGT
* * *
716 GGCTATAAATGACTTTTTTTTTCTCAATGAATGGCTTTTTCAGT-AC-TTTTTCAAGATAAAAAT
124 -GCTATAAATGAC-TTTTTTATCT--ATGAATGGCTTTTTC-TTCACGTTTTTCAAGGTAAAAAT
*
779 TCAATTATAGCTTGTTTCAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
184 TCAATTATAGCTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATA
* * * * *
844 AAACTATTTAAAGCAAATAATAAGGCTTTTGAAGGCATGAGTAACTATAAATGGACTTTTCTAGT
249 AAACCATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTAGT
909 CAATGAAT-A-A
314 CAATGAATGATA
* * *
919 TTTTTCAAGACAGACATTCAATTATAATCTATTTTAACCAAAAA-GCTAAAAAAAATAAACTTGA
1 TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATG-TAAAAAAATTAAACTT-A
* *
983 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATGAGGCTTTTAAAGGAATGCGTGATT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-GTG-CT
*
1048 ATAAATGGACTTTTCTTATCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAACATTCAATT
127 ATAAAT-GACTTTT-TTATCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAAAATTCAATT
** ** * ** *
1113 ATAGCTTGTTTTAGTCAAAAATGTAAAAACGTTTAACTTAGAATCAATTATAAGATTACAAAACC
190 ATAGCTTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAA-AATTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACC
* * * * * *
1178 ATTTAAAGCGAGTAATATGGCTTTTGAAGGAATGGGTTACTATAAATACACTTTTTTTA-CCAAT
254 ATTTAAAGCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGAC-TTTTCTAGTCAAT
* *
1242 GAACAGCTTTTTCTTCATG
318 G-A-A---------TGATA
* * ** * * *
1261 TTTTTCAAGCCAGACATTCAATTAT-AGCTTGTTTT-AGTACAAATGTAAAAAAGTTTAACTTAA
1 TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATC-TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTT-A
* * * ** * *
1324 AATCAATTATGAGATTACAAAACCATTTCAAGCGAGTAATAAGGCTTTCGAAGGCATGTGTTACT
64 AATCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATG-G-TGCT
* * * * * * * * *
1389 ATAAATGGTCTTTTCTAGTCAATGAATGACTTGTTCTTCATGTTTTTTAAGGTAGACATTCAATT
127 ATAAAT-GACTTTTTTA-TCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAAAATTCAATT
*
1454 ATA-ATCTGTTTTAACCAAAAAT
190 ATAGCT-TGTTTTAACCAAAAAT
1476 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 739, Mismatches: 105, Indels: 85
0.80 0.11 0.09
Matches are distributed among these distances:
326 1 0.00
327 48 0.06
328 131 0.18
329 90 0.12
330 7 0.01
331 1 0.00
332 2 0.00
336 2 0.00
337 1 0.00
338 61 0.08
339 94 0.13
340 95 0.13
341 174 0.24
342 32 0.04
ACGTcount: A:0.39, C:0.13, G:0.13, T:0.35
Consensus pattern (325 bp):
TTTTTCAAGGCAGACATTCAATTATAATCTGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAAACTTAAA
TCAATTATGAGATTATAAAACCATTTAAAACGAGTAATAAGGCTTTTAAAGGAATGGTGCTATAA
ATGACTTTTTTATCTATGAATGGCTTTTTCTTCACGTTTTTCAAGGTAAAAATTCAATTATAGCT
TGTTTTAACCAAAAATGTAAAAAAATTAACTTAAAATCAATTACGAGATTATAAAACCATTTAAA
GCGAGTAATAAGGCTTTTGAAGGCATGGGTAACTATAAATAGACTTTTCTAGTCAATGAATGATA
Found at i:3312 original size:171 final size:170
Alignment explanation
Indices: 2741--4297 Score: 1023
Period size: 171 Copynumber: 9.1 Consensus size: 170
2731 AGAAAAGTCT
* * * *
2741 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * * * * *
2806 ATTTTTTTTTACATATTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAACCATGAAG
66 AAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGT-AAA
* * * * * **
2870 AACAAGCCATCCATTGACTACAAAAG-CC-CTTATAGTAACAT
128 AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * ** *
2911 ATGCATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTGGAACCTCATAATTGATTTTAAGTT-
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * * *
2975 AAACTTTTTTACATTTTT-TACGAAAATAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAG
66 AAATTTTTTTACATTTTTGT--TAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAAA
** * * * ** * *
3039 AAAAGCTGTTCATTGGCAAAAAAAGTGTATTTATAGTAACCA
129 AAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
**
3081 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * *
3145 ACACTTTTTTACATTTTTTTCTAAAACAAGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGAAAA
66 AAATTTTTTTACATTTTTGT-TAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGT-AAAA
* * * **
3210 AAAAGCCATTCATAG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCGT
129 AAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * *
3252 ATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ** *
3317 -ACTTTTTTTAGC-TTTTTGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTAAA
66 AAATTTTTTTA-CATTTTT-GTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAA
*** *
3379 AAAAAATTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
128 AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * *
3422 ATGCCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * * * ** *
3487 ATTTTTTTTATATATTTTTAGTTGAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCCCAAAAAACGTAATG
66 AAATTTTTT-TACATTTTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAA-A
** * *
3552 AAAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAAGT-CATTTACAGCCACCC
128 AAAAAGCCATTCATTGACTAG-AAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * *
3595 ATTCCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTCATTTTAAGTT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTC-ATAATTGATTTTAAGTT
* * ***
3659 -AAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATA-TTATAATTGAATGTCTACCATGGGAAACGTAAA
65 GAAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACA-AGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAA
* * * *
3722 GAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCC
128 -AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * * * *
3766 ATGCCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTAATAATCTCGTAATTTATTTTAGGTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * ********** * * ** * * * *
3830 -AGTTTTTTTATATTTTTAGTNNNNNNNNNNTAGAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACATGCAGA
66 AAATTTTTTTACATTTTT-GTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGT-AAAA
* * * * * *
3894 AAAAGTCATTTATTGA-TAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACCT
129 AAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * * ********** * **
3936 ATTCCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTATAAATAGTTTNNNNNNNNNNTAGTTGATTTTATTTTG
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
* * * * * ** * * *
4001 -AATTTTTTTACATGCTTGGCTAAAACAAGCTTTAATTAAATGTCTGTCTTGAAAAACATTAAGA
66 AAATTTTTTTACAT-TTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAAC-GTAAAA
* * * * ** **
4065 AGAAGACATTCATAG-GTAAGAAAAGTATATTTATAACCACCC
129 AAAAGCCATTCATTGACT-AGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
* * ** * ********
4107 ATTCCTTGAAAAGCTTTATTACTCATTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCA-TNNNNNNNN
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
** * * * *
4171 NNATTTTTTTACATTTTCGGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACATGAAG
66 AAATTTTTTTACATTTT-TGTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGT-AAA
* ** *
4235 AACAAGCTGTTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCC
128 AAAAAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
*
4278 ATGCCTTCAAAAGCCTTATT
1 ATTCCTTCAAAAGCCTTATT
4298 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 1069, Mismatches: 281, Indels: 73
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 22 0.02
169 42 0.04
170 407 0.38
171 454 0.42
172 53 0.05
173 84 0.08
174 6 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (170 bp):
ATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTG
AAATTTTTTTACATTTTTGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTAAAAAACGTAAAAAA
AAGCCATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCC
Found at i:3668 original size:343 final size:341
Alignment explanation
Indices: 2744--3846 Score: 1124
Period size: 343 Copynumber: 3.2 Consensus size: 341
2734 AAAGTCTATT
* * * * *
2744 CCTTCAAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
* * * * *
2809 TTTTTT-TACATATTTAGTTAAAAC-AGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAACCATGAAGAA
66 TTTTTTATA-TTTTTTAGTTAAAACAAG-CTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAA
* * ** * ** * * * **
2872 CAAGCCATCCATTGACTACAAAAG-CCCTTATAGTAACATATGCATTCGGAAGCCTTATTACTCG
129 AAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCG
** * *
2936 CTTTAAATGATTTTGGAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTAAACTTTTTTACATTTTTTACG--A
194 CTTTAAATGATTTTATAATCCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACA-TTTTTA-GTTA
* * * * * * * * * *
2998 AAATAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAA-AAACATGAAGAAAAGCTGTTCATTGGCAAAAAA
257 AAACAA-TTATAATTGAATGTCTACCTT-AAGAAACGTAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAA
* *
3062 AGTGTATTTATAGT-AACCAATT
320 AGTCTATTTATAGTCAACC-ATG
** *
3084 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ACA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-T
* * * * * *
3148 CTTTTTTACATTTTTT--TCTAAAACAAGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGAAAAA
65 TTTTTTTATATTTTTTAGT-TAAAACAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAA
* ** * * *
3211 AAAGCCATTCATAGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCGTATTCCTTCAAAAGCTTTATTACTC
129 AAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAGT-CATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTC
* * * *
3276 GCTTTAAATGATTTTATAAT-GTCATAATTAATTTTAAGTTGACTTTTTTTAGC-TTTTTGGTTA
193 GCTTTAAATGATTTTATAATCCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTA-CATTTTTAGTTA
** *
3339 AAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTAAAAAAAAATTATTCATTGACTAGAAAA
257 AAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAAA
* *
3404 GTCCATTTATAGTCATCCATG
321 GTCTATTTATAGTCAACCATG
* * *
3425 CCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTT-ATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGAT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGAT
* * **
3489 TTTTTTTATATATTTTTAGTTGAAACAAGCTATAATTGAATTTTTACCCCAAAAAACGT-AATGA
65 TTTTTTTATAT-TTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAA-GA
* * ** *
3553 AAAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAAGTCATTTACAGCCACCCATTCCTTCAAAAGCCTTATCACT
128 AAAAGCCATTCATTGAAAAG-AAAAGTCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACT
* * *
3618 CGTTTTAAATGGTTTTATAATCCT-ATAATTCATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
192 CGCTTTAAATGATTTTATAATCCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTA
* ** * *
3682 AAACATATTATAATTGAATGTCTACCATGGGAAACGTAAAGAAAAAGTCATTTATTGACTAGAAA
257 AAACA-ATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAA-AAAAAGTTATTCATTGACTAGAAA
* *
3747 AGTCTATTTATAGCCACCCATG
320 AGTCTATTTATAGTCAACCATG
* * * * *
3769 CCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTAATAATCTCGTAATTTATTTTAGGTTGAGT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
3833 TTTTTTATATTTTT
66 TTTTTTATATTTTT
3847 AGTNNNNNNN
Statistics
Matches: 629, Mismatches: 110, Indels: 46
0.80 0.14 0.06
Matches are distributed among these distances:
338 1 0.00
339 54 0.09
340 74 0.12
341 196 0.31
342 24 0.04
343 227 0.36
344 53 0.08
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (341 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAATAATCTCATAATTGATTTTAAGTTGATT
TTTTTTATATTTTTTAGTTAAAACAAGCTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAAACGTGAAGAAAA
AGCCATTCATTGAAAAGAAAAGTCATTTATAGTCACATATTCCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCT
TTAAATGATTTTATAATCCTCATAATTAATTTTAAGTTAAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAAC
AATTATAATTGAATGTCTACCTTAAGAAACGTAAAAAAAAGTTATTCATTGACTAGAAAAGTCTA
TTTATAGTCAACCATG
Found at i:3876 original size:170 final size:169
Alignment explanation
Indices: 2744--3973 Score: 748
Period size: 170 Copynumber: 7.2 Consensus size: 169
2734 AAAGTCTATT
* * * * *
2744 CCTTCAAAAGCTTTATTACTTGTTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTCATTTTAAGTTGATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGA-A
* * * * * * *** * * *
2809 TTTTTTTACATATTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTAAAAACCATGAAGAACA
64 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACCTGGGAAA-CGTAAAGAAAA
* * * ** ** **
2874 AGCCATCCATTGACTACAAAAG-C-CCTTATAGTAACATATG
128 AGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* ** * * * * *
2914 CATTCGGAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGATTT-TGGAACCTCATAATTGATTTTAAGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTAT--AATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAA
* * * * * ** * *
2978 CTTTTTTACATTTTTTACG--AAAATAAGCTATAATTGAATGTCTACCTTGAAAAACATGAAG-A
64 TTTTTTTATA-TTTTTA-GTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACC-TGGGAAACGTAAAGAA
* * * * * ** * *
3040 AAAG-CTGTTCATTGGCAAAAAAAGTGTATTTATAGTAACCAATT
126 AAAGTC-ATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * *
3084 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTCGTAATCTCATAATTGATTTTAAGTT-ACA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGA-A
* * * * * * * ***
3148 CTTTTTTACATTTTT-TTCTAAAACAAGCTATAATTAAATGTCTGCCTTAAAAAACGTGAAA-AA
64 TTTTTTTATATTTTTAGT-TAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACC-TGGGAAACGT-AAAGAA
* * * * * * ** *
3211 AAAGCCATTCATAG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGTCGCGTATT
126 AAAGTCATTCATTGACT-AGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * * * * *
3255 CCTTCAAAAGCTTTATTACTCGCTTTAAATGATTTTATAATGTCATAATTAATTTTAAGTTGACT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATG-GTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAAT
** * * * * * * **
3320 TTTTTTAGCTTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTCTGTCTTAAGAAACGTAAA-AAAAA
65 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCT-ACCTGGGAAACGTAAAGAAAAA
* * * * *
3384 ATTATTCATTGACTAGAAAAGTCCATTTATAGTCATCCATG
129 GTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * * *
3425 CCTTCAAAAGGCTTATTACTTGCTTTAAATGGCTTTATAATCTCGTAATTGATTTTAAGTTGATT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGA-A
* * * **** *
3490 TTTTTTATATATTTTTAGTTGAAACAAGCTATAATTGAATT-TTTACCCCAAAAAACGTAATGAA
64 TTTTTT-TATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTG-ATTGTCTA-CCTGGGAAACGTAAAGAA
* ** * *
3554 AAAGCCATTCATTGAAAAGAAAAAGTC-ATTTACAGCCACCCATT
126 AAAGTCATTCATTGACTAG-AAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * * *
3598 CCTTCAAAAGCCTTATCACTCGTTTTAAATGGTTTTATAATC-CTATAATTCATTTTAAGTTAAA
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGG-TTTATAATCTC-GTAATTCATTTTAAGTTGAA
* * * *
3662 TTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGTCTACCATGGGAAACGTAAAGAAAA
64 TTTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACC-TGGGAAACGTAAAGAAAA
*
3727 AGTCATTTATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
128 AGTCATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * * *
3769 CCTTC-AAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATCGTTTAATAATCTCGTAATTTATTTTAGGTTGAGT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT-ATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAAT
********** * * **
3833 TTTTTTATATTTTTAGTNNNNNNNNNNTAGAATTGATTGTCTACCTGGAGAAACATGCAGAAAAA
65 TTTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACCTGG-GAAACGTAAAGAAAAA
* * ** * *
3898 GTCATTTATTGA-TAAAAAAAGTCTATTTATAGTAACCTATT
129 GTCATTCATTGACT-AGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
* * *
3939 CCTTCAAAAGCATTATTACTCGCTATAAATAGTTT
1 CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
3974 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 850, Mismatches: 171, Indels: 77
0.77 0.16 0.07
Matches are distributed among these distances:
167 1 0.00
168 18 0.02
169 54 0.06
170 399 0.47
171 236 0.28
172 51 0.06
173 84 0.10
174 7 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.12, T:0.38
Consensus pattern (169 bp):
CCTTCAAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTATAATCTCGTAATTCATTTTAAGTTGAATT
TTTTTATATTTTTAGTTAAAACAAACTATAATTGATTGTCTACCTGGGAAACGTAAAGAAAAAGT
CATTCATTGACTAGAAAAGTCTATTTATAGCCACCCATG
Done.