Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: NW_018398295.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_1599.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 15169
ACGTcount: A:0.26, C:0.11, G:0.09, T:0.28
Warning! 3969 characters in sequence are not A, C, G, or T
Found at i:1489 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 1020--2453 Score: 890
Period size: 171 Copynumber: 8.4 Consensus size: 171
1010 NNNNNNNNNN
* * * ** *
1020 ATGTTTACCTTGAGAAACATGAAGAAAAAGC-CATTCATTGGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
** * * * * *
1084 -CCATTCCTTCAAAAGCTTTACTACTCCCTTTAAAT-AGTTTTGCA-ATCC-CATAATTGATTTT
65 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGA-TTTT--ATAGCCTCATAATTGATTTT
* * *
1145 AAGTTGAATGGTTTTTACATTTTT-GGTCAAAACAGATTATAATTGA
127 AAGTTGAAT-TTTTTTACATTTTTAGCT-AAAACAGTTTATAATTGA
* * * * **********
1191 ATGCTTGTCATT-AGAAACATGAAGAAAAAC-ACATTCATTGCCNNNNNNNNNNCATTTATAGTC
1 ATGTTTG-CCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTA-ATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTC
* * * * * **********
1254 ACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTAGTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACNNNNNNNNNNATTTTAA
64 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAA
* * * *
1319 GTTGAATTTTTTTACATTATTGGCTAAAATAGTTTGTAATTGA
129 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * *
1362 ATGTTTGGCTTGATAAACGTGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
********** * * *
1427 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATT
66 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGT
* * * * *
1492 TGTATTTTCTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGA
131 TGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * ** ** * *
1533 ATGTTTGCCTT-AGAAAACAT-AAAAAAAAGCT-ATTTATTGGTACTAAAAGTCCAATTATAGTG
1 ATGTTTGCCTTGAG-AAACATGAAGAAAAA-CTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTC
* * * * **********
1595 ACCCAATCCTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNNNNNNNNNCTCATAATTGATTTTAA
64 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAA
* * *
1660 GTTGAATATTTTTACATTCTTT-GCTAAAACAGTTTGTAATTTA
129 GTTGAATTTTTTTACATT-TTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * * * * * * *
1703 ATGTTTGGCTCGAGAAACGTAAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTACAGTCAC
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
* * * * *
1768 CCAAGCCTTCGAAAGCCTTATT-ATTTGTATCAAATGTTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAG
66 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCT-TTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAG
* * ** * *
1832 TTGAATTTTTTTATAGTTTTAATTAAAAGAGATTAT-ATTGA
130 TTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * * * ********** *
1873 ATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCAT
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
* * * *
1938 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAACGATTTTATAGCCTTAAAATTGATTTTAAGT
66 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGT
* * *
2003 TTAATTTTTTTACGTTTTTACCTAAAACAGTTTATAATTGA
131 TGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * *
2044 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACCAATTCT-TTGGCAA-AAAAAGCCCAATTATTGTC
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATT-TATTGGCAAGAAAAA-CCCATTTATAGTC
* * * * * *
2107 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAACGGTTATATAACCTCATAATTGATTTTAA
64 ACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAA
* * ** * ** *
2172 GTTTAATTTTCTTATGTTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTGA
129 GTTGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* * * * * * * * ** * ** * * *
2215 ATGTTAGTCTTGTGAAACATTAAAAAAAAGTCATTCATTGATACGAAAAGTCCAATTATAATTAC
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
* * * * *
2280 CCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATCG-TTTTATAACCTCAGAATTGATTTTAAG
66 CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAAT-GATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAG
* * * * *
2344 TTGTATTTTCTCACATTTTTCAG-TAAAACCGGTTATAATTGA
130 TTGAATTTTTTTACATTTTT-AGCTAAAACAGTTTATAATTGA
* ** * * * ** *
2386 ATGTCTGCCTCAAGAAAGATGAAGAAAAAGC-CATTTATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA
1 ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAA-CTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCA
2450 CCCA
65 CCCA
2454 TTCCNNNNNN
Statistics
Matches: 954, Mismatches: 283, Indels: 52
0.74 0.22 0.04
Matches are distributed among these distances:
170 260 0.27
171 634 0.66
172 60 0.06
ACGTcount: A:0.34, C:0.15, G:0.12, T:0.36
Consensus pattern (171 bp):
ATGTTTGCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCAC
CCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAATCTCTTTAAATGATTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGT
TGAATTTTTTTACATTTTTAGCTAAAACAGTTTATAATTGA
Found at i:1688 original size:341 final size:339
Alignment explanation
Indices: 1312--2453 Score: 1082
Period size: 341 Copynumber: 3.3 Consensus size: 339
1302 NNNNNNNNNN
* * *
1312 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTATTGGCTAAAATAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGATA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGCTAAAACAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGA
1377 AACGTGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
65 AACGTGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
********* * *
1442 CCTTANNNNNNNNNNTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGTATTTTCTTACAT
130 CCTTA-TAATCTGTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTCTTATAT
* * * *
1507 TTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTAGAAAACATAAAAAAAAGCT-ATTTATT
194 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTT-GGAAACATAAAAAAAAGCTCATTCATT
* * * * ***
1571 GGTACTAAAAGTCCAATTATAGTGACCCAATCCTTCAACAGCCTTATTACTCACTTTAAATGNNN
258 GGTACGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATT
******* *
1636 NNNNNNNCTCATAATTG
323 TTATAGCCTCAAAATTG
* * *
1653 ATTTTAAGTTGAATATTTTTACATTCTTTGCTAAAACAGTTTGTAATTTAATGTTTGGCTCGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATT-TTTGCTAAAACAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGA
* * * * * *
1718 AACGTAAAGAAAAACTAATTCATTGGCAAGAAAAGCTCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG
65 AACGTGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
1783 CCTTATTATTTGTATCAAATGTTTTTATAGCCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTATAG
130 CCTTATAATCTGTAT-AAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTCTTATAT
* * *
1848 TTTTAATTAAAAGAGATTAT-ATTGAATGTTTGTCTTGGGAAACATGAAGAAAAA-CTCATTCAT
194 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTT-GGAAACAT-AAAAAAAAGCTCATTCAT
********** * * * * *
1911 TGGNNNNNNNNNNCCATTTATAGTCATCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCTCTTTAAACGAT
257 TGGTACGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGAT
*
1976 TTTATAGCCTTAAAATTG
322 TTTATAGCCTCAAAATTG
* * * * *
1994 ATTTTAAGTTTAATTTTTTTACGTTTTTACCTAAAACAGTTTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTT-GCTAAAACAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGA
* * * *
2059 AACATGAAGAAAAACCAATTCT-TTGGCAA-AAAAAGCCCAATTATTGTCACCCAAGCCTTCAAA
65 AACGTGAAGAAAAACTAATT-TATTGGCAAGAAAAA-CCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAA
* * * * *
2122 AGCCTTATTACTCTTTTTAAACGGTTATATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTT-AATTTTCTTA
128 AGCCTTA-TAATCTGTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTTGAATTTTCTTA
* ** *
2186 TGTTTTTAGTTAAAATGGATTATAATTGAATGTTAGTCTTGTGAAACATTAAAAAAAAG-TCATT
191 TATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTG-GAAACA-TAAAAAAAAGCTCATT
* * *
2250 CATTGATACGAAAAGTCCAATTATAATTACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT
254 CATTGGTACGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAAT
* *
2315 CG-TTTTATAACCTCAGAATTG
319 -GATTTTATAGCCTCAAAATTG
* * * * * * * * **
2336 ATTTTAAGTTGTATTTTCTCACATTTTT-CAGTAAAACCGGTTATAATTGAATGTCTGCCTCAAG
1 ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGC--TAAAACAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAG
* * ** *
2400 AAA-GATGAAGAAAAAGC-CATTTATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCA
64 AAACG-TGAAGAAAAA-CTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCA
2454 TTCCNNNNNN
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 140, Indels: 37
0.78 0.17 0.05
Matches are distributed among these distances:
340 33 0.05
341 410 0.64
342 192 0.30
343 7 0.01
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.12, T:0.37
Consensus pattern (339 bp):
ATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGCTAAAACAGTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGAA
ACGTGAAGAAAAACTAATTTATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGC
CTTATAATCTGTATAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAATTTGAATTTTCTTATATTT
TTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGTCTTGGAAACATAAAAAAAAGCTCATTCATTGGT
ACGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCAATCCTTCAAAAGCCTTATTAGTCACTTTAAATGATTTTA
TAGCCTCAAAATTG
Found at i:3104 original size:171 final size:171
Alignment explanation
Indices: 2809--3133 Score: 445
Period size: 171 Copynumber: 1.9 Consensus size: 171
2799 NNNNNNNNNN
* * * *
2809 AAAGTCCATTTATAGTCACCTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTTAAACGGTTTTATAAC
1 AAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAACGGTTTTATAAC
* * * ** *
2874 CTCATAATCGATTTTAAGTTGAATTTTCTTATGTTTTTGGTTAAAACATATTATAATTGAATGTT
66 CTCAAAATCGATTTTAAATTCAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
* * *
2939 TTCCTTTAGAAACATGATGAAAAATGCATTCATTGGGAAAA
131 TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGGAAAA
* * * *
2980 AAAGCCCATTTAAAGTCTCCTAAGCCTTTAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAATGGTTTTATAAT
1 AAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAACGGTTTTATAAC
* * *
3045 CTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTGTT-TTACATTTTTGGTTAAAGCAGATTGTAATTGAATGT
66 CTCAAAATCGATTTTAAATTCAATT-TTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT
*
3109 TTGGCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
130 TTGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAA
3134 CCAATTCATT
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 21, Indels: 2
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
171 130 0.98
172 2 0.02
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.38
Consensus pattern (171 bp):
AAAGCCCATTTAAAGTCACCTAAGCCTTCAAAAGCCTTATTGCTCTCTTCAAACGGTTTTATAAC
CTCAAAATCGATTTTAAATTCAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTT
TGCCTTAAGAAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGGAAAA
Found at i:5591 original size:170 final size:168
Alignment explanation
Indices: 5234--6269 Score: 950
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 168
5224 NNNNNNNNNN
* * * * **
5234 TATAGTCACCAAAGCCTTCGAAAGCCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATATCATAATTG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
* * * * **
5299 TTTTTAAGATGAATTTTTTACA-TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCTTGAGAA
66 ATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-GAA
* *
5363 ACATGAAAAAAAACTCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
130 ACATGAAGAAAAA-GCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
** * *
5403 TATAGTCACCTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAACGATTTTATAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
** * * *
5468 ATTTTAGGTTGAATTTTCTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTTTGCCTTGGGA
66 ATTTTAGGTTGAATTTT-TTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAA
5533 ACATGAAGAAAAATGCATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATT
130 ACATGAAGAAAAA-GCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATT
* * *
5573 TATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
* * * * * *
5638 ATTTT-GAATTCAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGA-AAATTGTAATTGAATGTTTGGCTTGA
66 ATTTTAG-GTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAA-ACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTG-
** * *
5701 GAAACGCGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATT
127 GAAACATGAAGAAAAAGC-ATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * * * *
5744 TATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAACCCCAAAATTG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
*
5809 ATTTTA---T--A-TTTTT--A------GTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGAA
66 ATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TTGCCTTGG-A
* * *
5859 AACATGAAGAAAAAGTATTCATTGGTAAGAAAAGTCCATT
129 AACATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
* * ** * * * * * *
5899 TATAGTTACTCATTCCCTCAAAA-TCTTATTACTCACTTTAAAT-AGTTTTGTAATCTAATAATT
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGA-TTTTATAACCTCATAATT
* * *
5962 GATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGCCATAGG
65 GATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TTGG
** * * * * *
6027 AAATGTGAAGACAAAGCCATTCATTGACAAGTAAAGTCCATC
128 AAACATGAAGAAAAAG-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
** * * * * *
6069 TGCAGTCACCCACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTG
1 TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
* * * * **
6134 ATTTTAGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTTAAACAGATTATAATTGATTGTCTATCTT-GAA
66 ATTTTAGGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAA
* * * *
6198 AAATGTGAAGAAAAACCAATTCATTTTG-AAGAAAAGCCTATT
130 ACA--TGAAGAAAAAGC-ATTCA-TTGGCAAGAAAAGCCCATT
* *
6240 CATAGTCACCCATG-CTATCAAAAGCCTTAT
1 TATAGTCACCCAAGCCT-TCAAAAGCCTTAT
6270 NNNNNNNNNN
Statistics
Matches: 701, Mismatches: 126, Indels: 78
0.77 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
153 1 0.00
154 36 0.05
155 39 0.06
156 38 0.05
157 3 0.00
159 1 0.00
161 5 0.01
162 1 0.00
163 1 0.00
164 5 0.01
166 1 0.00
168 3 0.00
169 113 0.16
170 187 0.27
171 265 0.38
172 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
Consensus pattern (168 bp):
TATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGATTTTATAACCTCATAATTG
ATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGGAAA
CATGAAGAAAAAGCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATT
Found at i:6102 original size:325 final size:326
Alignment explanation
Indices: 5486--6139 Score: 779
Period size: 325 Copynumber: 2.0 Consensus size: 326
5476 TTGAATTTTC
* * * *
5486 TTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTTAAATGTTTGCCTTGGGAACATGAAGAAAAATGCAT
1 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAATGCAT
* *
5551 TCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAA
66 TCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
* * *
5616 TGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTGAATTCAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGAAAATTG
131 TAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTGAATTCAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAGAAAATTA
* * * * *
5681 TAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACGCGAAGAAAAACCAATTCATTGGCAAGGAAAGCCCATTTA
196 AAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACGCGAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGGAAAGCCCATCTA
* ** *
5746 TAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTTTCTTTAAATGATTTTATAACCCCAAAATTGAT
261 CAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGATTTTACAACCCCAAAATTGAT
5811 T
326 T
* * *
5812 TTATATTTTTAGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTGGAAAACATGAAGAAAAA-GT
1 TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGT-TTGCCTTGG-AAACATGAAGAAAAATGC
* * ** *
5875 ATTCATTG-GTAAGAAAAGTCCATTTATAGT-TACTCATTCCCTCAAAA-TCTTATTACTCACTT
64 ATTCATTGAG-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCT-CCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTT
* * * *
5937 TAAATAGTTTTGTAATCT-AATAATTGATTTT-AAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAA-A
127 TAAATAGTTTTATAACCTCAA-AATTGATTTTGAA-TTCAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAGA
* * * * *
5999 CAGATTAAAATTGAATGTTTGCCATAG-GAAATGTGAAGACAAAGCC-ATTCATTGACAAGTAAA
190 -AAATTAAAATTGAATGTTTGCC-TAGAGAAACGCGAAGA-AAAACCAATTCATTGACAAGGAAA
* * * * * *
6062 GTCCATCTGCAGTCACCCACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTC
252 GCCCATCTACAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGATTTTACAACCCC
*
6127 ATAATTGATT
317 AAAATTGATT
6137 TTA
1 TTA
6140 GGTTGAATGT
Statistics
Matches: 277, Mismatches: 42, Indels: 19
0.82 0.12 0.06
Matches are distributed among these distances:
324 5 0.02
325 173 0.62
326 83 0.30
327 16 0.06
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.13, T:0.36
Consensus pattern (326 bp):
TTATATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTAAATGTTTGCCTTGGAAACATGAAGAAAAATGCAT
TCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA
TAGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTGAATTCAATATTTTTACATTTTTGGTTAAAGAAAATTA
AAATTGAATGTTTGCCTAGAGAAACGCGAAGAAAAACCAATTCATTGACAAGGAAAGCCCATCTA
CAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTACTCACTTTAAATGATTTTACAACCCCAAAATTGAT
T
Found at i:6183 original size:496 final size:497
Alignment explanation
Indices: 5321--6251 Score: 1182
Period size: 496 Copynumber: 1.9 Consensus size: 497
5311 ATTTTTTACA
5321 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTCATTCATT
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTCATTCATT
* * ** *
5386 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTGAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTTTTTAAACGATT
66 GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTCAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATT
* * ** * *
5451 TTATAACCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTCTTATGTTTTTGGTTAAAACAGATTATAGTT
131 TTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATT
* * * * * *
5516 AAATGTTTGCCTTGGGAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGAGAAGAAAAGCCCATTTATAGTCT
196 AAATGTTTGCCATAGGAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATCTACAGTCA
* *
5581 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTGAA
261 CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAATTGATTTTGAA
* * * *
5646 TTCAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGAAAATTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGAAACGCGAA
326 TTCAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGAAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAAAAACGCGAA
* *
5711 GAAAAACCAATTCA-TTGGCAAGGAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATT
391 GAAAAACCAATTCATTTGG-AAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATT
5775 ACTTTCTTTAAATGATTTTATAACCCCAAAATTGATTTTATAT
455 ACTTTCTTTAAATGATTTTATAACCCCAAAATTGATTTTATAT
* ** * *
5818 TTTTAGTTAAAGCAGATTATAATTGAATGTCTT-CCTTG-GAAAACATGAAGAAAAAGT-ATTCA
1 TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACAT-TTGCCTTGAG-AAACATGAAAAAAAACTCATTCA
* * * * *
5880 TTGGTAAGAAAAGTCCATTTATAGTTA-CTCATTCCCTCAAAA-TCTTATTACTCACTTTAAATA
64 TTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTCA-GCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAA-A
* * *
5943 G-TTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAA
127 GATTTTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAA
* * * *
6007 AATTGAATGTTTGCCATAGGAA-ATGTGAAGACAAA-GCCATTCATTGACAAGTAAAGTCCATCT
192 AATTAAATGTTTGCCATAGGAACA--TGAAGAAAAATG-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATCT
* * * *
6070 GCAGTCACCCACGCCTTCCAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCATAATTGA
254 ACAGTCACCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAATTGA
* * * * * * *
6135 TTTT-AGGTTGAATGTTTTTACATTTTTTGTTTAAA-CAGATTATAATTGATTGTCTATCTTGAA
319 TTTTGA-ATTCAATATTTTTACATTTTTTG-TTAAAGAAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAA
* * * *
6198 AAATGTGAAGAAAAACCAATTCATTTTGAAGAAAAGCCTATTCATAGTCACCCA
382 AAACGCGAAGAAAAACCAATTCATTTGGAAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCCA
6252 TGCTATCAAA
Statistics
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494 1 0.00
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497 55 0.15
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TTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAACATTTGCCTTGAGAAACATGAAAAAAAACTCATTCATT
GGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTCAGCCCTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAAAGATT
TTATAACCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTTACATTTTTGGTTAAAACAGATTAAAATT
AAATGTTTGCCATAGGAACATGAAGAAAAATGCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATCTACAGTCA
CCCAAGCCTTCAAAAGCCTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTACAACCTCAAAATTGATTTTGAA
TTCAATATTTTTACATTTTTTGTTAAAGAAAATTATAATTGAATGTCTAGCTTGAAAAACGCGAA
GAAAAACCAATTCATTTGGAAGAAAAGCCCATTCATAGTCACCCAAGCCTTCCAAAGCCATATTA
CTTTCTTTAAATGATTTTATAACCCCAAAATTGATTTTATAT
Found at i:6229 original size:21 final size:21
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6193 TTGAAAAATG
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* *
6224 TGAAGAAAAGCCTATTCAT
1 TGAAGAAAAACCAATTCAT
6243 AGTCACCCAT
Statistics
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TGAAGAAAAACCAATTCATTT
Found at i:7109 original size:18 final size:18
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7072 AAACATAAAT
*
7082 AAAAAGTCATTCATTGAC
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7118 AA
1 AA
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Statistics
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AAAAACTCATTCATTGAC
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7904 AGTTTTATTT
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1 TTTTTATTTTTTTTGCCTAAAACAAATTATAATTGAATG
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1 TT
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TTTTTATTTTTTTTGCCTAAAACAAATTATAATTGAATG
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7993 NNNNNNNNNN
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1 AACATGAAGAAAAACC-CATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
********** * * ** * **
8067 GCCTTATTACTCTCTTTAANNNNNNNNNNAACCTCATAATTAATTTCAAGTTGAATTTCCTCATG
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*
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* * ** * *** * * *
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1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * *
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66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
8303 TTTTAGTTAAAACCAG-TTATAGTTGAATGTTTGCGTAT-AGA
131 TTTTGGTTAAAA-CAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-TGAGA
* * * * * * **
8344 AACATGAAGAAAAAGCTATTTATTTGCAAGAAAAGTCCAATTATAGTCACCCATTCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
8409 CCTTATTACTCCCTTTAAATGGTTTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAGCTGAATGTTTTTTAA
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC
* * *
8473 ATTTTTAGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTTCCTTAAGA
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* * * * * **
8516 AACATGAAGGAAAACCAATTCATTGGCAAGAAAAGCCTATTTATAGTCACCAAACCCTTTGAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * ** * * * * *
8581 CCTTATTACTCGCTTTAAATAATTTTATAATATCGTAATTGGTTTTTAGATGACTTTTTTTACAT
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * *
8646 TTTTAGTTAAAACATATTATAATTGAATGCTTGCCTTGAGA
131 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
** * *
8687 AACATGAAGAAAAACTGATTCATTGGCAAGAAAAGTCCATTTATAGTCACCCGAGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * **
8752 CCTTATTGCTTTCTTTAAACT-GTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTCTT-NN
66 CCTTATTACTCTCTTTAAA-TAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
******** * *
8815 NNNNNNNNTAAAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTCAGA
130 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
** * * * * *
8857 AACATGAAGAAAAATGCATTCATTGGGATGAAAAGCCCATTTATAGTCTCCCAAGCGTTTAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * *
8922 CCTTATTGCTCTCTTTAAATGGTTTTATAACCTCAAAATTGATTTTAAATTCAATTTTTTTACAT
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * * **
8987 TTTTGGTTAAAGCATATTGTAATTGAATGTTTGGTTTGAGA
131 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* * * *
9028 TACATGAAGAAAGACCAATTCATTGGCAAGAAAAACCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * *
9093 CCATATTACACTC-TTAAAT-GATTTTATAAGCC-CAAAATTGATTTTTAGTTG-ATTTCTTTTA
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** * * *
9154 CATTTTTGGCAAAAACATATTATAATTGAATGTTTCCCTTGGGA
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* * ** * * * *
9198 AACCTGAAGGAAAAAGCCATTCATTGGCTAA-AAAAGTTCAATTATAGTCACCCATTG-TTTTAA
1 AACATGAA-GAAAAACCCATTCATTGGC-AAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCA-AGCCTTCAA
* * * * * * ** * *
9261 AAGCCTTACTACTCCCTGTAGATAGTTTTGTAATCTCATAATTGACATTAAGTCGAATGTTTCTT
63 AAGCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTT
* * * * *
9326 ATATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGATTGTTTGCATCGGGA
127 ACATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
** * *
9371 AACATGAAGAAGTACCTATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTTAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
9436 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAATCC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATGTTTTTTAC
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC
* * * * **
9500 ATTTTTGGCTAAAACATATTGTAATTGAATTTTTTGCCTAAAGA
129 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAA-TGTTTGCCTTGAGA
* * *
9544 AGCATGAAGAAAAACCCGTTCATTGAG-AACAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTG-GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * **
9608 GCCTTATTACTCTCTTTAAACAATTTTATAACCTCATAGTTGATTTTAAGTTGAACGTTTTTACA
65 GCCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACA
* * * *
9673 TTTTTGGTCAAATCAGATTATAATAGAATGTTTTCCTTGAGA
130 TTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* ** * * * * **
9715 AACGTGAAGAAAAGGCCATTCATTGGTAAGAAAAGTCCAATTATAGTCA-CTATTCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * ** **
9779 CCTTACTACACCCTTTAAATAGTTTTGCAATCC-CATAATTGATTTTAAGTTGAATGGATTTTAC
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAA-CCTCATAATTGATTTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC
** ** * *
9843 ATTTTTAATCCAAACAGATTATAATTGAATGCTTGTCATTG-GA
129 ATTTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTTGAGA
* * * * * *
9886 AACATGAAGAAAAACACATTCATTGCCTAGAAAATCTCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* * * * * * **
9951 CATTAATACTCTCTTTAAATTGTTTTATAATCTGAAAATAAATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
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* ** ** * *
10016 TCTTGACTAAAACATTTTGTAATTGAATGTTTGGCTTGAGA
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* * *
10057 AACGTGAAGAAAAACCAATTTATTGGCAAGAAAAGCCCATTTAT-GATCACCCAAGCCTTCAAAA
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAG-TCACCCAAGCCTTCAAAA
* * * *
10121 GCCTTATTACTCGT-ATTAAATGGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAA-TTTATATTTTCTTA
65 GCCTTATTACTC-TCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGA-ATTTTTTTA
* *
10184 CATTTTTTGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTACCTTG-GAA
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* * * * * * * * * * * *
10228 AATATAAAGAAAAAGCCATTTATTGGTACGAAAAGTCCAATCATAGTGACTCAATCCTTCAAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* *
10293 CCTTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAAACTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
66 CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
* * ** * * **
10358 TATTGGCTAAAACATTTTGTAATTGAATGTTTGGCTCAAGA
131 TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* * * * *
10399 AACATGAAGAAAAACCAATTCATTGGTAAGAAAAGCCCATTTACAGTCACTCAAGCCTTCGAAAG
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
* *
10464 CCTTATTA-T-TCATATCAAAT-GTTTTTATAACCTCATAATTGATTTTATGTTGAATTTTTTTA
66 CCTTATTACTCTC-T-TTAAATAG-TTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTA
* * * *
10526 -TTTTCTTAGTTAAAATAGATTAT-ATTGAATGTTTGCCTTGGGA
128 CATTT-TTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
* * *
10569 AACATAAAAAAAAACTCATTCATT
1 AACATGAAGAAAAACCCATTCATT
10593 AGCNNNNNNN
Statistics
Matches: 1949, Mismatches: 421, Indels: 99
0.79 0.17 0.04
Matches are distributed among these distances:
169 7 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.15, G:0.13, T:0.37
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AACATGAAGAAAAACCCATTCATTGGCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCAAAAG
CCTTATTACTCTCTTTAAATAGTTTTATAACCTCATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACAT
TTTTGGTTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTTGAGA
Found at i:14088 original size:171 final size:167
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Indices: 13763--14820 Score: 979
Period size: 171 Copynumber: 6.2 Consensus size: 167
13753 NNNNNNNNNN
* ** * * * * *
13763 TTAAGTTTAATATTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTT-TTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTG-CCTAGGAAAC
*** ** * * *
13828 ATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAG-TA
63 ATGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACC-AAGCCTTCAAAAGCT-
* *
13892 TTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATT
126 TTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
** * *
13934 TTAAGTCCAATTTATTTCACATTTTTCAAT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAA
1 TTAAGTTGAATTT-TTT-ACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCT-AGGAAA
* *
13998 CATGAAGAAAAATCCATTCATTTG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAAC
62 CATGAAGAAAAATCCATTCA-TTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCAC-CAAGCCTTCAAAAGC
*
14062 TTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * **
14105 TTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTTAGTTAAATA-A-ATAATAATTGAATGTCTGTG-TTAAAAA
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTA-TTAAA-ACAGATTATAATTGAATGT-T-TGCCTAGGAA
* * * * * * * * *
14167 ACTTGAAGAAATATCTATTCATTGACAACAAAAGTCCATCTATAGTCAACCATGTCTTCAGAAGC
61 ACATGAAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTC-ACCAAGCCTTCAAAAGC
* * *
14232 CTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATT
125 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
14275 TTAGGTTGAATTTTTTTACATTTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAAC
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTA-TTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAG-GAAAC
* * * *
14340 ATGAAGAAAAA-CTCATTCATTGATAAGAAAATCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGGC
63 ATGAAGAAAAATC-CATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCAAGCCTTC-AAAAGC
* *
14404 -TTGTTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTTATAATTGATT
125 TTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
14446 TTAAGTAGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTGGCCT-TGAAAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-ATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACA
* * * * *
14510 TGTGAAGAAAAAAAT-GATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATA-CCTTCAGAA
64 --TGAAG--AAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CCA-AGCCTTCAAAA
* * *
14573 GCATTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
123 GCTTTATTACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
* * * *
14618 TTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCATAGGAAAC
1 TTAAGTTGAATT-TTTTACA-TTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCC-TAGGAAAC
* * * *
14683 ATGAAGAAAAACCCATTCATTAATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTT
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** * ** *
14748 T-TATAGGCGCTTTAAATGGTTTTATAATCAAATAATTGATG
127 TAT-TACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
*
14789 TTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTT-ATTAAA
14821 TTATATTATA
Statistics
Matches: 729, Mismatches: 117, Indels: 82
0.79 0.13 0.09
Matches are distributed among these distances:
169 11 0.02
170 162 0.22
171 395 0.54
172 144 0.20
173 12 0.02
174 5 0.01
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (167 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTATTAAAACAGATTATAATTGAATGTTTGCCTAGGAAACATG
AAGAAAAATCCATTCATTGACAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCAAGCCTTCAAAAGCTTTATT
ACTCACTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATT
Found at i:14650 original size:343 final size:335
Alignment explanation
Indices: 13763--14820 Score: 1232
Period size: 341 Copynumber: 3.1 Consensus size: 335
13753 NNNNNNNNNN
* * * * *
13763 TTAAGTTTAATATTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGATTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTGGCTTAA-AAA-
* ** * * * * * * *
13828 ATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAGTAT
62 TTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCAT
* * **
13893 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCCAATTTATTTCACATTT
127 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTT-ACATTT
* * * *
13958 TTCA-AT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAA-TCCATTCATT
190 TT-AGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAACT-CATTCA-T
* * ** *
14020 TG-CAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACTCAAGCCTTTAAAAACTTTATTACTCGCTTTAAATGGT
251 TGATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGC-TTATTACTCGCTTTAAATGGT
*
14084 TTTATAATCTCATAATTGATT
315 TTTATAATCTAATAATTGATT
* *
14105 TTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAAATA-AATAATAATTGAATGTCTGTG-TTAAAAA
1 TTAAGTTGAAT-TTTTTACATTTTTGA-TTAAA-ACAATTATAATTGAATGTCTG-GCTT-AAAA
* ** * * *
14167 ACTTGAAGAAATATCTATTCATTGACAACAAAAGTCCATCTATAGTCAACCATGTCTTCAGAAGC
61 A-TTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGC
* *
14232 CTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACATT
125 ATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACATT
* *
14297 TTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG
189 TTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG
* * * *
14362 ATAAGAAAATCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGGCTTGTTACTCACTTTAAATGGTTT
253 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAA-GCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTT
*
14427 TATAATCTTATAATTGATT
317 TATAATCTAATAATTGATT
*
14446 TTAAGTAGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGGCCTTGAAAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAAACA-ATTATAATTGAATGTCTGG-CTT-AAAAA
* *
14510 TGTGAAGAAAAAAATGATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGC
62 T-TGAAGAAAAAAAT-ATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGC
* * *
14575 ATTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATT
125 ATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATT
* * *
14640 TTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCATAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTA
189 TTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTG
* * **
14705 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTTATAGGCGCTTTAAATGGTTT
253 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTAT-TACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
14770 TATAATCAAATAATTGATG
317 TATAATCTAATAATTGATT
*
14789 TTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAA
1 TTAAGTTGAA-TTTTTTACATTTTTGATTAAA
14821 TTATATTATA
Statistics
Matches: 616, Mismatches: 78, Indels: 43
0.84 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 15 0.02
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344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (335 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTACATTTTTGATTAAAACAATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAAAATTGA
AGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCATTATT
ACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAGTT
AAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAGGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATTGATAAGAAA
AGCCCATTTATAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTATTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTA
ATAATTGATT
Found at i:14831 original size:343 final size:338
Alignment explanation
Indices: 13763--14833 Score: 1253
Period size: 343 Copynumber: 3.1 Consensus size: 338
13753 NNNNNNNNNN
* * * * * *
13763 TTAAGTTTAATATTTTTACATTTATGGTTAAAACATATTATAATTGATTGTCTGTCTTAAGAAAC
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTTAA-AAA-
* ** * * * * * * *
13828 ATGAAGAAAAAGGTATTCATTGACAAGAAAAATCCACTTATAGTCACCTATGCATTCAAAAGTAT
64 TTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCAT
* * **
13893 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTAATTTTAAGTCCAATTTATTTCACATTT
129 TATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTT-TTT-ACATTT
* * * * * *
13958 TTCA-AT-AAATAGATTATAATTGAATGTTTGCCTCAGGAAACATGAAGAAAAATCCATTCATTT
192 TT-AGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCT-AGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTA
** ** *
14021 GCAAGAAAAGCCCATTTATAGTCA-CTCAAGCCTTTAAAAAC-TTTATTACTCGCTTTAAATGGT
255 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCT-AAGCCTTCGAAAGCTTTTA-TACTCGCTTTAAATGGT
*
14084 TTTATAATCTCATAATTGATT
318 TTTATAATCTAATAATTGATT
* * *
14105 TTAAGTTGAATGTTTTTATATTTTT-AGTTAAATA-A-ATAATAATTGAATGTCTGTG-TTAAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGA-TTAAA-ACATATTATAATTGAATGTCTG-GCTT-AAA
* ** * * *
14166 AACTTGAAGAAATATCTATTCATTGACAACAAAAGTCCATCTATAGTCAACCATGTCTTCAGAAG
62 AA-TTGAAGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAG
* *
14231 CCTTATTACTCATTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTTACAT
126 CATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAA-TTTTTTACAT
* * *
14296 TTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTTCCTTGAGAAACATGAAGAAAAACTCATTCATT
190 TTTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAG-GAAACATGAAGAAAAACCCATTCATT
* * * * * *
14361 GATAAGAAAATCCCATTTATGGTCACCCAAGCCTTCGAAAGGCTTGT-TACTCACTTTAAATGGT
254 AATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAA-GCTTTTATACTCGCTTTAAATGGT
*
14425 TTTATAATCTTATAATTGATT
318 TTTATAATCTAATAATTGATT
* * *
14446 TTAAGTAGAACTTTTTTACATTTTTGATTAAAACAGATTATAATTGAATGT-TGGCCTTGAAAAA
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGG-CTT-AAAAA
* *
14510 TGTGAAGAAAAAAATGATTCATTAACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATACCTTCAGAAGC
64 T-TGAAGAAAAAAAT-ATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGC
* * *
14575 ATTCTTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATT
127 ATTATTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATT-TTTTACATT
*
14640 TTTTGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCATAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTA
191 TTTAGTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACC-TAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTA
**
14705 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTTATAGGCGCTTTAAATGGTTT
255 ATAAGAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTTATACTCGCTTTAAATGGTTT
* *
14770 TATAATCAAATAATTGATG
320 TATAATCTAATAATTGATT
* **
14789 TTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAATTATATTATAATT
1 TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATT
14834 TAATATAATA
Statistics
Matches: 621, Mismatches: 87, Indels: 41
0.83 0.12 0.05
Matches are distributed among these distances:
339 1 0.00
340 12 0.02
341 265 0.43
342 73 0.12
343 268 0.43
344 2 0.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.13, G:0.12, T:0.39
Consensus pattern (338 bp):
TTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTGATTAAAACATATTATAATTGAATGTCTGGCTTAAAAATT
GAAGAAAAAAATATTCATTGACAACAAAAGTCCATTTATAGTCACCCATGCCTTCAGAAGCATTA
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTTTTTACATTTTTAG
TTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCTAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAATAAGA
AAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTTATACTCGCTTTAAATGGTTTTATAAT
CTAATAATTGATT
Found at i:15122 original size:291 final size:291
Alignment explanation
Indices: 14579--15124 Score: 713
Period size: 291 Copynumber: 1.9 Consensus size: 291
14569 AGAAGCATTC
* * * * *
14579 TTACTCGCTTTAAATGGTTTTATAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATTGTTTTACATTTTTT
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA
** * *
14644 GTTAAAACAGATTGTAATTGAATGTTTACCATAGGAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAATAA
66 GTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACCATAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAA
* * * * * *
14709 GAAAAGCCCATTTATAGTCACCTAAGCCTTCGAAAGCTTTTATAGGCGCTTTAAATGGTTTTATA
131 GAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTATATACGCACTTTAAATAGTTTTATA
* * *
14774 ATCAAATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTTGATTAAATTATATTATAATTTAATA
196 ATCAAATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTGGATTAAATCAGATTATAATTTAATA
14839 TAATATAGTAACTCATTCCCTCAAAATCTTA
261 TAATATAGTAACTCATTCCCTCAAAATCTTA
* *
14870 TTACTCACTTTAAATAGTTTTGTAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTTTTTTACATTTTTA
1 TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA
* * * *
14935 GTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTGCCATAGAAAATATGAAGACAAAGCCATTCATTAACAA
66 GTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACCATAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAA
* * * * * *
15000 GTAAAA-TCCATTTGCAGTCACCCACGCCTTCTAAAGCCTTAT-TACTCACTTTAAATAGTTTTG
131 G-AAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAG-CTTATATACGCACTTTAAATAGTTTTA
** * * *
15063 TAATCTCATAATTGATTTTAGGTTGAATGTTTTTT-CATTTTTGGTTTAAA-CAGATTATAATT
194 TAATCAAATAATTGATGTTAAGTTGAAT-TTTTTTAC-TTTTTGGATTAAATCAGATTATAATT
15125 GATTGTCTAT
Statistics
Matches: 216, Mismatches: 35, Indels: 8
0.83 0.14 0.03
Matches are distributed among these distances:
291 191 0.88
292 25 0.12
ACGTcount: A:0.35, C:0.12, G:0.12, T:0.41
Consensus pattern (291 bp):
TTACTCACTTTAAATAGTTTTATAATCTAATAATTGATTTTAAGTTGAATTGTTTTACATTTTTA
GTTAAAACAGATTAAAATTGAATGTTTACCATAGAAAACATGAAGAAAAACCCATTCATTAACAA
GAAAAGCCCATTTACAGTCACCCAAGCCTTCGAAAGCTTATATACGCACTTTAAATAGTTTTATA
ATCAAATAATTGATGTTAAGTTGAATTTTTTTACTTTTTGGATTAAATCAGATTATAATTTAATA
TAATATAGTAACTCATTCCCTCAAAATCTTA
Done.